BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G24340.1
Length=2457
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg894724 jgi|Araly1|894724|Al_scaffold_0006_2720 3507 0.0
Ahg921752 jgi|Araly1|921752|scaffold_103033.1 3506 0.0
> Ahg894724 jgi|Araly1|894724|Al_scaffold_0006_2720
Length=2130
Score = 3507 bits (1899), Expect = 0.0
Identities = 2056/2133 (96%), Gaps = 6/2133 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 208 ATGGCGATTCTAGGGCTTATCAAGAGGGTTACACGAATAA-CCGTAAACAATTCGAGGGT 266
|||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||| | | |||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGCGATTCTAGGGCGGATCACGAGGGTAACACGAATAAGCAG-AAACAATTCGAGGGT 59
Query 267 CAGAGTGTACCCAGTGAGGTACTTCCAAAGGAAGGACCTTTCAAGCACAAA-TCTATTCA 325
|||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| || |||||
Sbjct 60 CAGAGTGTGCCCAGTGAGGTACTTCCAAAGCAAGGACCTTTCAAATACAAATTC-ATTCA 118
Query 326 ATGGTGAAGATGCTGCTAAGCTTCCTGTTCTGATCGTCGGCGCTGGACCGGTGGGACTCG 385
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 119 ATGGCGAAGATGCTGCTAAGCTTCCTGTTCTGATCGTCGGCGCTGGACCGGTGGGCCTCG 178
Query 386 TTTTATCCATCCTTCTCACCAAACTAGGAGTGAAATGTGCTGTTGTTGACAAAGCCACAA 445
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||
Sbjct 179 TTTTATCCATCCTTCTCACCAAACTAGGAGTGAAATGTGCTGTTGTGGACAAAGCTACAA 238
Query 446 GCTTCTCGAAACATCCACAAGCACACTTTATCAACAACCGATCAATGGAGATCTTCCGTG 505
||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 239 GCTTCTCGAAACACCCACAAGCACATTTTATCAACAACCGATCAATGGAGATCTTCCGTG 298
Query 506 AATTGGATGGATTAGCTGAGGAGATTGAAAGATCACAGCCTCCTGTAGATTTGTGGAGAA 565
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 299 CATTGGATGGATTAGCTGAGGAGATTGAAAGATCACAGCCTCCTGTAGATTTGTGGAGAA 358
Query 566 AATTTATTTACTGTACATCTCTCTCCGGCTCAACACTAGGCACAGTTGATCACATGCAGC 625
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 359 AATTTATTTACTGTACATCTCTCTCCGGCTCAACTCTAGGCACAGTGGATCACATGCAGC 418
Query 626 CTCAAGATTTTGAGAAAGTTGTCAGCCCGGCTTCTGTTGCTCACTTCTCCCAGTACAAAT 685
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 419 CTCAAGATTTTGAGAAAGTTGTCAGCCCGGCTTCCGTTGCTCACTTCTCCCAGTACAAAT 478
Query 686 TGACAAATTTATTGCTTAAGCGGTTGGAAGACCTCGGCTTTCATGTTCGTGGTTCCAAAG 745
|||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 479 TGACAAATTTATTGCTGAAGCGGTTGGGAGACCTCGGCTTTCATGTTCGAGGTTCCAAAG 538
Query 746 AGTCGGATGGTCTTGAGGCTGACTCTGTGGTTGCGAGGCAAATTCTTATGGGTCATGAGT 805
|||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 539 AGTCGGATGGTCTTGAGGTTGACGCTGTGGTTGCGAGGCAAATTCTTATGGGTCATGAGT 598
Query 806 GTGTGGGGATTGATGCTAACAAGGACAGTATTACTGCAACTGTTTCTTTTCTCAAAGGAG 865
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 599 GTGTGGCGATTGATGCTAACAAGGACAGTATTACTGCAACTGTTTCTTATCTCAAAGGAG 658
Query 866 GCAAGCATATGAAAAGAAACATTCAATGTAGTCTACTGGTTGGTGCTGATGGTGCTGGGA 925
|||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 659 GCAAGCATATGAAAAGAAACATCCAATGTAGTATACTGGTTGGTGCTGATGGGGCTGGGA 718
Query 926 GTGCAGTAAGAAAGCTCACAGTAATAGAAATGCGAGGGGAAAGAGATCTACAGAAGCTTG 985
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||
Sbjct 719 GTGCAGTAAGAAAGCTCACAGCAATAGAAATGCGAGGGGAAAGGGATCTGCAAAAGCTTG 778
Query 986 TTAGTGTCCATTTCATGAGTAGAGAGCTCGGTGAGTACCTGATCAGTA-ACAGACCAGGG 1044
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||
Sbjct 779 TTAGTGTCCACTTCATGAGTAGAGAGCTCGGTGAGTACCTGATCAGTAGA-AGACCAGGG 837
Query 1045 ATGCTAttttttatttttAACACCGATGGTATAGGAGTTCTTGTTGCCCATGATCTTCTA 1104
||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 838 ATGTTATTTTTCATTTTTAACACCGATGGTATAGGAGTTCTTGTTGCCCATGATCTTCTA 897
Query 1105 CAAGGAGAATTTGTTTTGCAGATTCCATACTATCCACCTCAACAGAGTCTATCTGATTTT 1164
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 898 CAAGGAGAATTTGTTTTGCAGATTCCATACTATCCACCTCAACAGAGTCTATCTGATTTT 957
Query 1165 AGTCCTGAGATGTGCAAGATGCTGATATTCAATTTGGTGGGACATGAGCTTTCAGACTTG 1224
|||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 958 AGTCCTGAGATGTGCAGGATGCTGATATACAATTTGGTGGGACATGAGCTTTCAGACTTG 1017
Query 1225 GATGTAGCTGATATTAAGCCATGGGTCATGCATGCTGAAGTCGCCGAGAAATTCATGTGT 1284
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1018 GATGTAGCTGATATTAAGCCATGGGTCATGCATGCTGAAGTCGCCGAGAAATTCATGTGC 1077
Query 1285 TGTGAGAACAGAGTGATACTTGCTGGTGATGCTGCTCACCGGTTCCCGCCTGCTGGAGGT 1344
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1078 TGTGAGAACAGAGTGATACTTGCTGGTGATGCTGCTCACCGGTTCCCACCTGCTGGAGGT 1137
Query 1345 TTTGGAATGAACACTGGAATTCAGGATGCTCATAATCTTGCATGGAAAATAGCAGCTCTT 1404
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1138 TTTGGAATGAACACTGGAATTCAGGATGCTCATAATCTTACATGGAAAATAGCAGCTCTT 1197
Query 1405 GTTCAGGGTTCTGCAAACTCTTCAATTCTTAAAACTTATGAAACAGAACGTAGGCCGATT 1464
||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1198 GTTCAGGGTTCTGCAAAATCTTCGATTCTTAAAACTTATGAAACAGAACGTAGGCCGATT 1257
Query 1465 GCCCTTTCCAATACTTCACTCAGTGTTCAAAACTTCAGAGCAGCTATGTCAGTTCCTTCA 1524
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1258 GCCCTTTCCAATACTTCACTCAGTGTTCAGAACTTCAGAGCAGCTATGTCTGTTCCTTCA 1317
Query 1525 GCGCTAGGCCTTGACCCAACAGTTGCAAACTCAGTGCATAGGTTTATAAACAAAACAGTT 1584
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1318 GCGCTAGGCCTTGACCCGACAGTTGCAAACTCAGTGCATAGGTTTATAAACAAAACAGTT 1377
Query 1585 GGTTCGATCCTTCCAACTGGGCTGCAAAAGGCAATCTTGGATAATGTCTTTGCACTAGGT 1644
||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1378 GGTTCCATCCTTCCAACTGGGCTACAAAAGGCAATCTTGGATAATGTCTTTGCACTAGGT 1437
Query 1645 CGTGCACAGCTTTCAGAATCTCTGTTGAATGAGAGCAATCCACTGGGAAATCAGAGACTT 1704
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1438 CGTGCACAGCTTTCAGAATCTCTGTTGAATGAGAGCAATCCTCTGGGAAATCAGAGACTT 1497
Query 1705 AGCAGACTAAAGAGTATCTTCGAAGGAGGAAAAAGCCTTCAACTACAGTTTCCTGCAGAA 1764
|| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1498 AGAAGACTAAAGAGTATCTTCGAACGAGGAAAAAGCCTTCAACTACAGTTTCCTGCAGAA 1557
Query 1765 GATCTTGGTTTCAGGTATTTAGAGGGAGCCATTGTTCCTGATAACGAGTCTGAAGCTGGT 1824
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1558 GATCTTGGTTTCAGGTATTTAGAGGGAGCCATTGTTCCTGATAACGAGTCTGAAGCTGGT 1617
Query 1825 GATCCCGAAGTACCGAGTGGTCGTAGAAGAGACTATGTCCCTTGTGCTGAACCAGGTTCA 1884
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1618 GATCCCGAACTACCGAGTGGTCGTAGAAGAGACTATGTACCTTGTGCTGAACCAGGTTCA 1677
Query 1885 AGACTGCCTCATATGTATGTGAAAATACTGTCAGATTCCACAAGAGAGGTTATTGTTTCT 1944
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1678 AGACTGCCACATATGTATGTGAAAATACTGTCAGATTCCACAAGAGAGGTTATTGTTTCT 1737
Query 1945 ACACTGGATCTTGTTTCGACAGAGAAAGTGGAGTTTCTACTTATAATATCGCCATTACAA 2004
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1738 ACACTGGATCTTGTTTCGACAGAGAAAGTGGAGTTTCTACTTATAATATCACCATTACAA 1797
Query 2005 GAGTCCTATGAGCTAGCTCATGCTACATTCAAAGTCGCAAAAGAGTTTATGGCTAGTGTA 2064
|||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1798 GAGTCCTATGAGTTAGCTCGTGCTACATTCAAAGTCGCAAAAGAGTTTATGGCTAATGTA 1857
Query 2065 AAAGTATGCGTGGTCTGGCCTAGTAGTGATGATGGTCTTGAAAGGAAGAGCAATTCAGCA 2124
|||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1858 AAAGTATGTGTGGTCTGGCCTAGTAGTGATGAAGGTCTTGAAAGGGAGAGCAATTCAGCA 1917
Query 2125 TTAGCTCCATGGGAAAATTATGTCGATGTTATGGAAGTTAAAAAACAAAATGGTGAAGGA 2184
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||
Sbjct 1918 TTAGCTCCATGGGAAAATTATGTCGATGTTATGGAAGTTATAAGACAAAATGGTGAAGGA 1977
Query 2185 ACTTCGTGGTGGAGTATTTGTAAAATGTCAGAGAGAGGATCTATTTTAGTCCGTCCCGAC 2244
||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1978 ACTTCTTGGTGGAGTATTTGTAAAATGTCGGAGAGAGGATCTATTTTAGTCCGTCCTGAC 2037
Query 2245 CAACACATTGCTTGGCGAGCAAAGTCTGGTATTACTTTGGATCCTACTCTGCACATGAGA 2304
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2038 CAACACATTGCTTGGCGAGCAAAGTCTGGTATTACTTTGGATCCTACTCTGCACATGAGA 2097
Query 2305 GATGTCTTCACCATCATACTAGGGAAACAATGA 2337
|| | |||| |||||||||| || |||||||||
Sbjct 2098 GAAGCCTTCTCCATCATACTTGGTAAACAATGA 2130
> Ahg921752 jgi|Araly1|921752|scaffold_103033.1
Length=2174
Score = 3506 bits (1898), Expect = 0.0
Identities = 2086/2178 (96%), Gaps = 8/2178 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 184 GGTTTAAGG-TTTAGCTTCTCGACTATGGCGATTCTAGGGCTTATCAAGAGGGTTACACG 242
||||| ||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||| |||||
Sbjct 1 GGTTT-AGGATTTAGATTCTCGACCATGGCGATTCTAGGGCTGATCACGAGGGTAACACG 59
Query 243 AATAACCGTAAACAATTCGAGGGTCAGAGTGTACCCAGTGAGGTACTTCCAAAGGAAGGA 302
||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||
Sbjct 60 AATAAGCATAAACAATTCGAGGGTCAGAGTGTACCCAGTGAGGCACTTCCAAAGCAAGGA 119
Query 303 CCTTTCAAGCACAAA-TCTATTCAATGGTGAAGATGCTGCTAAGCTTCCTGTTCTGATCG 361
||||||||| ||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 120 CCTTTCAAGTACAAATTC-ATTCAATGGCCAAGATGCTGCTAAGCTTCCTGTTCTGATCG 178
Query 362 TCGGCGCTGGACCGGTGGGACTCGTTTTATCCATCCTTCTCACCAAACTAGGAGTGAAAT 421
||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 179 TCGGCGCTGGACCGGTGGGCCTCGTTTTATCCATTCTTCTCACCAAACTAGGAGTGAAAT 238
Query 422 GTGCTGTTGTTGACAAAGCCACAAGCTTCTCGAAACATCCACAAGCACACTTTATCAACA 481
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 239 GTGCTGTTGTTGACAAAGCCACAAGCTTCTCCAAACATCCACAAGCACATTTTATCAACA 298
Query 482 ACCGATCAATGGAGATCTTCCGTGAATTGGATGGATTAGCTGAGGAGATTGAAAGATCAC 541
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 299 ACCGATCAATGGAGATCTTCCGTGCATTGGATGGATTAGCTGAGGAGATTGAAAGATCAC 358
Query 542 AGCCTCCTGTAGATTTGTGGAGAAAATTTATTTACTGTACATCTCTCTCCGGCTCAACAC 601
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 359 AGCCTCCTGTAGATTTGTGGAGAAATTTTATTTACTGTACATCTCTCTCCGGCTCAACTC 418
Query 602 TAGGCACAGTTGATCACATGCAGCCTCAAGATTTTGAGAAAGTTGTCAGCCCGGCTTCTG 661
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 419 TAGGCACAGTGGATCACATGCAGCCTCAAGATTTTGAGAAAGTTGTCAGCCCAGCTTCTG 478
Query 662 TTGCTCACTTCTCCCAGTACAAATTGACAAATTTATTGCTTAAGCGGTTGGAAGACCTCG 721
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 479 TTGCTCACTTCTCCCAGTACAAATTGACAAATTTATTGCTTAAGCGGTTGGAAGACCTCG 538
Query 722 GCTTTCATGTTCGTGGTTCCAAAGAGTCGGATGGTCTTGAGGC-TGACTCTGTGGTTGCG 780
||||||||||||| |||||||| || || |||||| |||| || ||||||||||||||||
Sbjct 539 GCTTTCATGTTCGAGGTTCCAAGGATTCAGATGGTATTGA-GCTTGACTCTGTGGTTGCG 597
Query 781 AGGCAAATTCTTATGGGTCATGAGTGTGTGGGGATTGATGCTAACAAGGACAGTATTACT 840
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 598 AGGCAAATTCTTATGGGTCATGAGTGTGTGGCGATTGATGCTAACAAGGACAGTATTACT 657
Query 841 GCAACTGTTTCTTTTCTCAAAGGAGGCAAGCATATGAAAAGAAACATTCAATGTAGTCTA 900
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 658 GCAACTGTTTCTTATCTCAAAGGAGGCAAGCATATGAAAAGAAACATTCAATGTAGTCTA 717
Query 901 CTGGTTGGTGCTGATGGTGCTGGGAGTGCAGTAAGAAAGCTCACAGTAATAGAAATGCGA 960
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 718 CTGGTTGGTGCTGATGGTGCTGGGAGTGCTGTAAGAAAGCTCACAGAAATAGAAATGCGA 777
Query 961 GGGGAAAGAGATCTACAGAAGCTTGTTAGTGTCCATTTCATGAGTAGAGAGCTCGGTGAG 1020
||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 778 GGGGAAAAAGATCTACAAAAGCTTGTTAGTGTCCATTTTATGAGTAGAGAGCTCGGTGAG 837
Query 1021 TACCTGATCAGTAACAGACCAGGGATGCTAttttttatttttAACACCGATGGTATAGGA 1080
||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 838 TACCTGATCAGTAGCAGACCAGGGATGTTATTTTTTATTTTTAACACCGACGGTATAGGA 897
Query 1081 GTTCTTGTTGCCCATGATCTTCTACAAGGAGAATTTGTTTTGCAGATTCCATACTATCCA 1140
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 898 GTTCTTGTTGCCCATGATCTTCTACAAGGAGAATTTGTTTTGCAGATTCCATACTATCCA 957
Query 1141 CCTCAACAGAGTCTATCTGATTTTAGTCCTGAGATGTGCAAGATGCTGATATTCAATTTG 1200
||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 958 CCTCAACAGAGTCTATCTGATTTCAGTCTTGAGATGTGCAAGATGCTGATATTCAATTTG 1017
Query 1201 GTGGGACATGAGCTTTCAGACTTGGATGTAGCTGATATTAAGCCATGGGTCATGCATGCT 1260
||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1018 GTGGGACATCAGCTTTCAGACTTGGATGTAGCTGACATTAAGCCATGGGTCATGCATGCT 1077
Query 1261 GAAGTCGCCGAGAAATTCATGTG-TTGTGAGAACAGAGTGATACTTGCTGGTGATGCTGC 1319
||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1078 GAAGTCGCCGAGAAATTCATGTGCTT-TGAGAACAGAGTGATACTTGCTGGTGATGCTGC 1136
Query 1320 TCACCGGTTCCCGCCTGCTGGAGGTTTTGGAATGAACACTGGAATTCAGGATGCTCATAA 1379
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1137 TCACCGGTTCCCGCCTGCTGGAGGTTTTGGAATGAACACTGGAATTCAGGATGCTCATAA 1196
Query 1380 TCTTGCATGGAAAATAGCAGCTCTTGTTCAGGGTTCTGCAAACTCTTCAATTCTTAAAAC 1439
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| ||
Sbjct 1197 TCTTGCATGGAAAATAGCAGCTCTTGTTCAGGGCTCTGCAAAATCTTCGATTCTTAACAC 1256
Query 1440 TTATGAAACAGAACGTAGGCCGATTGCCCTTTCCAATACTTCACTCAGTGTTCAAAACTT 1499
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1257 TTATGAAACAGAACGTAGGCCGATTGCCCTCTCCAATACTTCACTCAGTGTTCAGAACTT 1316
Query 1500 CAGAGCAGCTATGTCAGTTCCTTCAGCGCTAGGCCTTGACCCAACAGTTGCAAACTCAGT 1559
|| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1317 CAAAGCAGCTATGTCGGTTCCTTCAGCGCTAGGCCTTGACCCAACAGTTGCAAACTCAGT 1376
Query 1560 GCATAGGTTTATAAACAAAACAGTTGGTTCGATCCTTCCAACTGGGCTGCAAAAGGCAAT 1619
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1377 GCATAGGTTTATAAACAAAACAGTTGGTTCCATCCTTCCAACTGGGCTACAAAAGGCAAT 1436
Query 1620 CTTGGATAATGTCTTTGCACTAGGTCGTGCACAGCTTTCAGAATCTCTGTTGAATGAGAG 1679
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||
Sbjct 1437 CTTGGATAATGTCTTTGCACTAGGACGTGCACAGCTTTCAGAATCTATATTGAATGAGAG 1496
Query 1680 CAATCCACTGGGAAATCAGAGACTTAGCAGACTAAAGAGTATCTTCGAAGGAGGAAAAAG 1739
|||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1497 CAATCCGCTGGGAAATCAGAGACTTAGCAGATTAAAGAGTATCTTCGAAGGAGGAAAAAG 1556
Query 1740 CCTTCAACTACAGTTTCCTGCAGAAGATCTTGGTTTCAGGTATTTAGAGGGAGCCATTGT 1799
||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1557 CCTACAGCTACAGTTTCCTGCAGAAGATCTTGGTTTCAGGTATTTAGAGGGAGCCATTGT 1616
Query 1800 TCCTGATAACGAGTCTGAAGCTGGTGATCCCGAAGTACCGAGTGGTCGTAGAAGAGACTA 1859
|||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1617 TCCTGATAGCAAGTCTGAAGCTGGTGATCCCGAAGTACCGAGTGGTCGTAGAAGAGACTA 1676
Query 1860 TGTCCCTTGTGCTGAACCAGGTTCAAGACTGCCTCATATGTATGTGAAAATACTGTCAGA 1919
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1677 TGTGCCTTGTGCTGAACCAGGTTCAAGACTGCCTCATATGTATATGAAAATACTGTCAGA 1736
Query 1920 TTCCACAAGAGAGGTTATTGTTTCTACACTGGATCTTGTTTCGACAGAGAAAGTGGAGTT 1979
||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1737 TTCCAAAAGAGATGTTATTGTTTCTACACTGGATCTTGTTTCGACAGAGAAAGTGGAGTT 1796
Query 1980 TCTACTTATAATATCGCCATTACAAGAGTCCTATGAGCTAGCTCATGCTACATTCAAAGT 2039
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1797 TCTACTTATAATATCGCCATTACAAGAGTCTTATGAGCTAGCTCGTGCTACATTCAAAGT 1856
Query 2040 CGCAAAAGAGTTTATGGCTAGTGTAAAAGTATGCGTGGTCTGGCCTAGTAGTGATGATGG 2099
|| ||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1857 CGGAAAAGAGTTAATGGCTAATGTAAAAGTATGTGTGGTCTGGCCTAGTAGTGATGAAGG 1916
Query 2100 TCTTGAAAGGAAGAGCAATTCAGCATTAGCTCCATGGGAAAATTATGTCGATGTTATGGA 2159
|||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1917 TCTTGAAAGGGAGAGCAATTCAGCAGTAGCTCCATGGGAAAATTATGTCGATGTTATGGA 1976
Query 2160 AGTTAAAAAACAAAATGGTGAAGGAACTTCGTGGTGGAGTATTTGTAAAATGTCAGAGAG 2219
||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 1977 AGTTATAAGACAAAATGGTGAAGGAACTTCTTGGTGGAGTATATGTAAAATGTCAGACAG 2036
Query 2220 AGGATCTATTTTAGTCCGTCCCGACCAACACATTGCTTGGCGAGCAAAGTCTGGTATTAC 2279
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2037 AGGATCTATTTTAGTCCGTCCTGACCAACACATTGCTTGGCGAGCAAAGTCTGGTATTAC 2096
Query 2280 TTTGGATCCTACTCTGCACATGAGAGATGTCTTCACCATCATACTAGGGAAACAATGATG 2339
||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| || |||||||||||
Sbjct 2097 TTTGGATCCTACTCTGCACATGAGAGATGCCTTCTCCATCATACTTGGTAAACAATGATG 2156
Query 2340 AACATCACAATTTTATTC 2357
|||| | |||||||||||
Sbjct 2157 AACAACGCAATTTTATTC 2174
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 92597385595
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5