BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G33520.1
Length=1798
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg922444 jgi|Araly1|922444|scaffold_103725.1 2200 0.0
> Ahg922444 jgi|Araly1|922444|scaffold_103725.1
Length=1426
Score = 2200 bits (1191), Expect = 0.0
Identities = 1355/1433 (95%), Gaps = 15/1433 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 60 agaagagaAGGATTCATCATGAAGCTCTCTTTCTCTCTCCCTTCTAAATCTAAGCCCAAA 119
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 4 AGAAGAGAAGGA-TCATCATGAAGCTCTCTTTCTCTCTCCCTTCTAAATCCAAGCCCAAA 62
Query 120 GTCACAGCAACCACCGCCGACGGTAACAACGCCGTCGATGATGGAACTAGTAAAGAGTTC 179
||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 63 GTCACAGCAACCA---CCGACGCTAACAACGCCGTTGATGACGGAACTAGTAAAGAGTTC 119
Query 180 GTCACCGAATTCGATCCATCGAAAACCCTAGCTAATTCCATCCCCAAATACGTTATTCCT 239
||||| ||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 120 GTCACAGAATTTGATCCATCAAAAACCCTATCTAATTCCATCCCCAAATACGTTATTCCT 179
Query 240 CCGATTGAGAATACATGGAGACCTCACAAGAAGATGAAGAATCTCGATCTACCTCTTCAA 299
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 CCGATTGAGAATACATGGAGACCTCACAAGAAGATGAAGAATCTCGATCTACCTCTTCAA 239
Query 300 TCTGGTAACGCAGGTTCCGGACTCGAATTCGAGCCTGAGGTTCCTTTACCTGGTAC-TGA 358
|| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||
Sbjct 240 TCCGGTAATACAGGTTCCGGTCTCGAATTCGAGCCTGAGGTTCCTTTACCTGGT-CATGA 298
Query 359 GAAACCTGATAATATCAGTTACGGTTTAAATCTGCGTCAGAAAGTGAAGGATGATTCAAT 418
|| ||||||||| |||| || ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 299 GAGACCTGATAACATCACATATGGTTTGAATCTGCGTCAGAAAGTGAAGGAAGATTCAAT 358
Query 419 TGGTGGTGATGCGGTTGAAGAGCGGAAAGTATCTATGGGGGAGCAGCTTATGTTACAGAG 478
||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 359 TGGTGGTGATGCGATTGAAGATCGGAAAGTATCTATGGGGGAGCAGCTTATGTTACAAAG 418
Query 479 TTTGAGGAGAGATCTG-ATGTCACTTGCTGATGATCCGACTTTGGAGGATTTTGAGAGTG 537
|||||||| ||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 419 TTTGAGGAAAGATCTGCA-GTCACTTGCTGATGATCCAACTTTGGAGGATTTTGAGAGTG 477
Query 538 TTCCTGTGGATGGTTTCGGTGCTGCGTTGATGGCTGGATATGGATGGAAGCCAGGTAAGG 597
|||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 478 TTCCTGTGGAAGGTTTTGGAGCTGCGTTGATGGCTGGATATGGATGGAAGCCAGGTAAGG 537
Query 598 GAATAGGTAAGAATGCTAAAGAAGATGTTGAGATTAAGGAGTATAAAAAGTGGACTGCTA 657
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 538 GAATAGGTAAGAATGCTAAAGAAGATGTTGAGATTAAGGAATATAAGAAGTGGACTGCTA 597
Query 658 AGGAAGGGTTAGGTTTTGATCCTGATAGATCTAAGGTTGTTGATGTGAAGGCTAAAGTGA 717
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||
Sbjct 598 AGGAAGGGTTAGGTTTTGATCCTGATAGATCTAAGGTTGTGGATGTGAAGGTTAGAGTGA 657
Query 718 AGGAAAGTGTGAAACTTGATAAGAAGGGAGTAGGTATTAATGGTGGGGATGTGTTTTTTG 777
| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 658 AAGAAAGTGTGAAACTTGATAAGAAGGGAGTGGGTGTTAATGGTGGGGATGTGTTTTTTG 717
Query 778 TTGGGAAAGAAGTGAGGATTATTGCAGGGAGAGATGTAGGATTGAAGGGTAAGATTGTGG 837
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 718 TTGGGAAAGAAGTGAGGATTATTGCAGGGAGAGATGTAGGATTAAAGGGTAAGATTGTGG 777
Query 838 AGAAACCT-GGTAGTGAtttttttGTTATAAAGATCTCTGGAAGTGAAGAGGAAGTGAAA 896
||||| || ||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 778 AGAAA-CTGGGTAGTGATGTGTTTGTTATGAAGATCTCTGGAAGTGAAGAGGAAGTGAAA 836
Query 897 GTGGGTGTGAATGAGGTTGCTGATTTGGGTTCTAAGGAAGAGGAAAAGTGTTTGAAGAAG 956
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 837 GTGGGTGTGAATGAGGTTGCTGATTTGGGTTCTAAGGAAGAGGAAAAGTGTTTGAAGAAG 896
Query 957 TTGAAAGATTTGCAGTTAAATGATAGGGAGAAGGATAAGAAAACGAGTGGAAGAGGTAGA 1016
||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||| || ||||||||
Sbjct 897 TTGAAAGATTTGCAGTTAAATGACAAGGAGAAGGATAAGAAAGCGAGTAGAGGAGGTAGA 956
Query 1017 GGAGCAGAGAGAGGGAGTCGAAGTGAAGTTAGAGCCAGTGAGAAGCAAGATAGAGGTCAA 1076
||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 957 GGAACGGAGAGAGGGAGTCGAAGTGAAGTTAGAGTCAGTGAGAAGCACGATAGAGGTCAA 1016
Query 1077 ACAAGAGAGAGGAAAGTGAAGCCTTCATGGCTTAGGAGTCATATAAAGGTGCGAATAGT- 1135
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1017 ACAAGAGAGAGGAAAGTGAAGCCTTCATGGCTTAGGAGTCATATAAAGGTGCGAATAGTG 1076
Query 1136 AAGCAAAGA-TTGGAAGGGTGGGAGATTGTATCTTAAGAAAGGGAAGGTTGTTGATGTTG 1194
|| ||| || ||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1077 AA-CAAGGAATTGAAAGG-TGGGAGATTGTATCTTAAGAAAGGAAAGGTTGTTGATGTTG 1134
Query 1195 TTGGACCAACAACTTGTGATATCACGATGGATGAGACGCAAGAGTTGGTTCAAGGGGTGG 1254
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1135 TTGGACCAACAACTTGTGATATTACGATGGATGAGACACAAGAGTTGGTTCAAGGGGTGG 1194
Query 1255 ATCAGGAGTTGCTTGAGACGGCATTGCCTAGACGAGGAGGGCCGGTTTTGGTTTTATCGG 1314
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1195 ATCAGGAGTTGCTTGAGACAGCATTGCCTAGACGAGGAGGGCCGGTTTTGGTTTTATCGG 1254
Query 1315 GGAAGCATAAGGGTGTCTATGGAAATCTGGTTGAGAAAGATTTGGATAAAGAAACTGGTG 1374
||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1255 GGAAGCATAAGGGTGTCTACGGAAATCTTGTTGAGAAAGATTTGGATAAAGAAACTGGTG 1314
Query 1375 TGGTTCGTGATTTAGACAACCACAAGATGCTTGATGTTAGGCTTGACCAAGTTGCTGAGT 1434
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 1315 TGGTTCGTGATTTAGATAACCACAAGATGCTTGATGTTAGACTTGATCAAGTTGCTGAGT 1374
Query 1435 ACATGGGTGATATGGATGATATTGAATACTAAAACTCTATGGTGAACTGAAGC 1487
|||||||||||||||| ||||||||||||| || |||| || |||||||||||
Sbjct 1375 ACATGGGTGATATGGAGGATATTGAATACTGAA-CTCTCTGTTGAACTGAAGC 1426
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 67495914140
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5