BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT1G29940.1 Length=3887 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg313639 jgi|Araly1|313639|fgenesh1_pm.C_scaffold_1002419 5620 0.0 > Ahg313639 jgi|Araly1|313639|fgenesh1_pm.C_scaffold_1002419 Length=3567 Score = 5620 bits (3043), Expect = 0.0 Identities = 3388/3551 (95%), Gaps = 38/3551 (1%) Strand=Plus/Plus Query 150 ATGGTTGTGAACGCGAAAGACTCGACGGTTCCAACGATGGAAGACTTCAAGGAGCTTCAC 209 |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| Sbjct 1 ATGGTTGTCAACGCGAAAGACTCGACGGTTCCAACGATGGAAGACTTGAAAGAGCTTCAC 60 Query 210 AATCTCGTTACTCATCATATAGAGTCTTTCGATTACATGACACTGAAAGGACTCGATGTT 269 |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 61 AATCTCGTCACTCATCATATAGAGTCTTTCGATTACATGACACAGAAAGGACTCGATGTT 120 Query 270 ATGTTCAATCGAATCAAACCCGTTTCTGTTTACGATCCAAACACCGAGAATGAATTGAG- 328 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||| Sbjct 121 ATGTTCAATCGAATCAAACCCGTTTCTGTCTACGATTCAAACACCGAGAACGAATTGAGC 180 Query 329 ------C-------------A-TTTGGTTAGAAAATCCTCTAGTATTTGCTCCACAGAAG 368 | | ||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||| Sbjct 181 AATATCCTTTTTTTTATGATACTTTGGTTAGAAAATCCTGTAGTATTCGCTCCTCAGAAA 240 Query 369 GAGAGTTTTAAATCAACATCAAGGAAAGAGCCTTTGCTTCCCTTTGAGTGTAGGCAAGCG 428 |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 241 GAGAGTTTTAGATCAACATCAAGGAAAGAGCCTTTGCTTCCCTTTGAGTGTAGGCAAGCG 300 Query 429 AAGATTTCGTACACAGGAACGTTTATGGCTGATGTTTGCTTTAAGTATAATGATGGAGTC 488 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 301 AAGATTTCGTACACAGGAACGTTTATGGCTGATGTTTGCTTTAAGTATAATGATGGAGTC 360 Query 489 GTTGTTAGAGACAAG-TTTGATTTTGGGCAATTTCCTATTATGCTCATGTCAAAGCTTTG 547 ||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 361 GTTGTGAGAGA-TAGATTTGATTTTGGGCAATTTCCTATTATGCTCATGTCAAAGCTTTG 419 Query 548 TAGCTTAAAGGGTGCTGATTGCCGGAAACTGTTAAAGTGTAAAGAGTCAACTTCTGAAAT 607 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 420 TAGCTTAAGGGGTGCTGATTGCCGGAAACTGTTAAAGTGTAAAGAGTCAACTTCTGAAAT 479 Query 608 GGGAGGGTACTTTATTTTGAATGGGATTGAGAGAGTGTTTCGATGTGTTATTGCACCAAA 667 ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 480 GGGAGGGTACTTTATTTTGAATGGGATCGAGAGAGTGTTCCGATGTGTTATTGCACCAAA 539 Query 668 GCGGAACCATCCAACAAGTATGATTCGGAACTCATTCCGTGATCGTAAGGAAGGATACTC 727 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 540 GCGGAACCATCCAACAAGTATGATTCGGAACTCATTCCGTGATCGTAAGGAAGGATACAC 599 Query 728 TAG-CAAGGCAGTTGTCACTAGGTGTGTTAGGGACGACCAGTCATCTGTTACTGTTAAAC 786 | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| Sbjct 600 T-GAAAAGGCAGTTGTCACTAGGTGTGTTAGGGACGACCAGTCATCTGTCACTGTAAAAC 658 Query 787 TGTATTATCTTCGCAATGGAAGTGCCAGAGTTGGATTTTGGATAGTGGGAAGGGAATATT 846 ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 659 TGTATTACCTTCGCAATGGAAGTGCCAGAGTTGGATTTTGGATAGTGGGAAGGGAATATT 718 Query 847 TGCTTCCTGTCGGCCTTGTTCTCAAGGCTCTAACGAATTCCTGCGATGAGGAAATATACG 906 ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 719 TGCTTCCTGTCGGCCTTGTTCTCAAGGCTCTCACGAACACCTGCGATGAGGAAATATACG 778 Query 907 AAAGCCTGAACTGTTGCTACAGTGAGCATTACGGAAGAGGGGATGGAGCTATTGGAACCC 966 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 779 AAAGCCTGAACTGTTGCTACAGTGAGCATTACGGAAGAGGCGATGGAGCTATTGGAACCC 838 Query 967 AACTTGTTCGTGAGAGAGCCAAAATTATTCTTGATGAAGTTCGAGACTTGGGTCTTTTTA 1026 ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 839 AACTTGTTCGTGAGAGAGCCAAAATTATTCTAGATGAAGTTCGAGATTTGGGTCTTTTTA 898 Query 1027 CCCGTGAACAGTGCCGGAAGCACTTAGGACAGCATTTTCAACCTGTTCTTGATGGGGTaa 1086 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 899 CCCGTGAACAGTGCCGGAAGCACTTAGGACAGCATTTTCAACCTGTTCTTGATGGGTTAG 958 Query 1087 aaaaaGAAAGCCTTTCTATCGTTGCTGAAGCTGTGCTCAGGGATTATTTATTTGTTCACC 1146 |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 959 AAAAAGAAAGCCATTCTATCGTTGCTGAAGCTGTGCTCAGGGATTATTTATTTGTTCACC 1018 Query 1147 TTGACAATGATCACGACAAGTTCAATTTGCTCATCTTCATAATTCAGAAGCTCTATTCTC 1206 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 1019 TTGACAATGATCACGACAAGTTCAATTTGCTCATCTTCATAATTCAGAAGCTATATTCTC 1078 Query 1207 TGGTGGATCAGACTTCTTTACCTGACAATCCGGATTCTTTGCAAAATCAGGAAATTTTAG 1266 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1079 TGGTGGATCAGACTTCTTTACCTGACAATCCGGATTCTTTGCAAAATCAGGAAATTTTAG 1138 Query 1267 TCCCAGGTCACGTTATAACTATTTACCTCAAGGAAAAACTTGAAGAATGGCTGCGGAAGT 1326 |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 1139 TCCCAGGTCACGTTATAACTATTTACCTCAAGGAGAAACTTGAAGATTGGCTGCGGAAGT 1198 Query 1327 GTAAAAGTCTTCTTAAAGATGAGTTGGATAACACGAACTCAAAATTTTCCTTTGAAAGCC 1386 | |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||| Sbjct 1199 GCAAAAGTCTTCTTAAAGATGAGTTGCTTAACACGAGCTCGAAATTTTCCTTTGAAAGCC 1258 Query 1387 TTGCTGATGTCAAGAAGCTTATTAACAAAAATCCTCCCAGGAGTATTGGTACGTCAATTG 1446 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 1259 TTGCTGATGTCAAGAAGCTTATTAACAAAAATCCTCCCAGGAGTATTGGCACGTCAATTG 1318 Query 1447 AAACATTGTTAAAGACAGGAGCGTTGAAAACACAGTCTGGTTTGGATTTACAGCAGAGAG 1506 |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1319 AAACATTGTTGAAGACAGGAGCGTTGAAAACACAGTCTGGTTTGGATTTACAGCAGAGAG 1378 Query 1507 CAGGTTACACTGTTCAGGCTGAGAGACTGAACTTTCTCCGTTTCCTTTCATTTTTCCGGG 1566 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1379 CAGGTTACACTGTTCAGGCTGAGAGATTGAACTTTCTCCGTTTCCTTTCATTTTTCCGGG 1438 Query 1567 CGGTTCATCGAGGTGCTTCTTTTGCTGGACTTCGTACAACAACTGTGAGGAAGCTGCTTC 1626 |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1439 CGGTTCATCGAGGTGCTTCTTTTGCTGGGCTTCGTACAACAACTGTGAGGAAGCTGCTTC 1498 Query 1627 CTGAATCTTGGGGTTTTCTTTGCCCTGTTCACACTCCTGATGGAACACCTTGTGGATTAC 1686 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1499 CTGAATCTTGGGGTTTTCTTTGCCCTGTTCACACTCCTGATGGAACACCTTGTGGATTAC 1558 Query 1687 TGAATCATATGACTCGTACTAGCCGAATCACTTCTCAGTTCGATTCCAAGGGAAACATCA 1746 | |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 1559 TTAATCATATGACTTGTACTAGCCGAATTACTTCTCAGTTCGATTCCAAAGGAAACATCA 1618 Query 1747 GAGATTTTCTGAAAATAAGAAAGTCAGTTGTTGATGTTCTTACTGGGGCGGGTATGGTAC 1806 |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 1619 GAGATTTTCTGAAAATAAGAAAGTCAGTTGTTGAGGTTCTTACTGGGGCGGGTATGGTAT 1678 Query 1807 CTTCATTGCCAAAGCTAGTACGAGCTGGACCACCAAAAGTCATCCATGTTCTTTTAGATG 1866 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1679 CTTCATTGCCAAAGCTAGTACGAGCTGGACCACCAAAAGTCATTCATGTTCTTTTAGATG 1738 Query 1867 GTCAAGTTGTAGGCACGCTATCTTCTAACCTAGTCACGAAAG-TTGTCTCTTATATACGG 1925 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| | ||| Sbjct 1739 GTCAAGTTGTAGGCACGCTATCTTCTAACCTAGTCACG-AAGATTGTCTCTTATTTGCGG 1797 Query 1926 AGACTGAAAGTGGAGGCTCCTTCAGTGATTCCTGAAGACCTCGAAGTGGGATACGTACCT 1985 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 1798 AGACTGAAAGTGGAGGCTCCTTCAGTGATTCCTGAAGACCTCGAAGTGGGATATGTACCT 1857 Query 1986 ACAAGCATGGGTGGATCTTACCCTGGATTGTATTTGGCATCATGTCCCGCAAGATTCATT 2045 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1858 ATAAGCATGGGTGGATCTTACCCTGGATTGTATTTGGCATCATGTCCCGCAAGATTCATT 1917 Query 2046 AGGCCTGTTAAAAATATATCTATACCTTCTGATAATATTGAACTGATTGGACCATTTGAA 2105 ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||| Sbjct 1918 AGGCCGGTTAAAAATATATCTATACCTTCTGAAAATATTGAATTGATTGGACCATTCGAA 1977 Query 2106 CAGGTTTTTATGGAAATAAGCTGTCCTGATGGTGGAAATGGAGGAAGGAATAACTCTTCC 2165 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1978 CAGGTTTTTATGGAAATAAGCTGTCCTGATGGAGGAAATGGAGGAAGGAATAACTCTTCC 2037 Query 2166 CTAGCAACTCACGAGGAAATTCATCCAACCGGGATGATAAGTGTGGTTGCTAATCTTACA 2225 | ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2038 CCAGCAACTCATGAGGAAATTCATCCAACTGGGATGATAAGTGTGGTTGCTAATCTTACA 2097 Query 2226 CCTTGGTCAGATCATAACCAAAGTCCCCGTAACATGTATCAGTGTCAGATGGCGAAACAA 2285 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2098 CCTTGGTCAGATCATAACCAAAGTCCGCGTAACATGTATCAGTGTCAGATGGCGAAACAA 2157 Query 2286 ACCATGGCGTACTCTACTCAAGCACTCCAATTTCGTGCCGACCAGAAGATTTACCACCTG 2345 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2158 ACCATGGCATACTCTACTCAAGCACTCCAATTTCGTGCCGACCAGAAGATTTACCACCTG 2217 Query 2346 CAGACTCCTCAATCCCCTGTGGTCCGCACAAAAACATACACCACTTACAGTATTGATGAG 2405 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2218 CAGACTCCTCAATCCCCTGTGGTCCGCACAAAAACATACACCACTTACAGTATTGATGAG 2277 Query 2406 AATCCTACAGGGACTAATGCAATTGTTGCTGTCCTCGCACATACAGGATTTGATATGGAA 2465 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2278 AATCCTACAGGGACTAATGCAATAGTTGCTGTCCTCGCACATACAGGATTTGATATGGAA 2337 Query 2466 GACGCGATGATTTTGAACAAATCATCTGTGGAGCGGGGAATGTGCCATGGGCAAATATAC 2525 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 2338 GACGCGATGATTTTGAACAAATCATCTGTGGAGCGGGGAATGTGCCATGGCCAAATATAC 2397 Query 2526 CAGACAGAAAATATTGATCTTTCAGATCAGAATAGCCGATTTGATAGTGGTTC-TAAAAG 2584 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||| Sbjct 2398 CAGACAGAAAATATTGATCTGTCAGATCAGAATAGCCGATATGATAGTGG-TCATAAAAG 2456 Query 2585 TTTTAGGAGGAGTACTA---ACAAAGCAGAACATTTTCGTATCGATGCTGATGGGTTACC 2641 ||||||||||||||||| ||||| |||| |||| ||||||||| |||||||||||||| Sbjct 2457 TTTTAGGAGGAGTACTATTGACAAATCAGATCATTCTCGTATCGACGCTGATGGGTTACC 2516 Query 2642 ATCTGTTGGACAGAAATTATATCCAGATGAGCCGTATTGTAGTATCTATGATGAGGTAAC 2701 || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 2517 ATATGTTGGACAGAAAATATATCCAGATGAGCCGTATTGTCGTATCTATGATGAGGTAAC 2576 Query 2702 TAACAAAAC-AAGGCACATGAAGCGTAAAGGTACCGACCCTGTCATAGTTGACTTTGTCT 2760 | | || | ||||| | ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2577 TGGC-AAGCAAAGGCTCTTGAAGGGAAAAGGTACCGACCCTGTCATAGTTGACTTTGTCT 2635 Query 2761 CTGTCGACATGAAAAGCAAGAAACATCCTCAAAGGGCGAATATTCG-TTTCCGGCATGCC 2819 |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||| Sbjct 2636 CTGTTGACATGAAAAGCAAGAAACATCCTCAAAAGGCGAATATTCGATTT-CGGCATGCC 2694 Query 2820 AGAAACCCCATAATCGGTGACAAGTTCAGCAGTAGACATGGGCAAAAGGGTGTTTGTTCT 2879 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 2695 AGAAACCCCATAATCGGTGACAAGTTCAGTAGTAGACATGGGCAAAAGGGAGTTTGTTCG 2754 Query 2880 CAATTGTGGCCTGATATTGACATGCCATTTAATGGAGTTACTGGAATGCGTCCAGATCTC 2939 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2755 CAATTGTGGCCTGATATTGAAATGCCATTTAATGGAGTTACTGGAATGCGTCCAGATCTC 2814 Query 2940 ATCATTAACCCGCATGCTTTCCCATCAAGAATGACAATTGCTATGCTTTTGGAATCTATT 2999 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2815 ATCATTAACCCGCATGCTTTCCCATCAAGAATGACAATTGCTATGCTTTTGGAATCTATT 2874 Query 3000 GCTGCTAAGGGAGGTAGTTTGCATGGAAAGTTTGTAGATGCAACACCGTTTCGTGATGCA 3059 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| Sbjct 2875 GCTGCTAAGGGAGGTAGTTTGCATGGAAAGTTTGTAGATGCAACGCCGTTTCGCGATGCA 2934 Query 3060 GTaaaaaaaaCAAACGGAGAAGAGGAGAGCAAGTCCAGTTTGCTTGTTGATGATCTTGGC 3119 ||||| |||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2935 GTAAATAAAACAAATGGAGAAAAGGAAAGCAAGTCCAGTTTGCTTGTTGATGATCTTGGT 2994 Query 3120 TCCATGTTAAAGGAAAAAGGGTTCAACCATTATGGTACCGAGACATTGTATAGTGGGTAT 3179 |||||||||||||||||||| |||||| | ||||| |||||||||||||||||||||| | Sbjct 2995 TCCATGTTAAAGGAAAAAGGATTCAACTACTATGGGACCGAGACATTGTATAGTGGGTCT 3054 Query 3180 TTAGGAGTAGAACTGAAGTGTGAGATATTTATGGGGCCTGTTTACTACCAGAGACTGCGT 3239 |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 3055 CTAGGAGTAGAGCTGAAGTGTGAGATATTTATGGGGCCTGTTTACTACCAAAGACTGCGT 3114 Query 3240 CACATGGTCTCAGACAAATTCCAGGTTAGATCTACGGGACAAGTGGATCAGCTAACTCAT 3299 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 3115 CATATGGTCTCAGACAAATTCCAGGTTAGATCTACGGGTCAAGTGGATCAGCTAACTCAT 3174 Query 3300 CAGCCAATAAAGGGAAGAAAACGAGGTGGTGGGATTCGGTTTGGTGAAATGGAGCGAGAC 3359 ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||| Sbjct 3175 CAGCCAATAAAGGGAAGGAAACGAGGTGGAGGGATTCGATTTGGTGAAATGGAACGAGAC 3234 Query 3360 TCACTACTTGCTCATGGAGCCTCCTATCTATTACACGACAGGCTTCATACATCTTCAGAT 3419 ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 3235 TCACTGCTTGCTCATGGAGCTTCCTATCTATTACACGACAGGCTTCATACTTCTTCAGAT 3294 Query 3420 CACCACATTGCAGATGTGTGTTCGCTATGTGGAAGCTTGCTCACATCATCTGTTGTGAAC 3479 ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||| Sbjct 3295 CACCACATTGCAGATGTGTGTTCTCTATGTGGAAGCTTGCTCACATCTTCGGTTGTGAAT 3354 Query 3480 GTTCAACAGAAGAAGCTTATTCAAGA-AATTGGAAAGTTACCTCCTGGTAGAACTCCAAA 3538 ||||||||||||||||| ||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3355 GTTCAACAGAAGAAGCTGATTAAAGTTAAT-GGAAAGTTACCTCCTGGTAGAACTCCAAA 3413 Query 3539 GAAGGTAACTTGCTATTCTTGCAAGACAAGTAAAGGCATGGAAACAGTTGCAATGCCCTA 3598 ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3414 GAAGGTAACTTGCCATTCTTGCGGGACAAGTAAAGGCATGGAAACAGTTGCAATGCCCTA 3473 Query 3599 TGTGTTCAGGTACTTGGCTGCAGAGTTGGCTTCAATGAATATTAAGATGACTCTTCAGTT 3658 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 3474 TGTGTTCAGGTACTTAGCTGCAGAGTTGGCTTCAATGAATATTAAGATGACTCTTCAGCT 3533 Query 3659 AAGCGATAGAG 3669 ||||||||||| Sbjct 3534 AAGCGATAGAG 3544 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 146902231780 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5