BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G31230.1
Length=2988
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg473611 jgi|Araly1|473611|fgenesh2_kg.1__3565__AT1G31230.1 4846 0.0
> Ahg473611 jgi|Araly1|473611|fgenesh2_kg.1__3565__AT1G31230.1
Length=2970
Score = 4846 bits (2624), Expect = 0.0
Identities = 2869/2986 (96%), Gaps = 22/2986 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 4 AAAATTTACTGAAATTGCCACTGTTTTCGATTTTGTTGGTTCTCCGATCTCAG-TGGTGT 62
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||
Sbjct 1 AAAATTTACTGAAATTGCCACTGTTTTCGAGTTTGTTGGTTCTCCGATCTC-GCCGGTGT 59
Query 63 CTTCTTCTCCGGTAGATAATTCTCGTGTTGAAAATCTCCGGTAGTGTTTGACTGAGTTAC 122
||||||||||||| ||| | ||||||| |||||||||||||| |||||| |||
Sbjct 60 CTTCTTCTCCGGTGGAT-A--------TTGAAAACCTCCGGTAGTGTTTTACTGAGCTAC 110
Query 123 GAATATGCCGGTGGTTTCTCTGGCTAAGGTTGTTAC-TTCTCCGGCGGTGGCCGGAGATT 181
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||| |||||||
Sbjct 111 GAATATGCCGGTGGTTTCTCTGGCTAAGGTTGCTACTTTC-CCGGCGGTGGCTGGAGATT 169
Query 182 TAGCGGTTCGTGTTCCGTTCATTTATGGGAAACGACTAGTGTCGAATCGTGTTTCTTTCG 241
|| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||
Sbjct 170 TAACGGTTCGTGTTCCGTTCGTTTATGGGAAACGACTCGTGACGAATCGTGTTTCTTTCG 229
Query 242 GGAAATTGAGGCGCCGGAGTTGTATAGGTCAATGCGTAAGAAGCGAATTGCAAAGTCCTC 301
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 230 GGAAATTGAGGCGCCGGAGTTGTATAGGTCATTGCGTAAGAAGCGAATTGCAGAGTCCTC 289
Query 302 GTG-TCTTAGGTTCCGTCACAGATTTAGCGTTGGATAATTCTGTGGAGAATGGTCATCTT 360
||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 290 GTGTTC-TAGGTTCGGTCACAGATTTAGCGTTGGATAATTCTGTGGAGAATGGTCATCTT 348
Query 361 CCCAAAGGAGATTCATGGGCTGTACACAAATTTGGAGGAACTTGTGTGGGAAATTCTGAG 420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 349 CCCAAAGGAGATTCATGGGCTGTACACAAATTTGGAGGAACTTGTGTGGGAAATTCTGAG 408
Query 421 AGGATAAAGGATGTTGCTGCTGTTGTTGTTAAGGATGACTCTGAGAGGAAGTTGGTGGTT 480
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 409 AGGATAAAGGATGTTGCTGATGTTGTTGTTAAGGATGACTCTGAGAGCAAGTTGGTGGTT 468
Query 481 GTGTCAGCAATGTCGAAAGTCACTGATATGATGTATGATCTCATTCACAGAGCAGAGTCT 540
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||
Sbjct 469 GTGTCAGCAATGGCGAAAGTCACTGATATGATGTATGATCTTATTCACAGAGCACAGTCT 528
Query 541 CGTGATGATTCATATCTGTCTGCTTTGAGTGGTGTTCTTGAAAAGCACCGAGCAACTGCT 600
|| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 529 CGGGATGATTCATATCTGTCTGCTTTGAGCGGTGTTCTTGAAAAGCACCGAGCAACGGCT 588
Query 601 GTTGACTTGCTTGATGGAGATGAACTCTCAAGTTTCTTGGCTCGGTTAAATGATGATATA 660
||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 589 GTTGACTTGCTTGATGGAGATGAACTCGCGAGTTTCCTGGCTCGGTTAAATGATGATATA 648
Query 661 AATAATCTCAAAGCAATGCTTCGTGCCATTTACATAGCTGGTCATGCAACCGAATCTTTC 720
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 649 AACAATCTCAAAGCAATGCTTCGTGCCATTTACATAGCTGGTCATGCAACCGAATCTTTC 708
Query 721 TCAGACTTCGTTGTTGGCCACGGAGAGTTGTGGTCTGCTCAGATGTTAGCTGCTGTTGTG 780
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 709 TCAGACTTTGTTGTTGGCCACGGAGAGTTGTGGTCTGCTCAGATGTTAGCTGCTGTTGTG 768
Query 781 AGAAAGAGCGGATTGGACTGCACTTGGATGGATGCAAGGGATGTGCTTGTTGTTATTCCA 840
|||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 769 AGAAAGAGTGGATTGGACTGCACATGGATGGATGCAAGGGATGTGCTTGTTGTTAGTCCA 828
Query 841 ACGAGCTCTAATCAAGTTGACCCTGACTTTGTGGAATCAGAAAAAAGACTGGAAAAATGG 900
|| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 829 ACAAGCTCTAATCAAGTCGACCCTGACTTTGTGGAATCAGAAAAGAGACTGGAAAAATGG 888
Query 901 TTTACTCAGAACTCGGCAAAGATTATTATAGCAACTGGTTTCATAGCCAGTACACCACAG 960
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 889 TTTACTCAGAACTCGGCAAAGATTATTATAGCAACTGGCTTCATAGCCAGTACACCACAG 948
Query 961 AACATTCCAACGACTCTTAAAAGGGATGGGAGTGACTTCTCTGCAGCTATAATGAGTGCT 1020
||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 949 AACATTCCAACGACTCTCAAGAGGGATGGGAGTGACTTCTCTGCAGCTATAATGGGTGCT 1008
Query 1021 CTGTTTAGATCTCACCAACTCACAATCTGGACAGATGTTGATGGTGTGTACAGTGCAGAT 1080
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1009 CTGTTTAGATCTCACCAACTCACAATCTGGACAGATGTTGATGGTGTGTACAGTGCAGAT 1068
Query 1081 CCCAGGAAAGTTAGTGAAGCTGTTGTGCTGAAGACTCTTTCTTATCAAGAGGCTTGGGAA 1140
|| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1069 CCAAGGAAAGTTAGTGAAGCTGTTGTACTGAAGACTCTTTCTTACCAAGAGGCTTGGGAA 1128
Query 1141 ATGTCTTACTTTGGGGCAAACGTTTTACATCCTCGGACCATTATTCCAGTGATGAAATAT 1200
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1129 ATGTCTTACTTTGGGGCAAACGTTTTACATCCTCGGACCATTATTCCAGTGATGAAATAT 1188
Query 1201 GACATTCCAATTGTAATAAGGAATATTTTCAACCTCTCTGCCCCTGGAACAATGATATGC 1260
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1189 GACATCCCAATTGTAATAAGGAATATTTTCAACCTCTCTGCCCCTGGAACAATGATATGT 1248
Query 1261 CGGCAGATTGATGATGAAGATGGAT-TCAAATTAGACGCTCCTGTGAAAGGATTTGCGAC 1319
||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 1249 CGGCAGATTGAAGATGAAGATGGATAT-AAATTAGACGCTCCTGTCAAAGGGTTTGCGAC 1307
Query 1320 GATTGACAATTTGGCTCTTGTCAATGTAGAAGGAACTGGAATGGCTGGTGTTCCTGGTAC 1379
||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1308 GATTGACAATTTGGCTCTTGTAAATGTGGAAGGAACTGGAATGGCTGGTGTTCCTGGTAC 1367
Query 1380 TGCCAGTGCCATTTTTTCTGCTGTCAAGGAAGTTGGAGCCAATGTGATTATGATATCGCA 1439
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| || ||
Sbjct 1368 TGCCAGTGCCATTTTTTCTGCTGTCAAGGAAGTTGGAGCTAATGTTATTATGATCTCACA 1427
Query 1440 GGCTAGTAGCGAGCATTCTGTGTGCTTTGCTGTACCTGAGAAGGAAGTGAAAGCTGTTTC 1499
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1428 GGCTAGTAGCGAGCATTCTGTGTGCTTTGCTGTACCAGAGAAGGAAGTGAAAGCTGTTTC 1487
Query 1500 TGAAGCATTGAACTCAAGATTTCGTCAAGCTTTGGCTGGTGGCCGCCTTTCCCAGATTGA 1559
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1488 TGAAGCATTGAACTCACGATTTCGTCAAGCTTTGGCTGGTGGCCGCCTTTCCCAGATTGA 1547
Query 1560 AATCATCCCTAATTGTAGCATATTAGCAGCAGTTGGCCAGAAAATGGCGAGCACTCCTGG 1619
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1548 AATCATCCCTAATTGTAGCATATTAGCAGCAGTTGGCCAGAAAATGGCGAGCACTCCTGG 1607
Query 1620 TGTTTCTGCCACtttttttAATGCATTAGCAAAGGCCAATATCAACATCCGTGCTATAGC 1679
|||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1608 TGTTTCTGCCACTTTTTTCAATGCGTTAGCAAAGGCCAATATCAACATCCGTGCTATAGC 1667
Query 1680 CCAAGGTTGCTCCGAGTTCAATATTACAGTAGTCGTCAAGCGTGAAGACTGCATCAGGGC 1739
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 1668 TCAAGGTTGCTCCGAGTTCAATATTACAGTAGTCGTCAAGCGTGAAGATTGCATTAGGGC 1727
Query 1740 ATTAAGAGCTGTGCACTCAAGATTTTACCTTTCGAGAACCACTTTGGCAGTGGGAATCAT 1799
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1728 ATTAAGAGCTGTGCACTCAAGATTTTACCTTTCGAGAACCACTTTGGCAGTGGGAATTAT 1787
Query 1800 AGGACCGGGATTAATTGGTGGAACCTTACTTGATCAGATTAGAGATCAGGCGGCAGTGCT 1859
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1788 AGGACCGGGATTAATTGGTGGAACCTTACTTGATCAGATTAGAGATCAGGCGGCAGTGCT 1847
Query 1860 CAAAGAAGAATTTAAAATTGACTTGCGTGTTATAGGGATCACGGGCTCAAGTAAAATGTT 1919
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1848 CAAAGAAGAATATAAAATTGACTTGCGTGTTATAGGGATCACAGGCTCAAGTAAAATGTT 1907
Query 1920 GATGAGTGAATCGGGGATTGACTTATCAAGATGGAGAGAGCTTATGAAAGAAGAGGGAGA 1979
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||
Sbjct 1908 GATGAGTGAATCGGGGATTGACTTATCAAGATGGAGAAAACTTATGAAAGAAGAAGGAGA 1967
Query 1980 AAAAGCTGACATGGAGAAGTTCACCCAATATGTGAAGGGAAATCATTTCATCCCAAACTC 2039
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1968 AAAAGCTAACATGGAGAAGTTCACCCAATATGTGAAGGGAAATCATTTCATTCCAAACTC 2027
Query 2040 TGTTATGGTTGATTGTACAGCCGATGCTGACATCGCTAGCTGTTACTACGACTGGTTGCT 2099
|||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2028 TGTTATGGTTGATTGTACGGCCGATGCTGATATCGCTAGCTGTTACTACGACTGGTTGCT 2087
Query 2100 ACGAGGAATTCATGTGGTCACTCCGAACAAAAAGGCTAACTCTGGACCACTTGATCAGTA 2159
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2088 ACGAGGAATTCATGTGGTCACTCCGAACAAAAAGGCCAACTCTGGACCACTTGATCAGTA 2147
Query 2160 TCTAAAGATCAGAGATCTTCAACGAAAATCGTACACACATTACTTTTATGAAGCCACCGT 2219
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2148 TCTAAAGATCAGAGATCTTCAAAGAAAATCGTACACACATTACTTTTATGAAGCAACCGT 2207
Query 2220 TGGAGCTGGTCTTCCAATTATTAGCACCTTACGTGGTCTCCTCGAAACAGGGGATAAAAT 2279
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2208 TGGAGCTGGTCTTCCAATTATCAGCACCTTACGTGGTCTCCTCGAAACAGGGGATAAAAT 2267
Query 2280 ACTGCGAATTGAGGGAATTTTCAGTGGTACTTTAAGTTACCTCTTCAACAACTTTGTCGG 2339
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2268 ACTGCGAATTGAGGGAATTTTCAGTGGTACTTTAAGTTACCTCTTCAACAACTTTGTCGG 2327
Query 2340 CACCAGAAGCTTCAGTGAAGTTGTAGCAGAAGCAAAGCAAGCAGGTTTCACAGAACCAGA 2399
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2328 CACCAGAAGCTTCAGTGAAGTTGTAGCAGAAGCAAAGCAAGCAGGTTTCACAGAACCAGA 2387
Query 2400 TCCACGAGATGATCTATCTGGAACAGATGTTGCCAGAAAAGTAACAATCCTTGCCAGAGA 2459
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2388 TCCACGAGATGATCTATCTGGAACAGATGTTGCTAGAAAAGTAACAATCCTTGCCAGAGA 2447
Query 2460 ATCAGGCTTAAAATTGGATCTTGAGGGCCTTCCAGTCCAGAATCTTGTGCCAAAGCCGT- 2518
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2448 ATCAGGCTTGAAATTGGATCTTGAGGGCCTTCCAGTCCAGAATCTTGTGCCAAAGCC-TC 2506
Query 2519 TACAAGCTTGTGCATCAGCAGAAGAGTTCATGGAGAAGCTTCCTCAGTTTGATGAAGAAT 2578
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2507 TACAAGCTTGTGCATCAGCAGAAGAGTTTATGGAGAAGCTACCTCAGTTTGATGAAGAAT 2566
Query 2579 TATCCAAACAAAGAGAAGAGGCTGAAGCAGCAGGAGAAGTCTTGAGATACGTAGGAGTTG 2638
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2567 TATCCAAACAAAGAGAAGAGGCTGAAGCGGCAGGAGAAGTCTTGAGATACGTAGGAGTTG 2626
Query 2639 TAGATGCAGTAGAGAAAAAGGGAACAGTCGAGTTGAAACGGTACAAAAAAGATCATCCGT 2698
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2627 TAGACGCAGTAGAGAAAAAGGGAACAGTCGAGTTGAAACGGTACAAAAAAGATCATCCGT 2686
Query 2699 TTGCTCAGCTATCGGGTGCTGATAACATCATCGCTTTCACAACCAAACGGTACAAAGAAC 2758
|||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2687 TTGCTCAGCTCTCGGGCGCTGATAACATCATCGCTTTCACAACCAAACGGTACAAAGATC 2746
Query 2759 AGCCTCTGATTGTTCGTGGACCTGGTGCTGGTGCTCAAGTCACAGCCGGTGGAATCTTCA 2818
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2747 AGCCTCTAATTGTTCGTGGACCTGGTGCTGGTGCTCAAGTTACAGCCGGTGGAATCTTCA 2806
Query 2819 GTGACATTCTTCGCCTTGCTTTCTATCTCGGGGCTCCGTCTTAAAGCACACTCTACATGC 2878
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 2807 GTGACATTCTTCGCCTTGCATTCTATCTCGGGGCTCCGTCTTAAGGCACAATCTACATGC 2866
Query 2879 TAGCATATGTATTTTGGATTTCAGAGATTTTGATTTCT-ATAGATGATACCAAACTTCAA 2937
||| || |||| |||||||| |||||||||||||| || |||||||| ||||||| |||
Sbjct 2867 TAG-ATCTGTAATTTGGATTCCAGAGATTTTGATT-CTTATAGATGAAACCAAACGTCAT 2924
Query 2938 GGTAATAAAACATTCTAGGAAAAAATTGAATAAAGACTGTTGGTAT 2983
|||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2925 GGTAATAAAACACTCTAGGAAAAAATTGAATAAAGGCTGTTGGTAT 2970
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 112823305690
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5