BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G28630.4
Length=1925
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg473086 jgi|Araly1|473086|fgenesh2_kg.1__3040__AT1G28630.1 1524 0.0
> Ahg473086 jgi|Araly1|473086|fgenesh2_kg.1__3040__AT1G28630.1
Length=1316
Score = 1524 bits (825), Expect = 0.0
Identities = 995/1078 (92%), Gaps = 7/1078 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGATCTCGTTGATGATATGTTGCCATTTACTCCTTCGTGGTTCCCCCCATCACCAGAA 60
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Sbjct 9 ATGGATCTCGTTGATAATACGTTGCCATTTACTCCGTCGTGGTTCCCCCCATCACCAGAA 68
Query 61 CCATTTCCTTCAATAATGGAGCTTCTACAAGATCCTATGACGGCAGAGATTGAGAACTTT 120
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Sbjct 69 GCATTTCCTTCAATAATTGAGCTTCTACAAGACCCTATGACGGCAGAAATTGAGAACTTT 128
Query 121 GATGGAATATTCTCTAGTCCTGCAATAAGCGAGGCGATTCCCTCAACGAATACACAACCG 180
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Sbjct 129 GATGGAATATTCTCTACTCCTGCAATAAGCGAGGCTATTCCCTCTACGAGTACACAACCG 188
Query 181 AGTGTATTCCCATGTCCAGAGTCATCAACAATACCTCAAATTTCACCTGACATGCAACAA 240
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Sbjct 189 AGTGTAGTCCCATGTCCAGAGTTATCAACAATGCCTCAAAATCCACCTGACATGCAACAA 248
Query 241 CAAGAACCACTGGATGATTCACATGGATATTTACAACAATCTGATCAACAAGATTTATTA 300
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Sbjct 249 CAAGAACCACTGGGTGATTCACATGGACATTTACAACAATCTGATCAACAGGATTTATTA 308
Query 301 AATCCAAACATGCTGAATTGTTATCAAGAGCCAGACGTGTCTAC-A-ATA-CAGCAACAA 357
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Sbjct 309 AATCCAAACATGCTGAATTCTTATCAAGAGCCAGTCGTTTCTACAACACAGCAGCAACAA 368
Query 358 CAACTCAATTTACCTGGACCTTTAGAACAATCTGATCTACAACGTTTATTAAATCCAAAT 417
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Sbjct 369 CAACCCATTTTACATGGATCATTAGAACAATCTGATCAACAAGGTTTATTAAATCCAAAC 428
Query 418 ATGATGTATTCTGAGCCAGATTTTTCTACATCGCAACAACAACAATTACTATGCAATTCA 477
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Sbjct 429 ATGATGTCTTCTGAGCCAGGTGTTTCTACATTGCAGCAACAACAATTACTATGCAATTCA 488
Query 478 GCTGGATATTTGCAAGAATCTGATCACCAAGGTTTATTAAATCCAAACATGCTGAATTCT 537
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Sbjct 489 GCTGGATATTTGCAACAATCTGATCACCAAGGTTTATTAAGTCCAAACATGCTGGATTCT 548
Query 538 TTTTATGAACCTGATGTTTCTGCAATGCTGCAGCAACCACCACCATTATACGATTCACAT 597
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Sbjct 549 TTTCATGAACCTGATGTTTCTACAATGGTGCAACAAGCACCACCATTATACAATTCACAT 608
Query 598 GGATATTTACAACAATCAGATCAACAAGATTTAATGAATCAAAACATGATGAATTCTTTT 657
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Sbjct 609 GGATATTTACAACAATCAGATCAACAATATTTAATGAATCAAAACATGATGAATTCTTTT 668
Query 658 CAAGGGGCAAATGTTTCTACAACGCAACAACAACAATTGTTGTGCAACTCACATGGGCAT 717
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Sbjct 669 CAAGGGCCAGATGTTTCTACAACGCAACAACAACAATTGCTGTGCAACTCACATAGGTAT 728
Query 718 GTACAAGGAAACTTATCAAACATACAATCAGATCAGCAATACTTATCGAATCAAAATGCG 777
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Sbjct 729 GTACAAGGAAACTTATCAAACATACAATCAGATCAGCAATACTTATCGAATCAAAACGCG 788
Query 778 ACGGATTTATTTCAAGAACCAAATAATTCTACAATGATAGATATTGGTCAACAGATCGAG 837
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Sbjct 789 ACAAATTTATTTCAAGAACCAAATAATTCTACAATGGTAGATATTGGTCAACAAATCGAA 848
Query 838 GAAGGAAACAATGGATATGCACATCAACCATTGATTGATCCTTTTGAGTTACCAAATCAT 897
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Sbjct 849 GAAGGAAACAATGGATATGCACATCAACCATTGATTGATCATTTTGAGTTACCAAATCAT 908
Query 898 CATCAGGAGCAGTTTCCGTCAGTACCTATATCACAAAATTACCCGTCATATCCGGTATAC 957
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Sbjct 909 CATCAGGAGCAGTCTCTATCAGTACCAATATCACAAAATTACCTGTCATATCCGGCATAC 968
Query 958 CAACATGGTCCAGTTGGTTCACATTTCAATATGTACGGCCAACAACCACCTCCGCTAGTT 1017
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Sbjct 969 GAACATGGTCCAATTGGTTCACATTTTAACATGTACGGCCAGCAACCACCTCCGAGAGTT 1028
Query 1018 TTAACTAACAGAGAAGAAGAACATCTCCCACCAC-GGA-ATGTTACAGACTTGGCCAG 1073
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Sbjct 1029 TCAACTCACAGAGAAGAAGGACATCCCCC-CCAATGGATA-GTTACAGACTTGGCCAG 1084
Score = 126 bits (68), Expect = 5e-28
Identities = 206/269 (77%), Gaps = 23/269 (9%)
Strand=Plus/Plus
Query 445 ACATCGCAACAACAACAATTACTATGCAATTCAGC-TGGATATTTGCAAGAATCTGATCA 503
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Sbjct 238 ACAT-GCAACAACAAGAACCACTGGGTGATTCA-CATGGACATTTACAACAATCTGATCA 295
Query 504 CCAAGG-TTTATTAAATCCAAACATGCTGAATTCTTTTTATGAACCTGAT-GTTTCTGCA 561
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Sbjct 296 AC-AGGATTTATTAAATCCAAACATGCTGAATTCTTATCAAGAGCCAG-TCGTTTCTACA 353
Query 562 ATGCTGCAGCAACCACCACC-ATTATACGATTCACATGGAT-ATTTACAACAATCAGATC 619
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Sbjct 354 ACACAGCAGCAACAACAACCCATT-T----T--ACATGGATCATT-AGAACAATCTGATC 405
Query 620 AACAAGATTTAATGAATCAAAACATGATGAATTCTTTTCAAGGGGCAAATGTTTCTACAA 679
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Sbjct 406 AACAAGGTTTATTAAATCCAAACATGATG--T-CTTCTGA-GC--CAGGTGTTTCTACAT 459
Query 680 CGCAACAACAACAATTGTTGTGCAACTCA 708
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Sbjct 460 TGCAGCAACAACAATTACTATGCAATTCA 488
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 72333375255
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5