BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G30240.2
Length=2723
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg473247 jgi|Araly1|473247|fgenesh2_kg.1__3201__AT1G30240.1 4130 0.0
> Ahg473247 jgi|Araly1|473247|fgenesh2_kg.1__3201__AT1G30240.1
Length=2728
Score = 4130 bits (2236), Expect = 0.0
Identities = 2377/2443 (97%), Gaps = 17/2443 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GTCTGTCCGCCACAATTCTAAAACCCTAATCTCACAAAAAACCCTAATCTCACAAAAACC 60
|||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||| |
Sbjct 1 GTCTGTCCGCCACAGTTCTAAAACCCTAATTTCGCAAAAAACCCTAA--T---------- 48
Query 61 CTCCTCTCTTCAT-CGACATCTCTCTTTCACTG-CTTCAATGGCGTCTTTTGAGCGTTTT 118
|| |||||||||| || |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 49 CT-CTCTCTTCATCCG-CATCTCTCTTTCAC-GACTTCAATGGCGTCTTTTGAGCGTTTT 105
Query 119 GACGACATGTGTGACCTGAGATTGAAACCTAAGATTCTCCGAAACCTTCTCTCCGAATAT 178
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 106 GACGACATGTGTGACCTGAGATTGAAACCTAAGATTCTCCGAAACCTTCTGTCCGAATAT 165
Query 179 GTTCCCAACGAGAAGCAGCCTCTCACCAACTTTCTATCACTCTCCAAGGTTGTATCAACC 238
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 166 GTTCCCAACGAGAAGCAGCCTCTCACCAACTTTCTATCACTCTCCAAGGTTGTTTCAACC 225
Query 239 ATCTCCACACACAAGCTCTTATCTGAGTCTCCTCCAGCTTCAATTGACCAGAAGCTTCAT 298
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 226 ATCTCCACACACAAGCTCTTATCTGAGTCTCCTCCAGCTTCAATTGACCAGAAGCTTCAT 285
Query 299 GCTAAATCGAAATCAGCCGTTGATGATTGGGTTGCTAGATTATCAGCTTTGATTTCTTCT 358
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 286 GCTAATTCGAAATCAGCCGTTGATGATTGGGTTGCTAGATTATTAGCTTTGATTTCTTCT 345
Query 359 GATATGCCGGATAAAAGCTGGGTGGGTATTTGTTTGATTGGAGTAACATGTCAAGAATGT 418
|||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 346 GATATGCCAGATAAAAGTTGGGTGGGTATTTGTTTGATTGGAGTAACATGTCAAGAATGT 405
Query 419 AGCTCAGATCGTTTCTTTAAGTCATACTCTGTTTGGTTTAACAGTTTATTATCACATCTT 478
||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 406 AGCTCAGATCGTTTCTTTAGGTCATACTCTCTTTGGTTTTACAGTTTATTATCACATCTT 465
Query 479 AAGAATCCAGCAAGTTCTAGAATTGTCCGAGTGGCTTCATGTACCTCAATCTCTGATCTA 538
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 466 AAGAATCCAGCAAGTTCTAGAATTGTCCGAGTGGCTTCATGTACCTCAATCTCTGATCTC 525
Query 539 CTTACAAGGCTGTCTAGATTTTCGAATACGAAGAAAGATGCAGTTTCACACGCTTCGAAA 598
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 526 CTTACAAGGCTGTCTAGATTTTCAAATACGAAGAAAGATGCAGTTTCACACGCTTCAAAA 585
Query 599 CTAATCCTGCCTATCATTAAATTATTGGATGAAGATTCTTCAGAAGCACTATTGGAAGGC 658
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 586 CTAATCCTGCCTATCATTAAATTATTGGATGAAGATTCTTCAGAAGCACTATTGGAAGGC 645
Query 659 ATTGTCCATCTGCTAAGTACAATTGTACTCTTGTTTCCTGCTGCCTTCCACAGTAATTAT 718
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 646 ATTGTCCATCTGCTAAGTACAATTGTACTCTTGTTTCCTGCTGCCTTCCACAGTAATTAT 705
Query 719 GACAAGATTGAAGCCGCTATTGCCTCCAAAATATTTTCGGCGAAAACCAGTTCTAATATG 778
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 706 GACAAGATTGAAGCCGCTATTGCCTCCAAAATATTTTCTGCGAAAACCAGTTCTAATATG 765
Query 779 TTAAAGAAATTTGCCCACTTTCTAGCATTGCTCCCCAAAGCTAAAGGTGACGAGGGCACC 838
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 766 TTAAAGAAATTTGCCCACTTTCTAGCATTGCTCCCCAAAGCTAAAGGTGACGAGGGCACC 825
Query 839 TGGTCCTTGATGATGCAAAAGCTGCTGATATCTATAAACGTACATTTAAATAATTTTTTC 898
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 826 TGGTCCTTGATGATGCAAAAGCTGCTGATATCTATAAACGTACATTTAAATAATTTTTTC 885
Query 899 CAAGGTCTAGAAGAAGAAACAAAAGGAACAAAAGCAATCCAACGATTGACTCCTCCTGGA 958
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 886 CAAGGTCTAGAAGAAGAAACAAAAGGAACAAAAGCAATCCAACGATTGACCCCTCCTGGA 945
Query 959 AAAGACTCTCCTTTGCCCCTCGGAGGTCAAAATGGGGGTTTGGATGATGCATCATGGAAC 1018
|||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 946 AAAGACTCTCCTTTGCCCTTGGGAGGTCAAAATGGGGGTTTGGATGATGCATCATGGAAC 1005
Query 1019 TCTGAACAATTGATTGTATCCAGAGTTTCTGCACTTATGTTCTGCACCTCAACGATGTTA 1078
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1006 TCTGAACAATTGATTGTATCCAGAGTTTCTGCACTTATGTTCTGCACCTCAACGATGTTA 1065
Query 1079 ACTACCTCGTACAAATCCAAGATTAATATTCCAGTTGGCTCATTGTTATCCCTTGTTGAG 1138
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1066 ACTACCTCGTACAAATCCAAGATTAATATTCCAGTTGGCTCATTATTATCCCTTGTTGAA 1125
Query 1139 CGAGTGCTGTTGGTGAACGGCTCTCTACCTCGAGCCATGTCACCCTTCATGACAGGGATC 1198
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1126 CGAGTGCTGTTGGTGAATGGCTCTCTACCTCGAGCCATGTCACCCTTCATGACAGGGATC 1185
Query 1199 CAACAAGAATTGGTTTGTGCAGAACTTCCAGCTTTGCATTCGTCTGCTCTGGAACTCTTG 1258
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1186 CAACAAGAATTGGTTTGTGCAGAACTTCCAGCTTTGCATTCGTCTGCTCTGGAACTCTTG 1245
Query 1259 TGCGCTACTTTAAAGAGTATCCGCAGCCAACTTTTACCATATGCTGCATCTGTGGTGAGA 1318
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1246 TGCGCTACTTTAAAGAGTATCCGCAGCCAACTTTTACCATATGCTGCATCTGTGGTGAGA 1305
Query 1319 CTTGTTAGTAGCTACTTCAGGAAATGTTCATTGCCAGAATTGAGGATAAAGCTCTACTCA 1378
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1306 CTTGTTAGTAGCTACTTCAGGAAATGTTCATTGCCAGAATTGAGGGTAAAGCTCTACTCA 1365
Query 1379 ATCACTACAACCTTACTCAAATCCATGGGTATAGGAATGGCAATGCAACTGGCACAGGAA 1438
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1366 ATCACTACAACCTTACTCAAATCCATGGGTATAGGAATGGCAATGCAACTGGCACAGGAA 1425
Query 1439 GTTGTCATTAATGCCTCTGTGGATCTAGACCAGACAAGTTTAGAAGCATTTGATGTGGCA 1498
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1426 GTTGTCATTAATGCCTCTGTGGATCTAGACCAGACAAGTTTAGAGGCATTTGATGTGGCA 1485
Query 1499 TCTAGCAAAAACCCCTCGCTTACTAATGGAGCTCTTCTTCAGGCTTGCAGTaaaaaaaGG 1558
|||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1486 TCTAGCAAAAACCCGTCGCTTACTAGCGGAGCTCTTCTTCAGGCTTGCAGTAAAAAAAGG 1545
Query 1559 AAGCATTCAGGAGTCGAGGCAGAAAATTCTGTTTTTGAATTGAGAATCCCTCACAATCAC 1618
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1546 AAGCATTCAGGAGTTGAGGCAGAAAATTCTGTTTTTGAAGTGAGAATCCCTCACAATCAC 1605
Query 1619 TTGAGAAGCCCGATTTCATTGAAAATAGCATCTCTTGAGGCACTGGAAACACTTCTCACC 1678
| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 1606 TCGAGAAGCCCGATTTCATTGAAGATAGCATCTCTTGAGGCTCTGGAAACTCTTCTCACC 1665
Query 1679 ATTGGTGGTGCATTGGGATCGGATAGCTGGAGAGAGTCTGTTGATAATCTTCTTCTGACC 1738
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1666 ATTGGTGGTGCATTGGGATCGGATAGCTGGAGAGAGTCTGTTGATAATCTTCTTCTGACC 1725
Query 1739 ACTGCAACAAATGCCTGTGAAGGGAGATGGGCCAATGCTGAAACCTACCATTGTTTACCC 1798
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1726 ACTGCAACAAATGCCTGTGAAGGGAGATGGGCCAATGCTGAAACCTATCATTGTTTACCC 1785
Query 1799 AATAAGTCTACGACGGATCTAGTTGAGTTTCAGCTTGCAGCACTCCGTGCCTTTTCGGCA 1858
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1786 AATAAGTCTACGACGGATCTGGTTGAGTTTCAGCTTGCAGCACTCCGTGCCTTTTCGGCA 1845
Query 1859 TCTCTCGTTTCTCCATCACGAGTACGCCCTGCATTTTTAGCTGAAGGACTTGAGCTTTTC 1918
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1846 TCTCTCGTTTCTCCATCACGAGTACGCCCTGCATTTTTAGCTGAAGGACTTGAGCTTTTC 1905
Query 1919 AGAACAGGTAAACTTCAGGCAGGAATGAAAGTTGCTGGATTCTGTGCTCACGCTCTCATG 1978
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1906 CGAACAGGTAAACTTCAGGCAGGAATGAAAGTTGCTGGGTTCTGTGCTCACGCTCTCATG 1965
Query 1979 TCCCTTGAAGTTGTTATACATCCGAGGGCACTTCCACTCGATGGCCTCCCGACACTTAGC 2038
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1966 TCCCTTGAAGTTGTTATACATCCGAGGGCACTTCCACTCGATGGCCTCCCGACACTTAGC 2025
Query 2039 AACCGATTTCCAGAGAGCAATTCTTTTGGCAGCGAAAAACACAACACACCTAATCTTAAT 2098
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2026 AACCGATTTCCAGAGAGCAATTCTTTTGGCAGCCAAAAACACAACACACCTAATCTGAAT 2085
Query 2099 AAGTTGAATGTTATTGCTCATGATGGTGATGATCTAGGCAATAGATGGCAGGCAAAGGCG 2158
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2086 AAGTTGAATGTTATTGCTCATGATGGTGATGATCTAGGCAATAGATGGCTGGCAAAGGCG 2145
Query 2159 GATGTTCCTTCTAACAATGCGATTCAGAGAACCTTAGACACGACTTTACCTCTCCAAGAG 2218
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||
Sbjct 2146 GATGTTCCTTCTAACAATGCGATTCAGAGAACCTTTGACTCGACTTTGCCTCTCCAAGAG 2205
Query 2219 AGCAACAGATTGAAAGTTGGGAATGATTTAGCTACTGTCGTGTCTTTGAGTGTCCAAGAT 2278
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2206 AGCAAAAGATTGAAAGTTGGGAATGATTTAGCTACTGTCGTGTCTTTGAGTGTCCAAGAT 2265
Query 2279 CATACAGATATAGTTGCATCAGAGAATGGTCAACAAGCTGATGTGCCTGAGAAGGTTCCT 2338
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2266 CATACAGATATAGTTGCATCAGAGAATGTTCAACAAGCTGATGTGCCTGAGAAGGTTCCT 2325
Query 2339 GAGGAATCTCTAGGACCGGTTACAGACAAAGATGTTACGGCTCCCAAAGATGGGTATGAA 2398
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2326 GAGGAATCTCTAGGACCGGTTTCAGACAAAGATGTTACGGCTCCCAAAGATGGGTATCAA 2385
Query 2399 GAAGTGGTGAGTGGGACTCAAGAGGGAGAGGATTTAGCGGTTA 2441
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 2386 GAAGTGGTGAGTGGGACTCAAGAGGGAAAGGATTTAGCGATTA 2428
Score = 446 bits (241), Expect = 5e-124
Identities = 283/301 (94%), Gaps = 11/301 (4%)
Strand=Plus/Plus
Query 2408 AGTGGGACTCAAGAGGGAGAGGATTTAGCGGTTAAAGACAGTCTGATGGAGGAAGCATCA 2467
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2428 AGTGGGACTCAAGAGGGAGAGGATTTAGCGTTTAAAGATAGTCTGATGGAGGAAGCATCA 2487
Query 2468 ATTGGTAAGAAGATAGAGTCCTTAGGGGAATCTGATGATGATCCTATTCCTAGTCTTCAG 2527
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2488 ATTGGTAAGAAGATAGAGTCCTTAGGGGAATCTGATGATGATTCTATTCCTAGTCTTCAG 2547
Query 2528 GAAGGTGATTTTCTCTCCTCTTCTTCTGATTCTGATTCTGATATTGAATCGTAATGCAAG 2587
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2548 GAAGGTGATTTTCTCTCTTCTTCTTCTGATTCTGATTCTGATATTGAATCGTAATGCAAG 2607
Query 2588 ACAAAAGAGTTCACAAC-C-GTCTTAGAAGAATTTTGTTTCT--AAGTTAAAGTTTTGA- 2642
||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2608 ACAAAAGAGTTCACAACTCTGTCTGAGAAGAATTTTGTTTCTTTAAGTTAAAGTTTTGAC 2667
Query 2643 TTAT-A-CA-AT--T-ATACCTCTTTTTTACTTGTAAGATGTTTCAAATATGTGAGAGTT 2696
|| | | || || | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2668 TTTTGATCATATGATTATACCTCTTTTTTACTTGTAAGATGTTTCAAATTTGTGAGAGTT 2727
Query 2697 T 2697
|
Sbjct 2728 T 2728
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 102729390765
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5