BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G26190.1
Length=2435
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg472799 jgi|Araly1|472799|fgenesh2_kg.1__2753__AT1G26190.1 3952 0.0
> Ahg472799 jgi|Araly1|472799|fgenesh2_kg.1__2753__AT1G26190.1
Length=2400
Score = 3952 bits (2140), Expect = 0.0
Identities = 2316/2403 (96%), Gaps = 4/2403 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 30 TTTTCCCCAGATTCTCTACAAATCGCTCTCCCCGATAAAGAAGAAGCTCTCACAAAATTC 89
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1 TTTTCCCCAGATTCTCTAGAAATCGCTCTCCCCGATAAAGAAGAAGCTCTCAGAAAATTC 60
Query 90 CTCTTtctctctctctctctGATTCCCCATTATTAGTTTCTGTGTTAAAATTGAATTGCG 149
|||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 61 CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTAATTCCCCATTATTTGTTTCTGTGTT-AAATTGAATTGCG 119
Query 150 ACATAACTCTGCCAAAGTGATAAGCCCCGATTCACACTAATTCCGAGAGATTTTTCTGTA 209
|| ||||||||||||||||| ||| |||||||| || |||| |||| |||||||||||||
Sbjct 120 ACTTAACTCTGCCAAAGTGACAAGTCCCGATTCGCAGTAATACCGATAGATTTTTCTGTA 179
Query 210 TTATTGTTCATAATGGGTCAAGACAGCAATGGAATTGAGTTTCATCAGAAGAGACATGGT 269
|||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 TTATTGTTCATAATGGGTCAAGACAGCAATGGGATCGAGTTTCATCAGAAGAGACATGGT 239
Query 270 CTCTTGAAGGATCAAGTCCAATTGGTTAAGAGAAGAGACTCTATTCGGTATGAAATTGTT 329
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||
Sbjct 240 CTCTTGAAGGATCAAGTCCAACTGGTTAAGAGAAGAGACTCTGTTCGGTATGAAATAGTG 299
Query 330 TCTATTCAAGATCGGTTGTCATTTGAGAAGGGCTTCTTTGCGGTTATCCGTGCTTGCCAA 389
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 300 CCAATTCAAGATCGGTTGTCATTTGAGAAGGGCTTCTTTGCGGTTATCCGTGCGTGTCAA 359
Query 390 TTGCTTTCTCAGAAGAATGATGGGATCATATTGGTTGGTGTTGCTGGACCTTCTGGTGCT 449
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 360 TTGCTTTCTCAGAAGAATGATGGGATCATATTGGTTGGGGTTGCTGGACCTTCTGGTGCT 419
Query 450 GGAAAGACTGTATTCACTGAGAAGATACTCAATTTTCTGCCAAGTGTTGCTGTCATTTCA 509
|||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 420 GGAAAGACTGTATTTACCGAGAAGATTCTCAATTTTCTGCCAAGTGTTGCTGTCATATCA 479
Query 510 ATGGACAATTATAATGATTCTAGTCGGATTGTTGATGGGAACTTTGATGATCCACGGTTA 569
|||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 480 ATGGACAATTATAATGATGCCAGTCGAATTGTTGATGGAAACTTTGATGATCCACGGTTA 539
Query 570 ACGGACTATGACACATTGCTCAAGAATCTTGAAGACTTAAAGGAAGGAAAGCAGGTTGAG 629
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 ACGGACTATGACACATTGCTCAAGAATCTTGAAGATTTAAAGGAAGGAAAGCAGGTTGAG 599
Query 630 GTTCCTATTTATGATTTTAAGTCCAGCTCTCGTGTTGGATACAGGACCCTTGATGTCCCA 689
||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 GTTCCCATTTATGATTTTAAGTCCAGCTCTCGTATTGGATACAGGACCCTTGATGTCCCA 659
Query 690 CCTTCTCGGATTGTGATTATTGAAGGAATCTATGCTTTGAGTGAAAAACTGCGACCTTTA 749
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 660 GCTTCTCGGATTGTGATTATTGAAGGAATCTATGCTTTGAGTGAAAAACTGCGTCCTTTA 719
Query 750 TTGGATCTTCGTGTGTCTGTTACTGGTGGAGTTCATTTTGACCTTGTTAAACGGGTTCTC 809
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 720 TTGGATCTCCGTGTGTCTGTTACTGGTGGAGTTCATTTCGACCTTGTTAAACGGGTTCTC 779
Query 810 CGTGATATACAACGTGCAGGTCAACAGCCAGAGGAGATTATCCATCAGATATCTGAAACA 869
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 CGTGATATACAACGTGCAGGTCAACAGCCAGAGGAGATTATCCATCAGATATCTGAAACG 839
Query 870 GTATACCCGATGTACAAAGCTTTCATTGAGCCAGATCTCCAGACTGCTCAAATCAAAATC 929
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 840 GTATACCCGATGTACAAAGCTTTCATAGAGCCAGATCTCCAGACTGCTCAAATCAAAATC 899
Query 930 ATTAATAAATTCAACCCCTTCACTGGTTTTCAGAGCCCGACTTACATCTTGAAGTCAAGA 989
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 ATTAATAAATTTAACCCCTTCACTGGTTTTCAGAGCCCGACTTACATCTTGAAGTCAAGA 959
Query 990 AAGGAGGTATCTGTTGATCAGATCAAGGCGGTCCTTTCTGATGGACATACAGAGACTAAG 1049
||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||
Sbjct 960 AAGGATGTATCTGTTGATCAGATCAAGGCGGTCCTTGCTGATGGACATACAGAGACCAAG 1019
Query 1050 GAGGAGACCTATGATATATATCTTCTTCCTCCGGGTGAAGATCCAGAGTCGTGCCAATCA 1109
|| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 GAAGAGACTTATGATATATATCTTCTTCCTCCGGGTGAAGATCCAGAGTCGTGCCAATCA 1079
Query 1110 TATTTGAGGATGCGGAATAAAGATGGAAAGTACAGCCTTATGTTTGAGGAATGGGTTACG 1169
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 TATTTGAGGATGCGGAATAAAGATGGAAAGTACAGCCTTATGTTTGAGGAATGGGTTACG 1139
Query 1170 GATACTCCTTTTGTCATATCCCCAAGGATTACATTTGAAGTCAGTGTTCGCCTACTTGGT 1229
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 GATACTCCTTTTGTCATATCCCCAAGGATTACTTTTGAAGTCAGTGTTCGCCTACTTGGT 1199
Query 1230 GGGCTCATGGCATTGGGATACACAATAGCAACTATACTTAAAAGGAACAGCCATGTATTT 1289
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1200 GGGCTCATGGCATTGGGATACACAATAGCAACTATACTTAAAAGGAACAGTCATGTATTT 1259
Query 1290 GCTACTGATAAGGTGTTTGTGAAAATCGATTGGCTTGAGCAACTGAATCGTCACTACATG 1349
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 GCTACTGATAAGGTGTTTGTGAAAATCGATTGGCTTGAGCAACTGAATCGTCACTACATG 1319
Query 1350 CAGGTGCAAGGTAAAGATCGGCAACTTGTACAGAGTACTGCAGAGCAGCTAGGATTGGAA 1409
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 CAGGTGCAAGGTAAAGATCGGCAACTTGTACAGAGTACTGCAGAGCAGCTAGGATTGGAA 1379
Query 1410 GGATCGTTCATTCCACGCACCTATATTGAACAGATCCAACTCGAAAAACTAATAAATGAA 1469
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||
Sbjct 1380 GGATCATTCATTCCACGCACCTATATTGAACAGATCCAATTGGAAAAACTAATAAATGAA 1439
Query 1470 GTAATGGCCCTACCAGATGATCTAAAGAACAAGCTTAGCTTAGATGAGGATTTGGTGTCT 1529
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1440 GTAATGGCCCTACCAGATGATCTAAAGAACAAGCTTAGCTTAGATGAGGATTTGGTGTCT 1499
Query 1530 AGTTCAAGCCCTAAGGAAGCACTCTTACGAGCGTCTGCAGATAGAGTAGCCATGAGAAAT 1589
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1500 AGTTCAAGCCCTAAGGAAGCACTCTTACGAGCGTCTGCAGATAGAGTAGCCATGAGAAAT 1559
Query 1590 AAGAACCTCAAAAGAGGCATGTCACACTCATATTCAACCCAAAGAGATAAGAATCTGTCC 1649
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1560 AAGAACCTCAAAAGAGGCATGTCACACTCATATTCAACCCAAAGAGATAAGAATCTGTCG 1619
Query 1650 AAGCTTGCTGGTTATTCTTCAAGCGATAGGAGGTACGAAGAAAGAAATCACGACTCGCCA 1709
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1620 AAGCTTGCTGGTTATTCTTCAAGCGATAGGAGGTACGAAGAAAGAAATCACGACTCGCCA 1679
Query 1710 GCGAACGAGGGGTTTATGACTCTGCTTTCAGAACAAATATCATCTCTCAACGAGAGAATG 1769
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1680 GCGAACGAGGGGTTTATGACTCAGCTTTCAGAACAAATATCATCTCTCAACGAGAGAATG 1739
Query 1770 GATGAGTTCACAAGTCGAATTGAAGAGCTCAATTCAAAGTTGAGCTGCAATAAAAACTCT 1829
||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1740 GATGAGTTCACAAGTCGGATCGAAGAGCTAAATTCAAAGTTGAGCTGCAACAAAAACTCT 1799
Query 1830 CCAACACAGCAGAGCTTGTCAATCCAAACCGAAGTCTGCAATGGGTCAGCTCCTACTTCG 1889
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1800 CCAACACAGCAGAGCTTGTCAATCCAAACTGAAGTCTGCAATGGGTCAGCTCCTACTTCG 1859
Query 1890 TATTTCATTTCTGGTCTGGACAATGGCTGCTTGACAAATTCCATAATGCCCCATTCATCA 1949
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1860 TATTTCATTTCTGGTCTGGACAATGGCTGCCTGACAAATTCCATAATGCCCCATTCATCA 1919
Query 1950 TCCTCCTCCCAACTAGCCAAGGATTCACCCTTAATGGAAGAGATATCGACCATATCACGA 2009
|| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 1920 TCATCCTCCCAATTAGCCAAGGATTCACCATTAATGGAAGAGATATCAACCATTTCACGT 1979
Query 2010 GGACAGCGTCAAGTTATGCATCAGTTGGATAATTTGTGCAATCTGATGAGGGAAAGCTCA 2069
||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1980 GGACAACGTCAAGTCATGCATCAGTTGGATAATTTGTGCAATCTGATGAGGGAAAGCTCA 2039
Query 2070 GCAGAAAGGTCACGCCTAGCAAGAACAGGGAGCAGCAATAGCGGTAACAGAGGCAGATCA 2129
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2040 GCGGAAAGGTCACGCCTAGCAAGAACAGGGAGCAGCAATAGCAGTAACAGAGGCAGATCA 2099
Query 2130 AGCAAAAGCTCCTTCTTGTCCAATGTGGAATCTAACAAGCTCCCTCTTGTGTTAACCGTG 2189
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2100 AGCAAAAGCTCCTTCTTGTCCAATGTGGAATCTAGGAAGCTCCCTCTCATGTTAACCGTG 2159
Query 2190 GCTATTTGCAGCATAGGTATTATAGTGATCAAGAGCTACATTAACAAGCGGCAATAACAT 2249
||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2160 GCTTTTTGCAGCATAGGCATCGTAGTGATCAAGAGCTACATTAGCAAGCGGCAATAACAT 2219
Query 2250 CTATTAGCCACTATGGGttttctcttctttttttgttcttttgttttggtatttttctCA 2309
|||||| ||||||||| | |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2220 CTATTAACCACTATGGATCTTCTCTTCTTTTTT-GTTCTTTTCTTTTGGTATTTTTCTCA 2278
Query 2310 CTGGAGGCGTTTTGTGAGCTTCCCTGGTTTCTCTACGTAGACAATGACGCCAGTTCTCTT 2369
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2279 CTGGAGGCGTTTTGTGAGCTTCCCTGGTTTCTCTACGTAGACAATGACGCCAGTTCTCTT 2338
Query 2370 CCCCTAAATTAGTCGTTTGGAAGACGTTCTCGATTA-TTTATTCAATAAAGTTTAGGTTT 2428
||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2339 CCCCTAAATTAGTCGTTTGGAAGACATTCTCGATTAATTTATTCAATAAAGTTTAG-TTT 2397
Query 2429 TTA 2431
|||
Sbjct 2398 TTA 2400
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 91759400205
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5