BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT1G31360.1 Length=2325 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg922639 jgi|Araly1|922639|scaffold_103920.1 3518 0.0 > Ahg922639 jgi|Araly1|922639|scaffold_103920.1 Length=2157 Score = 3518 bits (1905), Expect = 0.0 Identities = 2076/2160 (96%), Gaps = 6/2160 (0%) Strand=Plus/Plus Query 70 TTGATTCAGCCGGAG-AATCAATGGAAAGTGAAGCAATTCAAGAGGATCTTCAGAATTTA 128 ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||| Sbjct 1 TTGATCCAGCCGGAGAAATCAATGGAAAGTGAAGCGATCCAAGAGGAGCTTCAGAATTTA 60 Query 129 GACGTCGAGTTAAAGGATGTTCAAGGTCAGATAAGTGCTTTGATTGAGCATCAAGATAGG 188 |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 61 GACGTCGAGTTAAAAGATGTTCAAGGTCAGATAAGTGCTTTGATTGAGCATCAAGATAGA 120 Query 189 TTATACGAGAGAAAGTCTGAGTTAAAGACATTGTTAAAAGCATTAGC-AGCATCAGGAAG 247 ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||| Sbjct 121 TTATACGAGAGGAAGTCTGAGTTAAAGACATTGTTGAAAGCATTAGCTA-CATCAGGAAG 179 Query 248 TCCTGTTGCATCATCTGGTGGCTCTAGTGCTATAGAGAATTGGTCTGAGACATTTGAGTG 307 |||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 180 TCCTGTTG---CATCTAGTGGCTCTAATGCTATAGAGAATTGGTCTGAGGCATTTGAGTG 236 Query 308 GGATTCTCGTGCTGACGATGTTAGGTTTAACGTTTTTGGTATATCCAAGTATAGGGCTAA 367 ||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 237 GGATTCTCGGGCTGACGATGTTCGGTTCAACGTTTTTGGTATATCCAAGTATAGGGCTAA 296 Query 368 CCAGAAGGAAATTATTAACGCTATAATGACGGGAAGAGATGTCCTGGTGATCATGGCAGC 427 |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 297 CCAGAAGGAAATTATTAACGCTATAATGGCGGGAAGAGATGTTCTGGTGATCATGGCAGC 356 Query 428 AGGTGGTGGGAAGAGTCTTTGCTATCAACTTCCAGCTATGCTTCGTGGTGGGACAACTCT 487 ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 357 TGGTGGTGGGAAGAGTCTTTGCTACCAACTTCCCGCTATACTTCGTGGTGGGACAACTCT 416 Query 488 TGTTGTCAGTCCTCTACTTTCACTGATTCAGGATCAGGTTATGGGTTTGGCTGCTCTAGG 547 ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 417 TGTTGTCAGTCCTTTACTTTCACTGATTCAGGATCAGGTTATGGGATTGGCTGCTCTAGG 476 Query 548 AATCTCAGCCTACATGCTGACTTCTACTTCTGGCAAGGAAAATGAGAAATTTGTGTACAA 607 ||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 477 AATTTCAGCATACATGCTTACTTCTACTTCTGGCAAGGAAAATGAGAAATTTGTGTACAA 536 Query 608 GGCACTTGAAAAGGGTGAAGATGACCTCAAGATACTTTATGTAACACCCGAGAAGGTATC 667 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 537 GGCACTTGAAAAGGGTGAAGATGACCTCAAGATACTTTATGTAACACCAGAGAAGGTATC 596 Query 668 AAAGAGCAAAAGATTCATGTCGAAGCTTGAAAAGTGTCACAATGCTGGCCGCCTCTCTCT 727 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 597 AAAGAGCAAAAGATTCATGTCGAAGCTTGAAAAGTGTCACAATGCTGGTCGCCTCTCTCT 656 Query 728 TATATCAATTGATGAGGCTCATTGTTGTAGTCAGTGGGGTCATGATTTTCGCCCTGATTA 787 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 657 TATATCAATTGATGAGGCTCATTGTTGTAGTCAGTGGGGTCATGATTTTCGCCCTGATTA 716 Query 788 CAAGAACTTAAGCATTCTGAAAACCCAGTTTCCCAAAGTTCCCATGGTGGCTTTAACTGC 847 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 717 CAAGAACTTAAGCATTCTGAAAACCCAGTTTCCCAAAGTTCCCATGGTGGCTTTAACTGC 776 Query 848 AACTGCTACACAGAAAGTTCAAAATGATCTGATAGAGATGCTGCATATTCCTAAATGCGT 907 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 777 AACTGCTACACAGAAAGTTCAAAATGATCTGATAGAGATGCTGCATATTCCTAAATGCGT 836 Query 908 CAAATTTGTGAGCAGTGTTAACAGGCCAAATCTCTTTTACTCGGTCCGAGAAAAGTCGGC 967 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 837 CAAATTTGTTAGCAGTGTTAACAGGCCAAATCTCTTTTACTCGGTCCGAGAAAAGTCGGC 896 Query 968 AGTTGGTAAATTAGTGGTTGATGAAATTGCAGAATTCATACGGGAATCATACTCTAACAA 1027 |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 897 AGTTGGTAAAGTGGTGGTTGATGAAATTGCAGAATTCATACGGGAATCATACTTTAACAA 956 Query 1028 TGAATCTGGGATAGTCTATTGTTTCTCCCGGAAGGAGTGTGAACAGATTGCAGGTGATTT 1087 ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 957 TGAATCTGGAATAGTCTATTGTTTCTCCCGGAAGGAGTGTGAACAGATTGCAGGTGAATT 1016 Query 1088 ACGAGAGCGAGGGATTTCTGCTGATTATTACCACGCAGACATGGATGCAAATATGCGCGA 1147 ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1017 ACGAGAGAGAGGGATTTCTGCTGATTATTACCACGCAGACATGGATGCAAATATGCGCGA 1076 Query 1148 AAAAGTTCATATGCGATGGAGCAAGAACAAGTTGCAGGTCATTGTTGGAACAGTTGCGTT 1207 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 1077 AAAAGTTCATATGCGATGGAGCAAGAACAAGTTGCAGGTCATTGTTGGAACAGTTGCCTT 1136 Query 1208 TGGTATGGGAATCAACAAGCCTGATGTCAGGTTTGTCATCCACCACAGTTTGAGCAAATC 1267 ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1137 TGGCATGGGAATCAACAAGCCTGATGTCAGATTTGTCATCCACCACAGTTTGAGCAAATC 1196 Query 1268 AATGGAGACTTACTACCAGGAGAGTGGCCGTGCCGGTCGTGATGGCCTCCCATCCGAATG 1327 |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| || Sbjct 1197 AATGGAGACTTACTACCAGGAGAGTGGCCGCGCTGGTCGTGATGGCCTCCCATCCGAGTG 1256 Query 1328 TATCCTCTTTTTTCGTTCGGCTGATGTTCCCAGGCAGAGTTCCATGGTCTTCTACGAGTA 1387 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1257 CATCCTCTTTTTTCGTTCGGCTGATGTTCCCAGGCAGAGTTCCATGGTCTTCTACGAGTA 1316 Query 1388 TTCTGGTCTCCAAAATCTCTACGATATAGTAAGATACTGTCAGTCTAAAACAAAATGTCG 1447 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 1317 TTCTGGTCTGCAAAATCTCTACGATATAGTAAGATATTGTCAGTCTAAAACAAAATGTCG 1376 Query 1448 TCGAAGCGCATTTTTCCGTCATTTTGGGGAACCATCACAAGATTGCAATGGAATGTGTGA 1507 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1377 TCGAAGCGCATTTTTTCGTCATTTTGGGGAACCATCCCAAGATTGCAATGGAATATGTGA 1436 Query 1508 CAACTGTGCCTTGTCAAGTGAGGTCAAGGAAGTTGATGTATCGGACCTGTCTAAGCTCGT 1567 |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1437 CAACTGTGCCTTATCAAGTGAGGTAAAGGAAGTTGATGTATCGGACCTGTCTAAGCTCGT 1496 Query 1568 GGTTTCTATGGTGCAAGAAACGCAAGCCAAGGATCAAAGAGTAACGATGTTACAGTTGGG 1627 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| Sbjct 1497 GGTTTCTATGGTGCAAGAAACGCAAGCCAAGGATCAAAGAGTGACAATGTTACAGTTGGG 1556 Query 1628 TGACAAACTCAGAAATAAGCACAAGGATCTAATTGCTGAGTTAAAGAGAGACGAGGTAGA 1687 |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 1557 TGACAAACTCAGAAATAAGCACAAGGATCTAAGTGCTGAGTTAAAGAGAGACGAGATAGA 1616 Query 1688 ACATCTCGTGATAAAACTGATTGTTGACTCGGTATTGAAAGAAGAATTTCAGCACACACC 1747 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1617 ACATCTCGTGATAAAACTGATTGTTGACTCAGTATTGAAAGAAGAATTCCAGCACACACC 1676 Query 1748 ATATTCGACAAACGCTTATGTAACAATGGGACCATTGGCCAACCAATTGTTGCAAGGAAG 1807 ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1677 ATACTCGACAAATGCTTATGTAACAATGGGACCATTGGCCAACCAATTGTTGCAAGGAAG 1736 Query 1808 AAAGACAATCAAAATGGAAACCTCTAGCAGGCAAACCAAGAAATTGAAAAGAAGTATTAC 1867 |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || | Sbjct 1737 AAAGACGATCAAAATGGAAACCTCTAGCAGGCAAACCAAGAAACCGAAAAGAAGTCTTTC 1796 Query 1868 ATTTTCCGGGTTGGAACTCAAGCTCGACGAGCTACGGAAAGAGATATCTGCAGCTGATGG 1927 |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1797 ATTTTCCGGGTTGGAACTCAAGCTTGACGAGCTACGTAAAGAGATATCCGCAGCTGATGG 1856 Query 1928 AAGCATACTCCCTCACACAGTCCTCTCAACCCAGCAGATTGGCTCGATAAGTTCCCAAAA 1987 |||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||| Sbjct 1857 AAGCATACTCCCTCACACGGTTCTCTCAACTCAGCAGATTAGCTTGATAAGTTCCCAAAA 1916 Query 1988 ACCAGTTTCATTACAAGAGTTGGAGAGTATTATAGGAAAATTGAAAACAGAAAAGTATGG 2047 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 1917 ACCAGTTTCATTACAAGAGTTGGAGAGTATTATAGGAAAACTGAAAACAGAAAAGTATGG 1976 Query 2048 AGACAGGATTCTAGAAGAAGTGATGAGACACGAAGCAGTCTCTGAACAACTTGTTGAAGA 2107 ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| Sbjct 1977 AGACAGGATTCTAGAAGAAGTGACGAGACACGAAGTAGTGTCTGAACAACTTGTTGAAGA 2036 Query 2108 TCCAACAAAGGAAGAGACATGTAAAAGCAGATTAAGAAAGAGAGCTAAGACACAGAAGGA 2167 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2037 TCCAACAAAGGAAGAGACATGTAAAAGCAGATCAAGAAAGAGAGCTAAGACACAGAAGGA 2096 Query 2168 TGTTGTATTGGTAGAGAGCAGCGGAGAAGAAGAAGCTTGATGGATCAATTATCTTCTAAT 2227 || | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 2097 TGCTATATTGGTAGAGAGCAGTGGAGAAGAAGAAGCTTGATGAATCAATTATCTTCTAAT 2156 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 87569473255 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5