BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT1G33700.1 Length=3476 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg473529 jgi|Araly1|473529|fgenesh2_kg.1__3483__AT1G33700.2 5040 0.0 > Ahg473529 jgi|Araly1|473529|fgenesh2_kg.1__3483__AT1G33700.2 Length=3454 Score = 5040 bits (2729), Expect = 0.0 Identities = 3233/3473 (93%), Gaps = 47/3473 (1%) Strand=Plus/Plus Query 32 tctctctctcAGCTCTGGAGAATTAAACAGAGAAA--TTTT--T-T--GG-GT-TTATAT 82 |||||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||| | | || | |||||| Sbjct 1 TCTCTCTCTCTGCTCTGGAGAATTGAACAGAGAAACCTTTTGGTCTCAGGTTTATTATAT 60 Query 83 CAAAGATGCAAAACGTTCCTGAAGACCAAAACAAAATGGTCATAGATGATAAACTTCCTC 142 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 61 CAAAGATGCAAAACGTTCCTGAAGACCAAAACCAAATGGTCATAGATGATAAACTTCCTC 120 Query 143 CATTTTCATGGGAAAGAAAGTTGAACAGTCAAGCAAAGACTCCTTCTGAGTTCAAATTGA 202 |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 121 CATTTTCATGGGAAAGGAAGTTGAACAGTCAAGCAAAGACCCCTTCTGAGTTCAAATTGA 180 Query 203 GTAAACGAGATCA-CATGCATCTGTTTCCATTAGGCTACAGATTGTGGCGTCACACCAAA 261 ||||||||||||| | | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| Sbjct 181 GTAAACGAGATCATC-TTCATCTGTTTCCATTAGGATACAGATTGTGGCGTCATACCAAA 239 Query 262 GACGAAGCCGCCAAAGGAAGAGCTTCGATCTTCGATATCTTCAGAAAACACCATATTACG 321 ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 240 GACGAAGCCGCAAAAGGAAGGGCTTCGATCTTCGATATCTTCAGAAAACACCATATAACA 299 Query 322 GGAGATCACGGTGTCCCTTTAGGAGGAATTGGTTCAGGAAGCATTGGAAGGAGTTACAAG 381 |||||||| || |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 300 GGAGATCATGGAGTCCCTTTGGGAGGAATTGGTGCAGGAAGCATTGGAAGGAGTTACAAG 359 Query 382 GGTGAGTTTCAGCAGTTCAAGCTGTTCCCAAAAATTTGTGAGGAAGCTCCAATCCTCACA 441 ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 360 GGTGAGTTTCAGCAGTTCAAGCTATTCCCAAAAATTTGTGAGGAAGCTCCAATACTCACA 419 Query 442 AACCAATTCTCTGCTTTTGTTTCTCGTCCTGGAGGTGTGAAACACTCAACTGTTCTATGT 501 |||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||| Sbjct 420 AACCAATTCTCTGCCTTTGTTTCTCGTCCTGGCGATGTGAATTACTCAACTGTTCTATGC 479 Query 502 CCATCAAAGCCACAAGTTGTCAAAGACAATGGAGGCTATTTATGCCAAGGCCAAGCTCCA 561 |||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||| Sbjct 480 CCATCAAAGCCACAAGTTATTAAAGACAATGGAGGTTATTTATGCAAAGGCCAAGTTCCA 539 Query 562 AATATGGGAATTGAGTCTTGGGACTGGAACATGACAGGGGAAAAATCTACTTACCATGCT 621 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 540 AATATAGGAATTGAGTCTTGGGACTGGAACATGACAGGGGAAAAATCTACCTACCATGCT 599 Query 622 CTTTATCCGAGGTCTTGGACCGTCTATGATGGTGAACCTGACCCTGAACTCAGAATAGTT 681 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 600 CTTTATCCGAGGTCTTGGACCGTCTATGATGGTGAACCTGACCCTGAACTCAGAATAGTT 659 Query 682 TCACGTCAAGTCTCTCCCTTTATACCTCATAATTACGAGGAAAGCAGTCTTCCGGTTTCG 741 || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 660 TCTCGTCAAGTCTCTCCCTTTATACCTCATAATTACGAGGAAAGCAGTCTTCCGGTTTCA 719 Query 742 GTTTTCAACTTCACGGTGACTAATACTGGAGCAGAACCAGCAATTGTAACTTTGCTCTTT 801 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||| Sbjct 720 GTTTTCAACTTCACGGTGACTAATACTGGAGCAGAACAAGCAATTGTTACTCTGCTCTTT 779 Query 802 ACTTGGGAGAATTCTGTGGGAGGTGCTTCTGGACTAACTGGACAACACTTTAACTCAACT 861 ||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||| |||||||||||||| Sbjct 780 ACTTGGGAGAATTCTGTGGGAGGAGCCTCTGGATTAACTGGACAGCACTTTAACTCAACA 839 Query 862 ATGAAAGCAAAAGATGGAGTTCATGCAGTAGCCTTACAGCACAAGACAGCAAATGGACAC 921 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 840 ATGAAGGCAAAAGATGGAGTTCATGCAGTAGCCTTACAGCACAAGACAGCAAATGGACAC 899 Query 922 CCACCTGTTAGCTACGCAATTGCGGCAAAAGAAACAGAGGATGTTCGTGTCTCCTCATGT 981 ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 900 CCACCAGTTAGCTATGCAATTGCGGCAAAAGAAACAGAGGATGTTCGTGTCTCCTCGTGT 959 Query 982 CCTTGTTTCATTGTTTCTGGCACTACTCCTAATCAAA-TCACAGCAGGAGATATGTGGGA 1040 |||||||| || ||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 960 CCTTGTTTTATAGTTTCGGGCACTACTCCTAA-CAAAATCACAGCAGGAGATATGTGGGA 1018 Query 1041 TGAGATTAAAAAGAATGCATCATTCGACAAGTTAACCAGCAATGCATGCTCTCCTTCGAA 1100 ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || Sbjct 1019 TGAGATTAAAAAGAATGCATCATTCGACAAGTTGACCAGCAATGCATGCTCTCCTTCAAA 1078 Query 1101 ACCTGGAACTTCCATTGGAGCAGCCATAGCAGCAAAGGTGAAAGTTCCACCGGGATGTGA 1160 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||| Sbjct 1079 ACCTGGAACTTCCATTGGAGCAGCCATAGCAGCAAAAGTGAAAGTTCCACCAGGCTGTGA 1138 Query 1161 CCGCACAGTCACATTTTCCCTCTCTTGGGATTGTCCCGAGGCTAGATTCGACGAGAAGAC 1220 ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 1139 CCGAACAGTCACATTTTCGCTCTCTTGGGATTGTCCCGAGGCTAGATTCGATGAGAAGAC 1198 Query 1221 TTACCATAGACGATACACAAGATTCTATGGTAGTTTAGGAAATGCTGCGGTAGCAATGGC 1280 ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 1199 TTACCATAGACGATACACAAGATTCTACGGAAGTTTAGGAAATGCAGCGGTAGCAATGGC 1258 Query 1281 TCACGACGCTCTTCTCAACTTTCCTGAATGGGAAACTCAGATTGAAGAGTGGCAAGCTCC 1340 ||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1259 TCACGACGCTCTTTTAAACTTTTCTGAATGGGAAACTCAGATTGAAGAGTGGCAAGCTCC 1318 Query 1341 TGTTCTTGCTGACACAACACTTCCTGAGTGGTATAGAGTAACCCTCTTCAATGAACTATA 1400 | |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||| |||||||| Sbjct 1319 TATTCTTGCTGACACAACACTTCCTGAGTGGTATCGAATAACTCTCTTCAACGAACTATA 1378 Query 1401 CTATTTCAACTCAGGAGGAACAATGTGGACCGATGGTTTACCTCCAAAGCAAAGCTTAGA 1460 ||||||||||||||| || || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1379 CTATTTCAACTCAGGGGGGACCATGTGGACTGATGGTTTACCTCCAAAGCAAAGCTTAGA 1438 Query 1461 TAGTATAGGAAGAAGAAAGATCTCTCTCGGTTTATCAACCA-TAGACAAAAATGATCAAG 1519 |||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||| | ||||| | ||||| || Sbjct 1439 TAGTATAGGAAGGAGAAAGATCTCTCTCAGTATATCAACCACT-GACAATACTGATCCAG 1497 Query 1520 ACCAGAACAACGTAGCCTTAGACATCCTGGGAAGAATCGATGCGGTCTGCTCACAGATTC 1579 |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1498 ACCAGAACGACATAGCCTTAGACATCCTGGGAAGAATCGATGCGGTCTGCTCACAGATTC 1557 Query 1580 ACGCTCCTTTAACCTCAAATGCTGCGCTCGGAAAC-ACTATGATTCAGAACACCACAGAG 1638 | ||||||||| |||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1558 ATGCTCCTTTATCCTCAAATGCTGCGCTTGGAA-CTACTATGATTCAGAACACCTCAGAG 1616 Query 1639 AACATTGGACAGTTCCTTTACCTAGAAGGAGTTCAATATCTAATGTACAATACTTATGAT 1698 ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1617 AACATTGGACAATTCCTTTACCTAGAAGGAATTCAATATCTAATGTACAATACTTATGAT 1676 Query 1699 GTTCATTTCTACTCCTCTTTTGCATTGCTCATGCTTTTTCCAAAAATTGAGCTAAGTATC 1758 |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 1677 GTTCATTTCTACTCTTCTTTCGCATTGCTTATGCTTTTTCCAAAACTTGAGCTAAGTATC 1736 Query 1759 CAGAGAGATTTCGCGGCTGCGGTTCTGATGCATGATTCTAGCAAGAAACAGGTCATGAGC 1818 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 1737 CAGAGAGATTTCGCGGCTGCGGTTCTGATGCATGATTCCAGCAAGAAACAGGTCATGAGC 1796 Query 1819 TCTGGCGAATTTGTTACCAGAAAAGTTCTAGGAGCTGTTCCTCATGATATTGGTTTGAAC 1878 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 1797 TCTGGCGAATTTGTTACCAGAAAAGCTCTAGGAGCTGTTCCTCATGATATCGGTTTGAAC 1856 Query 1879 GATCCTTGGTTTGAACTTAATGCTTATAACTTGTTCAACACGGATAGGTGGAAAGACTTG 1938 ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 1857 GATCCTTGGTTTGAAGTTAATGCTTATAACTTGTTCAACACGGATAGATGGAAAGACTTG 1916 Query 1939 AACTCCAAGTTTGTTCTTCAAGTTTACAGAGATGTGGTTGCAACTGGTGACTTAAACTTT 1998 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||| Sbjct 1917 AACTCCAAGTTTGTTCTTCAAGTTTACAGAGATGTGGTTGCGACTGGTGACCTGAACTTT 1976 Query 1999 GCGAAAGCGGTTTGGCCGTCGGTTTACACTGCAATCGCCTACTTGGACCAGTTTGATAAA 2058 ||||||||||||||||| |||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||| Sbjct 1977 GCGAAAGCGGTTTGGCCATCGGTTTACACTGCCATTGCTTACTTGGACCAGTTTGATAAA 2036 Query 2059 GACGGAGACGGGATGATTGAAAACGAAGGGTTTCCAGATCAGACTTATGACGCGTGGTCT 2118 |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 2037 GACGGAGATGGGATGATTGAGAACGAAGGGTTTCCAGATCAGACTTATGACGCATGGTCT 2096 Query 2119 TGCTCAGGAGTTAGTGCTTATTGCGGGGGTCTTTGGGTCGCGGCTCTTCAGGCCGGATCT 2178 ||||| |||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 2097 TGCTCGGGAGTTAGCGCTTACTGCGGTGGTCTCTGGGTCGCAGCTCTTCAGGCCGGATCT 2156 Query 2179 GCGTTGGCCCGTGAAATTGGGGACAATGGGGCTGCAGTTTACTTCAACGCTAAGTATGAG 2238 ||||||||||||||| |||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 2157 GCGTTGGCCCGTGAAGTTGGGGACAACGGAGCTGCGGTTTACTTCAACGCTAAGTATGAG 2216 Query 2239 AAAGCTAGAAGCGTTTACGAGAAGCTTTGGAACGGTTCTTATTTCAATTACGATAACAGT 2298 ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| Sbjct 2217 AAAGCGAGAAGCGTTTACGAGAAGCTTTGGAACGGTTCTTATTTCAATTACGACAATAGT 2276 Query 2299 CGAAGCGGCTCGAGCTCGTCGATCTTGGCTGATCAGAT-GGCTGGACAATGGTATGCGAG 2357 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||| Sbjct 2277 CGAAGCGGCTCGAGCTCGTCGATCTTGGCTGATCA-ATTGGCTGGACAATGGTACGCGAG 2335 Query 2358 AGCTTGTGGACTGAAGCCGATAGCGAAAGAAGAATGGATAAAGAAAGCGTTGGAGACGGT 2417 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 2336 AGCTTGTGGACTGAAGCCGATAGCGAAAGAAGAGTGGATAAAGAAAGCATTGGAGACGGT 2395 Query 2418 CTACGACTTCAATGTGATGAGAGTGAGAGATGGAACACGTGGTGCTGTGAACGGGATGTT 2477 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2396 CTACGACTTCAATGTGATGAGAGTGAGAGATGGGACACGTGGTGCTGTGAACGGGATGTT 2455 Query 2478 ACCTGATGGACGAGTAGACACAAGCACGATGGTGTCGAGGGAGGTTTGGGCTGGGACAAC 2537 ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || Sbjct 2456 ACCTGATGGACGAGTAGACACAAGCACGATGGTATCGAGGGAGGTTTGGGCCGGGACTAC 2515 Query 2538 ATACTCGGTCGCGGCTTGTATGATTCAAGAAGGGCTTGCGGATAAAGGTTTTAGGACAGC 2597 ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 2516 ATACTCGGTTGCGGCTTGTATGATACAAGAAGGGCTTGCAGATAAAGGTTTTAGGACAGC 2575 Query 2598 AAGTGGAATCTATGAGGCCGCTTGGTCCGACCGTGGTCTAGGCTGCGCATTTCAGACACC 2657 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 2576 AAGTGGAATCTATGAGGCCGCTTGGTCCGACCGTGGTCTCGGCTGCGCATTTCAGACACC 2635 Query 2658 AGAGGCATGGACCACGAACGATGAATATAGGTCACTTTGCTACATGAGGCCTTTAGCTAT 2717 |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||| Sbjct 2636 AGAGGCATGGACCACGAACGATGAGTATAGGTCACTTTGTTACATGAGGCCATTAGCTAT 2695 Query 2718 ATGGGGTATACAATGGGCACACACAATGCCAAAACCTAACAGAGAACAAGAAGTATCGCT 2777 ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 2696 ATGGGGTATACAATGGGCACACACAATGCCACAACCTAACAGAGAACAAGAAGTATCTCT 2755 Query 2778 CAGGCCACAAGAGGAAGATGCAACGTCTGTGTTGTTTCAACAACACGCTGGGTTTATCAA 2837 ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2756 CAGGCAACAAGAGGAAGATGCAACGTCTGTGTTATTTCAACAACACGCTGGGTTTATCAA 2815 Query 2838 AGTGGCTCACTATCTGAAAAACACTAAGGGAAAGGACCATAGAAACCGCCTCCAGACTGC 2897 |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 2816 AGTGGCTCACTATCTGAAAAACACCAAGGGAAAGGACCATAGAAACCGCCTTCAGACTGC 2875 Query 2898 GTATGAGACATTCCTCAAGACGATTCGCCTATAGGCCAGGCCACGACCTAACTTTGCGTC 2957 ||| ||||| ||||||| | ||||||||||| |||||| || ||||||||| || ||| Sbjct 2876 GTACGAGACCTTCCTCAGGGTAATTCGCCTATAAGCCAGGGCAAGACCTAACTATGAGTC 2935 Query 2958 TCAGGACATCCAAGTTCTGTTCAGA--TATCCATAC-TTATTTTTGGTCTCTTTCACGGT 3014 ||||||||||| |||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||| || | Sbjct 2936 GCAGGACATCCA-GTTCTGTTCAGAGATATCCATTCCTTATTTTTGGTCTCTTTTACTAT 2994 Query 3015 TTTTGCGACCCTCTTTTATGCGTTTATTTCATTTGTTGGATA--ATTAATTTACGATTAT 3072 | |||| |||||||| |||| |||||||||| |||||||||| |||| ||||| ||| | Sbjct 2995 TGTTGCTACCCTCTTCTATGTGTTTATTTCAATTGTTGGATATTATTACTTTACCATTGT 3054 Query 3073 AGACAGAAGCAAATGTTAATAA--A-CTTTCTACTGTCGACAATGCTTA-AGAT-TT-TC 3126 |||||||||||||||||||||| | ||||||||| | ||| || | ||| || || Sbjct 3055 AGACAGAAGCAAATGTTAATAATTAACTTTCTACTCT--ACA--GCACAGAGAAATTATC 3110 Query 3127 -TGTAACAAGGCTCTCGAA-CCTAACTCTACTGaaaaaaaa-aaaaaaaaaaacaaaaaC 3183 ||||||||||||||| || |||| | ||||||||| ||| ||||||||||| |||||| Sbjct 3111 CTGTAACAAGGCTCTCAAAACCTAGCACTACTGAAATTAAAGAAAAAAAAAAA-AAAAAC 3169 Query 3184 TGAAGCAAGAAACTGTAAAAGTGATCACAACTTCTTAGAAACACCTTAAGCAATAGCAGC 3243 ||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 3170 TGAAGCAAGAATCAGTAAAAATGATCACAACTTCTTAGAAATACCTTAAGCAATAGCAGC 3229 Query 3244 AGTACAGATACAGAAGAGGAGCGAATTAGGGTTTACTCAGATCACAGTACATAATCTAAA 3303 | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||| Sbjct 3230 AATACAGATACAGAAGAGGAGCGAATTAGGGTGTACTCAGATCACAGTGCAAAATCTAAA 3289 Query 3304 GGGAGAATGAGTCATGCATATTTAGATCCAACGATTATAAGAAGACATAACGAACAGCTG 3363 ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| | | | | Sbjct 3290 GGGAGAATGAGTCATGCATGTTTAGATCCAACAATTATAAGAAGACATATC-A---G--G 3343 Query 3364 AGGAACTGCTAATGCTCTGTCTCAATCAGGATGTGCAGTTTAGGAATGCAAGTCTACTAA 3423 |||||||||| | ||| ||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 3344 AGGAACTGCTGAGGCT--GTCTCAAACACGATGTGCAGTTTCCGAATGCAAGTCTACTAA 3401 Query 3424 CCTTGCATTACATATGATCTTCTAGCGAGCCACATCATAAGCCTGGTCTGCAT 3476 |||||||||| ||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 3402 CCTTGCATTAGTTATGATCTTCTGGAGAGCCGCATCATAAGCCTGGTCTGCAT 3454 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 131260569277 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5