BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G26170.1
Length=3326
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg472800 jgi|Araly1|472800|fgenesh2_kg.1__2754__AT1G26170.1 5099 0.0
> Ahg472800 jgi|Araly1|472800|fgenesh2_kg.1__2754__AT1G26170.1
Length=3235
Score = 5099 bits (2761), Expect = 0.0
Identities = 3093/3247 (95%), Gaps = 48/3247 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 16 TTTCTACTGTCTCTCCGACATCCTCCTAT----ACCAAAGGGACAAGCGGGAATTTGAAA 71
|||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 TTTCTACTGTTTCTCCGACATCCTCCTATAGGAAGCAAAGGGACAAGCGGGAATTTGAAA 60
Query 72 ATTGAGGGAAGCTAAAACAA-TTTTCAAACACTCAATTTCTTGATCCCATCTGGAATTGG 130
||||| |||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 61 ATTGA-GGAAGCAAAAACAATTTTTC-AACACTCAATTTCTTGATCCCATCTGGAATTTG 118
Query 131 ATTCCATCGATTAATCTCTCAATGGTGGTGGACCAAGATCAGCAATGGCTGCTCGGTTGC 190
||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 119 ATTCCGTCGATTATTCTCTCAATGGTGGTGGACCAAGATCAGCAATGGCTGCTGGGTTGC 178
Query 191 TTATCAGCAAGTCTTGACCCTAACCAGAACGTTCGTTCTTTCGCTGAGACCTCTCTCAAT 250
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 179 TTATCAGCAAGTCTCGACCCTAACCAGAACGTTCGTTCTTTCGCTGAGACTTCTCTCAAT 238
Query 251 CAGGCTTCTCTTCAACCAGGGTTTGGGAGTGCATTGTGCAGAGTTGCTGCTAACAAAGAC 310
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 239 CAGGCTTCTCTTCAACCAGGGTTTGGCAGTGCATTGTGCAGAGTTGCTGCTAACAAAGAC 298
Query 311 CTCTCTTTGGGATTGCGTCAATTAGCTGCGGTACTGTTAAAGCAGTTCATTAAAAAGCAT 370
||||| |||||||||| | | ||| |||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 299 CTCTCATTGGGATTGC--C---T-GCT---GTACTGTTAAAGCAGTTCATTAAAAAACAT 349
Query 371 TGGCGAGAGAACGAGGAGGCTTTTGAATATCCTCTTGTCTCAAGTGAGGAAAAGGCTCTT 430
||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 350 TGGCGAGAGAATGAGGAGGCTTTTGAATATCCACTTGTCTCAAATGAGGAAAAGGCTCTT 409
Query 431 ATTCGAGGACAACTGTTGGGCTCACTTGATGACTCTCATAGAAAAATCTGTACGGCTATT 490
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 410 ATTCGAGGACAATTGTTGGGCTCACTTGATGACTCTCATAGAAAAATCTGTACGGCTATT 469
Query 491 AGTATGGACATATCGTCAATTGCCACATATGATTGGCCAGAAGAGTGGCCTGAGCTAGTT 550
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 470 AGTATGGACATATCGTCAATTGCCACATATGATTGGCCAGAAGAGTGGCCTGAACTAGTC 529
Query 551 CCTTTTCTCCTGAAGTTGATTAGCGATCCAAGTAACACTAATGGAGTTCATGGAGCTTTG 610
|| ||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 530 CCCTTTCTTCTCAAGTTAATTAGCGATCCAAGTAACACTAATGGAGTTCATGGAGCTTTG 589
Query 611 AGGTGTTTGGCTCTTCTCTCTGGTGAATTGGATGACAAAGAGGTTCCTACGCTGGTACCT 670
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 590 AGGTGTTTGGCTCTTCTCTCTGGTGAATTGGATGACAAAGAGGTTCCTACGCTGGTACCT 649
Query 671 GTGTTGTTTCCCTGCTTGCATGCAGTCGTATCTTCTCCTCAGAGCTATGACAAGTATATT 730
||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 650 GTGTTGTTTCCTTGCTTGCATGCAGTCGTATCCTCTCCTCAGAGCTATGACAAGTATATT 709
Query 731 CGAGGAAAAGCCCTTACAATTGTTTATTCATGTATATATGTTCTTGGAGCAATGAGCGGT 790
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 710 CGAGGAAAAGCCCTTTCAATTGTTTATTCATGTATATATGTTCTTGGAGCAATGAGCGGT 769
Query 791 GTGTACAAGACGGAAACTACTACTTTGGTGACGCCTGTGCTTAAGGTTTGGATGAATCAG 850
|||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 770 GTGTACAAGATGGAAACTACTACTTTGGTGACACCTGTGCTTAAAGTTTGGATGAATCAG 829
Query 851 TTTTCACTTATATTGGAGCATCCTGTGCAACGCGAGGATCCTGATGATTGGAGTTTAAGA 910
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 830 TTTTCACTTATATTGGAACATCCTGTGCAACGCGAGGATCCTGATGATTGGAGTTTAAGA 889
Query 911 ATGGAGGTCTTGAAGTGCCTAAATCAGTTTGTACAGAATTTCCCATCTCTCATCGAAAGT 970
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 890 ATGGAGGTCTTGAAGTGCTTAAATCAGTTTGTACAGAATTTCCCATCTCTCATCGAAAGT 949
Query 971 GAATTGATGGCTATTATGAGGCCATTGTGGCACACATTTGAGTCATCTCTACAAGTTTAT 1030
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 950 GAATTGATGGCTATTATGAGGCCATTGTGGCACACATTTGAGTCATCTCTACAAGTTTAT 1009
Query 1031 CTTCGATCGTCAATTGATGGTGCTGAAGATTCATATGATGGAAGATATGATTCAGATGGT 1090
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1010 CTTCGATCGTCAATTGATGGTGCTGAAGATTCATATGATGGAAGATATGATTCAGATGGT 1069
Query 1091 GAAGAAAAGAGTCTTGACACTTTTGTCATCCAGCTATTTGAGTTTCTGTCAACTATCGTT 1150
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1070 GAAGAAAAGAGTCTTGACACTTTTGTCATCCAGCTATTTGAGTTTCTGTCAACTATCGTT 1129
Query 1151 AGCAGTAGAAGACTGTCAAAGACCATTGCCGGTAATGTCAGAGAGTTGGTATATCAAACC 1210
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1130 AGCAGTAGAAGACTGGCAAAGACCATTGCCGGTAATGTCAGAGAGTTGGTATATCAAACT 1189
Query 1211 GTCGCTTTCCTGCAGATTACAGAACAACAGGTTCATACTTGGTCCATGGATGTAAATCAG 1270
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1190 GTCGCTTTCCTGCAGATTACAGAACAACAGGTGCATACTTGGTCCATGGATGTAAATCAG 1249
Query 1271 TTTGTAGCCGATGAAGATGAAGGTAGCTACAGTTGTCGTATATCAGGAATACTTTTGTTG 1330
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1250 TTTGTAGCCGATGAAGATGAGGGTAGCTACAGTTGTCGTATATCAGGAATTCTTTTGTTG 1309
Query 1331 GAGGAAGTTATCAATACTTTTGGTAGTGAAGGGATCAATGCTGTTGTAGATGCTGCCGGA 1390
||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 1310 GAGGAAGTTATCAATGCTTTTGGTAGCGAAGGGATCAATTCTGTTGTAGATGCTACCGGA 1369
Query 1391 AAACGATTCCAAGAGTCTCAACGTGAAAATTCAGCTAGTTCTCTGTCCTGGTGGAGATTA 1450
||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||| ||||||||||||| ||
Sbjct 1370 AAACGGTTCCAAGAGTCTCAAGGTGAAAAGGCAGCTGGTTCTCCGTCCTGGTGGAGAATA 1429
Query 1451 AGAGAAGCTGTGCTCTTTACTTTGGCTTCTCTTTCTGATCAACTTGTTGAAGCTGAGGAC 1510
|||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1430 AGAGAAGCTGTGCTCTTTGCTTTGGCTTCTCTTGCTGATCAACTTGTTGAAGCTGAGGAC 1489
Query 1511 TTGAGAA-TCGACCCTGCCAATTTAGCTAAATTTATTGAGCAATTGATAATGGAAGATAC 1569
||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1490 TTGAGAACT-GACCCTGCCAATTTAGCTAAATTTGTTGAGCAATTGATAATGGAAGATAC 1548
Query 1570 TGGAATTGGGTATCATGAATGTCCTTTCCTTTATGCCCGCATATTTACAGCCGTTGCTAA 1629
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1549 TGGAATTGGGTATCATGAATGTCCTTTCCTTTATGCCCGCATATTTACAGCCGTTGCAAA 1608
Query 1630 GTTCTCTTCTGTGATCAACGCGGGAATCCTTGAGCACTTCCTCAATGCTGCAGTTAGAGC 1689
||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1609 GTTCTCTTCTGTGATCAACCCTGGAATCCTTGAGCACTTCCTCAATGCTGCTGTTAGAGC 1668
Query 1690 TATAACCATGGACGTGCCACCACCTGTAAAAGTAGGCGCATGTCGGGCACTTTTGCAGCT 1749
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1669 TATAACCATGGACGTGCCGCCACCTGTAAAAGTAGGCGCATGTCGGGCACTTTTGCAGCT 1728
Query 1750 CCTACCCGATATGAACAGTTCGGTTATTCTGCCTCAGATCATGAATTTATTCTCATCTCT 1809
|||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1729 CCTATCCGATATGAACAGTTCAGTTATTCTGCCTCAGATCATGAGTTTATTCTCATCTCT 1788
Query 1810 CACTGATCTTCTCCGTCAGGCTACAGATGAAACTTTGGTTTTGGTACTTGAAACTCTTCA 1869
|||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1789 CACTGATCTTCTCCATCAGGCTTCAGATGAAACTTTGGTTTTGGTACTTGAAACTCTTCA 1848
Query 1870 ACAAGCAATTAAAGCTGGCCATGAAGCATCAGCTTCAATAGAGTCGATTATCTCTCCAGT 1929
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1849 ACAAGCAATTAAAGCTGGCCATGAAGCATCAGCTTCAATAGAGTCGATTATTTCTCCAGT 1908
Query 1930 GATTCTTAATGTGTGGGTGGCACATATTTCAGATCCCTTTATGAGTATCGATGTAATTGA 1989
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1909 GATTCTTAATGTGTGGGTGGCACATGTTTCAGATCCCTTTATGAGTATCGATGTAATTGA 1968
Query 1990 CGTCCTGGAGGCAATAAAGAATTCGCCTGGCTGCCTTCATCCATTGACATCAAGGATTTT 2049
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1969 CGTCCTGGAGGCAATAAAGAATTCGCCTGGCTGCCTTCATCCACTGACATCAAGGATTTT 2028
Query 2050 ACCATTCATTGGACCAATTTTAAATAAGCCACATCAGCAGCCTGAAGGACTAGCGAGTGG 2109
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2029 ACCATTCATTGGGCCAATTTTAAATAAGCCACATCAGCAGCCTGCAGGACTAGCGAGTGG 2088
Query 2110 ATCCTTGGATCTTTTAACTATGCTTCTTAAGG-----------G-TGCCCCAAGTGATAT 2157
|||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||
Sbjct 2089 ATCCTTGGATCTTTTAACTATGCTTCTTAAGGCAATATTTCTCGGTGCCCCAAGTGATAT 2148
Query 2158 AGTGAAAACTGCATATGACTTTTGCTTTGCTGCTGTCATTCGTATCGTACTCCACAGTGA 2217
|||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2149 AGTGAAAACTGCATATGAATTTTGCTTTGATGCTGTCATTCGTATCATACTCCACAGTGA 2208
Query 2218 GGATCATGGTGAACTACAGAATGCTACAGAATGCCTGGCAGCTTTTATATCTAGTGGTAG 2277
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2209 GGATCATGGTGAACTACAGAATGCTACAGAATGTCTGGCAGCTTTTATATCTAGTGGAAG 2268
Query 2278 ACAAGAGTTGCTCACATGGAGTGGTGATCCCGGTTTTACTATGAGAAGTTTGCTTGATGC 2337
|| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2269 ACTAGAGTTGCTCACTTGGAGTGGTGATCCCAGTTTTACCATGAGAAGTTTGCTTGATGT 2328
Query 2338 GACTTCTAGGCTTCTCAACCCTGATCTGGAAGGTTCAGGATCTCTCTTTGCTGGGAAGTA 2397
|||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2329 AACTTCTAGGCTTCTTAACCCTGATCTGGAATGTTCTGGATCTCTGTTTGCTGGGAAGTA 2388
Query 2398 CATTCTGCAGCTTATCTTGCATCTTCCGTCAGAGATGGCACCCCATGTCCAGGATCTGGT 2457
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2389 CATTCTGCAGCTTATCTTGCATCTTCCATCAGAGATGGCACCCCATGTCCAAGATCTGGT 2448
Query 2458 TGCTGCTCTTGTAAGACGGTTGCAGTCTGCTGAAATTTTGGCTTTAAAAGGCTCATTGCT 2517
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2449 TGCTGCTCTTGTAAGACGGTTGCAGTCTGCTGATATTTCGGCTTTAAAAGGCTCATTGCT 2508
Query 2518 ACTGATTTTTGCCAGATTGGTTCATATGAGTTATCCGAATGTCGATCAGTTTATCAATCT 2577
||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||
Sbjct 2509 GCTGATTTTTGCCAGACTGGTCCATATGAGTTTTCCGAATGTCGTTCAATTTATCAATCT 2568
Query 2578 GCTTGTTAGCATACCCGCTGATGGCCATGAAAATTCCTTTACATATGTTATGACAGAATG 2637
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2569 TCTTGTTAGCATACCCGCTGAAGGCCATGAAAATTCCTTTACCTATGTTATGACAGAATG 2628
Query 2638 GACTAAACAACAAGG---G-------------G--AGATACAATCCGCATATCAAATCAA 2679
||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2629 GACTAAACAACAAGGCAAGCATCTCTATCCTTGGGAGATACAATCCGCATATCAAATCAA 2688
Query 2680 AGTCACAACTTCAGCTCTGGCCTTGCTACTGTCCACTAGACATTCTGAATTTGCGAAGGT 2739
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2689 AGTCACAACTTCAGCTCTGGCCTTGCTGCTGTCCACTAGACATTCTGAATTTGCGAAGGT 2748
Query 2740 CAATGTCCCAGGCAGTCCAATTCAGTCCAATGGTGGCATAACTACTCGCTCAAAAGCTAG 2799
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2749 CAATGTCCCAGGCAGTCCGATTCAGTCCAATGGTGGCATAACCACTCGCTCAAAAGCTAG 2808
Query 2800 ATCTGCTCCTGAACAATGGACCATTATCCCTCTACCCATGAAGATACTGGCTTTACTAGC 2859
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2809 ATCTGCTCCTGAACAATGGACCATTATCTCTCTACCCATGAAGATACTGGCTTTACTAGC 2868
Query 2860 TGATACATTGATTGAAATTCAAGAGCAAGTTTTGAGTAATGAAGACGAGGATAGCGAATG 2919
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||
Sbjct 2869 TGATACATTGATTGAAATGCAAGAGCAAGTTTTGAGTAGTGAAGATGAGGATAGCGAATG 2928
Query 2920 GGAAGAAGTGCATGAAGGAGACGCTAAAGCTGAGAAAGACTTGCTACGTTCAGCTGGTAC 2979
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2929 GGAAGAAGTGCATGAAGGAGACGCTAAAACTGAGAAAGACTTGCTACGTTCAGCTGGTGC 2988
Query 2980 CTCCCAATTCAGCAAACCCACATATGACCAACTTGAAGCAATGGCTCGTTTTGAGAACCA 3039
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2989 CTCCCAATTCAGCAAACCCACATATGACCAACTTGAAGCAATGGCTCGTTTCGAGAACCA 3048
Query 3040 AGACGATGAGGTTGATGACCACCTACTTGGTACCGACCCCCTTAATGAGATTAATCTGGC 3099
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3049 AGACGATGAGGTTGATGACCACCTACTTGGTACCGACCCCCTTAATGAGATTAATCTGGC 3108
Query 3100 AAGTTATGTGGCTGATTTTTTGTTGAAGTTTTCGAGTGAAGATCGGCCTCTTTTTGATAA 3159
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 3109 AAGTTACGTGGCTGATTTTTTGTTGAAGTTTTCGAGTGAAGATCGGCCTCTGTTTGATAA 3168
Query 3160 TCTTTGCCAGGGCTTAACAAATGCGCAAAGAAACGTGATCCATATGGCACTGAACCGCTA 3219
|||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3169 TCTTTGCCAGGGCTTAACAAATGCACAAAGAAATGTGATCCATATGGCACTGAACCGCTA 3228
Query 3220 GGCTTGG 3226
|||||||
Sbjct 3229 GGCTTGG 3235
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 125551933327
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5