BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G24460.1
Length=5737
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg472902 jgi|Araly1|472902|fgenesh2_kg.1__2856__AT1G24460.1 5518 0.0
> Ahg472902 jgi|Araly1|472902|fgenesh2_kg.1__2856__AT1G24460.1
Length=5190
Score = 5518 bits (2988), Expect = 0.0
Identities = 3342/3510 (95%), Gaps = 36/3510 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGCACGAGAAGGATGATCTTCCGCAGGATTCTATAGCTGATGGAATTGAGAATGATGAC 60
||||||||||| |||||||||||||| ||||| | ||| ||| | | |||| ||
Sbjct 1 ATGCACGAGAATGATGATCTTCCGCATGATTC---CGTTGA--GAA-T--G-ATGACGAA 51
Query 61 GAGTCTAATGGGCAAGAAGAAGAAGAGCTTGATCCTGACCAGGGAACAGCTTTCGTTGAT 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 52 GAGTCTAATGGGCAAGAAGAAGAAGAGCTTGATCCTGACCAGGGAACAGTTTTCGTTGAT 111
Query 121 AGTAAGGAAGATATGTTTGTTGATGCTCCTGAAGAGTTGAATTTTGATACACCTAGCAAG 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 112 AGTAAGGAAGATATGTTTGTTGATGCTCCTGAAGAGTTGAATTTTGATACACCTAGCAAG 171
Query 181 GAAGCTCTTACCAC--A-GATGACGATGATAATGATGACCTTGGA-ACTCATTTCAATAT 236
|||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||| | | |||||||||| |
Sbjct 172 GAAGCTCTTACCACAGATGATGATGATGATAATGATGACCTTGCATA-TCATTTCAATGT 230
Query 237 TGAGAAGGGGGATTGGGAGAAGGAACTTGCAGGGCTTCAGGAGCAGTTTAAGCTGTTGAC 296
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 231 TGAGAAGGAGGATTGGGAGAAGGAACTTGCAGGGCTTCAGGAGCAGTTTAAGCTGTTGAC 290
Query 297 TGGTGAGAATGATTTGACAGGTGAAGATGGGAACACTACTGTGGATATTGTCAGTCGCTT 356
||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 291 TGGTGTGAATGATTTGAAAGGTGAAGATGGGAGCACTACTGTGGATATTGTCAATCGCTT 350
Query 357 CTCGAAG-TTCTTAAAAACTGCCAAGGAAGAGCGGATTCAGCATGAGGTTGCACTCAAGG 415
||| ||| ||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 351 CTCAAAGCTTCTT-ATAACTGCCAAGGAAGAGAGGATTCAGCATGAGGTTGCACTCAAGG 409
Query 416 AGCTTCACGGGGTTATTAGTGGGAGGGACGATGAGATTGCTGATCTCACCACAAAAATCT 475
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 410 AGCTTCACGGGGTTATTAGTGGGAAGGACGATGAGATTGCTGATCTCACCACAAAGATCT 469
Query 476 CTGAGCTTTCTTCGTCGCAGCCGGTTTCCGAAATGGGTGATCAGGCACAGAACTTGGAGC 535
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||
Sbjct 470 CTGAGCTTTCTTCGTCACAGCCGGTTTCCGAAATGGGCGATCAGGCACAGAACATGGAGC 529
Query 536 ACCTTGAGGCTGCAACGGATAGGATTATGGTTTCTCTTAGTAATGTATTTGGGGAAGG-G 594
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |
Sbjct 530 ACCTTGAGGCTGCAACAGATAGGATTATGGTTTCTCTTAGTAATGTATTT-GGGCAGGAG 588
Query 595 GAGTTGCAGTATGGTTCTTCTATCTCTGAAAAGCTTGCTCATCTGGAGAACCGAGTTTCG 654
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 589 GAGCTGCAGTATGGTTCTTCTATCTCTGAAAAGCTTGCTCATCTAGAAAACCGAGTTTCG 648
Query 655 TTTTTAGGTGCAAAGTATACTGAGTTTTACTATGGTGCTGATCAGTTAAGGAAGTGTTTG 714
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 649 TTTTTAGGTGCAAAGTATACTGAATTTTACTATGGTGCTGATCAGTTAAGGAAGTGTTTG 708
Query 715 GCTAGTGATGTGTTGGATCTTAGTTTCCAAGAGGATTTTGGTTCAGCTCTTGGTGCTGCT 774
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 709 TCTAGTGATGTGTTGGATCTTAGTTTCCAAGAGGATTTTGGTTCAGCTCTCGGTGCTGCT 768
Query 775 TGTTCTGAGCTATTTGAGCTCAAACAGAAGGAAGCAGCCTTTTTTGAAAGACTTAGTCAT 834
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
Sbjct 769 TGTTCTGAGCTACTTGAGCTCAAACAGAAGGAAGCAGCCTTTTTGGAAAGACTTAGTCTT 828
Query 835 CTAGAAGATGAGAATAGGAACTTTGTTGAACAAGTGAACAGAGAGAAAGAAATG-TGTGA 893
||||||||||| |||||||| |||||||||| |||| ||||||| ||||||||| | |||
Sbjct 829 CTAGAAGATGAAAATAGGAATTTTGTTGAACGAGTGGACAGAGATAAAGAAATGAT-TGA 887
Query 894 GTCAATGAGAACAGAATTTGAAAAATTGAAGGCAGAGCTTGAGCTAGAAAAGACTAAGTG 953
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||
Sbjct 888 GTCAATGAGAACAGAATTTGAAAAATTGAAGGCAGAGCTTGAGCAAGAAAAGACAAAGTG 947
Query 954 TACTAACACAAAAGAAAAGCTCAGCATGGCCGTAACAAAGGGGAAGGCGTTAGTTCAGAA 1013
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 948 TACTAACACAAAAGAAAAGCTCAGCATCGCCGTAACAAAGGGGAAGGCGTTAGTTCAGAA 1007
Query 1014 CCGGGATGCTCTGAAGCATCAATTGTCTGAAAAAACAACAGAGCTTGCGAATAGGTTGAC 1073
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1008 TCGGGATGCTCTGAAGCATCAATTGTCTGAAAAAATAACAGAGCTTGCGAATAGGTTGAC 1067
Query 1074 TGAATTACAAGAGAAGGAGATTGCCCTTGAAAGTTCTGAAGTAATGAAGGGGCAGCTGGA 1133
||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1068 TGAATTACAAGAGAAAGAGATTGCCCTTGAAAATTCTGAAGTAGTGAAGGGGCAGCTGGA 1127
Query 1134 ACAATCGTTAACCGAAAAGACGGATGAACTTGAGAAATGCTATGCTGAATTGAATGATAG 1193
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1128 ACAATCGTTAGCCGAAAAGACGGATGAACTTGAGAAATGCTATGCTGAATTGAATGATAG 1187
Query 1194 GTCCGTATCCCTGGAAGCATATGAGCTAACAAAGAAGGAGTTGGAACAGTCTCTGGCTGA 1253
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1188 GTCCGTATCCCTGGAAGCATATGAGCTAACAAAGAAAGAGTTGGAACAGTCTCTGGCTGA 1247
Query 1254 AAAAACAAAAGAACTTGAAGAGTGTTTGACGAAACTACAAGAGATGTCAACAGCATTGGA 1313
||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1248 GAAAACCATAGAACTTGAAGAGTGTTTGATGAAACTACAAGAGATGTCAACAGCATTGGA 1307
Query 1314 TCAATCTGAACTCGACAAAGGCGAGTTAGCAAAATCCGATGCTATGGTTGCATCATATCA 1373
||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1308 TCAATCTGAACTCGAAAAAGGCGAGTTAGCCAAATCCGATGCTATGGTTGCATCATATCA 1367
Query 1374 GGAAATGTTATCGGTGAGGAACTCTATCATTGAAAATATTGAAACTATCCTGTCAAACAT 1433
||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1368 GGAAATGATATCGGTCAGGAACTCTACCATTGAAAATATTGAAACTATCCTGTCAAACAT 1427
Query 1434 ATATACACCTGAAGAAGGTCACTCTTTTGATATCGTTGAAAAAGTAAGGTCACTTGCAGA 1493
| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1428 AGATACACCAGAAGAAGGTCAGTCTTTTGATATCGTTGAAAAAGTTAGGTCACTTGCAGA 1487
Query 1494 AGAGAGGAAAGAGCTCACAAATGTTTCCCAGGAATACAACAGACTAAAAGATTTGATCGT 1553
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1488 AGAGAGGAAAGAGCTCATAAATGTTTCCCAGGAATACAACAGACTAAAAGATTTGATCTT 1547
Query 1554 TTCCATTGACTTACCAGAGGAGATGTCCCAATCCAGCTTAGAAAGTCGCCTAGCTTGGCT 1613
|||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1548 TTCCATTGACTTACCAGAGGAGATTTCTCAATCCAGCTTAGAAATTCGCCTAGCTTGGCT 1607
Query 1614 TAGAGAATCTTTTCTCCAGGGAAAAGATGAAGTTAATGCCTTGCAAAACCGGATTGAAAG 1673
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1608 TAGAGAATCTTTTCTCCAGGGAAAAGATGAAATTAATGCCTTGCAAAACCGGATCGAAAG 1667
Query 1674 TGTAAGCATGTCTCTTTCAGCAGAAATGGAGGAGAAAAGTAACATTAGAAAGGAACTGGA 1733
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1668 TGTAAGCATGTCTCTTTCAGCAGAAATGGAGGAGAAAAATAACATTAGAAAGGAACTGGA 1727
Query 1734 TGATTTAAGTTTCAGTTTGaaaaaaaTGGAGGAAACTGCAGAGCGAGGTTCGTTGGAGAG 1793
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1728 TGATTTAAGTTTCAGTTTGAAAAAAATGGAGGAAACTGCAGAGCGAGGTTCTTTGGAGAG 1787
Query 1794 GGAGGAAATTGTGAGGAGACTTGTGGAAACCTCTGGCTTGATGACAGAAGGAGTCGAAGA 1853
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1788 GGAGGAAATTGTGAGGAGACTTGTGGAAATCTCTGGCTTGATGACAGAAGGAGTCGAAGA 1847
Query 1854 TCATACTTCTTCAGATATCAATTTACTTGTTGATAGATCATTCGACAAGATAGAAAAGCA 1913
||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 1848 TCATAATTCTTCAGCTATCAATTTACTTGTTGATAGATCCTTCGAGAAGATAGAAAAGCA 1907
Query 1914 AATCAGGGATTCTAGTGATAGTTCTTATGGCAACGAAGAAATATTTGAAGCCTTTCAAAG 1973
||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||
Sbjct 1908 AATCAGGGATTCTAGCGACAGTTCTTATGGCAACGAAGAAATATTCGAAGGCTTTCAAAG 1967
Query 1974 TCTCCTTTATGTGAGAGATCTGGAGTTTTCACTTTGTAAGGAAATGCTAGGAGAGGGAGA 2033
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1968 TCTCCTTTATGTGAGAGATCTGGAGTTTTCACTTTGTAAGGAAATGCTAGGAGAGGGAGA 2027
Query 2034 GCTGATTAGCTTTCAGGTAAGCAATCTCTCAGATGAGCTAAAGATCGCATCTCAAGAACT 2093
|||| |||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2028 GCTGGTTAGCTTTCAGGTAAGCAATCTCTCAAATAAACTAAAGATCGCATCTCAAGAACT 2087
Query 2094 TGCTTTCGTGAAAGAAGAAAAAATTGCTTTGGAGAAAGATCTAGAGCGATCAGAGGAGAA 2153
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2088 TGCTTTCGTGAAAGAAGAAAAAATTGCTTTGGAGAAAGATCTTGAGCGATCAGAGGAGAA 2147
Query 2154 ATCTGCTTTGCTCAGAGACAAACTTTCTATGGCTATCAAGAAAGGCAAGGGACTAGTCCA 2213
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2148 ATCTGCTTTGCTCAGAGACAAACTTTCTATGGCTATCAAGAAAGGCAAGGGACTAGTCCA 2207
Query 2214 AGATAGGGAAAAGTTTAAAACTCAGTTGGATGAGAAAAAATCTGAAATCGAAAAGCTGAT 2273
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2208 AGATAGGGAAAAGTTTAAAACTCAGTTGGATGAGAAAAATTCTGAAATCGAAAAGCTGAT 2267
Query 2274 GCTCGAGTTGCAGCAGCTAGGTGGTACGGTTGATGGCTACAAGAATCAGATAGATATGTT 2333
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2268 GCTCGAGTTGCAGCAGCTAGGTGGTACGGTTGATGGCTACAAGAATCAGATAGATATGTT 2327
Query 2334 ATCGAGAGACTTAGAGCGCACGAAAGAGCTAGAGACTGAGCTTGTTGCTACTAAAGAAGA 2393
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||
Sbjct 2328 ATCGAGAGACTTAGAGCGCACGAAAAAGCTAGAGACTGAGCTTGTTGCAATTAAAGAAGA 2387
Query 2394 AAGAGATCAACTTC-AGCAATCCTTATCTCTAATTGACACGTTGTTGCAGAAAGTGATGA 2452
||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2388 AAGAGATCAAC-TCAAGCAATCCTTATCTCTAAATGACACGTTGTTGCAGAAAGTGATGA 2446
Query 2453 AATCAGTTGAAATTATAGCTCTCCCTGTTGATCTAGC---ATCTGAAGATCCTTCAGAAA 2509
||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||
Sbjct 2447 AATCAGTCGAAATTATAGCTGTCCCTGTTGATTTAGCAGTATCTGAGGATCCTTCAGAAA 2506
Query 2510 AGATTGACCGACTTGCTGGGTACATCCAAGAAGTGCAGCTGGCTAGA-GTAGAGGAACAA 2568
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 2507 AGATTGACCGACTTGCTGGGTACATCAAAGAAGTGCAGCTGGCTAGAGGT-GAGGAACAA 2565
Query 2569 GAAGAAATAGAAAAAGTAAAGTCAGAAGTTGATGCGTTAACCAGTAAATTAGCAGAAACC 2628
|||||| |||| ||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2566 GAAGAACTAGAGAAAGTAAAGGCAGAAGTTTATGCGTTAGCCAGTAAATTAGCAGAAACC 2625
Query 2629 CAAACAGCCCTGAAGTTGGTTGAGGATGCCTTGTCTACTGCAGAGGATAACATCAGTCGG 2688
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 2626 CAAACAGCCCTGAAATTGGTTGAGGATGCCTTGTCTACTGCAGAGGGTAACATCAGTCAG 2685
Query 2689 CTTACTGAGGAGAATAGA-AATGTCCAAGCTGCCAAGGAAAATGCTGAGCTTGAGCTGCA 2747
||||||||| | |||||| || |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||
Sbjct 2686 CTTACTGAGTACAATAGAGAA-GTCCAAGCTGCCAAGGAAAATGTTGACCTTGAGCTGCA 2744
Query 2748 AAAAGCAGTTGCAGATGCCTCCTCTGTAGCTAGCGAACTGGATGAAG-TTCTTGCAACCA 2806
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 2745 AAAAGCAGTTGCAGATGCCTCCTCTGTAGCTAGTGAACTGGATGAAGCTT-TTGCAACCA 2803
Query 2807 AAAGCACACTTGAAGCTGCACTCATGCAGGCTGAAAGAAATATATCTGATATTATTAGTG 2866
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2804 GAAGCACACTTGAAGCTGCACTCATGCAGGCTGAAAAAAATATATCTGATATTATTAGTG 2863
Query 2867 AAAAGGAAGAGGCTCAAGGCAGAACTGCTACTGCAGAGATGGAGCAAGAGATGCTGCAAA 2926
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||
Sbjct 2864 AAAAGGAAGAGGCTCAAGGCAGAACTGCTACTGCAGAGATGGAGCTAGAGATGGTGCAAA 2923
Query 2927 AAGAAGCTTCAATTCAGAAGAACAAATTAACAGAAGCACATAGCACCATAAATTCACTTG 2986
|||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2924 AAGAAGTTTCAGTTCAGAAGAACAAATTAACAGAAGCCCATAGCACCATAAATTCACTTG 2983
Query 2987 AAGAAACACTTGCTCAGACAGAAAGCAACATGGATTCGCTGTCCAAACAAATTGAAGATG 3046
|||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2984 AAGAGACACTTGCTCAGGCAGAAAGCAACATGGATTCGCTGTCCAAACAAATTGAAGATG 3043
Query 3047 ACAAAGTTCTTACTACAAGTTTAAAGAATGAGTTAGAGAAGCTTAAAATTGAGGCAGAAT 3106
||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| || |
Sbjct 3044 GCAAAGTTCTTAGTGCAAGTTTGAAGAATGAGTTAGAGAAGCATAAAATTGAGGCCGAGT 3103
Query 3107 TTGAGCGTAACAAGATGGCCGAAGCTTCCTTGACAATAGTATCCCAT-GAGGAGGCACTA 3165
||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||
Sbjct 3104 TTGAGCGTAGCAAGATGGCCGATGCTTCCTTGACAATAGGATCCC-TAGAGGAGGCACTA 3162
Query 3166 ATGAAGGCAGAGAATAGTCTTTCTGCTTTACAAGGAGAAATGGTGAAAGCTGAAGGCGAG 3225
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3163 ATGAAGGCAGAGAATAGTCTTTCTGCTTTACAAGGAGAAATGGTGAAAGCTGAAGGCGAG 3222
Query 3226 ATATCAACTCTCAGTAGTAAACTTAATGTATGCATGGAAGAGTTAGCTGGATCAAGCGGA 3285
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 3223 ATATCAACTCTCAGTAGTAAACTTAATGTATGCATGGAAGAGTTAGCTGGATCAAGTGGA 3282
Query 3286 AACTCACAGAGTAAATCTTTGGAGATTATTACTCATCTTGATAATCTCCAGATGCTACTG 3345
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3283 AACTCACAGAGTAAATCTTTGGAGATTATTGCTCATCTTGATAATCTCCAGATGCTACTG 3342
Query 3346 AAGGATGGAGGTCTAATTTCCAAGGTGAATGAATTCCTTCAAAGGAAGTTCAAGAGCCTT 3405
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3343 AAGGATGGAGGTCTAATTTCCAGGGTGAATGAATTCCTTCAAAGGAAGTTCAAGAGCCTT 3402
Query 3406 AGAGACGTGGATGTCATTGCTAGAGATATCACACGAAATATTGGTGAGAATGG-ATTATT 3464
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 3403 AGAGACGTGGATGTCATTGCTAGAGATATCACACGAAATATTGGTGAGAA-GGTATTATT 3461
Query 3465 GGCAGGGGAAATGGGCAACGCTGAGG-TAA 3493
||||| |||||| ||||||||||||| |||
Sbjct 3462 GGCAGCGGAAATCGGCAACGCTGAGGATAA 3491
Score = 1308 bits (708), Expect = 0.0
Identities = 771/802 (96%), Gaps = 2/802 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 4440 AGAGGCAAAGGAAAATCTAATTCCAGCTTCTGATATGCGAACCCTTTTTGACAAAATAAA 4499
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 4254 AGAGGCAAAGGAAATTCTAATTCCAGCTTCTGATATGCGTGCCCTTTTTGACAAAATAAA 4313
Query 4500 TGGTATTGAAGTGCCATCAGTAGATCTAGTCAACGGATTAGATCCACAGAGTCCATATGA 4559
|| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4314 TGATATTGAGGTGCCTTCAGTAGATCTAGTCAACGGATTAGATCCACAGAGTCCATATGA 4373
Query 4560 TGTGAAGAAGCTATTCGCGATTGTTGATAGTGTTACTGAGATGCAGCATCAGATAGACAT 4619
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 4374 TGTAAAGAAGCTATTCGCGATTGTTGATAGTGTTACTGAAATGCAGCATCAGATAGACAT 4433
Query 4620 CTTATCATATGGACAAAAAGAGCTCAATTCTACTTTGGCAGAAAAGGATCTTGAAATTCA 4679
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4434 CTTATCATATGGACAAAAAGAGCTCAATTCCACTTTGGCAGAAAAGGATCTTGAAATTCA 4493
Query 4680 AGGTCTAAAGAAGGCGACTGAAGCAGAGAGTACGACCGAGCTAGAGTTAGTGAAGGCAAA 4739
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4494 AGGTCTAAAGAAGGCGGCTGAAGCAGAGAGTACGACCGAGCTAGAGTTAGTGAAGGCAAA 4553
Query 4740 GAATGAACTGTCCAAGCTAATATCTGGCTTGGAAAAACTGCTGGGTATATTGGCAAGCAA 4799
|| |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 4554 GACTGAATTGTCCAAGCTAATATCTGGCTTGGAGAAACTGCTGGGTATATTGGCGGGCAA 4613
Query 4800 TAATCCTGTTGTAGACCCAAACTTCTCCGAGTCATGGACACTCGTACAAGCACTAGaaaa 4859
| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4614 TGATCCTGTTGTAGACCCAAACTACTCCGAGTCATGGACACTCGTACAAGCACTAGAAAA 4673
Query 4860 aaaGATAACTTCCCTTCTCCTAGAATCAGAGAGTTCAAAATCAAGGGCCCAAGAACTTGG 4919
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4674 AAAGATAACTTCCCTTCTCCTAGAATCAGAGAGTTCAAAATCAAGGGCCCAAGAACTTGG 4733
Query 4920 TTTAAAGTTGGCCGGTAGCGAGAAACTTGTCGATAAACTATC-ATTAAGAGTCAAAGAGT 4978
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| || || ||||||||| |
Sbjct 4734 TTTAAAGTTGGCCGGTAGCGAGAAAATTGTCGATAAATTATCTATAAA-AGTCAAAGAAT 4792
Query 4979 TTGAAGAGAAACTTCAAACCAAAGCAATTCAGCCTGATATTGTTCAAGAAAGAAGCATCT 5038
||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 4793 TTGAAGATAAACTTCAAAGCAAAGCAATTCAGCCTGATATTGTTCACGAAAGAAGCATCT 4852
Query 5039 TCGAAACACCGAGAGCACCTTCTACCTCAGAGATATCCGAGATTGAGGACAAGGGAGCCT 5098
||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4853 TCGAAGCACCAAGAGCACCTTCTACCTCAGAGATATCCGAGATTGAGGACAAGGGAGCCT 4912
Query 5099 TGGGAATAAAATCAATATCACCGGTGCCTACAGCAGCACAAGTGAGAACAGTGAGGAAGG 5158
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4913 TGGGGATAAAATCAATATCACCGGTGCCTACAGCAGCACAAGTGAGAACAGTGAGGAAGG 4972
Query 5159 GATCGACGGATCATCTTTCAATCAACATAGATTCAGAGTCCGAGCATCTGATGAACAACA 5218
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 4973 GATCGACGGATCATCTTTTAATCAACATAGATTCAGAGTCCGAGCATCTGATGAACCACA 5032
Query 5219 ACGAAACAGATGAAGATAAAGG 5240
||||||||||||||||||||||
Sbjct 5033 ACGAAACAGATGAAGATAAAGG 5054
Score = 1109 bits (600), Expect = 0.0
Identities = 670/704 (95%), Gaps = 4/704 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 3527 AGGATGATTCGACTGAGGCAAAATCGTTGTTGAGTGACCTTGATAATTCAGTGAACACAG 3586
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3485 AGGATAATTCGACTGAGGCAAAATCGTTGTTGAGTGACCTTGATAATTCAGTGAACACAG 3544
Query 3587 AGCCGGAGAATAGTCAAGGGAGTGCAGCTGATGAAGACGAAATTTCTTCATCCCTTAGGA 3646
||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3545 AGCCGGAGAATAGTCAAGGGAATGCAGCTAATGAAGACGAAATTTCTTCATCCCTTAGGA 3604
Query 3647 AGATGGCAGAGGGGGTCAGGCTGAGAAACAAAACCCTCGAGAATAACTTTGAGGGTTTCT 3706
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3605 AGATGGCAGAGGGGGTCAGGCTGAGAAACAAAACCCTCGAGAATAACTTTGAGGGTTTCT 3664
Query 3707 CAACTTCCATTGATACTCTCATAGCGACTTTGATGCAAAACATGACAGCAGCTAGGGCTG 3766
||||| ||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3665 CAACTAAAATTGACACTCTCATAGCGGCGGTGATGCAAAACATGACAGCAGCTAGGGCTG 3724
Query 3767 ATGTGTTAAATATCGTGGGTCATAATTCATCCTTGGAAGAACAGGTGAGGAGTGTGGAA- 3825
||||| |||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3725 ATGTGATAAATATCGTGGTTCATAATGCGTCCTTGGAAGAACAGGTGAGGAGTGTGGAAG 3784
Query 3826 AATATTGTTCGTGAACAGGAGAACACTATATCTGCATTACAAAAAGATTTGTCATCTTTG 3885
|| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3785 AA-ATTGTTCGCGAACAGGAGAACACTATATCTGCATTACAAAAAGATTTGTCATCTTTG 3843
Query 3886 ATATCTGCATGTGGTGCGGCTGCCAGAGAACTGCAGTTGGAAGTGAAAAATAACCTCTTA 3945
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3844 ATGTCTGCATGTGGTGCGGCTGCCAGAGAACTGCAGTTGGAAGTTAAAAATAACCTCTTA 3903
Query 3946 GAGTTGGTTCAATTCCAAGAAAATGAAAACGGTGGTGAGATGGAATCAACTGAAGACCCA 4005
||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||| | |||||||||||
Sbjct 3904 GAGCTGGTTCAGTTCCAAGAAAATGAAAATGGTGGTGAGACGGAATTAGCTGAAGACCCA 3963
Query 4006 CAGGAGCTTCATGTAAGTGAATGCGCCCAAAG-GATAAAAGAATTATCTTCTGCCGCAGA 4064
|||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3964 CAGGAGCTTCATGTAAGTGAATGCGCCCAAAGAG-TAAAAGAATTATCTTCTGCCGCAGA 4022
Query 4065 GAAGGCATGTGCTACTCTTAAACTCTTTGAGACAACAAATAATGCAGCTGCCACTGTAAT 4124
||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 4023 GAAGGCATGTGCTACTCTTAAGCTCTTCGAAACAACAAATAATGCAGCTGCCGCTGTAAT 4082
Query 4125 CCGAGATATGGAGAACAGGCTAACAGAAGCATCTGTCGCTCTAGAAAAGGCTGTGTTAGA 4184
||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 4083 CCGAGATATGGAGAATAGACTAACAGAAGCATCTGTCGCTCTAGAAAAGGTTGTGTTAGA 4142
Query 4185 AAGAGATCTAAACCAAACTAAGGTTTCAAGTTCTGAGGCCAAGG 4228
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4143 AAGAGATCTAAACCAAACTAAGGTTTCAAGTTCTGAGGCCAAGG 4186
Score = 217 bits (117), Expect = 9e-55
Identities = 121/123 (98%), Gaps = 0/123 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 5322 GGTCTCAGGTGGAAGAGTATTGATGAGCCGTCCTCAAGCAAGGCTTGGCGTTATGGTATA 5381
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 5068 GGTCTCAGGTGGAAGAGTATTAATGAGCCGTCCTCAAGCAAGGCTTGGCGTAATGGTATA 5127
Query 5382 CAGTCTCTTATTGCATCTGTGGCTCCTAGCCTCCATCTTGTAATCAAGACAGGTGACTCT 5441
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5128 CAGTCTCTTATTGCATCTGTGGCTCCTAGCCTCCATCTTGTAATCAAGACAGGTGACTCT 5187
Query 5442 TAG 5444
|||
Sbjct 5188 TAG 5190
Score = 135 bits (73), Expect = 3e-30
Identities = 73/73 (100%), Gaps = 0/73 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 4273 AAGGAAGAGAAATGGCATGAAAAAGAGGTGGAACTGTCTACGTTATATGATAAACTATTG 4332
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4183 AAGGAAGAGAAATGGCATGAAAAAGAGGTGGAACTGTCTACGTTATATGATAAACTATTG 4242
Query 4333 GTGCAAGAGCAAG 4345
|||||||||||||
Sbjct 4243 GTGCAAGAGCAAG 4255
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 217308741830
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5