BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G29900.1
Length=3909
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg473200 jgi|Araly1|473200|fgenesh2_kg.1__3154__AT1G29900.1 6126 0.0
> Ahg473200 jgi|Araly1|473200|fgenesh2_kg.1__3154__AT1G29900.1
Length=3883
Score = 6126 bits (3317), Expect = 0.0
Identities = 3731/3924 (95%), Gaps = 56/3924 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GAGAAACCCTAAAACCCTCTCTCTCGTGTCTCACTCTCTTCTGCAGCAGTCTCCAGTTAC 60
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 GAGAAACCCTAAAACCCTCTCTCTCGTCTCTCACTCTCTTCTGCAGCAGTCTCCAGTTAC 60
Query 61 AGAGCCGACACAGGCAAAACTTagaagaagaagaagaagaagaagCAAAAATGAGAAACC 120
||||||| |||| |||||||| ||||||||||| | ||||||||| ||||
Sbjct 61 AGAGCCG--ACAGACAAAACTT---------AGAAGAAGAAGCA--AAAAATGAGTAACC 107
Query 121 ATTGCTTAGAACTCTCTTCCAATTGTTCCTCCATTTTCGCTTCTTCCAAATCCAATCCTC 180
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 108 ATTGCTTAGAACTCTCCTCCAATTGTTCCTCCATTTTCGCTTCTTCCAAATCCAATCCTC 167
Query 181 GTTTCTCTCCTTCCAAGCTCTCCTATTCCACTTTCTTCTCTCGCTCTGCCATCTATTACA 240
| || ||| | | | || | | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 168 G-TT-TCT-C-T-C---CT-T-C--TTCCACTTTCTTCTCTCGCTCTGCCATCAATTACA 215
Query 241 GATCAAAACCAAAACAAGCCTCGTCTTCTTCTTCCTTCTCCACTTTCCCCCCATGTCTCA 300
|| | ||| |||| | |||||| ||||| || || |||||| | |||| |||||||||||
Sbjct 216 GAGCTAAATCAAAGCTAGCCTCTTCTTCCTCCTCTTTCTCCTCGTTCCTCCCATGTCTCA 275
Query 301 ATCGGAAAAGCTCCCTCACGC-ATGTTCTCAAACCCGTCTCAGAGCTCGCCGACACCACT 359
||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 276 ATCGGAAAAGCTCCCTCACACGA-GTTCTCAAACCCGTCTCAGAGCTCGCAGACACCACT 334
Query 360 ACCAAGCCTTTTTCTCCGGAGATCGTCGGCAAGAGAACCGATCTGAAGAAGATTATGATT 419
||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 335 ACCAAGCCTTTTTCTCCGGAGATAGTCGGGAAAAGAACCGATCTGAAGAAGATTATGATT 394
Query 420 CTCGGCGCTGGTCCGATTGTCATTGGACAAGCTTGTGAGTTTGATTACTCTGGTACTCAA 479
||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 395 CTCGGTGCTGGTCCGATTGTGATTGGACAAGCTTGTGAGTTTGATTACTCTGGAACTCAA 454
Query 480 GCTTGTAAAGCCTTAAGAGAAGAGGGCTATGAGGTTATCCTGATCAATTCGAATCCTGCC 539
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 455 GCTTGTAAAGCCTTAAGAGAAGAGGGTTATGAGGTTATCCTGATCAATTCGAATCCCGCT 514
Query 540 ACTATCATGACTGATCCGGAAACTGCTAATCGGACTTATATCGCTCCGATGACTCCTGAG 599
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 515 ACTATCATGACTGACCCGGAAACTGCTAATCGGACTTATATTGCTCCGATGACTCCTGAG 574
Query 600 CTTGTCGAGCAGGTTATTGAGAAAGAGAGGCCTGACGCTTTGTTACCAACCATGGGTGGT 659
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 575 CTTGTCGAGCAGGTTATTGAGAAAGAGAGGCCTGACGCTTTGTTACCTACCATGGGTGGT 634
Query 660 CAAACCGCATTGAACCTCGCGGTTGCTCTTGCTGAGAGTGGTGCTTTGGAGAAATACGGT 719
||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 635 CAAACCGCATTGAACCTTGCCGTTGCTCTTGCTGAGAGTGGTGCTCTGGAGAAATACGGT 694
Query 720 GTTGAATTGATAGGAGCTAAGCTTGGTGCGATTAAGAAAGCTGAAGATCGTGAGTTGTTC 779
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 695 GTTGAATTGATTGGAGCTAAGCTTGGTGCGATTAAGAAAGCTGAAGATCGTGAGTTGTTC 754
Query 780 AAGGATGCGATGAAGAACATTGGGCTAAAGACTCCACCTTCAGGGATTGGGACCACTCTT 839
||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 755 AAGGAGGCCATGAAGAACATTGGACTAAAGACTCCACCTTCAGGGATTGGGAACACTCTT 814
Query 840 GATGAGTGTTTTGACATTGCTGAGAAAATTGGTGAGTTCCCTTTGATTATCCGTCCTGCG 899
| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 815 GGTGAGTGTTTCGACATTGCTGAGAGAATTGGTGAGTTCCCTTTGATTATCTGTCCTGCG 874
Query 900 TTTACTTTAGGTGGTACTGGTGGTGGAATTGCGTATAACAAAGAGGAGTTTGAGTCTATA 959
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 875 TTTACTTTAGGTGGTACTGGTGGTGGAATTGCGTATAACAAAGAGGAGTTTGAGTCCATT 934
Query 960 TGTAAATCGGGTTTGGCTGCGAGTGCGACAAGTCAAGTTCTTGTGGAGAAATCCTTGTTG 1019
|||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 935 TGTAAAGCGGGTTTGGCTGCGAGTGTGACAAGTCAAGTTCTTGTGGAGAAATCGTTGTTG 994
Query 1020 GGTTGGAAAGAATATGAGCTTGAGGTGATGAGAGACTTAGCTGACAATGTTGTCATTATC 1079
|||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 995 GGTTGGAAGGAATATGAACTTGAGGTGATGAGAGACTTAGCTGACAATGTTGTCATTATC 1054
Query 1080 TGTTCCATTGAGAATATTGATCCTATGGGTGTGCACACTGGTGATTCCATCACTGTGGCA 1139
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1055 TGTTCCATTGAGAATATTGATCCTATGGGTGTGCACACTGGTGATTCCATCACTGTGGCA 1114
Query 1140 CCTGCACAGACTCTAACGGATAGAGAGTACCAGCGGCTTAGGGATTATTCCATTGCGATT 1199
||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1115 CCTGCGCAGACTCTAACGGATAGAGAGTATCAGCGGCTTAGGGATTATTCCATTGCGATT 1174
Query 1200 ATACGGGAGATTGGTGTTGAGTGTGGTGGATCTAATGTGCAGTTTGCTGTCAACCCGGTT 1259
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1175 ATACGGGAGATTGGTGTTGAGTGTGGTGGATCTAACGTGCAGTTTGCTGTAAACCCGGTT 1234
Query 1260 GATGGTGAAGTTATGATCATAGAGATGAACCCTAGGGTCTCAAGATCTTCTGCTCTTGCT 1319
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1235 GATGGTGAAGTTATGATCATAGAGATGAACCCTAGGGTCTCGAGATCTTCTGCTCTTGCT 1294
Query 1320 TCCAAGGCTACAGGGTTTCCCATTGCTAAAATGGCTGCCAAGTTGTCTGTTGGCTATACC 1379
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1295 TCCAAGGCTACAGGGTTTCCCATTGCTAAAATGGCTGCCAAGTTGTCTGTTGGGTATACC 1354
Query 1380 TTGGATCAGATTCCTAATGATATCACGAGGAAAACACCGGCTAGCTTCGAGCCCTCCATC 1439
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1355 TTGGATCAGATTCCTAATGATATCACCAGGAAAACACCGGCTAGCTTCGAGCCCTCCATC 1414
Query 1440 GATTATGTGGTGACTAAGATTCCTCGATTTGCATTTGAAAAGTTTCCAGGATCTCAGCCA 1499
||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1415 GATTATGTGGTCACTAAGATTCCTAGATTTGCATTTGAAAAGTTTCCAGGATCTCAGCCC 1474
Query 1500 TTGCTAACGACCCAGATGAAATCTGTTGGGGAATCTATGGCTCTCGGCCGTACATTCCAA 1559
|||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1475 TTGCTAACGACCCAGATGAAATCTGTCGGGGAGTCTATGGCTCTCGGTCGTACATTCCAA 1534
Query 1560 GAATCTTTCCAGAAAGCTCTGAGGTCTCTGGAGTGTGGATTCTCGGGTTGGGGTTGTGCA 1619
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1535 GAATCTTTCCAGAAAGCTCTGAGGTCTCTGGAGTGTGGATTCTCGGGTTGGGGTTGTGCA 1594
Query 1620 AAAATTAAAGAGCTAGATTGGGACTGGGATCAGCTGAAATACAGCCTAAGAGTCCCAAAT 1679
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1595 AAAATTAAAGAGCTAGATTGGGACTGGGATCAGCTGAAATACAGCCTTAGAGTCCCAAAT 1654
Query 1680 CCTGACAGGATCCATGCGATATATGCTGCCATGAAAAAGGGTATGAAAATTGATGAAATC 1739
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1655 CCGGACAGGATCCATGCGATATATGCTGCCATGAAAAAGGGTATGAAGATTGATGAAATC 1714
Query 1740 TACGAGTTGAGCATGGTGGACAAGTGGTTCCTAACCCAGCTTAAAGAGCTCGTGGACGTC 1799
||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1715 TACGAGTTGAGCATGGTAGACAAGTGGTTTCTAACCCAGCTTAAGGAGCTCGTGGACGTG 1774
Query 1800 GAACAGTATCTTATGTCCGGAACCTTGTCAGAGATTACAAAAGAAGACCTTTACGAAGTC 1859
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1775 GAACAGTATCTTATGTCCGGACCCTTGTCAGAGATTACAAAAGAAGACCTGTACGAAGTC 1834
Query 1860 AAAAAGCGGGGATTTAGTGACAAGCAAATCGCTTTTGCTACAAAGACAACCGAGGAAGAA 1919
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1835 AAAAAGCGGGGATTTAGTGACAAGCAAATCTCTTTTGCTACAAAGACAACCGAGGAAGAA 1894
Query 1920 GTCCGTACCAAGCGGATTTCTCTAGGAGTTGTTCCATCTTACAAGAGAGTGGATACATGT 1979
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1895 GTCCGTACCAAGCGGATTTCTCTAGGAGTTGTTCCATCTTACAAGAGAGTGGATACATGT 1954
Query 1980 GCTGCAGAGTTCGAAGCGCATACACCATACATGTACTCTTCATATGATGTTGAATGTGAA 2039
||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1955 GCTGCAGAGTTTGAAGCACATACACCATACATGTACTCTTCATATGATTTTGAATGTGAA 2014
Query 2040 TCAGCTCCAAACAACAAGAAGAAGGTTTTGATTTTGGGTGGAGGGCCAAACCGCATTGGT 2099
||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2015 TCAGCACCAAACAGCAAGAAGAAGGTTTTGATTTTGGGTGGAGGCCCAAACCGCATTGGT 2074
Query 2100 CAAGGGATTGAATTTGATTACTGTTGTTGCCACACATCTTTCGCCTTACAGGATGCTGGA 2159
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2075 CAAGGGATTGAATTTGATTACTGTTGTTGCCACACATCTTTCGCCTTGCAGGATGCTGGA 2134
Query 2160 TATGAGACCATAATGTTGAACTCAAATCCTGAAACAGTATCCACAGATTATGATACAAGC 2219
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2135 TATGAGACCATAATGTTGAACTCAAATCCCGAAACAGTATCCACAGATTATGATACAAGC 2194
Query 2220 GATAGGCTCTATTTTGAACCTCTCACAATCGAGGATGTTCTCAATGTTATCGACCTTGAG 2279
|||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2195 GATAGGCTGTACTTTGAACCTCTCACAATCGAGGATGTTCTCAATGTTATCGACCTTGAG 2254
Query 2280 AAACCTGATGGCATAATAGTGCAATTTGGTGGTCAAACTCCTCTGAAACTTGCTCTGCCG 2339
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2255 AAACCTGATGGCATAATAGTGCAATTTGGTGGTCAAACTCCTCTGAAACTTGCTCTCCCG 2314
Query 2340 ATCAAACATTATTTGGATAAGCACATGCCCATGAGCTTGAGCGGAGCGGGACCTGTTCGC 2399
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2315 ATCAAACATTATTTGGATAAGCACATGCCCATGAGCTTGAGCGGAGCGGGACCTGTTCGC 2374
Query 2400 ATCTGGGGTACATCACCTGACTCCATTGACGCTGCTGAAGACAGAGAGAGGTTCAATGCA 2459
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2375 ATCTGGGGTACATCACCTGACTCCATTGACGCTGCTGAAGACAGAGAGAGGTTCAATGCA 2434
Query 2460 ATTCTCGACGAGCTGAAGATTGAGCAGCCCAAGGGAGGCATTGCAAAGAGCGAAGCTGAT 2519
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2435 ATTCTCGACGAGCTGAAAATTGAGCAGCCCAAGGGAGGCATTGCAAAGAGCGAAGCTGAT 2494
Query 2520 GCATTAGCCATAGCAAAGGAGGTAGGGTACCCAGTTGTGGTAAGACCTTCTTATGTTCTA 2579
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2495 GCATTAGCCATAGCAAAGGAGGTAGGCTACCCAGTTGTGGTAAGACCTTCTTACGTTCTA 2554
Query 2580 GGTGGACGAGCAATGGAGATCGTTTATGATGACAGTAGACTAATAACCTATTTGGAAAAT 2639
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2555 GGTGGACGAGCAATGGAGATCGTTTATGATGACAGTAGACTAATAACCTATTTGGAAAAT 2614
Query 2640 GCGGTACAAGTTGACCCAGAGAGACCTGTTTTGGTAGATAAATATCTTTCTGATGCCATT 2699
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 2615 GCGGTAGAAGTTGACCCAGAGAGACCTGTTTTGGTAGATAAATATCTCTCTGACGCCATT 2674
Query 2700 GAGATCGACGTTGATACCCTTACTGATTCCTATGGAAATGTGGTGATTGGTGGAATAATG 2759
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2675 GAGATCGACGTTGATACCCTTACTGATTCCTATGGAAATGTGGTGATTGGTGGAATAATG 2734
Query 2760 GAGCATATCGAACAAGCTGGTGTGCATTCTGGTGACTCAGCTTGTATGCTTCCAACACAA 2819
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 2735 GAGCATATCGAACAAGCCGGTGTGCATTCTGGTGACTCAGCGTGTATCCTTCCAACACAA 2794
Query 2820 ACCATCCCAGCTTCTTGTTTGCAAACTATTCGAACA-TGGACCACTAAGCTGGCGAAGAA 2878
||||||||| ||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2795 ACCATCCCATCTTCTTGTTTGCAAACTATCCGG-CAATGGACCACTAAGCTGGCGAAGAA 2853
Query 2879 GCTAAATGTATGTGGGCTGATGAACTGTCAGTACGCAATCACAACATCTGGGGATGtttt 2938
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2854 GCTAAATGTATGTGGGCTGATGAACTGTCAGTACGCAATCACAACATCTGGGGATGTTTT 2913
Query 2939 tttGCTGGAAGCCAATCCCCGAGCTTCCCGTACTGTCCCTTTTGTGTCAAAAGCCATTGG 2998
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2914 CTTGCTCGAAGCCAATCCCCGAGCTTCCCGTACTGTCCCTTTTGTCTCAAAAGCCATTGG 2973
Query 2999 ACACCCTCTTGCCAAGTATGCAGCGCTGGTCATGTCGGGCAAATCTCTCAAAGATCTTAA 3058
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2974 GCACCCTCTTGCCAAGTATGCAGCGCTGGTCATGTCGGGCAAATCTCTCAAAGATCTTAA 3033
Query 3059 CTTTGAAAAAGAAGTTATCCCTAAACATGTCTCTGTGAAAGAAGCTGTTTTCCCGTTTGA 3118
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3034 CTTTGAAAAAGAAGTCATCCCTAAACATGTCTCTGTGAAAGAAGCTGTTTTCCCGTTTGA 3093
Query 3119 GAAGTTCCAAGGATGCGATGTGATACTCGGGCCAGAGATGAGAAGCACAGGAGAAGTGAT 3178
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3094 GAAGTTCCAAGGATGCGATGTGATACTCGGGCCAGAGATGAGAAGCACAGGAGAAGTGAT 3153
Query 3179 GAGCATCAGTTCTGAATTCTCAAGTGCGTTTGCAATGGCTCAGATCGCTGCAGGTCAAAA 3238
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3154 GAGCATCAGTTCGGAATTCTCAAGTGCGTTTGCAATGGCTCAGATCGCTGCAGGTCAAAA 3213
Query 3239 GCTACC-TCTATCAGGCACAGTCTTCCTCAGCTTAAACGATATGACCAAACCGCACCTGG 3297
|||||| | || | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||
Sbjct 3214 GCTACCGT-TAACCGGCACAGTCTTCCTCAGCTTAAACGATATGACAAAACCTCACCTGG 3272
Query 3298 AGAAAATCGCGGTGTCCTTCCTCGAGCTTGGGTTCAAAATAGTTGCCACCTCGGGAACAG 3357
|||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||| ||||||||||| || ||||
Sbjct 3273 AGAAAATCGCGGTGTCTTTCCTCGAGCTCGGATTCAAAATCGTTGCCACCTCAGGTACAG 3332
Query 3358 CTCATTTCCTGGAACTGAAAGGCATTCCAGTGGAGAGAGTGTTGAAGTTGCATGAAGGAA 3417
|||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||| |||| |||||||
Sbjct 3333 CTCATTTCCTGGAACTGAAAGGCATTCCTGTAGAGAGAGTGCTGAAGCTGCACGAAGGAA 3392
Query 3418 GACCACATGCTGCTGATATGGTGGCGAATGGTCAGATCCATTTGATGTTGATCACAAGCT 3477
||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3393 GACCACATGCTGCTGATATGGTGGCTAATGGCCAGATCCATTTGATGTTGATCACAAGCT 3452
Query 3478 CGGGTGATGCTCTTGATCAGAAAGATGGGAGACAGCTCAGACAAATGGCTCTAGCATACA 3537
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 3453 CGGGCGATGCTCTTGATCAGAAAGATGGGAGACAGCTCAGACAAATGGCTCTAGCCTACA 3512
Query 3538 AGGTACCTGTTATAACCACTGTTGCTGGTGCATTGGCCACTGCTGAGGGAATCAAGAGCT 3597
|||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3513 AGGTCCCTGTTATAACCACTGTGGCTGGGGCATTGGCCACTGCTGAGGGAATCAAGAGCT 3572
Query 3598 TGAAGTCAAGTGCCATTAAAATGACCGCTCTTCAGGACTTCTTTGAGGTAAAGAATGTAT 3657
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3573 TGAAGTCAAGTGCCATTAAAATGACCGCTCTTCAGGACTTCTTTGAGGTAAAGAATGTAT 3632
Query 3658 CTTCTTTGCTCGTCTGAGTTAGtttttttgttgt--gtgtt-gatcgtttgtgtggaact 3714
|||||||||||||||||| |||||||||| || | ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 3633 CTTCTTTGCTCGTCTGAGATAGTTTTTTTTTTTTATGTGTTTGATCGTTTGTGTGGAACT 3692
Query 3715 tttttacgat----a--aa-ttttaacggattttgttACCCATAAGCATTTCTATGAATA 3767
|||||||||| | || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 3693 TTTTTACGATTTCGATTAAATTTTAACGGATTTTGTTTCCCATAAGCATTTCTATGAATA 3752
Query 3768 ATCTTCGAAAA-TGCAGCAAACTTGTGATTTATCAATCGGCTTTGTTCCTTTAATTCAGA 3826
||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 3753 ATCTTCGAAAAATGCAGCAAACTTGTGACTTATCAGTCGGCGTTGTTCCTGTAATTCAGA 3812
Query 3827 TATACACAAGCCTTTGATTGTATCAGGTCATGTAACGCTTGGCTTAAACTCGAGTTATGT 3886
|||| ||| | ||||||||||||| ||| | | | ||||||||||||||||||
Sbjct 3813 TATATACAGGTCTTTGATTGTATC----CAT-T---G---G-CTTAAACTCGAGTTATGT 3860
Query 3887 TCTATAAGATTG-TGCAATTGTAG 3909
||||||| |||| | |||||||||
Sbjct 3861 TCTATAAAATTGCT-CAATTGTAG 3883
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 147739498386
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5