BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT1G28420.1 Length=5430 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg473061 jgi|Araly1|473061|fgenesh2_kg.1__3015__AT1G28420.1 8401 0.0 > Ahg473061 jgi|Araly1|473061|fgenesh2_kg.1__3015__AT1G28420.1 Length=5394 Score = 8401 bits (4549), Expect = 0.0 Identities = 5155/5438 (95%), Gaps = 79/5438 (1%) Strand=Plus/Plus Query 28 ttttggatcagggtttgtttgttcaatagaaagccctagtttttgtttttgtgttctttg 87 ||| ||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1 TTTGGGATCAGGGTTTGTTTG-T---T-GAAAGCCCTAGTTTTTGTTTTTGTGTTCTTTG 55 Query 88 attcttcttgcggccgtttctgggtttcttcttcttcttctctttcCATGGAGATGGGTT 147 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 56 A---TTCTTGCGGCCGTTTCTGGGTTTCTTCTTCTTCTTCTC-TTCCATGGAGATGGGTT 111 Query 148 CTGA-CG-G-TGAAGATCAGAAGATCAGGAGCG-TCGT--TGGTGATGCTAATCTTAATA 201 |||| | | |||||||| |||||||||||| | || || || || ||||| | || Sbjct 112 CTGATGGAGATGAAGATC---AGATCAGGAGCGTTGGTGATGTTGGTGGTAATCATCTTA 168 Query 202 ATAAGAAGAAGAAGATTGATAATAATTCCTCCTCTAAGGA---TGGTCGTGTCAAGCCTA 258 |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||| Sbjct 169 ATAAGAAGAAGAAGATTG---ATAATTCCTCCTCCAAGGATGGTGGTCGTGTTAAGCCTA 225 Query 259 AACGTCAGATGAAAACTCCGTTTCAGCTTGAAACCTTGGAGAAAGTTTATTCAGAGGAGA 318 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 226 AGCGTCAGATGAAAACTCCGTTTCAGCTTGAAACCTTGGAGAAAGTTTATTCAGAGGAGA 285 Query 319 AGTATCCGTCGGAGGCGACGAGGGCTGAGTTATCTGAGAAATTGGATTTGTCAGATCGAC 378 |||||| |||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 286 CGTATCCTTCGGAGGCCACGAGGGCTGACTTGTCTGAGAAATTGGATTTGTCAGATCGAC 345 Query 379 AATTACAGATGTGGTTTTGTCATAGACGGTTAAAGGACAAGAAGGATGGTCAGTCTAATA 438 ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| || | Sbjct 346 AATTACAGATGTGGTTTTGCCATAGACGCTTAAAGGACAAGAAGGATGGTCAGTCCAAGA 405 Query 439 AACCGGTGAAATCATCGGTTGC--T-G-C-GGTTCAATCGGCTTCGGTTAACGAGTTACC 493 |||| | ||||||| ||||| | | | | | || | || |||| ||| |||||||||| Sbjct 406 AACCCGCGAAATCAGCGGTT-CAATCGTCTGCTT-TAGCGTCTTCCGTTCACGAGTTACC 463 Query 494 GGCTGCTGCTGGATCGGTACCTGAGCAAGATTCCAGATCTGATTCGGGTTCTGAGTCTGG 553 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || Sbjct 464 -GC--CTGCTGGATCGGTACCTGAGCAAGATTCCAGATCTGATTCGGGCTCTGAGTCAGG 520 Query 554 TTGCAGTCCTTATTCCAACTCTAGGAGGAATTTTGCTAGTGGTAGTAGTAGTTCTCGAGC 613 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 521 TTGCAGTCCTTATTCCAACTCAAGGAGGAATTTTGCTAGTGGTAGTAGTAGTTCTCGAGC 580 Query 614 TGAATTGGATGAATATGAGACAATGGGAAAGCCGAGTTATGAGTCGCGGTTGTCGACAAT 673 ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 581 TGAATTGGATGAATACGAGACAATGGGAAAGGCGAGTTATGAGTCACGGTTGTCGACAAT 640 Query 674 GGTGCATAGAGCTATTGTCTGTATTGAGGCTCAGTTAGGTGAGCCATTGAGAGATGATGG 733 ||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 641 GGTGCGTAGAGCTATTGTCTGCATTGAGGCACAGTTAGGTGAGCCATTGAGAGATGATGG 700 Query 734 ACCTATTCTTGGCATGGAGTTTGATCCTTTGCCTCCTGGTGCGTTTGGAACACCTATAGC 793 |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| Sbjct 701 ACCTATTCTTGGTATGGAGTTTGATCCTTTGCCTCCTGGTGCATTCGGAACACCTATAGC 760 Query 794 GATGCAGAAACACCTACTTCATCCCTATGAGAGCGATCTGTATGAGCGACATGATCCCCG 853 |||||||||||||||| ||||||| ||||||||| || ||||||||||| ||||| |||| Sbjct 761 GATGCAGAAACACCTAGTTCATCCGTATGAGAGCAATGTGTATGAGCGATATGATGCCCG 820 Query 854 ACCTCGAAGATCTCATGCTGCTGCCCGTTCTTTCCATGAGCAACAATCTCTGGATGATCC 913 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 821 ACCTCGAAGATCTCATGCTGCTGCCCGTTCTTTCCATGAGCAACAATCTCTGGATGATTC 880 Query 914 GTCTTCTTTTACACCTAATATGTATGAACGATACTCTGAAAATCATGCACGTGGTATGGA 973 |||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 881 GTCTTCTTTTACACCTGAGATGTATGGACGATACTCTGAAAATCATGCACGTGGTATGGA 940 Query 974 CTATGAAGTTGCACGTTCTAGAATTTCATCATTTATGCACGCGAATGGACCTGTACCAAG 1033 ||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| Sbjct 941 CTATGAAATTGCACGTTCTAGGAGTTCATCATTTATGCACGCGAATGGGCCTTTACCAAG 1000 Query 1034 GTCCTATGTTACCCCTGGACATGCGTCTCGTAACTGTTCGACATCTCAACAAGACATGCC 1093 ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 1001 GTCCTATGTTACCCCTGGACATGTGTCTCGTAACTGTTCTACATCTCAACAAGACATGCC 1060 Query 1094 AAGCCCCATTGAATCAGCGCATCATGGTGATAGATTCCTGCTGGAGAAGGACTCATCAGT 1153 || ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| Sbjct 1061 AATCCCCATTGAATCAGCTCATCGTGGTGATAGATTCCTGCTGGAAAAGGATTCATCAGT 1120 Query 1154 CCTTGGTACAGAAGATCCATATTTGTTACCTGATGGAGTGCGTAAGAGTAGTGATGTGCA 1213 ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||| Sbjct 1121 CCTCGGTACAGAAGATCCATATTTGTTGCCTGATGGGGTGCGTAAGAGTAATGATGTGCA 1180 Query 1214 TAGAAAGGGAAAGATTAACGATGGTAGACTTGGAAGAGGGAGTGAAACCCGAGAGAATCA 1273 | | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| Sbjct 1181 TCGGAAGGGAAAGATTAACGATGATAGACTTGGAAGAGGAAGTGAAATCCGAGAGAATCA 1240 Query 1274 TGGACCAAAAGATCTTGAGAAGCTAGAAATTCAGAGGAAAAAGAATGAAGAACGCATGAG 1333 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 1241 TGGACCAAAAGATCTTGAGAAGCTAGAAATTCAGAGGAAAAAAAATGAAGAACGCATGAG 1300 Query 1334 AAAAGAGATGGAAAGGAACGAGCGTGAGAGGCGTAAGGAAGAAGAGAGGTTGATGCGTGA 1393 |||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1301 AAAAGAAATGGAAAAGAACGAACGTGAGAGGCGTAAGGAAGAAGAGAGGTTGATGCGTGA 1360 Query 1394 AAGAATAAAAGAAGAGGAAAGGTTACAGCGTGAGCAGCGTCGTgaagtagaaagaagaga 1453 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 1361 AAGAATAAAAGAAGAGGAGAGGTTACAGCGTGAGCAGCGTCGTGAAATAGAAAGAAGAGA 1420 Query 1454 aaaattcttacagagagaaaatgaaagggctgagaaaaagaagcaaaaagacgagattcg 1513 ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1421 AAAGTTCTTACAGAGAGAAAATGAAAGGGCGGAGAAAAAGAAGCAAAAAGACGAGATTCG 1480 Query 1514 tcgagagaaagaCGCTATTAGACGCAAGCTTGCCATTGAGAAGGCAACTGCACGTAGAAT 1573 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1481 CCGAGAGAAAGACGCTATTAGACGCAAGCTTGCCATTGAGAAGGCAACTGCACGTAGAAT 1540 Query 1574 TGCCAAGGAGTCTATGGATCTTATTGAAGATGAGCAGCTAGAACTAATGGAATTGGCTGC 1633 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 1541 TGCCAAGGAGTCTATGGATCTTATTGAAGATGAGCAGCTAGAACTGATGGAATTGGCTGC 1600 Query 1634 TATTAGCAAAGGATTACCCTCAGTATTACAGCTTGATCACGACACATTGCAGAATCTTGA 1693 ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 1601 TATTAGCAAAGGATTGCCCTCAGTATTACAGCTTGATCACGACACATTGCAAAATCTTGA 1660 Query 1694 GGTGTATAGAGATTCTCTGAGCACATTTCCACCAAAGTCTTTGCAACTAAAAATGCCGTT 1753 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1661 AGTGTATAGAGATTCTCTGAGCACATTTCCACCAAAGTCTTTGCAACTAAAAATGCCGTT 1720 Query 1754 TGCCATTTCTCCATGGAAAGATTCTGATGAAACTGTTGGAAACCTTCTAATGGTTTGGAG 1813 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1721 TGCCATTTCTCCATGGAAAGATTCTGATGAAACTGTTGGAAACCTTCTAATGGTTTGGAG 1780 Query 1814 ATTCCTGATATCATTTTCTGATGTTCTTGACCTATGGCCTTTTACACTGGATGAGTTTAT 1873 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1781 ATTCCTGATATCATTTTCTGATGTTCTTGACCTATGGCCTTTTACACTGGATGAGTTTAT 1840 Query 1874 TCAGGCTTTTCATGACTATGACTCAAGGTTGCTGGGGGAGATACATGTTACTCTTCTGAG 1933 ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1841 TCAGGCTTTTCATGACTATGACTCAAGGTTGTTGGGGGAGATACATGTTACTCTTCTGAG 1900 Query 1934 ATCAATAATACGAGATGTCGAAGATGTTGCTAGAACACCCTTTAGTGGAATTGGAAATAA 1993 |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1901 ATCAATAATACGAGATATCGAAGATGTTGCTAGGACACCCTTTAGTGGAATTGGAAATAA 1960 Query 1994 CCAATATACTACAGCCAATCCTGAGGGTGGACATCCGCAAATAGTTGAAGGGGCTTATGC 2053 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1961 CCAATATACTACAGCCAATCCTGAGGGTGGACATCCGCAAATAGTTGAAGGGGCTTATGC 2020 Query 2054 ATGGGGTTTTGACATTCGTAGTTGGAAAAAGCATTTGAACCCACTAACATGGCCTGAAAT 2113 |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2021 ATGGGGCTTTGACATTCGTAGCTGGAAAAAGCATTTGAACCCACTAACATGGCCTGAAAT 2080 Query 2114 ACTGCGACAATTAGCGCTCTCTGCTGGATTTGGACCTAAGCTGAAGAAAAAACATTCCCG 2173 |||||||||||| || ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 2081 ACTGCGACAATTGGCACTCTCTGCTGGATTTGGGCCTAGGCTGAAGAAAAAACATTCCCG 2140 Query 2174 ATTGACCAATACTGGTGATAAGGATGAGGCTAAAGGTTGTGAAGATGTCATTTCTACTAT 2233 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 2141 ATTGACCAATACTGGTGATAAGGATGAGGCTAAAGGTTGTGAAGATATCATTTCTACTAT 2200 Query 2234 CCGAAATGGTACAGCAGCTGAAAGTGCTTTTGCATCGATGCGGGAGAAAGGGTTGCTCGC 2293 |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 2201 CCGAAATGGTTCAGCAGCTGAAAGTGCTTTTGCATCGATGCGGGAGAAAGGGTTACTCGC 2260 Query 2294 TCCTCGCAAGTCGAGGCACCGGTTGACACCTGGAACCGTCAAATTTGCAGCCTTTCATGT 2353 |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 2261 TCCTCGCAAGTCAAGGCACCGGTTGACACCTGGAACCGTCAAATTCGCAGCCTTTCATGT 2320 Query 2354 TCTATCTCTTGAAGGAAGCAAGGGACTGACAGTATTAGAACTTGCTGACAAGATTCAGAA 2413 ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2321 ACTATCTCTTGAGGGAAGCAAGGGACTGACAGTATTAGAACTTGCTGACAAGATTCAGAA 2380 Query 2414 ATCTGGACTTCGGGACTTGACCACAAGCAAGACACCAGAGGCTTCTATTTCTGTTGCATT 2473 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2381 ATCTGGACTTCGGGACTTGACAACAAGCAAGACACCAGAGGCTTCTATTTCTGTTGCATT 2440 Query 2474 GACAAGAGATGTGAAACTCTTTGAAAGAATAGCTCCTTCGACTTATTGTGTACGAGCTCC 2533 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2441 GACAAGAGATGTGAAACTCTTCGAAAGAATAGCTCCTTCGACTTATTGTGTACGAGCTCC 2500 Query 2534 TTATGTGAAGGATCCTAAGGATGGAGAGGCAATACTCGCAGATGCCAGGAAGAAGATACG 2593 |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 2501 TTATGTGAAGGATCCTGCGGATGGAGAGGCAATACTCGCAGATGCCAGGAAGAAGATAAG 2560 Query 2594 GGCTTTTGAAAATGGATTTACAGGTCCAGAAGATGTGAATGATCTTGAAAGGGATGAAGA 2653 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2561 GGCATTTGAAAATGGATTTACAGGTCCAGAAGATGTGAATGATCTTGAAAGGGATGAAGA 2620 Query 2654 CTTCGAAATTGATATTGATGAGGATCCCGAGGTTGATGATTTAGCTACACTGGCAAGTGC 2713 || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 2621 ATTTGAAATTGATATTGATGAGGATCCTGAGGTTGATGATTTAGCTACTCTGGCAAGTGC 2680 Query 2714 ATCAAAAAGTGCCGTTCTTGGAGAAGCGAATGTTTTGTCAGGAAAGGGGGTAGATACAAT 2773 |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| | |||| || Sbjct 2681 ATCAAAAAGTGCCGTTCTAGGTGAAGCGAATGTTTTGTCAGGAAAGGGGGGAAATACTAT 2740 Query 2774 GTTCTGTGATGTTAAAGCAGATGTAAAGAGTGAGCTTGAGAAGGAGTTTTCATCTCCTCC 2833 |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| Sbjct 2741 GTTCTGTGATGTTAAAGCTGATGTAAAGAGTGAGCCTGAGAAGGAGTTTCCATCTCCTCC 2800 Query 2834 TCCAAGCACTATGAAGAGCATTGTTCCACAACATAGTGAGCGGCATAAAAATACAGTGGT 2893 |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| Sbjct 2801 TCCAAGCAGTATGAAGAGCATTGTTCCACAACATAGTGAGCGGTTTAAAGATACAGTGGT 2860 Query 2894 TGGCGGCGTGGATGCCGTAATTGATGAAAGCAACCAGGGCCAATCATGGATTCAAGGTCT 2953 |||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2861 TGGCTGCGTGGATACCGTGGTTGATGAAAGCAACCAGGGCCAATCATGGATTCAAGGTCT 2920 Query 2954 TACGGAAGGGGATTACTGTCATCTAAGTGTTGAAGAGCGCCTTAATGCCCTTGTTGCTTT 3013 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2921 TACGGAAGGGGATTACTGTCATCTAAGTGTTGAAGAGCGCCTTAATGCCCTTGTTGCTTT 2980 Query 3014 AGTCGGCATTGCCAATGAAGGAAACTCCATCAGAACAGGTCTTGAGGATCGTATGGAAGC 3073 |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| Sbjct 2981 AGTCGGCATTGCCAATGAAGGAAACTCCATCAGAGCTGGTCTTGAGGATCGTATGGAAGC 3040 Query 3074 AGCAAATGCTCTTAAAAAGCAAATGTGGGCTGAAGCACAGTTAGATAACAGCTGTATGAG 3133 ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3041 AGCAAATTCTCTTAAAAAGCAAATGTGGGCTGAAGCACAGTTAGATAACAGCTGTATGAG 3100 Query 3134 AGATGTACTTAAGCTTGATCTTCAAAACTTAGCAAGCAGCAAAACTGAATCAACGATAGG 3193 ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| || Sbjct 3101 AGATGTACTTAAGCTTGATTTTCAAAACCTAGCAAGCAGCAAAACCGAATCAACGATGGG 3160 Query 3194 CCTACCAATCATTCAAAGCTCTACTCGTGAGAGGGATAGTTTTGATAGAGACCCTTCTCA 3253 ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 3161 TCTACCAATCATCCAAAGCTCTACTCGTGAGAGGGATAGTTTCGATAGAGACCCTTCTCA 3220 Query 3254 ACTTCTAGATGAAACAAAGCCCCTGGAAGATCTTTCGAACGATCTTCATAAATCATCTGC 3313 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 3221 ACTTCTAGATGAAACAAAGCCCCTGGATGATCTTTCGAACAATCTTCATAAATCATCTGC 3280 Query 3314 TGAGAGAGCACTTATTAATCAGGATGCCAATATAAGTCAAGAAAATT---------A--T 3362 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | Sbjct 3281 TGAGAGAGCACTTATTAATCAGGATGCCAATATAAGTCAAGAAAATTGTTCTTCCCAACT 3340 Query 3363 -G------CTTCAAAGAGATCACGCTCCCAATTAAAGTCATATATAGGCCACAAAGCAGA 3415 | ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 3341 TGGATATGCTTCAAAGAGATCACGCTCACAATTAAAATCATATATAGGCCACAAAGCAGA 3400 Query 3416 AGAGGTGTATCCATACCGATCTTTGCCGCTTGGACAAGATCGGCGCCACAATCGTTACTG 3475 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3401 AGAGGTGTATCCATACCGATCTTTGCCGCTTGGACAAGATCGGCGCCACAATCGTTACTG 3460 Query 3476 GCATTTTGCTGTATCAGTGTCTAAGAGTGATCCTTGTTCGAGGCTCTTATTTGTTGAGCT 3535 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| Sbjct 3461 GCATTTTGCTGTATCAGTGTCTAAGAGTGATCCTTGCTCGGGGCTCTTATTTGTTGAGCT 3520 Query 3536 ACATGATGGCAAGTGGCTCCTCATTGATTCAGAAGAGGCTTTTGATATTCTGGTTGCATC 3595 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3521 ACATGATGGCAAGTGGCTCCTCATTGATTCAGAAGAGGCTTTTGATATTCTGGTTGCATC 3580 Query 3596 ATTGGATATGCGTGGGATCAGAGAGTCTCATTTACGCATAATGCTGCAGAAGATCGAGGG 3655 |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3581 ATTGGATATGCGCGGGATCAGAGAGTCTCATTTACGCATAATGCTGCAGAAGATCGAGGG 3640 Query 3656 ATCATTCAAAGAGAATGCTTGTAAAGATATAAAGCTAGCTAGAAACCCTTTCTTGACGGA 3715 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||| Sbjct 3641 ATCATTCAAAGAGAATGCTTGTAAAAATATAAAGCTAGATAGAAACCCTTTCTTGAAGGA 3700 Query 3716 AAAGAGTGTTGTGAATCATTCTCCTACAGATTCTGTGAGCCCATCGTCCAGTGCTATATC 3775 ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 3701 AAAGAGTATTGTGAATCATTCTCCTACAGATTCTGTGAGCCC---GTCCAGTGCTATATC 3757 Query 3776 AGGGTCAAACTCTGATTCAATGGAAACTTCAACTTCAATTAGAGTTGATTTAGGTAGAAA 3835 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 3758 AGGGTCAAACTCTGATTCAATGGAAACTTCAACTTCAATTAGAGTTGAGTTAGGTAGAAA 3817 Query 3836 TGACACCGAGAACAAGAATTTATCAAAACGGTTCCATGATTTCCAGAGATGGATGTGGAC 3895 ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3818 CGACACCGAGAACAAGAATTTATCAAAACGATTCCATGATTTCCAGAGATGGATGTGGAC 3877 Query 3896 CGAGACGTACAGTTCACTACCTTCTTGTGCTAGAAAATATGGGAAGAAGAGATCTGAACT 3955 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3878 CGAGACGTACAGTTCACTACCTTCTTGTGCTAGAAAATATGGGAAGAAGAGATCTGAACT 3937 Query 3956 GTTAGCAACATGTGACGCGTGTGTTGCTTCCTATTTGTCTGAGTATACCTTCTGCTCTTC 4015 ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||| Sbjct 3938 GTTAGCAACATGTGATGCGTGTGTTGCTTCTTATTTGTCTGAGTATACCCACTGCACTTC 3997 Query 4016 TTGTCACCAGAGATTGGACGTGGTTGATAGTTCAGAGATATTAGATTCAGGTTTGGCTGT 4075 ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 3998 TTGTCACCAGAGACTGGACGTGGTTGATAGTTCAGAGATATTAGATTCAGGTTTGACTGT 4057 Query 4076 GTCTCCTCTTCCTTTTGGAGTCAGGTTGCTCAAACCACTACTTGTTTTTCTCGAGGCATC 4135 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 4058 GTCTCCTCTTCCTTTTGGAGTCAGGTTGCTCAAACCACTACTTGTTTTTCTCGAGGCATC 4117 Query 4136 TGTTCCAGATGAAGCTCTTGAATCATTTTGGACAGAGGACCAAAGaaaaaaaTGGGGGTT 4195 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||| Sbjct 4118 TGTTCCAGATGAAGCTCTTGAATCATTTTGGACGGAGGACAAAAGAAAAATTTGGGGGTT 4177 Query 4196 TAGGTTGAATACTTCATCATCACCTGGAGAACTTTTGCAGGTGTTGACTTCCTTAGAGAG 4255 |||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 4178 TAGGTTGAATGCTTCATCATCACCTGAAGACCTTTTGCAGGTGTTGACTTCCTTAGAGAG 4237 Query 4256 TGCAATCAAGAAAGAATCTTTGTCATCCAATTTTATGTCGGCAAAGGAGCTTTTGGGAGC 4315 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 4238 TGCAATCAAGAAAGAATCTTTGTCATCCAATTTTATGTCGGCAAAGGAGCTTTTGGGAGC 4297 Query 4316 TGCTAACGCTGAGGCTGATGATCAGGGATCAGTGGACGTTCTTCCATGGATACCAAAGAC 4375 |||||| ||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 4298 TGCTAATGCTGATGCTGATAATCTGGGATCAGTGGACGTTCTTCCATGGATACCAAAGAC 4357 Query 4376 AGTATCAGCGGTTGCTTTGAGACTTTCAGAACTTGATGCATCCATTATTTATGTGAAGCC 4435 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 4358 AGTATCAGCGGTTGCTTTGAGACTTTCAGAACTTGATGCATCCATTATTTATGTGAAGCC 4417 Query 4436 AGAGAAACCTGAGGTCATCCCTGAAGATGAGAACGAGCAGATTAGCCTTTTCCCTAGAGA 4495 ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 4418 AGAGAAACCTGAGCTGATCCCTGAAGATGAGAACGAGCAGATTAGCCTTTTCCCTGGAGA 4477 Query 4496 TTCACCTTTCAAAGGCAAAGGACCCAGAGAGCAAGAAGATCAAGACGAGGTTGCTCCAAA 4555 ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||| Sbjct 4478 TTCCCCTTTCAAAGGCAAAGGACCCAGAGAGCAAGAAGATCAACATGAGGTTGTTCCAAA 4537 Query 4556 CCCGGGTAACAGAAA-TAAGAAACGTGCACGAGTAAGCTTGGGATCTGGATCAAACAGAA 4614 | ||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 4538 CTCGGGTAACA-AACGTAATAAACGTGCACGAGTAAGCTTGGGATCTGGATCAAACAGAA 4596 Query 4615 AGGTGAAGAGGAAGAAAGCGCAAAGCGGTCTTAACAAATTTGTCGTTGGTAGGAGAAATG 4674 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 4597 AGGTGAAGAGGAAGAAAGCGCAAAGCGGTCTTAACAAATTTGTCGTCGGTAGGAGAAATG 4656 Query 4675 TTGCAGTCAATAGTAACTTAATGGCCGTTGAGTTGAACCACCAAGTCCCTGGAAAAGGAA 4734 ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 4657 TTGCAGTCAATAGTAACTTAATGACTGTTGAGTTGAACCACCAAGTCCCTGGAAAAGGAA 4716 Query 4735 AGAGGACGGTTAGAAAAAGACCAGAGAGGATCGATGAGGATAATTCCCACCTAGTCAATA 4794 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 4717 AGAGGACGGTTAGAAAAAGACCAGAGAGGATCGATGAGGATAATGACCACCTAGTCAATA 4776 Query 4795 GAATGGCTAATATTGTTAGGCCTAAAAGCGAAGAAGTTGAAGAAGATGAGGAAGAAGAAG 4854 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 4777 GAATGGCTAATATTGTTAGGCCTAAAAGCGAAGAAGTTGAAGAAGATGAGGAAGAAGAAG 4836 Query 4855 AGCAAACATTCAGAGACATTAATGAAGACTGGGCAGCAGGTGAAACTCCTAGAGAGATGG 4914 ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 4837 AGCCAACATTCAGAGACATTGATGAAGACTGGGCAGCAGGTGAAACTCCTAGAGAGATGG 4896 Query 4915 AGGAGGACTGGGCCAATGAAACACCAAACAGAATGATGACGCCGATGCAAGTGGATGATG 4974 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 4897 ACGAGGACTGGGCCAATGAAACACCAAACAGAATGATGACGCCGATGCAAGTGGATGATG 4956 Query 4975 AAAGTGACAACAGTGTAGGAGTTGAATCAGAGGATGAAGATGGTGGTGGTCAGTTTGTGG 5034 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 4957 AAAGTGACAACAGTGTAGGAGTTGAATCAGAGGATGATGATGGTGGTGGTCAGTTTGTGG 5016 Query 5035 ATTATAGTCAGAGAAACAAGTGGGGGTTAGATTGGAATAGTAACCTAAATGTGGCAATAG 5094 |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||| | Sbjct 5017 ATTACAGTCAGAGAAACAAGTGGGGGTTAGATTGGAATAGTAACCCAAACGAGGCAAT-G 5075 Query 5095 AGGAAGACGAGGAAGAAGAAGTTGTGGGGGTTGGGCGGGTCGAAGGAGAAGATGACGCAG 5154 | | | || | |||| |||| || |||||| |||||||||||||||||||||| | Sbjct 5076 -G-A-G--GA--A-GAAG---TTGTTGGTGTTGGGAGGGTCGAAGGAGAAGATGACGCCG 5124 Query 5155 AAATGAGTGAGAGCTCTGAAGATGATGATGTACCTGCTAATAATGCAGCAAACAATTACG 5214 | |||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||| Sbjct 5125 AGATGAGTGAGAGCTCTGAAGATGATGATG--C-T---AATAATGCAGCAAACAATTACG 5178 Query 5215 ACAGAGAATCAGAAGGTTACAGCAGCAGCGATTCATGAAGTTGAGATCTAGTAGCTTGTG 5274 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| Sbjct 5179 ACAGAGAATCAGAAGGTTACAGCAGCAGCGATTCATGAACTTAAGATCTAGTAGCTTGTG 5238 Query 5275 AAGAGGGAAGATTACATTCTTGTTGAAGatatatatatatat-TTTT-ATGTAGGAGAAA 5332 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||| Sbjct 5239 AAGAGGGAAGATTACATTCTTGTTGAAGATATATATATATATATTTTTATATAGGAGAAA 5298 Query 5333 AGAGAGATAGTAGCAGAATAGGTTTTCACCTATAGAAGAAGAACATTTCTGATTAGTTTT 5392 |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 5299 AGAGAGATAGTATCAGAATAGGTTTTCACCTATAGAAGAAGAACATTTCTGATTAGTTTT 5358 Query 5393 GGTGCAGTTGTTAAAGCCAAGCCAAGGCATATATTTAG 5430 ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 5359 GGTGCAGTTA--AAAGCCAAGCCAAGGCATGTATTTAG 5394 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 205625066919 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5