BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G31360.1
Length=2325
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg922639 jgi|Araly1|922639|scaffold_103920.1 3518 0.0
> Ahg922639 jgi|Araly1|922639|scaffold_103920.1
Length=2157
Score = 3518 bits (1905), Expect = 0.0
Identities = 2076/2160 (96%), Gaps = 6/2160 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 70 TTGATTCAGCCGGAG-AATCAATGGAAAGTGAAGCAATTCAAGAGGATCTTCAGAATTTA 128
||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||
Sbjct 1 TTGATCCAGCCGGAGAAATCAATGGAAAGTGAAGCGATCCAAGAGGAGCTTCAGAATTTA 60
Query 129 GACGTCGAGTTAAAGGATGTTCAAGGTCAGATAAGTGCTTTGATTGAGCATCAAGATAGG 188
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 GACGTCGAGTTAAAAGATGTTCAAGGTCAGATAAGTGCTTTGATTGAGCATCAAGATAGA 120
Query 189 TTATACGAGAGAAAGTCTGAGTTAAAGACATTGTTAAAAGCATTAGC-AGCATCAGGAAG 247
||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||
Sbjct 121 TTATACGAGAGGAAGTCTGAGTTAAAGACATTGTTGAAAGCATTAGCTA-CATCAGGAAG 179
Query 248 TCCTGTTGCATCATCTGGTGGCTCTAGTGCTATAGAGAATTGGTCTGAGACATTTGAGTG 307
|||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 180 TCCTGTTG---CATCTAGTGGCTCTAATGCTATAGAGAATTGGTCTGAGGCATTTGAGTG 236
Query 308 GGATTCTCGTGCTGACGATGTTAGGTTTAACGTTTTTGGTATATCCAAGTATAGGGCTAA 367
||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 237 GGATTCTCGGGCTGACGATGTTCGGTTCAACGTTTTTGGTATATCCAAGTATAGGGCTAA 296
Query 368 CCAGAAGGAAATTATTAACGCTATAATGACGGGAAGAGATGTCCTGGTGATCATGGCAGC 427
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 297 CCAGAAGGAAATTATTAACGCTATAATGGCGGGAAGAGATGTTCTGGTGATCATGGCAGC 356
Query 428 AGGTGGTGGGAAGAGTCTTTGCTATCAACTTCCAGCTATGCTTCGTGGTGGGACAACTCT 487
||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 357 TGGTGGTGGGAAGAGTCTTTGCTACCAACTTCCCGCTATACTTCGTGGTGGGACAACTCT 416
Query 488 TGTTGTCAGTCCTCTACTTTCACTGATTCAGGATCAGGTTATGGGTTTGGCTGCTCTAGG 547
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 417 TGTTGTCAGTCCTTTACTTTCACTGATTCAGGATCAGGTTATGGGATTGGCTGCTCTAGG 476
Query 548 AATCTCAGCCTACATGCTGACTTCTACTTCTGGCAAGGAAAATGAGAAATTTGTGTACAA 607
||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 477 AATTTCAGCATACATGCTTACTTCTACTTCTGGCAAGGAAAATGAGAAATTTGTGTACAA 536
Query 608 GGCACTTGAAAAGGGTGAAGATGACCTCAAGATACTTTATGTAACACCCGAGAAGGTATC 667
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 537 GGCACTTGAAAAGGGTGAAGATGACCTCAAGATACTTTATGTAACACCAGAGAAGGTATC 596
Query 668 AAAGAGCAAAAGATTCATGTCGAAGCTTGAAAAGTGTCACAATGCTGGCCGCCTCTCTCT 727
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 597 AAAGAGCAAAAGATTCATGTCGAAGCTTGAAAAGTGTCACAATGCTGGTCGCCTCTCTCT 656
Query 728 TATATCAATTGATGAGGCTCATTGTTGTAGTCAGTGGGGTCATGATTTTCGCCCTGATTA 787
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 657 TATATCAATTGATGAGGCTCATTGTTGTAGTCAGTGGGGTCATGATTTTCGCCCTGATTA 716
Query 788 CAAGAACTTAAGCATTCTGAAAACCCAGTTTCCCAAAGTTCCCATGGTGGCTTTAACTGC 847
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 717 CAAGAACTTAAGCATTCTGAAAACCCAGTTTCCCAAAGTTCCCATGGTGGCTTTAACTGC 776
Query 848 AACTGCTACACAGAAAGTTCAAAATGATCTGATAGAGATGCTGCATATTCCTAAATGCGT 907
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 777 AACTGCTACACAGAAAGTTCAAAATGATCTGATAGAGATGCTGCATATTCCTAAATGCGT 836
Query 908 CAAATTTGTGAGCAGTGTTAACAGGCCAAATCTCTTTTACTCGGTCCGAGAAAAGTCGGC 967
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 837 CAAATTTGTTAGCAGTGTTAACAGGCCAAATCTCTTTTACTCGGTCCGAGAAAAGTCGGC 896
Query 968 AGTTGGTAAATTAGTGGTTGATGAAATTGCAGAATTCATACGGGAATCATACTCTAACAA 1027
|||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 897 AGTTGGTAAAGTGGTGGTTGATGAAATTGCAGAATTCATACGGGAATCATACTTTAACAA 956
Query 1028 TGAATCTGGGATAGTCTATTGTTTCTCCCGGAAGGAGTGTGAACAGATTGCAGGTGATTT 1087
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 957 TGAATCTGGAATAGTCTATTGTTTCTCCCGGAAGGAGTGTGAACAGATTGCAGGTGAATT 1016
Query 1088 ACGAGAGCGAGGGATTTCTGCTGATTATTACCACGCAGACATGGATGCAAATATGCGCGA 1147
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1017 ACGAGAGAGAGGGATTTCTGCTGATTATTACCACGCAGACATGGATGCAAATATGCGCGA 1076
Query 1148 AAAAGTTCATATGCGATGGAGCAAGAACAAGTTGCAGGTCATTGTTGGAACAGTTGCGTT 1207
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1077 AAAAGTTCATATGCGATGGAGCAAGAACAAGTTGCAGGTCATTGTTGGAACAGTTGCCTT 1136
Query 1208 TGGTATGGGAATCAACAAGCCTGATGTCAGGTTTGTCATCCACCACAGTTTGAGCAAATC 1267
||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1137 TGGCATGGGAATCAACAAGCCTGATGTCAGATTTGTCATCCACCACAGTTTGAGCAAATC 1196
Query 1268 AATGGAGACTTACTACCAGGAGAGTGGCCGTGCCGGTCGTGATGGCCTCCCATCCGAATG 1327
|||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1197 AATGGAGACTTACTACCAGGAGAGTGGCCGCGCTGGTCGTGATGGCCTCCCATCCGAGTG 1256
Query 1328 TATCCTCTTTTTTCGTTCGGCTGATGTTCCCAGGCAGAGTTCCATGGTCTTCTACGAGTA 1387
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1257 CATCCTCTTTTTTCGTTCGGCTGATGTTCCCAGGCAGAGTTCCATGGTCTTCTACGAGTA 1316
Query 1388 TTCTGGTCTCCAAAATCTCTACGATATAGTAAGATACTGTCAGTCTAAAACAAAATGTCG 1447
||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1317 TTCTGGTCTGCAAAATCTCTACGATATAGTAAGATATTGTCAGTCTAAAACAAAATGTCG 1376
Query 1448 TCGAAGCGCATTTTTCCGTCATTTTGGGGAACCATCACAAGATTGCAATGGAATGTGTGA 1507
||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1377 TCGAAGCGCATTTTTTCGTCATTTTGGGGAACCATCCCAAGATTGCAATGGAATATGTGA 1436
Query 1508 CAACTGTGCCTTGTCAAGTGAGGTCAAGGAAGTTGATGTATCGGACCTGTCTAAGCTCGT 1567
|||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1437 CAACTGTGCCTTATCAAGTGAGGTAAAGGAAGTTGATGTATCGGACCTGTCTAAGCTCGT 1496
Query 1568 GGTTTCTATGGTGCAAGAAACGCAAGCCAAGGATCAAAGAGTAACGATGTTACAGTTGGG 1627
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 1497 GGTTTCTATGGTGCAAGAAACGCAAGCCAAGGATCAAAGAGTGACAATGTTACAGTTGGG 1556
Query 1628 TGACAAACTCAGAAATAAGCACAAGGATCTAATTGCTGAGTTAAAGAGAGACGAGGTAGA 1687
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1557 TGACAAACTCAGAAATAAGCACAAGGATCTAAGTGCTGAGTTAAAGAGAGACGAGATAGA 1616
Query 1688 ACATCTCGTGATAAAACTGATTGTTGACTCGGTATTGAAAGAAGAATTTCAGCACACACC 1747
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1617 ACATCTCGTGATAAAACTGATTGTTGACTCAGTATTGAAAGAAGAATTCCAGCACACACC 1676
Query 1748 ATATTCGACAAACGCTTATGTAACAATGGGACCATTGGCCAACCAATTGTTGCAAGGAAG 1807
||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1677 ATACTCGACAAATGCTTATGTAACAATGGGACCATTGGCCAACCAATTGTTGCAAGGAAG 1736
Query 1808 AAAGACAATCAAAATGGAAACCTCTAGCAGGCAAACCAAGAAATTGAAAAGAAGTATTAC 1867
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || |
Sbjct 1737 AAAGACGATCAAAATGGAAACCTCTAGCAGGCAAACCAAGAAACCGAAAAGAAGTCTTTC 1796
Query 1868 ATTTTCCGGGTTGGAACTCAAGCTCGACGAGCTACGGAAAGAGATATCTGCAGCTGATGG 1927
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1797 ATTTTCCGGGTTGGAACTCAAGCTTGACGAGCTACGTAAAGAGATATCCGCAGCTGATGG 1856
Query 1928 AAGCATACTCCCTCACACAGTCCTCTCAACCCAGCAGATTGGCTCGATAAGTTCCCAAAA 1987
|||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||
Sbjct 1857 AAGCATACTCCCTCACACGGTTCTCTCAACTCAGCAGATTAGCTTGATAAGTTCCCAAAA 1916
Query 1988 ACCAGTTTCATTACAAGAGTTGGAGAGTATTATAGGAAAATTGAAAACAGAAAAGTATGG 2047
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1917 ACCAGTTTCATTACAAGAGTTGGAGAGTATTATAGGAAAACTGAAAACAGAAAAGTATGG 1976
Query 2048 AGACAGGATTCTAGAAGAAGTGATGAGACACGAAGCAGTCTCTGAACAACTTGTTGAAGA 2107
||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1977 AGACAGGATTCTAGAAGAAGTGACGAGACACGAAGTAGTGTCTGAACAACTTGTTGAAGA 2036
Query 2108 TCCAACAAAGGAAGAGACATGTAAAAGCAGATTAAGAAAGAGAGCTAAGACACAGAAGGA 2167
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2037 TCCAACAAAGGAAGAGACATGTAAAAGCAGATCAAGAAAGAGAGCTAAGACACAGAAGGA 2096
Query 2168 TGTTGTATTGGTAGAGAGCAGCGGAGAAGAAGAAGCTTGATGGATCAATTATCTTCTAAT 2227
|| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2097 TGCTATATTGGTAGAGAGCAGTGGAGAAGAAGAAGCTTGATGAATCAATTATCTTCTAAT 2156
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 87569473255
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5