BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G32130.1
Length=1853
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg473395 jgi|Araly1|473395|fgenesh2_kg.1__3349__AT1G32130.1 2889 0.0
> Ahg473395 jgi|Araly1|473395|fgenesh2_kg.1__3349__AT1G32130.1
Length=1848
Score = 2889 bits (1564), Expect = 0.0
Identities = 1760/1852 (95%), Gaps = 24/1852 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 14 ACAACTCGAAGATCAAAGAATTCGTAAATTATCTCTTTCGAATCATTTTCTGGAAGCTGA 73
|||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ACAACTCGAAGATCAAAGTATTCGTAAATTCTCTCTTTCGAATCATTTTCTGGAAGCTGA 60
Query 74 GAAGAAATGGGTTTCGAGGATGATCCGTACCGTGATGTAGATGGAGAGCCAATAGTGGAC 133
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 GAAGAAATGGGTTTCGAGGATGATCCGTACCGTGATGTAGATGGAGAGCCAATAGTGGAC 120
Query 134 TTTGATGATTTTGGGAATGATCGCGAGCCATCTACAGAGCCACTTCAGGATTTTGATGAA 193
|||||||| ||||| |||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 TTTGATGACTTTGGAAATGATCGTGAGCAATCAACAGAGCCACTTCAGGATTTTGATGAA 180
Query 194 GATCTGGCTGATGATATTGGAGATTGGGATGGTGAAGGATCACAAACGCCTGTTTATGAT 253
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||
Sbjct 181 GATTTGGCTGATGATATTGGAGATTGGGATGGTGAAGGGTCACAAACACCTGTTTATGAT 240
Query 254 AATGATAAAGTAGCTAAACCAAGGAAGAGATTGGTGAAGAAATCTTCTAGTGAACGTGTG 313
|||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |
Sbjct 241 AATGATAAAGTAGCTAAACCGAGGAAGAGGTTGGTGAAGAAAGCTTCTAGTGAACGTGAG 300
Query 314 ACTATTGATGTTCCGGAATTGATTGATGAGGATGTGGATGATGCTGAGTTTGATGAGTTT 373
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 301 ACTATTGATGTTCCTGAATTGATTGATGAGGATGTGGAGGATGCTGAGTTTGATGAGTTT 360
Query 374 ATGGGAGGAAGA---GGTGGTGGTAGTACTGATTATGATGATaaggttggtaggaagagg 430
|||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 ATGGGAGGAAGAGGTGGTGGTGGTGGTACTGATTATGATGATAAGGTTGGTAGGAAGAGG 420
Query 431 aagaaggagaaagagagaagtagtagtggtagtgggaaggagaagaggCATAAGTTTCCG 490
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 421 AAGAAGGAGAAAGATCGAAGTAGTAGTGGTAGTGGGAAGGAGAAGAGGCATAAGTTCCCG 480
Query 491 AATCGTGGCGAAAGGAAGTCAGAAGAGATTGATGAGATGTGGAAATCTATTGCTCATAAC 550
|| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 AACCGTGGCGAGAGGAAGTCAGAAGAGATTGATGAGATGTGGAAATCTATTGCTCATAAC 540
Query 551 CCAGAGAATGATGAAGAAGGTGTTAGGACTATGGATGATGATAATTTCATTGACGATACT 610
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 541 CCTGAGAATGATGAAGAAGGTGTTAGGACTATGGATGACGATAATTTCATTGACGATACT 600
Query 611 GGTTTGGATCCTTCTGAGAGGTATGGAGGTGACGCTGGAGACCGTTCTCCAACTCATTAT 670
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 601 GGTTTGGATCCTTCTGAGAGGTATGGAGGTGACGCTGGAGACCGCTCTCCAACTCATTAT 660
Query 671 CCTCAGGCAGAAGAGGGTGAGGATGAAGATGAGGTAAATAACCTTTTCaaaatggggaag 730
||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 CCTCAGGCAGAGGAGGGTGAGGATGATGATGAGGTGAATAACCTTTTCAAAATGGGGAAG 720
Query 731 aaaaagaaaaagactgaaagaaaTCCTGCGGAAATTGCGCTTTTGGTTGAGAATGTGATG 790
||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||
Sbjct 721 AAAAAGAAAAAGACTGAAAGAAATCCTGCGGAAATCGCTCTCTTGGTTGAGAATGTGATG 780
Query 791 GCTGAGCTTGAGGTTACTGCTGAGGAAGATGCAGAACTTAATAGACAGGGGAAGCCTGCT 850
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 781 GCTGAGCTTGAGGTTACTGCTGAGGAAGATGCAGAACTTAATAGACGGGGGAAGCCTGCT 840
Query 851 ATCAACAAGCTTAAGAAACTTTCGCTTCTTACCGATGTACTTGGAAAGAAGCAGCTTCAA 910
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 ATCAACAAGCTTAAGAAACTTTCGCTTCTTACCGATGTACTTGGAAAGAAGCAGCTTCAA 900
Query 911 ACAGAATTCCTGGACCATGGAGTTTTAACCCTGTTGAAGAATTGGCTTGAGCCTCTTCCA 970
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 ACAGAATTCCTGGACCATGGAGTTTTAACTCTGTTGAAGAATTGGCTTGAGCCTCTTCCA 960
Query 971 GATGGAAGCTTGCCAAATATAAACATCCGTGCAGCTATTCTAAGAGTTCTTACTGATTTT 1030
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 GATGGAAGCTTGCCAAATATCAACATCCGTGCAGCTATTCTAAGAGTTCTTACTGATTTT 1020
Query 1031 CCGATTGACTTGGACCAGTATGATAGAAGGGAGCAATTGAAAAAGAGTGGGCTTGGAAAG 1090
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 CCGATTGACTTGGACCAGTATGATAGAAGGGAGCAATTGAAAAAGAGTGGGCTTGGAAAG 1080
Query 1091 GTCATTATGTTCTTATCAAAGTCCGACGAGGAAACTAATTCCAACAGACGACTTGCTAAG 1150
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 GTCATTATGTTCTTATCAAAGTCTGACGAGGAAACTAATTCCAACAGACGACTTGCTAAG 1140
Query 1151 GATTTGGTTGATAAATGGTCTCGTCCAATTTTCAACAAGAGTACTAGGTTTGAGGACATG 1210
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 GATTTGGTTGATAAATGGTCTCGTCCAATTTTCAACAAGAGTACTAGGTTTGAGGACATG 1200
Query 1211 AGAAATCTCGATGAAGATAGGGTTCCCTATAGAAGACCACCAGTGAAGAAACCTAGCAAC 1270
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 AGAAATCTCGATGAAGATAGGGTTCCCTATAGAAGGCCACCAGTGAAGAAACCTAGCAAC 1260
Query 1271 AAAGCGACAATGGAGTCCAGAGATGGTGACTTTGACTTGGAAATTCGGGAACGTAAAACT 1330
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1261 AAAGCGACAATGGAGTCCAGAGATGGTGACTTTGACTTGGAGATTCGGGAACGTAAAACT 1320
Query 1331 GGTCTGACTTCGGGTCAGAGTTCAAGGGGAGACAGGCAAATGACGATGAGGCCGGAAGCA 1390
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 GGTCTGACTTCTGGTCAGAGTTCAAGGGGAGACAGGCAAATGACGATGAGGCCGGAAGCA 1380
Query 1391 ACCCCATTGGACTTTTTGATCCGTCCTCAATCCAAGATTGATCCAGATGAGATCATAGCC 1450
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||
Sbjct 1381 ACCCCATTGGACTTTTTGATCCGTCCTCAATCCAAGATTGACCCGGATGAGATCAGAGCC 1440
Query 1451 CGTGCAAAACAGGTTTCTCAGGACCAGCGTCGGGTCAAGATGAACAAGAAACTTCAGCAG 1510
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1441 CGTGCAAAACAGGGCTCTCAGGACCAGCGTCGGGTCAAGATGAACAAGAAACTTCAGCAG 1500
Query 1511 CTAAAAGGAACAAAGAAGAAGCGGCTACAAGCTACGAAAGTGAGCGTTGAAGGTCGGGGT 1570
||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||
Sbjct 1501 CTAAAAGGAACAAAGAAAAAGCGGCTGCAAGCCACGAAGGTGAGCGTGGAAGGTCGGGGT 1560
Query 1571 ATGATCAAGTACCTCTAGAGAGGTTACAACCAGACCATACCATCCATCCACATTGAAATT 1630
|||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||| |||||| | |||||||| || |
Sbjct 1561 ATGATCAAGTACCTGTAGAGAGTTTACAACCAAACCAGACCATCAAGCCACATTGGAACT 1620
Query 1631 GGTTCCTTCTATCGTGTTAATCTTCCAACTTTGCTTGGATCAGTGTTTAAA--GGTCTTT 1688
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1621 GGTTC-TTCTATCGTGTTAATCTTCCAACTTTGCTTGGATCAGTGTTTAAAAAGGTCTTC 1679
Query 1689 CAGGTGAAGTCGAAGACTTAAAGGCATTGGGGTT-ATACGTATATGTACTCTTCTATATA 1747
||||||||||| ||||||| | | |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1680 CAGGTGAAGTCAAAGACTTGATG-CATTGGGGTTTATACTTATATGTACTCTTCTATATA 1738
Query 1748 TGCTTTGCTTTGAGCCTCT----AATGTAATGGGAA-GTGAAAACACTTT-GTTCGTCAC 1801
|| |||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||| || |||||||||
Sbjct 1739 TGGTTTGCTTTGAGCCTCTTTCTAATGTAATTGGAAAGTGAAAACA-TTACGTTCGTCAC 1797
Query 1802 TT-CTTTCTTCAGAGCATAAA-AT------ATTATGATAATCAATTTTCAGT 1845
|| ||| ||| |||||| | | || |||||| |||||||||||||||
Sbjct 1798 TTACTT-CTTGAGAGCAGATACATTCTTCTATTATGGTAATCAATTTTCAGT 1848
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 69590877615
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5