BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G28420.1
Length=5430
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg473061 jgi|Araly1|473061|fgenesh2_kg.1__3015__AT1G28420.1 8401 0.0
> Ahg473061 jgi|Araly1|473061|fgenesh2_kg.1__3015__AT1G28420.1
Length=5394
Score = 8401 bits (4549), Expect = 0.0
Identities = 5155/5438 (95%), Gaps = 79/5438 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 28 ttttggatcagggtttgtttgttcaatagaaagccctagtttttgtttttgtgttctttg 87
||| ||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 TTTGGGATCAGGGTTTGTTTG-T---T-GAAAGCCCTAGTTTTTGTTTTTGTGTTCTTTG 55
Query 88 attcttcttgcggccgtttctgggtttcttcttcttcttctctttcCATGGAGATGGGTT 147
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 56 A---TTCTTGCGGCCGTTTCTGGGTTTCTTCTTCTTCTTCTC-TTCCATGGAGATGGGTT 111
Query 148 CTGA-CG-G-TGAAGATCAGAAGATCAGGAGCG-TCGT--TGGTGATGCTAATCTTAATA 201
|||| | | |||||||| |||||||||||| | || || || || ||||| | ||
Sbjct 112 CTGATGGAGATGAAGATC---AGATCAGGAGCGTTGGTGATGTTGGTGGTAATCATCTTA 168
Query 202 ATAAGAAGAAGAAGATTGATAATAATTCCTCCTCTAAGGA---TGGTCGTGTCAAGCCTA 258
|||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||
Sbjct 169 ATAAGAAGAAGAAGATTG---ATAATTCCTCCTCCAAGGATGGTGGTCGTGTTAAGCCTA 225
Query 259 AACGTCAGATGAAAACTCCGTTTCAGCTTGAAACCTTGGAGAAAGTTTATTCAGAGGAGA 318
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 226 AGCGTCAGATGAAAACTCCGTTTCAGCTTGAAACCTTGGAGAAAGTTTATTCAGAGGAGA 285
Query 319 AGTATCCGTCGGAGGCGACGAGGGCTGAGTTATCTGAGAAATTGGATTTGTCAGATCGAC 378
|||||| |||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 286 CGTATCCTTCGGAGGCCACGAGGGCTGACTTGTCTGAGAAATTGGATTTGTCAGATCGAC 345
Query 379 AATTACAGATGTGGTTTTGTCATAGACGGTTAAAGGACAAGAAGGATGGTCAGTCTAATA 438
||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 346 AATTACAGATGTGGTTTTGCCATAGACGCTTAAAGGACAAGAAGGATGGTCAGTCCAAGA 405
Query 439 AACCGGTGAAATCATCGGTTGC--T-G-C-GGTTCAATCGGCTTCGGTTAACGAGTTACC 493
|||| | ||||||| ||||| | | | | | || | || |||| ||| ||||||||||
Sbjct 406 AACCCGCGAAATCAGCGGTT-CAATCGTCTGCTT-TAGCGTCTTCCGTTCACGAGTTACC 463
Query 494 GGCTGCTGCTGGATCGGTACCTGAGCAAGATTCCAGATCTGATTCGGGTTCTGAGTCTGG 553
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 464 -GC--CTGCTGGATCGGTACCTGAGCAAGATTCCAGATCTGATTCGGGCTCTGAGTCAGG 520
Query 554 TTGCAGTCCTTATTCCAACTCTAGGAGGAATTTTGCTAGTGGTAGTAGTAGTTCTCGAGC 613
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 521 TTGCAGTCCTTATTCCAACTCAAGGAGGAATTTTGCTAGTGGTAGTAGTAGTTCTCGAGC 580
Query 614 TGAATTGGATGAATATGAGACAATGGGAAAGCCGAGTTATGAGTCGCGGTTGTCGACAAT 673
||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 581 TGAATTGGATGAATACGAGACAATGGGAAAGGCGAGTTATGAGTCACGGTTGTCGACAAT 640
Query 674 GGTGCATAGAGCTATTGTCTGTATTGAGGCTCAGTTAGGTGAGCCATTGAGAGATGATGG 733
||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 641 GGTGCGTAGAGCTATTGTCTGCATTGAGGCACAGTTAGGTGAGCCATTGAGAGATGATGG 700
Query 734 ACCTATTCTTGGCATGGAGTTTGATCCTTTGCCTCCTGGTGCGTTTGGAACACCTATAGC 793
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 701 ACCTATTCTTGGTATGGAGTTTGATCCTTTGCCTCCTGGTGCATTCGGAACACCTATAGC 760
Query 794 GATGCAGAAACACCTACTTCATCCCTATGAGAGCGATCTGTATGAGCGACATGATCCCCG 853
|||||||||||||||| ||||||| ||||||||| || ||||||||||| ||||| ||||
Sbjct 761 GATGCAGAAACACCTAGTTCATCCGTATGAGAGCAATGTGTATGAGCGATATGATGCCCG 820
Query 854 ACCTCGAAGATCTCATGCTGCTGCCCGTTCTTTCCATGAGCAACAATCTCTGGATGATCC 913
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 821 ACCTCGAAGATCTCATGCTGCTGCCCGTTCTTTCCATGAGCAACAATCTCTGGATGATTC 880
Query 914 GTCTTCTTTTACACCTAATATGTATGAACGATACTCTGAAAATCATGCACGTGGTATGGA 973
|||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 881 GTCTTCTTTTACACCTGAGATGTATGGACGATACTCTGAAAATCATGCACGTGGTATGGA 940
Query 974 CTATGAAGTTGCACGTTCTAGAATTTCATCATTTATGCACGCGAATGGACCTGTACCAAG 1033
||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||
Sbjct 941 CTATGAAATTGCACGTTCTAGGAGTTCATCATTTATGCACGCGAATGGGCCTTTACCAAG 1000
Query 1034 GTCCTATGTTACCCCTGGACATGCGTCTCGTAACTGTTCGACATCTCAACAAGACATGCC 1093
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1001 GTCCTATGTTACCCCTGGACATGTGTCTCGTAACTGTTCTACATCTCAACAAGACATGCC 1060
Query 1094 AAGCCCCATTGAATCAGCGCATCATGGTGATAGATTCCTGCTGGAGAAGGACTCATCAGT 1153
|| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 1061 AATCCCCATTGAATCAGCTCATCGTGGTGATAGATTCCTGCTGGAAAAGGATTCATCAGT 1120
Query 1154 CCTTGGTACAGAAGATCCATATTTGTTACCTGATGGAGTGCGTAAGAGTAGTGATGTGCA 1213
||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1121 CCTCGGTACAGAAGATCCATATTTGTTGCCTGATGGGGTGCGTAAGAGTAATGATGTGCA 1180
Query 1214 TAGAAAGGGAAAGATTAACGATGGTAGACTTGGAAGAGGGAGTGAAACCCGAGAGAATCA 1273
| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||
Sbjct 1181 TCGGAAGGGAAAGATTAACGATGATAGACTTGGAAGAGGAAGTGAAATCCGAGAGAATCA 1240
Query 1274 TGGACCAAAAGATCTTGAGAAGCTAGAAATTCAGAGGAAAAAGAATGAAGAACGCATGAG 1333
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1241 TGGACCAAAAGATCTTGAGAAGCTAGAAATTCAGAGGAAAAAAAATGAAGAACGCATGAG 1300
Query 1334 AAAAGAGATGGAAAGGAACGAGCGTGAGAGGCGTAAGGAAGAAGAGAGGTTGATGCGTGA 1393
|||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1301 AAAAGAAATGGAAAAGAACGAACGTGAGAGGCGTAAGGAAGAAGAGAGGTTGATGCGTGA 1360
Query 1394 AAGAATAAAAGAAGAGGAAAGGTTACAGCGTGAGCAGCGTCGTgaagtagaaagaagaga 1453
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1361 AAGAATAAAAGAAGAGGAGAGGTTACAGCGTGAGCAGCGTCGTGAAATAGAAAGAAGAGA 1420
Query 1454 aaaattcttacagagagaaaatgaaagggctgagaaaaagaagcaaaaagacgagattcg 1513
||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1421 AAAGTTCTTACAGAGAGAAAATGAAAGGGCGGAGAAAAAGAAGCAAAAAGACGAGATTCG 1480
Query 1514 tcgagagaaagaCGCTATTAGACGCAAGCTTGCCATTGAGAAGGCAACTGCACGTAGAAT 1573
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481 CCGAGAGAAAGACGCTATTAGACGCAAGCTTGCCATTGAGAAGGCAACTGCACGTAGAAT 1540
Query 1574 TGCCAAGGAGTCTATGGATCTTATTGAAGATGAGCAGCTAGAACTAATGGAATTGGCTGC 1633
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1541 TGCCAAGGAGTCTATGGATCTTATTGAAGATGAGCAGCTAGAACTGATGGAATTGGCTGC 1600
Query 1634 TATTAGCAAAGGATTACCCTCAGTATTACAGCTTGATCACGACACATTGCAGAATCTTGA 1693
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1601 TATTAGCAAAGGATTGCCCTCAGTATTACAGCTTGATCACGACACATTGCAAAATCTTGA 1660
Query 1694 GGTGTATAGAGATTCTCTGAGCACATTTCCACCAAAGTCTTTGCAACTAAAAATGCCGTT 1753
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1661 AGTGTATAGAGATTCTCTGAGCACATTTCCACCAAAGTCTTTGCAACTAAAAATGCCGTT 1720
Query 1754 TGCCATTTCTCCATGGAAAGATTCTGATGAAACTGTTGGAAACCTTCTAATGGTTTGGAG 1813
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1721 TGCCATTTCTCCATGGAAAGATTCTGATGAAACTGTTGGAAACCTTCTAATGGTTTGGAG 1780
Query 1814 ATTCCTGATATCATTTTCTGATGTTCTTGACCTATGGCCTTTTACACTGGATGAGTTTAT 1873
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1781 ATTCCTGATATCATTTTCTGATGTTCTTGACCTATGGCCTTTTACACTGGATGAGTTTAT 1840
Query 1874 TCAGGCTTTTCATGACTATGACTCAAGGTTGCTGGGGGAGATACATGTTACTCTTCTGAG 1933
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1841 TCAGGCTTTTCATGACTATGACTCAAGGTTGTTGGGGGAGATACATGTTACTCTTCTGAG 1900
Query 1934 ATCAATAATACGAGATGTCGAAGATGTTGCTAGAACACCCTTTAGTGGAATTGGAAATAA 1993
|||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1901 ATCAATAATACGAGATATCGAAGATGTTGCTAGGACACCCTTTAGTGGAATTGGAAATAA 1960
Query 1994 CCAATATACTACAGCCAATCCTGAGGGTGGACATCCGCAAATAGTTGAAGGGGCTTATGC 2053
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1961 CCAATATACTACAGCCAATCCTGAGGGTGGACATCCGCAAATAGTTGAAGGGGCTTATGC 2020
Query 2054 ATGGGGTTTTGACATTCGTAGTTGGAAAAAGCATTTGAACCCACTAACATGGCCTGAAAT 2113
|||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2021 ATGGGGCTTTGACATTCGTAGCTGGAAAAAGCATTTGAACCCACTAACATGGCCTGAAAT 2080
Query 2114 ACTGCGACAATTAGCGCTCTCTGCTGGATTTGGACCTAAGCTGAAGAAAAAACATTCCCG 2173
|||||||||||| || ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2081 ACTGCGACAATTGGCACTCTCTGCTGGATTTGGGCCTAGGCTGAAGAAAAAACATTCCCG 2140
Query 2174 ATTGACCAATACTGGTGATAAGGATGAGGCTAAAGGTTGTGAAGATGTCATTTCTACTAT 2233
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2141 ATTGACCAATACTGGTGATAAGGATGAGGCTAAAGGTTGTGAAGATATCATTTCTACTAT 2200
Query 2234 CCGAAATGGTACAGCAGCTGAAAGTGCTTTTGCATCGATGCGGGAGAAAGGGTTGCTCGC 2293
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2201 CCGAAATGGTTCAGCAGCTGAAAGTGCTTTTGCATCGATGCGGGAGAAAGGGTTACTCGC 2260
Query 2294 TCCTCGCAAGTCGAGGCACCGGTTGACACCTGGAACCGTCAAATTTGCAGCCTTTCATGT 2353
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2261 TCCTCGCAAGTCAAGGCACCGGTTGACACCTGGAACCGTCAAATTCGCAGCCTTTCATGT 2320
Query 2354 TCTATCTCTTGAAGGAAGCAAGGGACTGACAGTATTAGAACTTGCTGACAAGATTCAGAA 2413
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2321 ACTATCTCTTGAGGGAAGCAAGGGACTGACAGTATTAGAACTTGCTGACAAGATTCAGAA 2380
Query 2414 ATCTGGACTTCGGGACTTGACCACAAGCAAGACACCAGAGGCTTCTATTTCTGTTGCATT 2473
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2381 ATCTGGACTTCGGGACTTGACAACAAGCAAGACACCAGAGGCTTCTATTTCTGTTGCATT 2440
Query 2474 GACAAGAGATGTGAAACTCTTTGAAAGAATAGCTCCTTCGACTTATTGTGTACGAGCTCC 2533
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2441 GACAAGAGATGTGAAACTCTTCGAAAGAATAGCTCCTTCGACTTATTGTGTACGAGCTCC 2500
Query 2534 TTATGTGAAGGATCCTAAGGATGGAGAGGCAATACTCGCAGATGCCAGGAAGAAGATACG 2593
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2501 TTATGTGAAGGATCCTGCGGATGGAGAGGCAATACTCGCAGATGCCAGGAAGAAGATAAG 2560
Query 2594 GGCTTTTGAAAATGGATTTACAGGTCCAGAAGATGTGAATGATCTTGAAAGGGATGAAGA 2653
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2561 GGCATTTGAAAATGGATTTACAGGTCCAGAAGATGTGAATGATCTTGAAAGGGATGAAGA 2620
Query 2654 CTTCGAAATTGATATTGATGAGGATCCCGAGGTTGATGATTTAGCTACACTGGCAAGTGC 2713
|| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2621 ATTTGAAATTGATATTGATGAGGATCCTGAGGTTGATGATTTAGCTACTCTGGCAAGTGC 2680
Query 2714 ATCAAAAAGTGCCGTTCTTGGAGAAGCGAATGTTTTGTCAGGAAAGGGGGTAGATACAAT 2773
|||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||
Sbjct 2681 ATCAAAAAGTGCCGTTCTAGGTGAAGCGAATGTTTTGTCAGGAAAGGGGGGAAATACTAT 2740
Query 2774 GTTCTGTGATGTTAAAGCAGATGTAAAGAGTGAGCTTGAGAAGGAGTTTTCATCTCCTCC 2833
|||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2741 GTTCTGTGATGTTAAAGCTGATGTAAAGAGTGAGCCTGAGAAGGAGTTTCCATCTCCTCC 2800
Query 2834 TCCAAGCACTATGAAGAGCATTGTTCCACAACATAGTGAGCGGCATAAAAATACAGTGGT 2893
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||
Sbjct 2801 TCCAAGCAGTATGAAGAGCATTGTTCCACAACATAGTGAGCGGTTTAAAGATACAGTGGT 2860
Query 2894 TGGCGGCGTGGATGCCGTAATTGATGAAAGCAACCAGGGCCAATCATGGATTCAAGGTCT 2953
|||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2861 TGGCTGCGTGGATACCGTGGTTGATGAAAGCAACCAGGGCCAATCATGGATTCAAGGTCT 2920
Query 2954 TACGGAAGGGGATTACTGTCATCTAAGTGTTGAAGAGCGCCTTAATGCCCTTGTTGCTTT 3013
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2921 TACGGAAGGGGATTACTGTCATCTAAGTGTTGAAGAGCGCCTTAATGCCCTTGTTGCTTT 2980
Query 3014 AGTCGGCATTGCCAATGAAGGAAACTCCATCAGAACAGGTCTTGAGGATCGTATGGAAGC 3073
|||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2981 AGTCGGCATTGCCAATGAAGGAAACTCCATCAGAGCTGGTCTTGAGGATCGTATGGAAGC 3040
Query 3074 AGCAAATGCTCTTAAAAAGCAAATGTGGGCTGAAGCACAGTTAGATAACAGCTGTATGAG 3133
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3041 AGCAAATTCTCTTAAAAAGCAAATGTGGGCTGAAGCACAGTTAGATAACAGCTGTATGAG 3100
Query 3134 AGATGTACTTAAGCTTGATCTTCAAAACTTAGCAAGCAGCAAAACTGAATCAACGATAGG 3193
||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 3101 AGATGTACTTAAGCTTGATTTTCAAAACCTAGCAAGCAGCAAAACCGAATCAACGATGGG 3160
Query 3194 CCTACCAATCATTCAAAGCTCTACTCGTGAGAGGGATAGTTTTGATAGAGACCCTTCTCA 3253
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 3161 TCTACCAATCATCCAAAGCTCTACTCGTGAGAGGGATAGTTTCGATAGAGACCCTTCTCA 3220
Query 3254 ACTTCTAGATGAAACAAAGCCCCTGGAAGATCTTTCGAACGATCTTCATAAATCATCTGC 3313
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 3221 ACTTCTAGATGAAACAAAGCCCCTGGATGATCTTTCGAACAATCTTCATAAATCATCTGC 3280
Query 3314 TGAGAGAGCACTTATTAATCAGGATGCCAATATAAGTCAAGAAAATT---------A--T 3362
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 3281 TGAGAGAGCACTTATTAATCAGGATGCCAATATAAGTCAAGAAAATTGTTCTTCCCAACT 3340
Query 3363 -G------CTTCAAAGAGATCACGCTCCCAATTAAAGTCATATATAGGCCACAAAGCAGA 3415
| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 3341 TGGATATGCTTCAAAGAGATCACGCTCACAATTAAAATCATATATAGGCCACAAAGCAGA 3400
Query 3416 AGAGGTGTATCCATACCGATCTTTGCCGCTTGGACAAGATCGGCGCCACAATCGTTACTG 3475
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3401 AGAGGTGTATCCATACCGATCTTTGCCGCTTGGACAAGATCGGCGCCACAATCGTTACTG 3460
Query 3476 GCATTTTGCTGTATCAGTGTCTAAGAGTGATCCTTGTTCGAGGCTCTTATTTGTTGAGCT 3535
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||
Sbjct 3461 GCATTTTGCTGTATCAGTGTCTAAGAGTGATCCTTGCTCGGGGCTCTTATTTGTTGAGCT 3520
Query 3536 ACATGATGGCAAGTGGCTCCTCATTGATTCAGAAGAGGCTTTTGATATTCTGGTTGCATC 3595
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3521 ACATGATGGCAAGTGGCTCCTCATTGATTCAGAAGAGGCTTTTGATATTCTGGTTGCATC 3580
Query 3596 ATTGGATATGCGTGGGATCAGAGAGTCTCATTTACGCATAATGCTGCAGAAGATCGAGGG 3655
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3581 ATTGGATATGCGCGGGATCAGAGAGTCTCATTTACGCATAATGCTGCAGAAGATCGAGGG 3640
Query 3656 ATCATTCAAAGAGAATGCTTGTAAAGATATAAAGCTAGCTAGAAACCCTTTCTTGACGGA 3715
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||
Sbjct 3641 ATCATTCAAAGAGAATGCTTGTAAAAATATAAAGCTAGATAGAAACCCTTTCTTGAAGGA 3700
Query 3716 AAAGAGTGTTGTGAATCATTCTCCTACAGATTCTGTGAGCCCATCGTCCAGTGCTATATC 3775
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3701 AAAGAGTATTGTGAATCATTCTCCTACAGATTCTGTGAGCCC---GTCCAGTGCTATATC 3757
Query 3776 AGGGTCAAACTCTGATTCAATGGAAACTTCAACTTCAATTAGAGTTGATTTAGGTAGAAA 3835
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 3758 AGGGTCAAACTCTGATTCAATGGAAACTTCAACTTCAATTAGAGTTGAGTTAGGTAGAAA 3817
Query 3836 TGACACCGAGAACAAGAATTTATCAAAACGGTTCCATGATTTCCAGAGATGGATGTGGAC 3895
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3818 CGACACCGAGAACAAGAATTTATCAAAACGATTCCATGATTTCCAGAGATGGATGTGGAC 3877
Query 3896 CGAGACGTACAGTTCACTACCTTCTTGTGCTAGAAAATATGGGAAGAAGAGATCTGAACT 3955
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3878 CGAGACGTACAGTTCACTACCTTCTTGTGCTAGAAAATATGGGAAGAAGAGATCTGAACT 3937
Query 3956 GTTAGCAACATGTGACGCGTGTGTTGCTTCCTATTTGTCTGAGTATACCTTCTGCTCTTC 4015
||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||
Sbjct 3938 GTTAGCAACATGTGATGCGTGTGTTGCTTCTTATTTGTCTGAGTATACCCACTGCACTTC 3997
Query 4016 TTGTCACCAGAGATTGGACGTGGTTGATAGTTCAGAGATATTAGATTCAGGTTTGGCTGT 4075
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 3998 TTGTCACCAGAGACTGGACGTGGTTGATAGTTCAGAGATATTAGATTCAGGTTTGACTGT 4057
Query 4076 GTCTCCTCTTCCTTTTGGAGTCAGGTTGCTCAAACCACTACTTGTTTTTCTCGAGGCATC 4135
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4058 GTCTCCTCTTCCTTTTGGAGTCAGGTTGCTCAAACCACTACTTGTTTTTCTCGAGGCATC 4117
Query 4136 TGTTCCAGATGAAGCTCTTGAATCATTTTGGACAGAGGACCAAAGaaaaaaaTGGGGGTT 4195
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||
Sbjct 4118 TGTTCCAGATGAAGCTCTTGAATCATTTTGGACGGAGGACAAAAGAAAAATTTGGGGGTT 4177
Query 4196 TAGGTTGAATACTTCATCATCACCTGGAGAACTTTTGCAGGTGTTGACTTCCTTAGAGAG 4255
|||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4178 TAGGTTGAATGCTTCATCATCACCTGAAGACCTTTTGCAGGTGTTGACTTCCTTAGAGAG 4237
Query 4256 TGCAATCAAGAAAGAATCTTTGTCATCCAATTTTATGTCGGCAAAGGAGCTTTTGGGAGC 4315
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4238 TGCAATCAAGAAAGAATCTTTGTCATCCAATTTTATGTCGGCAAAGGAGCTTTTGGGAGC 4297
Query 4316 TGCTAACGCTGAGGCTGATGATCAGGGATCAGTGGACGTTCTTCCATGGATACCAAAGAC 4375
|||||| ||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4298 TGCTAATGCTGATGCTGATAATCTGGGATCAGTGGACGTTCTTCCATGGATACCAAAGAC 4357
Query 4376 AGTATCAGCGGTTGCTTTGAGACTTTCAGAACTTGATGCATCCATTATTTATGTGAAGCC 4435
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4358 AGTATCAGCGGTTGCTTTGAGACTTTCAGAACTTGATGCATCCATTATTTATGTGAAGCC 4417
Query 4436 AGAGAAACCTGAGGTCATCCCTGAAGATGAGAACGAGCAGATTAGCCTTTTCCCTAGAGA 4495
||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 4418 AGAGAAACCTGAGCTGATCCCTGAAGATGAGAACGAGCAGATTAGCCTTTTCCCTGGAGA 4477
Query 4496 TTCACCTTTCAAAGGCAAAGGACCCAGAGAGCAAGAAGATCAAGACGAGGTTGCTCCAAA 4555
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||
Sbjct 4478 TTCCCCTTTCAAAGGCAAAGGACCCAGAGAGCAAGAAGATCAACATGAGGTTGTTCCAAA 4537
Query 4556 CCCGGGTAACAGAAA-TAAGAAACGTGCACGAGTAAGCTTGGGATCTGGATCAAACAGAA 4614
| ||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4538 CTCGGGTAACA-AACGTAATAAACGTGCACGAGTAAGCTTGGGATCTGGATCAAACAGAA 4596
Query 4615 AGGTGAAGAGGAAGAAAGCGCAAAGCGGTCTTAACAAATTTGTCGTTGGTAGGAGAAATG 4674
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 4597 AGGTGAAGAGGAAGAAAGCGCAAAGCGGTCTTAACAAATTTGTCGTCGGTAGGAGAAATG 4656
Query 4675 TTGCAGTCAATAGTAACTTAATGGCCGTTGAGTTGAACCACCAAGTCCCTGGAAAAGGAA 4734
||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4657 TTGCAGTCAATAGTAACTTAATGACTGTTGAGTTGAACCACCAAGTCCCTGGAAAAGGAA 4716
Query 4735 AGAGGACGGTTAGAAAAAGACCAGAGAGGATCGATGAGGATAATTCCCACCTAGTCAATA 4794
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 4717 AGAGGACGGTTAGAAAAAGACCAGAGAGGATCGATGAGGATAATGACCACCTAGTCAATA 4776
Query 4795 GAATGGCTAATATTGTTAGGCCTAAAAGCGAAGAAGTTGAAGAAGATGAGGAAGAAGAAG 4854
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4777 GAATGGCTAATATTGTTAGGCCTAAAAGCGAAGAAGTTGAAGAAGATGAGGAAGAAGAAG 4836
Query 4855 AGCAAACATTCAGAGACATTAATGAAGACTGGGCAGCAGGTGAAACTCCTAGAGAGATGG 4914
||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4837 AGCCAACATTCAGAGACATTGATGAAGACTGGGCAGCAGGTGAAACTCCTAGAGAGATGG 4896
Query 4915 AGGAGGACTGGGCCAATGAAACACCAAACAGAATGATGACGCCGATGCAAGTGGATGATG 4974
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4897 ACGAGGACTGGGCCAATGAAACACCAAACAGAATGATGACGCCGATGCAAGTGGATGATG 4956
Query 4975 AAAGTGACAACAGTGTAGGAGTTGAATCAGAGGATGAAGATGGTGGTGGTCAGTTTGTGG 5034
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 4957 AAAGTGACAACAGTGTAGGAGTTGAATCAGAGGATGATGATGGTGGTGGTCAGTTTGTGG 5016
Query 5035 ATTATAGTCAGAGAAACAAGTGGGGGTTAGATTGGAATAGTAACCTAAATGTGGCAATAG 5094
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||| |
Sbjct 5017 ATTACAGTCAGAGAAACAAGTGGGGGTTAGATTGGAATAGTAACCCAAACGAGGCAAT-G 5075
Query 5095 AGGAAGACGAGGAAGAAGAAGTTGTGGGGGTTGGGCGGGTCGAAGGAGAAGATGACGCAG 5154
| | | || | |||| |||| || |||||| |||||||||||||||||||||| |
Sbjct 5076 -G-A-G--GA--A-GAAG---TTGTTGGTGTTGGGAGGGTCGAAGGAGAAGATGACGCCG 5124
Query 5155 AAATGAGTGAGAGCTCTGAAGATGATGATGTACCTGCTAATAATGCAGCAAACAATTACG 5214
| |||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||
Sbjct 5125 AGATGAGTGAGAGCTCTGAAGATGATGATG--C-T---AATAATGCAGCAAACAATTACG 5178
Query 5215 ACAGAGAATCAGAAGGTTACAGCAGCAGCGATTCATGAAGTTGAGATCTAGTAGCTTGTG 5274
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 5179 ACAGAGAATCAGAAGGTTACAGCAGCAGCGATTCATGAACTTAAGATCTAGTAGCTTGTG 5238
Query 5275 AAGAGGGAAGATTACATTCTTGTTGAAGatatatatatatat-TTTT-ATGTAGGAGAAA 5332
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||
Sbjct 5239 AAGAGGGAAGATTACATTCTTGTTGAAGATATATATATATATATTTTTATATAGGAGAAA 5298
Query 5333 AGAGAGATAGTAGCAGAATAGGTTTTCACCTATAGAAGAAGAACATTTCTGATTAGTTTT 5392
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5299 AGAGAGATAGTATCAGAATAGGTTTTCACCTATAGAAGAAGAACATTTCTGATTAGTTTT 5358
Query 5393 GGTGCAGTTGTTAAAGCCAAGCCAAGGCATATATTTAG 5430
||||||||| |||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 5359 GGTGCAGTTA--AAAGCCAAGCCAAGGCATGTATTTAG 5394
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 205625066919
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5