BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G30290.1
Length=2421
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg336125 jgi|Araly1|336125|fgenesh1_pg.C_scaffold_1002690 3714 0.0
> Ahg336125 jgi|Araly1|336125|fgenesh1_pg.C_scaffold_1002690
Length=2445
Score = 3714 bits (2011), Expect = 0.0
Identities = 2251/2363 (95%), Gaps = 31/2363 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGTTGAGTTTAAGGGTTAATCGGCTTCTTCGTAAACCCTTAATCCGATTTTCACCTTGC 60
||||||| |||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGTTGAATTTAAGGGTTAATCGGATTCTTCGTAGAGCCTTAATCCGATTTTCACCTTGC 60
Query 61 AT-AAGCTCTAA---TG--GC-GA--A-GCATCTTTCTCGACATCTTCGTCGAAACATCC 110
| || |||||| || || || | ||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 61 -TCAATCTCTAACGGTGAAGCTGATGATGCATCTTTCTCGACATCTTCGTCGAAAAATCC 119
Query 111 TCATGGTCCAGAGATAGAAGGAGATTCTTCTAGTCAAGAAGATGACCACTTTGGAGAGTT 170
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 120 TCATGGTCCAGAGATCCAAGGAGATTCTTCTAGTCAAGAAGATGGCCACTTTGGAGAGTT 179
Query 171 TAGGCAATTGGGTTTCGGAAAGTCTTCAGCTTTGAATGCTACGAGTGTTGGTGATCCTGA 230
|| |||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||
Sbjct 180 CAGCCAATTGGGTTTCCGAAAGTCACCAGCTTTGAGTGCTACGAGCGTTGGTGATGCTGA 239
Query 231 ATTCGGAGAAATTCGAAACCCTAGGTTCAATGAGATTGATGAATTAGGAGAAGATGACGA 290
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 240 ATTCGGAGAAATTCGAAACCCTAGGTTCAATGAGATTGATGAATTGGGAGAAGATGACGA 299
Query 291 TGATGAAGAAGGAAATGTAACAAGTGGCGACGAACTTGATGATGATAATGATGGTTTTGC 350
|||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||| |||| | |||||
Sbjct 300 TGATGAAGAAGGAAGTGTAACAAGTGGCGACGAA--TG-TGATG---ATGA--G-TTTGC 350
Query 351 TGTTCTGAAATC---------GATCCCACAATCGAGAGAAGAGGCTGGTAGATTCGATGT 401
|||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||
Sbjct 351 TGTTCTGAAATCGGTTGGGAAGATCCCACAATCGAGAGAAGACGTTGGTAGATTCGATGT 410
Query 402 CGAAGAAGATGAATCTAGACATCCTTTGGTGAGAGAGGTAGGTAGATTGATTGGCCTCAG 461
||||||||||||||| || |||||||||||||||||| | || || ||||||||||||||
Sbjct 411 CGAAGAAGATGAATCCAGGCATCCTTTGGTGAGAGAGATTGGGAGGTTGATTGGCCTCAG 470
Query 462 GTCATCTTGGAACCCGAAGCATGAAGGTCAGATGAGGAATCTTTTAAGGAGCCTTAAACC 521
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 471 GTCATCTTGGAACCCGAAGCATGAAGGCCAGATGAGGAATCTTTTAAGGAGTCTTAAACC 530
Query 522 ATCACAAGTATGCGCTGTTTTACGCTCACAAGACGATGAACGGGTTGCTCTTAAGTTCTT 581
||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 531 ATCACAAGTCTGTGCTGTTTTACGCTCACAAGACGATGAACGGGTTGCTCTTAAGTTCTT 590
Query 582 CTACTGGGCTGATCGTCAATGGCGGTATCGCCATGACCCCATGGTGTATTACTCGATGCT 641
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 591 CTACTGGGCCGATCGTCAATGGCGGTATCGCCATGACCCTATGGTGTATTACTCCATGCT 650
Query 642 TGAGGTTCTTAGTAAGACTAAACTGTGTCAAGGTTCTAGGAGAGTTCTCGTTCTGATGAA 701
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 651 TGAGGTTCTTAGTAAGACTAAACTGTGTCAAGGTGCTAGGAGAGTTCTCGTTCTGATGAA 710
Query 702 GCGTAGAGGTATATATCGAACCCCTGAAGCGTTTTCACGTGTAATGGTATCATATAGTAG 761
|||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 711 GCGTAGAGGTATCTATCGAACCCCTGAAGCGTTTTTGCGTGTAATGGTATCATATAGTAG 770
Query 762 GGCAGGTCAGCTGAGAGATGCATTGAAAGTGTTGACTCTTATGCAGAGAGCTGGAGTTGA 821
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 771 GGCAGGTCAGCTGAGAGATGCATTGAAAGTGTTGACTCTTATGCAGAGAGCTGGAGTTGA 830
Query 822 ACCTAACTTGTTGATTTGCAATACGACTATTGATGTTTTCGTTAGAGCGAATAGGTTGGA 881
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 831 ACCTAACTTGTTGATTTGCAATACGACTATTGATGTTTTCGTGAGAGCGAATAGGTTGGA 890
Query 882 GAAAGCTTTACGGTTTCTAGAACGTATGCAGGTTGTTGGTATAGTGCCAAATGTAGTGAC 941
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 891 GAAAGCTTTACGGTTTCTCGAACGTATGCAGGTTGTTGGTATAGTACCAAATGTAGTGAC 950
Query 942 TTATAATTGTATGATCAGAGGTTATTGTGACTTGCATCGAGTTGAGGAGGCAATTGAACT 1001
||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 951 TTATAATTGTATGATTAGAGGTTATTGTGACTTACATCGAGTTGAGGAGGCAATTGAACT 1010
Query 1002 ACTAGAGGATATGCATAGTAAAGGATGTTTGCCGGATAAAGTTAGTTACTATACCATAAT 1061
|||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1011 ACTAGAGGATATTCCTAGTAAAGGATGTTTGCCGGATAAAGTTAGTTACTATACCATAAT 1070
Query 1062 GGGCTATCTTTGTAAAGAAAAACGGATTGTGGAAGTGAGAGACTTGATGAAGAAAATGGC 1121
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1071 GGGCTATCTTTGTAAAGAAAAACGGATTGTGGAAGTGAGAGACTTGATGAAGAAAATGGC 1130
Query 1122 GAAAGAGCATGGTTTGGTGCCGGATCAAGTCACCTACAATACTCTAATTCATATGCTCAC 1181
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1131 GAAAGAGCATGGTTTGGTGCCGGATCAAGTCACCTACAATACTCTAATTCATATGCTCAC 1190
Query 1182 TAAACATGATCATGCGGATGAGGCTCTTTGGTTTCTAAAAGATGCTCAAGAAAAAGGTTT 1241
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1191 AAAACATGAACATGCGGATGAGGCTCTTTGGTTTCTAAAAGATGCTGAAGAAAAAGGTTT 1250
Query 1242 TCGGATTGATAAGCTGGGTTATAGTGCCATAGTTCATGCATTATGCAAAGAGGGAAGAAT 1301
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||
Sbjct 1251 TCGGATTGATAAGGTGGGTTATAGTGCCATAGTTCATGCATTGTGCAAAGAGGGAAAAAT 1310
Query 1302 GTCTGAGGCGAAAGATCTCATTAACGAAATGTTGTCAAAGGGGCACTGCCCTCCTGATGT 1361
||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1311 GTCCGAGGCAAAAGATCTCATTAACGAAATGCTGTCAAAGGGGCACTGCCCTCCTGATGT 1370
Query 1362 AGTAACTTATACTGCAGTTGTCAATGGCTTCTGTCGTTTGGGTGAAGTGGACAAAGCCAA 1421
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 1371 AGTAACTTATACTGCAGTTGTCAATGGCTTCTGTCGTTTGGGTGAGGTGGACAAAGCTAA 1430
Query 1422 AAAGCTACTTCAGGTTATGCACACACATGGACATAAACCAAATACTGTGTCATACACAGC 1481
|||||| |||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1431 AAAGCTGCTTCAGATTATGCACACTCATGGATATAAACCAAATACTGTGTCATACACAGC 1490
Query 1482 TCTGTTAAATGGGATGTGCCGAACTGGGAAATCGTTAGAGGCAAGAGAAATGATGAACAT 1541
||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1491 TCTGTTAAATGGGTTGTGCCGAACAGGGAAATCGTTAGAGGCAAGAGAAATGATGAACAT 1550
Query 1542 GAGCGAAGAGCACTGGTGGAGTCCAAATTCTATTACTTATAGCGTAATTATGCATGGGTT 1601
|||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1551 GAGCGAAGAGCAATGGTGGAGTCCAAATTCTATCACTTATAGCGTACTTATGCATGGGTT 1610
Query 1602 GCG-AAGGGAAGGGAAATTGTCTGAGGCCTGTGATGTGGTGAGAGAGATGGTACTAAAAG 1660
||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1611 GCGTAAGG-AAGGGAAATTGTCTGAGGCCTGTGATGTGGTGAGAGAGATGGTACTAAAAG 1669
Query 1661 GGTTTTTCCCAGGCCCAGTTGAAATTAACTTGTTGCTCCAGAGTCTTTGCCGGGATGGGA 1720
| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1670 GTTTTTTCCCAGGCCCAGTTGAAATTAATTTATTGCTCCAGAGTCTTTGCCGGGATGGGA 1729
Query 1721 GAACACACGAGGCCAGAAAATTCATGGAGGAGTGTCTGAACAAGGGTTGTGCTATTAATG 1780
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1730 GAACACACGAGGCCAGAAAATTCATGGAGGAGTGTCTGAACAAGGGTTGTGCTATTAATG 1789
Query 1781 TTGTGAATTTTACTACAGTGATTCATGGTTTTTGTCAGAACGATGAGCTAGATGCTGCTC 1840
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1790 TTGTGAATTTTACTACAGTGATTCATGGTTTTTGTCAGAACGATGAGCTAGATGCTGCTC 1849
Query 1841 TATCCGTGCTTGATGACATGTACCTGATCAACAAACACGCGGATGTCTTCACCTATACTA 1900
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1850 TATCCTTGCTTGATGACATGTACCTGATCAACAAACACGCGGATGTCTTCACCTATACTA 1909
Query 1901 CTTTAGTTGATACATTGGGGAAAAAAGGTAGAATAGCAGAAGCAACAGAACTTATGAAGA 1960
||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1910 CTTTAGTTGATGCATTGGGCAAAAAAGGTAGAATAGCAGAAGCAACAGAACTTATGAAGA 1969
Query 1961 AGATGCTTCATAAAGGAATTGATCCTACCCCTGTTACATACAGAACTGTCATCCATCGAT 2020
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1970 AGATGCTTCATAAAGGAATTGATCCTACCCCTGTTACATACAGAACTGTCATCCATCGAT 2029
Query 2021 ACTGCCAAATGGGAAAGGTTGATGATCTCGTGGCTATACTGGAGAAGATGATATCGAGGC 2080
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||
Sbjct 2030 ACTGCCAAATGGGAAAGGTTGATGATCTCGTGGCTATACTAGAGAAGATGATATTGAGGC 2089
Query 2081 AGAAATGCAGGACAATTTATAATCAAGTCATTGAGAAGCTCTGTGTTCTGGGAAAGCTCG 2140
||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||
Sbjct 2090 AGAAATGCAAGACAATTTATAATCAAGTCATTGAAAAGCTTTGTGATCTGGGAAAGCTCG 2149
Query 2141 AGGAGGCAGATACACTTTTGGGAAAAGTTCTGAGGACAGCTTCAAGATCTGATGCTAAGA 2200
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2150 AGGAGGCAGATAAACTTTTGGGAAAAGTTCTGAGGACAGCTTCAAGATCTGATGCTAAGA 2209
Query 2201 CATGTTATGCGCTTATGGAAGGCTATCTTAAGAAAGGTGTACCTCTGTCAGCATATAAAG 2260
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2210 CATGTTATGCGCTTATGGAAGGCTATCTTAAGAAAGGTGTACCTCTGTCAGCATATAAAG 2269
Query 2261 TAGCTTGTCGGATGTTTAACCGCAATCTGATACCTGATGTTAAGATGTGTGAGAAGCTTA 2320
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2270 TGGCTTGTCGGATGTTTAACCGCAATCTGATACCTGATGTTAAGATGTGTGAAAAGCTTA 2329
Query 2321 GCAAGAGACTGGTTCTGAAAGGT 2343
||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2330 GCAAGAGACTGGTTCTGGAAGGT 2352
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 91226136775
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5