BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G25350.2
Length=2602
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg472840 jgi|Araly1|472840|fgenesh2_kg.1__2794__AT1G25350.1 4135 0.0
Ahg893903 jgi|Araly1|893903|Al_scaffold_0006_1899 1339 0.0
Ahg908402 jgi|Araly1|908402|Al_scaffold_0002_1483 259 7e-68
> Ahg472840 jgi|Araly1|472840|fgenesh2_kg.1__2794__AT1G25350.1
Length=2597
Score = 4135 bits (2239), Expect = 0.0
Identities = 2472/2582 (96%), Gaps = 26/2582 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 4 AAACCCTAAGGTGGTCTCACTT-TCGTTTCTGTTACTTTGTCAGTTTCGTCGCCATGGTT 62
||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1 AAACCCTAAGGAGGTCTCATTTCTCGTTTCTGTTACTTTGTCAGCTTCGTCGCCATGGTT 60
Query 63 CTCAAAGACGATAACTCCGAGAAATCTATTGAGCTCTTCATTAGTATTGGTTTGGACGAG 122
|||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||| |||| |||||||||||||||
Sbjct 61 CTCAAAGACGATAACTCCGACAAATCTGTCGAGCTCTTCCTTAGCATTGGTTTGGACGAG 120
Query 123 AAAACAGCTCGTAATACCATCAATAATAACAAGGTCACCGCCAATCTCACCGCCGTTATC 182
|||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 AAAACAGCTCGTAATACCATTAACAACAACAAGGTCACCGCCAATCTCACCGCCGTTATC 180
Query 183 CACGAGGCTGCTGTTACTGATGGGTGCGATCGAAATACTGGCAATCTGTTATACTCGGTC 242
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||
Sbjct 181 CACGAGGCTGCTGTTACTGATGGGTGCGATCGAAATACTGGAAATCTTTTGTACTCGGTC 240
Query 243 GCTACTAAGTTCCCTACAAATGCTCTTGTGCATCGCCCTACATTGCTCAAGTACATTGTT 302
|||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 GCTACTAAGTACCCTGCAAATGCTCTTGTGCATCGTCCTACATTGCTCAAGTACATTGTT 300
Query 303 AACTCTAAGATTAAAACTCCAGCCCAATTGGAAGCTGCATTTGCCTTTTTTGCCAGTACC 362
| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 301 ACCTCTAAGATTAAGACTCCAGCCCAATTGGAAGCTGCATTTGCCTTTTTTGCCAATACC 360
Query 363 GGTCCTGAGGACTTTAAGCTGAATGAGTTTGAAGAGGCATGTGGTGTTGGGATTGAAGTT 422
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 GGTTCTGAGGACTTTAAGCTGAATGAGTTTGAAGAGGCATGTGGTGTTGGGATTGAAGTT 420
Query 423 TCCCCAGAAGATATTGAGAAAGCAGTTAAAGGAATCTTTGAAGAGAATAAGAAAACAATA 482
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||
Sbjct 421 TCCCCAGAAGATATTGAGAAAGCAGTTAAGGGAATCTTTGAAGACAATAAGACAACAATA 480
Query 483 TTGGAGCAGCGCTATCGAACTAATGTGGGTGAATTATTTGGACATGTCCGGAAAAGTTTG 542
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 481 TTGGAGCAGCGCTATCGAACTAATGTGGGTGAATTATTTGGACATGTCCGGAAAATTTTG 540
Query 543 CCATGGGCCGATCCTAAGATTGTAAAGAAACTCATAGATGAGAAAATGTATGAGCTGCTT 602
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 541 CCATGGGCAGATCCTAAGATTGTAAAGAAACTCATAGATGAAAAAATGTATGAACTGCTT 600
Query 603 GGTGAGAAAACCGCTGCTGATAATgaaaaacctacaaaaaagaaggagaagaaggagaag 662
||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 GGTGAGAAAACTGCTGCTGATAACGAAAAACCTACAAAAAAGAAGGAGAAGAAGGAGAAG 660
Query 663 cctgccaaagtcgaggaaaagaaagCTGTGGTGGAAACTACCGCAGAGCCATCTGAAGAG 722
||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 CCTACCAAAGTCGAGGAAAAGAAAGCTGTTATGGAAACTACCGCAGAGCCATCTGAAGAG 720
Query 723 GAGCTTAATCCATATACTATATTCCCTCAGCCAGAACAAAATTTTATGGTTCACACAGAA 782
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 GAGCTTAATCCATATACTATATTCCCTCAGCCAGAGCAAAATTTTATGGTTCACACAGAA 780
Query 783 GTGTTTTTCAGTGATGGCTCTATTCTCAGATGTAGCAATACAAAGGAAGTACTTGACAAA 842
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 781 GTGTTTTTCAGTGATGGCTCTATTCTCAGATGTAGCAATACAAAGGAAGTGCTTGACAAA 840
Query 843 CATCTCAAGGTGACTGGAGGGAAAGTTTATACTCGGTTCCCCCCTGAACCAAATGGGCTA 902
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 841 CATCTCAAGGTGACTGGAGGGAAAGTTTATACTCGGTTCCCCCCTGAACC-AA------A 893
Query 903 TGGTTTTATGTTCGTTTCCAATGCTTGTAC-TTCC-AGGCTATGTTTGTTGATTTTGGTC 960
||| ||| || | | || ||| || | || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 894 TGG--TTA---TC---TAC-AT-ATTGGACATGCCAAGGCTATGTTTGTTGATTTTGGTC 943
Query 961 TTGCAAAGGAGCGAGGGGGTTGCTGTTATCTAAGGTATGATGATACAAATCCAGAGGCAG 1020
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 944 TTGCAAAGGAGCGAGGGGGCTGCTGTTATCTAAGGTATGATGATACAAATCCAGAGGCAG 1003
Query 1021 AAAAGGAAGAGTATATTAATCATATTGAAGAAATTGTTAAG-TGGATGGGTTGGGAACCC 1079
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 1004 AAAAGGAAGAGTATATTAATCACATTGAAGAAATTGTT-AGCTGGATGGGTTGGGAACCC 1062
Query 1080 TTCAAGATTACATACACCAGTGATTATTTCCAGGAACTGTATGATTTGGCAGTGGAGTTG 1139
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1063 TTCAAGATTACATACGCCAGTGATTATTTCCAGGAACTGTATGATTTGGCAGTGGAGTTA 1122
Query 1140 ATTCGGAGAGGTCATGCTTATGTTGATCATCAGACT-GCTGATGAGATAAAAGAGTACAG 1198
||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||
Sbjct 1123 ATTCGGAGAGGTCGTGCTTATGTTGATCATCAGACTGGC-GATGAGATAAAAGAGTACAG 1181
Query 1199 AGAGAAGAAAATGAACAGCCCCTGGAGGGACAGACCTATTGAAGAATCTCTAAAACTTTT 1258
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1182 AGAGAAGAAAATGAACAGCCCCTGGAGGGACAGGCCTATTGAAGAATCTCTAAAACTTTT 1241
Query 1259 TGATGAAATGAGACGAGGCATCATTGAGGAAGGGAAGGCAACCCTAAGAATGAAGCAAGA 1318
||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1242 TGACGAAATGAGACGAGGCATGATTGAGGAAGGGAAGGCAACCCTAAGAATGAAGCAAGA 1301
Query 1319 TATGCAGAGTGACAATTTTAATATGTATGATCTTATTGCCTATCGAATAAAGTTCGCACC 1378
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1302 TATGCAGAGTGACAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCCTATCGAATAAAGTTCGCACC 1361
Query 1379 TCATCCTAAGGCTGGTGACAAGTGGTGTATCTATCCGAGTTATGATTATGCCCACTGCAC 1438
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1362 TCATCCTAAGGCTGGTGACAAGTGGTGTATCTATCCGAGTTATGATTATGCCCACTGCAC 1421
Query 1439 TGTTGATTCTCTTGAGAATATAACGCATTCGCTCTGTACTCTTGAATTTGAAACCCGGCG 1498
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1422 TGTTGATTCTCTTGAGAATATAACGCATTCGCTCTGTACTCTTGAATTTGAAACCCGGCG 1481
Query 1499 TGCTTCATACTATTGGCTGTTACATTCCCTGAGTCTCTACATGCCATATGTGTGGGAATA 1558
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1482 TGCTTCATACTATTGGCTGTTACATTCTCTGAGTCTCTACATGCCATATGTGTGGGAATA 1541
Query 1559 TTCACGGTTGAATGTGACAAACACTGTAATGTCCAAGCGTAAGTTGAATTACATAGTGAC 1618
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1542 TTCACGGTTGAATGTGACAAATACTGTAATGTCCAAGCGTAAGTTGAATTACATAGTGAC 1601
Query 1619 AAACAAGTATGTTGATGGTTGGGATGATCCACGTCTTTTGACACTTTCTGGTTTGAGACG 1678
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1602 AAACAAGTATGTTGATGGTTGGGATGATCCACGTCTTTTGACACTTTCTGGTTTGAGGCG 1661
Query 1679 GAGGGGTGTGACTTCAACTGCGATTAATGCATTTGTACGAGGCATTGGGATTACTAGAAG 1738
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 1662 GAGGGGTGTGACTTCAACTGCGATTAATGCATTTGTACGAGGAATTGGGATTACCAGAAG 1721
Query 1739 TGATGGTAGCATGATACACGTAAGTCGTCTTGAGCATCATATTAGAGAGGAATTGAATAA 1798
|||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1722 TGATGGTAGCATGATACATGTGAGTCGTCTTGAGCACCATATTAGAGAGGAATTGAATAA 1781
Query 1799 AACAGCCCCTCGCACCATGGTGGTGCTTAATCCTCTTAAAGTGGTCATCACCAATTTGGA 1858
|||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1782 AACAGCTCCTCGCACTATGGTGGTGCTTAATCCTCTTAAAGTGGTCATCACCAATTTGGA 1841
Query 1859 ATCAGACAAGCTTATAGAGCTTGATGCCAAAAGGTGGCCTGATGCTCAGAACGATGATCC 1918
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1842 ATCAGACAAGGTTATAGAGCTTGATGCCAAAAGGTGGCCTGATGCTCAGAACGATGATCC 1901
Query 1919 CTCAGCATTCTACAAGGTACCGTTCTCTAGAGTTGTATACATTGACCAATCTGACTTCCG 1978
||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1902 CTCGGCATTCTACAAGGTACCGTTCTCGAGAGTTGTATACATTGATCAATCTGACTTCCG 1961
Query 1979 AATGAAGGATTCAAAAGATTATTATGGGCTCGCCCCTGGTAAATCTGTTTTGCTAAGATA 2038
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||
Sbjct 1962 AATGAAGGATTCAAAAGATTATTATGGGCTCGCCCCTGGTAAATCTATCTTGCTAAGATA 2021
Query 2039 TGCTTTCCCAATCAAGTGCACCAATGTTGTCTTTGCTGATGACAATGAAACCGTTCGTGA 2098
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2022 TGCTTTCCCAATCAAGTGCACCAATGTTGTCTTTGCTGATGACAATGAAACCGTTCGTGA 2081
Query 2099 GATTCATGCGGAATATGACCCCGAGAAAAAGTCAAAGCCAAAGGGGGTTCTACACTGGGT 2158
||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2082 AATTCATGTGGAATATGACCCTGAGAAAAAGTCAAAGCCAAAGGGGGTTCTACACTGGGT 2141
Query 2159 CGCTGAATCTTCCCCAGGAGAAGAGCCCATAAAGGTGGAAGTCCGATTATTTGAGAAACT 2218
||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2142 CGCTGAATCTTCCCCAGGAAAAGAGCCCATAAAGGTTGAAGTCCGATTATTTGAGAAACT 2201
Query 2219 CTTTAACTCCGAGAACCCGGCTGAACTCAATGATGCTTGGCTCACTGACATTAACCCAAA 2278
||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2202 CTTTAACTCCGAGAACCCGGCTGAACTCAATAATGATTGGCTCACCGACATTAACCCAAA 2261
Query 2279 CTCTAAAATGGTAATTTCTGGTGCCTATGCTGTATCAACCCTTAAAGATGCTGCAGTTGG 2338
||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2262 CTCCAAAGTGGTAATTTCTGGTGCCTATGCTGTATCAACCCTTAAAGATGCTGCAGTCGG 2321
Query 2339 GGACAGATTCCAATTCGAGAGGCTAGGTTATTACGCGGTGGACAAGGACTCTGAGCCAGG 2398
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2322 GGACAGATTCCAATTCGAGAGGCTAGGTTATTACGCGGTGGACAAGGACTCTGAGCCAGG 2381
Query 2399 AAAGCTTGTGTTCAACCGGACGGTCACACTCAGAGACAGCTACGGGAAAGGTGGAAAGTA 2458
|||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2382 AAAGCTTGTGTTTAACCGGACGGTCACGCTCAGAGACAGCTATGGGAAAGGTGGAAAGTA 2441
Query 2459 AAACACTCCACCCATATTAACATTTTGTTGGTCAAAATTCCCCCGAAAGGGTTTTATAAC 2518
|||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||| |||||| || |||||
Sbjct 2442 AAACACTCCACCCATATTAACACTTTGTTGGTGAAAACTCCCCC-AAAGGGGTT-ATAAC 2499
Query 2519 AACAGTAAATGAAATCGTTTGGTTTGATACGCACATTGTACAACAGTTGGTTTTTTATTT 2578
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 2500 AACAGTAAATGAAATCGTTTGGTTTGATACGCACATTGTGCAACAGTTAGTTTTTTATTT 2559
Query 2579 CT 2580
||
Sbjct 2560 CT 2561
> Ahg893903 jgi|Araly1|893903|Al_scaffold_0006_1899
Length=2358
Score = 1339 bits (725), Expect = 0.0
Identities = 971/1091 (89%), Gaps = 11/1091 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1371 TTCGCACCTCATCCTAAGGCTGGTGACAAG-TGGTGTATCTATCCGAGTTATGATTATGC 1429
||| |||| |||||| | |||||||| || ||| |||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1270 TTCACACCCCATCCTCATACTGGTGAC-AGATGGCGTATCTATCCGACCTATGATTATGC 1328
Query 1430 CCACTGCACTGTTGATTCTCTTGAGAATATAACGCATTCGCTCTGTACTCTTGAATTTGA 1489
|||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1329 CCACTGCATTGTTGATTCTCTTGAAAATATAACACATTCGCTCTGCACTCTTGAATTTGA 1388
Query 1490 AACCCGGCGTGCTTCATACTATTGGCTGTTACATTCCCTGAGTCTCTACATGCCATATGT 1549
||| | |||||||| ||||||||| | ||||| || ||| ||||||||||||| |||||
Sbjct 1389 GACCAGACGTGCTTCTTACTATTGGTTATTACACTCGCTGGGTCTCTACATGCCGTATGT 1448
Query 1550 GTGGGAATATTCACGGTTGAATGTGACAAACACTGTAATGTCCAAGCGTAAGTTGAATTA 1609
|||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||
Sbjct 1449 GTGGGAGTATTCGCGGTTGAATGTCACAAACACTGTTATGTCCAAGCGTAAGCTGAACTA 1508
Query 1610 CATAGTGACAAACAAGTATGTTGATGGTTGGGATGATCCACGTCTTTTGACACTTTCTGG 1669
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||
Sbjct 1509 CATTGTGACAAACAAGTATGTTGATGGTTGGGATGATCCACGTCTTTTAACACTTGCTGG 1568
Query 1670 TTTGAGACGGAGGGGTGTGACTTCAACTGCGATTAATGCATTTGTACGAGG-CATTGGGA 1728
|||||| ||||| ||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||| | |||| |
Sbjct 1569 TTTGAGGCGGAGAGGTGTAACTCCTACTGCGATTAATGCATTTGTACGAGGAC-TTGGAA 1627
Query 1729 TTACTAGAAGTGATGGTAGCATGATACACGTAAGTCGTCTTGAGCATCATATTAGAGAGG 1788
|||| ||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1628 TTACCAGAAGTGATGGTAGCCTGATACATGTGAGTCGTCTTGAGCATCATATTAGAGAGG 1687
Query 1789 AATTGAATAAAACAGC-CCCTCGCACCATGGTGGTGCTTAATCCTCTTAAAGTGGTCATC 1847
| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||
Sbjct 1688 AGTTGAATAAAACAGCTCCC-CGCACCATGGTGGTGCTGAATCCTCTTAAGGTGGTTATC 1746
Query 1848 ACCAATTTGGAATCAGACAAGCTTATAGAGCTTGATGCCAAAAGGTGGCCTGATGCTCAG 1907
|||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 1747 ACCAATTTGGAAGCAGACAAGGTTATGGAGCTTGATGCTAAAAGATGGCCTGATGCTCAG 1806
Query 1908 AACGATGATCCCTCAGCATTCTACAAGGTACCGTTCTCTAGAGTTGTATACATTGACCAA 1967
||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||| |||
Sbjct 1807 AACGATGATCCCTCAGCATTCTACAAGGTTGCGCTCTCTAGAGTTATATACATTGAGCAA 1866
Query 1968 TCTGACTTCCGAATGAAGGATTCAAAAGATTATTATGGGCTCGCCCCTGGTAAATCTGTT 2027
|||||||||| || | ||||||||||| |||||| ||| || |||||||||||||| |
Sbjct 1867 TCTGACTTCCAAAAGGAGGATTCAAAAAATTATTTTGGACTTGCCCCTGGTAAATCAGCC 1926
Query 2028 TTGCTAAGATATGCTTTCCCAATCAAGTGCACCAATGTTGTCTTTGCTGATGACAATGAA 2087
||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||
Sbjct 1927 TTGCTTCGATACGCTTTCCCAATCAAGTGCACCAACGTTGTCTTTGCTAATGACACTGAA 1986
Query 2088 ACCGTTCGTGAGATTCATGCGGAATATGACCCCGAGAAAAAG-TCAAAGCCAAAGGGGGT 2146
|||||| |||||||||||| ||| ||||| || ||||||||| | |||||||||||| ||
Sbjct 1987 ACCGTTTGTGAGATTCATGTGGAGTATGATCCTGAGAAAAAGAT-AAAGCCAAAGGGTGT 2045
Query 2147 TCTACACTGGGTCGCTGAATCTTCCCCAGGAGAAGAGCCCATAAAGGTGGAAGTCCGATT 2206
||||||||||||| ||| |||||| |||||| |||||||||| ||||| |||||||| ||
Sbjct 2046 TCTACACTGGGTCCCTGCATCTTCACCAGGAAAAGAGCCCATTAAGGTTGAAGTCCG-TT 2104
Query 2207 -ATTTGAGAAACTCTTTAACTCCGAGAACCCGGCTGAACTCAATGATGCTTGGCTCACTG 2265
||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |
Sbjct 2105 CATTTGAGAACCTCTTTAATTCCGAGAACCCAGCTGAACTCAATGATGATTGGCTCACCG 2164
Query 2266 ACATTAACCCAAACTCTAAAATGGTAATTTCTGGTGCCTATGCTGTATCAACCCTTAAAG 2325
|||||||||| ||||| ||| ||||| |||||| |||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 2165 ACATTAACCCCAACTCCAAAGTGGTAGTTTCTGATGCCTATGCTTTATCAACCATTAAAG 2224
Query 2326 ATGCTGCAGTTGGGGACAGATTCCAATTCGAGAGGCTAGGTTATTACGCGGTGGACAAGG 2385
||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||
Sbjct 2225 ATGCTGCCGTTGGGGACACATTCCAGTTCGAGAGGCTAGGTTATTACACGGTTGACAAGG 2284
Query 2386 ACTCTGAGCCAGGAAAGCTTGTGTTCAACCGGACGGTCACACTCAGAGACAGCTACGGGA 2445
||||| | || |||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||| ||||| ||
Sbjct 2285 ACTCTAAACCGGGAAAGCTTGTGTTTAACCGGACGGTCACGCTCAAAGACGGCTACAAGA 2344
Query 2446 AAGGTGG-AAA 2455
||||||| |||
Sbjct 2345 AAGGTGGGAAA 2355
Score = 1042 bits (564), Expect = 0.0
Identities = 838/965 (87%), Gaps = 39/965 (4%)
Strand=Plus/Plus
Query 415 TTGAAGTTTCCCCAGAAGATATTGAGAAAGCAGTTAAAGGAATCTTTGAAGAGAATAAGA 474
||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||| |||| ||
Sbjct 305 TTGAAGTTTCCCCAGAAGATATTGAGAAAACAGTCAAACAAATCTTTGAAGAAAATATGA 364
Query 475 AAACAATATTGGAGCAGCGCTATC-GAACTAATGTGGGTGAATTATTTGGACATGTCCGG 533
||||||||||||||||||| | | |||||| ||||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 365 AAACAATATTGGAGCAGCGGT-CCAGAACTAGTGTGGGTAAATTAACCGGACATGTCCGG 423
Query 534 AAAAGTTTGCCATGGGCCGATCCTAAGATTGTAAAGAAACTCATAGATGAGAAAA-TGTA 592
||||||||||||||||| |||||| ||| ||| | || | ||||||| || |||| ||||
Sbjct 424 AAAAGTTTGCCATGGGCAGATCCTGAGACTGTTAGGAGAGTCATAGAAGA-AAAACTGTA 482
Query 593 TG-AGCTGCTTGGTGAGAAAACCGCTGCTGATAATgaaaaacctacaaaaaagaaggaga 651
|| | ||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 483 TGCA-TTGCTTGGCGAGAAAACAGCTGCTGACAATGAGAAACCTACAAAAAAGAAGGAGA 541
Query 652 agaaggagaagcctgccaaagtcgaggaaaagaaagCTGTGGTGGAAACTA-CCGCAGAG 710
|||| |||||||| ||||||| | | |||||||||| ||||| ||| || || |
Sbjct 542 AGAAAGAGAAGCCCACCAAAGT--A-G---AGAAAGCTGTTTTGGAAGCTATCC-CACAT 594
Query 711 CCATCTGAAGAGGAGCTTAATCCATATACTATATTCCCTCAGCCAGAA-CAAAATTTTAT 769
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| |||
Sbjct 595 CCATCTGAAGAGGAGCTTAATCCATATTCTATATTCCCTCAGCCA-AAGGAAAATCTTAA 653
Query 770 GGTTCACACAGAAGTGTTTTTCAGTGATGGCTCTATTCTCAGATGTAGCAATACAAAGGA 829
|||||||||||||||| |||||||||| |||||| | |||| |||||||||||| |||||
Sbjct 654 GGTTCACACAGAAGTGCTTTTCAGTGACGGCTCTGTGCTCATATGTAGCAATACCAAGGA 713
Query 830 AGTACTTGACAAACATCTCAAGGTGACTGGAGGGAAAGTTTATACTCGGTTCCCCCCTGA 889
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||
Sbjct 714 AGTGCTTGACAAACATCTCAAGGTGACTGGAGGGAAAGTTTATACCCGGTTCCCTCCTGA 773
Query 890 ACCAAATGGGCTATGGTTTTATGTTCGTTTCCAATGCTTGTAC-TTC-CAGGCTATGTTT 947
||| || |||| ||| || ||| || | | || | | ||||||||| |
Sbjct 774 ACC-AA------ATGG--TTA---TC---TCC-AT-ATAGGACATGCAAAGGCTATGTCT 816
Query 948 GTTGATTTTGGTCTTGCAAAGGAGCGAGGGGGTTGCTGTTATCTAAGGTATGATGATACA 1007
|||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 817 GTTGATTTTGGTCTTGCAAAGGAGCGAGGGGGCTGGTGTTATCTGAGGTACGATGATACA 876
Query 1008 AATCCAGAGGCAGAAAAGGAAGAGTATATTAATCATATTGAAGAAATTGTTAAGTGGATG 1067
||||| ||||| |||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 877 AATCCTGAGGCGGAAAAGAAAGAGTATATTAGTCACATTGAAGAAATTGTTAATTGGATG 936
Query 1068 GGTTGGGAACCCTTCAAGATTACATACACCAGTGATTATTTCCAGGAACTGTATGATTTG 1127
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||
Sbjct 937 GGTTGGGAACCCTTCAAGATTACATACACCAGTGATTATTTCCAAGAATTGTATGATTTG 996
Query 1128 GCAGTGGAGTTGATTCGGAGAGGTCATGCTTATGTTGATCATCAGA-CTGCTGATGAGAT 1186
||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| | ||||| |||||
Sbjct 997 GCAGTGGAGTTGATTCGAAGAGGTCACGCTTATGTTGATCATCAGAAC-GCTGAGGAGAT 1055
Query 1187 AAAAGAGTACAGAGAGAAGAAAATGAACAGCCCCTGGAGGGACAGACCTATTGAAGAATC 1246
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 1056 AAAAGAGTACAGAGAGAACAAAATGAACAGCCCCTGGAGGGAAAGGCCTATTGAAGAATC 1115
Query 1247 TCTAAAACTTTTTGATGAAATGAGACGAGGCATCATTGAGGAAGGGAA-GGCAACCCTAA 1305
|||| | |||||||| |||||||||||||| || || || || ||||| ||| || ||||
Sbjct 1116 TCTAGAGCTTTTTGACGAAATGAGACGAGGAATGATCGACGA-GGGAAAGGCCACACTAA 1174
Query 1306 GAATGAAGCAAGATATGCAGAGTGACAATTTTAATATGTATGATCTTATTGCCTATCGAA 1365
|| | |||||||| ||| ||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 1175 GATTAAAGCAAGACATGAAGAGTGATAATTGTAATATGTATGACCTTATTGCCTATCGTA 1234
Query 1366 TAAAG 1370
|||||
Sbjct 1235 TAAAG 1239
> Ahg908402 jgi|Araly1|908402|Al_scaffold_0002_1483
Length=2166
Score = 259 bits (140), Expect = 7e-68
Identities = 205/236 (87%), Gaps = 6/236 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 1117 TGTATGATTTGGCAGTGGAGTTGATTCGGAGAGGTCATGCTTATGTTGATCATCAGACTG 1176
||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| |||||||
Sbjct 899 TGTATGACTTGGCAGTGGAGTTGATCCGGAGAGGCCATGCATATGTTGATCACCAGACTG 958
Query 1177 CTGATGAGATAAAAGAGTACAGAGAGAAGAAAATGAACAGCCCCTGGAGGGACAGACCTA 1236
|| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||
Sbjct 959 GAGAAGAGGTAAAAGAGTACAGAGAGAAGAAAATGAACAGCCCTTGGAGAGACAGGCCTA 1018
Query 1237 TTGAAGAATCTCTAAAACTTTTTGATGAAATGAGACGAGGCATCATT-GAGGAAGGGAAG 1295
||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||| || || || |||||||||
Sbjct 1019 TTGAAGAATCTCTGAAACTTTTTGACGAAATGAAACGAGG-ATTGTTCGAAGAAGGGAAG 1077
Query 1296 GCAACCCTAAGAATGAAGCAA-GA-TATGCAGAGTGACAATTTTAATATGTATGAT 1349
|| || ||| ||||||| || || |||||||| ||| || |||||||| ||||||
Sbjct 1078 GCGACGCTACGAATGAA--AATGAATATGCAGAATGATAACTTTAATATCTATGAT 1131
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 98120471120
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5