BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G26570.1
Length=1712
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg472752 jgi|Araly1|472752|fgenesh2_kg.1__2706__AT1G26570.1 2634 0.0
> Ahg472752 jgi|Araly1|472752|fgenesh2_kg.1__2706__AT1G26570.1
Length=1662
Score = 2634 bits (1426), Expect = 0.0
Identities = 1591/1668 (95%), Gaps = 22/1668 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GCAAATTCCATCATCGTCGCCGCAACAATATCTTTTGCTTTCTCTCTCATTCTTCACCAG 60
|||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||
Sbjct 1 GCAAATTCCATCGTCGTCGCCGCAACAATCTCTTTTGATCTCTCTCTCATTCTTCACCAG 60
Query 61 TAAC-AAGCCCATCTCTCGATT-CTTCACTCTCAAG---GAAGGAGACGTTTTGAAAATC 115
||| |||||||||||||| || ||| ||||||||| ||||||| ||||||||| ||
Sbjct 61 CAACAAAGCCCATCTCTCGCTTGCTT-ACTCTCAAGTCTCAAGGAGAAGTTTTGAAATTC 119
Query 116 AGAAATGGTGAAGATATGCTGCATAGGAGCTGGTTATGTGGGTGGTCCAACCATGGCGGT 175
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 120 AGATATGGTGAAGATATGCTGCATAGGAGCTGGTTATGTGGGTGGTCCAACAATGGCAGT 179
Query 176 GATGGCTCTTAAGTGTCCTGAGATTGAAGTAGTCGTTGTGGATATCTCTGAACCAAGGAT 235
||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 180 GATGGCTCTCAAGTGTCCTGAGATTGAAGTAGCCGTTGTGGATATATCTGAACCAAGGAT 239
Query 236 CAATGCTTGGAACAGTGATAGGCTTCCTATTTACGAGCCGGGATTGGAAGATGTGGTGAA 295
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 240 CAATGCTTGGAACAGTGATCGGCTTCCTATTTACGAGCCTGGTTTGGAAGATGTGGTGAA 299
Query 296 ACAATGCAGAGGGAAAAACCTCTTCTTTAGCACAGACGTGGAGAAACATGTATTTGAGAG 355
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 300 ACAATGCAGAGGGAAAAATCTCTTCTTTAGCACAGACGTGGAGAAACATGTCTTTGAGAG 359
Query 356 TGATATTGTATTTGTCTCAGTTAACACTCCAACCAAAACACAAGGTCTTGGTGCTGGCAA 415
||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 TGATATTGTGTTTGTATCAGTTAACACTCCAACCAAAACACAAGGTCTTGGTGCTGGCAA 419
Query 416 AGCTGCTGATCTTACTTACTGGGAGAGTGCTGCTCGGATGATCGCTGATGTCTCCAAATC 475
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 AGCTGCTGATCTTACTTACTGGGAGAGTGCTGCTCGGATGATCGCTGATGTCTCCAAATC 479
Query 476 TAGCAAAATCGTTGTTGAGAAATCCACGGTTCCTGTGAGGACAGCAGAGGCTATTGAAAA 535
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 480 TAGCAAAATCGTTGTTGAGAAATCCACGGTTCCTGTGAGGACAGCAGAGGCCATCGAAAA 539
Query 536 GATACTGACACATAACAGCAAAGGCATAGAGTTTCAGATTCTCTCTAACCCTGAATTTCT 595
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||
Sbjct 540 GATACTGACCCATAACAGCAAAGGCATAGAGTTTCAGATTCTCTCAAATCCAGAATTTCT 599
Query 596 TGCTGAGGGTACTGCAATTAAGGATCTTTATAACCCAGACCGTGTGT-TGATTGGTGGTA 654
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||
Sbjct 600 TGCTGAGGGTACTGCAATTAAGGACCTTTATAACCCAGACCGTGT-TCTGATTGGTGGTA 658
Query 655 GGGATACTGCAGCAGGGCAAAAGGCTATTAAAGCTTTAAGAGATGTTTATGCTCATTGGG 714
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 659 GGGATACTGCAGCCGGGCAAAAGGCTATTAAAGCTTTAAGAGATGTTTATGCTCATTGGG 718
Query 715 TTCCAGTGGAACAAATCATTTGCACGAACCTGTGGTCCGCTGAGCTCTCTAAGCTTGCAG 774
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 719 TTCCAGTGGAACAAATCATTTGCACGAACCTCTGGTCCGCTGAGCTCTCTAAGCTTGCAG 778
Query 775 CAAATGCATTCTTAGCTCAGAGGATATCATCTGTCAATGCCATGTCAGCTCTATGTGAGG 834
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 779 CAAATGCATTCTTGGCTCAGAGGATATCATCTGTCAATGCCATGTCAGCTCTATGTGAGG 838
Query 835 CAACTGGCGCTGATGTTACACAAGTTGCGCATGCCGTGGGTACAGATACTAGAATTGGTC 894
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 839 CAACTGGCGCTGATGTTACACAAGTTGCGCATGCCGTGGGTACAGATACTAGAATTGGTC 898
Query 895 CAAAGTTCTTGAATGCTAGTGTTGGTTTTGGTGGATCATGTTTCCA-AAAGGACATCCTA 953
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||
Sbjct 899 CAAAGTTCTTGAATGCTAGTGTTGGTTTTGGTGGATCATGTTTCCAGAAAG-ACATCCTA 957
Query 954 AATCTTATCTATATTTGTGAATGCAACGGCTTGCCCGAAGCAGCTAATTACTGGAAACAA 1013
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 958 AATCTTATCTATATCTGTGAATGCAACGGCTTGCCCGAAGCAGCTAATTACTGGAAACAA 1017
Query 1014 GTCGTAAAGGTGAACGACTATCAGAAAATACGGTTTGCAAACCGGGTTGTTTCTTCAATG 1073
||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1018 GTCATAAAGGTGAACGACTATCAGAAAATAAGGTTTGCAAACCGGGTTGTTTCTTCTATG 1077
Query 1074 TTTAACACAGTCTCGGGCAAGAAAATCGCGATCCTCGGTTTTGCCTTCAAGAAGGACACA 1133
||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1078 TTTAACACAGTTTCGGGCAAGAAAATTGCGATCCTTGGTTTTGCCTTCAAGAAGGACACA 1137
Query 1134 GGTGACACGAGAGAGACTCCAGCGATTGATGTTTGTAACAGATTAGTTGCAGACAAGGCC 1193
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1138 GGTGACACGAGAGAGACTCCAGCCATTGATGTTTGTAACAGATTAGTTGCGGACAAGGCC 1197
Query 1194 AAGCTGAGCATATACGACCCACAAGTTCTTGAAGAACAGATCAGAAGAGATCTTTCCATG 1253
|||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1198 AAGCTGAGCATATACGACCCACAAGTCCTTGAAGGACAGATCAGAAGAGATCTTTCCATG 1257
Query 1254 GCTAGGTTTGACTGGGACCACCCTGTTCCTCTTCAGCAGATTAAAGCTGAAGGTATCTCA 1313
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1258 GCAAGGTTTGACTGGGACCACCCTGTTCCTCTTCAGCAGATTAAAGCTGAAGGTATCTCA 1317
Query 1314 GAGCAAGTGAATGTCGTCTCAGATGCTTACGAGGCAACTAAAGATGCGCACGGCCTATGT 1373
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1318 GAGCAAGTGAATGTCGTCTCAGATGCTTACGAGGCAACTAAAGATGCGCACGGCCTTTGT 1377
Query 1374 GTCTTAACCGAATGGGATGAGTTTAAATCCTTGGACTTCAAGAAAATCTTTGACAATATG 1433
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1378 GTCTTAACCGAGTGGGATGAGTTTAAATCCTTGGACTTCAAGAAAATCTTTGACAATATG 1437
Query 1434 CAGAAACCAGCTTTTGTGTTCGATGGTAGGAATGTTGTTGATGCAGTGAAGCTGCGTGAG 1493
|||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1438 CAGAAACCAGCTTTTGTGTTTGATGGTAGGAACGTTGTTGATGCAGTGAAGCTGCGTGAG 1497
Query 1494 ATCGG-TTTCATCGTCTACTCCATTGGTAAACCGCTTGATTCATGGCTCAAGGATATGCC 1552
||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1498 ATCGGGTTT-ATCGTCTACTCCATTGGTAAACCGCTTGATTCATGGCTCAAGGACATGCC 1556
Query 1553 TGCTGTGGCATGAAGGTGCCAACTTCAACCAAAC--TATATGTCTTTTCTAAAATATAGT 1610
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||| ||||||||
Sbjct 1557 TGCTGTGGCATGAAGGTGCCAACTTCAACCAAACACTATATCTCATTTCTATAATATAGT 1616
Query 1611 ATCTTAAGATTCCTT-ATAA----ATTCTG-TTGTAACCAAGCTGAAA 1652
|| | |||||||||| || ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1617 AT-T-AAGATTCCTTTATTTCCTGATTCTCATTGTAACCAAGCTGAAA 1662
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 64220153070
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5