BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G30330.2
Length=3827
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg473256 jgi|Araly1|473256|fgenesh2_kg.1__3210__AT1G30330.2 3134 0.0
> Ahg473256 jgi|Araly1|473256|fgenesh2_kg.1__3210__AT1G30330.2
Length=2977
Score = 3134 bits (1697), Expect = 0.0
Identities = 1892/1986 (95%), Gaps = 14/1986 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 717 ATGAGATTATCTTCAGCTGGGTTTAATCCTCAACCTCATGAAGTTACAGGAGAGAAAAGA 776
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGAGATTATCTTCAGCTGGGTTTAATCCTCAACCTCATGAAGTTACAGGAGAGAAAAGA 60
Query 777 GTTCTTAATTCTGAGCTCTGGCATGCTTGTGCTGGTCCTCTTGTCTCACTACCTCCTGTT 836
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 GTTCTTAATTCTGAGCTCTGGCATGCTTGTGCTGGTCCTCTTGTCTCACTACCTCCTGTT 120
Query 837 GGAAGCAGAGTTGTGTATTTTCCTCAAGGTCACAGTGAACAGGTTGCTGCTTCGACCAAC 896
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 121 GGAAGCAGAGTTGTGTATTTCCCTCAAGGTCACAGTGAACAGGTTGCTGCTTCGACTAAC 180
Query 897 AAAGAAGTAGATGCTCATATACCAAATTATCCGAGCTTGCATCCGCAGCTTATCTGTCAG 956
||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 AAAGAAGTAGATGCTCATATACCAAATTACCCGAGTTTGCATCCGCAGCTTATCTGTCAG 240
Query 957 CTTCATAATGTTACAATGCATGCTGATGTGGAGACTGATGAAGTCTATGCACAGATGACT 1016
||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 CTTCACAATGTCACAATGCATGCTGATGTGGAGACTGATGAAGTCTATGCACAGATGACT 300
Query 1017 TTGCAACCGTTGAATGCGCAAGAGCAAAAAGATCCTTACCTTCCCGCGGAATTAGGTGTC 1076
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||
Sbjct 301 TTGCAACCGTTGAATGCGCAAGAGCAAAAAGATCCCTACCTTCCGGCAGAATTAGGTGTC 360
Query 1077 CCAAGTAGACAGCCTACAAACTATTTCTGTAAAACTCTGACTGCTAGTGATACAAGCACT 1136
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 CCGAGTAGACAGCCTACAAACTATTTCTGTAAAACTCTGACTGCTAGTGATACAAGCACT 420
Query 1137 CACGGAGGTTTTTCTGTACCTCGCCGAGCTGCTGAGAAAGTTTTCCCTCCCTTGGATTAC 1196
|| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 421 CATGGAGGTTTCTCTGTACCTCGTCGAGCTGCTGAGAAAGTTTTCCCTCCCTTGGACTAC 480
Query 1197 TCGCAGCAGCCACCAGCTCAAGAGTTAATGGCGAGGGATCTGCATGATAATGAATGGAAG 1256
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 TCGCAGCAGCCTCCAGCTCAAGAGTTAATGGCGAGGGATCTGCATGATAATGAATGGAAG 540
Query 1257 TTCAGGCATATTTTCCGAGGCCAACCAAAGAGACATCTCCTTACCACGGGTTGGAGCGTA 1316
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 541 TTCAGGCATATTTTCCGAGGCCAACCAAAGAGACATCTCCTTACTACGGGTTGGAGCGTA 600
Query 1317 TTTGTGAGTGCTAAAAGGCTTGTTGCTGGTGACTCTGTTCTTTTCATCTGGAACGATAAG 1376
|| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 TTCGTGAGTGCTAAAAGGCTTGTTGCCGGTGACTCTGTTCTTTTCATCTGGAACGATAAG 660
Query 1377 AATCAATTACTTCTTGGTATAAGACGAGCCAACCGACCACAAACTGTCATGCCTTCATCT 1436
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||
Sbjct 661 AATCAATTACTTCTTGGTATAAGACGAGCCAACCGACCGCAAACTGTCATGCCTTCCTCT 720
Query 1437 GTTTTGTCAAGTGACAGTATGCATTTAGGCCTTCTTGCTGCAGCAGCTCATGCTGCCGCT 1496
||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 GTTCTGTCAAGTGACAGTATGCATTTAGGCCTTCTCGCTGCAGCAGCTCATGCTGCCGCC 780
Query 1497 ACAAACAGCCGATTCACCATCTTCTATAACCCGAGGGCGAGTCCATCAGAGTTTGTTATA 1556
|| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 781 ACTAACAGCCGATTCACCATATTCTATAACCCGAGGGCGAGTCCATCAGAGTTCGTTATA 840
Query 1557 CCCCTGGCTAAGTATGTGAAAGCGGTTTATCACACTCGCGTCTCTGTTGGTATGCGGTTT 1616
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 841 CCCCTGGCTAAGTATGTGAAAGCTGTTTATCACACTCGCGTCTCTGTTGGCATGCGGTTT 900
Query 1617 AGGATGCTGTTTGAAACTGAAGAATCTAGTGTTCGTCGGTACATGGGTACAATAACTGGC 1676
||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 AGGATGCTGTTTGAAACCGAAGAATCAAGTGTTCGTCGGTACATGGGTACAATAACTGGC 960
Query 1677 ATTTGTGATCTAGATCCTACTCGTTGGGCTAATTCGCATTGGCGATCTGTCAAGGTTGGG 1736
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 961 ATTTGTGATCTAGATCCTACTCGTTGGGCTAATTCGCATTGGCGGTCTGTCAAGGTTGGG 1020
Query 1737 TGGGACGAATCTACTGCAGGAGAGAGACAGCCAAGGGTTTCATTGTGGGAGATTGAGCCT 1796
|||||||| ||||||||||||||||| || || |||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1021 TGGGACGAGTCTACTGCAGGAGAGAGGCAACCGAGGGTTTCCTTGTGGGAGATTGAGCCT 1080
Query 1797 TTAACAACATTCCCTATGTATCCATCTCCTTTTCCTCTCAGGCTTAAACGGCCGTGGCCT 1856
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 1081 TTAACAACATTCCCTATGTATCCATCTCCTTTTCCTCTCAGGCTGAAACGTCCGTGGCCT 1140
Query 1857 CCTGGTCTCCCATCTTTCCATGGCCTTAAAGAAGATGATATGGGTATGAGTATGAGTTCA 1916
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 CCTGGTCTCCCATCTTTCCATGGCCTTAAAGAAGATGACATGGGTATGAGTATGAGTTCG 1200
Query 1917 CCGCTTATGTGGGATCGAGGACTCCAATCTCTAAACTTTCAAGGTATGGGAGTAAACCCG 1976
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1201 CCGCTTATGTGGGATCGAGGACTCCAGTCTCTAAACTTTCAAGGTATGGGAGGAAACCCG 1260
Query 1977 TGGATGCAGCCGAGACTTGATACGTCGGGCTTGCTTGGTATGCAAAATGATGTGTACCAA 2036
||||||||||| ||||||||| | ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1261 TGGATGCAGCCAAGACTTGATTCTTCGGGTTTGCTTGGTATGCAAAACGATGTGTACCAA 1320
Query 2037 GCAATGGCTGCAGCTGCCCTTCAAGACATGAGAGGCATTGATCCTGCAAAAGCTGCTGCT 2096
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1321 GCAATGGCTGCAGCTGCCCTTCAAGACATGAGAGGCATTGATCCCGCAAAAGCTGCTGCT 1380
Query 2097 TCACTTCTTCAGTTCCAAAATTCGCCGGGGTTCTCAATGCAATCTCCGTCCTTAGTgcag 2156
||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 TCACTTCTTCAGTTCCAAAATTCTTCAGGATTCTCAATGCAATCTCCGTCCTTAGTGCAG 1440
Query 2157 ccgcagatgctgcagcagcaactctctcagcagcagcaacaact-ctctcagcagcagca 2215
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||
Sbjct 1441 CCGCAAATGCTGCAGCAGCAACTCTCTCAGCAGCAGCAGCAACAACTCTCT-CAGCAGCA 1499
Query 2216 gcagcagcaacagctctcc-caacagcagcagcaacagc---tctctcaacagcagcagc 2271
|||||| | | ||||| || ||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||
Sbjct 1500 GCAGCA--A-CT-CTCTCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAACTCTCTCAGCAGCAGCAGC 1555
Query 2272 agca---gctctctcaacagcagcagcaacaactctctcagcagcagcagcaacagGCGT 2328
| || ||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 1556 AACAACAGCTCTCTCAGCAGCAGCAACAACAGCTCTCTCAGCAGCAGCAGCAACATGCAT 1615
Query 2329 ATCTTGGCGTTCCTGAAACCCACCAGCCTCAGTCTCAGGCTCAATCACAGTCAAACAATC 2388
|||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1616 ATCTCAGCGTTCCTGAAACCCACCAGCCTCAATCTCAGGCTCAATCACAGTCAAACAATC 1675
Query 2389 ATCTTTCTCAGCAGCAGCAGCAAGTAGTGGATAATCATAATCCGTCTGCGTCCAGTGCTG 2448
||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1676 ATCTTTCTCAGCAGCAGCAGCAAGTAGAGAATAATCACAATCCGTCTGCGTCCAGTGCTG 1735
Query 2449 CTGTTGTTTCCGCTATGTCTCAATTTGGTTCTGCTTCTCAGCCCAACACGTCACCACTCC 2508
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1736 CTGTTGTTTCCGCTATGTCTCAATTTGGTTCTGCTTCTCAGTCCAACACGTCACCACTCC 1795
Query 2509 AGTCCATGACCTCTCTGTGTCATCAGCAAAGCTTCTCCGATACCAACGGAGGAAACAATC 2568
|||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1796 AGTCCATGACTTCTCTGTGTCATCAACAAAGCTTCTCCGACACCAACGGAGGAAACAATC 1855
Query 2569 CTATTTCTCCACTTCACACTCTTCTCAGTAACTTCTCTCAAGACGAATCTTCTCAACTGC 2628
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1856 CTATTTCTCCGCTTCACACTCTTCTCAGTAACTTCTCTCAAGACGAGTCTTCTCAACTGC 1915
Query 2629 TCCACCTCACTAGAACAAACTCTGCAATGACTTCATCCGGTTGGCCATCAAAGCGTCCTG 2688
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1916 TCAACCTCACTAGAACAAACTCTGCAATGACTTCATCCGGTTGGCCATCAAAGCGTCCTG 1975
Query 2689 CA-GTT 2693
|| |||
Sbjct 1976 CATGTT 1981
Score = 1659 bits (898), Expect = 0.0
Identities = 965/996 (97%), Gaps = 9/996 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 2832 ATCGAGCAAGAAGGAAGCGCCTCAGACCCGCATAGCCATCTTCTCTTTGGAGTCAATATA 2891
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1984 ATCGAGCAAGAAGGAAGCGCCTCAGACCCGCATAGCCATCTTCTCTTTGGAGTCAACATA 2043
Query 2892 GATTCATCTTCTCTTTTGATGCCGAACGGAATGTCAAACCTTAGAAGCATTGGTATTGAA 2951
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2044 GATTCATCTTCTCTTTTGATGCCGAACGGAATGTCAAACCTTAGAAGCATTGGCATTGAA 2103
Query 2952 GGTGGTGACTCCACGACTTTACCCTTCACATCATCTAATTTCAACAATGATTTCTCGGGT 3011
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2104 GGTGGTGACTCCACGACTTTACCCTTCACATCATCTAATTTCAACAACGATTTCTCGGGT 2163
Query 3012 AATCTTGCAATGACAACACCTTCTAGTTGCATAGATGAATCGGGTTTTCTACAATCCTCA 3071
||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2164 AATCTTGCAATGACAACGCCTTCTAGTTGTATAGATGAATCGGGTTTTCTACAATCCTCA 2223
Query 3072 GAAAACCTCGGTTCCGAGAACCCACAATCTAACACCTTTGTGAAGGTGTACAAGTCAGGG 3131
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2224 GAAAACCTCGGTTCCGAGAACCCACAATCTAACACCTTTGTGAAGGTGTACAAGTCAGGG 2283
Query 3132 TCTTTTGGAAGATCGTTAGATATATCAAAGTTTAGCAGCTACCACGAGCTGCGAAGCGAG 3191
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2284 TCTTTTGGAAGATCGTTAGATATATCAAAATTTAGCAGCTACCACGAGCTGCGAAGCGAG 2343
Query 3192 CTTGCTCGCATGTTTGGCCTCGAAGGCCAATTAGAAGACCCTGTGAGATCAGGCTGGCAG 3251
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2344 CTTGCTCGCATGTTTGGCCTTGAAGGCCAATTAGAAGACCCTGTGAGATCAGGCTGGCAG 2403
Query 3252 CTTGTATTTGTTGACCGAGAGAACGACGTTCTTCTCCTCGGCGATGACCCTTGGCCGGAG 3311
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2404 CTTGTATTTGTTGACCGAGAGAACGACGTTCTTCTCCTCGGCGATGACCCTTGGCCGGCG 2463
Query 3312 TTTGTGAGCAGCGTGTGGTGCATTAAGATACTGTCACCACAAGAAGTGCAACAAATGGGA 3371
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2464 TTTGTGAGCAGCGTGTGGTGCATTAAGATACTGTCACCACAAGAAGTGCAGCAAATGGGT 2523
Query 3372 AAAAGAGGCCTTGAGCTTCTCAACTCCGCGCCATCTTCCAACAATGTCGATAAGCTCCCG 3431
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2524 AAAAGAGGCCTTGAGCTTCTCAATTCCGCGCCATCTTCCAACAATGTCGATAAGCTCCCG 2583
Query 3432 AGCAACGGGAACTGTGACGACTTTGGGAACCGGTCAGACCCGAGGAATCTCGGTAACGGT 3491
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2584 AGCAACGGGAACTGTGATGACTTTGGGAACCGGTCAGACCCGAGGAATCTCGGTAACGGT 2643
Query 3492 ATCGCATCAGTTGGGGGTTCATTCAACTACTAGAAGTAGATGGAAACCTCCC-TTTTTAT 3550
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||
Sbjct 2644 ATCGCATCAGTTGGGGGTTCGTTCAACTACTAGAAGTAGAAGGAAACC-CCCATTTTTAT 2702
Query 3551 TCAAGTTAAGTTTCAATCTTATAAATTAGTAGTGAGATCATCTTAGTTTAATTACTAGCA 3610
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2703 TCAAGTTAAGTTTCAATCTTATAAATTAGTAGTGAGATCCTCTTAGTTTAATTACTAGCA 2762
Query 3611 AAAATCTCTCTTTATTACTTAT-AAAAAAGGG-AGATTTGCCTTTGCCTTTGATGGAAAC 3668
||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||
Sbjct 2763 AAA-TCTCTCTTTATTACTTATTAAAAAAGGGGAGATATGCCTTTGCCTTTG-TGGAAAC 2820
Query 3669 AAAAA-CTATATAATCCCTCTGTCGACTCGTAATACTGTAATTATAAGATCTTTTGGTCT 3727
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2821 AAAAAACTATATAATCCCTCTGTCGACTCGTAATACTGTAATTATAAGATCTTTTGGTCT 2880
Query 3728 TTTTCTTATATGAATATTTTT-ACTGAACTCT-ATATATGTCACTTTCCTTACTCATTTC 3785
||||||||||||||||||||| ||| |||| | |||||||||| |||| ||||||| |||
Sbjct 2881 TTTTCTTATATGAATATTTTTTACTCAACTTTTATATATGTCATTTTCTTTACTCACTTC 2940
Query 3786 TTCAATCAATATGATAGTGAAGGGTTATTTTGGAGT 3821
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2941 TTCAATCAATATGATAGTGAAGTGTTATTTTGGAGT 2976
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 144618777400
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5