BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G26460.1
Length=2310
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg472772 jgi|Araly1|472772|fgenesh2_kg.1__2726__AT1G26460.1 3221 0.0
> Ahg472772 jgi|Araly1|472772|fgenesh2_kg.1__2726__AT1G26460.1
Length=1976
Score = 3221 bits (1744), Expect = 0.0
Identities = 1894/1968 (96%), Gaps = 4/1968 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 23 AGAACTCAGAAAACCCTAAACACAGATAAACCCCAAAACTCAAAAACCAAATCTTTCCAA 82
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 1 AGAACTCAGAAAACCCTAAACACAGATAAACCCCAAAACTCAAAAAACAGATCTTTCCAA 60
Query 83 CAATGGCGTCTCATCTCTTTACCCGATCTCGAATCTCTCTCCTCAAAACCCTAAAACCCA 142
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 CAATGGCGTCTCATCTCTTTACCCGATCCCGAATCTCTCTCCTCAAAACCCTAAAACCCA 120
Query 143 ATCCTTTTACCTC-AGCTTCACCCATCAGAGCCATTTCCGGTACACCATTCCTCTCTCAA 201
||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 ATCCTTTTACCTCTA-CTTCACCCATCAGAGCCATTTCCGGTACACCATTCCTCTCTCAA 179
Query 202 GATCCTCTGCTCGCAACCGAATCAACAGATCACGACCCATCAAACCATCAATCAACCTCC 261
|| || | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 180 GACCCCCAGCTCGCAACTGAATCAACAGATCACGACCCATCAAATCATCAATCAACCTCC 239
Query 262 ACGCCGCTTCCACCGAATCCAGCAACAGGAAGTCCTCTTTACCAAGAGAATTGGCGTAGT 321
||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 240 ACGCCGCTTCCACCGAATCCAGCCACCGGAAGTCCTCTATACCAAGAGAATTGGCGTAGT 299
Query 322 CCGATCCCAAACACTCCTTCCTTCAACCAATCTCTAGTTCCATTAGGATTTCTAAATCAA 381
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 300 CCGATCCCAAACACTCCTTCCTTCAACCAATCTCTTGTTCCTTTAGGATTTCTAAATCAA 359
Query 382 GCTCCTGCTCCTCGTATCAGAGCTCTCTCTGAGACGCTTGACATGAACTCGCTGCTGAAT 441
|||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 360 GCTCCTGCAGCTCGTATCAGAGCACTCTCTGAGACGCTTGACATGAACTCTCTGCTTAAC 419
Query 442 ATGTTTGCGGATTGGACTGCTTCGCAGCGTTGGTCTGACATGAAGCAGCTTTTTGAGGTT 501
|||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 ATGTTTGCTGATTGGACTGCGTCGCAGCGTTGGTCTGACATGAAGCAGCTTTTTGAGGTC 479
Query 502 TGGGTTCGATCGCTTGACAAGAATGGGAAGCCGAATAAGCCTGATGTGAACCTTTACAAT 561
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 480 TGGGTTCGATCGCTTGACAAGAATGGGAAGCCGAATAAGCCTGATGTGAACCTCTACAAT 539
Query 562 CATTACCTTCGAGCTAACTTGATGATGGGTGCTTCTGCTGGAGATATGCTTGATCTTGTT 621
||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 540 CATTACCTTCGAGCTAATTTGATGATGGGTGCTTCGGCTGGAGACATGCTTGATCTTGTT 599
Query 622 GCGCCAATGGAGGAGTTTTCTGTTGAACCTAATACAGCGTCTTATAATCTAGTTTTGAAG 681
||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 GCGCCAATGGAAGAGTTTTCTGTGGCACCTAATACAGCGTCTTATAATCTAGTTTTGAAG 659
Query 682 GCTATGTACCAGGCAAGAGAGACTGAAGCCGCCATGAAGCTGCTTGAACGGATGCTCCTC 741
|||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 GCTATGTACCAGGCAAGAGAGACTGATGCTGCCATGAAGCTGCTTGAACGGATGCTCCTG 719
Query 742 TTGGGGAAGGACTCTCTTCCGGATGATGAATCATATGATTTGGTTATTGGAATGCATTTT 801
||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 TTGGGCAAGGAATCTCTTCCGGATGATGAATCATATGATTTGGTTATTGGAATGCATTTT 779
Query 802 GGAGTTGGGAAGAATGACGAAGCCATGAAAGTTATGGACACGGCACTGAAATCTGGTTAT 861
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||
Sbjct 780 GGAGTTGGGAAGAATGACGAAGCCATGAAAGTTATGGATATGGCACTGAAATCTGGTTAT 839
Query 862 ATGTTATCCACCAGTGTCTTTACTGAATGTGTTCGTAGTTGTGTAGCCAAAGGTAGGACA 921
|||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 840 ATGTTATCCACCTCAGTATTTACTGAATGTGTTCGTAGTTGTGTAGCCAAAGGTAGGACA 899
Query 922 GATACACTGGTCTCCATCATCGAGAGGTGTAAGGCTGTTGATCGGAACAAGTCTCTTTGC 981
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 900 GATACACTGGTCTCCATCATCGAGAGGTGTAAGGCTGTTGATCGGAACAAGTCCCTTTGC 959
Query 982 CCTAGCTGGATACTGTGTAACTATATTGCAGAAGTTGCAATTCAAGAGGATAATAGCAAG 1041
|||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 CCTAGCTGGATACTGTGTAATTATATTGCTGAAGTTGCAATTCAAGAGGATAATAGCAAA 1019
Query 1042 TTGGCCTTTTATGCGTTTGAATTTATGTTCAAGTGGATCACTAGAGGCGAAATGGCTAGG 1101
|| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 TTAGCATTTTATGCGTTTGAATTTATGTTCAAGTGGATCACTAGAGGCGAAATGGCTAGG 1079
Query 1102 CCGTCGGTTATTTTTTCTGTTGATGAAGGGTTGGTAGTAGCAGGCCTTGCAAGTGCTGCT 1161
|| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1080 CCCTCGGTTATTCTTTCTGTTGATGAAGGGTTGGTAGTAGCAGGCCTTGCAACTGCTGCT 1139
Query 1162 AGGACTTGTAGTTCATCTTTAGTGGAAGGATCATGGACGATTCTGAAACAGAGTCTGCGT 1221
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 AGGACTTGTAGTTCATCTTTAGTGGAAGGATCATGGACGATTCTGAAACAGAGTCTGCGT 1199
Query 1222 GGGAGGAAGGCAGCCAACCCTGCATCTTACATTGCAAAGATTAATGCCTATGCATCGTTG 1281
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1200 GGGAGGAAGGCAGCCAACCCTGCATCTTACATTGCAAAGATTAATGCCTATGCATCATTG 1259
Query 1282 GGGAATCTGCAAAAAGCTTTCACTTCACTTCATGAACTTGAATCCGCATACGCAGACTCT 1341
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1260 GGGAATCTGCAAAAAGCTTTCACCTCACTTCATGAACTTGAATCCGCATATGCAGACTCT 1319
Query 1342 GAAAAAGAAGTTGTGGAGGAAATGCTTTCACCTTTTACATCATTATACCCGCTGGTTGTG 1401
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1320 GAAAAAGAAGTTGTGGAGGAAATGCTTTCACCTTTTACATCCTTATACCCGCTGGTTGTG 1379
Query 1402 GCGTGCTCTAAGAAAGGTTTTGAGACATTGGATGAGGTATACTTCCAGTTGGAGAGTTTG 1461
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 GCGTGCTCTAAGAAAGGTTTTGAGACATTGGATGAGGTATACTTCCAGTTGGAGAGTTTG 1439
Query 1462 AGTCAAGGTGATACTCCATATAAGTCTGTTGCTGCTCTAAACTGTATAATTCTTGGCTGC 1521
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1440 AGTCGAGGTGATACTCCATATAAGTCTGTTGCTGCTCTAAACTGTATAATTCTTGGCTGC 1499
Query 1522 GCAAACACATGGGATCTGGATCGTGCTTATCAGACGTTTGAGGCAATAAGTGCCTCTTTT 1581
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 1500 GCAAACACATGGGATCTGGATCGTGCTTATCAGACGTTTGAGGCAATAAGTGCTTCCTTT 1559
Query 1582 GGGCTGACTCCTAATATCGATTCATACAACGCTTTACTATATGCATTTGGAAAAGTCAAG 1641
||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1560 GGGCTAACTCCTAATATCGATTCATACAATGCTTTACTATATGCATTTGGAAAAGTCAAG 1619
Query 1642 AAGACTTTCGAGGCCACGAATGTATTCGAGCATCTGGTTAGCATAGGTGTTAAACCTGAT 1701
|||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1620 AAGACTTTTGAGGCCACAAATGTATTCGAGCATCTGGTTAGCATAGGTGTTAAACCTGAT 1679
Query 1702 TCCCGGACGTATTCATTACTGGTTGATGCTCATCTCATTAACCGGGATCCCAAATCAGCT 1761
||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1680 TCCAGGACGTATTCATTGCTGGTTGATGCTCATCTCATTAACCGGGATCCCAAATCAGCT 1739
Query 1762 CTGACCGTCGTTGATGACATGATCAAGGCTGGATTTGAACCCTCTAGGGAGACATTGAAA 1821
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1740 CTGACCGTCGTTGATGACATGATCAAGGCTGGATTTGAACCCTCCAGGGAGACATTGAAA 1799
Query 1822 AAGCTGAGAAGGAGATGTGTCAGGGAAATGGACGATGAAAACGATGATCAAGTGGAGGCA 1881
||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1800 AAGCTCAGAAGGAGATGTGTCAGGGAAATGGACTATGAAAACGATGATCAAGTGGAGGCA 1859
Query 1882 TTGGCCAAGAAGTTTCAGATCAGAATGGGAAGCGAGAACCGCAGGAACATGCTGTTCAAC 1941
||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1860 TTGGCCAAGAAGTTTCAAATCAGGATGGGAACCGAGAACCGCAGGAACATGCTGTTCAAC 1919
Query 1942 ATAGACTACTCCAGGGGCCGAGCATTAAACA-ATTGAAATCCAAAATG 1988
|||||||||||||||||||||||| ||| || || |||||||||||||
Sbjct 1920 ATAGACTACTCCAGGGGCCGAGCAATAAGCAGAT-GAAATCCAAAATG 1966
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 86998119580
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5