BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G32415.1
Length=2286
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg913052 jgi|Araly1|913052|Al_scaffold_0001_3306 3469 0.0
> Ahg913052 jgi|Araly1|913052|Al_scaffold_0001_3306
Length=2379
Score = 3469 bits (1878), Expect = 0.0
Identities = 2157/2292 (94%), Gaps = 18/2292 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGCGAGCTCTCTGTGTAAAGAAAGTTTGTGGCTTTCTCTCAAAATTATCTCTCAGATCT 60
|||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||
Sbjct 100 ATGCGAGCACTCCGTGTTAAGAAAGTTTGTGGCTTTCTCTCGAAACTATCTCTCAGTTCT 159
Query 61 TCAATATCTTGTCGTCGATACTATGGAGATAAGATACCGAATTACGGAAGCTATCGTCGA 120
|| |||||||||||||||| |||| | ||| ||||||| |||||| |||||||
Sbjct 160 TCGATATCTTGTCGTCGATTCTAT---G----GAT--CGAATTATGGAAGCCATCGTCGT 210
Query 121 GGTTTCTCTAATGAAGAAGCTCTTATACTTCGTCGTTTATCTGAGGGAGGTCTTGTACAT 180
|||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 211 GGTTTCTCTAATGAAGAAGCTCTTATTCTTCGTCGCTTATCTGAGGGAGGTCTTGTACAT 270
Query 181 GCACGCCACTTGCTCGACAAAATTCCTCAGAGAGGAAGTATCAACCGTGTTGTTTACTGG 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||
Sbjct 271 GCACGCCACTTGCTCGACAAAATTCCTCAGAGAGGAAGTATCAGCCGTGTCATTTACTGG 330
Query 241 ACTTCGCTTCTTAGTAAGTACGCGAAAACTGGATACTTGGATGAAGCAAGGGTTTTGTTT 300
||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 331 ACTTCGCTTCTTACCAAGTACGCGAAAGCTGGATACTTGGACGAAGCAAGGGTTTTGTTT 390
Query 301 GAAGTAATGCCTGAGAGGAATATCGTTACTTGTAATGCGATGTTGACGGGTTATGTTAAA 360
||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||| |||
Sbjct 391 GAAGTAATGCCGGAGAGGAATATCGTGACTTGCAATGCGATGTTGACGGGTTTTGTCAAA 450
Query 361 TGTAGGAGAATGAATGAGGCTTGGACATTGTTTAGGGAAATGCCGAAGAATGTTGTTTCT 420
||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 451 TGTAGGAGATTGAATGAGGCTTGGACATTGTTTCGGGAAATGCCGAAGAACGTTGTTTCT 510
Query 421 TGGACTGTGATGCTTACTGCGCTATGTGACGACGGAAGGAGTGAAGATGCAGTTGAGTTG 480
||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 511 TGGACTGTGATGCTTACTGCGCTTTGTGACGATGGAAGGAGTGATGATGCAGTCGAGTTG 570
Query 481 TTCGATGAAATGCCTGAGAGAAATGTGGTTTCGTGGAACACTTTGGTAACGGGTTTGATT 540
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 571 TTTGATGAAATGCCTGAGAGAAATGTGGTTTCGTGGAACACGTTGGTTACGGGTTTGATT 630
Query 541 AGGAATGGTGATATGGAGAAGGCAAAACAGGTGTTTGATGCTATGCCTAGTAGAGATGTT 600
|||||||| || | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 631 AGGAATGGGGAAACGGAGAAGGCGAAACAGGTGTTTGATGCTATGCCTAGCCGAGATGTT 690
Query 601 GTGTCGTGGAACGCTATGATTAAAGGGTATATTGAGAATGATGGGATGGAGGAAGCGAAA 660
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||
Sbjct 691 GTGTCGTGGAACGCTATGATTAAAGGGTATATTGAGAATGGTGGAATGGAGGAGGCGAAA 750
Query 661 CTATTGTTTGGGGATATGAGTGAGAAGAATGTAGTTACTTGGACGAGTATGGTATATGGT 720
|||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 751 CTATTGTTTGAGAATATGAGTGAGAAGAATGTAGTTACTTGGACGAGTATGGTGTATGGT 810
Query 721 TATTGTAGGTATGGAGATGTTCGTGAAGCTTATAGATTGTTCTGTGAAATGCCGGAGAGA 780
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 811 TATTGTAGGTATGGAGATGTTCATGAAGCTTATAGATTGTTCTGTGAAATGCCTGAGAGA 870
Query 781 AATATCGTTTCTTGGACCGCTATGATTAGTGGGTTTGCTTGGAATGAGTTGTATAGAGAA 840
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 871 AATGTCGTTTCTTGGACCGCTATGATTAGTGGGTTTGCTTGGAATGAGTTCTATAGAGAA 930
Query 841 GCGTTGATGCTTTTTCTTGAAATGAAGAAGGATGTTGATGCAGTATCACCAAATGGTGAG 900
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 931 GCATTGATGCTTTTTCTTGAAATGAAGAAGGATGTTGATGCAATATCACCAAATGGTGAG 990
Query 901 ACTCTCATTTCTCTTGCTTATGCTTGTGGTGGTCTTGGTGTTGAATTTCGTCGTCTTGGT 960
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||
Sbjct 991 ACTCTCATCTCTCTTGCTTATGCTTGTGGTGGTCTTAGTGTTGGATTTCGTCGTCTCGGC 1050
Query 961 GAGCAATTGCACGCACAAGTTATATCTAACGGTTGGGAAACTGTGGATCACGATGGAAGG 1020
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||
Sbjct 1051 GAGCAATTGCACGCACAAGTTATATCTAACGGTTGGGAAAGTGTGGATCATGATGGAAGG 1110
Query 1021 TTGGCGAAAAGTCTTGTTCATATGTATGCATCATCTGGCTTGATTGCTTCAGCTCAATCT 1080
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||
Sbjct 1111 TTGGCGAAAAGTCTTGTTCATATGTATGCATCATTTGGCTTGATTGCTTCAGCGCAGTCT 1170
Query 1081 CTGCTTAATGAAAGCTTTGATTTGCAGTCTTGTAACATTATTATCAACCG-TTATCTAAA 1139
||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||
Sbjct 1171 CTGCTCAACGAAAGCTTTGATTTGCAGTCTTGTAACATTATTATC-AGCGCTTATCTAAA 1229
Query 1140 GAACGGGGATTTGGAGCGAGCTGAAACTCTGTTCGA-GAGAGTCAAGAGCTTACATGACA 1198
||| |||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||| ||||
Sbjct 1230 GAATGGGGATTTTGAGCGAGCTGAAACTCTGTTC-AGGAGAGTCGAGAGCTTACACGACA 1288
Query 1199 AAGTATCTTGGACATCGATGATCGATGGATATCTAGAAGCGGGTGATGTATCCAGGGCCT 1258
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||
Sbjct 1289 AAGTATCTTGGACATCGATGATCGATGGATATCTAGATGCGGGTGATGTATCGAGGGCCT 1348
Query 1259 TTGGTCTGTTTCAGAAACTTCACGACAAAGACGGGGTTACATGGACGGTTATGATCTCAG 1318
||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1349 TTGATCTGTTTCAGAAACTTCACGACAAAGATGGGGTTACATGGACTGTTATGATCTCAG 1408
Query 1319 GTCTTGTCCAAAACGAACTTTTTGCAGAAGCTGCATCCTTACTGTCAGATATGGTGAGAT 1378
||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1409 GTCTTGTCCGAAACGAGCTTTTTGCAGAAGCTGCATCCCTACTGTCAGATATGGTGAGAT 1468
Query 1379 GTGGTCTGAAACCGTTGAACTCGACTTACTCTGTTCTTCTTAGTTCTGCGGGAGCCACAT 1438
||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1469 GTGGTCTGAAACCATTGAACTCAACTTACTCTGTTCTTCTTAGTTCTGCGGGAGCCACTT 1528
Query 1439 CGAATCTCGATCAAGGGAAGCATATACACTGCGTGATTGCAAAAACCACGGCTTGCTATG 1498
||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1529 CGAATCTTGATCAAGGGAAGCATTTACACTGCGTGATTGCAAAAACCACAGCTTGCTATG 1588
Query 1499 ATCCTGATCTCATCCTTCAAAACTCTCTTGTCTCTATGTACGCCAAATGCGGAGCCATAG 1558
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||
Sbjct 1589 ATCCTGATCTCATCCTTCAAAACTCTCTTGTCTCTATGTATGCCAAATGTGGAGCCATAG 1648
Query 1559 AGGATGCTTATGAGATATTCGCAAAGATGGTTCAGAAAGATACAGTTTCATGGAACTCTA 1618
| |||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1649 ACGATGCTTATGAGATATTCTCAAAGATGGTCCGGAAAGATACAGTTTCATGGAACTCTG 1708
Query 1619 TGATCATGGGGTTATCGCATCACGGCTTAGCGGATAAAGCCTT-AAATCTGTTCAAAGAG 1677
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||
Sbjct 1709 TGATCATAGGGTTATCGCATCACGGCTTAGCGGATAAAGCTTTGAAA-CTGTTCAAAGAG 1767
Query 1678 ATGCTTGATTCGGGGAAGAAACCGAACTCTGTAACGTTTCTCGGAGTCCTCTCTGCTTGT 1737
|||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||
Sbjct 1768 ATGCTTGATTCGGGGATGAAACCGAACTCTGTAACTTTTCTCGCAGTCCTCTCAGCTTGT 1827
Query 1738 AGTCACTCTGGACTCATCACCAGAGGTTTAGAACTATTCAAAGCGATGAAAGAAACCTAT 1797
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1828 AGCCACTCTGGACTCATCACCAGAGGTTTAGAACTATTCAAAGCGATGAAGGAAACCTAT 1887
Query 1798 TCGATCCAGCCCGGAATCGACCATTACATCTCGATGATAGACCTTTTAGGCAGAGCCGGA 1857
|||||||| |||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1888 TCGATCCAACCCGGAGTCGAGCATTACATTTCGATGATAGACCTTTTAGGCAGAGCCGGA 1947
Query 1858 AAACTAAAAGAAGCAGAGGAATTCATCTCAGCTCTGCCTTTCACTCCAGACCATACAGTC 1917
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1948 AAACTAAAAGAAGCAGAGGAATTCATCTCAGCCCTGCCTTTCACTCCAGACCATACAGTC 2007
Query 1918 TACGGCGCATTGTTAGGCTTATGCGGACTCAACTGGAGAGATAAAGATGCAGAAGGCATA 1977
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||
Sbjct 2008 TACGGCGCATTGTTAGGCTTATGCGGACTCAACTGGAGAGATAGAGATGCGGCAGGCATA 2067
Query 1978 GCGGAACGAGCTGCAATGCGGTTGCTAGAGCTTGACCCAGTCAATGCACCAGGACATGTG 2037
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2068 GCGGAACGAGCTGCAATGCGGTTGCTAGAGCTTGACCCAGTAAATGCACCAGGACATGTG 2127
Query 2038 GCGCTATGCAACGTGTATGCGGGACTAGGGAGGCATGATATGGAGAAGGAAATGAGAAAA 2097
|||||||| ||| ||||||| ||| ||||||||||||| |||||||| |||||||| |||
Sbjct 2128 GCGCTATGTAACATGTATGCCGGATTAGGGAGGCATGAGATGGAGAAAGAAATGAGGAAA 2187
Query 2098 GAGATGGGAATAAAAGGAGTGAAGAAGACACCAGGATGTAGTTGGGTTGTGGTTAATGGA 2157
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||
Sbjct 2188 GAGATGGGAATAAAAGGAGTGAAGAAGACACCAGGATGTAGTTGGATTGTGGTAAATGGA 2247
Query 2158 AGAGCTAATGTGTTTCTCTCTGGTGATAAGTCTGCAAGTGAAGCTGCTCAGATGGTTTTG 2217
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2248 AGAGCTAATGTGTTTCTCTCTGGTGATAAGTCTGCAAGTGAAGCTGCTCAGATGGTTTTG 2307
Query 2218 CCAATCTTTTGTGGTAATGAAATGCTTGAGGAGGAAGAAGAGAAACCGTTGAGTCTAT-- 2275
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2308 CCAATCTTTTGTGGTAATGAAATGCTTGAGGAGGAAGAAGAGAAACCGTTGAGTCTATTA 2367
Query 2276 -GCCATTGCTGA 2286
|||||||||||
Sbjct 2368 TGCCATTGCTGA 2379
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 86083953700
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5