BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G28520.1
Length=2129
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg473072 jgi|Araly1|473072|fgenesh2_kg.1__3026__AT1G28520.2 2510 0.0
> Ahg473072 jgi|Araly1|473072|fgenesh2_kg.1__3026__AT1G28520.2
Length=1866
Score = 2510 bits (1359), Expect = 0.0
Identities = 1452/1498 (97%), Gaps = 1/1498 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 146 GTGAGATTTCTTATGACGGGGAAGCGATCAAAGACTAATTGCAGATCTGCTTCTCACAAG 205
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 125 GTGTGATTTCTTATGACGGGGAAGCGATCAAAGACTAATTGCAGATCTGCTTCTCACAAG 184
Query 206 CTCTTCAAGGATAAGGCTAAGAACCGTGTTGATGATTTGCAAGGCATGCTTTTGGATCTT 265
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 185 CTGTTCAAGGATAAGGCTAAGAACCGTGTTGATGATTTGCAAGGCATGCTTTTGGATCTT 244
Query 266 CAGTTTGCGAGGAAAGAGAGTAGGCCTACTGATGTTACTCTTCTTGAGGAGCAAGTGAAT 325
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 245 CAGTTTGCGAGGAAAGAGAGTAGGACTACTGATGTTACTCTTCTTGAGGAGCAAGTGAAT 304
Query 326 CAGATGCTTCGTGAGTGGAAATCTGAGCTCAATGAGCCTTCTCCAGCTTCATCCTTGCAA 385
|||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| ||||| ||||| || ||||||
Sbjct 305 CAGATGCTTCGTGAGTGGAAGTCAGAGCTCAACGAGCCCTCTCCTGCTTCTTCTTTGCAA 364
Query 386 CAAGGTGGTACTCTGGGGTCTTTCTCATCAGATATTTGTCGGCTGCTGCAGCTCTGTGAT 445
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 365 CAAGGTGGTACTCTGGGGTCTTTCTCATCAGACATTTGTCGGCTGCTGCAGCTCTGTGAT 424
Query 446 GAGGAAGATGATGCTACCAGCAAATTAGCTGCCCCCAAGCCCGAGCCTGCTGATCAGAAT 505
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 425 GAGGAAGATGATGCTACCAGCAAATTAGCTGCACCCAAGCCCGAGCCTGCTGATCAGAAT 484
Query 506 CTCGAAGCTGGCAAAGCTGCTGTCTTCCAAAGGGGATACAATTTGGTTCAGGGGAAGTCA 565
|| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 485 CTTGAAGCTGGAAAAGCTGCTGTCTTCCAAAGGGGATACAATTTGGTTCAGGGGAAGTCA 544
Query 566 GAACATGGATTACCATTGGTTGATAATTGCAAAGATTTGTCCTTAGCAGCTGGTAACAAT 625
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 545 GAACATGGATTACCATTGGTTGATCATTGCAAAGATTTGTCCTTAGCAGGTGGTAACAAT 604
Query 626 TTCGATGGAACGGCTCCTTTGGAGTATCATCAGCAGTATGATCTGCAACAAGAGTTTGAA 685
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 605 TTCGATGGAACGGCTCCTTTGGAATATCATCAGCAGTTTGATCTGCAACAAGAGTTTGAA 664
Query 686 CCAAACTTCAATGGTGGTTTCAACAATTGTCCCAGTTATGGTGTAGTAGAGGGTCCTATA 745
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 665 CCAAACTTCAATGGTGGTTTCAACAATTGTCCCAGTTATGGTGTAGTGGAGGGTCCTATA 724
Query 746 CATATCTCTAATTTTATCCCGACTATTTGTCCTCCACCCTCTGCATTCTTGGGTCCAAAA 805
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 725 CATATCTCTAATTTTATCCCGACTATTTGTCCTCCACCCTCTGCATTCTTGGGTCCAAAA 784
Query 806 TGTGCTCTTTGGGATTGCCCTAGGCCAGCTCAGGGATTTGATTGGTTCCAGGATTACTGC 865
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 785 TGTGCTCTTTGGGATTGCCCTAGGCCAGCTCAAGGATTCGATTGGTTCCAGGATTACTGC 844
Query 866 AGCAGCTTCCACGCTGCACTGGCTTTCAATGAAGGGCCACCAGGTATGAATCCGGTGGTG 925
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 845 AGCAGCTTCCACGCTGCACTGGCTTTCAATGAAGGGCCACCAGGTATGAATCCGGTGGTG 904
Query 926 CGTCCTGGAGGTATCGGCCTAAAAGACGGTCTGCTTTTTGCTGCTCTTAGTGCAAAGGCT 985
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 905 CGTCCTGGAGGTATCGGCCTAAAAGACGGTCTGCTTTTTGCTGCTCTTAGCGCAAAGGCT 964
Query 986 GGAGGGAAAGATGTTGGTATTCCCGAATGTGAAGGAGCTGCAACTGCTAAATCTCCATGG 1045
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 965 GGAGGGAAAGACGTTGGTATTCCCGAATGTGAAGGAGCTGCAACTGCTAAATCTCCATGG 1024
Query 1046 AATGCTCCAGAGCTCTTTGATCTCACGGTTCTGGAGAGTGAGACACTAAGGGAGTGGCTA 1105
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1025 AATGCTCCAGAGCTCTTTGATCTCACGGTTCTAGAGAGTGAGACACTAAGGGAGTGGCTA 1084
Query 1106 TTCTTTGACAAGCCAAGGAGGGCCTTTGAGAGCGGGAACAGAAAGCAAAGATCTTTACCA 1165
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 1085 TTCTTTGACAAGCCAAGGAGGGCCTTTGAGAGCGGGAATAGGAAGCAAAGATCTTTACCA 1144
Query 1166 GACTACAATGGTCGTGGTTGGCACGAGTCACGTAAACAGATCATGGTCGAGTTTGGAGGG 1225
|||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1145 GACTACAATGGTCGCGGTTGGCACGAGTCACGCAAACAGATCATGATCGAGTTTGGAGGG 1204
Query 1226 CTGAAGAGATCTTACTACATGGATCCACAGCCTCTGCACCATTTCGAATGGCATCTTTAC 1285
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1205 CTGAAGAGATCTTACTACATGGATCCACAGCCTCTGCACCATTTCGAATGGCATCTTTAC 1264
Query 1286 GAATATGAGATCAACAAGTGTGATGCTTGTGCCTTGTACAGGCTCGAGCTCAAGCTTGTT 1345
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1265 GAATATGAGATCAACAAGTGCGATGCTTGTGCCTTGTACAGGCTCGAGCTCAAGCTTGTT 1324
Query 1346 GACGGGAAGAAGACTTCAAAAGGCAAAGTCTCAAACGACTCAGTGGCTGATCTGCAGAAG 1405
||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 1325 GACGGGAAGAAGAATTCAAAAGGCAAGGTTTCAAACGACTCTGTGGCTGATCTACAGAAG 1384
Query 1406 CAGATGGGAAGACTCACAGCTGAGTTCCCTCCAGAAAACAATACCACTAACACCACCAAC 1465
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||
Sbjct 1385 CAGATGGGAAGACTCACAGCTGAGTTCCCTCCAGAGAACAATACCAATAACACCAACAAC 1444
Query 1466 AACAACAAACGCTGCATCAAAGGAAGACCAAAAGTGAGCACAAAAGTCGCCACCGGGAAT 1525
||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1445 AACAACAAACGCTGCATCAAAGGAAAACCAAAAGTTAGCTCAAAAGTCGCCACCGGGAAT 1504
Query 1526 GTTCAGAACACAGTAGAGCAGGCAAATGACTATGGAGTAGGTGAAGAGTTTAACTATCTG 1585
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1505 GTTCAGAACACAGTAGAGCAGGCAAATGACTATGGAGTAGGTGAAGAGTTTAACTATCTC 1564
Query 1586 GTCGGAAATCTAAGCGACTATTATATCCCCTGAGACGAATGTGGAAAAACTCAGGTTT 1643
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||
Sbjct 1565 GTCGGAAATCTAAGCGACTATTATATCCCCTGAGAAGAAAATG-AAAAACTCAGGTTT 1621
Score = 401 bits (217), Expect = 9e-111
Identities = 240/251 (96%), Gaps = 2/251 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1757 GTTCTCTGTCTATCTATGGAGATTATGTATATATAACAAGAAGTGGATGCTGAAGACTGT 1816
||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1618 GTTTTCTCTCTATCTATGGAGATTGTGTATATATAACAAGAAGGGGATGCTGAAGACTGT 1677
Query 1817 CCTGGAGTTAGGAATAGTAAATGTGACGAAGGAGACTGCTTTTTAAGATTCAGTCTATGG 1876
|||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1678 CCTGGAGTTAGGAAAAGTAAATGTGACAAAGGAGACTGCTTTTTAAGATTCAGTCTTTGG 1737
Query 1877 AGGTGAAGACATATTTACTGACATTCCGGTTTATATATTTTGATGCATTTTCGACTCTCT 1936
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1738 AGGTGAAGACATATTTACTGACATTCCGGTTTATATATTTTGATGCATTTTCGACTCTCT 1797
Query 1937 TCTGCGATATAATGCAGATGACAAATTATGTAACCGATGGGGAAATACGGTTTTGAGTAT 1996
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||| ||||||
Sbjct 1798 TCTGCGATATAATGCAGATGACAAATTATGTAACCGATGCGGAA-TACAGTTT-GAGTAT 1855
Query 1997 CAGTGTTGTTC 2007
|||||||||||
Sbjct 1856 CAGTGTTGTTC 1866
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 80103785235
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5