BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G24560.1
Length=2504
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg472892 jgi|Araly1|472892|fgenesh2_kg.1__2846__AT1G24560.1 3694 0.0
> Ahg472892 jgi|Araly1|472892|fgenesh2_kg.1__2846__AT1G24560.1
Length=2346
Score = 3694 bits (2000), Expect = 0.0
Identities = 2237/2352 (95%), Gaps = 14/2352 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 154 CCTCCTTGGCGAAGCAATTGCGTCAATTCCTTGCACGCCACTATTA-CGACTACGAAAAT 212
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||| ||||| |||||
Sbjct 1 CCTCCTTGGCGAAGCAATTGCGTCAATCCCTTGCACGCTACTGTTATAAACTACAAAAAT 60
Query 213 CTAGATCGGAGAGAAGACTAAATTATCTTCACTGATCGCACGGTGAGATGGCTAACGGAG 272
|||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 61 CTAGATCGGAGAGAAGGCTAAATCGTCTTCACTGATCG-ACGGTGAGATGGCTAACGGAC 119
Query 273 CCGAT---GA-G--GATGCTGTCCTCAGCGATGTCGAGTCCGATGAACCAGCGCCTGTTG 326
||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 120 CCGATGAGGACGCCGATGCTGTCCTCAGCGATGTCGAGTCCGATGAACCAGCGCCTGTTG 179
Query 327 TTTTAAAGGATTCGCCGCGGGAAGAAGCATCGGATGAGAGGATAACGGAGCTAATAGCGG 386
||||||||||||| || |||||||||||||| || ||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 180 TTTTAAAGGATTCTCCCCGGGAAGAAGCATCTGAGGAGAGGATAACGGAGCTTATCGCGG 239
Query 387 AGCTTGATCGAGAGAAGAAAGCTCGAGAAGCGGCTGAGAGTTCGAAATCGGAGCTTCAGG 446
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 AGCTCGATCGAGAGAAGAAAGCTCGAGAAGCGGCTGAGAGTTCGAAATCGGAGCTTCAGG 299
Query 447 TTTCGTTCAATCGGTTAAAAGCTCTTGCTGTA-GAGGCAATCAAGAAGCGCGACGAGTCT 505
| |||||||||||||||||| |||||||| | |||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 300 TCTCGTTCAATCGGTTAAAATCTCTTGCT-CACGAGGCAATAAAGAAGCGTGACGAGTCT 358
Query 506 AAGCGAGAACGTGATGAAGCATTGAAGGAGAAGGAGAATCTAACAAATGAGCTTGAGAAT 565
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||
Sbjct 359 AAGCGAGAACGAGATGAAGCATTGAAGGAGAAGGAGAATTTAACAAAGGAGCTTGAGAAT 418
Query 566 GTTAATAAAGGTAAGGATGAGATGTCGAAGAAACTTGATGAGGCTTTGAGATCTAGAGAT 625
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||
Sbjct 419 GTTAATAAAGGTAAGGATGAGATGTCGAAGAAACTTGATGATGCTGTGAGATCTAGAGAT 478
Query 626 GGTTTAAAAGCAGAGATTGAGAATTCCTCGCATATGTTGGTTTCTGGGATTGAGAAGATA 685
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 479 GGTTTAAAAGCAGAGATTGAGAATTCCTCGCATATGTTGGTTTCTGGGATTGAGAAGATA 538
Query 686 TCTGGTAAAGTTAGCAGCTTTAAGAATTTTTCAAATGGTGGTCTTCCCAAGTCTCAGAAA 745
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||
Sbjct 539 TCTGCTAAAGTTAGCAGCTTTAAGAATTTTTCAAATGGAGGTCTTCCTAAGTCTCAGAAA 598
Query 746 TATACAGGTTTGACTTCTGTAGCTTATGGAGTTATTAAGCGTACTAATGAAATCGTGGAA 805
|| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 599 TACACAGGTCTGGCTTCTGTAGCTTATGGAGTTATTAAGCGTACTAATGAAATTGTGGAA 658
Query 806 GAGCTTGTTAGGCAGATTGATACGACTGCAAAGTCGAGGAATGAAGCTAGGGAGCAGATG 865
||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| |||||||||
Sbjct 659 GAGCTTGTTAGGCAGATTGATACGACTGCCAAGTCCAGAAATGAAGCTAGAGAGCAGATG 718
Query 866 GACCAACGGAATTATGAGATAGCTATTGAGGTTTCTCAGTTGGAATCTGCGATCAGTAAT 925
|||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 719 GACCAACGGAATTACGAGATAGCTATTGAAGTTTCTCAGCTGGAATCTGCGATCAGTAAT 778
Query 926 TTAAGATTAGAGGTTGCGGAAAAGGCTTCGATTGTTGATGATTTAGAGAGGGGTGTGAGT 985
||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 779 TTACGATTAGAGGTTGCAGAGAAGGCTTCGATTGTTGATGATTTAGAGAGGAGTGTGAGT 838
Query 986 GAGAAAGAGAAGAGGATTGCTGAACTTGAGAAAGGTAATTTAGAGAAGGTCAGTTTGCTG 1045
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||
Sbjct 839 GAGAAAGACAAGAGGATTGCTGAACTTGAGAAAGGTAATTTAGAGAAGGTAAGTGTGCTG 898
Query 1046 GAAGGTGAAGTTGTGGAGCTGAAACAGTTGGTTGATGAGTATGATGGGAAGTTGAAGACT 1105
|||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 899 GAAGGTGAGGTTGTGGAGCTGAAACAGTTAGTTGATGAGTATGATGGGAAGTTGAAGACT 958
Query 1106 ATGGAACTGAAGATGGTAGCTCAACGTCCTTTGTTGATGGATCAGCTTAATCTTGTGTCA 1165
||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 959 ATGGAACTGAAGATGGTTGCTCAGCGTCCTTTGTTGATGGATCAGCTGAATCTTGTGTCA 1018
Query 1166 AGGATCCATGACCAGCTTTACGAGGTTGTAAGGATAGTTGACGGGAATAGTTCAGAACAG 1225
||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1019 AGGATTCATGACCAACTTTACGAGGTTTTAAGGATAGTTGACGGAAATAGTTCAGAACAG 1078
Query 1226 TCAGATTTGTCTGAGTCTTTCTTTATGCCTCAAGAGACAGAGATGGAGGAGAACATTCGA 1285
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1079 TCGGATTTGTCTGAGTCTTTCTTTATGCCTCAAGAGACAGAGATGGAGGAGAACATTCGA 1138
Query 1286 GCTTCTTTAGCAGGTATGGAATCCATCTTCGAACTGACCAAAGTGGTTTCTGGGAAAGCA 1345
||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||
Sbjct 1139 GCTTCATTAGCAGGTATGGAATCCATCTTTGAACTGACCAAGGTGGTTTCTGGGAAAACA 1198
Query 1346 CAGAGTTTGGTGGAAGAGAAGAGCCATGAACTGAAGAATTTGAATGAAACTGTGGGTCTA 1405
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1199 CAGAGTTTGGTGGAAGAGAAGAGCCATGAACTGAAGAATTTGAATGAAACTTTGGGTCTA 1258
Query 1406 TTAGTTAAGGAAAAAGAACATATTGGTACTTTACTGAGGAGCGCTTTGTCCAAAAGGGTG 1465
||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1259 TTAGTTAAGGAGAAGGAACATATTGGTACTTTACTGAGGAGCGCTTTGTCCAAAAGGATG 1318
Query 1466 ATAGGAGAGCAGCCATCTCAAAAAAGAGAATTGTTTCAAGCTGCAGAGAATGGTTTGAGG 1525
||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1319 ATAGGAGAGCAGCCAGCCCAAAAAAGAGAATTGTTTCAAGCTGCAGAGAATGGTTTGAGG 1378
Query 1526 GATGGTGGTACTGATTCTAAATTTGCTAAACTCTTAAAGGATGGGAAGGTTCAGGACTCT 1585
|||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1379 GATGCTGGTACTGATTCCAAATTCGCTAAACTCTTAAAGGATGGGAAGGTTCAGGACTCT 1438
Query 1586 CGTAGTGATAATACTCATGACCATAGTAAAGAAGACAATGAAATATACTCCCTGGCCAGC 1645
||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1439 CGTAGTGATAATACTGATGACCATAGTACAGAAGACAACGAAATATACTCCCTGGCCAGC 1498
Query 1646 ACATTGGAGAATATTGTCAAGGCATCTCAGCTCGAGATCGTCGAACTGCAGCACTTGTTG 1705
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1499 ACATTGGAGAATATTGTCAAGGCATCTCAGCTCGAGATCGTCGAACTGCAGCACTTGTTG 1558
Query 1706 GAAGCATCAAGGGAAGAGACTAGTTCTCTTAGAAAACAATTGGACACTCAGACAAAGGAG 1765
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1559 GAAGAATCAAGGGAAGAGACTAGTTCTCTTAGAAAACAATTGGACACTCAGACAAAGGAG 1618
Query 1766 CTTAACCAGAGAATGCGCCAAATAGAAGAACTTAAAGAAAAGGAGAGGATAGCAAACGAA 1825
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1619 CTTAACCAGAGAATGCGCCAAATAGAAGAACTTAAAGAAAAAGAGAGGATAGCAAACGAA 1678
Query 1826 AACGTTGAAGGGCTTATGACTGACATTGCTGCTGCTGAAGAAGAAATAACAAGATGGAAA 1885
||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1679 AACGTTGAAGGACTTATGACTGACATTGCTGCTGCGGAAGAAGAAATAACAAGATGGAAA 1738
Query 1886 GTAGCAGCCGAGCAGGAGGCTGCTGCTGGTGGAGCTGTTGAACAAGACTTCACGTCACAG 1945
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1739 GTAGCAGCCGAGCAGGAGGCTGCTGCTGGTGGAGCTGTTGAACAAGACTTCACATCACAG 1798
Query 1946 CTGTATGTGCTAAAAGAAGAACTTGAAGAGGCAAAGCAAGCAATAATAGAATCAGAAAAG 2005
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1799 CTGTATGTGCTAAAAGAAGAACTTGAAGAGGCAAAGCAAGCAATAATAGAATCAGAAAAG 1858
Query 2006 AAACTAAAGTTTAAGGAAGAGACGGCAGCAGCAGCAATGGGTGCAAGGGATGCAGCAGAG 2065
|||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1859 AAACTAAAGTTTAAGGAAGAGACGGCTGCTGCAGCCATGGGTGCAAGGGATGCAGCAGAG 1918
Query 2066 AGATCTCTGAGACTCGCAGACAATAGGGCGACTAAGTTGAGGGAAAGAATCCAAGAACTA 2125
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1919 AGATCTCTGAGACTCGCAGACAATAGGGCTACTAAGTTGAGGGAAAGAATCCAAGAGCTA 1978
Query 2126 AACCGTAAAGTTGAAGAATTAGAAACCCATCGAGATATGAATACTTCAAACAGAGCTAGA 2185
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1979 AACCGTAAAGTTGAAGAATTAGAAACCCATCGGGATATGAATACTTCAAACAGAGCTAGA 2038
Query 2186 TATGCGTGTTGGCCATGGCAACTTCTCGGGATTGATTTTGTGGGAAGTCGAAGAATTGAG 2245
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2039 TATGCGTGTTGGCCATGGCAACTTCTCGGGATTGATTTTGTGGGAGGTCGAAGAATTGAG 2098
Query 2246 TCGGGACAAGAAAGTGCGAACGAGATGGAACTCGCTGAACCTCTACTATGAGAAAAACCG 2305
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2099 TCAGGACAAGAAAGTGCGAACGAGATGGAACTCGCTGAACCTCTACTATGAGAAA--CCG 2156
Query 2306 GTACTGTATACCAAAACCATACTCTCTGTATTTGTTTTTGATTTTTATGTATATACCACC 2365
|||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2157 GTACTG-ATACCAATACCATACTCTCTGTATTTGTATTTGATTTTTGTGTATATACCACC 2215
Query 2366 TGAAAAATGTTTTTAAAAGCTTTAACACGTTCTCATGTTGTAATGTTTGAGTTAAAGAAG 2425
||||||| || ||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2216 TGAAAAAAGTCTTTCAAAGCTTTAACATGTTTTCATGTTGTAATGTTTGAGTAAAAGAAG 2275
Query 2426 TTTAATTTGGAGGCTTGGCGAAAAGTAAGATGTTTCCCACACCCAAACAGTGATCAATAA 2485
||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||| ||||||
Sbjct 2276 TTTAATTTGGAGGCTTGGCGAAAAGTAGGGTGTTTCCCACACCCAA-CAGTGAACAATAA 2334
Query 2486 AATATAAAACTT 2497
| ||| ||||||
Sbjct 2335 ATTATGAAACTT 2346
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 94387627110
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5