BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G27500.1
Length=2264
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg472955 jgi|Araly1|472955|fgenesh2_kg.1__2909__AT1G27500.1 3570 0.0
Ahg912575 jgi|Araly1|912575|Al_scaffold_0001_2829 628 4e-179
> Ahg472955 jgi|Araly1|472955|fgenesh2_kg.1__2909__AT1G27500.1
Length=2245
Score = 3570 bits (1933), Expect = 0.0
Identities = 2159/2266 (95%), Gaps = 24/2266 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 2 TCCGACCCATTTCTGGTCTTGTCATTTCTACAATTAGACTTCTCTTAGAT-TTCCCTTGT 60
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||
Sbjct 1 TCCGACCCATTTCTGGACTTGTCATTTCTACAATTAGACTTCTCTCAGATCTT-CCTTGT 59
Query 61 TCTTGTCTCTTTCCGCGGATTTCGATTCCGACACAATCCCAAACAAGATAGCTGTTTATT 120
||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 60 TCTTGTCTCCTTCCGAGGATTTCGATTCCGACACAATCCCAAACAAGGTAGCTTTTTATT 119
Query 121 CGAAATAAAGAAAATGGAAGGAGGGTCTGTTAATGAATCGCATTCTAATGCGGACCAAAT 180
|| | || | ||||||||||||||| | | | |||||||||||||||
Sbjct 120 CG-GAGGAA-ATAATGGAAGGAGGGTC----------T-G---T-TAATGCGGACCAAAT 162
Query 181 GTTTGACACAACTATAGAAGAGTTATGTAAGAATCTCTGCGAATTGCAGAGTTCTAATCA 240
|||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 163 GTTTGACACAACCATAGAGGAGCTATGTAAGAATCTCTGCGAATTGCAGAGTTCTAATCA 222
Query 241 ATCTCCTTCAAGGCAGAGTTTTGGATCATATGGTGATGAGTCAAAGATTGATTCTGATCT 300
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 223 GTCTCCTTCAAGGCAGAGTTTTGGATCATATGGTGATGAGTCAAAGATTGATTCTGATCT 282
Query 301 ACAACATCTTGCTTTGGGAGAGATGCGAGATATTGATATCTTGGAAGATGAAGGAGATGA 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 283 ACAACATCTTGCTTTGGGAGAGATGCGAGATATTGATATATTGGAAGATGAAGGAGAGGA 342
Query 361 GGACGAAGTGGCAAAGCCAGAAGAGTTTGATGTCAAGTCAAATTCTTCAAACTTGGATTT 420
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 343 GGACGAAGTGGCAAAGCCAGAAGAGTTTGATGTGAAGTCAAACTCTTCAAACTTGGATTT 402
Query 421 GGAAGTCATGCCCAGGGATATGGAGAAACAAACTGGTAAGAAGAATGTG-ACTAAATCGA 479
|||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||
Sbjct 403 GGAAGTCATGCCCAAGGATATGGAGAAACAAATTGGTAAGAAGAATGTGAAC-AAATCGA 461
Query 480 ACGTTGGAGTCGGTGGAATGAGGAAGAAGAAAGTCGGAGGTACCAAGTTACAAAATGGAA 539
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 462 ACGTTGGAGTTGGTGGAATGAGGAAGAAGAAAGTCGGAAATACCAAGTTACAAAATGGAA 521
Query 540 ATGAAGAACCATCATCTGAAAATGTAGAGCTGGCACGTTTTTTACTGAACCAAGCGAGAA 599
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 522 ATGAAGAACCGTCATCTGAAAATGTAGAGCTGGCACGTTTTTTACTGAATCAAGCGAGAA 581
Query 600 ACTTGGTTAGTTCTGGTGACAGTACACACAAAGCTCTCGAGTTAACTCATCGAGCAGCTA 659
| ||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 582 ATTTGGTTAGTTCTGGTGATAACACCCACAAAGCTCTCGAGTTAACTCATCGAGCAGCTA 641
Query 660 AGTTGTTTGAGGCTTCTGCAGAGAATGGGAAACCATGTTTGGAATGGATCATGTGTTTGC 719
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||
Sbjct 642 AGTTGTTTGAGGCTTCTGCAGAGAATGGGAAACCGTGTTTAGAGTGGATCATGTGTTTGC 701
Query 720 ATGTTACAGCAGCAGTCCATTGTAAGTTAAAAGAGTACAATGAGGCAATTCCGGTTCTAC 779
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 702 ATGTTACAGCAGCAGTCCATTGTAAGTTAAAGGAGTACAATGAGGCAATTCCGGTTCTGC 761
Query 780 AGCGCTCTGTTGAGATTCCTGTTGTTGAAGAAGGTGAAGAGCATGCTCTAGCTAAATTTG 839
||||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 762 AGCGCTCAGTTGAGATTCCGGTTGTCGAAGAGGGTGAAGAGCATGCTCTAGCCAAATTTG 821
Query 840 CTGGTCTGATGCAGTTAGGTGACACTTACGCTATGGTGGGGCAGCTAGAGAGCTCGATAT 899
|||| |||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 822 CTGGACTGATGCAGTTAGGGGACACTTATGCTCTGGTGGGGCAGCTAGAGAACTCGATAT 881
Query 900 CGTGTTATACCGAGGGATTGAATATCCAGAAGAAGGTTTTGGGAGAAAATGACCCAAGAG 959
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 882 CGTGTTATACCGAGGGATTGAATATCCAGAAGAAGGTTTTGGGAGAAAATGACCCAAGAG 941
Query 960 TTGGTGAAACATGCAGATACCTAGCAGAAGCTCTTGTACAAGCATTACGGTTTGATGAGG 1019
||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 942 TTGGTGAAACATGCAGATACCTAGCTGAGGCTCTTGTACAAGCATTACGGTTTGATGAGG 1001
Query 1020 CTCAACAGGTCTGCGAAACGGCTCTTTCTATACATAGAGAAAGCGGTTTACCAGGTTCAA 1079
|||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1002 CTCAACAGGTGTGCGAAACTGCTCTTTCTATACATAGAGAAAGTGGTTTACCAGGTTCAA 1061
Query 1080 TCGCAGAGGCCGCGGATAGAAGACTCATGGGGCTTATATGTGAGACTAAGGGAGATCATG 1139
||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1062 TCGCAGAAGCGGCGGATAGAAGACTCATGGGTCTTATATGTGAGACTAAGGGAGATCACG 1121
Query 1140 AGAATGCCCTTGAGCATTTGGTATTAGCCAGTATGGCCATGGCAGCAAATGGACAAGAGT 1199
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1122 AGAATGCCCTTGAGCATTTGGTATTAGCCAGTATGGCCATGGCAGCAAATGGACAAGAGT 1181
Query 1200 CTGAGGTTGCTTTTGTTGATACTAGCATTGGTGACTCGTACTTGTCTTTGTCTCGGTTCG 1259
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
Sbjct 1182 CTGAGGTTGCTTTTGTTGATACTAGCATTGGTGACTCGTACTTGTCTTTGTCTAGGTTTG 1241
Query 1260 ATGAAGCGATTTGTGCATACCAGAAATCTCTCACAGCACTGAAGACAGCAAAGGGAGAGA 1319
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1242 ATGAAGCGATTTGTGCATACCAGAAATCTCTCACAGCACTGAAGACAGCAAAGGGAGAGA 1301
Query 1320 ACCATCCAGCTGTTGGTTCAGTTTATATCCGTTTAGCTGATCTCTATAATCGGACAGGAA 1379
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1302 ACCATCCAGCTGTTGGTTCAGTTTATATCCGTTTAGCTGATCTCTATAATCGGACTGGAA 1361
Query 1380 AAGTGCGTGAAGCAAAGTCTTATTGTGAAAATGCTCTTCGGATATACGAGTCTCATAACC 1439
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1362 AAGTGCGAGAAGCAAAGTCTTATTGTGAAAATGCTCTTCGGATATACGAGTCCCATAACC 1421
Query 1440 TAGAGATTTCTCCTGAAGAGATTGCAAGTGGTCTTACAGATATCTCCGTGATATGCGAGT 1499
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1422 TAGAAATTTCTCCTGAAGAGATTGCAAGTGGTCTTACAGATATCTCCGTGATTTGCGAGT 1481
Query 1500 CTATGAACGAGGTGGAACAAGCTATTACCTTGCTACAAAAGGCGCTGAAGATATACGCGG 1559
||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1482 CTATGAACGAGGTGGAACAAGCTATTAGCTTGCTTCAAAAGGCGCTGAAGATATACGCGG 1541
Query 1560 ATTCTCCTGGCCAGAAAATCATGATTGCAGGGATTGAAGCTCAAATGGGAGTGTTGTACT 1619
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1542 ATTCTCCTGGCCAGAAAATCATGATTGCAGGGATTGAAGCTCAAATGGGAGTGTTGTACT 1601
Query 1620 ATATGATGGGGAAATACATGGAGTCGTACAACACATTTAAGAGCGCTATCTCAAAACTAC 1679
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1602 ATATGATGGGGAAATACATGGAGTCGTACAACACATTTAAGAGCGCTGTCTCAAAACTAC 1661
Query 1680 GGGCGACTGGAAAGAAACAATCAACGTTTTTCGGGATTGCACTTAACCAAATGGGTTTAG 1739
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1662 GGGCGACTGGAAAGAAACAATCAACGTTTTTCGGGATTGCACTTAACCAAATGGGTTTAG 1721
Query 1740 CATGCATTCAGCTCGATGCAATAGAAGAGGCTGTTGAGTTGTTTGAAGAAGCCAAGTGTA 1799
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1722 CATGCATTCAGCTCGACGCAATAGAAGAGGCTGTTGAGTTGTTTGAAGAGGCCAAGTGTA 1781
Query 1800 TTTTAGAACAAGAGTGTGGTCCTTATCACCCGGAAACACTTGGATTGTACAGTAACCTTG 1859
| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1782 TCTTAGAACAAGAGTGTGGTCCATATCACCCGGAAACACTTGGATTGTACAGCAACCTTG 1841
Query 1860 CAGGAGCTTATGATGCAATTGGCAGGTTGGATGATGCGATTAAGCTGCTAGGACATGTGG 1919
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||
Sbjct 1842 CAGGAGCTTATGATGCAATTGGCAGGTTGGATGATGCGATTGCGCTGCTAGGACACGTGG 1901
Query 1920 TTGGGGTTCGGGAGGAAAAGCTCGGGACAGCGAATCCTGTAACGGAAGACGAGAAGAGGA 1979
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1902 TTGGGGTTCGGGAGGAAAAACTCGGGACAGCGAATCCTGTAACGGAAGACGAGAAGAGGA 1961
Query 1980 GGCTGGCCCAACTCTTGAAAGAAGCTGGTAACGTTACAGGAAGGAAAGCTAAATCCCTCA 2039
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1962 GGCTGGTCCAACTCTTGAAAGAAGCTGGTAACGTTACAGGAAGGAAAGCTAAATCACTCA 2021
Query 2040 AGACTCTAATTGATTCCGATCTCACTTCTTCTTCAGCTCTTCGTTAACAATATGTTACAT 2099
||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2022 AGACTCTAATTGATTCCGATCTCACTTCTTCCTCGGCTCTTCGTTAACAATATGTTACAT 2081
Query 2100 TTTCTTATTATTTTATAGAAATGTGAATACGATAtttttgttttttGTGATTATGTTTGT 2159
||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2082 TTTCTTACTATTTTACAGAAATGTGAATACGATATTTTTGTTTTTTGTGATTATGTTTGT 2141
Query 2160 GGAAGTGTTTTCCTTTCATTGTCTTAATCCGGTGTACTTGAATTAACAGGCTCTCACAGA 2219
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |
Sbjct 2142 GGAAGTGTTTTCCTTTCACTGTCTTAATCCGGTGTATTTGAATTAACAGGCTC--ACATA 2199
Query 2220 TTTGTTTT-AATTTATTGAATGAGAAGATCATTACCACTTTTAGAC 2264
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2200 TTTGTTTTTAATTTATTGAATGAGAAGATCATTACCAGTTTTAGAC 2245
> Ahg912575 jgi|Araly1|912575|Al_scaffold_0001_2829
Length=519
Score = 628 bits (340), Expect = 4e-179
Identities = 475/535 (89%), Gaps = 29/535 (5%)
Strand=Plus/Plus
Query 110 AGCTGTTTATTCGAAATAAAGAAAATGGAAGGAGGGTCTGTTAATGAATC-GCATTCTAA 168
||||||||||||| || || |||||||||||||||||||| |||| | |||||||||
Sbjct 3 AGCTGTTTATTCG-AAGGAA-CTAATGGAAGGAGGGTCTGTTAGTGAA-CTGCATTCTAA 59
Query 169 TGCGGACCAAATGTTTGACACAACTATAGAAGAGTTATGTAAGAATCTCTGCGAATTGCA 228
|||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 60 TGCGGACCAAATGTTTGACACAACGATAGAGGAGCTATGTAAGAATCTCTGCGAATTGCA 119
Query 229 GAGTTCTAATCAATCTCCTTCAAGGCAGAGTTTTGGATCATATGGTGATGAGTCAAAGAT 288
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 120 GAGTTCTAATCAGTCTCCTTCAAGGCAGAGTTTTGGATCATATGGTGATGAGTCTAAGAT 179
Query 289 TGATTCTGATCTACAACATCTTGCTTTGGGAGAGATGCGAGATATTGATATCTTGGAAGA 348
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 180 TGATTCTGATCTACAACATCTTGCTTTGGGAGAAATGCGGGATATAGATATCTTGGAAGA 239
Query 349 TGAAGGAGATGA-G-G-ACGAAGTGGCAAAGCCAGAAGAGTTTGATGTCAAGTCAAATTC 405
|||||||||||| | | |||||||||||||||| | | || ||| | | |
Sbjct 240 TGAAGGAGATGATGAGGACGAAGTGGCAAAGCCC-A----T---AT--CAAA-C---T-C 284
Query 406 T-TCAAACTTGGATTTGGAAGTCATGCCCAGGGATATGGAGAAACAAACTGGTAAGAAGA 464
| | ||| ||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 285 TAT-AAAGTTGGATTTGGAGGTCTTGCCCAAGGATATGGAGAAACAAGTTGGTAAGAAGA 343
Query 465 ATGTGA-CTAAATCGAACGTTGGAG-TCGGTGGAATGAGGAAGAAGAAAGTCGGAGGTAC 522
|||| | | |||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 344 ATGTTAAC-AAATCGAACGTTGGAGGT-GGTGGAATGAGGAAGGAGAAAGTCGGAACCAC 401
Query 523 CAAGTTACAAAATGGAAATGAAGAACCATCATCTGAAAATGTAGAGCTGGCACGTTTTTT 582
|||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 402 CAAGTTACGAACTGGAAATGAAGAACCATCATCTGAAAATGTAGAGCTGTCACGTTTTTT 461
Query 583 ACTGAACCAAGCGAGAAACTTGGTTAGTTCTGGTGACA-GTACACACAAAGCTCT 636
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||
Sbjct 462 ACTGAACCAAGCGAGAAACTTGGTTAGTTCTGGTGATAAGTACCCACAAAGCTCT 516
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 85245968310
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5