BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G28320.1
Length=2437
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg473044 jgi|Araly1|473044|fgenesh2_kg.1__2998__AT1G28320.1 3858 0.0
Ahg930031 jgi|Araly1|930031|scaffold_302488.1 333 4e-90
Ahg931304 jgi|Araly1|931304|scaffold_303761.1 315 1e-84
Ahg923350 jgi|Araly1|923350|scaffold_104631.1 169 1e-40
> Ahg473044 jgi|Araly1|473044|fgenesh2_kg.1__2998__AT1G28320.1
Length=2386
Score = 3858 bits (2089), Expect = 0.0
Identities = 2295/2392 (96%), Gaps = 24/2392 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 43 CCCAAAAACTTAAAAGATCCAAACTTCGAACAATTTTGGTGTCTGCTATACAGAATCCAA 102
||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 CCCGAAAACTAAAAAGATCCAAACTTC-TGCAATTTTGGTGTCTGCTATACAGAATCCAA 59
Query 103 ATCCACCTTC-TCCGATTAAAAATC-CCTTCTCTTTCGATCATGGATGTGTCTAAAGTTG 160
||||||| || ||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 60 ATCCACCATCTTCCGATTGAAAA-CGCCTTCTCTTTCGATCATGGATGTGTCGAAAGTCG 118
Query 161 TCAGCTTTTCCCGGAATTTCGCCGTCTTGGTCAAAGTCGAAGGCCCTGATCCAAAGGGAT 220
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 119 TCAGCTTTTCCCGGAATTTCGCCGTCTTGGTCAAAGTCGAAGGCCCTGATCCAAAGGGAT 178
Query 221 TGAAGATGAGGAAGCATGCTTTTCATCAATACCATTCTGGCAATGCAACACTTTCAGCTT 280
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 179 TGAAGATGAGGAAGCATGCTTTTCATCAATACCATTCTGGCAATGCAACACTTTCAGCTT 238
Query 281 CTGGGATCTTGCTTCCAAGAGATAt-ttttttGAGTGGTGAGGTCGCTGCTAAGGTTCTG 339
||||||||||| |||||||| |||| || || ||||||||||| | ||||||||||||
Sbjct 239 CTGGGATCTTGTTTCCAAGAAATATCTTCAGTG-GTGGTGAGGTCACGGCTAAGGTTCTG 297
Query 340 TTTGAAGCTGGTCAGGACATGGCCCTGGTTTTGACCGTTGCATCTGTTGTTGAGCCATTC 399
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 298 TTTGAAGCTGGTCAGGACATGGCCCTGGTTTTGACTGTTGCATCTGTTGTAGAGCCATTC 357
Query 400 TTAACATTAGGTCACAGAACTAGTAGTAGTATCTCTCAGGATCCGGTGAAGCTTATTCCG 459
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 358 TTAACATTAGGTCACAGAACTAGTAGTAGTATCTCTCAGGATCCGGTGAAGCTTATTCCG 417
Query 460 GGTGCTATGATTGAGATTATGGTGGAGGGTCAGCTAAAGTCAGAAAAGGAAGCTCCTTTT 519
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 418 GGTGCTCGGATTGAGATTATGGTGGAGGGTCAGCTAAAGTCAGGAAAGGAAGCTCCTTTT 477
Query 520 TGGGTTCCTGCGCAACTTCTTTCGCTGGTTGATGTCCCTGTATCTTCTGCTGCACTTCAA 579
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 478 TGGGTTCCTGCGCAACTTCTTTCGCTGGTTGATGTCCCTGTATCTTCTGCTGCACTCCAA 537
Query 580 TCTCTTATTGAAGCTTCTTCTGGTTCGAAAGATTCTGGATGGGATATTGGTTGGTCTTTG 639
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 538 TCTCTTATTGAAGCTTCTTCCGGTTCGAAAGATTCTGGATGGGATGTTGGTTGGTCTTTG 597
Query 640 GTTTCTGCTGCTAATGGTTCTCAGCCTTCAATCAATATTGAACATTACAGCAAGCCCTTG 699
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 598 GTTTCTGCTGCTAATGGTTCTCAGCCTTCAACCAATATTGAACATTACAGAAAGCCCTTG 657
Query 700 ATGCAACTTGATGAGCCACACAACGCTAACTTCATGGCCAAGTCTGCCACTCGAATGGCT 759
||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 658 ATGCAACTTGATGAGCCACTCAATGCTAACTTCATGGCCAAGTCTGCCACTCGAATGGCT 717
Query 760 ATTCTAGGAGTCCCCTTAAGTTTACTGGGTCAACCAAGCATGAATTTTGCTTCATCAAGT 819
||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 718 CTTCTAGGAGTCCCCTTAAGTTTACTGGGTCAGCCAAACATGAATTTTGCTTCATCAAGT 777
Query 820 AGCAAGGGTGATACACTTGTAGCACTAGGCTCTCCCTTTGGAATCCTTTCACCTGTTAAC 879
||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 778 AGCAAGGGTGATACACTTGTAGCACTAGGTTCTCCTTTTGGAATCCTTTCACCTGTTAAC 837
Query 880 TTTTTTAACAGCGTATCAACTGGTTCCATTGCGAATAGCTATCCTTCTGGATCCCTAAAG 939
||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 838 TTTTTTAACAGTGTATCAACTGGTTCCATTGCGAATTGCTATCCTTCTGGATCCCTAAAG 897
Query 940 AAGTCACTGATGATAGCTGATGTTCGATGTCTCCCTGGAATGGAAGGGGCTCCGGTGTTT 999
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 898 AAGTCACTGATGATAGCTGATGTTCGATGTCTCCCTGGAATGGAAGGGGCTCCGGTGTTT 957
Query 1000 GCTAAGAATGGGCACTTAATTGGCATTTTGATTAGACCACTAAGGCAAAAGAATAGCGGC 1059
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 958 GATAAGAATGGGCACTTAATTGGCATTTTGATTAGACCACTAAGGCAAAAGAATAGCGGC 1017
Query 1060 GTTGAAATTCAGCTGGTGGTTCCATGGGGAGCAATCACAACTGCTTGCAGCCACTTGCTG 1119
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1018 GTTGAAATTCAGCTGGTGGTTCCATGGGGAGCAATCACAACTGCTTGCAGCCACTTGCTG 1077
Query 1120 CTTGAGGAACCATCTGTAGAAGGAAAAGCAAGTCAGTGGGGGAGCGAAGTC-CTAAGTGT 1178
|||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||| | |||| |||
Sbjct 1078 CTTGAGGAACCATCTGAAGCAGGAAAAGCAAGTCAGTGGGGGAGTGAAG-CACTAAATGT 1136
Query 1179 TAAATCAGATGCTAGTATTCCTGCACAAGTGGCTATTGAGAAGGCGATGGAATCAGTTTG 1238
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1137 TAAATCAGATACTAGTATTCCTGCACAAGTGGCTATTGAGAAGGCGATGGAATCAGTTTG 1196
Query 1239 TCTTATTACGGTCAATGATGGTGTTTGGGCTTCTGGTATTATTCTTAACGAACATGGTCT 1298
||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1197 TCTTATTACAGTCAATGATGGTGTTTGGGCATCTGGTATTATTCTTAACGAACATGGTCT 1256
Query 1299 CATACTAACAAATGCTCACCTGCTTGAGCCGTGGAGGTATGGAAAAGGTGGTGTATATGG 1358
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1257 CATACTAACAAATGCTCACCTGCTTGAGCCGTGGAGGTATGGAAAAGGTGGTGTATATGG 1316
Query 1359 TGAAGGA--------T--TT-AAA-CCCTATGTCTTAGGAGCCGAGGAATTTTCTTCCAC 1406
||||||| | || ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1317 TGAAGGAAACGACGCTGGTTTAAAACCCTATGTCTTAGGAGCCGAGGAGTTTTCTTCCAC 1376
Query 1407 GGGAAGTAAATTTTGGGAACAGAAGAGTCAAACATTGCCACGGAAAGCTCCA-CGAAATC 1465
|||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||
Sbjct 1377 GGGAGGTAAAGTTTGGGAACAGAAGAGTCAAACATTGCCACGGAAAGCTCCAGC-AAATC 1435
Query 1466 ATTATTCGTCTGTTGGAGAGAACATCAGGGAATACAAACACAATTTCCTTCAGACTGGGC 1525
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1436 TTTATTCGTCTGTTGGAGAGAACATTAGGGAATACAAACACAATTTCCTTCAGACTGGGC 1495
Query 1526 ATAGAGACATACGTGTGCGTTTGTGTCACCTAGATTCTTGGACTTGGTGTCCTGCAAACG 1585
||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1496 ATAGAGATATACGTGTACGATTGTGTCACCTAGATTCTTGGACTTGGTGTACTGCAAACG 1555
Query 1586 TGGTCTATATTTGCAAGGAACAATTAGATATTGCCTTACTGCAGCTAGAATATGTCCCTG 1645
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1556 TGGTCTATATTTGCAAGGAACAATTAGATATTGCTTTACTGCAGCTAGAATATGTCCCTG 1615
Query 1646 GAAAGCTCCAACCTATTACTGCCAATTTTTCTTCTCCTCCTTTGGGTACAACAGCGCATG 1705
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1616 GAAAGCTCCAACCTATTGCTGCCAATTTTTCTTCTCCTCCTTTGGGTACAACAGCGCATG 1675
Query 1706 TTGTTGGACATGGACTCTTCGGACCAAGATGTGGGCTTTCTCCTTCTATTTGTTCTGGAG 1765
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1676 TTGTTGGACATGGACTCTTCGGACCAAGATGTGGGCTTTCTCCTTCTATTTGTTCTGGAG 1735
Query 1766 TTGTAGCAAAGGTAGTTCACGCAAAGAGGAGATTGAATACGCAATCCATTTCT-CAAGAA 1824
||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||
Sbjct 1736 TTGTAGCAAAGGTAGTTTACGCGAAGAGGAGATTGAATACGCAATCCATTT-TGCAAGAA 1794
Query 1825 GTCGCAGAGTTCCCCGCTATGCTCGAAACAACAGCTGCTGTGCATCCTGGTGGCAGTGGT 1884
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1795 GTCGCAGAGTTCCCCGCTATGCTCGAAACAACAGCTGCTGTGCATCCTGGTGGTAGTGGT 1854
Query 1885 GGTGCTGTTCTCAATTCAAGTGGCCATATGATTGGACTTGTTACCAGCAACGCAAGACAT 1944
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1855 GGTGCTGTTCTCAATTCAAGTGGCCATATGATTGGACTTGTTACCAGCAACGCAAGACAT 1914
Query 1945 GGAGCGGGGACTGTTATACCGCATCTCAACTTCAGCATCCCATGTGCAGTCTTGGCACCA 2004
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1915 GGAGCGGGGACTGTTATACCGCATCTCAACTTCAGCATCCCATGTGCAGTCTTGGCACCA 1974
Query 2005 ATCTTCAAGTTTGCAGAAGATATGCAGAACACAACGATCCTTCAAACACTTGATCAACCT 2064
||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1975 ATCTTCAAGTTTGCAGAAGATATGCAGAACATAAAGCTCCTTCAAACACTTGATCAACCA 2034
Query 2065 AGCGAAGAACTCTCATCCATTTGGGCTTTGATGCCATCACTATCACCAAAGACTGAGCAG 2124
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2035 AGCGAAGAACTCTCATCCATTTGGGCTTTGATGCCATCACTATCACCAAAGACTGAGCAG 2094
Query 2125 TCTCTACCCAATCTGCCTAAGTTACTCAAAGATGGTAATAACAAACAAACGAAAGGATCT 2184
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2095 TCTCTACCCAATCTACCTAAGTTACTCAAAGATGGTAATAACAAACAAAAGAAAGGATCT 2154
Query 2185 CAGTTTGCCAAGTTCATTGCAGAGACCCAAGACATGTTTGTAAAGCCGACCAAGCTTTCC 2244
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2155 CAGTTTGCCAAGTTCATTGCAGAGACCCAAGACATGTTTGTAAAGCCGACCAAGCTTTCC 2214
Query 2245 CGTGATGTGATCCCTAGCAAGTTATGACAAGATTGGCTTCTTTGCAGAATTTGTGCCTTC 2304
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||
Sbjct 2215 CGTGATGTGATCCCTAGCAAGTTATGACAAGATTGGCTTCTTTGCAGAGTGTGCGCCTTC 2274
Query 2305 TTTTACTCCTTTTGCTGGAGTGGCAACTTTAACTTTTGTATAGATAGAGAAATTACAAAA 2364
|||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2275 TTTTCCCCCTTTTGCTGGAGTGGCAACTTTAACTTTTGTATAGATAGAGAGATTACAATG 2334
Query 2365 TGTTGCTGCTGTTTCTGGATTATTCTGTTTGTAACATATATAAAACCTTATA 2416
||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2335 TGTTGCTGCTGTTTCTGGATTCTTCTGCTTGTAACATATGTAAAACCTTATA 2386
> Ahg930031 jgi|Araly1|930031|scaffold_302488.1
Length=245
Score = 333 bits (180), Expect = 4e-90
Identities = 225/246 (91%), Gaps = 6/246 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 2074 CTCTCATCCATTTGGGCTTTGATGCCATCA---CTATCACCAAAGACTGAGCAGTCTCTA 2130
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1 CTCTCATCCATTTGGGCTTTGATGCCATCACTGCTATCACCAAAGACTGAGCAGCCTCTA 60
Query 2131 CCCAATCTGCCTAAGTTACTCAAAGATGGTAATAACAAACAAACGAAAGGATCTCAGTTT 2190
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 61 TCCAATCTGCCTAAGTTACTCAAAGATGGTAATAACAAACAAAAGAAAGGATCTCAGTTT 120
Query 2191 GCCAAGTTCATTGCAGAGACCCAAGACATGTTTGTAAAGCCGACCAAGCTTTCCCGTGAT 2250
|||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||| |||| |||
Sbjct 121 GCCAAGTTTATTGCAGAGACCAAAGACAAGTTTGTAAACCCGACCAAGCTTGCCCGAGAT 180
Query 2251 GTGATCCCTAGCAAGTTAT--GACAAGATTGGCTTCTTTGCAGAATTTGTGCCTTCTTTT 2308
|||||| |||||||||||| || || ||||||| ||||||| | |||||||||||||||
Sbjct 181 GTGATCTCTAGCAAGTTATATGAGAAAATTGGCTACTTTGCATAGTTTGTGCCTTCTTTT 240
Query 2309 ACTCCT 2314
| ||||
Sbjct 241 A-TCCT 245
> Ahg931304 jgi|Araly1|931304|scaffold_303761.1
Length=221
Score = 315 bits (170), Expect = 1e-84
Identities = 204/220 (93%), Gaps = 3/220 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 2074 CTCTCATCCATTTGGGCTTTGATGCCATCA---CTATCACCAAAGACTGAGCAGTCTCTA 2130
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1 CTCTCATCCATTTGGGCTTTGATGCCATCACTGCTATCACCAAAGACTGAGCAGCCTCTA 60
Query 2131 CCCAATCTGCCTAAGTTACTCAAAGATGGTAATAACAAACAAACGAAAGGATCTCAGTTT 2190
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 61 TCCAATCTGCCTAAGTTACTCAAAGATGGTAATAACAAACAAAAGAAAGAATCTCAGTTT 120
Query 2191 GCCAAGTTCATTGCAGAGACCCAAGACATGTTTGTAAAGCCGACCAAGCTTTCCCGTGAT 2250
|||||||| |||||||| ||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||
Sbjct 121 GCCAAGTTTATTGCAGATACCAAAGACAAGTTTGTAAACCCGACCAAGCTTTCCCGAGAT 180
Query 2251 GTGATCCCTAGCAAGTTATGACAAGATTGGCTTCTTTGCA 2290
|||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||
Sbjct 181 GTGATCTCTAGCAAGTTATGAGAAAATTGGCTTCTTTGCA 220
> Ahg923350 jgi|Araly1|923350|scaffold_104631.1
Length=316
Score = 169 bits (91), Expect = 1e-40
Identities = 107/115 (93%), Gaps = 0/115 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2025 TATGCAGAACACAACGATCCTTCAAACACTTGATCAACCTAGCGAAGAACTCTCATCCAT 2084
||||||||||| || |||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||
Sbjct 200 TATGCAGAACATAAAGATCTTTCAAACACTTGATCAACGAAGCCAAGAACTCTCATCCAT 259
Query 2085 TTGGGCTTTGATGCCATCACTATCACCAAAGACTGAGCAGTCTCTACCCAATCTG 2139
|||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||
Sbjct 260 TTGGGCTTTGATGCCATCACTATCACCAAAGACTTAACAGTCTCTACCCAATCTG 314
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 91835580695
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5