BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G31770.1
Length=2456
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg473363 jgi|Araly1|473363|fgenesh2_kg.1__3317__AT1G31770.1 3631 0.0
> Ahg473363 jgi|Araly1|473363|fgenesh2_kg.1__3317__AT1G31770.1
Length=2378
Score = 3631 bits (1966), Expect = 0.0
Identities = 2226/2344 (95%), Gaps = 47/2344 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 117 AAGGACGAGTACAGAAACTGGTTCAGGAGTCATCATGCCTCAGAACTGCATAGCACCAAG 176
|||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 78 AAGGACAAGTACAGAAACTGGTTCAGGAGTTATCATGCCTCAGAACTGCATAGCACCAAG 137
Query 177 GCCTGAAGAAGATGGTGGAGTCATGGTTCAAGGTTTGCCAGATATGTCAGACACGCAGAG 236
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||
Sbjct 138 GCCTGAAGAAGATGGTGGAGTCATGGTTCAAGGTTTGCCAGACATGTCAGAAACGC--AG 195
Query 237 CAAGTCTGTACTAGCCTTCCCTACGATTACTTCACAACCTGGTCTCCAGATGTCTATGTA 296
|| | | || | || | | ||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 196 --AG-C---A--AG---T--CT--G------T-ACAACCTGGTCTCCAGATGTCCATGTA 233
Query 297 TCCCATAACTCTCAAGTTTGAGGAGGTTGTGTACAAGGTTAAGATAGAGCAGACAAGTCA 356
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 234 TCCCATAACTCTCAAGTTTGAGGAGGTTGTGTACAAGGTTAAAATAGAGCAGACAAGTCA 293
Query 357 GTGTATGGGATCATGGAAAAGCAAAGAGAAGACGATT-TTGAATGGGATAACGGGAATGG 415
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||
Sbjct 294 GTGTATGGGATCATGGAAAAGCAAAGAGAAGACGATTCTT-AATGGGATAACAGGAATGG 352
Query 416 TTTGTCCCGGAGAGTTTCTAGCCATGTTAGGTCCATCAGGCAGTGGCAAAACCACTCTTC 475
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 353 TTTGTCCAGGAGAGTTTCTAGCCATGTTAGGTCCATCAGGAAGTGGCAAAACCACTCTTC 412
Query 476 TATCAGCTCTCGGGGGCCGTCTCTCCAAAACTTTCTCAGGTAAAGTCATGTACAACGGTC 535
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 413 TATCAGCTCTCGGAGGCCGTCTCTCCAAAACTTTCTCAGGTAAAGTCATGTACAACGGTC 472
Query 536 AGCCTTTCTCTGGCTGCATCAAGCGCAGAACAGGATTTGTTGCTCAGGATGATGTCCTGT 595
|||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 473 AGCCTTTCTCTGGCTGCATCAAACGCAGAACAGGGTTTGTTGCTCAGGATGATGTTCTGT 532
Query 596 ACCCTCACCTCACGGTTTGGGAGACTCTCTTCTTTACCGCACTTCTACGGCTACCAAGCA 655
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 533 ATCCTCACCTCACGGTTTGGGAGACTCTCTTCTTTACCGCACTTCTACGGCTACCAAGCA 592
Query 656 GCTTGACGAGAGACGAGAAAGCAGAGCATGTGGACAGAGTTATTGCTGAACTCGGATTGA 715
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 593 GCTTGACCAGAGACGAGAAAGCAGAGCATGTGGACAGAGTTATCGCTGAGCTCGGATTGA 652
Query 716 ATCGGTGTACAAACAGCATGATAGGAGGACCACTCTTCAGAGGAATATCAGGAGGTGAGa 775
||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 653 CTCGGTGTACTAACAGCATGATAGGAGGACCACTGTTCAGAGGAATATCAGGAGGTGAGA 712
Query 776 aaaaaaGGGTTAGCATTGGTCAAGAAATGCTGATCAATCCTAGCTTGCTCCTTCTTGATG 835
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 713 AAAAAAGGGTTAGCATTGGTCAAGAAATGCTGATCAATCCTAGCTTGCTTCTTCTTGATG 772
Query 836 AACCCACTTCAGGTCTTGATTCAACCACTGCTCATCGCATTGTGACCACAATCAAACGGT 895
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 773 AACCCACTTCAGGTCTTGATTCAACCACTGCTCATCGCATTGTGACCACAATCAAACGGT 832
Query 896 TGGCTTCTGGAGGAAGAACAGTCGTCACAACCATTCATCAGCCATCAAGCCGCATCTACC 955
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 833 TGGCTTCTGGAGGAAGAACAGTCGTCACCACCATTCATCAACCATCAAGCCGCATATACC 892
Query 956 ATATGTTTGACAAGGTGGTTTTGCTATCTGAAGGAAGTCCCATCTACTATGGCGCTGCCT 1015
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 893 ATATGTTTGACAAGGTGGTTTTGCTGTCTGAAGGAAGTCCCATCTACTATGGCCCTGCAA 952
Query 1016 CTTCTGCTGTGGAATATTTCAGTTCTCTAGGATTCTCCACTTCCTTGACAGTTAACCCAG 1075
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||
Sbjct 953 CTTCTGCTGTGGAATATTTCAGTTCTCTTGGATTCTCCACTTCCATGACTGTTAACCCAG 1012
Query 1076 CTGACCTCTTACTTGACCTCGCCAACGGAATCCCACCTGATACTCAGAAGGAGACCTCGG 1135
||||||| ||||||||||| || ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1013 CTGACCTTTTACTTGACCTTGCAAACGGTATCCCACCTGATTCTCAGAAGGAGACCTCGG 1072
Query 1136 AACAAGAACAGAAGACAGTAAAAGAAACCCTGGTTTCAGCTTATGAGAAGAACATTTCTA 1195
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1073 AACAAGAACAGAAGACAGTAAAAGAAACACTGGTTTCAGCTTATGAGAAGAACATTTCTA 1132
Query 1196 CTAAACTGAAAGCTGAACTATGCAATGCGGAATCCCACAGCTATGAATACACCAAAGCTG 1255
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||
Sbjct 1133 CTAAACTGAAAGCTGAACTCTGCAATGCGGAATCCCATAGCTATGAGTACACAAAAGCTG 1192
Query 1256 CTGCCAAAAACCTCAAGTCAGAACAATGGTGCACAACTTGGTGGTACCAGTTCACTGTAT 1315
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1193 CTGCAAAAAACCTCAAGTCAGAACAATGGTGCACAACTTGGTGGTACCAGTTCACTGTAT 1252
Query 1316 TGCTCCAAAGAGGAGTCAGAGAGAGGAGATTCGAATCTTTCAACAAGCTCAGGATTTTCC 1375
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1253 TGCTCCAAAGAGGAGTCAGAGAGAGGAGATTCGAATCTTTCAACAAGCTCAGGATTTTCC 1312
Query 1376 AAGTCATCAGTGTTGCTTTTCTTGGTGGCCTTTTATGGTGGCATACTCCAAAATCTCACA 1435
|||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1313 AAGTTATTAGTGTGGCTTTTCTTGGTGGCCTTTTATGGTGGCATACTCCAAAATCTCACA 1372
Query 1436 TCCAAGATAGAACTGCTTTGCTCTTCTTCTTCTCGGTCTTTTGGGGCTTCTACCCGCTAT 1495
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1373 TCCAAGATAGAACTGCTTTGCTCTTCTTCTTCTCAGTCTTTTGGGGCTTCTACCCGCTAT 1432
Query 1496 ACAACGCGGTTTTCACATTTCCACAAGAGAAAAGAATGCTAATCAAGGAACGGTCTTCCG 1555
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1433 ACAACGCGGTTTTCACATTTCCTCAAGAGAAAAGAATGCTAATCAAAGAACGGTCTTCCG 1492
Query 1556 GAATGTACCGTCTTTCCTCCTATTTCATGGCTAGAAACGTTGGGGACCTGCCCTTGGAAC 1615
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1493 GAATGTACCGTCTTTCCTCCTATTTCATGGCTAGAAACGTTGGGGACCTGCCTTTGGAAC 1552
Query 1616 TTGCCCTTCCAACTGCTTTTGTGTTCATAATTTACTGGATGGGTGGACTTAAACCTGACC 1675
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1553 TTGCCCTTCCAACTGCTTTTGTGTTCATAATTTACTGGATGGGTGGACTTAAACCTGACC 1612
Query 1676 CAACAACGTTTATCCTCTCGCTACTGGTTGTTCTCTATTCTGTCCTTGTTGCTCAAGGTC 1735
| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1613 CCACAACGTTTATCCTCTCATTACTGGTTGTTCTGTATTCCGTCCTTGTTGCTCAAGGTC 1672
Query 1736 TTGGCTTAGCCTTCGGTGCTCTGCTTATGAACATCAAGCAAGCCACAACGTTAGCATCTG 1795
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1673 TTGGCTTAGCCTTCGGTGCTCTGCTTATGAACATCAAGCAAGCCACAACGTTAGCATCTG 1732
Query 1796 TTACTACACTCGTTTTTCTCATAGCCGGAGGATACTACGTGCAACAAATTCCTCCCTTCA 1855
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1733 TTACTACACTCGTGTTTCTCATAGCCGGAGGATACTACGTTCAACAAATTCCTCCCTTCA 1792
Query 1856 TCGTATGGCTCAAGTACCTAAGCTACAGCTACTACTGCTACAAGCTGCTTTTGGGTATTC 1915
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1793 TCGTATGGCTCAAGTACCTAAGCTACAGCTACTACTGCTACAAGCTGCTTTTGGGTATTC 1852
Query 1916 AATACACTGATGACGACTACTATGAGTGTTCAAAAGGAGTCTGGTGCAGAGTTGGAGACT 1975
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1853 AATACACTGATGACGACTACTATGAGTGTTCAAAAGGAGTCTGGTGCAGAGTTGGAGACT 1912
Query 1976 TCCCAGCAATCAAGTCAATGGGATTGAACAATCTCTGGATAGACGTGTTTGTTATGGGAG 2035
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1913 TCCCAGCCATCAAGTCAATGGGATTGAACAATCTCTGGATAGACGTGTTTGTTATGGGAG 1972
Query 2036 TGATGTTGGTGGGTTATCGGCTCATGGCTTACATGGCACTGCATCGGGTGAAGTTGCGGT 2095
||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1973 TGATGTTGGTGGGTTATCGGCTCATGGCTTATTTTGCACTACATCGGGTGAAGTTGCGGT 2032
Query 2096 AAACGTGCAGCCGAAGGTAACAACAACTAAGTAACTCCAAGAAGCTCCAAAGAAAA-TTT 2154
||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||
Sbjct 2033 AAACGTGAAGCCCAAGGTAACAACAACTAAGTAACTCCAAGAAGCTCCAAACAAAAATTT 2092
Query 2155 TCCCCACTGCAACCAAGGAATAATAGTAGTATTAGAAAAGATAAAAGTCGTCGAATTTTG 2214
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2093 TCCCCACTGCAACCAAGGAATAATATTAGTATTAGAAAAGATAAAAGTCGTCGAATTTTG 2152
Query 2215 GTCGATTTTACTTACGTATCCGAGATATATATCCGACGACTTTCTTTTTATTTTAGGCTA 2274
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2153 GTCGATTTTACTTACGTATCCGAGATATATATCCGACGACTTTCATTTTATTTTAGGCT- 2211
Query 2275 GATGATGATAGTACTCCTAAGTTTGAGAATAAAACAGTGAGATAATGTATGAGATAAGAA 2334
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2212 -------------CT---AAGTTTGAGAATAAAACAGTGAGATAATGTATGAGATAAGAA 2255
Query 2335 GGGAAACCAAGTATATACTAATTCCCATTTGCAAAA-ACAGTGACTAAACTTTCGGTCCA 2393
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||
Sbjct 2256 GGGAAACCAAGTATATACTAATTCCCATTTGCAAAATAGTGTGACTAAACTTTCGGTCCA 2315
Query 2394 CTCTT-CCATGGAAATGATTGTTGTATCTTTTGTGGGGTTCCTTAAAAAGAAAAGGTCTA 2452
|| || || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2316 CT-TTACCGTGGAGATGATTGTTGTATCTTTTGTGGGGTTCCTTAAAAAGAAAAGGACTA 2374
Query 2453 CTCT 2456
||||
Sbjct 2375 CTCT 2378
Score = 91.6 bits (49), Expect = 2e-17
Identities = 75/86 (87%), Gaps = 7/86 (8%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GAGGGAGATCAAGAAGAAAGTTACCAAAGCCACTTGCTTTTTAAGCTTTCTTACCATTAG 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||
Sbjct 1 GAGGGAGATCAAGAAGAAAGTTACCAAAGCCACTTTCTTTTAAAT-TTTCTTACCATTAT 59
Query 61 GACCATTAAGAGCTTTCCAT-AAAAG 85
| | ||||||||||||| |||||
Sbjct 60 -A---T-AAGAGCTTTCCATTAAAAG 80
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 92559295350
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5