BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G32150.1
Length=1617
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg473396 jgi|Araly1|473396|fgenesh2_kg.1__3350__AT1G32150.1 2130 0.0
> Ahg473396 jgi|Araly1|473396|fgenesh2_kg.1__3350__AT1G32150.1
Length=1414
Score = 2130 bits (1153), Expect = 0.0
Identities = 1263/1317 (96%), Gaps = 4/1317 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 210 TTTGGAAATTGGTGAATGTGATTAATGGGTAGCAGTGAGATGGAAAAATCAGGTAAAGAG 269
||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 101 TTTAGAAGTTGGTGAATGTGATTAATGGGTAGCAGTGAGATGGAAAAATCAGGTAAAGAG 160
Query 270 AAAGAACCTAAGACTACACCGCCTTCGACTTCTTCATCTGCTCCTGCTACTGTTGTTTCA 329
|||||| |||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||
Sbjct 161 AAAGAAACTAAGACTCCACCGCCTTCGTCTTCTTCTTCTGCTCCTGCTACTGCTGTTTCA 220
Query 330 CAGGAACCTTCTTCTGCTGTGAGTGCTGGAGTGGCTGTTACTCAAGATTGGTCTGGCTTC 389
||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||
Sbjct 221 CAGGAACCTTCTTCTTCTGTGAGTGCTGGAGTGGC---TACTCAAGATTGGTCTGGTTTC 277
Query 390 CAGGCTTATTCTCCTATGCCGCCTCATGGTTATGTAGCATCAAGTCCTCAACCTCATCCT 449
|||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 278 CAGGCTTATTCTCCTATGCCACCTCATGGTTACGTAGCATCAAGTCCTCAACCTCACCCT 337
Query 450 TATATGTGGGGCGTTCAGCATATGATGCCGCCTTATGGAACACCGCCTCATCCGTATGTT 509
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 338 TATATGTGGGGCGTTCAGCATATGATGCCTCCTTATGGAACACCGCCTCATCCATATGTT 397
Query 510 ACGATGTATCCTCCAGGTGGCATGTATGCTCATCCTTCATTACCTCCGGGGTCTTATCCA 569
| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 398 GCAATGTATCCTCCAGGTGGCATGTATGCACATCCTTCATTACCTCCGGGGTCTTATCCA 457
Query 570 TATAGTCCCTATGCAATGCCTTCTCCTAATGGAATGGCTGAAGCTTCTGGTAATACTGGA 629
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 458 TATAGTCCCTATGCAATGCCTTCTCCTAATGGAATGGCTGAAGCTTCTGGTAATACTGGT 517
Query 630 AGTGTTATTGAGGGTGATGGTAAACCATCTGATGGGAAGGAAAAATTGCCAATCAAAAGA 689
||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||
Sbjct 518 AGTGTTACTGAGGGTGATGCTAAACCATCTGATGGGAACGAAAAATTGCCTATCAAAAGA 577
Query 690 TCAAAAGGAAGCTTGGGAAGTTTGAATATGATTATAGGAAAGAACAATGAAGCTGGAAAA 749
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 578 TCAAAAGGAAGCTTGGGAAGTTTGAATATGATTATAGGAAAGAAGAATGAAGCTGGAAAA 637
Query 750 AACTCAGGAGCATCAGCTAATGGAGCTTGTTCTAAAAGTGCTGAGAGCGGTTCTGATGGA 809
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 638 AACTCAGGAGCATCGGCTAATGGAGCTTGTTCTAAAAGTGCTGAGAGCGCTTCTGATGGA 697
Query 810 TCAAGTGACGGAAGTGATGCAAATTCACAAAACGACTCTGGCTCTAGACACAACGGGAAG 869
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 698 TCAAGTGACGGAAGTGATGCAAATTCACAAAACGACTCTGGCTCTAGACACAACGGGAAG 757
Query 870 GATGGTGAAACAGCTTCAGAGAGTGGTGGTTCTGCTCATGGACCACCCCGTAATGGAAGT 929
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 758 GATGGTGAAACAGCTTCAGAGAGTGGTGGTTCTGCTCATGGACCACCCCGTAATGGAAGT 817
Query 930 AATCTACCAGTGAACCAGACCGTCGCTATCATGCCAGTGTCGGCTACAGGTGTTCCAGGC 989
|||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 818 AATCTACCGGTGAACCAGACCGTCGCGATCATGCCAGTGTCGGCTACAGGTGTTCCAGGC 877
Query 990 CCACCAACAAATCTAAATATCGGAATGGATTATTGGAGCGGTCATGGGAATGTTTCTGGA 1049
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 878 CCACCAACAAATCTAAATATCGGAATGGATTATTGGAGCGGTCATGGGAATGTTTCTGCA 937
Query 1050 GCAGTTCCTGGAGTTGTAGTAGATGGTTCCCAATCACAGCCATGGTTACAGGTTTCTGAT 1109
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 938 GCAGTTCCTGGAGTTGTAGTAGATGGGTCCCAATCACAGCCATGGTTACAGGTTTGTGAT 997
Query 1110 GAGAGAGAGATTAAGCGACAGAGACGGAAGCAATCCAATAGGGAATCTGCTCGTAGATCC 1169
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 998 GAGAGAGAGCTTAAGCGACAGAGACGGAAGCAATCCAATAGGGAGTCTGCTCGTAGATCC 1057
Query 1170 AGGTTGCGTAAACAGGCGGAGTGTGATGAGCTAGCACAACGAGCAGAGGTTTTGAATGGA 1229
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1058 AGGTTGCGTAAACAGGCGGAGTGTGATGAGCTAGCACAACGAGCAGAGGTTTTGAATGGA 1117
Query 1230 GAGAACTCAAGTCTTAGAGCAGAAATTAACAAGCTTAAAAGCCAATATGAAGAGCTTCTT 1289
|| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1118 GAAAACTCAAGTCTTAGAGCAGAAATTAACAAGCTCAGAAGCCAATATGAAGAGCTTCTT 1177
Query 1290 GCTGAAAATAGCTCTCTCAAGAATAAGTTCTCGTCAGCCCCGTCACTGGAAGGTGGAGAC 1349
|||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 1178 GCTGAAAACAGCTCTCTCAAGAATAAGTTTTCGTCAGTCCCGTCACTAGAAGGAGGAGAC 1237
Query 1350 TTGGACAAGAACGAGCAAGAACCACAGAGAAGTACACGTCAGGATGTTGCGTAGACGGCT 1409
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||
Sbjct 1238 TTGGACAAGAACGAGCAAGAACCACAGAGAAGTACACATCAGGATGTTGCGTAGACCACT 1297
Query 1410 CGTGGTTCCTTCCACAACTCAGCTTGACTCA-AGAACAGCAGCTAACAGATATATGTAAT 1468
||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||
Sbjct 1298 CGTGGTTCCGTCAACAACTCAGCTTGACTCAGAGAACAGCAGCTAACAGATCTTTGTAAT 1357
Query 1469 TTTAGGAACCAGATTTGGTGTGATTTCTTTAGTGTTTAAATAGGAGGAAGCATGaaa 1525
|||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1358 TTTAGGAACCAGATTTGGTGAGGTTTCTTTAGTGTTTAAATAGGAGGAAGCAGGAAA 1414
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 60601579795
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5