BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G33700.1
Length=3476
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg473529 jgi|Araly1|473529|fgenesh2_kg.1__3483__AT1G33700.2 5040 0.0
> Ahg473529 jgi|Araly1|473529|fgenesh2_kg.1__3483__AT1G33700.2
Length=3454
Score = 5040 bits (2729), Expect = 0.0
Identities = 3233/3473 (93%), Gaps = 47/3473 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 32 tctctctctcAGCTCTGGAGAATTAAACAGAGAAA--TTTT--T-T--GG-GT-TTATAT 82
|||||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||| | | || | ||||||
Sbjct 1 TCTCTCTCTCTGCTCTGGAGAATTGAACAGAGAAACCTTTTGGTCTCAGGTTTATTATAT 60
Query 83 CAAAGATGCAAAACGTTCCTGAAGACCAAAACAAAATGGTCATAGATGATAAACTTCCTC 142
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 CAAAGATGCAAAACGTTCCTGAAGACCAAAACCAAATGGTCATAGATGATAAACTTCCTC 120
Query 143 CATTTTCATGGGAAAGAAAGTTGAACAGTCAAGCAAAGACTCCTTCTGAGTTCAAATTGA 202
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 121 CATTTTCATGGGAAAGGAAGTTGAACAGTCAAGCAAAGACCCCTTCTGAGTTCAAATTGA 180
Query 203 GTAAACGAGATCA-CATGCATCTGTTTCCATTAGGCTACAGATTGTGGCGTCACACCAAA 261
||||||||||||| | | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 181 GTAAACGAGATCATC-TTCATCTGTTTCCATTAGGATACAGATTGTGGCGTCATACCAAA 239
Query 262 GACGAAGCCGCCAAAGGAAGAGCTTCGATCTTCGATATCTTCAGAAAACACCATATTACG 321
||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 240 GACGAAGCCGCAAAAGGAAGGGCTTCGATCTTCGATATCTTCAGAAAACACCATATAACA 299
Query 322 GGAGATCACGGTGTCCCTTTAGGAGGAATTGGTTCAGGAAGCATTGGAAGGAGTTACAAG 381
|||||||| || |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 GGAGATCATGGAGTCCCTTTGGGAGGAATTGGTGCAGGAAGCATTGGAAGGAGTTACAAG 359
Query 382 GGTGAGTTTCAGCAGTTCAAGCTGTTCCCAAAAATTTGTGAGGAAGCTCCAATCCTCACA 441
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 360 GGTGAGTTTCAGCAGTTCAAGCTATTCCCAAAAATTTGTGAGGAAGCTCCAATACTCACA 419
Query 442 AACCAATTCTCTGCTTTTGTTTCTCGTCCTGGAGGTGTGAAACACTCAACTGTTCTATGT 501
|||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||
Sbjct 420 AACCAATTCTCTGCCTTTGTTTCTCGTCCTGGCGATGTGAATTACTCAACTGTTCTATGC 479
Query 502 CCATCAAAGCCACAAGTTGTCAAAGACAATGGAGGCTATTTATGCCAAGGCCAAGCTCCA 561
|||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||
Sbjct 480 CCATCAAAGCCACAAGTTATTAAAGACAATGGAGGTTATTTATGCAAAGGCCAAGTTCCA 539
Query 562 AATATGGGAATTGAGTCTTGGGACTGGAACATGACAGGGGAAAAATCTACTTACCATGCT 621
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 540 AATATAGGAATTGAGTCTTGGGACTGGAACATGACAGGGGAAAAATCTACCTACCATGCT 599
Query 622 CTTTATCCGAGGTCTTGGACCGTCTATGATGGTGAACCTGACCCTGAACTCAGAATAGTT 681
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 CTTTATCCGAGGTCTTGGACCGTCTATGATGGTGAACCTGACCCTGAACTCAGAATAGTT 659
Query 682 TCACGTCAAGTCTCTCCCTTTATACCTCATAATTACGAGGAAAGCAGTCTTCCGGTTTCG 741
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 TCTCGTCAAGTCTCTCCCTTTATACCTCATAATTACGAGGAAAGCAGTCTTCCGGTTTCA 719
Query 742 GTTTTCAACTTCACGGTGACTAATACTGGAGCAGAACCAGCAATTGTAACTTTGCTCTTT 801
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||
Sbjct 720 GTTTTCAACTTCACGGTGACTAATACTGGAGCAGAACAAGCAATTGTTACTCTGCTCTTT 779
Query 802 ACTTGGGAGAATTCTGTGGGAGGTGCTTCTGGACTAACTGGACAACACTTTAACTCAACT 861
||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 780 ACTTGGGAGAATTCTGTGGGAGGAGCCTCTGGATTAACTGGACAGCACTTTAACTCAACA 839
Query 862 ATGAAAGCAAAAGATGGAGTTCATGCAGTAGCCTTACAGCACAAGACAGCAAATGGACAC 921
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 840 ATGAAGGCAAAAGATGGAGTTCATGCAGTAGCCTTACAGCACAAGACAGCAAATGGACAC 899
Query 922 CCACCTGTTAGCTACGCAATTGCGGCAAAAGAAACAGAGGATGTTCGTGTCTCCTCATGT 981
||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 900 CCACCAGTTAGCTATGCAATTGCGGCAAAAGAAACAGAGGATGTTCGTGTCTCCTCGTGT 959
Query 982 CCTTGTTTCATTGTTTCTGGCACTACTCCTAATCAAA-TCACAGCAGGAGATATGTGGGA 1040
|||||||| || ||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 CCTTGTTTTATAGTTTCGGGCACTACTCCTAA-CAAAATCACAGCAGGAGATATGTGGGA 1018
Query 1041 TGAGATTAAAAAGAATGCATCATTCGACAAGTTAACCAGCAATGCATGCTCTCCTTCGAA 1100
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1019 TGAGATTAAAAAGAATGCATCATTCGACAAGTTGACCAGCAATGCATGCTCTCCTTCAAA 1078
Query 1101 ACCTGGAACTTCCATTGGAGCAGCCATAGCAGCAAAGGTGAAAGTTCCACCGGGATGTGA 1160
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||
Sbjct 1079 ACCTGGAACTTCCATTGGAGCAGCCATAGCAGCAAAAGTGAAAGTTCCACCAGGCTGTGA 1138
Query 1161 CCGCACAGTCACATTTTCCCTCTCTTGGGATTGTCCCGAGGCTAGATTCGACGAGAAGAC 1220
||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1139 CCGAACAGTCACATTTTCGCTCTCTTGGGATTGTCCCGAGGCTAGATTCGATGAGAAGAC 1198
Query 1221 TTACCATAGACGATACACAAGATTCTATGGTAGTTTAGGAAATGCTGCGGTAGCAATGGC 1280
||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1199 TTACCATAGACGATACACAAGATTCTACGGAAGTTTAGGAAATGCAGCGGTAGCAATGGC 1258
Query 1281 TCACGACGCTCTTCTCAACTTTCCTGAATGGGAAACTCAGATTGAAGAGTGGCAAGCTCC 1340
||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 TCACGACGCTCTTTTAAACTTTTCTGAATGGGAAACTCAGATTGAAGAGTGGCAAGCTCC 1318
Query 1341 TGTTCTTGCTGACACAACACTTCCTGAGTGGTATAGAGTAACCCTCTTCAATGAACTATA 1400
| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||| ||||||||
Sbjct 1319 TATTCTTGCTGACACAACACTTCCTGAGTGGTATCGAATAACTCTCTTCAACGAACTATA 1378
Query 1401 CTATTTCAACTCAGGAGGAACAATGTGGACCGATGGTTTACCTCCAAAGCAAAGCTTAGA 1460
||||||||||||||| || || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1379 CTATTTCAACTCAGGGGGGACCATGTGGACTGATGGTTTACCTCCAAAGCAAAGCTTAGA 1438
Query 1461 TAGTATAGGAAGAAGAAAGATCTCTCTCGGTTTATCAACCA-TAGACAAAAATGATCAAG 1519
|||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||| | ||||| | ||||| ||
Sbjct 1439 TAGTATAGGAAGGAGAAAGATCTCTCTCAGTATATCAACCACT-GACAATACTGATCCAG 1497
Query 1520 ACCAGAACAACGTAGCCTTAGACATCCTGGGAAGAATCGATGCGGTCTGCTCACAGATTC 1579
|||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1498 ACCAGAACGACATAGCCTTAGACATCCTGGGAAGAATCGATGCGGTCTGCTCACAGATTC 1557
Query 1580 ACGCTCCTTTAACCTCAAATGCTGCGCTCGGAAAC-ACTATGATTCAGAACACCACAGAG 1638
| ||||||||| |||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1558 ATGCTCCTTTATCCTCAAATGCTGCGCTTGGAA-CTACTATGATTCAGAACACCTCAGAG 1616
Query 1639 AACATTGGACAGTTCCTTTACCTAGAAGGAGTTCAATATCTAATGTACAATACTTATGAT 1698
||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1617 AACATTGGACAATTCCTTTACCTAGAAGGAATTCAATATCTAATGTACAATACTTATGAT 1676
Query 1699 GTTCATTTCTACTCCTCTTTTGCATTGCTCATGCTTTTTCCAAAAATTGAGCTAAGTATC 1758
|||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1677 GTTCATTTCTACTCTTCTTTCGCATTGCTTATGCTTTTTCCAAAACTTGAGCTAAGTATC 1736
Query 1759 CAGAGAGATTTCGCGGCTGCGGTTCTGATGCATGATTCTAGCAAGAAACAGGTCATGAGC 1818
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1737 CAGAGAGATTTCGCGGCTGCGGTTCTGATGCATGATTCCAGCAAGAAACAGGTCATGAGC 1796
Query 1819 TCTGGCGAATTTGTTACCAGAAAAGTTCTAGGAGCTGTTCCTCATGATATTGGTTTGAAC 1878
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1797 TCTGGCGAATTTGTTACCAGAAAAGCTCTAGGAGCTGTTCCTCATGATATCGGTTTGAAC 1856
Query 1879 GATCCTTGGTTTGAACTTAATGCTTATAACTTGTTCAACACGGATAGGTGGAAAGACTTG 1938
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1857 GATCCTTGGTTTGAAGTTAATGCTTATAACTTGTTCAACACGGATAGATGGAAAGACTTG 1916
Query 1939 AACTCCAAGTTTGTTCTTCAAGTTTACAGAGATGTGGTTGCAACTGGTGACTTAAACTTT 1998
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||
Sbjct 1917 AACTCCAAGTTTGTTCTTCAAGTTTACAGAGATGTGGTTGCGACTGGTGACCTGAACTTT 1976
Query 1999 GCGAAAGCGGTTTGGCCGTCGGTTTACACTGCAATCGCCTACTTGGACCAGTTTGATAAA 2058
||||||||||||||||| |||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||
Sbjct 1977 GCGAAAGCGGTTTGGCCATCGGTTTACACTGCCATTGCTTACTTGGACCAGTTTGATAAA 2036
Query 2059 GACGGAGACGGGATGATTGAAAACGAAGGGTTTCCAGATCAGACTTATGACGCGTGGTCT 2118
|||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2037 GACGGAGATGGGATGATTGAGAACGAAGGGTTTCCAGATCAGACTTATGACGCATGGTCT 2096
Query 2119 TGCTCAGGAGTTAGTGCTTATTGCGGGGGTCTTTGGGTCGCGGCTCTTCAGGCCGGATCT 2178
||||| |||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2097 TGCTCGGGAGTTAGCGCTTACTGCGGTGGTCTCTGGGTCGCAGCTCTTCAGGCCGGATCT 2156
Query 2179 GCGTTGGCCCGTGAAATTGGGGACAATGGGGCTGCAGTTTACTTCAACGCTAAGTATGAG 2238
||||||||||||||| |||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2157 GCGTTGGCCCGTGAAGTTGGGGACAACGGAGCTGCGGTTTACTTCAACGCTAAGTATGAG 2216
Query 2239 AAAGCTAGAAGCGTTTACGAGAAGCTTTGGAACGGTTCTTATTTCAATTACGATAACAGT 2298
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 2217 AAAGCGAGAAGCGTTTACGAGAAGCTTTGGAACGGTTCTTATTTCAATTACGACAATAGT 2276
Query 2299 CGAAGCGGCTCGAGCTCGTCGATCTTGGCTGATCAGAT-GGCTGGACAATGGTATGCGAG 2357
||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||
Sbjct 2277 CGAAGCGGCTCGAGCTCGTCGATCTTGGCTGATCA-ATTGGCTGGACAATGGTACGCGAG 2335
Query 2358 AGCTTGTGGACTGAAGCCGATAGCGAAAGAAGAATGGATAAAGAAAGCGTTGGAGACGGT 2417
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2336 AGCTTGTGGACTGAAGCCGATAGCGAAAGAAGAGTGGATAAAGAAAGCATTGGAGACGGT 2395
Query 2418 CTACGACTTCAATGTGATGAGAGTGAGAGATGGAACACGTGGTGCTGTGAACGGGATGTT 2477
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2396 CTACGACTTCAATGTGATGAGAGTGAGAGATGGGACACGTGGTGCTGTGAACGGGATGTT 2455
Query 2478 ACCTGATGGACGAGTAGACACAAGCACGATGGTGTCGAGGGAGGTTTGGGCTGGGACAAC 2537
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 2456 ACCTGATGGACGAGTAGACACAAGCACGATGGTATCGAGGGAGGTTTGGGCCGGGACTAC 2515
Query 2538 ATACTCGGTCGCGGCTTGTATGATTCAAGAAGGGCTTGCGGATAAAGGTTTTAGGACAGC 2597
||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2516 ATACTCGGTTGCGGCTTGTATGATACAAGAAGGGCTTGCAGATAAAGGTTTTAGGACAGC 2575
Query 2598 AAGTGGAATCTATGAGGCCGCTTGGTCCGACCGTGGTCTAGGCTGCGCATTTCAGACACC 2657
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2576 AAGTGGAATCTATGAGGCCGCTTGGTCCGACCGTGGTCTCGGCTGCGCATTTCAGACACC 2635
Query 2658 AGAGGCATGGACCACGAACGATGAATATAGGTCACTTTGCTACATGAGGCCTTTAGCTAT 2717
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 2636 AGAGGCATGGACCACGAACGATGAGTATAGGTCACTTTGTTACATGAGGCCATTAGCTAT 2695
Query 2718 ATGGGGTATACAATGGGCACACACAATGCCAAAACCTAACAGAGAACAAGAAGTATCGCT 2777
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2696 ATGGGGTATACAATGGGCACACACAATGCCACAACCTAACAGAGAACAAGAAGTATCTCT 2755
Query 2778 CAGGCCACAAGAGGAAGATGCAACGTCTGTGTTGTTTCAACAACACGCTGGGTTTATCAA 2837
||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2756 CAGGCAACAAGAGGAAGATGCAACGTCTGTGTTATTTCAACAACACGCTGGGTTTATCAA 2815
Query 2838 AGTGGCTCACTATCTGAAAAACACTAAGGGAAAGGACCATAGAAACCGCCTCCAGACTGC 2897
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2816 AGTGGCTCACTATCTGAAAAACACCAAGGGAAAGGACCATAGAAACCGCCTTCAGACTGC 2875
Query 2898 GTATGAGACATTCCTCAAGACGATTCGCCTATAGGCCAGGCCACGACCTAACTTTGCGTC 2957
||| ||||| ||||||| | ||||||||||| |||||| || ||||||||| || |||
Sbjct 2876 GTACGAGACCTTCCTCAGGGTAATTCGCCTATAAGCCAGGGCAAGACCTAACTATGAGTC 2935
Query 2958 TCAGGACATCCAAGTTCTGTTCAGA--TATCCATAC-TTATTTTTGGTCTCTTTCACGGT 3014
||||||||||| |||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||| || |
Sbjct 2936 GCAGGACATCCA-GTTCTGTTCAGAGATATCCATTCCTTATTTTTGGTCTCTTTTACTAT 2994
Query 3015 TTTTGCGACCCTCTTTTATGCGTTTATTTCATTTGTTGGATA--ATTAATTTACGATTAT 3072
| |||| |||||||| |||| |||||||||| |||||||||| |||| ||||| ||| |
Sbjct 2995 TGTTGCTACCCTCTTCTATGTGTTTATTTCAATTGTTGGATATTATTACTTTACCATTGT 3054
Query 3073 AGACAGAAGCAAATGTTAATAA--A-CTTTCTACTGTCGACAATGCTTA-AGAT-TT-TC 3126
|||||||||||||||||||||| | ||||||||| | ||| || | ||| || ||
Sbjct 3055 AGACAGAAGCAAATGTTAATAATTAACTTTCTACTCT--ACA--GCACAGAGAAATTATC 3110
Query 3127 -TGTAACAAGGCTCTCGAA-CCTAACTCTACTGaaaaaaaa-aaaaaaaaaaacaaaaaC 3183
||||||||||||||| || |||| | ||||||||| ||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 3111 CTGTAACAAGGCTCTCAAAACCTAGCACTACTGAAATTAAAGAAAAAAAAAAA-AAAAAC 3169
Query 3184 TGAAGCAAGAAACTGTAAAAGTGATCACAACTTCTTAGAAACACCTTAAGCAATAGCAGC 3243
||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 3170 TGAAGCAAGAATCAGTAAAAATGATCACAACTTCTTAGAAATACCTTAAGCAATAGCAGC 3229
Query 3244 AGTACAGATACAGAAGAGGAGCGAATTAGGGTTTACTCAGATCACAGTACATAATCTAAA 3303
| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 3230 AATACAGATACAGAAGAGGAGCGAATTAGGGTGTACTCAGATCACAGTGCAAAATCTAAA 3289
Query 3304 GGGAGAATGAGTCATGCATATTTAGATCCAACGATTATAAGAAGACATAACGAACAGCTG 3363
||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| | | | |
Sbjct 3290 GGGAGAATGAGTCATGCATGTTTAGATCCAACAATTATAAGAAGACATATC-A---G--G 3343
Query 3364 AGGAACTGCTAATGCTCTGTCTCAATCAGGATGTGCAGTTTAGGAATGCAAGTCTACTAA 3423
|||||||||| | ||| ||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 3344 AGGAACTGCTGAGGCT--GTCTCAAACACGATGTGCAGTTTCCGAATGCAAGTCTACTAA 3401
Query 3424 CCTTGCATTACATATGATCTTCTAGCGAGCCACATCATAAGCCTGGTCTGCAT 3476
|||||||||| ||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3402 CCTTGCATTAGTTATGATCTTCTGGAGAGCCGCATCATAAGCCTGGTCTGCAT 3454
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 131260569277
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5