BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G27320.1
Length=3562
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg472928 jgi|Araly1|472928|fgenesh2_kg.1__2882__AT1G27320.1 5818 0.0
> Ahg472928 jgi|Araly1|472928|fgenesh2_kg.1__2882__AT1G27320.1
Length=3573
Score = 5818 bits (3150), Expect = 0.0
Identities = 3450/3589 (96%), Gaps = 43/3589 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGAGTCTGTTCCATGTGCTAGGGTTTGGTGTCAAGATTGGGCATCTCTTCTGGATGCTA 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGAGTCTGTTCCATGTGCTAGGGTTTGGTGTCAAGATTGGGCATCTCTTCTGGATGCTA 60
Query 61 TGCTGCTGGTTTGTTTCTTGGTTCGTTGATAATGGGATCGAGG---ACAAGTCTGGTCTT 117
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 61 TGCTGCTGGTTTGTTTCTTGGTTCGTTGATAATGGGATCGAGGACAACAAGTCTGGTCTT 120
Query 118 TTAG-TTGGCTCTGTCGGTGATCTTGAGAAGACTAAGATGACTACGTTGAAGAAGAAGAA 176
|| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||
Sbjct 121 TT-GATTGGCTCTGTCGGTGATCTTGAGAAGACGAAGATGACAACGATGAAGAAGAAGAA 179
Query 177 CAAGATGTGGTTCTGGAATAAGATCTCTAGCAGCGGACTCAAGATCCCGAGTTTCTCTTA 236
|||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 TAAGATGTGGTTCTGGAATAAGATCTCCAGCAGTGGACTCAAGATCCCGAGTTTCTCTTA 239
Query 237 TCAGTTTCTTGGCTCTGTTAAATTCAACAAGGCGTGGTGGAGGAAGCTTGTGGTGGTTTG 296
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 TCAGTTTCTTGGCTCAGTTAAATTCAACAAGGCGTGGTGGAGGAAGCTTGTGGTGGTTTG 299
Query 297 GGTTGTCTTCTGGGTCTTGGTCTCTATTTGGACGTTTTGGTACTTTAGCTCGCAAGCTAT 356
||||||||||||||| |||||||| || |||| ||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 300 GGTTGTCTTCTGGGTATTGGTCTCAATATGGATGTTCTGGTACTTTAGCTCTCAAGCTAT 359
Query 357 GGAGAAGAGGAAAGAGACGCTAGCTAGTATGTGTGATGAGAGAGCTCGTATGCTGCAGGA 416
||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 GGAGAAGAGGAAAGAAACGCTAGCTAGTATGTGCGATGAGAGAGCTCGTATGCTGCAGGA 419
Query 417 TCAGTTCAACGTTAGCATGAATCATGTTCAAGCCATGTCTATCTTGATCTCAACCTTCCA 476
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 420 TCAGTTCAACGTTAGCATGAATCATGTTCAAGCCATGTCTATCTTGATCTCAACCTTTCA 479
Query 477 CCATGGCAAGATTCCTTCTGCTATCGATCAGAGAACATTCTCAGAGTACACTGATAGAAC 536
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 CCATGGCAAGATTCCTTCTGCTATCGATCAGAGAACATTCTCAGAGTACACTGATAGAAC 539
Query 537 TTCCTTTGAGAGGCCTCTTACTAGCGGGGTAGCTTATGCTATGAGGGTGCTCCATTCAGA 596
|||||||||||||||||| || |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 TTCCTTTGAGAGGCCTCTCACGAGCGGGGTCGCATATGCTATGAGGGTGCTCCATTCAGA 599
Query 597 GAGGGAAGAGTTCGAGAGGCAACAAGGTTGGACTATTAGGAAGATGTATTCTCTTGAACA 656
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||
Sbjct 600 GAGGGAAGAATTCGAGAGGCAACAAGGTTGGACTATTAGGAGGATGTATACTCTTGAACA 659
Query 657 AAACCCAGTTCACAAGGATGACTATGACCTGGAAGCTTTGGAACCATCCCCTGTCCAAGA 716
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 660 AAACCCAGTTCACAAGGATGACTATGACCTGGAAGCTTTAGAACCATCCCCTGTTCAAGA 719
Query 717 AGAGTACGCTCCAGTCATCTTTGCTCAGGACACTGTTTCTCACGTTGTTTCTCTCGATAT 776
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 720 GGAGTATGCTCCAGTCATCTTTGCTCAGGACACTGTTTCTCACGTGGTTTCTCTCGATAT 779
Query 777 GCTGTCTGGGAAAGAAGATCGTGAAAACGTTTTGCGGGCCAGGAGTTCAGGTAAAGGGGT 836
|||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 GCTGTCTGGGAAAGAAGATCGTGAAAACGTCTTACGGGCCAGGAGTTCAGGTAAAGGGGT 839
Query 837 TTTGACAGCTCCTTTCCCATTGATAAAGACAAATAGACTTGGGGTGATCCTGACATTTGC 896
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 840 TTTGACAGCTCCTTTCCCATTGATAAAGACAAATAGACTTGGGGTGATCCTGACATTTGC 899
Query 897 AGTGTACAAGAGAGATCTCCCCTCCAATGCAACGCCAAAAGAGAGAATTGAGGCTACTAA 956
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 AGTCTACAAGAGAGATCTCCCCTCCAATGCAACGCCAAAAGAGAGAATTGAGGCTACTAA 959
Query 957 CGGGTATCTCGGGGGAGTGTTTGACATTGAGTCCCTGGTAGAAAACTTGCTTCAACAGCT 1016
|||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 960 TGGGTATCTTGGTGGAGTGTTTGACATTGAGTCCCTGGTGGAAAACTTGCTTCACCAGCT 1019
Query 1017 GGCTAGCAAGCAAACGATTCTTGTCAATGTGTACGATATCACCAATCACTCTCAACCGAT 1076
||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 GGCTAGCAAGCAAACTATTCTTGTCAATGTATACGATACCACCAATCACTCTCAACCGAT 1079
Query 1077 TAGCATGTATGGTACAAATGTGTCGGCTGATGGGTTGGAACGTGTTAGTCCACTAATCTT 1136
||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 TAGCATGTATGGTTCAGATGTGTCGGCTGATGGGTTGGAACGTGTTAGTCCACTAATCTT 1139
Query 1137 TGGCGATCCATTGAGAAAGCATGAGATGCGTTGCAGATTTAAGCAGAAACCACCATGGCC 1196
||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 TGGTGATCCATTTAGAAAGCATGAAATGCGTTGCAGATTTAAGCAGAAACCACCATGGCC 1199
Query 1197 AGTGCTATCAATGGTGACATCATTCGGTATCCTTGTGATTGCGTTACTTGTTGCACATAT 1256
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1200 AGTGCTATCAATGGTGACATCATTCGGTATCCTTGTGATTGCGTTGCTTGTTGCACATAT 1259
Query 1257 AATCCACGCAACCGTTAGTCGAATACACAAAGTTGAAGAAGATTGTGATAAAATGAAGCA 1316
|||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 AATCCATGCAACCGTGAGTCGAATACACAAAGTTGAAGAAGATTGTGATAAAATGAAGCA 1319
Query 1317 GCTCAAGAAAAAGGCTGAAGCAGCAGATGTTGCAAAGTCACAGTTCCTTGCCACTGTTTC 1376
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 GCTCAAGAAAAAGGCTGAAGCAGCAGATGTTGCAAAGTCACAGTTCCTTGCCACTGTTTC 1379
Query 1377 ACATGAAATCAGAACTCCAATGAATGGTGTTCTAGGAATGTTGCATATGCTTATGGACAC 1436
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 ACATGAAATCAGAACTCCAATGAATGGTGTTCTAGGAATGTTGCATATGCTTATGGACAC 1439
Query 1437 AGAGTTAGATGTTACGCAACAGGATTATGTTAGGACCGCACAGGCAAGTGGAAAAGCTTT 1496
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1440 AGAGTTAGATGTTACGCAACAGGATTATGTTAGGACCGCACAGGCAAGTGGAAAAGCTTT 1499
Query 1497 AGTCTCGCTAATAAATGAGGTTTTGGACCAAGCAAAGATTGAATCTGGAAAGCTTGAACT 1556
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1500 AGTCTCGCTAATAAATGAGGTTTTGGACCAAGCAAAGATTGAATCTGGAAAGCTTGAGCT 1559
Query 1557 TGAGGAGGTGCGGTTTGATTTGAGAGGAATATTAGATGATGTCCTGTCACTCTTCTCTAG 1616
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1560 TGAGGAGGTGCGGTTTGATTTGAGAGGAATATTAGATGATGTCCTGTCACTCTTCTCGAG 1619
Query 1617 CAAGTCCCAACAAAAGGGGGTGGAGTTGGCAGTATACATATCTGATCGTGTTCCAGATAT 1676
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1620 CAAGTCCCAACAAAAGGGGGTAGAGTTGGCAGTATACATATCTGATCGTGTTCCAGATAT 1679
Query 1677 GTTAATTGGTGATCCTGGGAGGTTTCGACAAATACTCACAAATCTTATGGGTAATTCCAT 1736
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1680 GTTAATTGGTGATCCTGGGAGGTTTCGACAAATACTCACAAATCTTATGGGTAATTCCAT 1739
Query 1737 TAAGTTCACTGAGAAAGGACACATCTTTGTAACTGTTCATTTGGTGGATGAGCTATTTGA 1796
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1740 TAAGTTCACTGAGAAAGGACACATCTTTGTAACTGTCCATTTGGTGGAGGAGCTATTTGA 1799
Query 1797 ATCTATCGATGGAGAGACAGCATCATCTCCGGAAAGTACACTGAGTGGGCTTCCAGTTGC 1856
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1800 ATCTATCGATGGAGAGACAGCATCGTCTCCGGAAAGTACACTGAGCGGGCTTCCAGTTGC 1859
Query 1857 AGACCGGCAGAGGAGCTGGGAAAACTTTAAAGCTTTCAGCTCCAACGGGCATCGGAGCTT 1916
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||| ||||||||
Sbjct 1860 AGACCGGCAGAGGAGCTGGGAAAACTTTAAAGCTTTC---TCCAATGAGCACCGGAGCTT 1916
Query 1917 TGAACCATCTCCCCCTGATATAAACCTAATCGTCTCAGTTGAGGATACTGGCGTAGGGAT 1976
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1917 TGAACCATCTCCCCCTGATATCAACCTAATCGTCTCAGTTGAGGATACTGGTGTAGGGAT 1976
Query 1977 CCCTGTAGAAGCGCAGTCCCGTATTTTTACGCCTTTCATGCAAGTCGGACCATCCATATC 2036
||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1977 ACCTTTAGAAGCGCAGTCCCGAATTTTTACGCCTTTCATGCAAGTCGGACCATCCATATC 2036
Query 2037 CAGGACGCATGGAGGCACAGGAATTGGACTTAGCATAAGCAAATGTCTAGTTGGACTGAT 2096
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2037 CAGGACGCATGGAGGCACAGGAATTGGGCTTAGCATAAGCAAATGTCTAGTTGGACTGAT 2096
Query 2097 GAAGGGAGAAATTGGATTCTCGAGTACTCCCAAGGTTGGGTCCACATTCACATTTACTGC 2156
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2097 GAAGGGAGAAATTGGATTCTCGAGTACTCCCAAGGTCGGGTCCACGTTCACATTTACTGC 2156
Query 2157 TGTATTTTCCAATGGGATGCAACCAGCTGAAAGAAAGAATGAC----A-A-CAA---CCA 2207
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | | ||| |||
Sbjct 2157 TGTATTTTCCAATGGGATGCAACCAACTGAAAGAAAGAATGACCCGCAGAACAATAACCA 2216
Query 2208 GCCCATATTCTCGGAATTCCGGGGCATGAAAGCTGTGGTTGTGGACCATAGGCCTGCAAG 2267
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2217 GCCCATATTCTCGGAATTTCGGGGCATGAAAGCTGTGGTTGTGGACCATAGGCCTGCTAG 2276
Query 2268 GGCAAAAGTCTCGTGGTACCATTTTCAGCGTCTTGGAATTCGAGTCGAAGTAGTTCCACG 2327
|||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||| ||||
Sbjct 2277 GGCAAAAGTCTCGTGGTACCATTTTCAGCGCCTGGGAATTCGAGTTGAAGTAGTTTCACG 2336
Query 2328 TGTTGAACAGGCTCTACATTATCTGAAGATTGGTACTACCACTGTGAATATGATACTCAT 2387
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2337 TGTTGAACAGGCTCTACGTTATCTGAAGATTGGTACTACCACTGTGAATATGATACTCAT 2396
Query 2388 AGAGCAAGAAATATGGAATAGGGAAGCAGATGAT-TTCATTAAAAAGCTACAGAAAGACC 2446
|||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2397 AGAGCAAGAAATATGGAATAGGGAAGCAGATG-TGTTCATTAAAAAGCTGCAGAAAGACC 2455
Query 2447 CTCTTTTCCTTTCTCCTAAGTTGATTTTGTTAGCAAACTCAGTAGAATCGTCAATATCAG 2506
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2456 CTCTTTTCCTTTCTCCTAAGTTGATTTTGTTAGCAAACTCAGTAGAATCGTCAATATCAG 2515
Query 2507 AGGCTTTATGCACCGGTATAGATCCTCCAATAGTGATAGTGAAACCATTGAGGGCGAGTA 2566
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2516 AGGCTTTATGCACCGGTATAGATCCTCCAATAGTGATAGTGAAACCATTGAGGGCGAGTA 2575
Query 2567 TGCTAGCAGCAACTTTGCAGAGGGGATTGGGTATTGGAATCAGAGAACCACCTCAACACA 2626
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2576 TGCTAGCAGCAACTTTGCAGAGGGGATTGGGTATTGGAATCAGAGAACCACCTCAGCACA 2635
Query 2627 AGGGACCTCCTGCTTTGATTCTCAGGAATCTTCTCCTTGGTAGAAAAATTTTAATCGTGG 2686
|||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2636 AGGGACCTCCTGCTTTGATTTTGAGGAATCTTCTCCTTGGTAGAAAAATTTTAATCGTGG 2695
Query 2687 ATGATAACAACGTAAACCTCAGAGTGGCAGCGGGAGCTCTGAAAAAGTACGGAGCTGATG 2746
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 2696 ATGATAACAACGTAAACCTCAGAGTGGCAGCGGGAGCTCTGAAAAAATATGGAGCTGATG 2755
Query 2747 TGGTCTGCGCTGAGAGTGGGATAAAGGCAATCTCATTGCTTAAGCCACCTCACGAGTTTG 2806
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2756 TGGTCTGCGCTGAGAGTGGGATAAAGGCAATCTCATTGCTTAAGCCACCTCACGAGTTTG 2815
Query 2807 ATGCTTGCTTCATGGACATTCAGATGCCAGAAATGGATGGATTTGAAGCTACAAGGAGAA 2866
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2816 ATGCTTGCTTCATGGACATTCAGATGCCAGAAATGGATGGATTTGAAGCTACGAGGAGAA 2875
Query 2867 TACGAGATATGGAAGAGGAGATGAACAAGAGAATAAAGAATGGGGAGGCTTTGATAGTAG 2926
|||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2876 TACGGGATATGGAAGAGGAGATGAACAAGAGAATCAAGAATGGGGAGGCTTTGATAGTAG 2935
Query 2927 AGAACGGTAACAAAACAAGCTGGCATCTTCCGGTATTAGCAATGACGGCAGATGTGATCC 2986
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2936 AGAACGGTAACAAAACAAGCTGGCATCTTCCGGTATTAGCAATGACGGCAGATGTGATCC 2995
Query 2987 AAGCAACGCATGAGGAATGTCTGAAGTGTGGAATGGATGGGTATGTATCAAAACCATTTG 3046
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2996 AAGCAACGCATGAGGAATGTCTAAAGTGTGGAATGGATGGGTATGTATCAAAACCCTTTG 3055
Query 3047 AAGCAGAGCAGCTGTACAGGGAAGTTTCTCGCTTTTTCAATTCGCCTTCAGATACAGAAT 3106
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3056 AAGCAGAGCAGCTGTACAGGGAAGTTTCTCGCTTTTTCAATTCGCCTTCAGATACAGAAT 3115
Query 3107 CATAAGAGGAGATGGGGCTGGAAGAAGAACAGCGAAGGAAACACAAAAACTCGTGTCTCC 3166
|||||||||||| ||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3116 CATAAGAGGAGAAGGG-CTGGAAGAAGAACGGCAAAGGAAACACAAAAACTCGTGTCTCC 3174
Query 3167 TATGCATCTTGAAGTAGTAGAAAA-ACAGATTGACGATTGCAAAAAGAGTGTATATAGAA 3225
||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 3175 TATGCATCTTGAAGTAGTA-AAAACACAGATTGACGATTGCAAAA-GAGTGTATATAGAA 3232
Query 3226 AGGCCGGTGTGACCAGGCCAAGAACTTAGGACCAGTACTTTCTCCTGTAAA-tttttttt 3284
||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| || |||||||||| ||||||||
Sbjct 3233 AGGCCGGTGTGACCAGGCCAAGAACATAG-ACCAGT--TT-CTCCTGTAAAGTTTTTTTT 3288
Query 3285 CTA-----CATTTTTCTCTGGTCTGATTGAGACA-A-CAAAACTTGTGGTATGTAGATGA 3337
| ||||||||||| ||||||||| |||| | |||||||| |||| |||||||||
Sbjct 3289 TTTTTTTTCATTTTTCTCTTGTCTGATTGGGACACAACAAAACTT-TGGTTTGTAGATGA 3347
Query 3338 GAGTAGCAGCTGGAATATATTCAGAGTTGCTTTGGACAGGGAAGAGAGCATCATAGTATG 3397
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||
Sbjct 3348 GAGTAGCAGCTGGAATATATTCAGAGTTGCTTTGGACAGAGAAGAGAGCAGCATAGTATG 3407
Query 3398 TGTGTAAAA-GTGTGTGTGCATGATTTAGGATATTTCTTCTTGTATTAGAGAACAGTGCT 3456
||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||
Sbjct 3408 TGTGTAAAAAGTGTGTGTGCATGATTTAGGAT-T--CTTCTTGTATTAGAGAACAGTGCA 3464
Query 3457 GCAGTTTCTTTGTTATCATCATGGTCCAAGATAGGGAAGTGGACATTACTACT--T-ATA 3513
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||
Sbjct 3465 GCAGTTTCTTTGTTATCATCATGGTCCAAGATAGGGAAGTGGACATTACTACTACTTATA 3524
Query 3514 CATACACTGGCTTTGTGATATAAAGTTGAAGATAGCTTTTACTTTCTCT 3562
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3525 CATACACTGGCTTTGTGATATAAAGTTGAAGATAGCTTTTACTTTCTCT 3573
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 134533520555
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5