BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT1G28290.1 Length=1436 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg473038 jgi|Araly1|473038|fgenesh2_kg.1__2992__AT1G28290.2 950 0.0 > Ahg473038 jgi|Araly1|473038|fgenesh2_kg.1__2992__AT1G28290.2 Length=1132 Score = 950 bits (514), Expect = 0.0 Identities = 836/977 (86%), Gaps = 79/977 (8%) Strand=Plus/Plus Query 462 taaacccccGGTCAAGCCACCTGTTTCCCCACCAGCCAAACCTCCGGTTAAGCCACCAGT 521 |||||||||||| ||||| || || || |||||||||||||| ||||||||||| ||||| Sbjct 232 TAAACCCCCGGTTAAGCCCCCAGTGTCTCCACCAGCCAAACCCCCGGTTAAGCCCCCAGT 291 Query 522 TTACCCTCCAACCAAAGCTCCAGTTAAGCCCCCAACTAAACCCCCAGTCAAGCCACCAGT 581 |||||| || |||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | Sbjct 292 TTACCCACCGACCAAAGCCCCGGTTAAGCCCCCAACTAAACCCCCGGTCAAGCCACC-G- 349 Query 582 TTACCCTCCAACCAAAGCCCCGGTTAAGCCCCCAACTAAACCCCCAGTCAAGCCACCAGT 641 | |||| || | || || |||||||||| ||||||||||| || Sbjct 350 GT---CTCC--CC--A---CC-----AG-------CTAAACCCCCGGTCAAGCCACCGGT 387 Query 642 TTACCCTCCAACCAAAGCCCCGGTTAAGCCCCCAACTAAACCCCCGGTCAAGCCACCAGT 701 |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 388 TTACCCTCCAACCAAAGCTCCAGTTAAGCCCCCAACTAAACCCCCGGTCAAGCCACCAGT 447 Query 702 TTCCCCACCAGCCAAACCTCCAGTTAAGCCCCCGGTTTACCCTCCTACCAAAGCTCCGGT 761 || ||| ||| ||||| |||| ||||||||||| | || ||| | ||||| Sbjct 448 TTACCCTCCAACCAAAGCTCCGGTTAAGCCCCC-----A-------ACTAAACCCCCGGT 495 Query 762 TAAGCCTCCGGTTTCTCCTCCGA-CGAAGCCACCTGTTACACCGCCGGTTTACCCGCCTA 820 ||||| || ||||| || || | | || || || ||||| |||||||||||||| |||| Sbjct 496 CAAGCCACCAGTTTCCCCACC-AGCCAAACCTCCGGTTACGCCGCCGGTTTACCCTCCTA 554 Query 821 AGTTCAACCGTAGTCTAGTCGCCGTTCGGGGTACGGTTTACTGCAAAAGCTGCAAGTACG 880 |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||| Sbjct 555 AGTTCAACCGTAGTCTAGTCGCCGTTCGTGGTACGGTTTACTGCAAAAGCTGTAAATACG 614 Query 881 CTGCTTTCAACACACTCTTAGGCGCTAAACCCATCGAAGGTGCTACGGTGAAACTAGTGT 940 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 615 CTGCTTTCAACACACTCTTAGGCGCTAAACCCATCGAAGGTGCTACTGTGAAACTAGTGT 674 Query 941 GTAAGAGCAAGAAGAACATAACAGCGGAGACGACGACAGACAAGAACGGATACTTCTTGT 1000 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 675 GTAAGAGCAAGAAGAACATAACAGCGGAGACGACGACAGACAAGAACGGATACTTCTTGT 734 Query 1001 TGTTGGCTCCTAAGACGGTGACGAACTTCGGTTTCAGAGGATGTCGTGTGTATTTGGTGA 1060 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 735 TGTTGGCTCCTAAGACGGTGACGAACTTCGGTTTCAGAGGATGTCGTGTGTATTTGGTGA 794 Query 1061 AATCAAAGGACTACAAATGCAGCAAAGTCTCAAAGCTCTTCGGTGGAGATGTCGGCGCTG 1120 |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 795 AATCAAAGGACTACAAATGCAGCAGAGTCTCAAAGCTCTTCGGTGGAGATGTCGGTGCTG 854 Query 1121 AACTTAAGCCTGAGAAAAAGCTGGGAAAATCTACGGTGGTCGTCAACAAGCTCGTATACG 1180 |||| ||||| |||| || || ||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||| Sbjct 855 AACTCAAGCCGGAGAGAAGGCCGGGAAAAGGTACGGTGGTCGTCAACACGCTCACATACG 914 Query 1181 GTCTCTTTAACGTTGGTCCATTTGCCTTTAACCCGTCTTGCCCCAAATGAAGATGATTTG 1240 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 915 GTCTCTTTAACGTTGGTCCATTTGCCTTTAACCCGACTTGCCCCAAATGAAGATGATTTG 974 Query 1241 ATGCTCTGGTTACTAT-CTTGATTGTT-TCATGTTTAAAAAGATTGAGAGAGAGTGTTGT 1298 ||||||| ||||| || ||||||| | ||||||| |||| |||||||| | | | Sbjct 975 ATGCTCTAGTTAC-ATTCTTGATT-TCGTCATGTTCAAAA-GATTGAGAC----T-T-G- 1024 Query 1299 TATGCGTCTACTGTACGGTTGAATTTTAATCAATGTTAGCTAGTCTTTAAGTTAAATGCT 1358 | | | | || | | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1025 -A-GAG---A--GT--G-T-GAATTTTAATTAATGTTAGCTAGTCTTTAAGTTAAATGCT 1073 Query 1359 TGGGTATTATGTTGTATCTCTTTAAGTGACGTCGTTTGAGTTTCGTTTGAATAAAAATAG 1418 || | ||| || | | | || | |||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 1074 TG--T-TTAAGT-G-A-C-------GT----T-GTTTAAGTTTCGTTTGAATAAAAATAG 1115 Query 1419 CAGCTTTCAAGATGATT 1435 |||||||||||| |||| Sbjct 1116 CAGCTTTCAAGAAGATT 1132 Score = 843 bits (456), Expect = 0.0 Identities = 511/538 (95%), Gaps = 2/538 (0%) Strand=Plus/Plus Query 135 aaaaacaaaacaaaaaaTGGGTTTCATTGGTAAGAGTGTATTAGTGAGTCTCGTAGCACT 194 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1 AAAAACAAAACAAAAAATGGGTTTCATTGGTAAGAGTGTATTAGTGAGTCTCGTAGCACT 60 Query 195 TTGGTGCTTCACTTCCTCTGTCTTCACTGAAGAAGTGAACCATAAGACTCAAACCCCTTC 254 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 61 TTGGTGCTTCACTTCCTCTGTCTTCACTGAAGAAGTGAACCATGTGACTCAAACCCCTTC 120 Query 255 TCTAGCTCCTGCTCCTGCTCCTTaccaccacggccaccaccacccacaccctcctcatca 314 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 121 TCTAGCTCCTGCTCCTGCTCCTTACCACCACGGCCACCACCACCCACACCCTCCTCATCA 180 Query 315 ccaccaccctcaccctcaccctcacccccacccaccGGCCAAATCTCCTGTTAAACCCCC 374 ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 181 CCATCACCCTCACCCTCACCCTCACCCTCACCCACCGGCCAAATCTCCCGTTAAACCCCC 240 Query 375 GGTTAAGGCACCAGTGTCTCCACCAGCCAAACCTCCGGTTAAGcccccggtttacccacc 434 ||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 241 GGTTAAGCCCCCAGTGTCTCCACCAGCCAAACCCCCGGTTAAGCCCCCAGTTTACCCACC 300 Query 435 caccaaagccccggtgaaacccccaactaaacccccGGTCAAGCCACCTGTTTCCCCACC 494 |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| Sbjct 301 GACCAAAGCCCCGGTTAAGCCCCCAACTAAACCCCCGGTCAAGCCACCGGTCTCCCCACC 360 Query 495 AGCCAAACCTCCGGTTAAGCCACCAGTTTACCCTCCAACCAAAGCTCCAGTTAAGCCCCC 554 ||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 361 AGCTAAACCCCCGGTCAAGCCACCGGTTTACCCTCCAACCAAAGCTCCAGTTAAGCCCCC 420 Query 555 AACTAAACCCCCAGTCAAGCCACCAGTTTACCCTCCAACCAAAGCCCCGGTTAAGCCCCC 614 |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 421 AACTAAACCCCCGGTCAAGCCACCAGTTTACCCTCCAACCAAAGCTCCGGTTAAGCCCCC 480 Query 615 AACTAAACCCCCAGTCAAGCCACCAGTTTACCCTCCAACCAAAGCC-CCGGTTAAGCC 671 |||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||| ||||| || ||||||| ||| Sbjct 481 AACTAAACCCCCGGTCAAGCCACCAGTTTCCCCACCAGCCAAA-CCTCCGGTTACGCC 537 Score = 329 bits (178), Expect = 3e-89 Identities = 255/291 (88%), Gaps = 10/291 (3%) Strand=Plus/Plus Query 463 aaacccccGGTCAAGCCACCTGTTTCCCCACCAG-CCAAA-CCTCCGGTTAAGCCACC-A 519 ||||||||||| ||||| || |||| |||||| | ||||| || ||||||||||| || | Sbjct 269 AAACCCCCGGTTAAGCCCCCAGTTTACCCACC-GACCAAAGCC-CCGGTTAAGCCCCCAA 326 Query 520 GTTTACCCTCCAACCAAAG-CTCCAGTTAAGCCC-CCAACTAAACCCCCAGTCAAGCCAC 577 | |||| || | ||| | || | | ||| ||| |||||||||| |||||||||| Sbjct 327 CTAAACCC-CCGGTC-AAGCCACC-GGTCTCCCCACCAGCTAAACCCCCGGTCAAGCCAC 383 Query 578 CAGTTTACCCTCCAACCAAAGCCCCGGTTAAGCCCCCAACTAAACCCCCAGTCAAGCCAC 637 | |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 384 CGGTTTACCCTCCAACCAAAGCTCCAGTTAAGCCCCCAACTAAACCCCCGGTCAAGCCAC 443 Query 638 CAGTTTACCCTCCAACCAAAGCCCCGGTTAAGCCCCCAACTAAACCCCCGGTCAAGCCAC 697 |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 444 CAGTTTACCCTCCAACCAAAGCTCCGGTTAAGCCCCCAACTAAACCCCCGGTCAAGCCAC 503 Query 698 CAGTTTCCCCACCAGCCAAACCTCCAGTTAAGCCCCCGGTTTACCCTCCTA 748 ||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||| Sbjct 504 CAGTTTCCCCACCAGCCAAACCTCCGGTTACGCCGCCGGTTTACCCTCCTA 554 Score = 198 bits (107), Expect = 8e-50 Identities = 135/149 (91%), Gaps = 0/149 (0%) Strand=Plus/Plus Query 619 AAACCCCCAGTCAAGCCACCAGTTTACCCTCCAACCAAAGCCCCGGTTAAGCCCCCAACT 678 |||||||| || ||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 269 AAACCCCCGGTTAAGCCCCCAGTTTACCCACCGACCAAAGCCCCGGTTAAGCCCCCAACT 328 Query 679 AAACCCCCGGTCAAGCCACCAGTTTCCCCACCAGCCAAACCTCCAGTTAAGCCCCCGGTT 738 |||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||| || || ||||| |||||| Sbjct 329 AAACCCCCGGTCAAGCCACCGGTCTCCCCACCAGCTAAACCCCCGGTCAAGCCACCGGTT 388 Query 739 TACCCTCCTACCAAAGCTCCGGTTAAGCC 767 |||||||| ||||||||||| |||||||| Sbjct 389 TACCCTCCAACCAAAGCTCCAGTTAAGCC 417 Score = 165 bits (89), Expect = 8e-40 Identities = 115/128 (90%), Gaps = 0/128 (0%) Strand=Plus/Plus Query 403 AAACCTCCGGTTAAGcccccggtttacccacccaccaaagccccggtgaaacccccaact 462 ||||| ||||| ||||| || |||||||| || |||||||| ||||| || ||||||||| Sbjct 425 AAACCCCCGGTCAAGCCACCAGTTTACCCTCCAACCAAAGCTCCGGTTAAGCCCCCAACT 484 Query 463 aaacccccGGTCAAGCCACCTGTTTCCCCACCAGCCAAACCTCCGGTTAAGCCACCAGTT 522 |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||| Sbjct 485 AAACCCCCGGTCAAGCCACCAGTTTCCCCACCAGCCAAACCTCCGGTTACGCCGCCGGTT 544 Query 523 TACCCTCC 530 |||||||| Sbjct 545 TACCCTCC 552 Score = 159 bits (86), Expect = 4e-38 Identities = 173/214 (81%), Gaps = 10/214 (5%) Strand=Plus/Plus Query 403 AAACCTCCGGTTAAGcccccggtttacccaccca-ccaaagccccggtgaaacccccaac 461 ||||| ||||| ||||| ||||| | |||| ||| | ||| ||||||| || || || Sbjct 329 AAACCCCCGGTCAAGCCACCGGTCTCCCCA-CCAGCTAAACCCCCGGTCAAGCCACC-GG 386 Query 462 taaaccc-ccGGTC-AAGCCACCTGTT-TCCCCACCAGCCAAACCTCCGGTTAAGCCACC 518 | |||| || | ||| | || ||| ||| ||| | ||||| ||||| |||||||| Sbjct 387 TTTACCCTCCAACCAAAG-CTCCAGTTAAGCCC-CCAACTAAACCCCCGGTCAAGCCACC 444 Query 519 AGTTTACCCTCCAACCAAAGCTCCAGTTAAGCCCCCAACTAAACCCCCAGTCAAGCCACC 578 |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 445 AGTTTACCCTCCAACCAAAGCTCCGGTTAAGCCCCCAACTAAACCCCCGGTCAAGCCACC 504 Query 579 AGTTTACCCTCCAACCAAAGCC-CCGGTTAAGCC 611 ||||| ||| ||| ||||| || ||||||| ||| Sbjct 505 AGTTTCCCCACCAGCCAAA-CCTCCGGTTACGCC 537 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 53707245450 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5