BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G25500.2
Length=1752
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg313379 jgi|Araly1|313379|fgenesh1_pm.C_scaffold_1002159 2466 0.0
> Ahg313379 jgi|Araly1|313379|fgenesh1_pm.C_scaffold_1002159
Length=1467
Score = 2466 bits (1335), Expect = 0.0
Identities = 1423/1467 (97%), Gaps = 0/1467 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 157 ATGAGTGACTCCACTAACAGCGTCTCTCCTTCCTCTGATTACGCCTCCATCTCCTCCGGC 216
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGAGTGAATCCACTAACAGCGTCTCTCCTTCCTCTGATTACGCCTCCATCTCCTCCGGC 60
Query 217 GACCAGAGTCTTCAGCGGAGTCGAAGGAGTGGAGATGGAAACCGAGCCGTTGTGCGTGAG 276
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||
Sbjct 61 GACCAGAGTCTTCAGCGGAGTCGAAGGAGTGGAGATGGAAACCGAGCCATTGTCCGTGAG 120
Query 277 TCCCGCCATTGGCATGATGTATTCTGGTCAGCCATCTTTGTGATCCACTTGATTTGTTTG 336
|| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 121 TCTCGCCACTGGCATGATGTATTCTGGTCAGCCATCTTTGTGATCCACATGATTTGTTTG 180
Query 337 GGATTTGTGCTCGCGGTGCTTGGACTCAATAGGTTTAGAATATCAGATAGGTTAAACATC 396
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 GGATTTGTGCTCGCGGTGCTTGGACTCAATAGGTTTAGAATATCAGATAGGTTAAACATC 240
Query 397 GATAGGTACACTCAAGGGTTCTTGGAGAATCATAAAGGTCTAACAGAGGATTACTGGCCT 456
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||
Sbjct 241 GATAGGTACACTCAAGGGTTCTTGGAGAATCATAAAGGTCTGACTGAGGATTACTGGCCT 300
Query 457 CTCTATGCTGTTGCTGGTGGCATTGGAGTCTTTATCAGTTGGGTTTGGTCATTGCTGCTT 516
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 CTCTATGCTGTTGCTGGTGGGATTGGAGTCTTTATCAGTTGGGTTTGGTCATTGCTGCTT 360
Query 517 GGCTCTTACGCCAATGAGATGATGAAAGTTTCGGTTCACATCTTAACAACCTATCTAGCT 576
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 361 GGCTCTTACGCCAATGAGATGATGAAAGTTTCGGTTCACATCTTAACAACTTATCTAGCT 420
Query 577 GTAGTTAGTGTACTATGTTTCTGGTGCAGACTGTTCTTTTGGGGCGGTGCATTCGCTGTT 636
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 421 GTAGTTAGTGTACTATGTTTCTGGTGCAGACAGTTCTTCTGGGGCGGTGCATTCGCTGTT 480
Query 637 GGATCTCTGTTGCAGTTCTTGTATGTTATTTCAGTTATAGACAGACTTCCTTTCACAATG 696
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 481 GGAGCTCTGTTGCAGTTCTTGTATGTTATTTCAGTTATAGACAGACTTCCCTTCACGATG 540
Query 697 CTGGTCCTACGGAAAGCGCTGAAATTAGTCTGGGGACTTCCTAAGGTGATAATGGTGGCA 756
||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 CTGGTTCTGCGGAAAGCGCTGAAATTAGTTTGGGGACTTCCTAAGGTGATAATGGTGGCA 600
Query 757 CATGCTTTCACAGTAGTCATGCTTTTGTGGATGTCTCTATGGTCTTTTGGAGCAGCTGGT 816
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 CATGCTTTCACAGTAGTCATGCTTTTGTGGATGTCTCTATGGTCTTTTGGAGCAGCTGGT 660
Query 817 GTTGTGGCATCGAGCATGGGCGATGAGGGACGATGGTGGCTTCTTGTGGTTCTTTCGGTT 876
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 661 GTTGTGGCATCGAGCATGGGTGATGAGGGACGATGGTGGCTTCTTCTGGTTCTTTCGGTT 720
Query 877 AGCTTATTCTGGACAGGCGCTGTGCTATGTAACACTGTCCATGTTATAGTTTCTGGGATG 936
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 AGCTTATTCTGGACAGGCGCTGTGCTATGTAATACTGTCCATGTTATAGTTTCTGGGATG 780
Query 937 GTGTTTCATGTTCTCTTTCACTGTGGTCAAGAAGAGTCATCATCGTTGCCTCCTAGCTCT 996
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 781 GTGTTTCATGTTCTCTTTCACTGTGGTCAAGAAGAGTCATCATCGTTACCTCCTAGCTCT 840
Query 997 TTGGTAGACTCACTTAGGTATGCCGTGACAACATCTTTTGGGAGCATATGTTACGGTTCA 1056
|| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 841 TTAATAGACTCACTTAGGTATGCAGTGACAACATCTTTTGGGAGCATATGTTACGGGTCA 900
Query 1057 CTCTTCACTGCTGCCATTAGAACACTTCGCTGGGAGATAAGGGGATTCCGGTCCAAGATT 1116
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 CTCTTCACTGCTGCCATTAGAACTCTTCGCTGGGAGATAAGGGGATTCCGGTCCAAGATT 960
Query 1117 TGTGGAAACGAATGTTTACTTTGCTGCGTTGATTTCCTGTTTCATCTAGTTGAAACACTA 1176
||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 961 TGTGGAAACGAATGTCTACTTTGCTGTGTTGATTTCCTGTTTCATCTAGTTGAAACTCTA 1020
Query 1177 GTTCGtttttttAACAAGTATGCATACGTCCAGATTGCAGTGTATGGAAAAGGATTCAAC 1236
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||
Sbjct 1021 GTTCGGTTTTTTAACAAGTATGCATACGTCCAGATTGCGGTGTATGGAAAAGGATTTAAC 1080
Query 1237 AAATCAGCAAGAGACGCATGGGAATTGTTTCAGTCGACAGGTGTAGAGGCACTTGTTGCA 1296
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 AAATCAGCAAGAGACGCGTGGGAATTGTTTCAGTCGACAGGTGTAGAGGCACTTGTTGCA 1140
Query 1297 TATGACTGCTCTGGTGCTGTACTTCTGATGGGAACCATCTTTGGAGGACTCATCACAGGC 1356
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 TATGACTGCTCTGGTGCTGTACTTCTGATGGGAACCATCTTTGGAGGACTCATCACAGGC 1200
Query 1357 TCTTGCATTGGTATATGGGCTTGGATCAAGTACAGTGACCGAGTTATAATGGTTGCATCT 1416
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 TCTTGCATTGGTATATGGGCTTGGATCAAGTACAGTGACCGAGTTATAATGGTTGCATCT 1260
Query 1417 ACGGCTATGTTGATGGGAATGGTTCTTGTGGGTTTAGGAATGGTGGTAGTCGAAAGCGCT 1476
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 1261 ACGGCTATGTTGATGGGAATGGTTCTTGTGGGTTTAGGAATGGTGGTAGTGGAGAGCGCA 1320
Query 1477 GTGACATCGATATACATATGTTTTGCTGAAGATCCTTTGTTGATTCAGAGATGGGATGCT 1536
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1321 GTGACATCAATATACATATGTTTTGCTGAAGATCCTTTGTTGATTCAAAGATGGGATGCT 1380
Query 1537 GATTTCTACACTGAGATGTCTGAGGTGCTTCACCGTCGTCTCCAACATCGTAGCTCGCGA 1596
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1381 GATTTCTACACTGAGATGTCTGAGGTGCTTCATCGTCGTCTCCAACATCGTAGCTCTCGA 1440
Query 1597 GCCCGTGAAGTTTTGACGACCGCTTGA 1623
|||| |||||||| ||| |||||||||
Sbjct 1441 GCCCATGAAGTTTCGACTACCGCTTGA 1467
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 65743762870
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5