BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT1G26170.1 Length=3326 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg472800 jgi|Araly1|472800|fgenesh2_kg.1__2754__AT1G26170.1 5099 0.0 > Ahg472800 jgi|Araly1|472800|fgenesh2_kg.1__2754__AT1G26170.1 Length=3235 Score = 5099 bits (2761), Expect = 0.0 Identities = 3093/3247 (95%), Gaps = 48/3247 (1%) Strand=Plus/Plus Query 16 TTTCTACTGTCTCTCCGACATCCTCCTAT----ACCAAAGGGACAAGCGGGAATTTGAAA 71 |||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1 TTTCTACTGTTTCTCCGACATCCTCCTATAGGAAGCAAAGGGACAAGCGGGAATTTGAAA 60 Query 72 ATTGAGGGAAGCTAAAACAA-TTTTCAAACACTCAATTTCTTGATCCCATCTGGAATTGG 130 ||||| |||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 61 ATTGA-GGAAGCAAAAACAATTTTTC-AACACTCAATTTCTTGATCCCATCTGGAATTTG 118 Query 131 ATTCCATCGATTAATCTCTCAATGGTGGTGGACCAAGATCAGCAATGGCTGCTCGGTTGC 190 ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 119 ATTCCGTCGATTATTCTCTCAATGGTGGTGGACCAAGATCAGCAATGGCTGCTGGGTTGC 178 Query 191 TTATCAGCAAGTCTTGACCCTAACCAGAACGTTCGTTCTTTCGCTGAGACCTCTCTCAAT 250 |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 179 TTATCAGCAAGTCTCGACCCTAACCAGAACGTTCGTTCTTTCGCTGAGACTTCTCTCAAT 238 Query 251 CAGGCTTCTCTTCAACCAGGGTTTGGGAGTGCATTGTGCAGAGTTGCTGCTAACAAAGAC 310 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 239 CAGGCTTCTCTTCAACCAGGGTTTGGCAGTGCATTGTGCAGAGTTGCTGCTAACAAAGAC 298 Query 311 CTCTCTTTGGGATTGCGTCAATTAGCTGCGGTACTGTTAAAGCAGTTCATTAAAAAGCAT 370 ||||| |||||||||| | | ||| |||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 299 CTCTCATTGGGATTGC--C---T-GCT---GTACTGTTAAAGCAGTTCATTAAAAAACAT 349 Query 371 TGGCGAGAGAACGAGGAGGCTTTTGAATATCCTCTTGTCTCAAGTGAGGAAAAGGCTCTT 430 ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 350 TGGCGAGAGAATGAGGAGGCTTTTGAATATCCACTTGTCTCAAATGAGGAAAAGGCTCTT 409 Query 431 ATTCGAGGACAACTGTTGGGCTCACTTGATGACTCTCATAGAAAAATCTGTACGGCTATT 490 |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 410 ATTCGAGGACAATTGTTGGGCTCACTTGATGACTCTCATAGAAAAATCTGTACGGCTATT 469 Query 491 AGTATGGACATATCGTCAATTGCCACATATGATTGGCCAGAAGAGTGGCCTGAGCTAGTT 550 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 470 AGTATGGACATATCGTCAATTGCCACATATGATTGGCCAGAAGAGTGGCCTGAACTAGTC 529 Query 551 CCTTTTCTCCTGAAGTTGATTAGCGATCCAAGTAACACTAATGGAGTTCATGGAGCTTTG 610 || ||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 530 CCCTTTCTTCTCAAGTTAATTAGCGATCCAAGTAACACTAATGGAGTTCATGGAGCTTTG 589 Query 611 AGGTGTTTGGCTCTTCTCTCTGGTGAATTGGATGACAAAGAGGTTCCTACGCTGGTACCT 670 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 590 AGGTGTTTGGCTCTTCTCTCTGGTGAATTGGATGACAAAGAGGTTCCTACGCTGGTACCT 649 Query 671 GTGTTGTTTCCCTGCTTGCATGCAGTCGTATCTTCTCCTCAGAGCTATGACAAGTATATT 730 ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 650 GTGTTGTTTCCTTGCTTGCATGCAGTCGTATCCTCTCCTCAGAGCTATGACAAGTATATT 709 Query 731 CGAGGAAAAGCCCTTACAATTGTTTATTCATGTATATATGTTCTTGGAGCAATGAGCGGT 790 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 710 CGAGGAAAAGCCCTTTCAATTGTTTATTCATGTATATATGTTCTTGGAGCAATGAGCGGT 769 Query 791 GTGTACAAGACGGAAACTACTACTTTGGTGACGCCTGTGCTTAAGGTTTGGATGAATCAG 850 |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 770 GTGTACAAGATGGAAACTACTACTTTGGTGACACCTGTGCTTAAAGTTTGGATGAATCAG 829 Query 851 TTTTCACTTATATTGGAGCATCCTGTGCAACGCGAGGATCCTGATGATTGGAGTTTAAGA 910 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 830 TTTTCACTTATATTGGAACATCCTGTGCAACGCGAGGATCCTGATGATTGGAGTTTAAGA 889 Query 911 ATGGAGGTCTTGAAGTGCCTAAATCAGTTTGTACAGAATTTCCCATCTCTCATCGAAAGT 970 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 890 ATGGAGGTCTTGAAGTGCTTAAATCAGTTTGTACAGAATTTCCCATCTCTCATCGAAAGT 949 Query 971 GAATTGATGGCTATTATGAGGCCATTGTGGCACACATTTGAGTCATCTCTACAAGTTTAT 1030 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 950 GAATTGATGGCTATTATGAGGCCATTGTGGCACACATTTGAGTCATCTCTACAAGTTTAT 1009 Query 1031 CTTCGATCGTCAATTGATGGTGCTGAAGATTCATATGATGGAAGATATGATTCAGATGGT 1090 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1010 CTTCGATCGTCAATTGATGGTGCTGAAGATTCATATGATGGAAGATATGATTCAGATGGT 1069 Query 1091 GAAGAAAAGAGTCTTGACACTTTTGTCATCCAGCTATTTGAGTTTCTGTCAACTATCGTT 1150 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1070 GAAGAAAAGAGTCTTGACACTTTTGTCATCCAGCTATTTGAGTTTCTGTCAACTATCGTT 1129 Query 1151 AGCAGTAGAAGACTGTCAAAGACCATTGCCGGTAATGTCAGAGAGTTGGTATATCAAACC 1210 ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1130 AGCAGTAGAAGACTGGCAAAGACCATTGCCGGTAATGTCAGAGAGTTGGTATATCAAACT 1189 Query 1211 GTCGCTTTCCTGCAGATTACAGAACAACAGGTTCATACTTGGTCCATGGATGTAAATCAG 1270 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1190 GTCGCTTTCCTGCAGATTACAGAACAACAGGTGCATACTTGGTCCATGGATGTAAATCAG 1249 Query 1271 TTTGTAGCCGATGAAGATGAAGGTAGCTACAGTTGTCGTATATCAGGAATACTTTTGTTG 1330 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 1250 TTTGTAGCCGATGAAGATGAGGGTAGCTACAGTTGTCGTATATCAGGAATTCTTTTGTTG 1309 Query 1331 GAGGAAGTTATCAATACTTTTGGTAGTGAAGGGATCAATGCTGTTGTAGATGCTGCCGGA 1390 ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||| Sbjct 1310 GAGGAAGTTATCAATGCTTTTGGTAGCGAAGGGATCAATTCTGTTGTAGATGCTACCGGA 1369 Query 1391 AAACGATTCCAAGAGTCTCAACGTGAAAATTCAGCTAGTTCTCTGTCCTGGTGGAGATTA 1450 ||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||| ||||||||||||| || Sbjct 1370 AAACGGTTCCAAGAGTCTCAAGGTGAAAAGGCAGCTGGTTCTCCGTCCTGGTGGAGAATA 1429 Query 1451 AGAGAAGCTGTGCTCTTTACTTTGGCTTCTCTTTCTGATCAACTTGTTGAAGCTGAGGAC 1510 |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1430 AGAGAAGCTGTGCTCTTTGCTTTGGCTTCTCTTGCTGATCAACTTGTTGAAGCTGAGGAC 1489 Query 1511 TTGAGAA-TCGACCCTGCCAATTTAGCTAAATTTATTGAGCAATTGATAATGGAAGATAC 1569 ||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1490 TTGAGAACT-GACCCTGCCAATTTAGCTAAATTTGTTGAGCAATTGATAATGGAAGATAC 1548 Query 1570 TGGAATTGGGTATCATGAATGTCCTTTCCTTTATGCCCGCATATTTACAGCCGTTGCTAA 1629 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 1549 TGGAATTGGGTATCATGAATGTCCTTTCCTTTATGCCCGCATATTTACAGCCGTTGCAAA 1608 Query 1630 GTTCTCTTCTGTGATCAACGCGGGAATCCTTGAGCACTTCCTCAATGCTGCAGTTAGAGC 1689 ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 1609 GTTCTCTTCTGTGATCAACCCTGGAATCCTTGAGCACTTCCTCAATGCTGCTGTTAGAGC 1668 Query 1690 TATAACCATGGACGTGCCACCACCTGTAAAAGTAGGCGCATGTCGGGCACTTTTGCAGCT 1749 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1669 TATAACCATGGACGTGCCGCCACCTGTAAAAGTAGGCGCATGTCGGGCACTTTTGCAGCT 1728 Query 1750 CCTACCCGATATGAACAGTTCGGTTATTCTGCCTCAGATCATGAATTTATTCTCATCTCT 1809 |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 1729 CCTATCCGATATGAACAGTTCAGTTATTCTGCCTCAGATCATGAGTTTATTCTCATCTCT 1788 Query 1810 CACTGATCTTCTCCGTCAGGCTACAGATGAAACTTTGGTTTTGGTACTTGAAACTCTTCA 1869 |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1789 CACTGATCTTCTCCATCAGGCTTCAGATGAAACTTTGGTTTTGGTACTTGAAACTCTTCA 1848 Query 1870 ACAAGCAATTAAAGCTGGCCATGAAGCATCAGCTTCAATAGAGTCGATTATCTCTCCAGT 1929 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 1849 ACAAGCAATTAAAGCTGGCCATGAAGCATCAGCTTCAATAGAGTCGATTATTTCTCCAGT 1908 Query 1930 GATTCTTAATGTGTGGGTGGCACATATTTCAGATCCCTTTATGAGTATCGATGTAATTGA 1989 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1909 GATTCTTAATGTGTGGGTGGCACATGTTTCAGATCCCTTTATGAGTATCGATGTAATTGA 1968 Query 1990 CGTCCTGGAGGCAATAAAGAATTCGCCTGGCTGCCTTCATCCATTGACATCAAGGATTTT 2049 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1969 CGTCCTGGAGGCAATAAAGAATTCGCCTGGCTGCCTTCATCCACTGACATCAAGGATTTT 2028 Query 2050 ACCATTCATTGGACCAATTTTAAATAAGCCACATCAGCAGCCTGAAGGACTAGCGAGTGG 2109 |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 2029 ACCATTCATTGGGCCAATTTTAAATAAGCCACATCAGCAGCCTGCAGGACTAGCGAGTGG 2088 Query 2110 ATCCTTGGATCTTTTAACTATGCTTCTTAAGG-----------G-TGCCCCAAGTGATAT 2157 |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| Sbjct 2089 ATCCTTGGATCTTTTAACTATGCTTCTTAAGGCAATATTTCTCGGTGCCCCAAGTGATAT 2148 Query 2158 AGTGAAAACTGCATATGACTTTTGCTTTGCTGCTGTCATTCGTATCGTACTCCACAGTGA 2217 |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 2149 AGTGAAAACTGCATATGAATTTTGCTTTGATGCTGTCATTCGTATCATACTCCACAGTGA 2208 Query 2218 GGATCATGGTGAACTACAGAATGCTACAGAATGCCTGGCAGCTTTTATATCTAGTGGTAG 2277 ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || Sbjct 2209 GGATCATGGTGAACTACAGAATGCTACAGAATGTCTGGCAGCTTTTATATCTAGTGGAAG 2268 Query 2278 ACAAGAGTTGCTCACATGGAGTGGTGATCCCGGTTTTACTATGAGAAGTTTGCTTGATGC 2337 || |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 2269 ACTAGAGTTGCTCACTTGGAGTGGTGATCCCAGTTTTACCATGAGAAGTTTGCTTGATGT 2328 Query 2338 GACTTCTAGGCTTCTCAACCCTGATCTGGAAGGTTCAGGATCTCTCTTTGCTGGGAAGTA 2397 |||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| Sbjct 2329 AACTTCTAGGCTTCTTAACCCTGATCTGGAATGTTCTGGATCTCTGTTTGCTGGGAAGTA 2388 Query 2398 CATTCTGCAGCTTATCTTGCATCTTCCGTCAGAGATGGCACCCCATGTCCAGGATCTGGT 2457 ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 2389 CATTCTGCAGCTTATCTTGCATCTTCCATCAGAGATGGCACCCCATGTCCAAGATCTGGT 2448 Query 2458 TGCTGCTCTTGTAAGACGGTTGCAGTCTGCTGAAATTTTGGCTTTAAAAGGCTCATTGCT 2517 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 2449 TGCTGCTCTTGTAAGACGGTTGCAGTCTGCTGATATTTCGGCTTTAAAAGGCTCATTGCT 2508 Query 2518 ACTGATTTTTGCCAGATTGGTTCATATGAGTTATCCGAATGTCGATCAGTTTATCAATCT 2577 ||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||| Sbjct 2509 GCTGATTTTTGCCAGACTGGTCCATATGAGTTTTCCGAATGTCGTTCAATTTATCAATCT 2568 Query 2578 GCTTGTTAGCATACCCGCTGATGGCCATGAAAATTCCTTTACATATGTTATGACAGAATG 2637 |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 2569 TCTTGTTAGCATACCCGCTGAAGGCCATGAAAATTCCTTTACCTATGTTATGACAGAATG 2628 Query 2638 GACTAAACAACAAGG---G-------------G--AGATACAATCCGCATATCAAATCAA 2679 ||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2629 GACTAAACAACAAGGCAAGCATCTCTATCCTTGGGAGATACAATCCGCATATCAAATCAA 2688 Query 2680 AGTCACAACTTCAGCTCTGGCCTTGCTACTGTCCACTAGACATTCTGAATTTGCGAAGGT 2739 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2689 AGTCACAACTTCAGCTCTGGCCTTGCTGCTGTCCACTAGACATTCTGAATTTGCGAAGGT 2748 Query 2740 CAATGTCCCAGGCAGTCCAATTCAGTCCAATGGTGGCATAACTACTCGCTCAAAAGCTAG 2799 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 2749 CAATGTCCCAGGCAGTCCGATTCAGTCCAATGGTGGCATAACCACTCGCTCAAAAGCTAG 2808 Query 2800 ATCTGCTCCTGAACAATGGACCATTATCCCTCTACCCATGAAGATACTGGCTTTACTAGC 2859 |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2809 ATCTGCTCCTGAACAATGGACCATTATCTCTCTACCCATGAAGATACTGGCTTTACTAGC 2868 Query 2860 TGATACATTGATTGAAATTCAAGAGCAAGTTTTGAGTAATGAAGACGAGGATAGCGAATG 2919 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| Sbjct 2869 TGATACATTGATTGAAATGCAAGAGCAAGTTTTGAGTAGTGAAGATGAGGATAGCGAATG 2928 Query 2920 GGAAGAAGTGCATGAAGGAGACGCTAAAGCTGAGAAAGACTTGCTACGTTCAGCTGGTAC 2979 |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 2929 GGAAGAAGTGCATGAAGGAGACGCTAAAACTGAGAAAGACTTGCTACGTTCAGCTGGTGC 2988 Query 2980 CTCCCAATTCAGCAAACCCACATATGACCAACTTGAAGCAATGGCTCGTTTTGAGAACCA 3039 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 2989 CTCCCAATTCAGCAAACCCACATATGACCAACTTGAAGCAATGGCTCGTTTCGAGAACCA 3048 Query 3040 AGACGATGAGGTTGATGACCACCTACTTGGTACCGACCCCCTTAATGAGATTAATCTGGC 3099 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3049 AGACGATGAGGTTGATGACCACCTACTTGGTACCGACCCCCTTAATGAGATTAATCTGGC 3108 Query 3100 AAGTTATGTGGCTGATTTTTTGTTGAAGTTTTCGAGTGAAGATCGGCCTCTTTTTGATAA 3159 |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 3109 AAGTTACGTGGCTGATTTTTTGTTGAAGTTTTCGAGTGAAGATCGGCCTCTGTTTGATAA 3168 Query 3160 TCTTTGCCAGGGCTTAACAAATGCGCAAAGAAACGTGATCCATATGGCACTGAACCGCTA 3219 |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3169 TCTTTGCCAGGGCTTAACAAATGCACAAAGAAATGTGATCCATATGGCACTGAACCGCTA 3228 Query 3220 GGCTTGG 3226 ||||||| Sbjct 3229 GGCTTGG 3235 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 125551933327 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5