BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G31480.1
Length=3138
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg473628 jgi|Araly1|473628|fgenesh2_kg.1__3582__AT1G31480.1 4957 0.0
> Ahg473628 jgi|Araly1|473628|fgenesh2_kg.1__3582__AT1G31480.1
Length=3137
Score = 4957 bits (2684), Expect = 0.0
Identities = 3003/3154 (95%), Gaps = 33/3154 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GCTGTCACTCTTCTTTTTCAAACGACCttttttttttAATTTGTTTCTTCTTCTTCTTTC 60
||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||| ||||||||
Sbjct 1 GCTGTCACTCTTCTTTTTCAAACGACC--------TT--TTTGTTTGTTC--CTTCTTTC 48
Query 61 TAATTCTCCTCTCGCGATTTAGCTTT-ATTCAAATCAAAAATCTTTAATCTTTCTGTTAA 119
|||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||| |
Sbjct 49 TAATTCTCCTCTCGCGATTTAGCTTTCA-TCAAATCAAAAATCTCTAATCTTTCTGTT-A 106
Query 120 ATTCTCGTCTAAAGCTTCCTCCTTTAACCCCCTCTGTATCGTGATGGAAGATAGAGAGAC 179
|||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 107 ATTCTCGTCTAAAGCTCCCTCCTTTAACCCTCTCTGTATCGTGATGGAAGATAGAGAGGC 166
Query 180 ACATTTAGGAACTCGGGAGGTTAATGAAACATCTCCTGATTTGTTAAAGAACACGCCTTC 239
|| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 167 ACGTTTAGGAACTCGTGAGGTTAATGAAACATCTCCTGATTTGTTGAAGAATACGCCTTC 226
Query 240 GAACATTGCGAGGTTGGAAGATGTGATTGAGCAATGCCATGGTAGACAAAAGTATCTTGC 299
||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 227 GAATATTGCGAGGTTGGAAGATGTGATTGAGCAATGTTATGGTAGACAAAAGTATCTTGC 286
Query 300 TCAGACTAGAAGTCCATCTGATGGGAGTGATGTTCGGTGGTACTTTTGTAAGGTTCCTTT 359
|||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 287 TCAGACCAGAAGTCCTTCTGATGGGAGTGATGTTCGGTGGTACTTTTGTAAGGTTCCTTT 346
Query 360 GGCTGAAAATGAGTTAGCTGCTTCAGTACCTCGCACTGACGTAGTAGGAAAGAGTGAGTA 419
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 347 GGCTGAAAATGAATTAGCTGCTTCAGTACCTCGCACTGATGTAGTAGGAAAGAGTGAGTA 406
Query 420 TTTCCGTTTTGGTATGAGGGATTCTCTTGCGATTGAGGCGTCTTTCTTGCAGAGAGAAGA 479
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 407 TTTCCGTTTTGGTATGAGGGATTCTCTTGCGATTGAGGCATCTTTCTTGCAGAGAGAGGA 466
Query 480 TGAGTTGTTGTCACTCTGGTGGAAAGAGTACGCAGAATGCAGCGAAGGTCCGAAACTGCA 539
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| || ||
Sbjct 467 TGAGTTGTTGTCACTCTGGTGGAAAGAGTATGCAGAATGCAGCGAAGGCCCGAGACCACA 526
Query 540 AGTTAATTCT----A-AAA--AG--AA--A-TCAATTGAAACTCCTTCAGAAGCTTCCGT 587
|||||||||| | ||| || || | ||||||||||||||||||||| |||| ||
Sbjct 527 AGTTAATTCTAAAAAGAAATCAGTTAAGCAGTCAATTGAAACTCCTTCAGAATCTTCTGT 586
Query 588 GTCCTCTAGTCTATATGAAGTTGAAGAGGAGCGAGTAGGTGTACCTGTTAAGGGTGGGCT 647
||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 587 GTCCTCTAGTCTATATGAAGTTGAAGAGGAGAGAGTCGGTGTACCTGTTAAGGGTGGGCT 646
Query 648 ATATGAGGTGGACTTGGTGAGGAGGCATTGTTTTCCCGTGTACTGGAATGGAGATAATCG 707
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 647 ATATGAGGTGGACTTGGTGAGGAGGCATTGTTTTCCAGTGTACTGGAATGGAGATAATCG 706
Query 708 GCGTGTGCTTAGAGGTCACTGGTTTGCTCGTAAAGGTGGCCTAGACTGGCTTCCGATTCC 767
|||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 707 GCGTGTGCTTAGGGGTCATTGGTTTGCTCGTAAAGGTGGCCTAGACTGGCTTCCAATTCC 766
Query 768 AGAAACTGTTTCTGAGCAGTTGGAGGTTGCATATCGTAACAAGGTTTGGCGCAGAAGAAG 827
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 767 AGAAACTGTTTCTGAGCAGTTGGAGGTTGCATATCGTAACAAGGTTTGGCGAAGAAGAAG 826
Query 828 TTTTCAACCCTCTGGGCTTTTTGCAGCTCGTATTGATTTGCAGGGTTCTAGTCTGGGACT 887
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 827 TTTTCAACCCTCTGGGCTTTTTGCAGCTCGTATTGATTTGCAGGGTTCTAGTCTGGGACT 886
Query 888 CCATGCTCTCTTTACTGGGGAGGATGACACCTGGGAAGCGTGGCTTAATGTTGATCCTTC 947
||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 887 CCATGCTCTTTTTACTGGTGAGGATGACACCTGGGAAGCGTGGCTTAATGTTGATCCTTC 946
Query 948 TGGGTTCTCTGGCATCGTTGGATATACTGGGAATGGAATTAAGTTGAGACGTGGTTATGC 1007
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 947 TGGGTTCTCTGGCATCGTTGGATATACTGGGAATGGAATTAAGTTGAGACGTGGTTATGC 1006
Query 1008 TGGCTCCTACTCTCCAAAACCTACGCAGGAAGAACTTCGCCAGCAAAAGGAGGAAGAGAT 1067
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 1007 GGGCTCCTACTCTCCAAAACCTACGCAGGAAGAACTTCGCCAACAAAAGGAGGAAGAAAT 1066
Query 1068 GGATGACTATTGTTCTCAAGTCCCTGTTCGGCATCTTGTATTTATGGTTCATGGTATTGG 1127
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1067 GGATGACTATTGTTCTCAAGTCCCTGTTCGGCATCTTGTATTTATGGTTCATGGTATTGG 1126
Query 1128 CCAAAAAGGAGAAAAGTCTAATCTTGTTGACGATGTTGGAAACTTTCGTCAAATCACGGC 1187
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1127 CCAAAAAGGAGAAAAGTCCAATCTTGTTGACGATGTTGGAAACTTCCGTCAAATCACGGC 1186
Query 1188 AGCTTTAGCGGAACGTCATCTAACCTCTCATCAGCTCAGCACTCAACGAGTTCTTTTCAT 1247
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 1187 AGCTTTAGCGGAGCGTCATCTAACCTCTCATCAGCTCAGCACTCAACGGGTCCTTTTCAT 1246
Query 1248 CCCATGCCAGTGGAGAAAGGGTCTAAAGCTAAGTGGTGAAGCTGCTGTTGATAAATGTAC 1307
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1247 CCCATGCCAGTGGAGAAAGGGTCTAAAGCTAAGTGGTGAAGCTGCTGTTGATAAATGTAC 1306
Query 1308 TTTAGACGGTGTACGGCGTTTCCGAGAGATGCTAAGCGCAACTGTTCATGATGTGTTATA 1367
|||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1307 TTTAGATGGTGTACGGCGTTTTCGAGAGATGCTGAGCGCAACTGTTCATGATGTGTTATA 1366
Query 1368 CTACATGAGCCCCATTTATTGTCAGGCTATAATTGATTCGGTTTCAAAGCAACTGAATAG 1427
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1367 CTACATGAGCCCCATTTATTGTCAAGCTATAATTGACTCGGTTTCAAAGCAGCTGAATAG 1426
Query 1428 ACTGTATCTAAAATTTTTAAAGCGGAATCCAGACTATGTCGGAAAGATTTCCATTTATGG 1487
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1427 ACTGTATCTAAAATTTTTAAAGCGGAATCCAGACTATGTCGGAAAGATTTCCATTTATGG 1486
Query 1488 ACATTCTCTGGGGAGTGTTCTCTCCTATGACATCTTATGTCATCAGCACAACTTGTCATC 1547
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1487 ACATTCTCTGGGGAGTGTTCTCTCCTATGACATCTTATGTCATCAACACAACTTGTCATC 1546
Query 1548 CCCATTTCCAATGGATTCAGTATACAAGAAATTTTTCCCAGATGAAGAATCTCCTCCAAC 1607
| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1547 CTCATTTCCAATGGATTCAGTATACAAGAAATTTTTTCCAGATGAAGAATCTCATCCAAC 1606
Query 1608 TCCAGCTAAAGCTGACAAACCTTGTAGTTCACATCCATCATCAAATTTTGAGCCAGAGAA 1667
|||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1607 TCCAGCCAGCGCTGACAAACCTTGTAGTTCACATCCATCATCAAATTTGGAGCCAGAGAA 1666
Query 1668 ATCTGACCAGTTGAATAACCCCGAGAAAATCACAGGTCAAGATAATAACACGATGGCTAA 1727
|||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||| |
Sbjct 1667 ATCTAACCAGTTGAATAACACCGAGGAAATCACAGGTCAAGATAATAACATGGTGGCTGA 1726
Query 1728 AGAACCAACAGTATTGGAGCATCACGATGTCATCCAGGAAGATCCTTCATTGATCTCTGA 1787
|||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||
Sbjct 1727 AGAATCAACAGTACTGGAACATCACGATGTCATCCAGGAAGCTCCTTCACTGATCTCTGA 1786
Query 1788 TTCTGTTGTGGCCAACGTGGGTTTGGAAAGACGAGGTGGCCAGGAAGATGACCATCATGA 1847
||||||||||| |||||||||||||| |||| || | |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1787 TTCTGTTGTGGACAACGTGGGTTTGGGAAGAAGAAGCGGCCAGGAAGATGACCATCATGA 1846
Query 1848 TTCTAGTGGTGCTATATCCTCACAGGATGTTCCAGATGGAGCGGACTGTAGAACGCCTGA 1907
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1847 TTCTAGTGGTGCTATATCCTCACAGGATGGACCAGATGGAGCGGACTGTAGAACGCCTGA 1906
Query 1908 TTCTCCATCATGTTCTCAAGAACAATCATGGGATAAAGAAAGTGTCAACTCTAATAATGA 1967
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1907 TTCTCCATCGTGTTCTCAAGAACAATCATGGGATAAAGAAAGTGTCAATTCTAATAATGA 1966
Query 1968 GGAGAGAATCAAGTTGTTACAAGATGAGGTTAACTCATTGAGGTCAAAAGTCGCACAACT 2027
||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1967 GGAGACAATCAAGTTGTTACAAGAAGAGGTCAACTCATTGAGGTCAAAAGTAGCACAACT 2026
Query 2028 GCTATCAGAGAATGCCAGAATATTATCGGATGAAAAAGCCAAGACATCTGTGGCGCCTAA 2087
|| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||
Sbjct 2027 GCAATCAGAGAATGCCAGAATATTGTCGGATGAAAAAGCCAAGGCATATGTGGTGCCTAA 2086
Query 2088 GGAGCTCAACAACGAGAAGG--TGCAAACTGAAGATGCCGATGCACCTACAAGCTTTACT 2145
| ||||||||||||||| || | ||| || |||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 2087 GCAGCTCAACAACGAGATGGCAT-CAA-CTAAAGATGCCAATGCACCTACAAGCCTTACT 2144
Query 2146 CCTTTTATCAAGTACCAAAAGCTTGAGTTCAAGGTTGACACTTTCTTTGCAGTTGGGTCT 2205
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2145 CCTTTTATCAAGTACCAAAAGCTTGAGTTCAAGGTTGACACTTTCTTTGCAGTTGGGTCT 2204
Query 2206 CCTCTTGGAGTTTTTCTTGCCCTTCGAAATATACGTCTTGGGATAGGTAAGGGAAAAGAT 2265
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2205 CCTCTTGGAGTTTTTCTCGCCCTTCGAAATATACGTCTTGGGATAGGTAAGGGAAAAGAT 2264
Query 2266 TACTGGGAAGAGGAGAATGCTATTGAAGAGATGCCAGCTTGTCGTCGAATGTTCAATATA 2325
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2265 TACTGGGAAGAGGAGAATGCTATTGAAGAGATGCCAGCTTGTCGTCGAATGTTCAATATC 2324
Query 2326 TTTCACCCCTATGATCCTGTTGCATATAGAGTGGAGCCACTTGTCTGCAAAGAGTACCTT 2385
||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2325 TTTCACCCCTATGATCCTGTTGCGTATAGATTGGAGCCACTTGTCTGCAAAGAGTACCTT 2384
Query 2386 CCCGAACGACCCGTTATTATTCCCTACCACAGAGGAGGCAAGCGGTTGCATATTGGATTA 2445
||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2385 CCCGAACGACCTGTTATTATTCCCTACCACAGAGGGGGCAAGCGGTTGCATATTGGACTA 2444
Query 2446 CAGGATTTCAGAGAAGATTTTGCTGCACGTTCACAGAGAATAATGAATCATTTTGATTCA 2505
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2445 CAGGATTTCAGAAAAGATTTTGCTGCACGTTCACAGAGAATAATGAATCATTTTGATTCA 2504
Query 2506 GTAAGGACAAGAGTTCTCACTATTTGTCAATCCAAAAGTGCAGATAACCTAGACGAGATG 2565
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2505 GTAAGGACTAGAGTTCTCACTATTTGTCAATCCAAAAGTGCGGATAACCTAGACGAGATG 2564
Query 2566 GAAGAAACTGATGACGAAAAGGATG-ATAGGTCCTATGGTTCCTTAATGATAGAGAGATT 2624
||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2565 GAAGAAACTGATGACGAAAAGGATGGA-AGGTCCTACGGTTCCTTAATGATGGAGAGATT 2623
Query 2625 AACTGGAACTCGAGACGGTCGGATAGATCACATGCTCCAGGAGAAAACCTTTGAGCATCC 2684
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2624 AACTGGAACTCGAGACGGTCGAATAGATCACATGCTCCAGGATAAAACCTTTGAGCATCC 2683
Query 2685 GTATCTACAAGCAATAGGAGCTCATACGAACTATTGGAGAGATCAAGATACTGCTCTTTT 2744
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2684 CTATCTACAAGCAATAGGAGCTCATACGAACTATTGGAGAGATCAAGATACTGCTCTTTT 2743
Query 2745 CATAATTAAACACTTGTATCGCGAGTTACCAGACGGACCAAACTCGCCCACGGAATCCAC 2804
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2744 CATAATTAAACACTTGTATCGCGAGTTACCAGACGGACCAAACTCACCCACGGAATCCAC 2803
Query 2805 CGAAGGAGATGATAGTCCAAAAGACTCAAGTAGACCTCATAGCTGGATAGACAGAAGAGA 2864
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2804 CGAAGGAGATGATAGTCCAAAAGACTCAAGTAGACCTCATAGCTGGATAGACAGAAGAGA 2863
Query 2865 GGCTGATTATGATGATGAAGAGCTTCCTTTAACATTCTCCGACAAACAAATCACTAGAAG 2924
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2864 GACTGATTATGATGATGAAGAGCTTCCTTTAACATTCTCCGACAAACAAATCGCTAGAAG 2923
Query 2925 CTTCTCTGCAGAAGCCAAGAAATATTTGAAGAAGCCTTAAGACTTTGACCGTAGGTTTAT 2984
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2924 CTTCTCCGCAGAAGCCAAGAAATATTTGAAGAAGCCTTAAGACTTTGACCATAGGTTTAT 2983
Query 2985 ATCGTATATCCGGTGAAAGCTCCCTGATTTTGTTTTTGTTTCCTGTGCAGAAGTAACATC 3044
|||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2984 ATCGTAAATCCGGTGAAAGCTCCCTGATTTTGATTTTGTTTCCTGTGCAGAAGTAACATA 3043
Query 3045 TAGTGTAGAAAATGTGAAAAGTAAAAACTCCGACATGGTTTTGCCACATTGTAACCATAA 3104
||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3044 TAGTGCAGAAAATGTGAAAAGGAAAAACTCCTACATGGTTTTGCCACATTGTAACCATAA 3103
Query 3105 TTTTACATATAATAAAGCAAAACAATGAAAGCTT 3138
||||||| ||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3104 TTTTACAGATAATAAAGCAAAACGATGAAAGCTT 3137
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 118536842440
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5