BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G26330.2
Length=3896
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg912417 jgi|Araly1|912417|Al_scaffold_0001_2671 5391 0.0
> Ahg912417 jgi|Araly1|912417|Al_scaffold_0001_2671
Length=3585
Score = 5391 bits (2919), Expect = 0.0
Identities = 3387/3609 (94%), Gaps = 48/3609 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 107 ATGGCGAGTCCAAGAGTCGTATCTGAAGATAGAAAGTCTGTTGACATCGAAATCGTCTCC 166
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||
Sbjct 1 ATGGCGAGTCCAAGAGTCTTATCTGAAGATAGAAAGTCTGATGACCTAGAAATCGTCTCC 60
Query 167 GTCGGAGCTCTCTATACCGGCTCATGGGATAAGAAGTACTGGAGTTCATCTAGGGTTGTG 226
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || | |
Sbjct 61 GTCGGAGCTCTCTATACCGGCTCATGGGACAAGAAGTACTGGAGTTCATCTA-GG--G-G 116
Query 227 AACAACACTAGATCTATTGAAACAACTTATGCATAT-GGCTACAAAGCTGTTCGAGCTCA 285
| | | ||||| || | ||||| | | | |||||||||||||||||||||||
Sbjct 117 --C-A-A--AGATC-GTT---TC-CCTTAT-CCTGTAGGCTACAAAGCTGTTCGAGCTCA 164
Query 286 CAGTGGGAACACATATTACATGGAGATTGAAGAAGGTGCCAAAGGACCTTTATTTCTGAT 345
|| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 165 CAATGGAAACACATATTACATGGAGATTGAAGAAGGTGCCAAAGGACCTTTATTTCTGAT 224
Query 346 TAGATATTTGGATGAATCATGGACGGGACAGACCCCGGATATTGCATGGGGAAAGCTCCA 405
||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 225 TAGATATATGGATGAATCCTGGACGGGGCAGACCCCGGATATTGCATGGGGAAAGTTCCA 284
Query 406 GAAGACGGACTTCTCTCACTTAAAAATATGGCATGGAAAACGGTTTACATGTAAGATGGG 465
|||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 285 GAAGACGGGCTTCTCCCACTTAAAAATATGGCATGGAAAACGATTTACATGTAAGATGGG 344
Query 466 CGGCATGGAGTTTTTTGGCTTCAAAAACCCGTTGGTTCAGAGGTTGCTCCGGGAACTTGT 525
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 345 CGGCATGGAGTTTTTTGGCTTCAAAAACCCGTTGGTTCAGAGGTTGCTCCGGGAACTTGT 404
Query 526 GACCAATTCCCATGGAATGGTAGAATCTAGCCCCAGCAGTAGGGCCTCTCATATCCGGGT 585
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||
Sbjct 405 GACCAATTCCCATGGAATGGTAGAATCTAGTCCCAGCAGTAGGGCCTCTCAAATCCCGGT 464
Query 586 CAACGATGAAAGGCCAGTCATGTGTGCTAATCCAAATTTATTATGTTATCTGGACATGCC 645
||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 465 CAATGATGAAAGGCCAGTCATGTGTGCAAATCCAAATTTATTATGTTATCTGGACATGCC 524
Query 646 AGTGGCTAGAAAGAAGAGAAGCAGAAAACCTGGAATAACATACCAGAATTCAGTAGCTAA 705
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||
Sbjct 525 AGTGGCTAGAAAGAAGAGAAGCAGAAAACCTGGAATAACATACCACAATTCAGTAGTTAA 584
Query 706 AAGTGTCCATAAAAAGCCAAGATTTCAAGACTCATTAACTGGTGGCGAGATTTTAAATTC 765
||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 585 AAGTGGCCATAAAAAGCCAAGATTCCAAGACTCATTATCTGGTGGCGAGATTTTAAATTC 644
Query 766 AGCACCAGTGTCAATCTGTTCAGGAAAAGGAGAAGTGGAGACAGTTGGTCAGCAAGTTGC 825
|||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||| | |||||||||
Sbjct 645 AGCACCAGTGTCAATCAGTTCAGTAAATGGAGAAGTGGAGACAGTTGGCCTGCAAGTTGC 704
Query 826 ACTACCAGAGCAGTTTCATTCTAATCATGCTACAAACGAATATTCATCTCTGCCATCAGA 885
|| ||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 705 ACCACCAGAGCAATTGGATTCTAGTCATGCTACAAACGAATATTCATCTCAACCTTCAGA 764
Query 886 AAAGCCACCACAAATGAAAATTTTCATCCCTATTCAAGAAACAAACCGGCTTCCTGACAG 945
||||||||| ||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 765 AAAGCCACCCCAAGTGAAAGTTGTCATCCCTATTCAAGAAACAAACCGGCTTCCTGATAT 824
Query 946 CTGTAAATCAAAGCCATTATCCAAATTTTCTG-A-A-G----------AG------T--T 984
|||||||||||||||||||||||||||||||| | | | || | |
Sbjct 825 CTGTAAATCAAAGCCATTATCCAAATTTTCTGCAGAGGTATTCCATAAAGAACTTCTACT 884
Query 985 TCATGGGTTGCAAGAAAAGGAAAACAAACCCAACGATGATAATTTTCTGCATGAGAGCCC 1044
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 885 TCATGGGTTGCAAGAAAAGGAAAACAAACCCAACGATGATAATTTTCTTAATGAGAGCCC 944
Query 1045 AAACATGACTGCTTCCAGTTTTTGTGCACCTGATACCTTGGATTTCCTGCAAGATAACAC 1104
||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 945 AAATATGACTGGTTCCAGTTTTTGTGCACCTGATACCTTGGATTTCCTGCAAGATAACAC 1004
Query 1105 CGCAAGTTCTGCTCCAAAAATAAATGATGATACAAGTTGCATGAAAAAGGAAGAATTGAC 1164
| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1005 CATAAGTCCTGCTCCAAAAATAGATGATGATACAAGTTGCATGAAAAAGGAAGAATTGAC 1064
Query 1165 ACATGCTAACATGGTAGTTGGTGAAGGGATTTTAGCTGAACCAAATGCAGAGGATTTAGC 1224
|| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||
Sbjct 1065 ACTTGCTAACATGGTAGTTGGTGAAGGGCTTTTAGCTGAACTAAATGCGGAGGATTTAGC 1124
Query 1225 TGACTCTACTTTGAATCTGACTTCTaaaaaaaGTGATTCTGATTTAGTTGATCAGGAAAC 1284
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1125 TGACTCTACTTTGAATCTGACTTCTAAAAATAGTGATTCTGATTCAGTTGATCAGGAAAC 1184
Query 1285 TGCCAAAACAATGATGTCATTACTACTTCCTCAAGCAATTCCACTGCTCAAGAAGACCTC 1344
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1185 TGCCAAATCAATGATGTCATTACTACTTCCTCAAGCAATTCCACTGCTCAAGAAGGCCTC 1244
Query 1345 AAGCAAGAAGCCCCCAAGAAATGATATGTCAGACAACTGCAAAACGAGCCAACTTAATGA 1404
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1245 AAGCAAGAAGCCCCCAAGAAATGATATGTCAGACAACTGCAAAACGAGCCAACTTAATGA 1304
Query 1405 TGCGTCAGGAACTGCTGTGTCACTGGCGATAAGAGAATCTAGTGGAGATGATGAGAATAT 1464
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1305 TGCGTCAGGAACTGCTGTGTCACTGGCGATAAGAGAATCTAGTGGAGATGATGAGAATAT 1364
Query 1465 GCAAGTTGTTGCTCCAGATTCCGATCAGGATTTTGCAAGCAATGTATCCATTGCTCCTGA 1524
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 1365 GCAAGTTGTTTCTCCAGATTCCGATCAGGATTTTGCAAGAAATGTATCCATTGCCCCTGA 1424
Query 1525 CAGTTTTGATGAGTCTCACTTGGTTGGTCCTGGGAGTGGACATATCATCTCTTCTTCCCA 1584
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
Sbjct 1425 CAGTTTTGATGAGTCTCACTTGGTTGGTCCTGGGAGTGGTCATATCATCTCTTCTTCCAA 1484
Query 1585 GGAAGTCTATCCAGCAGTCCTTCCTAAAATGCCCATAGACGAGGACCATGTTCCAATAGT 1644
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| | |||||| |||||||
Sbjct 1485 GGAAGTCTATCCAGCAGTCCTTCCTAAAATGCACATAGCCGAGAAACATGTTGCAATAGT 1544
Query 1645 AAATGATCTATCGGTTTCTGCTTTGGAAGAG-AATAATCAAGAAGAATATATGAAGAGGT 1703
|||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||| |||| |||||| ||
Sbjct 1545 AAATGATCTATCAGTTTCTGCTTTGGA-GACTAATAATCAAGAAGCATATGTGAAGAAGT 1603
Query 1704 TCATGTCAATACCACACTGTACCAGCTCAGTTAACATGATTTTATCCCAAGAATCTAAGG 1763
|||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1604 CCATGTCAATACCACACTGCACCAGTTCAGCTAACATGATTTTATCCCAAGAATCTAAGG 1663
Query 1764 AACGCTGTGCAGCAGAAGGAAACTTGTTGCAAAAAGAACACCACTCCGAAAACAAGGAAC 1823
||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1664 AACTCTGTGCAGAAGAAGGAAACTTGTTGCAAAAAGAACACCACTCAGAAAACAAGGAAC 1723
Query 1824 CAAAGAGCACATTTTGTTCTACTGAAGGTAATGGTTTTCCGGTCGACACAACCCCTACTG 1883
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| | |
Sbjct 1724 CAAAGAGCACATTATGTTCTACTGAAGGTAATGGTTTTCTGGTCAACACAAC---T---G 1777
Query 1884 AAGCTTGTTCAGTTAAAAAGGAAAATCATAAGGTGTATATCAGAAAAAGAGTCTCGACCA 1943
||||||||||| ||||||| ||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1778 AAGCTTGTTCAATTAAAAAAGAAAAACATAAAGTGTATAGCAGAAAAAGAGTCTCGACCA 1837
Query 1944 ATCAACATCGAATAAACAGAAATTTATCCTCTGAAAGTAAAAACAGTTGCAGAAATACTG 2003
|||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1838 ATCAACATCGAAGAAACAGAAATTCGTCCTATGAAAGTAAAAACAGTTGCAGAAATACTG 1897
Query 2004 GAGAAGATGATTCCATAAGGAATATGTCTCCGATTAATTCCTCACGTATCTTGGAGCTTC 2063
||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 1898 GAGAAGATGATCCCATAAGGAGTATGTCTCCTATTAATCCCCCACGTATCTTGGAGCTTC 1957
Query 2064 AGCCGACCTTGTCTACCAACTCAGTATCAGATAGAACGAATCCTCTGGGTAATGAAAGCG 2123
|||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||| || ||
Sbjct 1958 AGCCGACCGTGTCTACCAACTCTGTATCAGATAGAACGAATCCTTTGGGCAATGGAATCG 2017
Query 2124 GTCATGTAACAGAACAATACCAGGGTCCTGAGTTAGTGAAGGTGAATAACAACACATTCA 2183
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2018 GTCATGTAACAGAACAATACCAGGGTCCTGAGTTGGTGAACGTGAATAACAACACATTCA 2077
Query 2184 CCAATGTAAAAAGCAATGAGGCGTGTGTGGTACCACAAGATACAAGGTCAGCTCATGCTT 2243
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||
Sbjct 2078 CCAATGTAAAAAGCAATGAGGCGTGTGTGATACCACAAGATATGAGGTCAGCTCATACTT 2137
Query 2244 TTGGAAGTGCAAGTATATCATCATCCTCATTTCCAGCTTCAAAATTTGAGGATTGTCAAG 2303
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2138 TTGGAAATGCAAGTATATCATCATCCTCATTTCCAGCTTCAAAATTTGAGGATTGTCAAG 2197
Query 2304 CCAATATTGGTGAGGAATTGGGCATCCAAGTCTCTGAACCACCTTCTACAGAGTCTCAGT 2363
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2198 CCAATATTGGTGAGGCATTGGGCATCCAAGTCTCTGAACCACCTTCTACAAAGTCTCAGT 2257
Query 2364 ATAAGGAAAATACTAGCGAGAAATGCACGTCTGTGCAGGAATTTCCAGCTAGTTCAAATT 2423
|||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2258 GTAAGGAAAATACTAGCGAGAAAAGAACCTCTGTGCAGGAATTTCCAGCTAGCTCAAATT 2317
Query 2424 TAAAGCTCAACAGAGATGTAAAGATCAACAATGAGATGGAAAAAACTGTTGAGCTGCTTG 2483
|| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||
Sbjct 2318 TAGAGATCAACAGAGATGTAAAGATCAACAATGAGATGGGAAAAACGGTTGAGCTGCTTG 2377
Query 2484 GCTGCTACTTTCATCCCATGCCTGTTTCATCAGTATTACTCAGGACTGTTGGAAATGAAA 2543
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||| ||| |||||||
Sbjct 2378 GCTGCTACTTTCATCCCATGCCAGTTTCATCAGTATTACTCAAGTCTGCTGGGAATGAAA 2437
Query 2544 TCTATATTTTG-GTGTTGAGCTTTGCTACAGAAGATAGAGTTAGGACCCTGTTTATGTAC 2602
||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2438 TCTATATTT-GCGTGTTGAGCTTTGCTACAGAAGATAGAGTTAGAACCCTGTTTATGTAC 2496
Query 2603 AAGATGTCAGCTGAGGCACCAAGCAAAGGATTCCCGTCTATCATTGGTCACACTCCTGCC 2662
|||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2497 AAGATGTCAGCTAAAGCACCAAGCAAAGGATTCCCCTCTGTCATTGGTCACACTCCTGCC 2556
Query 2663 ATACTCCCCATTGTGGATGACAAATCTAGTGGAAATGGAACACTCGAGATATCTAATTTG 2722
|||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2557 ATACTCCCCACTGTGGATGACAAATCTGGTGGAAATAGAACACTCGAGATATCGAATTTG 2616
Query 2723 CACTTCACTCCAGACGGGCTGCATCTTATTTTAACTGGCAACATCAAAACACCTTATTGC 2782
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2617 CACTTCACTCCAGACGGGCTGCATCTTATTTTAATTGGCAACATCAAAACACCTTATTGC 2676
Query 2783 AGGAAGAGGGAAACTGATTGCTCGTGTTTGATTTGTACATCAGCCTGTTTTGAGGAGAAT 2842
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2677 AGGAAGAGGGAAACTGATTGCTCGTGTTTGATTTGTACGTCAGCCTGTTTTGAGGAGAAT 2736
Query 2843 GCAGTGAGGATTGTCCAGGTGAAAACTGGTCATGTTTCTCTTGTGACAAAACTTCAAGCA 2902
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2737 GCAGTGAGGATTGTCCAGGTGAAAACTGGTCATGTTTCTCTTGTGACAAAACTTCAAGCA 2796
Query 2903 GATGACAGTGTGCAGTGTGTGGTGGTGTGCGATCCTAACAATCTCATTGCAGCTGTTAAG 2962
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2797 GATGACAGTGTGCAGTGCGTGGTGGTGTGCGATCCTAACAATCTCATTGCAGCTGTTAAA 2856
Query 2963 AGTGGAAACCTTATTGTCTGGGCCATGAACTCGCATTGGAGTGGTCCTACCGAAGAATAT 3022
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
Sbjct 2857 AGTGGAAACCTTATTGTCTGGGCCATGAACTCGCATTGGAGTGGTTCTACCGAAGAATTT 2916
Query 3023 GTTATACTCGCAAATCCTTGCATATCATCATGCATCATGGAACTGAAGAAGATACCAAAA 3082
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2917 GTTATACTCGCAAATCCTTGCATATCATCATGCATCATGGAACTGAAGAAGATCCCAAAA 2976
Query 3083 TGTCCTCATCTCGTTATTGGGCATAATGGTATAGGAGAATTTACAATATGGGATATCTCG 3142
||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2977 TGTCCTCATCTCGTTATCGGGCATAATGGTATTGGAGAATTTACAATATGGGATATCTCA 3036
Query 3143 AAGCGAAGCCTAGTATCAAGATTTGTATCTCCCAGCAATTTGATCTTTGAGTTCATTCCG 3202
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3037 AAGCGAAGCCTAGTATCAAGATTTTTATCTCCCAGCAGTTTGATCTTTGAGTTCATTCCA 3096
Query 3203 ACGAGCTTGTTTGCATGGCACCCTGTACATAGTCATTCTACAATCGAGGATAACGTTGAC 3262
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 3097 ACCAGCTTGTTTGCATGGCACCCTGTACATAGTCATTCTACAATCGAGGATCACGTTGAC 3156
Query 3263 ATGATTTTAGCTGCAACAAAATTATGGTTCTCAAAAGGGGTCAACAACAAAACATTGGTT 3322
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 3157 ATGATTTTAGCTGCAACAAAACTATGGTTCTCAAAAGGGATCAACAACAAAACATTGGTT 3216
Query 3323 CCAGCTGAAGTCAAAGACACTGCTATTTGGCTTTTAGTCTCTACTGATCTTGACTCAGAT 3382
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 3217 CCAGCTGAAGTCAAAGACACTGCTATTTGGCTTTTAGTCTCTACTGATCTTGAATCCGAT 3276
Query 3383 GCTAAATGTGACCGTGTAGAAAGTCCAGTTAGATGTTGGAGACTTGCTCTCCTTGTGAAA 3442
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3277 GCTAAATGTGACCGTGTAGAAAGTCCAGCTAGATGTTGGAGACTGGCTCTCCTTGTGAAA 3336
Query 3443 GACCAACTCATATTGGGAAGTCAGTTGGATCCGAGGGCTGATGTTGCCGGTACAATATCT 3502
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3337 AACCAACTCATATTGGGAAATCAGTTGGATCCGAGGGCTGATGTTGCCGGTACAATATCT 3396
Query 3503 GGCCATGGAGTAGCAGGCACACTTGATGGACTTGTGTATATGTGGGACTTATCCACTGGC 3562
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3397 GGTCATGGAGTAGCAGGCACACTTGATGGACTTGTGTATATGTGGGACTTGTCCACTGGC 3456
Query 3563 ACTAAACTCGGCTCTCTCCATGATTTCAAAGGTCAAAGAGTTTCATGCATCAGTACTGAT 3622
|||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 3457 GCTAAACTCGGTTCTCTTCATGATTTCAAAGGTCAAAGAGTTTCATGCATAAGTACAGAT 3516
Query 3623 GATTCCAGAAATATATGCATAGCAAGTGAAGATGGTCAGCTCCTAGTTTATTGCCATCCG 3682
|| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3517 GACTCGAGAGATATATGCATAGCAAGTGAAGATGGTCAGCTCCTAGTTTATTGCCATCCG 3576
Query 3683 GAAAAGTAA 3691
|||||||||
Sbjct 3577 GAAAAGTAA 3585
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 147244749937
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5