BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G34130.1
Length=2520
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg922520 jgi|Araly1|922520|scaffold_103801.1 3631 0.0
> Ahg922520 jgi|Araly1|922520|scaffold_103801.1
Length=2257
Score = 3631 bits (1966), Expect = 0.0
Identities = 2153/2243 (96%), Gaps = 13/2243 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 107 AGCAATGGGAGGAAAATCAGAGCCAGCGAAATCGGAATCCATGGCGAC---G-A-A-G-- 158
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | | | |
Sbjct 17 AGCAATGGGAGGAAAATCAGAGCCAACGAAATCGGAATCCATGGCGACGAAGAAGACGAA 76
Query 159 -CCAGATCTACTCAACACTAGTTTCTTCTCATTCAAATCCCTAAAATTGAAGACGAAACA 217
|||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 77 TCCAGATCTACTCAACAGTAGTTTCTTCTCTTTCAAATCCCTAAAATTGAAGACGAAGCA 136
Query 218 ACAAGAGCTCTTACTCCGTATCTCGATCCTTGGTCTCGTCTACATCTTAGCTTTCATAGC 277
|||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 137 ACAAGAACTCTTGCTCCGTATCTCGATCCTTGGTCTCGTCTACATCTTAGCCTTCATAGC 196
Query 278 TCGTCTCTTCAGTGTTCTCCGCTACGAATCAATGATCCACGAATTCGATCCGTATTTCAA 337
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 197 TCGTCTCTTCAGTGTTCTCCGATACGAATCAATGATCCACGAATTCGATCCGTATTTCAA 256
Query 338 CTACCGTACGACTCTTTTCCTCACAGAGAAAGGCTTCTACGAGTTTTGGAACTGGTTCGA 397
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 257 CTACCGTACGACTCTTTTCCTCACAGAGAAAGGCTTCTACGAGTTTTGGAACTGGTTTGA 316
Query 398 TTCCGAGAGTTGGTATCCTCTAGGTCGAATCATCGGCGGTACTCTTTATCCCGGTCTTAT 457
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 317 TTCCGAGAGTTGGTATCCGCTAGGTCGAATCATCGGCGGTACGCTTTATCCTGGTCTTAT 376
Query 458 GGTCACAGCTGCGTTAATCTACTGGACATTGCGATTTCTCCGATTCTTCGTTCATATCCG 517
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 377 GGTCACAGCTGCGTTAATCTACTGGACATTGCGGTTTCTCCGATTCTTTGTTCATATCCG 436
Query 518 TGAGGTTTGTGTGTTAACCGCACCGTTTTTCGCGTCGAATACGACTCTCGTTGCGTATTT 577
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||
Sbjct 437 TGAGGTTTGTGTGTTAACCGCACCGTTTTTCGCGTCGAATACGACTTTAGTTGCGTATTT 496
Query 578 CTTTGGTAAAGAGCTTTGGGATACAGGAGCTGGTCTTGTTGCTGCTGTTCTT-ATCGCTA 636
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||
Sbjct 497 CTTTGGTAAAGAGATTTGGGATACAGGAGCTGGTCTTGTTGCTGCTGTT-TTAATCGCTA 555
Query 637 TTTGTCCTGGATACATTTCTCGTTCTGTAGCTGGTTCGTATGATAACGAAGCTGTTGCGA 696
|||| || |||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 556 TTTGCCCCGGATACATTTCTCGGTCTGTAGCCGGGTCGTATGATAACGAAGCTGTTGCGA 615
Query 697 TTTTCGCTCTGTTGCTGACGTTTTATCTCTTTGTTAAAGCGGTGAACACTGGTTCATTAG 756
|||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 616 TTTTCGCTCTTTTGTTGACGTTTTATCTGTTTGTTAAAGCGGTTAACACTGGTTCATTGG 675
Query 757 CTTGGGCTCTTGCCTCTGCGTTTGGTTACTTTTATATGGTTTCAGCTTGGGGAGGATATG 816
|||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 676 CTTGGGCTCTTGGCTCTGCGTTTGGTTACTTTTACATGGTTTCTGCTTGGGGAGGATATG 735
Query 817 TGTTTATTATCAACTTGGTTCCTCTTTACGTGTTGGTGTTGTTGATCACCGGAAGGTATT 876
|||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 736 TGTTTATTATCAACTTGGTTCCGCTTTATGTGTTGGTGTTGTTGATCACTGGAAGGTATT 795
Query 877 CGATGAGGCTTTACATTGCTTATAACTGTATGTATATCTTGGGGATGTTGCTCGCGATGC 936
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 796 CGATGAGGCTTTACATTGCTTATAACTGTATGTATATCTTGGGGATGTTGCTCGCGATGC 855
Query 937 AAATTCGCTTTGTTGGTTTTCAACATGTTCAATCTGGTGAACATATGGGTGCCATGGGTG 996
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |
Sbjct 856 AAATTCGGTTTGTTGGTTTTCAACATGTTCAATCTGGTGAGCATATGGGTGCAATGGGCG 915
Query 997 TCTTCTTATTAATGCAGGTGTTTTACTTCTTGGACTGGGTTAAGTACCAGCTCAATGACA 1056
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 916 TCTTCTTATTGATGCAGGTGTTTTACTTCTTGGACTGGGTGAAGTACCAGCTCAATGACA 975
Query 1057 CCAAGTTGTTCCAAACGTTTTTGAGAATAACTGTGACATCGGCTATTCTT-GTTGGTGGT 1115
|||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 976 CCAAGTTGTTCCAAACCTTTTTGAGGATAACTGTGACATCGGCTATT-TTGGTTGGTGGT 1034
Query 1116 GTTGCTGTGGGTGTTGGAACAGCGTCTGGCTATATATCTCCATGGACTGGTCGATTTTAC 1175
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1035 ATTGCTTTGGGTGTTGGAACAGCGTCTGGCTATATATCTCCATGGACTGGTCGATTTTAC 1094
Query 1176 TCGTTGCTTGACCCGACTTACGCAAAGGATCATATTCCTATTATTGCATCTGTTTCTGAG 1235
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1095 TCGTTGCTTGACCCGACTTATGCAAAGGATCATATTCCCATTATTGCATCTGTTTCTGAG 1154
Query 1236 CATCAGCCTACTGCCTGGTCGTCATTCATGTTTGACTACCATATTCTGCTCTTTCTTTTC 1295
||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1155 CATCAGCCTACGGCTTGGTCGTCTTTCATGTTTGACTACCATATTCTGCTCTTTCTTTTC 1214
Query 1296 CCTGCGGGTCTTTACTTCTGTTTCAAGCGTTTGACGGATGCTACGATATTTATTGTCATG 1355
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1215 CCTGCGGGTCTTTACTTCTGTTTCAAGCGTTTGACGGATGCTACAATATTTATTGTCATG 1274
Query 1356 TATGGTCTCACTAGCTTGTACTTTGCTGGTGTTATGGTTCGGCTTATTCTCGTCGCTACT 1415
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1275 TATGGTCTCACTAGCTTGTACTTTGCTGGTGTCATGGTTCGGCTTATTCTCGTCGCTACT 1334
Query 1416 CCAGCAGTTTGTCTTATCAGTGCCATAGCTGTCTCTGCCACTATCAAGAATTTAACTTCT 1475
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1335 CCAGCAGTTTGTCTTATCAGTGCCATAGCTGTCTCTGCCACTGTCAAGAATTTAACTTCT 1394
Query 1476 CTGTTAAGGACAAAACAAAAGGTTTCTCAGACTGGTTCCACGAAAGGAGCTGGTAGTTCA 1535
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1395 CTGTTAAGGACAAAACAAAAGGTTTCTCAGACTGGTTCCACGAAAGGAGCTGGTAGTTCA 1454
Query 1536 AAAGCTTCTTCAAAGGTTACACTTGATCAGTCTCAGCCTTTCCAGAAGAATGGTGCCATT 1595
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1455 AAAGCCTCTTCAAAGGTTACACTTGATCAGTCTCAGCCTTTCCAGAAGAATGGTGCCATT 1514
Query 1596 GCTCTTCTTGTTGGTGTATTTTATTTGCTCAGTAGATATGCTATTCACTGCACATGGGTG 1655
||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1515 GCTCTTCTTCTTGGTGTATTTTATTTGCTGAGTAGATATGCCATTCACTGCACATGGGTG 1574
Query 1656 ACAGCAGAGGCATATTCATCTCCCTCAATTGTCTTAGCTGCAAGAGGAGCCCACGGGAAC 1715
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1575 ACATCAGAGGCATATTCATCTCCCTCAATTGTCTTAGCTGCAAGAGGAGCCCATGGGAAC 1634
Query 1716 AGAATCATCTTTGATGATTACCGCGAGGCATACTACTGGCTTAGGCAAAACACTGCCACT 1775
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1635 AGAATCATCTTTGATGATTACCGCGAGGCCTACTACTGGCTTAGGCAAAACACTCCCACT 1694
Query 1776 GATGCTAAGATTATGTCGTGGTGGGACTATGGGTACCAAATCACTGCCATGGGAAATAGA 1835
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1695 GATGCTAAGATCATGTCGTGGTGGGACTATGGGTACCAAATCACTGCCATGGGAAACAGA 1754
Query 1836 ACTGTCATCGTCGATAACAATACCTGGAACAACACTCACATTGCTACCGTTGGACGTGCC 1895
||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 1755 ACTGTCATCGTCGATAACAATACCTGGAACAACACACATATTGCTACCGTTGGACGTGCC 1814
Query 1896 ATGTCTTCTTATGAAGATGATGCGTATGACATCATGAGGTCACTTGATGTGAACTATGTA 1955
|||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1815 ATGTCTTCTTATGAAGATGAGGCGTATGACATTATGAGGTCACTTGATGTGAACTATGTA 1874
Query 1956 TTGGTCGTCTTTGGTGGTGTTACTGGTTATTCTTCAGATGATATCAACAAGTTCTTGTGG 2015
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1875 TTGGTCGTCTTTGGTGGTGTTACTGGTTATTCTTCAGATGATATCAACAAGTTCTTGTGG 1934
Query 2016 ATGGTGAGGATTGGAGGTGGAGTATTCCCAGTGATCAAAGAACCTGATTACCTTGTGAAT 2075
|||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1935 ATGGTGAGAATTGGAGGCGGAGTATTCCCAGTGATCAAGGAACCTGATTACCTTGTGAAT 1994
Query 2076 GGTGAATTCCGTGTAGACAAAGGTGCATCACCGAAGATGCTGAACTGTCTCATGTACAAG 2135
|||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1995 GGTGAATTCCGTGTAGACAAGGGTGCATCACCAAAGATGCTGAACTGTCTTATGTACAAG 2054
Query 2136 TTATGCTATTACAGGTTCGGTGAGCTGACCACAGAATACGGCAAGCCACCCGGGTATGAT 2195
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2055 TTATGCTATTACAGGTTCGGTGAGCTGACCACAGAATACGGCAAGCCACCCGGGTATGAT 2114
Query 2196 AGAGCAAGAGGAGTGGAGATAGGGAACAAAGATATCAAACTTGAACACTTAGAAGAAGCT 2255
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2115 AGAGCAAGAGGAGTGGAGATAGGGAACAAAGATATCAAACTTGAACACTTAGAAGAAGCT 2174
Query 2256 TACACAACATCCAACTGGATAGTTCGTATTTACAGAGTTAAACCTCCTACAAATAGGTTG 2315
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| || ||||||
Sbjct 2175 TACACAACATCCAACTGGATAGTTCGCATTTACAGAGTCAAACCTCCTACGAACAGGTTG 2234
Query 2316 TGATGCTTCAATGTTACCAAAAT 2338
||| ||||||||||||| |||||
Sbjct 2235 TGACGCTTCAATGTTACGAAAAT 2257
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 94997071030
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5