BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G30570.1
Length=2550
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg473286 jgi|Araly1|473286|fgenesh2_kg.1__3240__AT1G30570.1 3145 0.0
> Ahg473286 jgi|Araly1|473286|fgenesh2_kg.1__3240__AT1G30570.1
Length=2514
Score = 3145 bits (1703), Expect = 0.0
Identities = 1850/1922 (96%), Gaps = 5/1922 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 632 TTGGTGGAAGTGAAGTGGAGCTTGGTTT-GGGTGGACGAGGGATTGAAACTATGTATAGG 690
|||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 595 TTGGTGGAAGTGAAGTGGAGCTTGGTTTGGGGCGGACGCGGAATTGAAACTATGTATAGG 654
Query 691 CTAAACGTTGGTGGTCCCAAGCTAGGTCCAAGCAAAGATCTTAAGCTTTATAGAACATGG 750
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 655 CTAAACGTTGGTGGTCCCAAGCTAGGTCCAAGCCAAGATCTTAAGCTTTATAGAACATGG 714
Query 751 GAAACAGATTTAAGCTACATGGTGATTGAGAACGCTGGTGTAGAAGTCAAGAACAGCTCA 810
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 715 GAAACAGATTTAAGCTACATGGTGATTGAGAACGCCGGTGTAGAAGTCAAGAACAGCTCA 774
Query 811 AATATCACATATGCTTTGGCTGATGATTCTCCTGTGGCTCCTCTTCTTGTTTATGAAACT 870
|| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 775 AACATCACATATGCTATGGCTGATGATTCGCCTGTGGCTCCTCTTCTTGTTTATGAAACT 834
Query 871 GCTAGGATGATGTCAAACACTGAAGTCTTGGAGAAACGGTTCAACATTTCTTGGAAGTTT 930
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 835 GCTAGGATGATGTCAAACACTGAAGTCTTGGAGAAACGGTTCAACATTTCTTGGAAATTT 894
Query 931 GAAGTTGATCCTAATTTCGACTACTTGGTTAGGCTTCATTTCTGTGAGCTTCTTGTTGAT 990
||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 895 GAAGTGGATCCTAATTTCGACTACTTGGTCAGGCTTCATTTCTGTGAGCTTCTTGTTGAT 954
Query 991 AAGCAAAACCAGAGGATTTTCAGGATATACATAAACAACCAGACGGCTGCTGGTAATTTC 1050
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 955 AAGCAAAACCAGAGGATATTCAGGATATACATAAACAACCAGACGGCTGCTGGTAATTTC 1014
Query 1051 GATATATTTGCTCACGCGGGCGGGAAGAACAAAGGTATATATCAAGATTACTTGGATCCG 1110
||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 1015 GATATCTTTGCTCATGCGGGCGGGAAGAACAAAGGTATTTATCAAGATTACTTTGATCCG 1074
Query 1111 GTCTCCTCTAAGAACGACGTTCTCTGGATTCAACTTGGACCTGACTCATCTGTTGGTGCT 1170
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1075 GTCTCCTCTAAGAACGACGTTCTCTGGATTCAACTCGGACCTGACTCATCTGTCGGTGCT 1134
Query 1171 TCTGGAGACGCTCTTCTGAGTGGTCTTGAGATTTTCAAGCTCAGCAAAAATGGGAATCTT 1230
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1135 TCTGGAGATGCTCTTCTGAGTGGTCTTGAGATTTTCAAGCTCAGCAAAAATGGGAATCTT 1194
Query 1231 GCTCATCTCATCAGGTTTGATTCGACTGGTCACTCGGTAAGTGACTCGAAGATGCGGATT 1290
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1195 GCTCATCTCATCAGGTTTGATTCCACTGGTCACTCGGTAGGTGACTCGAAGATGCGGATT 1254
Query 1291 ATTTGGATCAGTGTTGGTGCTGGTATAGCAATTATCAtttttttCGTGTTCTTGGGAATC 1350
||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1255 ATTTGGATCAGTGTTTGTGCTGGTATAGCAACTATCATTTTTTTCGTGTTCTTGGGAATC 1314
Query 1351 TTGGTAGTATGTTTATGCAAGAAAAGGCGAAGCAAATCAGATGAGTCGAAAAACAATCCT 1410
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||
Sbjct 1315 TTGGTAGTATGTTTATGCAAGAAAAGGCGAAATAAATCAAATGAGTCCAAAAACAATCCT 1374
Query 1411 CCCGGGTGGCGTCCGTTGTTTTTGCATGTCAATAACAGTACTGCAAACGCCAAAGCAACG 1470
|||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1375 CCCGGGTGGCGTCCTTTGTTCTTGCATGTCAATAACAGTACTGCAAACGCCAAAGCAACA 1434
Query 1471 GGAGGCTCGCTGAGACTGAACACTCTTGCAGCATCTACAATGGGAAGGAAGTTTACACTA 1530
||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1435 GGAGGCTCGCTGAGACTAAACACTCTTGCGGCATCTACAATGGGTAGGAAGTTTACACTA 1494
Query 1531 GCCGAGATTCGTGCAGCAACTAAGAACTTTGATGATGGTTTAGCTATTGGAGTTGGAGGG 1590
||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1495 GCCGAGATTCGTGCAGCCACCAAGAACTTTGATGATGGTTTAGCTATTGGAGTTGGAGGG 1554
Query 1591 TTTGGTAAGGTTTACAGAGGAGAGCTTGAAGATGGAACACTCATAGCTATAAAACGAGCC 1650
|| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1555 TTCGGTAAGGTCTACAGAGGAGAGCTTGAAGATGGAACCCTCATAGCTATAAAACGAGCC 1614
Query 1651 ACCCCACATTCTCAGCAAGGGCTTGCTGAATTCGAAACCGAGATCGTGATGCTCTCAAGA 1710
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 1615 ACCCCACATTCTCAGCAAGGACTTGCTGAATTCGAAACCGAGATCGTCATGCTTTCAAGA 1674
Query 1711 CTTAGGCATAGGCATCTTGTGTCTTTGATCGGGTTCTGCGATGAGCACAATGAGATGATC 1770
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1675 CTTAGGCATAGGCATCTTGTGTCTTTGATCGGGTTCTGCGATGAGCACAATGAGATGATC 1734
Query 1771 TTGGTTTATGAATACATGGCAAATGGAACTCTCAGGAGTCATCTCTTTGGAAGCAACCTT 1830
|||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1735 TTGGTTTATGAATACATGGCAAATGGGACTCTGAGGAGTCATCTATTTGGAAGCAACCTT 1794
Query 1831 CCGCCATTATCATGGAAGCAACGGCTTGAAGCTTGTATAGGCTCTGCGAGAGGATTGCAT 1890
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1795 CCTCCATTATCATGGAAGCAACGGCTTGAAGCTTGTATAGGCTCTGCGCGAGGATTGCAT 1854
Query 1891 TACCTTCACACAGGGTCAGAGAGAGGAATCATTCACAGAGATGTCAAAACAACAAACATA 1950
|||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1855 TACCTTCACACAGGCTCTGAGAGAGGAATCATTCACAGAGATGTCAAAACAACAAACATA 1914
Query 1951 CTATTAGACGAGAACTTTGTGGCAAAGATGTCTGATTTTGGGCTGTCGAAAGCTGGACCG 2010
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1915 CTACTAGACGAGAACTTTGTGGCAAAGATGTCTGATTTTGGGCTGTCCAAAGCTGGACCG 1974
Query 2011 TCCATGGACCATACTCATGTGAGTACAGCTGTGAAAGGAAGTTTTGGTTATCTTGATCCT 2070
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 1975 TCCATGGACCATACTCATGTCAGTACAGCTGTGAAAGGAAGTTTCGGGTATCTTGATCCT 2034
Query 2071 GAATACTTTAGAAGGCAACAGTTAACAGAGAAGTCAGATGTTTACTCTTTTGGTGTTGTG 2130
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2035 GAATACTTTAGAAGGCAACAGTTAACAGAGAAGTCAGATGTTTACTCTTTTGGTGTTGTG 2094
Query 2131 TTGTTCGAAGCTGTTTGTGCTCGAGCTGTTATAAACCCAACTTTGCCTAAAGACCAGATC 2190
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2095 TTGTTCGAAGCTGTTTGTGCTCGAGCTGTTATAAACCCGACTTTGCCTAAAGACCAGATC 2154
Query 2191 AACCTTGCGGAATGGGCTTTAAGCTGGCAAAAACAGAGAAAC-CTCGAGTCCATCATCGA 2249
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||
Sbjct 2155 AACCTTGCGGAATGGGCTTTAAGCTGGCAAAAACAGAGAT-CTCTCGAGTCTATCATCGA 2213
Query 2250 CTCAAATCTGAGGGGAAACTACAGTCCTGAATCGTTGGAGAAGTATGGGGAGATAGCAGA 2309
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2214 CCCAAATCTGAGGGGAAACTACAGTCCTGAATCGTTGGAGAAGTATGGGGAGATAGCAGA 2273
Query 2310 GAAGTGCTTAGCGGATGAAGGGAAGAACAGGCCAATGATGGGAGAAGTGTTATGGAGCTT 2369
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2274 GAAGTGCTTAGCGGATGAAGGGAAGAACAGGCCAATGATGGGAGAAGTTTTATGGAGCTT 2333
Query 2370 GGAGTATGTTTTGCAGATTCATGAAGCTTGGCTTCGCAAACAGAATGGAGAAAACTCGTT 2429
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2334 GGAGTATGTTTTGCAGCTTCATGAAGCTTGGCTTCGCAAACAGAATGGAGAAAACTCGTT 2393
Query 2430 TTCGAGCAGCCAAGCGGTAGAAGAAGCACCAGAGAGCTTTACTCTTCCAGCTTGTTCCAA 2489
|||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| || |||||||||
Sbjct 2394 TTCGAGTAGCCAAGCGGTAGAAGAAGCGCCAGAGAGCTATACTCTTCAAGGTTGTTCCAA 2453
Query 2490 TCAAGATTCCTCAGAAACTGAGCAGAGCCAAACAGGATCTGCTCTTCACAA-TTCGGCTT 2548
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| || ||| |
Sbjct 2454 TCAAGATTCCTCAGAAACTGAGAAGAGCCAAACAGGATCAGCTCTTCACAACTT-GGCCT 2512
Query 2549 AG 2550
||
Sbjct 2513 AG 2514
Score = 931 bits (504), Expect = 0.0
Identities = 568/599 (95%), Gaps = 3/599 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGTCGAAGCTGAGGAAAAAGTATCTGGAACATCTTCTATGTGTGTTGATTTTCTTTACT 60
|||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1 ATGTCGAAGCTGAGGAAACAGTTTCTGGAACTTCTTCTATGTGTGTTGATTTTGTTTACT 60
Query 61 TATGTTATTGGCTATGGAGAAGCTCAGTCCAAGAGCTTCCTTGTAGATTGTGGCTCAAAT 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||
Sbjct 61 TATGTTATTGGCTATGGAGAAGCTCAGTCCAAGAGTTTTCTTATAGATTGTGGCTCAAAT 120
Query 121 GCTACAACCGAAGTAGATGGAAGAACATGGGTTGGTGATTTATCTCCCAACAAGAGTGTG 180
| |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 ACCACAACCGAAGCCGATGGAAGAACATGGGTTGGGGATTTATCTCCCAACAAGAGTGTG 180
Query 181 ACCCTGCAAGGATTTGATGCCATTACTGCTTCGACATCGAAAGGAAGTTCTGTTTACGCT 240
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |
Sbjct 181 ACCTTGCAAGGATTTGATGCCATTACTGCTTCGACATCGAAAGGAGGTTCTGTTTTTGGT 240
Query 241 GAGATATATAAGACTGCTCGTGTTTTCGACGCTGTGTTGAACTATACATTTGAAGGTATA 300
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 GAGATATATAAGACTGCTCGTGTTTTCGAGGCTGTGTTGAACTATACATTTGAAGGTATA 300
Query 301 ACTCAAGGGAATTACTTTGTTAGGCTCCATTTCAGCCCTTTCGCTATTGAAAACCACAAT 360
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||
Sbjct 301 ACTCAAGGGAATTACTTTGTTAGGCTCCATTTCAGCCCTTTCCCCATTGAAAACCACAAT 360
Query 361 GTGAATGAGTCTTCTTTCAGCGTCTTTGCGGATGGTCTGAGACTGATGCTTGACATCAAC 420
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 GTGAATGAGTCTTCTTTCAGCGTCTTTGCGGATCGTCTGAGACTGATGCTTGACATCAAC 420
Query 421 ATCGCGGGAGAAATCGCGCATAAGAATCTCATCTTGGAAAGCACTGGTCACAATGCTACT 480
||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 421 ATCGCGGGAGAAATCGCGCATAAAAATCTCATATTGGAAAGCACTGGACACAATGCTACT 480
Query 481 GCCTCTTCTTTGGTTAAAGAGTTTCTGTTACCTACTGG-ACCAGGAAAACTGGTTTTAAG 539
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 481 GCCTCTTCTTTGGTTAAAGAGTTTCTGTTACCTA-TGGGACCAGGAAAACTGGTTTTAAG 539
Query 540 TTTCATCCCGGAGAAAGGGTCTTTCGGGTTTGTCAATGCTATTGAGATAGTCTCTGTTG 598
|||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||
Sbjct 540 TTTCATGCCAGAGAAAGGGTCTTTCGGGTTTGTCAATGCTATTGAGATACT-TCTTTTG 597
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 96139778380
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5