BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G26810.1
Length=2443
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg472719 jgi|Araly1|472719|fgenesh2_kg.1__2673__AT1G26810.1 3496 0.0
> Ahg472719 jgi|Araly1|472719|fgenesh2_kg.1__2673__AT1G26810.1
Length=2389
Score = 3496 bits (1893), Expect = 0.0
Identities = 2260/2430 (93%), Gaps = 53/2430 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 AAACCACCTTCGCTTTCTCTGCTGGTGGAA---GGTGCTTCGATACTACGACAAAGAGCA 57
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 AAACCACCTTCGCTTTCTCTGCTGGTGGAAGGTGGTGCTTCGATACTACGACAAAGAGCA 60
Query 58 GCGAACTAGTAAAGCCTCGGAGATCTGAATCCCA-TTTCAATCAGCAAATCTTTCCGTCT 116
| |||||||||| |||| ||||||||| |||| ||| | || || |||||||||||
Sbjct 61 ACAAACTAGTAAATCCTCAGAGATCTGAGCCCCATTTTTACTCGGCTTATCTTTCCGTCA 120
Query 117 CTACTTCTCTG--TTTGCCGGTGTACCGGATTCTGATTCCGGAACAGACATTGCTTAATT 174
||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
Sbjct 121 CTACTTCTC-GACATT-CCGGTGTACCGGATTCTGATTCCGGAACGGACATTGCTTCACG 178
Query 175 TTGCTTCCCT-TTGGCCTGGATTGATTGAAGTTAAAAAATAGCTACATTGTACTGTAAGA 233
||| || | | || | ||||||||| | |||||| |||| | ||||| ||||||||||
Sbjct 179 TTGTTTTCATGTT-TCAGGGATTGATTTACGTTAAACAATATCAACATTCTACTGTAAGA 237
Query 234 TTGAATATTGATGATCTCGCCGCGCGATTTCTCGTTTGAGTGATTTTCGGCTG-TGAAAA 292
|||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||
Sbjct 238 TTGAATCTTGATGATCTCGCCGCCCGATTTCTCGTTTGAGTGATTTT-GGCTGAT-AAAA 295
Query 293 ATGAAGAGATTTTATGGAGGGCTTCTTGTTGTATCAATGTGTATGTTCTTGACGGTGTAT 352
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 296 ATGAAGAGATTTTATGGAGGACTTCTTGTTGTATCAATGTGTATGTTCTTGACAGTGTAT 355
Query 353 AGATATGTAGACTTGAACACTCCTGTTGAAAAGCCTTATATTACTGCTGCTGCTTCTGTT 412
|||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 356 AGATATGTTGACTTGAAAACTCCTGTTGAAAAGCCTTTTATTACTGCTGCTGCTTCTGTT 415
Query 413 GTTGTTACTCCTAACACCACTCTTCCTATGGAATGGCTGCGGATTACTCTCCCTGACTTT 472
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 416 GTTGTTACTCCTAACACCACTCTTCCTATGGAATGGCTGCGGATTACTCTCCCTGACTTT 475
Query 473 ATGAAAGAAGCGAGGAATACTCAAGAAGCGATATCTGGTGATGATATCGCTGTTGTCTCG 532
||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 476 ATGAAAGAAGCGAGGAACACTCAAGAAGCGTTATCTGGTGACGATATCGCTGTTGTTTCG 535
Query 533 GGTTTGTTTGTTGAGCAGAATGTGTCTAAAGAAGAGAGAGAGCCTTTGCTTACTTGGAAC 592
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 536 GGTTTGTTTGCTGAGCAGAATGTGTCTAAAGAAGAGAGAGAGCCTTTGCTTACTTGGAAC 595
Query 593 CGTTTGGAAAGTCTTG-TTGATAATGCACAGAGTTTAGTTAATGGAGTTGATGCTATTAA 651
|||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 596 CGTTTGGAAAGT-TTGGTTGATAATGCACAGAGCTTAGTTAATGGAGTTGATGCTATTAA 654
Query 652 GGAAGCTGGCATTGTTTGGGAGAGTCTTGTGTCTGCTGTTGAAGCTAAGAAACTAGTTGA 711
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 655 GGAAGCTGGCATTGTTTGGGAGAGTCTTGTGTCAGCTGTTGAAGCTAAGAAACTAGCTGA 714
Query 712 TGTTAATGAAAATCAGACGAGGAAAGGAAAAGAGGAGCTTTGTCCTCAGTTTCTAAGCAA 771
||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 715 TGTCAATGAAAATCAAACGAGGAAAGGGAAAGAAGAGCTTTGTCCTCAGTTTCTCAGCAA 774
Query 772 AATGAATGCTACTGAAGCTGATGGGAGTAGTCTGAAGTTGCAAATTCCTTGTGGTTTGAC 831
||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 775 AATGAATGCTACTGAAGCTGATGAGAGTAGTCTCAAGTTGAAAATTCCTTGTGGTTTGAC 834
Query 832 TCAGGGTTCCTCCATCACAGTTATTGGCATCCCAGATGGTCTTGTTGGTAGTTTTCGGAT 891
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 835 TCAGGGTTCCTCCATCACAGTTATTGGCATCCCAGATGGTCTTGTTGGTAGTTTCCGGAT 894
Query 892 TGATCTAACGGGACAACCGCTTCCAGGGGAGCCTGATCCACCCATCATTGTGCATTATAA 951
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||| ||
Sbjct 895 TGATCTAACGGGACAACCGCTTCCAGGGGAGCCTGATCCGCCCATTATTATGCATTACAA 954
Query 952 TGTTAGGCTTCTTGGTGACAAATCGACGGAAGACCCTGTGATTGTTCAAAACAGCTGGAC 1011
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 955 TGTTAGGCTTCTTGGTGACAAGTCGACGGAAGACCCTGTAATTGTTCAAAACAGTTGGAC 1014
Query 1012 GGCATCTCAGGACTGGGGAGCTGAGGAACGCTGTCCAAAATTTGATCCTGATATGAATAA 1071
||||||||| || ||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1015 GGCATCTCATGATTGGGGCCCTGAGGAACGTTGTCCAAACTTTGATCCTGATATGAATAA 1074
Query 1072 GAAAGTGGATGACTTGGATGAATGCAACAAGATGGTTGGTGGAGAAATTAACCGAACTTC 1131
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||
Sbjct 1075 GAAAGTGGATGACTTGGATGAATGCAACAAGATGGTTGGTAGAGAAGTAAACCGAACTTC 1134
Query 1132 TTCAACTAGCTTGCAGTCCAACACTTCAAGGGGAGTTCCAGTAGCCAGGGAAGCATCTAA 1191
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1135 TTCTACTAGCTTGCAGTCCAACACTTCAAGGGGAGTTCCAGTAGCTAGGGAAGCATCTAA 1194
Query 1192 ACATGAAAAATACTTTCCTTTCAAGCAGGGTTTCTTATCGGTTGCTACACTTAGGGTGGG 1251
||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1195 ACAGGAAAGATACTTTCCTTTTAAGCAGGGTTTCTTATCGGTTGCTACACTTAGGGTGGG 1254
Query 1252 AACAGAGGGAATGCAGATGACAGTTGATGGGAAACATATAACTTCATTTGCTTTCCGCGA 1311
|||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 1255 AACAGAAGGAATGCAAATGACAGTTGATGGGAAACATATAACCTCATTCGCTTTCCGCGA 1314
Query 1312 TACACTGGAACCGTGGCTTGTTAGTGAAATACGGATTACAGGTGACTTTAGGTTAATATC 1371
||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1315 TACACTGGAGCCATGGCTTGTTAGTGAAGTACGGATTACGGGTGACTTTAGGTTAATATC 1374
Query 1372 CATTCTTGCCAGCGGTTTGCCCACATCAGAAGAATCAGAGCACGTTGTTGATCTAGAGGC 1431
||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1375 CATTCTTGCTAGTGGTTTGCCCACATCAGAAGAATCAGAGCACGTTGTTGATCTAGAGGC 1434
Query 1432 ACTAAAATCACCTACCCTTTCACCATTAAGGCCACTGGATCTCGTTATTGGTGTTTTCTC 1491
||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1435 ACTAAAAGCACCTCCCCTTTCACCATTAAGGCCACTAGATCTCGTTATTGGTGTTTTCTC 1494
Query 1492 CACTGCAAACAATTTTAAAAGACGGATGGCTGTGAGGAGAACATGGATGCAGTATGATGA 1551
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1495 CACTGCAAACAACTTTAAAAGACGGATGGCTGTGAGAAGAACATGGATGCAATATGATGA 1554
Query 1552 TGTAAGATCTGGAAGAGTTGCAGTACGCTTTTTTGTTGGCCTTCACAAAAGTCCTCTTGT 1611
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555 TGTTAGATCTGGAAGAGTTGCAGTACGCTTTTTTGTTGGCCTTCACAAAAGTCCTCTTGT 1614
Query 1612 TAACTTGGAACTCTGGAACGAGGCTCGGACTTACGGTGATGTTCAGCTAATGCCCTTTGT 1671
|||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1615 TAACCTGGAACTCTGGAATGAGGCTCGGACTTACGGTGATGTTCAGCTAATGCCCTTTGT 1674
Query 1672 TGATTATTACAGTCTCATCAGTTGGAAAACACTAGCCATCTGCATCTTCGGGACAGAGGT 1731
|||||| |||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1675 TGATTACTACAGTCTTATTAGTTGGAAAACACTAGCCAACTGCATCTTCGGGACAGAGGT 1734
Query 1732 TGACTCAGCCAAGTTCATCATGAAAACGGATGATGACGCCTTTGTTCGTGTAGATGAAGT 1791
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1735 TGACTCAGCCAAGTTCATCATGAAAACGGATGATGACGCCTTTGTTCGTGTAGATGAAGT 1794
Query 1792 GTTACTTTCTTTATCAATGACCAACAACACTCGCGGGTTAATATACGGACTGATCAATTC 1851
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1795 ACTACTTTCTTTATCAATTACCAACAACACTCGCGGGTTAATATACGGACTGATCAATTC 1854
Query 1852 CGACTCTCAACCTATTCGAAACCCTGATAGCAAATGGTACATCAGTTATGAGGAATGGCC 1911
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1855 TGACTCTCAACCTATTCGAAACCCCGATAGCAAATGGTACATCAGTTACGAGGAATGGCC 1914
Query 1912 TGAAGAGAAATATCCACCATGGGCGCATGGTCCAGGCTACATTGTATCTCGTGACATAGC 1971
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 1915 TGAAGAGAAATATCCACCATGGGCGCATGGTCCAGGCTACATTGTATCCCGGGACATAGC 1974
Query 1972 AGAATCGGTTGGTAAGCTTTTCAAAGAAGGAAACCTAAAGATGTTTAAGCTAGAAGATGT 2031
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1975 AGAATCGGTTGGTAAGCTTTTCAAAGAAGGAAACCTAAAGATGTTTAAGCTAGAAGATGT 2034
Query 2032 GGCAATGGGGATATGGATAGCTGAGCTGACAAAACATGGACTCGAGCCTCATTACGAAAA 2091
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2035 GGCAATGGGGATATGGATAGCTGAGCTGACGAAACATGGACTCGAGCCTCATTACGAAAA 2094
Query 2092 CGATGGAAGGATCATTAGTGATGGATGCAAGGATGGTTATGTGGTTGCTCATTACCAAAG 2151
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2095 CGATGGAAGGATCATTAGTGATGGATGCAAGGACGGTTATGTGGTTGCTCATTACCAAAG 2154
Query 2152 CCCTGCCGAAATGACTTGCCTTTGGCGTAAATACCAAGAAACCAAACGCTCTCTTTGCTG 2211
||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2155 CCCCGCCGAAATGACTTGCCTTTGGCGTAAATATCAAGAAACCAAACGCTCTCTTTGCTG 2214
Query 2212 CCGCGAATGGTAAAACGTGAACGCACATATTTCAACCATTGCGTTTTGGTTCACGTGTCC 2271
||||||||||||| | | | | || |||||||||| |||||| | || |
Sbjct 2215 CCGCGAATGGTAA--C---A-C-----T-TTA-AACCATTGCGGTTTGGT-C-CG---C- 2255
Query 2272 TTCCACAGGTACATAA-GA-AAA-GAGTTCATTCTTTGGTCACAAAATATTTGATTTTGT 2328
| ||||||||| || ||| |||||||||||| | ||||||||||||||| || ||
Sbjct 2256 ----A--GGTACATAAAGAGAAAAGAGTTCATTCTTAG-TCACAAAATATTTGAATTCGT 2308
Query 2329 TTGTTTGTTGTACAAGTAGACTAGATTTGCAGTTTAGTTTTACTTTTACGTGTGTATATT 2388
||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| | | |||||||||
Sbjct 2309 TTGTTTGTTGTACAAGTAGCCTAGATTTGCAATTTAGTTT-A-------G-GTGTATATT 2359
Query 2389 ACAAAGATGTACTAAAACTTTCAACTGATA 2418
||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2360 ACAAAGATGTACTAAAACTTTGAACTGATA 2389
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 92064122165
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5