BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G27595.1
Length=3339
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg313480 jgi|Araly1|313480|fgenesh1_pm.C_scaffold_1002260 3133 0.0
> Ahg313480 jgi|Araly1|313480|fgenesh1_pm.C_scaffold_1002260
Length=3873
Score = 3133 bits (1696), Expect = 0.0
Identities = 1967/2091 (94%), Gaps = 45/2091 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 60 AGAATAACCAGGTGATTAGTCATCAAAATTCTTGGGATCTGTCAAAGAAACGAATAATGC 119
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1085 AGAATAACCAGGTGAATAGTCATCAAAATTCTTGGGATTTGTCAAAGAAACGAATAATGC 1144
Query 120 CCCAGGGTGAAGATGATACAATCAATGGAGAGGTTGCTCCGAAGCGCGTACGCCATAATA 179
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1145 CCCAGGGTGAAGATGATACAATCAATGGAGAGGTTGCTCCGAAGCGCGTACGCCATAATA 1204
Query 180 CTAACATGCATTTGACCCAGCAAGTTCAAACAAATGAATCCCTACAGGGACCTGTCTCTA 239
|||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||| |||||||||
Sbjct 1205 CTAACATGAATTTGACCCAGCATGTTCAAACAAATGAATTCTTACAGGGATCTGTCTCTA 1264
Query 240 TCAATGGCATTTCCTCTGGTAACCATCTTTCGGACAGTGAGTTGACTCCAGTGGAACAAA 299
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1265 TCAATGGCATTTCCTCTGGTAACCATCCTTCGGACAGTGAGTTGACTCCAGTGGAACAAA 1324
Query 300 TGGTTTCAATGATTGGTGCTTTGCTTGCTGAAGGAGACAGAGGAGCTGCCTCACTTGAAA 359
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1325 TGGTTTCAATGATTGGTGCTTTGCTTGCTGAAGGAGACAGAGGAGCTGCCTCACTTGAAA 1384
Query 360 TTCTCATTTCTAAGCTTCATCCAGATATGCTTGCTGATATAGTAATAACAAGCATGAAAC 419
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1385 TTCTCATTTCTAAGCTTCATCCAGATATGCTTGCTGATATTGTAATAACAAGCATGAAAC 1444
Query 420 ACTTGCCTAGTACCCCTCCCACGTTGGCAAGTTCAGTGGCTACTCCAGCAGATATTGTGG 479
|||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1445 ACTTGCCTAGTACCCCTCCCACATTGACAAGTTCAGTGGCTACTCCAGCAGATATTGTGG 1504
Query 480 TATCTTCTTCTACAAATACCGTGCATTCTCCGACTCCTCCGGCACAACTTCCTTTTGATC 539
|||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1505 TATCTTCTTCTATAAATACCATTCATTCTCCGACTCCTCCGGCACAACTTCCTTTTGATC 1564
Query 540 CAATCCTTCCTGCTGGGTCATCGTTTTCCGAAGTGCCTAGCTTGAGTAGCTCGGTTGCCG 599
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||
Sbjct 1565 CAATCCTTCCTACTGGGTCATCGTTTTCCGAAGTGCCTAGCTTGAATAGCTCTGTTGCCG 1624
Query 600 ACCCTAGACGCGACCCAAGAAGGGATCCCCGTCGCATGGATCCAAGGCGTTTAAATTCAT 659
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1625 ACCCTAGACGCGACCCAAGAAGGGATCCCCGTCGCATGGATCCAAGGCGTTTAAATTCAC 1684
Query 660 CTGTGGGACCAACGTCACTCCCTGTAGGTGAGGGTAAAGAATCAGTTCCAGTACAGAAGG 719
||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||
Sbjct 1685 CTGTGGGACCATCGTCACTGCCTGTAGGTGAGGGTAAAGAACCAGCTCCAACACAGAAGG 1744
Query 720 ACATCTCTACCTTACTGAGTAAGCCAGTCTCAGTTTCTGCTGTCACGCCAGGGGCTACTG 779
| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1745 ATATCTCTACCTTACTGAGTAAGCCAGTTTCAGTTCCTGCTGTCACGCCAGGGGCTACTG 1804
Query 780 GTTCTGTACATTCAACAGCAGTAGAGCTTAGCCAGAATAAGATGATGGGAAGTTCAGGAA 839
|||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1805 GTTCAGTACATTCAACGGCAGTAGAGCGTAGCCAGAACAAGATGATGGGAAGTTCAGGAA 1864
Query 840 TCAGAATAATTGATCCGCCTGAATGCAGAGAGGACTTGTTGACTGTTCCCAATGAGTGTT 899
||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1865 TCAGAATAATTAATCAGCCTGATTGCAGAGAGGACTTGTTGACTGTTCCCAATGAGTGTT 1924
Query 900 CTTACCCGTCAAAGGAAATATCATCCTTAGATGTTCCACTATCTCCTTGCAGGGATGATG 959
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1925 CTTACCCGTCAAAGGAAATATCATCCTTAGATGTTCCACTATCTCCTTGCAGAGATGATG 1984
Query 960 AAGGCATCAGAGAGACAAAGTATTCAG-TCC-----CA--G-AT--TT-GGATATGTTGT 1007
||||||||||||||||||||||||||| | | || | || || |||||||| ||
Sbjct 1985 AAGGCATCAGAGAGACAAAGTATTCAGGTTCTGAAACAATGTATGATTTGGATATGTCGT 2044
Query 1008 CTGTCCCAGATTTTGATCAACATTCGCCTTCAGCATCAGTCCCAGATTTTGATCAAGATC 1067
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2045 CTGTCCCAGATTTTGATCAACATTCGCCTTCAGCATCAGTCCCAGATTTTGATCAAGATC 2104
Query 1068 CCCCTGCAGCATCAGACATTACTGCACCAGAAGAAAGCTATCGAGAGTTGG-ACCCTGTT 1126
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||
Sbjct 2105 CCCCTGCAGCATCAGACATTACTGCACCAGAAGAAAGCTATCGAGAGTTGGCACC-TGTT 2163
Query 1127 CCGTCATATGTTGAACTTACCACAGAGCAAAGCAAAACTGTAGGAAAGTTGGCTATTGAA 1186
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2164 CCATCATATGTTGAACTTACCACAGAGCAAAGCAAAACTGTAGGAAAGTTGGCTATTGAA 2223
Query 1187 CGGATAATTGAATCAAATAGACATGTCTTTGGGTTTGATTGTAACAAGATACGCATGGCA 1246
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2224 CGGATAATCGAATCAAATAGACATGTCTTTGGGTTTGATTGTAACAAGATACGCATGGCA 2283
Query 1247 TTGATTGCCCGATTGATTGCTAGAATCGATGCTGGCAGTGATGTTGCAACCATACTAAGA 1306
|| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2284 TTAATTGCTCGATTGATTGCTAGAATCGATGCTGGCAATGATGTTGCAACCATACTAAGA 2343
Query 1307 GAGCTTATTAGTGTGGACCATCGAGAATTCAAGGGGCACGATCTTGTTTTACATGTTCTC 1366
|||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2344 GAGCATATTAGTGTGGATCATCGAGATTTCAAGGGGCACGATCTTGTTTTACATGTTCTC 2403
Query 1367 TACCATCTGCATTCAATGGCCATTCTGGACACAGATGAATCCTCTTTCTATGCTACTGTT 1426
|||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| |||||| |||||||||| ||
Sbjct 2404 TACCATCTGCATTCAATGGCGATGCTGGACACTGATGATTCCTCTCCCTATGCTACTATT 2463
Query 1427 TATGAAAATTTTCTCATATCAGTGGCAAGATCATTTCTGGATGCGCTTCCTGCTTCTGAC 1486
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2464 TATGAAAATTTTCTCATATCAGTGGCAAGATCATTTCTGGATGCTCTTCCTGCTTCTGAC 2523
Query 1487 AAGTCTTTTAGTAGACTTTTTGGAGAAGCTCCACATTTACCTGATTCTGCCATAAACCTA 1546
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2524 AAGTCTTTTAGTAGACTTTTTGGAGAAGCTCCACATTTACCTGATTCTGCCATAAAGCTA 2583
Query 1547 CTGGATGAACTCTGCTCCACTCGTCATGACCCAGTTGGAAAAGAAGTTTGTGATAGTGAG 1606
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||
Sbjct 2584 CTGGATGAACTCTGCTCCACTCGTCATGACCCAGTTGGAAGAGAAGTCTGTGATAGTGAG 2643
Query 1607 CGTGTTACCCAAGGGCTTGGTGCTGTTTGGAGCTTAATTTTAGTGCGTCCAAATGAGCGA 1666
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2644 CGTGTTACCCAAGGGCTTGGTGCTGTTTGGAGCTTAATTTTAGTGCGTCCAAATGAGCGA 2703
Query 1667 AAAGCATGCTTAGCTATAGCATTGAAGTGTTCTGTTCATTCTGAAGAAGAGGTCCGCGCA 1726
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2704 AAAGCATGCTTAGCTATAGCATTGAAGTGTTCTGTTCATTCTGAAGAAGATGTCCGCGCA 2763
Query 1727 AAAGCCATCCGACTTGTCACGAAC--A-------A-A-CTATAT---CAC---C----TA 1765
||||||||||||||||| | ||| | | | | |||| ||| | ||
Sbjct 2764 AAAGCCATCCGACTTGTGAGGAAATTAGTCCCGGATAGCAATATGGTCACGAACAAACTA 2823
Query 1766 -A-CA--TA-CATAG-CAG-AG--CATGTTGAGCAATTTGCAACAGATATGTTGCTGACT 1816
| || || |||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2824 TATCACCTAACATACACAGCAGAGCATGTTGAGCAATTTGCAACAGATATGTTGCTGACT 2883
Query 1817 GCTGTAAACTCTGAGACAAATCTCTCACAGACTGCATCAACTGCAGAAGGAATAAAAATG 1876
|||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||
Sbjct 2884 GCTGTAAACTCTGAGACAGATCTCTCACAGACTGGATCAATTACAGAAGGAATAAAAACA 2943
Query 1877 GAGGCAAAAAGCCAGATAACTTTGACAACTGAGTCTCTAGGGTCTGGAAACTCCGACATT 1936
|||||||||| ||||||||||| ||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2944 GAGGCAAAAATCCAGATAACTTCGACAAGTGACTCTCTATGGTCTGGAAACTCCGACATT 3003
Query 1937 CCCTCTCAGCAGGATCTACAAACTTCTCGTGAAGTTTCAGTTATATCAATTTCTGAAGCT 1996
| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3004 CACTCTCAGCAGGATCTACAAACTTCTCGTGATGTTTCAGTTATATCAATTTCTGAAGCT 3063
Query 1997 CAGAGACTGATTTCTCTGTTCTTTGCTTTGTGTAAAAAGAAACCTAGTCTCCTTCGACTT 2056
||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3064 CAGAGACTGGTTTCTCTGTTCTTCGCTTTATGTAAAAAGAAACCTAGTCTCCTTCGACTT 3123
Query 2057 GTCTTTGAAGTTTATGGGAGAGCTCCAAAAATGGTAAACCAGGCT-TTTCA 2106
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||
Sbjct 3124 GTCTTTGAAGTTTATGGGAGAGCTCCAAAAATGGTAAACCAGGATGTTTCA 3174
Score = 1206 bits (653), Expect = 0.0
Identities = 691/710 (97%), Gaps = 0/710 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2292 AGGATGTTTCAATTCTTATTCCATTGCTTTCTTCACTCACTAAAGACGAGGTTTTGCCCA 2351
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 3164 AGGATGTTTCAATTCTTATTCCATTGCTTTCTTCACTCACTAAAGATGAGGTTTTGCCCA 3223
Query 2352 TCTTTCCTCCCCTTCTTAATCTTCCGCCTGAAAAGTTTCAACTTGCACTTGCTCATATAT 2411
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3224 TCTTTCCTCCCCTTCTTAATCTTCCGCCAGAAAAGTTTCAACTTGCACTTGCTCATATAT 3283
Query 2412 TACAGGGTTCTGCTCACACAGGCCCTGCACTTACACCTGCCGAGGTACTGATTGCTATCC 2471
||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3284 TACAGGGTTCTGCTCACACAGGCCCTGCACTAACGCCTGCCGAGGTACTGATTGCTATCC 3343
Query 2472 ACGATATTGTTCCTGAGAAGGATGGGCCACCACTTAAAAAGATAACAGATGCATGCTCAG 2531
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 3344 ACGATATTGTTCCTGAGAAGGATGGGCCACCACTTAAAAAGATAACAGATGCATGTTCAG 3403
Query 2532 CTTGCTTTGAACAACGCACTGTTTTCACGCAGCAAGTCTTAGCAAAGGCCCTCGGTCAGA 2591
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3404 CTTGCTTTGAACAACGCACTGTTTTCACGCAGCAAGTCTTAGCAAAGGCCCTCGGTCAGA 3463
Query 2592 TGGTTGATCGAACTCCTCTGCCTTTACTCTTCATGCGAACGGTTATCCAGGCAATCGATG 2651
||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 3464 TGGTTGATCGAACACCTCTGCCTTTGCTCTTCATGCGAACGGTTATCCAGGCAATCGACG 3523
Query 2652 CTTTTCCAACACTAGTTGATTTTGTAATGGAAATTCTTTCCAAGTTGGTGAGGAAGCAGA 2711
||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||
Sbjct 3524 CTTTTCCAACACTGGTTGATTTTGTCATGGAAATTCTTTCCAAGCTGGTGAGAAAGCAGA 3583
Query 2712 TCTGGAGGCTGCCAAAATTGTGGCCTGGCTTCTTAAAATGTGTGTCTCAGACAAAGCCGC 2771
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3584 TCTGGAGACTGCCAAAATTGTGGCCTGGCTTCTTAAAATGTGTGTCTCAGACAAAGCCGC 3643
Query 2772 ATTCTTTCCCTGTTTTATTGGAGTTACCAGTGCCTCAACTTGAAAGTATCATGAAGAAGT 2831
|||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3644 ATTCGTTCCCTGTTTTGTTGGAGTTACCAATGCCTCAACTTGAAAGTATCATGAAGAAGT 3703
Query 2832 TTCCTGATCTAAGACCTTCCCTCACTGCTTATGCGAATCAGCCAACTATCAGATCTTCTC 2891
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||
Sbjct 3704 TTCCTGATCTAAGACCTTCCCTCACTGCTTATGCGAATCAGCCAACTATAAGAGCTTCTC 3763
Query 2892 TACCAAATTCAGCTCTTTCAGTTCTTGGGCTTGACAATGGGCAAGATTCACGTTCACAAA 2951
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3764 TACCAAATTCAGCTCTTTCAGTTCTTGGGCTTGACAATGGGCAAGATTCACGTTCACAAA 3823
Query 2952 TGCACCCTTCAGATGCAACTTCGTCTATTCATGGGGCGGCCTTAACGTGA 3001
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3824 TGCACCCGTCAGATGCAACTTCGTCTATTCATGGGGCGGCCTTAACGTGA 3873
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 126046681776
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5