BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G30450.1
Length=3409
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg473269 jgi|Araly1|473269|fgenesh2_kg.1__3223__AT1G30450.1 5439 0.0
> Ahg473269 jgi|Araly1|473269|fgenesh2_kg.1__3223__AT1G30450.1
Length=3373
Score = 5439 bits (2945), Expect = 0.0
Identities = 3244/3385 (96%), Gaps = 33/3385 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATTCTCTGAAATCTGAAAAATCATCTCTTCTGAAAATTTTGTTTTCCGTTAATTCGTCGA 60
||||||||||||||||||||||||||||| | | | | |||||||||||||||| ||
Sbjct 1 ATTCTCTGAAATCTGAAAAATCATCTCTT-T---TA-TGT-TTTTCCGTTAATTCGTGGA 54
Query 61 GTCTCTCGATCTCCGTTCTCATCAGATTTC-AAACTCTCCGATCTCGGATTCCGACGAGA 119
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 55 GTCTCTCGATCTCCGTTCTCATCAGATTTCAAAACTCTCCGATCTCTGATTCCGACGAGA 114
Query 120 TATTAGTCTCATTGTCGAAAGAGATCTGTTCCGATACGGCGTGAGAAATGGATAGCGGCG 179
||| ||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 115 TATCAGTCTCATTGTTGAAAGAGATCTGTGCAGATACGGCGTGAGAAATGGATAGCGGCG 174
Query 180 ACATTGAAGAAGCCGGCGGGAATGGCGAAGAGGAATTCCGGTCAGGACCACGTCTCGGCG 239
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 175 ACATTGAAGAAGCCGGCGGTAATGGCGAAGAGGAATTCCGGTCAGGACCACGTCTCGGCG 234
Query 240 GTAGCAAATACAGACCGGTGGTGGCGCACGATAGAGCGGTTGTTGAGATGTCCTCCATCG 299
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 235 GAAGCAAATACAGACCGGTGGTGGCGCACGATAGAGCGGTTGTTGAGATGTCCTCCATCG 294
Query 300 ATCCTGGA---TCTTCCTCTTCCACCCTCAAGAACATAAAAGTAGTTGCACCAGGAGACG 356
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 295 ATCCTGGATCTTCTTCCTCTTCCACCCTCAAGAACATAAAAGTAGTTGCACCAGGAGACG 354
Query 357 TGGGCGCTGGTGTAAGGGGACCAGAAGATGGAGTCAATGGCCATCAGAAGGAATCCAAGC 416
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 355 TGGGCGCTGGTGTAAGGGGACCAGAAGATGGAGTCAATGGCCATCAGAAGGAATCCAAGC 414
Query 417 TGGAATTATTTGGTTTCGACTCTCTTGTGAATATTCTTGGCTTGAAGAGTATGACGGGGG 476
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 415 TGGAATTATTTGGTTTCGACTCTCTTGTGAATATTCTTGGCTTGAAGAGTATGACAGGGG 474
Query 477 AGCAAATTCAGGCACCATCTAGCCCTAGAGATGGGGAAGATATCTCCATCACGCAAGGGC 536
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 475 AGCAAATTCCGGCACCATCTAGCCCTAGAGATGGGGAGGATATCTCCATCACGCAAGGGC 534
Query 537 ACCCAAAGCCTCCTGCTCTCAAGATGGGTACAATGATGGGAGTTTTCGTTCCCTGCTTGC 596
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 535 ACCCAAAGCCTCCTGCTCTCAAGATGGGTACAATGATGGGAGTTTTCGTTCCCTGCTTGC 594
Query 597 AAAACATATTAGGAATTATATATTATATCCGTTTCACATGGATTGTTGGCATGGCTGGTA 656
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 595 AAAACATATTAGGAATTATATATTATATCCGTTTCACATGGATTGTTGGCATGGCTGGTA 654
Query 657 TCGGACAAGGCCTAGTATTGGTATTTCTTTGTGGCTTATGTACATTCTTGACGACAATAT 716
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 655 TCGGACAAGGCCTAGTATTGGTATTGCTTTGTGGCTTATGTACATTCTTGACGACAATAT 714
Query 717 CTTTGAGTGCTATTGCAACAAATGGTGCAATGAAGGGTGGAGGACCATATTACCTCATTG 776
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 715 CTTTGAGTGCTATTGCAACAAATGGTGCAATGAAGGGTGGAGGACCATATTACCTCATTG 774
Query 777 GTCGCGCTCTTGGTCCGGAAGTTGGGATTAGCATAGGTTTATGCTTTTTTCTTGGCAATG 836
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 775 GTCGCGCTCTTGGTCCGGAAGTTGGGATTAGCATAGGTTTATGCTTTTTTCTTGGCAATG 834
Query 837 CAGTTGCTGGAGCTCTGTATGTTTTGGGTGCTGTGGAGACTTTTCTAAAAGCATTCCCTG 896
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 835 CAGTTGCTGGAGCTCTGTATGTTTTGGGTGCTGTGGAGACTTTTCTAAAAGCATTCCCTG 894
Query 897 CTGCTGGGATTTTTAGAGAAACTATCACAAAGGTTAACGGAACAGCAGTTTCCGAATCAA 956
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 895 CTGCTGGGATTTTTAGAGAAACTATCACAAAGGTTAATGGAACAGCAGTTTCCGAATCAA 954
Query 957 TACAAAGCCCGAACTCACATGACTTGCAGGTTTATGGAATTGTTGTGACGATCCTTCTTT 1016
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 955 TACAAAGCCCGAACTCACATGACTTGCAAGTTTATGGAATTGTTGTGACGATCCTTCTTT 1014
Query 1017 GCTTCATTGTGTTTGGTGGCGTGAAGATGATCAATCGGGTTGCACCTGCTTTCCTCGTAC 1076
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1015 GCTTCATTGTGTTTGGTGGCGTGAAGATGATCAATCGGGTTGCACCTGCTTTCCTTGTAC 1074
Query 1077 CCGTTTTGCTCTCTATCTTCTGCATATTCATCGGGATATTTTTGGCAAAGACAGATGATC 1136
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1075 CCGTTTTGCTCTCTATCTTCTGCATATTCATCGGGATATTTTTGGCAAAGACAGATGATC 1134
Query 1137 CTGACAATGGAATTACGGGCTTGCGCTTAAAAAGCTTTAAAGACAACTGGGGTTCTGCTT 1196
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||
Sbjct 1135 CTGACAATGGAATTACGGGCTTGCGCTTAAAAAGTTTTAAAGATAATTGGGGTTCTGCTT 1194
Query 1197 ATCAAATGACAAATGATGCGGGAATTCCTGATCCAACTGGAGGGACGTACTGGAGTTTCA 1256
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1195 ATCAAATGACAAATGATGCGGGAATTCCTGATCCAACTGGAGGGACGTACTGGAGTTTCA 1254
Query 1257 ATGAGCTGGTGGGTCTATTTTTTCCTGCTGTAACAGGAATTATGGCTGGTTCAAATCGAT 1316
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1255 ATGAGCTGGTGGGTCTATTTTTCCCTGCTGTAACAGGAATTATGGCTGGTTCAAATCGAT 1314
Query 1317 CAGCTTCACTTAAAGATACACAAAAATCAATTCCTGTTGGTACATTGGCTGCCACTCTGA 1376
|||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1315 CAGCTTCACTTAAAGACACTCAAAAATCAATTCCTGTTGGTACATTGGCTGCCACTCTGA 1374
Query 1377 CCACAACCTCACTATATTTGATTTCTGTGTTGTTTTTTGGAGCTGTTGCGACCCGTGACA 1436
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1375 CCACAACCTCACTATATTTGATTTCTGTGTTGTTTTTTGGAGCTGTTGCGACCCGTGACA 1434
Query 1437 AACTTTTGACTGATAGGCTACTTACTGCTACAATTGCTTGGCCTTTCCCTGCCATTGTTC 1496
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1435 AACTTTTGACTGATAGGCTACTTACTGCTACAATTGCTTGGCCTTTCCCTGCCATTGTTC 1494
Query 1497 ACGTTGGAATCATCCTTTCAACCTTAGGTGCTGCTCTCCAGAGTTTGACAGGGGCACCAA 1556
||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1495 ACGTTGGAATCATACTTTCAACCTTAGGGGCTGCTCTCCAGAGTTTGACAGGGGCACCAC 1554
Query 1557 GGTTACTTGCCGCTATAGCAAATGATGATATTCTCCCCATCCTGAACTATTTCAAAGTTG 1616
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||
Sbjct 1555 GGTTACTTGCAGCTATAGCAAATGATGATATTCTCCCCATCCTGAATTATTTTAAAGTTG 1614
Query 1617 CAGATACTAGTGAACCTCATATAGCGACTCTCTTCACAGCATTTATCTGCATTGGATGTG 1676
||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1615 CAGATACTAGTGAACCTCACATAGCGACACTCTTCACAGCATTTATCTGCATCGGATGTG 1674
Query 1677 TTGTTATCGGAAATCTGGATCTTATCACACCTACTGTGACCATGTTTTATCTTTTGTGCT 1736
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1675 TTGTTATCGGAAATCTGGATCTTATCACACCGACTGTGACCATGTTTTATCTTTTGTGCT 1734
Query 1737 ATTCGGGAGTAAACTTGTCTTGTTTCCTGCTCGATCTTCTTGATGCTCCAAGTTGGCGTC 1796
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1735 ATTCGGGAGTAAACTTGTCTTGTTTCCTACTCGATCTTCTTGATGCTCCAAGTTGGCGTC 1794
Query 1797 CACGGTGGAAATATCATCATTGGAGCCTTTCCTTTGTTGGAGCCTCACTTTGCATAGTGA 1856
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1795 CACGGTGGAAATATCATCATTGGAGCCTTTCCTTTGTTGGAGCCGCACTTTGCATAGTGA 1854
Query 1857 TCATGTTCTTGATATCTTGGTCATTCACTGTGGTTGCCATTGCACTTGCAAGTCTTATAT 1916
||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1855 TCATGTTCTTGATTTCTTGGTCATTCACTGTGATTGCCATTGCACTTGCAAGTCTTATAT 1914
Query 1917 ACAAATACGTTGGCCTAAAAGGAAAGGCTGGGGACTGGGGGGATGGTTTCAAGAGTGCAT 1976
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1915 ACAAATACGTTGGCCTAAAAGGAAAGGCTGGGGACTGGGGGGATGGTTTCAAGAGTGCAT 1974
Query 1977 ATTTTCAGTTGGCCCTTCGTAGTCTCAGGTCACTCGGAGCGAATCAAGTGCACCCAAAGA 2036
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1975 ATTTTCAGTTGGCCCTTCGTAGTCTCAGGTCACTCGGAGCGAACCAAGTGCACCCAAAGA 2034
Query 2037 ACTGGTACCCAATTCCCCTTGTCTTCTGCAGACCGTGGGGACAGCTCCCGGAAAATGTTC 2096
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2035 ACTGGTACCCAATTCCCCTTGTTTTCTGCAGACCGTGGGGACAGCTTCCGGAAAATGTTC 2094
Query 2097 CATGTCACCCTAAGCTGGCTGATTTTGCTAACTGTATGAAGAAAAAAGGTCGTGGAATGT 2156
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2095 CGTGTCACCCTAAGCTGGCTGATTTTGCTAACTGTATGAAGAAAAAAGGTCGTGGAATGT 2154
Query 2157 CGATCTTTGTCTCAATTTTAGATGGTGACTACTATGAATGTGCTGAAGAAGCAAAGGAAG 2216
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2155 CGATCTTTGTCTCAATATTAGATGGTGACTACTATGAATGTGCTGAAGAAGCAAAGGAAG 2214
Query 2217 CTTGCAAACAATTAGCCACCTACATTGAGTATAAGCGTTGTGAAGGTGTAGCTGAAATCG 2276
||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2215 CTTGCAAACAATTGGCCACCTACATTGAGTACAAGCGTTGTGAAGGTGTAGCTGAAATCG 2274
Query 2277 TTGTAGCCCCAAACATGACTGAAGGGTTCCGTGGGATCATCCAGACGATGGGACTCGGAA 2336
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2275 TTGTAGCCCCAAACATGACCGAAGGGTTCCGTGGGATCATCCAGACGATGGGACTCGGAA 2334
Query 2337 ACCTCAAACCCAACATTGTGGTAATGAGGTACCCTGAGATCTGGCGCAGAGAAAATCTAA 2396
|||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2335 ACCTCAAACCCAACATCGTGGTAATGCGGTACCCTGAGATCTGGCGCCGAGAAAATCTAA 2394
Query 2397 CAGAGATTCCATCCACATTTGTTGGGATAATCAATGACTGCATAACAGCAAACAAAGCAG 2456
||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2395 CAGAGATTCCATCCACATTTGTTGGAATTATCAATGACTGCATAACAGCAAACAAAGCAG 2454
Query 2457 TTGTCATCATCAAAGGGTTAGACGAGTGGCCAAACGAGTACCAAAGACAGTATGGAACAA 2516
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2455 TTGTCATCATCAAAGGGTTAGACGAGTGGCCAAACGAGTACCAAAGACAGTATGGAACAA 2514
Query 2517 TCGACTTGTACTGGATTGTGAGAGATGGTGGTCTCATGCTTCTTCTCTCACAGCTTCTTC 2576
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2515 TCGACTTGTACTGGATTGTGAGAGATGGTGGTCTCATGCTTCTTCTCTCACAGCTTCTTC 2574
Query 2577 TGACAAAAGAAAGCTTCGAAAGCTGCAAAATCCAACTCTTCTGCATAGCTGAAGAGGATT 2636
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2575 TGACAAAAGAAAGCTTCGAAAGCTGCAAAATCCAACTCTTTTGCATAGCTGAAGAGGATT 2634
Query 2637 CAGACGCGGAAGCACTCAAAGCTGACGTGAAGAAGTTCCTCTACGATCTCAGAATGCATG 2696
|||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2635 CAGATGCGGAAGCACTCAAAGCCGACGTAAAGAAGTTCCTCTACGATCTCAGAATGCAAG 2694
Query 2697 CAGAAGTAATCGTGGTCACAATGAAATCATGGGACATAAGATCCGAAGGAAACAGCCAAG 2756
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2695 CAGAAGTAATCGTGGTCACGATGAAATCATGGGACATAAGATCCGAAGGAAACAGCCAAG 2754
Query 2757 AAGATTCATTGGAAGCTTTTGATGCTGCACAGAGACGAATCTCAGATTACTTGGGAGAGA 2816
| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2755 AGGATTCATTGGAAGCTTTTGATGCAGCACAAAGACGAATCTCAGATTACTTGGGAGAGA 2814
Query 2817 TCAAGAGACAAGGTTCGAATCCTTTGTTGGCTAATGGGAAACCGATGGTGGTGAATGAGC 2876
|||||||||| ||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2815 TCAAGAGACAGGGTTCGAATCCGTTATTGGCAAATGGGAAACCGATGGTGGTGAATGAGC 2874
Query 2877 AACAAGTGGAGAAGTTTCTTTACACAATGCTGAAACTGAACTCAACCATTCTGAGTTATT 2936
| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| |
Sbjct 2875 AGCAAGTGGAGAAGTTTCTATACACAATGCTGAAACTGAACTCGACCATACTCAGTTACT 2934
Query 2937 CGAGAATGGCCGCAGTGGTTCTGGTTAGTCTCCCGCCACCTCCGTTGAATCACCCGGCGT 2996
|||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |
Sbjct 2935 CGAGGATGGCTGCGGTGGTTCTGGTTAGTCTCCCGCCACCTCCGTTGAACCACCCCGCAT 2994
Query 2997 ATTTCTACATGGAATATATGGATTTGCTGGTGGAGAATGTGCCAAGGATGTTGATCGTAA 3056
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2995 ATTTCTACATGGAATATATGGATTTGCTGGTGGAGAATGTGCCAAGGATGTTGATCGTAA 3054
Query 3057 GAGGGTATCACAGAGACGTTGTTACTTTGTTTACATAGTTTAAATCTCAATTTTATACCA 3116
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||
Sbjct 3055 GAGGGTATCACAGAGACGTTGTTACTTTGTTTACATAGTTCAA-TCTCA-TTTTATACCC 3112
Query 3117 ACCATGAGCATCAAAAAGCCTGCCCTTCAAGATAGAACAATTTATGAGGTTGTATCCTGA 3176
|||| || |||||||||||||||| |||||||||||| | ||| ||||||||||| ||||
Sbjct 3113 ACCAAGAACATCAAAAAGCCTGCCTTTCAAGATAGAATA-TTTCTGAGGTTGTATTCTGA 3171
Query 3177 GGCAGAT-CAATACATTTCC-TCTCCTGGAT-T--ATATCTCCCGACTTTTGGAAGATTT 3231
| || || |||||||||||| |||| ||||| | |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3172 GACA-ATTCAATACATTTCCCTCTCATGGATATGGATATCTCCTGACTTTTGGAAGATTT 3230
Query 3232 TGCTAAAACTACCTATGGTTTTTAC-CCGTATTATTTC-ACCGCTCACTAATTTTTCATG 3289
|| | || || || | | | || || ||| | | |||||||||| ||||||||||
Sbjct 3231 TGAGATAATTAGCT-TCATCTAAACACC-TATGGTCACCACCGCTCACTTATTTTTCATG 3288
Query 3290 TTCATAAAA----T-----TCTTCAAAATTACATGGATTATTTTCACCATATGTGAAACG 3340
|| ||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||
Sbjct 3289 TTTTTAAAAAAGATAAAAATCTTCAAAATTACATGGATTATTCTCACCAGATGTGAAACG 3348
Query 3341 ACATGA-GATTATGTTAACATGATG 3364
| | | ||||||||||||||||||
Sbjct 3349 AGAAAAAGATTATGTTAACATGATG 3373
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 128710711886
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5