BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G31430.1
Length=1802
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg473633 jgi|Araly1|473633|fgenesh2_kg.1__3587__AT1G31430.1 2617 0.0
> Ahg473633 jgi|Araly1|473633|fgenesh2_kg.1__3587__AT1G31430.1
Length=1774
Score = 2617 bits (1417), Expect = 0.0
Identities = 1661/1778 (93%), Gaps = 20/1778 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGAACATGAGTTTGT-TACAAACTCCATCACTTCTTATGTACAATAAGATGCTCAAATC 59
||||||||| | || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGAACATG-GGTTCTATACAAACTCCATCACTTCTTATGTACAATAAGATGCTCAAATC 59
Query 60 TCTTGCTGATG-GTAAAAGTTTCACGAAAGTTTTGGCTTTGTTCGGTGAATTGCGAGGAC 118
|||||| || | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 60 TCTTGCGGA-GAGTAAAAGCTTCACGAAAGTTTTGGCTTTGTTCGGTGAATTGCGAGGAC 118
Query 119 AAGGATTGTATCCTGATAATTTCACGTTACCGGTTGTTCT-AAAGTCAATTGGTCGTTTG 177
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||
Sbjct 119 AAGGATTGTATCCTGATAATTTCACGTTACCGGTTGTTCTGAAA-TCAATTGGACGTTTG 177
Query 178 AGGAAGGTTATAGAAGGTGAGAAGGTTCATGGTTATGCTGTGAAAGCTGGGCTTGAGT-T 236
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
Sbjct 178 AGGAAGGTTATAGAAGGTGAGAAGGTTCATGGTTATGCTGTGAAAACTGGGCTTGAGTCT 237
Query 237 CGATTCTTATGTAT-CTAATTCACTCATGGGAATGTATGCTTCATTGGGTAAGATAGAGA 295
||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||
Sbjct 238 -GATTCTTATGTATGC-AATTCACTCATGGGAATGTATGCGGCTTTGGGTAAGATGGAGA 295
Query 296 TCACACATAAAGTGTTCGATGAAATGCCTCAACGAGATGTTGTTTCTTGGAATGGGTTGA 355
|||| || ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 296 TCACTCACAAAGTGTTCGACGAAATGCCTGAACGAGATGTTGTTTCTTGGAATGGGTTGA 355
Query 356 TTTCTAGTTATGTTGGTAATGGGAGGTTTGAGGATGCCATTGGTGTGTTTAAGCGGATGA 415
|||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 356 TTTCTAGTTATGTTGGGCATGGGAGATTTGAGGATGCCATTAGTGTGTTTAAGCGGATGA 415
Query 416 GTCAGGAGAGCAATTTGAAGTTTGATGAAGGTACAATTGTGAGCACTCTTTCGGCTTGTT 475
||| |||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 416 GTCGGGAGAGCAATTTGAAGGCTGATGAGGGTACGATTGTGAGCACTCTTTCGGCTTGTT 475
Query 476 CGGCTTTGAAGAATCTTGAAATTGGTGAAAGGATTTATAGGTTTGTTGTTACAGAATTTG 535
||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||
Sbjct 476 CGGTTTTGAAGAATCTGGAAATTGGTGAAAGGATTTATAGGTATGTTGTCACGGAATTTG 535
Query 536 AAATGAGTGTTAGGATTGGGAATGCGTTGGTGGATATGTTCTGTAAATGTGGGTGTCTCG 595
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 536 AAATGAGTGTTAGGATTGGGAATGCGTTGGTGGATATGTTCTGTAAGTGCGGGTGTCTCG 595
Query 596 ATAAGGCTAGAGCGGTTTTCGATTCGATGAGAGACAAGAATGTTAAGTGTTGGACTAGTA 655
|||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 596 ATAAAGCTAGAGCGATTTTCGATTCGATGAGAGACAAGAATGTTAAGTGTTGGACTAGTA 655
Query 656 TGGTTTTTGGGTATGTTAGTACTGGTAGGATTGATGAGGCTAGAGTTTTGTTTGAGAGAA 715
|||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 656 TGGTTTCTGGGTATGTTAGTAATGGTAGGATTGATGAGGCTAGAGAGTTGTTTGAGAGAA 715
Query 716 GTCCTGTAAAGGATGTTGTTTTGTGGACAGCTATGATGAATGGGTATGTTCAGTTTAACC 775
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 716 GTCCTGTAAAGGATGTTGTTCTGTGGACAGCTATGATGAATGGGTATGTTCAGTTTAATA 775
Query 776 GGTTTGATGAGGCATTGGAACTGTTCAGGTGCATGCAAACTGCGGGAATTAGGCCGGATA 835
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||
Sbjct 776 GGTTTGATGAGGCATTGGAACTGTTCAGGTGCATGCAAACTGCGAGAATTAGGCCAGATA 835
Query 836 ATTTCGTGCTAGTCTCTCTCTTGACAGGTTGCGCGCAAACGGGAGCTTTAGAGCAAGGAA 895
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 836 ATTTCGTGCTAGTCTCTCTTTTGACAGGTTGCGCGCAAACGGGAGCTTTAGAGCAAGGGA 895
Query 896 AATGGATTCATGGGTACATAAATGAGAACAGGGTTACAGTAGATAAAGTAGTTGGTACTG 955
| ||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 896 AGTGGATCCATGGGTACATACGTGAGAACAGAGTTACAGTAGATAAAGTAGTTGGCACTG 955
Query 956 CTCTTGTAGACATGTATGCAAAATGTGGATGCATTGAGACAGCTCTAGAGGTTTTCTATG 1015
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||
Sbjct 956 CTCTTGTAGACATGTATGCAAAATGTGGATGCATTGAGACAGCTCTAGGGGTTTTTTATG 1015
Query 1016 AAATAAAGGAGAGAGACACAGCTTCGTGGACATCACTTATCTACGGTCTTGCGATGAACG 1075
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||
Sbjct 1016 AAATGAAGGAGAGAGACACAGCTTCGTGGACATCACTTATATACGGTCTTGCCACGAACG 1075
Query 1076 GGATGTCAGGAAGAGCGCTGGACTTGTATTACGAAATGGAAAATGTTGGTGTTAGACTAG 1135
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||
Sbjct 1076 GGATGTCAGGGAGAGCGCTGGACTTGTATTACGAAATGGAAAATGTTGGTGTCAGATTAG 1135
Query 1136 ACGCTATAACATTTGTCGCGGTTTTAACAGCTTGCAATCATGGTGGATTTGTAGCAGAAG 1195
| | |||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1136 ATGATATAACCTTTGTTGCGGTTTTAACAGCTTGTAATCATGGTGGATTTGTAGCAGAAG 1195
Query 1196 GCCGTAAGA-TTTTCCATTCGATGACCGAAAGACATAACG-TCCAGCCTAAATCAGAGCA 1253
| || |||| ||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||
Sbjct 1196 GACG-AAGAATTTTCTATTCGATGACCGAAAGACATAA-GATCCAGCCTAAATCAGAGCA 1253
Query 1254 CTGCAGCTGTCTGATTGACCTACTATGCAGAGCTGGTTTGTTAGATGAAGCAGAGGAATT 1313
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1254 CTACAGCTGTCTGATTGACCTACTATGCAGAGCTGGATTGTTAGATGAAGCAGAGGAATT 1313
Query 1314 GATAGATAAGATGCGTGGTGAAAGCGATGAAACTCTAGTTCCTGTATACTGTTCTTTACT 1373
|||||||||||||| ||||||||| || ||||| ||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 1314 GATAGATAAGATGCATGGTGAAAGAGACAAAACTTTAGTTCCCGTATACTGTTCTTTGCT 1373
Query 1374 TAGTGCTGCTAGGAACTATGGGAATGTAAAAATAGCAGAACGGGTAGCGGAAAAGCTTGA 1433
||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1374 TAGCGCTGCTCGGAACTATGGGAATGTAAAAATAGCTGAACGGGTAGCGGAAAAGCTCGA 1433
Query 1434 GAAAGTGGAAGTAAGTGATTCCAGTGCTCATACTCTGCTTGCAAGTGTATATGCATCTGC 1493
||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1434 GAAAGTGGAAGTAAGTGATTCCAGTGCTCATACCCTACTTGCAAGTGTATATGCATCTGC 1493
Query 1494 TAATAGATGGGAAGATGTAACTAATGTGAGAAGGAAAATGAAAGATTTGGGAATCAGAAA 1553
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1494 TAATAGATGGGAAGATGTAACGAATGTGAGAAGGAAAATGAAAGATTTGGGAATCAGAAA 1553
Query 1554 GTTTCCTGGTTGCAGCTCCATCGAGATTGATGGGGTTGGTCATGAGTTTATTGTTGGAGA 1613
|||||| |||||||||||||||||| |||| || ||| |||||| |||||||||||| |
Sbjct 1554 GTTTCCAGGTTGCAGCTCCATCGAGGTTGACGGCGTTTCTCATGAATTTATTGTTGGAAA 1613
Query 1614 TGATCTATTATCACACCCAAAAATGGATGAGATCAACTCAATGCTGCATCAAACGACAAA 1673
||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
Sbjct 1614 TGATCCATCATCACACCCAAAAATGGATGAGATCAACTCAATGCTGCATCAAACTACACA 1673
Query 1674 TTTGATGTTGGATTTGGAACATAAAGAAATTGATAGCTGAAACTTTCTTGTACAT---T- 1729
|||||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||| |
Sbjct 1674 TTTGATGTTGGATTTGGAACATGAAGAAATTGAAAGATGAAACTTTCTTGTACATGCATT 1733
Query 1730 CTCTAACTACTTCCCTTA--TCATTAACATTTGTTTCC 1765
||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1734 CTCTAACTACTGCCCTTAAATCATTAACATTTGTTTCC 1771
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 67648275120
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5