BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G29940.1
Length=3887
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg313639 jgi|Araly1|313639|fgenesh1_pm.C_scaffold_1002419 5620 0.0
> Ahg313639 jgi|Araly1|313639|fgenesh1_pm.C_scaffold_1002419
Length=3567
Score = 5620 bits (3043), Expect = 0.0
Identities = 3388/3551 (95%), Gaps = 38/3551 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 150 ATGGTTGTGAACGCGAAAGACTCGACGGTTCCAACGATGGAAGACTTCAAGGAGCTTCAC 209
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 1 ATGGTTGTCAACGCGAAAGACTCGACGGTTCCAACGATGGAAGACTTGAAAGAGCTTCAC 60
Query 210 AATCTCGTTACTCATCATATAGAGTCTTTCGATTACATGACACTGAAAGGACTCGATGTT 269
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 61 AATCTCGTCACTCATCATATAGAGTCTTTCGATTACATGACACAGAAAGGACTCGATGTT 120
Query 270 ATGTTCAATCGAATCAAACCCGTTTCTGTTTACGATCCAAACACCGAGAATGAATTGAG- 328
||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||
Sbjct 121 ATGTTCAATCGAATCAAACCCGTTTCTGTCTACGATTCAAACACCGAGAACGAATTGAGC 180
Query 329 ------C-------------A-TTTGGTTAGAAAATCCTCTAGTATTTGCTCCACAGAAG 368
| | ||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||
Sbjct 181 AATATCCTTTTTTTTATGATACTTTGGTTAGAAAATCCTGTAGTATTCGCTCCTCAGAAA 240
Query 369 GAGAGTTTTAAATCAACATCAAGGAAAGAGCCTTTGCTTCCCTTTGAGTGTAGGCAAGCG 428
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 GAGAGTTTTAGATCAACATCAAGGAAAGAGCCTTTGCTTCCCTTTGAGTGTAGGCAAGCG 300
Query 429 AAGATTTCGTACACAGGAACGTTTATGGCTGATGTTTGCTTTAAGTATAATGATGGAGTC 488
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 AAGATTTCGTACACAGGAACGTTTATGGCTGATGTTTGCTTTAAGTATAATGATGGAGTC 360
Query 489 GTTGTTAGAGACAAG-TTTGATTTTGGGCAATTTCCTATTATGCTCATGTCAAAGCTTTG 547
||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 GTTGTGAGAGA-TAGATTTGATTTTGGGCAATTTCCTATTATGCTCATGTCAAAGCTTTG 419
Query 548 TAGCTTAAAGGGTGCTGATTGCCGGAAACTGTTAAAGTGTAAAGAGTCAACTTCTGAAAT 607
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 TAGCTTAAGGGGTGCTGATTGCCGGAAACTGTTAAAGTGTAAAGAGTCAACTTCTGAAAT 479
Query 608 GGGAGGGTACTTTATTTTGAATGGGATTGAGAGAGTGTTTCGATGTGTTATTGCACCAAA 667
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 480 GGGAGGGTACTTTATTTTGAATGGGATCGAGAGAGTGTTCCGATGTGTTATTGCACCAAA 539
Query 668 GCGGAACCATCCAACAAGTATGATTCGGAACTCATTCCGTGATCGTAAGGAAGGATACTC 727
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 540 GCGGAACCATCCAACAAGTATGATTCGGAACTCATTCCGTGATCGTAAGGAAGGATACAC 599
Query 728 TAG-CAAGGCAGTTGTCACTAGGTGTGTTAGGGACGACCAGTCATCTGTTACTGTTAAAC 786
| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||
Sbjct 600 T-GAAAAGGCAGTTGTCACTAGGTGTGTTAGGGACGACCAGTCATCTGTCACTGTAAAAC 658
Query 787 TGTATTATCTTCGCAATGGAAGTGCCAGAGTTGGATTTTGGATAGTGGGAAGGGAATATT 846
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 659 TGTATTACCTTCGCAATGGAAGTGCCAGAGTTGGATTTTGGATAGTGGGAAGGGAATATT 718
Query 847 TGCTTCCTGTCGGCCTTGTTCTCAAGGCTCTAACGAATTCCTGCGATGAGGAAATATACG 906
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 719 TGCTTCCTGTCGGCCTTGTTCTCAAGGCTCTCACGAACACCTGCGATGAGGAAATATACG 778
Query 907 AAAGCCTGAACTGTTGCTACAGTGAGCATTACGGAAGAGGGGATGGAGCTATTGGAACCC 966
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 779 AAAGCCTGAACTGTTGCTACAGTGAGCATTACGGAAGAGGCGATGGAGCTATTGGAACCC 838
Query 967 AACTTGTTCGTGAGAGAGCCAAAATTATTCTTGATGAAGTTCGAGACTTGGGTCTTTTTA 1026
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 839 AACTTGTTCGTGAGAGAGCCAAAATTATTCTAGATGAAGTTCGAGATTTGGGTCTTTTTA 898
Query 1027 CCCGTGAACAGTGCCGGAAGCACTTAGGACAGCATTTTCAACCTGTTCTTGATGGGGTaa 1086
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 899 CCCGTGAACAGTGCCGGAAGCACTTAGGACAGCATTTTCAACCTGTTCTTGATGGGTTAG 958
Query 1087 aaaaaGAAAGCCTTTCTATCGTTGCTGAAGCTGTGCTCAGGGATTATTTATTTGTTCACC 1146
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 959 AAAAAGAAAGCCATTCTATCGTTGCTGAAGCTGTGCTCAGGGATTATTTATTTGTTCACC 1018
Query 1147 TTGACAATGATCACGACAAGTTCAATTTGCTCATCTTCATAATTCAGAAGCTCTATTCTC 1206
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1019 TTGACAATGATCACGACAAGTTCAATTTGCTCATCTTCATAATTCAGAAGCTATATTCTC 1078
Query 1207 TGGTGGATCAGACTTCTTTACCTGACAATCCGGATTCTTTGCAAAATCAGGAAATTTTAG 1266
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1079 TGGTGGATCAGACTTCTTTACCTGACAATCCGGATTCTTTGCAAAATCAGGAAATTTTAG 1138
Query 1267 TCCCAGGTCACGTTATAACTATTTACCTCAAGGAAAAACTTGAAGAATGGCTGCGGAAGT 1326
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1139 TCCCAGGTCACGTTATAACTATTTACCTCAAGGAGAAACTTGAAGATTGGCTGCGGAAGT 1198
Query 1327 GTAAAAGTCTTCTTAAAGATGAGTTGGATAACACGAACTCAAAATTTTCCTTTGAAAGCC 1386
| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1199 GCAAAAGTCTTCTTAAAGATGAGTTGCTTAACACGAGCTCGAAATTTTCCTTTGAAAGCC 1258
Query 1387 TTGCTGATGTCAAGAAGCTTATTAACAAAAATCCTCCCAGGAGTATTGGTACGTCAATTG 1446
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1259 TTGCTGATGTCAAGAAGCTTATTAACAAAAATCCTCCCAGGAGTATTGGCACGTCAATTG 1318
Query 1447 AAACATTGTTAAAGACAGGAGCGTTGAAAACACAGTCTGGTTTGGATTTACAGCAGAGAG 1506
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1319 AAACATTGTTGAAGACAGGAGCGTTGAAAACACAGTCTGGTTTGGATTTACAGCAGAGAG 1378
Query 1507 CAGGTTACACTGTTCAGGCTGAGAGACTGAACTTTCTCCGTTTCCTTTCATTTTTCCGGG 1566
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1379 CAGGTTACACTGTTCAGGCTGAGAGATTGAACTTTCTCCGTTTCCTTTCATTTTTCCGGG 1438
Query 1567 CGGTTCATCGAGGTGCTTCTTTTGCTGGACTTCGTACAACAACTGTGAGGAAGCTGCTTC 1626
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1439 CGGTTCATCGAGGTGCTTCTTTTGCTGGGCTTCGTACAACAACTGTGAGGAAGCTGCTTC 1498
Query 1627 CTGAATCTTGGGGTTTTCTTTGCCCTGTTCACACTCCTGATGGAACACCTTGTGGATTAC 1686
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1499 CTGAATCTTGGGGTTTTCTTTGCCCTGTTCACACTCCTGATGGAACACCTTGTGGATTAC 1558
Query 1687 TGAATCATATGACTCGTACTAGCCGAATCACTTCTCAGTTCGATTCCAAGGGAAACATCA 1746
| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1559 TTAATCATATGACTTGTACTAGCCGAATTACTTCTCAGTTCGATTCCAAAGGAAACATCA 1618
Query 1747 GAGATTTTCTGAAAATAAGAAAGTCAGTTGTTGATGTTCTTACTGGGGCGGGTATGGTAC 1806
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1619 GAGATTTTCTGAAAATAAGAAAGTCAGTTGTTGAGGTTCTTACTGGGGCGGGTATGGTAT 1678
Query 1807 CTTCATTGCCAAAGCTAGTACGAGCTGGACCACCAAAAGTCATCCATGTTCTTTTAGATG 1866
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1679 CTTCATTGCCAAAGCTAGTACGAGCTGGACCACCAAAAGTCATTCATGTTCTTTTAGATG 1738
Query 1867 GTCAAGTTGTAGGCACGCTATCTTCTAACCTAGTCACGAAAG-TTGTCTCTTATATACGG 1925
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| | |||
Sbjct 1739 GTCAAGTTGTAGGCACGCTATCTTCTAACCTAGTCACG-AAGATTGTCTCTTATTTGCGG 1797
Query 1926 AGACTGAAAGTGGAGGCTCCTTCAGTGATTCCTGAAGACCTCGAAGTGGGATACGTACCT 1985
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1798 AGACTGAAAGTGGAGGCTCCTTCAGTGATTCCTGAAGACCTCGAAGTGGGATATGTACCT 1857
Query 1986 ACAAGCATGGGTGGATCTTACCCTGGATTGTATTTGGCATCATGTCCCGCAAGATTCATT 2045
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1858 ATAAGCATGGGTGGATCTTACCCTGGATTGTATTTGGCATCATGTCCCGCAAGATTCATT 1917
Query 2046 AGGCCTGTTAAAAATATATCTATACCTTCTGATAATATTGAACTGATTGGACCATTTGAA 2105
||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||
Sbjct 1918 AGGCCGGTTAAAAATATATCTATACCTTCTGAAAATATTGAATTGATTGGACCATTCGAA 1977
Query 2106 CAGGTTTTTATGGAAATAAGCTGTCCTGATGGTGGAAATGGAGGAAGGAATAACTCTTCC 2165
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1978 CAGGTTTTTATGGAAATAAGCTGTCCTGATGGAGGAAATGGAGGAAGGAATAACTCTTCC 2037
Query 2166 CTAGCAACTCACGAGGAAATTCATCCAACCGGGATGATAAGTGTGGTTGCTAATCTTACA 2225
| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2038 CCAGCAACTCATGAGGAAATTCATCCAACTGGGATGATAAGTGTGGTTGCTAATCTTACA 2097
Query 2226 CCTTGGTCAGATCATAACCAAAGTCCCCGTAACATGTATCAGTGTCAGATGGCGAAACAA 2285
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2098 CCTTGGTCAGATCATAACCAAAGTCCGCGTAACATGTATCAGTGTCAGATGGCGAAACAA 2157
Query 2286 ACCATGGCGTACTCTACTCAAGCACTCCAATTTCGTGCCGACCAGAAGATTTACCACCTG 2345
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2158 ACCATGGCATACTCTACTCAAGCACTCCAATTTCGTGCCGACCAGAAGATTTACCACCTG 2217
Query 2346 CAGACTCCTCAATCCCCTGTGGTCCGCACAAAAACATACACCACTTACAGTATTGATGAG 2405
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2218 CAGACTCCTCAATCCCCTGTGGTCCGCACAAAAACATACACCACTTACAGTATTGATGAG 2277
Query 2406 AATCCTACAGGGACTAATGCAATTGTTGCTGTCCTCGCACATACAGGATTTGATATGGAA 2465
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2278 AATCCTACAGGGACTAATGCAATAGTTGCTGTCCTCGCACATACAGGATTTGATATGGAA 2337
Query 2466 GACGCGATGATTTTGAACAAATCATCTGTGGAGCGGGGAATGTGCCATGGGCAAATATAC 2525
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2338 GACGCGATGATTTTGAACAAATCATCTGTGGAGCGGGGAATGTGCCATGGCCAAATATAC 2397
Query 2526 CAGACAGAAAATATTGATCTTTCAGATCAGAATAGCCGATTTGATAGTGGTTC-TAAAAG 2584
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||
Sbjct 2398 CAGACAGAAAATATTGATCTGTCAGATCAGAATAGCCGATATGATAGTGG-TCATAAAAG 2456
Query 2585 TTTTAGGAGGAGTACTA---ACAAAGCAGAACATTTTCGTATCGATGCTGATGGGTTACC 2641
||||||||||||||||| ||||| |||| |||| ||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2457 TTTTAGGAGGAGTACTATTGACAAATCAGATCATTCTCGTATCGACGCTGATGGGTTACC 2516
Query 2642 ATCTGTTGGACAGAAATTATATCCAGATGAGCCGTATTGTAGTATCTATGATGAGGTAAC 2701
|| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2517 ATATGTTGGACAGAAAATATATCCAGATGAGCCGTATTGTCGTATCTATGATGAGGTAAC 2576
Query 2702 TAACAAAAC-AAGGCACATGAAGCGTAAAGGTACCGACCCTGTCATAGTTGACTTTGTCT 2760
| | || | ||||| | ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2577 TGGC-AAGCAAAGGCTCTTGAAGGGAAAAGGTACCGACCCTGTCATAGTTGACTTTGTCT 2635
Query 2761 CTGTCGACATGAAAAGCAAGAAACATCCTCAAAGGGCGAATATTCG-TTTCCGGCATGCC 2819
|||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||
Sbjct 2636 CTGTTGACATGAAAAGCAAGAAACATCCTCAAAAGGCGAATATTCGATTT-CGGCATGCC 2694
Query 2820 AGAAACCCCATAATCGGTGACAAGTTCAGCAGTAGACATGGGCAAAAGGGTGTTTGTTCT 2879
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2695 AGAAACCCCATAATCGGTGACAAGTTCAGTAGTAGACATGGGCAAAAGGGAGTTTGTTCG 2754
Query 2880 CAATTGTGGCCTGATATTGACATGCCATTTAATGGAGTTACTGGAATGCGTCCAGATCTC 2939
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2755 CAATTGTGGCCTGATATTGAAATGCCATTTAATGGAGTTACTGGAATGCGTCCAGATCTC 2814
Query 2940 ATCATTAACCCGCATGCTTTCCCATCAAGAATGACAATTGCTATGCTTTTGGAATCTATT 2999
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2815 ATCATTAACCCGCATGCTTTCCCATCAAGAATGACAATTGCTATGCTTTTGGAATCTATT 2874
Query 3000 GCTGCTAAGGGAGGTAGTTTGCATGGAAAGTTTGTAGATGCAACACCGTTTCGTGATGCA 3059
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 2875 GCTGCTAAGGGAGGTAGTTTGCATGGAAAGTTTGTAGATGCAACGCCGTTTCGCGATGCA 2934
Query 3060 GTaaaaaaaaCAAACGGAGAAGAGGAGAGCAAGTCCAGTTTGCTTGTTGATGATCTTGGC 3119
||||| |||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2935 GTAAATAAAACAAATGGAGAAAAGGAAAGCAAGTCCAGTTTGCTTGTTGATGATCTTGGT 2994
Query 3120 TCCATGTTAAAGGAAAAAGGGTTCAACCATTATGGTACCGAGACATTGTATAGTGGGTAT 3179
|||||||||||||||||||| |||||| | ||||| |||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2995 TCCATGTTAAAGGAAAAAGGATTCAACTACTATGGGACCGAGACATTGTATAGTGGGTCT 3054
Query 3180 TTAGGAGTAGAACTGAAGTGTGAGATATTTATGGGGCCTGTTTACTACCAGAGACTGCGT 3239
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3055 CTAGGAGTAGAGCTGAAGTGTGAGATATTTATGGGGCCTGTTTACTACCAAAGACTGCGT 3114
Query 3240 CACATGGTCTCAGACAAATTCCAGGTTAGATCTACGGGACAAGTGGATCAGCTAACTCAT 3299
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3115 CATATGGTCTCAGACAAATTCCAGGTTAGATCTACGGGTCAAGTGGATCAGCTAACTCAT 3174
Query 3300 CAGCCAATAAAGGGAAGAAAACGAGGTGGTGGGATTCGGTTTGGTGAAATGGAGCGAGAC 3359
||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 3175 CAGCCAATAAAGGGAAGGAAACGAGGTGGAGGGATTCGATTTGGTGAAATGGAACGAGAC 3234
Query 3360 TCACTACTTGCTCATGGAGCCTCCTATCTATTACACGACAGGCTTCATACATCTTCAGAT 3419
||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3235 TCACTGCTTGCTCATGGAGCTTCCTATCTATTACACGACAGGCTTCATACTTCTTCAGAT 3294
Query 3420 CACCACATTGCAGATGTGTGTTCGCTATGTGGAAGCTTGCTCACATCATCTGTTGTGAAC 3479
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 3295 CACCACATTGCAGATGTGTGTTCTCTATGTGGAAGCTTGCTCACATCTTCGGTTGTGAAT 3354
Query 3480 GTTCAACAGAAGAAGCTTATTCAAGA-AATTGGAAAGTTACCTCCTGGTAGAACTCCAAA 3538
||||||||||||||||| ||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3355 GTTCAACAGAAGAAGCTGATTAAAGTTAAT-GGAAAGTTACCTCCTGGTAGAACTCCAAA 3413
Query 3539 GAAGGTAACTTGCTATTCTTGCAAGACAAGTAAAGGCATGGAAACAGTTGCAATGCCCTA 3598
||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3414 GAAGGTAACTTGCCATTCTTGCGGGACAAGTAAAGGCATGGAAACAGTTGCAATGCCCTA 3473
Query 3599 TGTGTTCAGGTACTTGGCTGCAGAGTTGGCTTCAATGAATATTAAGATGACTCTTCAGTT 3658
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 3474 TGTGTTCAGGTACTTAGCTGCAGAGTTGGCTTCAATGAATATTAAGATGACTCTTCAGCT 3533
Query 3659 AAGCGATAGAG 3669
|||||||||||
Sbjct 3534 AAGCGATAGAG 3544
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 146902231780
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5