BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G27120.1
Length=2393
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg472691 jgi|Araly1|472691|fgenesh2_kg.1__2645__AT1G27120.1 3618 0.0
> Ahg472691 jgi|Araly1|472691|fgenesh2_kg.1__2645__AT1G27120.1
Length=2309
Score = 3618 bits (1959), Expect = 0.0
Identities = 2207/2321 (95%), Gaps = 39/2321 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 91 TTCTTCTTAGTAAAACTTTGCATTAATGGCTTACCCAAATTTGTAAGCtctttgtttcct 150
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 8 TTCTTCTTAGTAAAACTTTGCATTAATGGCTTACCCAAATTTGTAAGCTCTTTGTTTCCT 67
Query 151 cccttc-t--tcttattc-tcttcttcattctccaaatttg-tttcta-ggttt-cttcA 203
|||||| | |||| ||| ||||||||| |||||||| ||| |||||| ||||| || |
Sbjct 68 CCCTTCTTCGTCTTCTTCTTCTTCTTCACTCTCCAAA-TTGTTTTCTAGGGTTTGATT-A 125
Query 204 GTTTGAGCAATGAAGAAGTCTAAACTCGATAATTCTTCTTCACAGATTCGATTCGGGCTT 263
| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||| ||
Sbjct 126 --TCGAGCAATGAAGAAGTCTAAACTCGAGAATTCGTCTTCACAGATTCGATTTGGG-TT 182
Query 264 -GTTCAGTTCTTATTAGTTGTTCTGCTTTTTTACTTCCTCTGCATGAGCTTCGAGATCCC 322
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 183 AGTTCAGTTCTTATTAGCTGTTCTGCTTTTTTACTTCCTCTGCATGAGCTTTGAGATCCC 242
Query 323 ATTCATCTTCAGAACCGGGTCTGGGTCCGGGTCTGATGATGTTTCATCTTCTTCTTTTGC 382
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||
Sbjct 243 ATTCATTTTCAGAACCGGGTCTGGGTCCGGGTCTGATGATGGGTCGTCTTCTTCTTTCGC 302
Query 383 TGACGCATTACCGAGACCAATGGTTGTTGGTGGTGGTAGTAGGGAAGCTAATTGGGTTGT 442
||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||
Sbjct 303 TGACGCATTACCGAGACAAATGGTTGTTGGTGGTAGTAGTAGGGAAGCTAATT-GG--GT 359
Query 443 CGGAGAAGAAGAAGAAGCAGACCCACATCGACATTTCAAGGATCCGGGTCGGGTACAGCT 502
|| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 360 CGTTG--G-AGAAGAAGCAGACCCACATCGACATTTCAAGGATCCGGGTCGGGTCCAGCT 416
Query 503 TCGGTTACCGGAGCGGAAAATGAGGGAATTTAAGTCCGTCTCTGAGATTTTCGTCAACGA 562
|||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 417 TCGGTTACCGGAGCGGAAAATGCGAGAATTTAAGTCCGTCTCTGAGATTTTCGTCAATGA 476
Query 563 GAGCTTCTTCGACAATGGCGGATTCAGCGATGAATTCTCAATCTTTCACAAAACAGCGAA 622
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 477 GAGCTTTTTCGACAATGGCGGATTCAGCGATGAATTCTCAATCTTTCACAAAACAGCGAA 536
Query 623 GCATGCGATTTCAATGGGTCGAAAAATGTGGGACGGACTCGATTCGGGTTTAATCAAACC 682
|||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 537 GCATGCGATTTCAATGGGGAGGAAAATGTGGGACGGACTCGATTCGGGTTTAATCAAACC 596
Query 683 CGATAAAGCTCCGGTTAAGACCCGGATTGAGAAATGTCCGGATATGGTTTCGGTTTCTGA 742
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 597 CGATAAAGCTCCGGTTAAGACCCGAATTGAGAAATGTCCGGATATGGTTTCGGTTTCTGA 656
Query 743 GTCGGAGTTTGTGAACCGGAGTCGGATCTTGGTTTTGCCGTGTGGGTTAACGTTAGGATC 802
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 657 GTCGGAGTTTGTGAACCGGAGCCGGATCTTGGTTTTGCCATGTGGGTTAACGTTAGGATC 716
Query 803 TCACATTACCGTCGTGGCTACGCCGCATTGGGCTCACGTTGAGAAAGAT-G--GTGATAA 859
|||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| | | |||||
Sbjct 717 TCACATTACCGTTGTGGCTACGCCGCATTGGGCCCACGTTGAGAAGGATGGAAGAGATAA 776
Query 860 GACGGCGATGGTGAGTCAGTTCATGATGGAGTTACAAGGATTAAAGGCGGTGGATGGTGA 919
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 777 GACGGCGATGGTGAGTCAGTTCATGATGGAGTTACAGGGATTGAAGGCGGTGGATGGTGA 836
Query 920 AGATCCGCCTCGGATACTTCATTTTAACCCGAGGATTAAAGGTGATTGGAGTGGAAGACC 979
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 837 AGATCCGCCTCGGATACTCCATTTTAACCCGAGGATTAAAGGTGATTGGAGTGGAAGACC 896
Query 980 AGTGATTGAGCAAAACACTTGTTATCGAATGCAATGGGGCTCAGGTTTACGTTGTGATGG 1039
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 897 AGTGATTGAGCAAAACACTTGTTATCGAATGCAATGGGGCTCAGGTTTACGTTGTGATGG 956
Query 1040 TCGTGAATCTAgtgatgatgaagaatatgttgatggagaggtgaaatgtgagaggtggaa 1099
|||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 957 TCGTGAATCTAGTGATGAAGAAGAATTTGTTGATGGAGAGGTGAAATGTGAGAGGTGGAA 1016
Query 1100 gagagatgatgatga-tgGTGGTAATAATGGTGATGATTTTGATGAATCAAAGAAGACAT 1158
||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1017 GAGAGATGATGAT-AGTGGTGGTAATAATGGTGATGGTTTTGATGAATCAAAGAAGACAT 1075
Query 1159 GGTGGTTGAATAGGTTGATGGGTCGGAGGAAGAAGATGATAACACATGATTGGGATTATC 1218
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||
Sbjct 1076 GGTGGTTGAATAGGTTGATGGGTCGGAGGAAGAAGATGATAACGCATGATTGGCCTTATC 1135
Query 1219 CTTTTGCTGAAGGGAAGCTTTTTGTTCTTACACTTCGAGCTGGGATGGAAGGTTATCATA 1278
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1136 CTTTTGCTGAAGGGAAGCTTTTTGTTCTTACGCTTCGAGCTGGGATGGAAGGTTATCACA 1195
Query 1279 TTAGTGTGAATGGAAGACATATCACATCTTTTCCTTATAGAACGGGGTTTGTTTTGGAGG 1338
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1196 TTAGTGTTAATGGAAGACATATCACATCTTTTCCTTATAGAACGGGGTTTGTTTTGGAGG 1255
Query 1339 ATGCCACTGGATTAGCAGTCAAAGGAAACATTGATGTGCATTCTGTATATGCTGCCTCGT 1398
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1256 ATGCCACTGGATTAGCAGTCAAAGGAAACATTGATGTGCATTCTGTTTATGCTGCCTCGC 1315
Query 1399 TACCTTCTACAAATCCTAGTTTTGCACCGCAGAAGCATCTCGAGATGCAAAGGATATGGA 1458
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1316 TACCTTCTACAAATCCTAGTTTTGCACCGCAGAAGCATCTCGAGATGCAAAGCATATGGA 1375
Query 1459 AAGCTCCTTCGTTACCTCAGAAGCCTGTAGAGTTGTTCATTGGAATTCTTTCTGCTGGTA 1518
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1376 AAGCTCCTTCGTTGCCTCAGAAGCCTGTAGAGTTGTTCATTGGAATTCTCTCTGCTGGTA 1435
Query 1519 ATCATTTTGCAGAGAGAATGGCAGTGAGGAAGTCATGGATGCAGCAGAAGCTGGTCAGAT 1578
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||
Sbjct 1436 ACCATTTTGCAGAGAGAATGGCAGTGAGGAAGTCATGGATGCAGCAAAAGCTAGTCAGAT 1495
Query 1579 CATCGAAAGTTGTTGCCCGGTTCTTTGTGGCATTGCATGCAAGAAAGGAAGTCAATGTGG 1638
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1496 CATCAAAAGTTGTTGCCCGGTTCTTTGTGGCATTGCATGCAAGAAAGGAAGTCAATGTGG 1555
Query 1639 ATTTAAAGAAAGAAGCTGAGTACTTTGGTGATATTGTCATAGTACCGTACATGGATCATT 1698
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1556 ATTTAAAGAAAGAAGCTGAGTACTTTGGTGATATTGTCATAGTACCGTACATGGATCATT 1615
Query 1699 ATGACCTTGTTGTGCTCAAGACAGTTGCCATCTGCGAATATGGGGTGAACACAGTGGCGG 1758
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1616 ATGACCTTGTTGTGCTCAAGACGGTTGCCATCTGCGAATATGGGGTTAACACAGTGGCGG 1675
Query 1759 CAAAGTACGTTATGAAATGTGACGATGATACATTTGTGCGTGTGGATGCTGTGATCCAGG 1818
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||
Sbjct 1676 CAAAGTATGTTATGAAATGTGACGATGATACATTTGTGCGAGTGGATGCCGTGATCCAGG 1735
Query 1819 AAGCAGAAAAGGTTAAGGGAAGAGAGAGCCTTTATATTGGAAACATTAATTTTAACCATA 1878
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1736 AAGCAGAAAAGGTTAAGGGAAGAGAGAGCCTTTATATTGGAAACATTAATTTCAACCATA 1795
Query 1879 AGCCATTGCGTACCGGGAAATGGGCTGTGACATTCGAGGAATGGCCAGAAGAGTATTATC 1938
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1796 AGCCATTGCGTACCGGGAAATGGGCTGTGACATACGAGGAATGGCCAGAAGAGTATTATC 1855
Query 1939 CTCCATATGCAAATGGTCCGGGTTACATCTTGTCATATGATGTAGCTAAGTTCATTGTCG 1998
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||
Sbjct 1856 CTCCATATGCAAATGGTCCGGGTTACATCTTGTCATATGATATAGCTAAGTTCATCGTCG 1915
Query 1999 ATGATTTTGAACAAAAGCGATTAAGATTATTCAAGATGGAAGATGTGAGCATGGGAATGT 2058
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1916 ATGATTTTGAACAAAAGAGATTAAGATTATTCAAGATGGAAGATGTGAGCATGGGAATGT 1975
Query 2059 GGGTGGAGAAGTTCAACGAGACTAGACCAGTGGCAGTGGTTCACAGCCTCAAGTTCTGTC 2118
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 1976 GGGTGGAGAAGTTCAACGAGACTAGACCAGTGGCAGTGGTTCATAGCCTCAAGTTCTGCC 2035
Query 2119 AGTTTGGTTGCATAGAAGACTACTTCACCGCTCATTATCAGTCGCCTCGCCAGATGATTT 2178
|||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2036 AGTTCGGCTGCATAGAAGACTACTTCACCGCTCATTATCAGTCGCCTCGCCAGATGATTT 2095
Query 2179 GCATGTGGGATAAGCTGCAGAGACTCGGGAAGCCCCAATGCTGCAACATGAGATGACATA 2238
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2096 GCATGTGGGATAAGCTGCAGAGACTCGGGAAGCCCCACTGCTGCAACATGAGATGACATA 2155
Query 2239 ACATTGTTTTTTG-A-----C-GGA-TTTTTCGTTAGAAAGGAAAATGAAGAAGCAGATG 2290
|||||| |||||| | | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2156 ACATTGGTTTTTGCAGGATTCTGGAATTTTTCGTTAGAAAGGAAAATGAAGAAGCAGATG 2215
Query 2291 GGTGATAATGGAGCTAACTGTTTTAGATCTCTGtatattatagaaacaatatataatgta 2350
|| ||| ||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2216 GGAGATTATGGAGCTAACCGTCTTAGATCTCTGTATA-----GAAACAATATATAATGTA 2270
Query 2351 tctatatatatatatatataatataATGAAGGGTTCTTGAG 2391
|||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||
Sbjct 2271 TCTATATATATATATATA-A-TATAATGAAGGGCTCTTGAG 2309
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 90159609915
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5