BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G27460.1
Length=2519
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg921783 jgi|Araly1|921783|scaffold_103064.1 3424 0.0
> Ahg921783 jgi|Araly1|921783|scaffold_103064.1
Length=2125
Score = 3424 bits (1854), Expect = 0.0
Identities = 2026/2110 (96%), Gaps = 8/2110 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 278 GTGAGGAGAAAGAGGAGAAGATGTTGTGTGCTTGTTCAGGCGAACAATTCCGGTTCGAGG 337
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 GTGAGGAGAAGGAGGAGAAGATGTTGTGTGCTTGTTCAGGCGAACAATTCCGGTTCGAGG 60
Query 338 ATCAGCCCGGTTCGCCGGAATCCCTAGCTACAAGAGATTTCTCAGCTAGTGGACTTTCTT 397
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 ATCAGCCCGGTTCGCCGGAATCCCTAGCTACTAGAGATTTCTCAGCTAGTGGACTTTCTT 120
Query 398 CTCGAAACGGAGGAGGCGATTGGGATTCCAAATTGGAAGATATTCAAGTCGATGAAGCTG 457
||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 CTCGAAATGGCGGAGGCGATTGGGATTCGAAATTGGAAGATATTCAAGTCGATGAAGCTG 180
Query 458 AATCGACTTTAAAGGAAGCTCTCTCACTCAACTATGAGGAAGCTAGGGCTTTGTTGGGGA 517
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 AATCGACTTTAAAGGAAGCTCTATCACTCAACTATGAGGAAGCTAGGGCTTTGTTGGGGA 240
Query 518 GACTTGAATATCAGAGAGGTAATTTTGATGCAGCACTTCAAGTGTTTAAAGGGATTGACA 577
||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||
Sbjct 241 GACTTGAATATCAGAGAGGTAATTTCGATGCAGCGCTTCAGGTGTTTAAGGGGATTGACA 300
Query 578 TTAAGGTCTTAACTCCAAGGATAATCAAAGCCATTGTTGAGAAAACTCTTCCTTGCAAAC 637
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 301 TTAAGGTCTTAACTCCAAGGATAATCAAAGCCATTGTTGAGAGAACTCGTCCTTGCAAAC 360
Query 638 CACGCTCTAAAGCTGTTATTGTGCCTCCCACCACAATGTCAATGCATTCAGTCAGTTTAC 697
| ||||| |||| ||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 361 CGCGCTCCAAAGTTGTTAGTGTGCCTCCCTGCACAATGTCTATGCATTCAGTCAGTTTAC 420
Query 698 TTCTTGAAGCAATCTTACTTAAAGCTAGATCACTTGAAGAACTTGGCTCTTACAAAGAGG 757
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||
Sbjct 421 TTCTTGAAGCAATCTTGCTTAAAGCTAGATCACTTGAAGAACTCGGCTCTTACCAAGAGG 480
Query 758 CTGCAGAAGAATGCAAAATAATCCTGGACGTGGTTGAAAATGCACTGCCAAGCGGCATGC 817
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||
Sbjct 481 CTGCAGAAGAATGCAAAATAATCCTGGACGTGGTTGAATCTGCACTGCCGAGTGGCATGC 540
Query 818 CTGACGGAATCAGCGGATTCGCTAAACTGCAGGATATCTTTCAGAAGGCCCTGGAATTGC 877
|||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 CTGACGGAATCAGCGGATTCTCTAAACTGCAGGACATTTTTCAGAAGGCCCTGGAATTGC 600
Query 878 TTCCTTTACTATGGAAAAAAGCGGGGAATCATCATGAAACTATTGCTTCATATCGCCGTG 937
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 TTCCTTTACTATGGACCAAAGCGGGGAATCATCATGAAACTATTGCTTCATATCGCCGTG 660
Query 938 CTTTATCCAGACCATGGAATTTGGATCCCCAGAGGTTAGCTGTTACGCAGAAATCCTTAG 997
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 CTTTATCCAGACCATGGAATTTGGATCCCCAGAGGTTAGCTGTTACGCAGAAATCCTTAG 720
Query 998 CTTTGGTTTTACTTTACGGGAGTGTTGAGGCATGTCCAAAAGACAACATCGAGGAAGCAA 1057
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 CTTTGGTTTTACTTTACGGGAGTGTTGAGGCATGCCCAAAAGACAACATCGAGGAAGCAA 780
Query 1058 TTGTGTTGCTAATGTTACTTGTAAAGAAGATGGTGGTTGGGGACATACAGTGGGATCCAG 1117
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 781 TTGTGTTGCTAATGTTACTTGTAAAGAAGATGGTGGTTGGGGACATACAGTGGGATGCAG 840
Query 1118 AACTCATGGATCATCTCACTTACGCCCTTTCCATGACTGGACAGTTTGAAGTGTTAGCGA 1177
| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 AGCTCATGGATCATCTCACGTACGCCCTTTCCATGACTGGACAGTTTGAAGTGTTAGCGA 900
Query 1178 ACTATCTAGAGCAGACTCTTCCGGGTGTTTACACCCGCGGGGAGAGATGGTACCTTCTCT 1237
||||||||||| |||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 ACTATCTAGAGGAGACTCTTCCAGGTGTTTATACACGCGGGGAGAGATGGTACCTTCTCT 960
Query 1238 CCCTTTGTTACAGTGCTGCTGGGATCGATAAAGCGGCCATTAATCTATTAAAGATGGCCC 1297
|||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 961 CCCTTTGTTACAGTGCTGCTGGGATCGATACAGCAGCCATCAATCTATTAAAGATGGCCC 1020
Query 1298 TAGGCCCATCTGAATCAAGACAAATACCACACATTCCGTT-GTTATTGTTTGGAGCAAAG 1356
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 1021 TAGGCCCTTCTGAATCAAGACAAATACCACACATTCC-TTGGTTATTGTTTGGAGCAAAG 1079
Query 1357 CTGTGCTCTAAAGATCCAAAACACTCAAGGGACGGCATAAATTT-TGCTCATAGGCTGCT 1415
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||
Sbjct 1080 CTGTGCTCTAAAGATCCAAAACACTCAAGGGACGGCATAAATTTCT-CTCATAGGCTGCT 1138
Query 1416 CGACTTGGGAAACAGTCAGAGTGAACATCTTTTGAGCCAAGCACACAAGTTCCTTGGTGT 1475
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1139 CGACTTGGCAAACAGTCAGAGTGAACATCTTTTGAGTCAAGCACACAAGTTCCTTGGTGT 1198
Query 1476 ATGCTATGGAAACGCTGCAAGAAGTTCTAAATTAGACTCTGAACGGGTTTTTCTTCAGAA 1535
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1199 GTGCTATGGAAACGCTGCAAGAAGTTCCAAATTAGACTCTGAACGGGTTTTCCTTCAGAA 1258
Query 1536 AAAATCTCTGTTCTCTTTAAATGAAGCAGCAAAGAGGGGTAAGGCTGATCCGGAACTAGA 1595
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 AAAATCTCTGTTCTCTTTAAATGAAGCAGCAAAGAGGGGCAAGGCTGATCCGGAACTAGA 1318
Query 1596 CGTTATATTTAACCTAAGCGTTGAGAATGCAGTTCAAAGAAATGTTCAGGCGGCTTTGGA 1655
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1319 CGTTATATTTAACCTAAGCGTTGAGAATGCAGTTCAAAGAAATGTTCAGGCGGCTTTGGA 1378
Query 1656 TGGTGCGGTTGAGTATTCTAGTATGGTGGGAGGAGTTTCAACTAAAGGATGGAAACATTT 1715
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1379 TGGTGCGGTTGAGTATTCTAGTATGGTGGGAGGAGTTTCAACTAAAGGATGGAAACATTT 1438
Query 1716 AGCTATTGTCCTTTCAGCGGAGAAACGGCTCAAGGATGCTGAATCAATACTGGACTTCAC 1775
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1439 AGCTATTGTCCTTTCAGCGGAGAAACGGCTCAAGGATGCTGAATCAATTCTGGACTTCAC 1498
Query 1776 CATGGAAGAGGCTGGTGACATTGAAAAGATAGAGCTTCTGAGGTTAAAAGCTGTGCTTCA 1835
||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| || ||||||| |||||||
Sbjct 1499 CATGGAAGAGGCTGGTGACCTTGAAAAGTTAGAGCTTCTGAAGTCAAAAGCTATGCTTCA 1558
Query 1836 GATGGCTCAAGAACAACCTAAAAAGGCAATGAAGACATGCAGCAGCTTACTGGGACTAAT 1895
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 1559 GATGGCTCAAGAACAACCTAAGCAGGCAATGAAGACATGCAGCAGCTTGCTGGGCCTAAT 1618
Query 1896 TCGAGCGCAAGAGAAATCTGAACAA-TCCGAGAG-TCTGCTACAGAAATTTGAAACGGAA 1953
|||||||||||||||||||||| || |||||| | |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1619 TCGAGCGCAAGAGAAATCTGAA-AAGTCCGAG-GCTCTGCTACAGAAATTTGAAACGGAA 1676
Query 1954 GCTTGGCAAGACCTGGCCTCTGTCTATGGAAAGCTAGGTTCATGGTCAGATGCAGAAACA 2013
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1677 GCTTGGCAAGACCTGGCCTCTGTCTATGGAAAGCTAGGTTCATGGTCAGATGCAGAAACA 1736
Query 2014 TGTCTCGAGAAGGCAAGATCCATGTGCTATTATTCTCCCAGAGGCTGGAATGAAACAGGT 2073
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1737 TGTCTCGAGAAGGCAAGATCCATGTGCTATTATTCTCCCAGAGGCTGGAATGAAACAGGT 1796
Query 2074 TTGTGTCTAGAAGCTAAATCACTTCATGAAGAGGCTTTAATATCCTTCTTCCTTTCGCTC 2133
|||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||
Sbjct 1797 TTGTGTTTAGAAGCCAAATCACTTCATGAAGAGGCTTTAACATCCTTCTTCCTCTCACTC 1856
Query 2134 TCGATCGAACCAGATCACGTACCTAGCATTGTTTCTATAGCAGAGGTCATGATGAAATCT 2193
||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1857 TCGATCGAACCAGATCACGTACCCAGCATTGTTTCAATAGCAGAGGTTATGATGAAATCC 1916
Query 2194 GGAGATGAATCACTTCCAACCGCTAAAAGTTTTCTGATGAATGCCTTAAGGTTAGACCCG 2253
|| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1917 GGGGGTGAATCACTTCCAACCGCTAAAAGTTTTCTGATGAATGCCTTAAAATTAGACCCG 1976
Query 2254 AGAAATCATGATGCATGGATGAAGCTAGGGCACGTTGCAAAGAAGCAAGGCTTGTCACAG 2313
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1977 AGAAATCACGATGCATGGATGAAGCTAGGGCACGTTGCAAAGAAGCAAGGCATGTCACAG 2036
Query 2314 CAAGCTGCAGAGTTTTACCAAGCTGCATATGAACTAGAACTATCCGCTCCGGTACAGAGT 2373
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||
Sbjct 2037 CAAGCTGCAGAGTTTTACCAAGCTGCATATGAACTAGAGCTATCCGCTCCAGTACAGAGT 2096
Query 2374 TTCATTTGAC 2383
||||||||||
Sbjct 2097 TTCATTTGAC 2106
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 94958980785
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5