BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G23800.1
Length=1867
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg472641 jgi|Araly1|472641|fgenesh2_kg.1__2595__AT1G23800.1 2922 0.0
> Ahg472641 jgi|Araly1|472641|fgenesh2_kg.1__2595__AT1G23800.1
Length=1871
Score = 2922 bits (1582), Expect = 0.0
Identities = 1779/1874 (95%), Gaps = 13/1874 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 3 AAACAGAGTTCTCACACCAATACAAAAGAGACCATCACCGTGAGAAAGAGAAGAAGAACa 62
|||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1 AAACAGAGCTCTCACACCAATACAAAAGCGACCATCACCGTGAGAAAGAGAAGAAGAAGA 60
Query 63 aaaaaaGTTAGCCATGGCATCAAGAAGAGTTTCTTCGCTGCTCTCTCGCTCTTTCATGTC 122
|| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 AAGAAACTTAGCCATGGCATCAAGAAGAGTTTCTTCGCTGCTCTCTCGCTCTTTCATGTC 120
Query 123 CTCCTCACGTTCTATCTTCTCTCTTAGAGGCATGAACAGAGGAGCTCAAAGATACAGTAA 182
||| |||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 CTCATCACCTTCTCTCTTCTCTCTTAGAGGAATGAACAGAGGAGCTCAAAGATACAGTAA 180
Query 183 CCTCGCTGCTGCTGTCGAAAACACTATTACTCCACCAGTGAAAGTTGAACACACACAGCT 242
||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 181 CCTCGCTGCTGCTGTTGAAAACACTATTACACCACCTGTGAAAGTCGAACACACACAGCT 240
Query 243 TCTAATCGGTGGAAGATTCGTTGATGCAGTGTCAGGAAAAACTTTCCCTACTTTGGATCC 302
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 TCTAATCGGTGGAAGATTCGTTGATGCAGTGTCAGGAAAAACTTTCCCTACTTTGGATCC 300
Query 303 AAGAAATGGAGAAGTGATTGCTCAAGT-GTCTGAAGGTGATGCAGAAGACGTGAACCGCG 361
||| |||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 AAGGAATGGAGAAGTGATTGCTCAGGTAG-CTGAAGGTGATGCAGAAGACGTGAACCGCG 359
Query 362 CGGTTGCAGCTGCACGAAAGGCTTTTGATGAAGGACCATGGCCTAAAATGACAGCTTATG 421
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||
Sbjct 360 CGGTTGCAGCTGCACGAAAGGCTTTTGATGAAGGACCATGGCCTAGAATGACTGCTTATG 419
Query 422 AGAGATCAAAGATACTGTTTCGTTTCGCTGATTTAATCGAGAAACATAATGATGAGATTG 481
|||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 420 AGAGATCAAAGATACTGTTTCGTTTCGCGGATTTGATAGAGAAACATAACGATGAGATTG 479
Query 482 CTGCTCTTGAGACTTGGGATAATGGGAAACCTTATGAACAATCTGCTCAAATTGAAGTAC 541
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
Sbjct 480 CTGCTCTTGAGACTTGGGATAATGGGAAACCTTATGAACAATCTGTTCAAATTGAAGTCC 539
Query 542 CAATGCTTGCTAGGGTGTTCCGGTACTATGCTGGTTGGGCAGACAAGATACATGGAATGA 601
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 540 CAATGCTTGCTAGGGTGTTCCGGTACTATGCTGGTTGGGCAGACAAGATCCATGGAATGA 599
Query 602 CAATGCCAGGAGATGGTCCACACCATGTGCAGACCTTACATGAGCCTATAGGAGTCGCTG 661
|||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 CAATGCCAGGAGATGGTCCACACCATGTGCAGACATTGCATGAGCCTATAGGAGTCGCTG 659
Query 662 GACAAATCATCCCATGGAACTTCCCTCTTCTCATGCTTTCTTGGAAACTTGGACCAGCTT 721
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 660 GACAAATCATCCCATGGAACTTCCCTCTTCTCATGCTTTCTTGGAAACTCGGACCAGCTT 719
Query 722 TAGCTTGCGGTAACACCGTTGTTCTCAAAACTGCTGAGCAAACTCCTCTATCTGCTCTTC 781
||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 720 TAGCTTGCGGTAACACCATTGTTCTCAAGACTGCTGAGCAAACTCCTTTATCTGCTCTTC 779
Query 782 TTGTTGGGAAACTACTTCATGAGGCTGGACTTCCTGATGGAGTTGTGAATATAGTTTCTG 841
||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 TTGTTGGAAAACTTCTTCATGAGGCTGGACTTCCTGATGGAGTTGTGAATATAGTTTCTG 839
Query 842 GATTTGGGGCTACTGCTGGTGCAGCTATAGCTAGTCACATGGACGTTGATAAGGTTGCTT 901
||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 840 GATTTGGTGCAACAGCTGGTGCAGCTATAGCTAGTCACATGGACGTTGATAAGGTTGCTT 899
Query 902 TCACCGGGTCTACTGATGTTGGGAAGATTATTCTTGAGTTAGCTTCAAAAAGCAACCTTA 961
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||
Sbjct 900 TCACCGGGTCTACTGATGTTGGGAAGATTATTCTTGAGTTGGCCTCAAAAAGTAACCTTA 959
Query 962 AGGCAGTGACTCTTGAGCTTGGAGGAAAGTCACCATTCATTGTATGTGAAGATGCTGATG 1021
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 AGGCAGTGACTCTTGAGCTTGGAGGCAAGTCACCATTCATTGTATGTGAAGATGCTGATG 1019
Query 1022 TGGATCAGGCCGTTGAGCTTGCACATTTCGCTTTGTTCTTTAACCAGGGACAATGTTGTT 1081
| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1020 TTGATCAAGCCGTTGAGCTTGCACATTTCGCTTTGTTCTTTAACCAGGGACAATGTTGCT 1079
Query 1082 GTGCTGGTTCGCGTACATTTGTACATGAACGTGTGTATGATGAGTTTGTAGAGAAAGCTA 1141
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 GTGCTGGTTCGCGTACATTTGTACATGAACGCGTGTATGATGAGTTTGTAGAGAAAGCTA 1139
Query 1142 AAGCTCGTGCACTCAAGCGAAATGTTGGAGATCCCTTCAAGTCAGGCATTGAGCAAGGTC 1201
| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 AGGCTCGTGCACTCAAGCGCAATGTTGGAGATCCCTTCAAGTCAGGCATTGAGCAAGGTC 1199
Query 1202 CCCAGGTAGACTCAGAGCAATTCAACAAAATCCTGAAGTACATCAAACATGGAGTTGAGG 1261
||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1200 CCCAGGTTGACTCAGAGCAATTCAAGAAAATCTTGAAGTACATCAAATATGGAGTTGAGG 1259
Query 1262 CTGGAGCCACATTACAAGCTGGAGGTGACAGGCTTGGTTCCAAGGGTTACTACATTCAAC 1321
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 CTGGAGCCACATTACAAGCTGGAGGTGACCGGCTTGGTTCCAAGGGTTACTACATTCAAC 1319
Query 1322 CTACTGTCTTCTCAGATGTGAAAGATGACATGCTCATAGCAACAGACGAGATTTTCGGGC 1381
|||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1320 CTACTGTCTTCTCAGACGTTAAAGATGACATGCTCATAGCCACAGACGAGATTTTCGGGC 1379
Query 1382 CGGTTCAAACCATACTGAAATTCAAGGATCTTGATGAGGTGATTGCAAGGGCCAACAACT 1441
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||
Sbjct 1380 CGGTTCAAACCATACTGAAATTCAAGGATCTTGATGAGGTGATTGCAAGAGCGAACAACT 1439
Query 1442 CAAGGTACGGTTTAGCTGCTGGAGTGTTCACACAGAATCTTGACACAGCACACCGGCTGA 1501
| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |
Sbjct 1440 CGAGGTATGGTTTAGCTGCAGGAGTGTTCACACAGAATCTGGACACAGCGCACCGGCTAA 1499
Query 1502 TGCGAGCACTCAGAGTTGGGACTGTTTGGATCAACTGTTTTGATGTACTTGATGCATCAA 1561
||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| |
Sbjct 1500 TGCGAGCACTCAGGGTTGGGACCGTTTGGATTAACTGTTTCGATGTTCTTGATGCATCGA 1559
Query 1562 TTCCATTTGGAGGGTATAAGATGAGTGGCATTGGTAGAGAGAAAGGTATCTACAGTCTCA 1621
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1560 TTCCATTTGGAGGGTATAAGATGAGTGGCATTGGAAGAGAGAAAGGTCTCTACAGTCTCA 1619
Query 1622 ACAATTACTTGCAAGTCAAGGCTGTTGTTACTTCCCTCAAGAACCCTGCCTGGCTCTAAA 1681
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1620 ACAATTACTTGCAAGTCAAGGCTGTTGTCACTTCCCTCAAGAACCCGGCCTGGCTCTAAA 1679
Query 1682 CCATACCAGGTGGTTACACTTATTTCTCGAGTTTGGTTTAT---G-ATTTGCACTTTTGC 1737
||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||
Sbjct 1680 CCATACCAGGTGGTTACGCTTATTTATCGAGTTTGGTTTATAATGGATTTGCACTTTTGC 1739
Query 1738 TTTGA-AAACCTGGAGTTGTACTGTGTCTCTAGGATTTCTAGATTTTGAGAGTAAT--TT 1794
|||| |||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1740 TTTGGGAAACCTGGAGTTGTT-T-TGTCTCTAGGTTTTCTAGATTTTGAGAGTAATAATT 1797
Query 1795 -ATCTTCAAT-ACATTTTGCAAATAAAGCTACATGACAATGTGTGATTAATAAACACAAA 1852
|||||||| ||||||| |||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||| |
Sbjct 1798 TATCTTCAAACACATTTTACAAATAAAGCTAAATGAAAATGTGTGATCAATAAACACATA 1857
Query 1853 CTCTTATTAGTTTC 1866
||||||||||||||
Sbjct 1858 CTCTTATTAGTTTC 1871
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 70124141045
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5