BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G28290.1
Length=1436
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg473038 jgi|Araly1|473038|fgenesh2_kg.1__2992__AT1G28290.2 950 0.0
> Ahg473038 jgi|Araly1|473038|fgenesh2_kg.1__2992__AT1G28290.2
Length=1132
Score = 950 bits (514), Expect = 0.0
Identities = 836/977 (86%), Gaps = 79/977 (8%)
Strand=Plus/Plus
Query 462 taaacccccGGTCAAGCCACCTGTTTCCCCACCAGCCAAACCTCCGGTTAAGCCACCAGT 521
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Sbjct 232 TAAACCCCCGGTTAAGCCCCCAGTGTCTCCACCAGCCAAACCCCCGGTTAAGCCCCCAGT 291
Query 522 TTACCCTCCAACCAAAGCTCCAGTTAAGCCCCCAACTAAACCCCCAGTCAAGCCACCAGT 581
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Sbjct 292 TTACCCACCGACCAAAGCCCCGGTTAAGCCCCCAACTAAACCCCCGGTCAAGCCACC-G- 349
Query 582 TTACCCTCCAACCAAAGCCCCGGTTAAGCCCCCAACTAAACCCCCAGTCAAGCCACCAGT 641
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Sbjct 350 GT---CTCC--CC--A---CC-----AG-------CTAAACCCCCGGTCAAGCCACCGGT 387
Query 642 TTACCCTCCAACCAAAGCCCCGGTTAAGCCCCCAACTAAACCCCCGGTCAAGCCACCAGT 701
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Sbjct 388 TTACCCTCCAACCAAAGCTCCAGTTAAGCCCCCAACTAAACCCCCGGTCAAGCCACCAGT 447
Query 702 TTCCCCACCAGCCAAACCTCCAGTTAAGCCCCCGGTTTACCCTCCTACCAAAGCTCCGGT 761
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Sbjct 448 TTACCCTCCAACCAAAGCTCCGGTTAAGCCCCC-----A-------ACTAAACCCCCGGT 495
Query 762 TAAGCCTCCGGTTTCTCCTCCGA-CGAAGCCACCTGTTACACCGCCGGTTTACCCGCCTA 820
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Sbjct 496 CAAGCCACCAGTTTCCCCACC-AGCCAAACCTCCGGTTACGCCGCCGGTTTACCCTCCTA 554
Query 821 AGTTCAACCGTAGTCTAGTCGCCGTTCGGGGTACGGTTTACTGCAAAAGCTGCAAGTACG 880
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Sbjct 555 AGTTCAACCGTAGTCTAGTCGCCGTTCGTGGTACGGTTTACTGCAAAAGCTGTAAATACG 614
Query 881 CTGCTTTCAACACACTCTTAGGCGCTAAACCCATCGAAGGTGCTACGGTGAAACTAGTGT 940
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Sbjct 615 CTGCTTTCAACACACTCTTAGGCGCTAAACCCATCGAAGGTGCTACTGTGAAACTAGTGT 674
Query 941 GTAAGAGCAAGAAGAACATAACAGCGGAGACGACGACAGACAAGAACGGATACTTCTTGT 1000
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Sbjct 675 GTAAGAGCAAGAAGAACATAACAGCGGAGACGACGACAGACAAGAACGGATACTTCTTGT 734
Query 1001 TGTTGGCTCCTAAGACGGTGACGAACTTCGGTTTCAGAGGATGTCGTGTGTATTTGGTGA 1060
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Sbjct 735 TGTTGGCTCCTAAGACGGTGACGAACTTCGGTTTCAGAGGATGTCGTGTGTATTTGGTGA 794
Query 1061 AATCAAAGGACTACAAATGCAGCAAAGTCTCAAAGCTCTTCGGTGGAGATGTCGGCGCTG 1120
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Sbjct 795 AATCAAAGGACTACAAATGCAGCAGAGTCTCAAAGCTCTTCGGTGGAGATGTCGGTGCTG 854
Query 1121 AACTTAAGCCTGAGAAAAAGCTGGGAAAATCTACGGTGGTCGTCAACAAGCTCGTATACG 1180
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Sbjct 855 AACTCAAGCCGGAGAGAAGGCCGGGAAAAGGTACGGTGGTCGTCAACACGCTCACATACG 914
Query 1181 GTCTCTTTAACGTTGGTCCATTTGCCTTTAACCCGTCTTGCCCCAAATGAAGATGATTTG 1240
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Sbjct 915 GTCTCTTTAACGTTGGTCCATTTGCCTTTAACCCGACTTGCCCCAAATGAAGATGATTTG 974
Query 1241 ATGCTCTGGTTACTAT-CTTGATTGTT-TCATGTTTAAAAAGATTGAGAGAGAGTGTTGT 1298
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Sbjct 975 ATGCTCTAGTTAC-ATTCTTGATT-TCGTCATGTTCAAAA-GATTGAGAC----T-T-G- 1024
Query 1299 TATGCGTCTACTGTACGGTTGAATTTTAATCAATGTTAGCTAGTCTTTAAGTTAAATGCT 1358
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Sbjct 1025 -A-GAG---A--GT--G-T-GAATTTTAATTAATGTTAGCTAGTCTTTAAGTTAAATGCT 1073
Query 1359 TGGGTATTATGTTGTATCTCTTTAAGTGACGTCGTTTGAGTTTCGTTTGAATAAAAATAG 1418
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Sbjct 1074 TG--T-TTAAGT-G-A-C-------GT----T-GTTTAAGTTTCGTTTGAATAAAAATAG 1115
Query 1419 CAGCTTTCAAGATGATT 1435
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Sbjct 1116 CAGCTTTCAAGAAGATT 1132
Score = 843 bits (456), Expect = 0.0
Identities = 511/538 (95%), Gaps = 2/538 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 135 aaaaacaaaacaaaaaaTGGGTTTCATTGGTAAGAGTGTATTAGTGAGTCTCGTAGCACT 194
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Sbjct 1 AAAAACAAAACAAAAAATGGGTTTCATTGGTAAGAGTGTATTAGTGAGTCTCGTAGCACT 60
Query 195 TTGGTGCTTCACTTCCTCTGTCTTCACTGAAGAAGTGAACCATAAGACTCAAACCCCTTC 254
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Sbjct 61 TTGGTGCTTCACTTCCTCTGTCTTCACTGAAGAAGTGAACCATGTGACTCAAACCCCTTC 120
Query 255 TCTAGCTCCTGCTCCTGCTCCTTaccaccacggccaccaccacccacaccctcctcatca 314
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Sbjct 121 TCTAGCTCCTGCTCCTGCTCCTTACCACCACGGCCACCACCACCCACACCCTCCTCATCA 180
Query 315 ccaccaccctcaccctcaccctcacccccacccaccGGCCAAATCTCCTGTTAAACCCCC 374
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Sbjct 181 CCATCACCCTCACCCTCACCCTCACCCTCACCCACCGGCCAAATCTCCCGTTAAACCCCC 240
Query 375 GGTTAAGGCACCAGTGTCTCCACCAGCCAAACCTCCGGTTAAGcccccggtttacccacc 434
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Sbjct 241 GGTTAAGCCCCCAGTGTCTCCACCAGCCAAACCCCCGGTTAAGCCCCCAGTTTACCCACC 300
Query 435 caccaaagccccggtgaaacccccaactaaacccccGGTCAAGCCACCTGTTTCCCCACC 494
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Sbjct 301 GACCAAAGCCCCGGTTAAGCCCCCAACTAAACCCCCGGTCAAGCCACCGGTCTCCCCACC 360
Query 495 AGCCAAACCTCCGGTTAAGCCACCAGTTTACCCTCCAACCAAAGCTCCAGTTAAGCCCCC 554
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Sbjct 361 AGCTAAACCCCCGGTCAAGCCACCGGTTTACCCTCCAACCAAAGCTCCAGTTAAGCCCCC 420
Query 555 AACTAAACCCCCAGTCAAGCCACCAGTTTACCCTCCAACCAAAGCCCCGGTTAAGCCCCC 614
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Sbjct 421 AACTAAACCCCCGGTCAAGCCACCAGTTTACCCTCCAACCAAAGCTCCGGTTAAGCCCCC 480
Query 615 AACTAAACCCCCAGTCAAGCCACCAGTTTACCCTCCAACCAAAGCC-CCGGTTAAGCC 671
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Sbjct 481 AACTAAACCCCCGGTCAAGCCACCAGTTTCCCCACCAGCCAAA-CCTCCGGTTACGCC 537
Score = 329 bits (178), Expect = 3e-89
Identities = 255/291 (88%), Gaps = 10/291 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 463 aaacccccGGTCAAGCCACCTGTTTCCCCACCAG-CCAAA-CCTCCGGTTAAGCCACC-A 519
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Sbjct 269 AAACCCCCGGTTAAGCCCCCAGTTTACCCACC-GACCAAAGCC-CCGGTTAAGCCCCCAA 326
Query 520 GTTTACCCTCCAACCAAAG-CTCCAGTTAAGCCC-CCAACTAAACCCCCAGTCAAGCCAC 577
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Sbjct 327 CTAAACCC-CCGGTC-AAGCCACC-GGTCTCCCCACCAGCTAAACCCCCGGTCAAGCCAC 383
Query 578 CAGTTTACCCTCCAACCAAAGCCCCGGTTAAGCCCCCAACTAAACCCCCAGTCAAGCCAC 637
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Sbjct 384 CGGTTTACCCTCCAACCAAAGCTCCAGTTAAGCCCCCAACTAAACCCCCGGTCAAGCCAC 443
Query 638 CAGTTTACCCTCCAACCAAAGCCCCGGTTAAGCCCCCAACTAAACCCCCGGTCAAGCCAC 697
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Sbjct 444 CAGTTTACCCTCCAACCAAAGCTCCGGTTAAGCCCCCAACTAAACCCCCGGTCAAGCCAC 503
Query 698 CAGTTTCCCCACCAGCCAAACCTCCAGTTAAGCCCCCGGTTTACCCTCCTA 748
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Sbjct 504 CAGTTTCCCCACCAGCCAAACCTCCGGTTACGCCGCCGGTTTACCCTCCTA 554
Score = 198 bits (107), Expect = 8e-50
Identities = 135/149 (91%), Gaps = 0/149 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 619 AAACCCCCAGTCAAGCCACCAGTTTACCCTCCAACCAAAGCCCCGGTTAAGCCCCCAACT 678
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Sbjct 269 AAACCCCCGGTTAAGCCCCCAGTTTACCCACCGACCAAAGCCCCGGTTAAGCCCCCAACT 328
Query 679 AAACCCCCGGTCAAGCCACCAGTTTCCCCACCAGCCAAACCTCCAGTTAAGCCCCCGGTT 738
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Sbjct 329 AAACCCCCGGTCAAGCCACCGGTCTCCCCACCAGCTAAACCCCCGGTCAAGCCACCGGTT 388
Query 739 TACCCTCCTACCAAAGCTCCGGTTAAGCC 767
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Sbjct 389 TACCCTCCAACCAAAGCTCCAGTTAAGCC 417
Score = 165 bits (89), Expect = 8e-40
Identities = 115/128 (90%), Gaps = 0/128 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 403 AAACCTCCGGTTAAGcccccggtttacccacccaccaaagccccggtgaaacccccaact 462
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Sbjct 425 AAACCCCCGGTCAAGCCACCAGTTTACCCTCCAACCAAAGCTCCGGTTAAGCCCCCAACT 484
Query 463 aaacccccGGTCAAGCCACCTGTTTCCCCACCAGCCAAACCTCCGGTTAAGCCACCAGTT 522
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Sbjct 485 AAACCCCCGGTCAAGCCACCAGTTTCCCCACCAGCCAAACCTCCGGTTACGCCGCCGGTT 544
Query 523 TACCCTCC 530
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Sbjct 545 TACCCTCC 552
Score = 159 bits (86), Expect = 4e-38
Identities = 173/214 (81%), Gaps = 10/214 (5%)
Strand=Plus/Plus
Query 403 AAACCTCCGGTTAAGcccccggtttacccaccca-ccaaagccccggtgaaacccccaac 461
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Sbjct 329 AAACCCCCGGTCAAGCCACCGGTCTCCCCA-CCAGCTAAACCCCCGGTCAAGCCACC-GG 386
Query 462 taaaccc-ccGGTC-AAGCCACCTGTT-TCCCCACCAGCCAAACCTCCGGTTAAGCCACC 518
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Sbjct 387 TTTACCCTCCAACCAAAG-CTCCAGTTAAGCCC-CCAACTAAACCCCCGGTCAAGCCACC 444
Query 519 AGTTTACCCTCCAACCAAAGCTCCAGTTAAGCCCCCAACTAAACCCCCAGTCAAGCCACC 578
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Sbjct 445 AGTTTACCCTCCAACCAAAGCTCCGGTTAAGCCCCCAACTAAACCCCCGGTCAAGCCACC 504
Query 579 AGTTTACCCTCCAACCAAAGCC-CCGGTTAAGCC 611
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Sbjct 505 AGTTTCCCCACCAGCCAAA-CCTCCGGTTACGCC 537
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 53707245450
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5