BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G26850.1
Length=2426
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg472714 jgi|Araly1|472714|fgenesh2_kg.1__2668__AT1G26850.2 3493 0.0
Ahg470420 jgi|Araly1|470420|fgenesh2_kg.1__374__AT1G04430.1 73.1 9e-12
> Ahg472714 jgi|Araly1|472714|fgenesh2_kg.1__2668__AT1G26850.2
Length=2429
Score = 3493 bits (1891), Expect = 0.0
Identities = 2022/2086 (97%), Gaps = 5/2086 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 296 ATCAATAATGGCGTTGAAGTCTAGTTCTGCTGATGGTAAAACCAGAAGCTCTGTTCAGAT 355
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 347 ATCAATAATGGCGTTGAAGTCTAGTTCTGCTGATGGTAAAACCAGAAGCTCTGTTCAGAT 406
Query 356 CTTCATTGTGTTTAGTTTATGTTGCTTCTTTTACATT-TTGGGAGCATGGCAACGAAGTG 414
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 407 CTTCATTGTGTTTAGTTTATGTTGCTTCTTTTACATTCTT-GGAGCATGGCAACGAAGTG 465
Query 415 GTTTTGGTAAAGGAGACAGTATTGCTCTTGAGATGACCAACAGTGGAGCTGATTGCAACA 474
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
Sbjct 466 GTTTTGGTAAAGGAGACAGTATTGCTCTTGAGATGACTAACAGTGGAGCTGATTGCAATA 525
Query 475 TTGTTCCTAGCTTGAATTTCGAGACTCATCACGCTGGCGAATCAAGTCTTGTTGGTGCTT 534
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||
Sbjct 526 TTGTTCCTAGCTTGAATTTCGAGACTCACCACGCTGGCGAATCGAGTATTGTTGGTGCTT 585
Query 535 CTGAAGCTGCAAAGGTCAAGGCTTTCGAGCCCTGTGATGGTCGTTACACGGATTACACTC 594
||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 586 CTGAAGCAGCAAAGGTCAAGGCTTTTGAGCCTTGTGATGCTCGTTACACGGATTACACTC 645
Query 595 CTTGTCAAGATCAGAGACGTGCCATGACTTTCCCGAGAGATAGTATGATTTACCGAGAAA 654
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 646 CCTGTCAAGATCAGAGACGTGCCATGACTTTCCCGAGAGATAGTATGATTTACCGAGAAA 705
Query 655 GGCATTGCGCTCCTGAGAATGAGAAGCTCCATTGTCTTATACCGGCTCCTAAAGGATATG 714
||||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 706 GGCATTGTGCTCCCGAGAAGGAGAAGCTGCATTGTCTTATACCGGCTCCTAAAGGATATG 765
Query 715 TGACACCTTTCTCTTGGCCTAAGAGTCGAGACTATGTGCCTTATGCTAATGCGCCGTATA 774
||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 766 TGACACCTTTCTCTTGGCCCAAGAGTCGAGATTATGTGCCTTATGCTAATGCGCCGTATA 825
Query 775 AAGCATTGACTGTTGAGAAGGCTATTCAGAATTGGATTCAGTATGAGGGAGACGTTTTTA 834
|||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||
Sbjct 826 AAGCCTTGACTGTTGAGAAGGCTATTCAGAACTGGATTCAGTATGAGGGTGATGTTTTTA 885
Query 835 GATTCCCTGGTGGTGGAACTCAGTTCCCTCAAGGTGCTGATAAGTATATCGATCAGCTTG 894
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 886 GATTCCCTGGCGGTGGAACTCAGTTCCCTCAAGGTGCTGATAAGTATATCGATCAGCTTG 945
Query 895 CTTCCGTGATACCTATGGAGAACGGAACTGTTAGGACTGCTTTGGACACTGGTTGTGGGG 954
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 946 CTTCGGTGATACCTATGGAGAACGGAACTGTTAGGACTGCTTTGGACACTGGTTGTGGGG 1005
Query 955 TTGCAAGTTGGGGAGCGTACTTATGGAGCAGAAATGTGCGTGCAATGTCTTTTGCACCAA 1014
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1006 TTGCAAGTTGGGGAGCATACTTATGGAGCAGAAATGTGCGTGCAATGTCTTTCGCACCAA 1065
Query 1015 GAGATTCACACGAGGCTCAGGTCCAGTTTGCTCTCGAGAGAGGTGTTCCCGCTGTTATTG 1074
||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1066 GAGATTCCCACGAGGCTCAGGTCCAATTTGCTCTCGAGAGAGGTGTTCCCGCTGTTATTG 1125
Query 1075 GTGTTCTTGGTACCATAAAGTTGCCATACCCAACACGTGCTTTCGACATGGCTCATTGCT 1134
|||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1126 GTGTTCTTGGCACCATAAAGTTACCATACCCAACACGTGCTTTCGACATGGCTCATTGCT 1185
Query 1135 CTCGGTGTTTGATTCCATGGGGAGCAAATGATGGGATGTACTTGATGGAAGTTGACCGTG 1194
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1186 CTCGGTGTTTGATTCCATGGGGAGCAAATGATGGGATGTACTTGATGGAAGTTGACCGTG 1245
Query 1195 TGCTTAGACCTGGTGGGTACTGGATTCTGTCTGGTCCTCCAATCAACTGGAAAGTCAACT 1254
|||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1246 TGCTTAGACCCGGTGGCTACTGGATTCTATCTGGTCCTCCAATCAACTGGAAAGTCAACT 1305
Query 1255 ACAAGGCATGGCAACGTCCCAAGGAGGACCTTCAAGAGGAACAAAGAAAGATTGAGGAAG 1314
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1306 ACAAGGCATGGCAACGTCCCAAGGAGGACCTTCAAGAGGAACAAAGAAAGATTGAGGAAG 1365
Query 1315 CTGCTAAACTTCTTTGTTGGGAGAAAAAGTATGAACACGGTGAGATTGCAATTTGGCAGA 1374
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1366 CTACTAAACTTCTTTGTTGGGAGAAAAAGTATGAACACGGTGAGATCGCAATTTGGCAGA 1425
Query 1375 AGAGAGTCAATGATGAGGCATGCCGATCAAGACAAGATGATCCTAGAGCCAATTTCTGCA 1434
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1426 AGAGAGTCAATGATGAGGCATGCCGATCAAGACAAGATGATCCTAGAGCCAATTTCTGCA 1485
Query 1435 AAACCGATGATACCGATGATGTCTGGTACAAGAAAATGGAGGCATGTATTACACCGTATC 1494
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1486 AAACCGATGATAGCGATGATGTCTGGTACAAGAAAATGGAGGCATGTATTACGCCGTATC 1545
Query 1495 CGGAGACAAGTAGCTCAGATGAAGTAGCTGGTGGTGAGCTTCAGGCTTTCCCAGATAGGC 1554
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1546 CGGAGACAAGTAGCTCAGATGAAGTAGCTGGTGGTGAGCTACAGGCTTTCCCAGATAGGC 1605
Query 1555 TCAATGCAGTGCCGCCCAGGATCTCTAGCGGTTCGATCTCTGGTGTTACTGTTGATGCCT 1614
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1606 TCAATGCAGTGCCGCCCAGGATCTCTAGCGGTTCGATCTCTGGTGTTACTGTTGATGCCT 1665
Query 1615 ATGAAGACGATAACAGACAGTGGAAAAAACATGTGAAAGCCTACAAGAGAATCAACAGTC 1674
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1666 ATGAAGACGATAACAGACAGTGGAAAAAACATGTGAAAGCCTACAAGAGAATCAACAGTC 1725
Query 1675 TACTTGACACTGGAAGGTACCGTAACATCATGGACATGAACGCAGGGTTTGGTGGATTTG 1734
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1726 TACTTGACACGGGAAGGTACCGTAACATCATGGACATGAACGCAGGGTTTGGGGGATTTG 1785
Query 1735 CTGCTGCTCTTGAATCCCAAAAGCTTTGGGTTATGAATGTTGTTCCCACAATTGCCGAAA 1794
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1786 CTGCTGCTCTCGAATCCCAAAAGCTTTGGGTTATGAATGTTGTTCCCACAATTGCCGAAA 1845
Query 1795 AGAACAGACTCGGAGTTGTATATGAACGAGGACTCATCGGTATCTACCATGACTGGTGTG 1854
|||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1846 AGAATAGACTTGGAGTTGTATATGAACGAGGACTCATCGGTATCTACCATGACTGGTGTG 1905
Query 1855 AGGCTTTCTCTACATATCCAAGAACATATGACCTGATCCACGCGAACCACCTCTTCAGTC 1914
||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1906 AGGCTTTTTCTACATACCCAAGAACATATGACCTGATCCACGCGAACCACCTCTTCAGTC 1965
Query 1915 TATACAAGAACAAGTGCAATGCGGATGATATTCTTCTAGAGATGGATAGAATTCTCCGAC 1974
| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1966 TGTACAAGAACAAGTGCAATGCGGATGACATTCTTCTGGAGATGGATAGAATTCTCCGAC 2025
Query 1975 CAGAAGGAGCGGTTATAATCCGGGATGATGTGGATACATTGATCAAGGTGAAGAGAATCA 2034
||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2026 CAGAAGGTGCGGTTATAATCCGGGACGATGTGGATACATTGATCAAGGTGAAGAGAATCA 2085
Query 2035 TCGCTGGAATGAGATGGGATGCGAAGCTTGTCGATCATGAGGATGGTCCTTTAGTTCCTG 2094
|||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2086 TCGCCGGAATGAGATGGGATTCGAAGCTTGTCGATCACGAGGATGGTCCTTTAGTTCCTG 2145
Query 2095 AGAAGGTTTTGATTGCCGTGAAGCAGTATTGGGTCACCAACTCCACCTCGACTCACTGAA 2154
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2146 AGAAGGTTTTGATTGCTGTGAAGCAGTATTGGGTCACCAACTCCACCTCGACCCACTGAA 2205
Query 2155 GTTACTTTATTTCCGGTGTGACCTGACATTTTGATCAAATGATAGAGCTTTCGTCCTTAG 2214
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2206 GTTACTTTATTGCCGGTGTGACCTGACATTTTGATCAAATGATAGAGCTTTCGTCCTTAG 2265
Query 2215 GGAATGTGAGAGAGCTGCAAATCTTGTCTTTAAACACTTTTTGAAGTATCTATTTATTGA 2274
|||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2266 GGAATGTGAGAGAGCTGCAA-TCTCGTCTTTAAACACTTTTTGAAGTATCTATTTATTAA 2324
Query 2275 TGTTATAGTTTATTTTTGTTTCCCAATCCAAAAGCTTGGAACTTTGTGGTGTACCATTGA 2334
||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2325 TGTTATAGTTTATATTTGTTTCCCAATCCAAAAACTTGGAACTTTGTGGTGTATCATTGA 2384
Query 2335 ATTCTCAACTTAATAGTTTTTGCACTA-GCCAACTCTGTTTCTTCT 2379
|||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 2385 ATTCTCAACTTAATAGTTTTTGCA-TAAGCCAACTCTGTTTCTTCT 2429
Score = 291 bits (157), Expect = 2e-77
Identities = 217/242 (90%), Gaps = 20/242 (8%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 AATCTCAATGGCTCTGTTTTAAAAAGGGCAAATTAGAGAGATTTCTCCTTCAATAACAAA 60
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |
Sbjct 114 AATCTCAATGGCTCTGTTTTAAAAAGGGCAAATTAGAGAG-----TCCTTCGATAAC--A 166
Query 61 AAATCGCCAGCTTTA------TCTCTCTC-TTTTT-CACATCCCATGGCTAGATGGTGAC 112
||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 167 AAATCGCCAGCTTTATCTCTCTCTCTCTCTTTTTTACACATCCCATGGCTAGATGATGAC 226
Query 113 GACGATTCACGCATAAACTAGGGTTCCCCCACAAATCATCTTACACGTATCCTCTATTCC 172
||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 227 GACGATTCA--CATAAACTAGGGTTTCCCCACAAATAATCTTACACGTATCCTCTATTCC 284
Query 173 TTCCTTCCTTTCTCCGTCATCATCAT--TTTT-CCCACCGACAACAATCTCTCGGAGTTT 229
|||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 285 TTCCTTCCTTTCTCCGTCATCATCATCATTTTTCCCACCGACAACAATCTCTCAGAGTTT 344
Query 230 GG 231
||
Sbjct 345 GG 346
> Ahg470420 jgi|Araly1|470420|fgenesh2_kg.1__374__AT1G04430.1
Length=2099
Score = 73.1 bits (39), Expect = 9e-12
Identities = 51/57 (89%), Gaps = 0/57 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1842 CATGACTGGTGTGAGGCTTTCTCTACATATCCAAGAACATATGACCTGATCCACGCG 1898
||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||| | ||||||
Sbjct 1750 CATAACTGGTGTGAGGCTTTCTCTACATATCCACGAACATACGATCTGTTGCACGCG 1806
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 91416588000
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5