BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G34260.1
Length=4741
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg473583 jgi|Araly1|473583|fgenesh2_kg.1__3537__AT1G34260.1 7164 0.0
> Ahg473583 jgi|Araly1|473583|fgenesh2_kg.1__3537__AT1G34260.1
Length=4710
Score = 7164 bits (3879), Expect = 0.0
Identities = 4465/4744 (94%), Gaps = 55/4744 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGACTCCTTCTAATTCTTTATCTAGCAGTGAACGCTCTCTCTCTGGTGAGTGTTCTGTT 60
||||| ||| || | ||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 1 ATGACGCCTACTGAGTCTTTGTCTAGTAGTGAACGCTCTCTTTCTGGTGAGTGTTCGGTT 60
Query 61 GATGGAAACTCTTGTGATAGGGGTATTGAAGATGAATGTTCAAGTCATAGTAGTCAAGAA 120
|||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 61 GATGGAAA------TGATAGGGGTAATGAAGATGAATGTTCAAGTCATAGTAGTC---AA 111
Query 121 GATGTGGAATTAACGAAGGAGGTTAAGGTAGATCGGTTAGAGCGTAAGTCGAAGAGCATG 180
|| | | | | | |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 112 GA--T-G-A-T----ATGGAGCATAAGGTAGATCGGTTAGAGCGTAAGTCCAAGAGCATG 162
Query 181 CCGAGTGATATTCTCGACATTTTGGATGAGAAATCGAAAGAAAACAGTGTTGAGAATGTG 240
|||||||| ||||| || ||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||
Sbjct 163 CCGAGTGACATTCTAGATATTTTGGATGAAAAATCGAAAGGAAATGGTGTTGAGAATGTG 222
Query 241 CAGTTTTTATCTGATCGTGAAGATGATAGTGATGATGTTCCAGTTTGGGAGCCACCTGAA 300
||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 223 CAGTTCTTATCTGATCGGGAAGATGATAGTGATGATGTTCCAGTTTGGGAGCCTCCGGAA 282
Query 301 CCGGAAAATCCAGAAGATGAGGTGGATGGTGTTTTTGCTGATGATGATGATGATTGTTGT 360
|||||||||||||||||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||
Sbjct 283 CCGGAAAATCCAGAAGATGAAGTAGATGGAGTTTTTGCCGATGATGATGATGATTGCTGT 342
Query 361 GATGGTTCTAAGTGGAACAAAGCAAGTTTGTTAGGGGAGTTGAGTGATGAAAGTAGTGAA 420
||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||
Sbjct 343 GATGGCTCTAAGTGGAACAAAGCAAGTTTATTAGGGGAATTGAGTGAGGAAAGTAGTGAA 402
Query 421 AAGAGAAAGGTTTATGAAGAAAATCGAAGAGTGATGCTTGAGGAGGCTGATTCAAAGTTT 480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 403 AAGAGAAAGGTTTATGAAGAAAATCGAAGAGTGATGCTTGAGGAGGCAGATTCAAAGTTT 462
Query 481 AAGTTCATTGTTAGTCAGCTTATTAAGTCGGCTGGGTTTTCTATTGAAGAAAGTGGATAT 540
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 463 AAGTTCATTGTTAGTCACCTTATTAAGTCGGCTGGGTTGTCTATAGAAGAAAGTGGATAT 522
Query 541 TGGTTTGAGATAGTTGCTAGGTTATGCTGGGAGGCTGCTTCTATGTTGAAGCCAGCTATT 600
||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 523 TGGATAGAGATTGTTGCTAGGTTATGCTGGGAGGCTGCTTCAATGTTGAAGCCAGCTATT 582
Query 601 GACGGCAAATCAGTTGATCCCACTGAGTATATCAAAGTGAAATGCATAGCAACTGGTTCT 660
||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 583 GACGGCAAATCTGTTGATCCTACTGAGTACATCAAAGTGAAATGCATAGCAACTGGTTCT 642
Query 661 TGCGTTGACAGTGAAGTTTTCAAAGGCCTGGTTTTCAAAAAACATGCTGCTCTTAAACAC 720
||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||
Sbjct 643 TGCATTGACAGTGAAGTTTTCAAAGGCCTTGTTTTCAAGAAACATGCCGCTCTTAAACAC 702
Query 721 ATGGCAACTAAGTATGAGCATCCTAGAATAATGTTAGTCGAAGGAGTACTGGGTCATCCG 780
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 703 ATGGCAACTAAGTATGATCATCCTAGAATAATGTTAGTCGAAGGAGTACTGGGTCATCCG 762
Query 781 ATAAGTGGATTTTCGTCTCTCCAATCAGTGAATCAGGACAATGAGTATCTACTGAAGTAT 840
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||
Sbjct 763 ATAAGTGGGTTTTCGTCTCTCCAATCAGTGAATCAGGACAATGATTATCAACTGAAGTAT 822
Query 841 GTGAAGCCTGTTGTTGATATCATAGAAGCTTCCAAGCCTGACGTGATGCTGGTGGAAAAG 900
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 823 GTGAAGCCTGTTGTTGATATCATAGAAGCTTCCAAGCCGGACGTCATGCTGGTGGAAAAG 882
Query 901 TCTGTTTCACGTGATATCCAAAAGACTATTCTTGATAAAGGGGTCACTCTGGTGTTTGAC 960
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 883 TCTGTTTCACGTGATATCCAAAAGTCTATTCTTGATAAAGGGGTCACTCTAGTGTTTGAC 942
Query 961 ATGAAGCTCCACCGTCTACAGAGGATTTCTCGATGCATTGGTTCACCAATTCTT-TCAGT 1019
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 943 ATGAAGCTCCACCGTCTACAGAGAATTTCTCGATGCATTGGTTCACCAATT-TTGTCAGT 1001
Query 1020 TGACTCTCTGTCTAGTCAGAAGTTAAAGCATTGTGATTCCTTTCGTATCGAGAAAATTGT 1079
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 1002 TGACTCTCTGTCTAGTCAGAAGTTAAAGCATTGTGATTCCTTTCGCATCGAGAAAATAGT 1061
Query 1080 CGAGGAGCATAATGCCGCGGGTGAATCCGACAAGAAGCCAACTAAAACACTGATGTTTTT 1139
|||||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 1062 TGAGGAGCATAATGCTATGGGCGAATCCGAGAAGAAGCCAACTAAGACGCTGATGTTTTT 1121
Query 1140 AGAGGGTTGCCCTACCCGCCTTGGCTGCACGATTTTACTTAAAGGATGCCACAGCGAGAG 1199
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 1122 AGAGGGTTGCCCTACCCGCCTTGGCTGCACGATTTTACTTAAAGGATGCCACAGTGATAG 1181
Query 1200 GTTGAAAAAGGTCAAAGAAGTAGTACAATATTCATTTATCCTGGCATATCATCTAATGCT 1259
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1182 GTTGAAAAAGGTCAAAGAAGTAGTTCAATATTCATTTATCATGGCATATCATCTAATGCT 1241
Query 1260 GGAGGCTTCTTTCCTCGCTGACCGGCATACAATGTTCTCAACCATCTTTGCAAAAGAAGC 1319
|||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |
Sbjct 1242 GGAGGCCTCTTTCCTTGCTGATCGGCATACAATGTTCTCAACCATCTTTACAAAGGAATC 1301
Query 1320 TACATCA--TG-TGT---TGTGGAAATAGAAAATTTTTCACCATCTCCTTCTCCTCGTGA 1373
||||||| || ||| ||||||||| ||||| || ||| |||||||||||||||||
Sbjct 1302 TACATCATGTGTTGTGGATGTGGAAATTGAAAAACTTCCACTATCTCCTTCTCCTCGTGT 1361
Query 1374 ATCTCCCTCTGAAGCAGTTGATATTCCTGTGTCTAATGGATTCGATGAACAAACTATTCA 1433
|||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1362 ATCTGCCTCTGAAGCAGTTGATATTCCAGTGTATAATGGATTCGATGAACAATCTATTCA 1421
Query 1434 GATTAATGGGGAAGCAGATGGTGAGAAAGTTGGAACTTGGGAATCAGATGGAGATCATGT 1493
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1422 GATAAATGGGGAAGCAGATGGTGAGAAAGTTGGAACTTGGGAATCAGATGGAGATCATGT 1481
Query 1494 GTTCTCTCACGAGCCATATAATCCAGTTATTTTTACTGGGTTCTCATCTTTATCTGCCAG 1553
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1482 GTTCTCTCACGAGCCATATAATCCAGTTATTTTCACTGGGTTCTCATCTTTATCTGCCAG 1541
Query 1554 ATTAAGTAAATATTTAGGCTTTGTTCAAAATCCGGAGTCAGTTCCAGTTTCTGTGGATAC 1613
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1542 ATTAAGTAAATATTTAGGCTTTGTTCAAAATCCGGAGTCAGTTCCAGTTTCTGTGGATAA 1601
Query 1614 AGATGTATCGACTACCAGCAATCTTGATTCGATTAGGGAATCTGAGGAAGATACTGCAGA 1673
||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 1602 AGATGTATCGAATGTCAGCAATCTTGATTCGATAAGGGAATCTGCGGAAGATACTGAAGA 1661
Query 1674 AAAGAATGAGGATAAACAACCTCTTTTACTTGATCCTGAGCTCCCAGTAAACTCGAGTTC 1733
||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||| | |||||||||||||||||
Sbjct 1662 AAAGAATGAGGATAAACAACCAATGTTATTTGATCCTGAGATTCCAGTAAACTCGAGTTC 1721
Query 1734 AGATGATGGAGACAACAAGTCGCAAACGGAAAATGATATTGAGAGCACCTTGGAGTCTCA 1793
||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1722 AGAAGATGGAG---ACAAGTCGCAAACGGAGAATGATATTGAGAGCACCTTGGAGTCTCA 1778
Query 1794 GAGTATATTGGTTTTAGTGTCAAAGAGGAATGCCCTCAGGGGGATAATGTGTGATCAAAG 1853
|||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1779 GAGTATATTGGTCTTAGTGTCAAAGAGGAATACCCTTAGGGGGATAATGTGTGACCAAAG 1838
Query 1854 GCATTTTTCACACATCAAGTTTTACAAGCACTTTGATGTTCCCTTGGAAAAATTCCTGCG 1913
||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1839 GCATTTTTCACACATTAAGTTTTACAAACACTTTGATGTTCCCTTGGAAAAATTCCTGCG 1898
Query 1914 CGATATGTTTAATCAGAGAAATCTATGCCAAACGTGTGTTGAATTTCCAGAAGCACATCT 1973
||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| || ||||||||
Sbjct 1899 CGATATGTTTAATCAGAGAAACCTATGCCAAACGTGCAATGAATTTCCGGAGGCACATCT 1958
Query 1974 TTACTATTATGCTCATCAAAATAAGCAACTAACAATCCAAATCAAGCGAATTCCAGTAGC 2033
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1959 TTACTATTATGCTCATCAAAATAAGCAACTAACAATCCAAATCAAGCGAATTCCGGTAGC 2018
Query 2034 AAAAGGTTTGGCTGGTGAGGCAAAAGGAAAAATCTGGATGTGGAGTCGTTGTGGAAAGTG 2093
|||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2019 AAAAGGTTTGTCTGGTGAAGCAAAAGGAAAAATCTGGATGTGGAGTCGTTGTGGAAAGTG 2078
Query 2094 TAAAACAAAGAATGCGTCCCGGAAATCCACAAAACGAGTGCTGATATCAACTGCTGCTCG 2153
||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2079 TAAAACAAAGAATTCGTCCCGGAAATCAACAAAACGAGTGCTGATATCAACTGCTGCTCG 2138
Query 2154 TAGCTTGTCATTTGGAAAGTTTTTGGAGCTCAGCTTTTCTCAGCAAACTTTTCTGAACAG 2213
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 2139 TAGCTTGTCATTTGGAAAGTTTTTGGAGCTCAGCTTTTCTCAGCACACTTTTCTGAATAG 2198
Query 2214 ATCGTCTAGCTGTGGGCACTCTTTCGACAGTGACTTCCTTCACTTCTTTGGATTAGGCTC 2273
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2199 ATCATCTAGCTGTGGGCACTCTTTCGACAGTGACTTCCTTCACTTCTTTGGATTAGGCTC 2258
Query 2274 CATGGTTGCTATGCTCAGTTACTCCCAAGTCGCATCCTACACAGTGTCTCTACCACCCAT 2333
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2259 CATGGTTGCTATGCTCAGTTACTCCCAAGTCACATCCTACACAGTGTCTCTGCCACCCAT 2318
Query 2334 GAAGCTGGAATCTAGCATTTTAATAAAAGCAGGTTGGCTTGAGAAAGAATTTCAAACAGT 2393
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||
Sbjct 2319 GAAGCTGGAATCTAGCATTTTAATAAAAGCTGGTTGGCTTGAGAAAGAATTCCAAATAGT 2378
Query 2394 ATTCACTAAAGGGATCTCCTTGTTC-GAGGACGCTGCTGGTTTTCTTAAGAGACTAAGAT 2452
|||||||||||||||||| |||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2379 ATTCACTAAAGGGATCTCTTTGTTCGGA-GACGCTACTGGTTTTCTTAAGAGACTAAGAT 2437
Query 2453 CACAATTCACAAATTCAGATCTCAGATATCAGCGTGCACGCAAACTCCTTTCTAACATTG 2512
||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2438 CACAATT--C-AATTCAGATCTCAGATATCAGCGTGCACACAAACTCCTTTCTAACATTG 2494
Query 2513 AGGAGTTGCTGAAGCACGAGCGTTGCATATTTGAGGAAAACATCAAGAACTCGTTCGACA 2572
||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2495 AGGAGTTGCTGAAGCACGAGCGTCGCGTATTTGAGGAAAACATCAAGAACTCGTTTGACA 2554
Query 2573 AGGCTAAAACCATAGATGATGTTTCACACAGACTGCTCCGCTTAAACCGCATGAGGTGGG 2632
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2555 AGGCTAAAACCATAGATGATGTTTCACACAGACTGCTCCGCTTAAACCGCATGAGGTGGG 2614
Query 2633 AACTTCTGCTTCAAGCTCTCATCTGGAACTACCGGTTGCAGTCGCTGGTTTTATCTGATC 2692
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||
Sbjct 2615 AACTTCTGCTTCAAGCTCTCATCTGGAACTATCGGTTACAGTCGCTTGTTTTATCTGATC 2674
Query 2693 GTTTGCTACCTTCAAGTGATGAGACGAAGATATATGAACAAGGTTTGAAGACTGTTTCCG 2752
||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2675 GTTTGCTACCTTCAAATGATGAGACGGAGATAAATGAACAAGGTTTGAAGACTGTTTCCG 2734
Query 2753 AGGCTGGAATGACCAGATATGAAAATGATAACAAAGTTTCTGATTCTGGTAGCAATGGAG 2812
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2735 AGGCTGGAATGACCAGATATGAAAATGATGACAAAGTTTCTGATTCTGGTAGCAATGGAG 2794
Query 2813 GCATAGACACTCCACTTGTTGAACACAAGGATATACCAATCGCTGGAGCGTCTGTTGGGG 2872
||| ||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2795 TCATGGACACTCCAGTTGTTGAAGACAAAGATATACCAATCGCTGGAGCGTCTGTTGGGG 2854
Query 2873 ACAATGATCAGATGGCAGAATCCTATGTGCCTGAAGATAATGAATCGCAAACTTTGTGCA 2932
|||||| |||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||
Sbjct 2855 ACAATGTTCAGATGGAAGAATCGTATGTGCCTGAAGACAATGAATCACAAACTTTGCGCA 2914
Query 2933 GCTCCAGTCCCGATACAACCTCTCCCATCAACAATCATTTTGACACTCATTTGGCTGTTA 2992
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2915 GCTCCAGTCCCGATTCAACCTCTCCCATCAACAATCATTTCGACACTCATTTGGCTGTTA 2974
Query 2993 ATGTACATTCAACCAATGGACAAGAAGCGGACAAATCAATTCCAGTTACTGGAGAGTCTT 3052
|||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 2975 ATGTCCATTCAACCAATGGAAAAGAAGCGGACAAATCAATTCCAGTTACTGGAGATTCAT 3034
Query 3053 TGGATGATGAGGTTTCTACCTCTAATGGGCCACACATCTTAGGTTGGGATGAATGGTTTT 3112
|||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3035 TGGATGATGAGGTTGCTACCTCTAATGGGCCATACATCTTAGGTTGGGATGAATGGTTTT 3094
Query 3113 GGCTGCCATTTGAGGAACTACGCTCGAAGCGGATTGTTGATATTGAGAAGGAATACTTGT 3172
||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 3095 GGCTGCCATTTGAAGAGCTACGCTCGAAGCGGATTGTCGATATTGAGAAGGAATACTTGT 3154
Query 3173 TGAAATTCGAGTATGTTAACAACTTTACCCAAGAAAACCTACAGACGGTGAACCAGATAA 3232
||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3155 TGAAATTTGAGTATGTTAACAACTTCACACAAGAAAACCTACAGACGGTGAACCAGATAA 3214
Query 3233 TCACCGAGGAAAGTTCTCGTCTGCGCATCTCGTTGAGGGATGATGATTTTATTGTGTCAG 3292
|||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3215 TCACTGAGGAAAGTTCTCGTCTGCGCATCTCTTTGAGGGATGATGATTTCATTGTGTCAG 3274
Query 3293 ACTATGAAGACGAGCTGTCCAGCCTAATTGCTTGTGCACTTGCCCATCTGAACAATGAAG 3352
|||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||| |
Sbjct 3275 ACTATGAAGATGAGCTGTCCAGCCTAATTGCTTGCGCGCTTGCCCACCTGAACAATGATG 3334
Query 3353 AGAGCAAAAAGCCTCTTTCAAGGTGTATACATGGATCTCTTCAAGGGTTCTTAGATAATA 3412
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3335 AGAGCAGAAAGCCTCTTTCAAGGTGTATACATGGATCTCTTCAAGGGTTCTTAGATAATA 3394
Query 3413 ATCAGGATTCTAAGCAAACTGACCGAGACGTTTCCCGTTTCTCGAGTGAGAGTACAAATC 3472
|||| |||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3395 ATCAAGATTCTAAGCAAACTGACTGTGAGGTTTCCCGTTTCTCGAGTGAGAGTACAAATC 3454
Query 3473 GGTTGGAAACACTACCCCCTCCAGAGGTCCTCGTTACTTTTGGGTCAGTCAAATCAGTTG 3532
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 3455 GGTTGGAAACACTACCCCCTCCAGAGGTCCTTGTTACTTTTGGGTCACTCAAATCAATTG 3514
Query 3533 GAAAACCCAAGTACTCTATCGTGTCCCTGTATGCAGATGATTTCCGTGACCTCAGAAAAC 3592
|||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 3515 GAAAACCCAAATACTCTATCGTGTCCCTATATGCAGATGATTTCCGCGAGCTCAGAAAAC 3574
Query 3593 GCTGTTGTTCATCAGAGCTTGACTATATAGCTTCACTAAGCCGCTGTAAGCCATGGGATG 3652
||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3575 GCTCTTGTTCATCAGAGCTTGATTATATAGCTTCACTAAGCCGTTGTAAGCCATGGGATG 3634
Query 3653 CCAAAGGTGGGAAGAGCAAATCCGTGTTCGCTAAGACTTTGGATGATAGGTTCATCGTAA 3712
| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3635 CTAAGGGTGGGAAGAGCAAATCCGTGTTCGCTAAGACTTTGGATGATAGGTTCATCGTAA 3694
Query 3713 AAGAGATCAAGAAGACAGAGTACGAATCATTTGTGACTTTTGCTACGGAGTATTTCAAAT 3772
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||
Sbjct 3695 AAGAGATCAAGAAGACAGAGTATGAATCATTTGTGACATTTGCTCCGGAGTATTTCAAAT 3754
Query 3773 ACATGAAGGACTCGTATGATTTAGGCAACCAGACTTGTCTTGCCAAAGTTCTTGGGATCC 3832
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3755 ACATGAAGGACTCGTATGATCTAGGCAACCAGACTTGTCTTGCCAAAGTTCTTGGGATCC 3814
Query 3833 ATCAGGTAACTGTAAGGCAGCCAAAGGGTGGCGGGAAAGAGATACGGCACGACCTGATGG 3892
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3815 ATCAGGTAACTGTAAGGCAGCCAAAGGGTGGTGGGAAAGAGATACGGCACGACCTGATGG 3874
Query 3893 TCATGGAGAATCTGAGTTTTAGCAGAAAAGTTACTCGCCAGTATGATCTCAAAGGCGCTC 3952
||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3875 TCATGGAGAATCTCAGTTTTGGCAGAAAAGTTACTCGCCAGTATGATCTCAAAGGCGCTC 3934
Query 3953 TACATGCTC-GTTTCACAGCCACTTCTGCTAATGGCGAAGACGATGTTCTATTGGATCAG 4011
| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||
Sbjct 3935 TGCATGCTCGGTTT-ACAGCCACTTCTGCTAATGGCGCAGAAGATGTTCTATTGGATCAG 3993
Query 4012 AACTTTGTCAACGACATGAACAAATCCCCGCTTTACGTTAGCAAAACATCAAAACAAAAT 4071
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3994 AACTTTGTCAACGACATGAACAAATCCCCACTTTACGTTAGCAAAACATCAAAGCAAAAT 4053
Query 4072 CTCCAAAGAGCGGTTTATAACGACACCAGCTTCCTAACCAGTATAAACGTGATGGACTAC 4131
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 4054 CTCCAAAGAGCGGTTTATAATGACACCAGCTTCCTAACCAGCATAAACGTGATGGACTAC 4113
Query 4132 TCGCTGCTGGTTGGAGTTGATGATGAGAATCATGAGCTAGTGTGTGGGATCATCGATTAT 4191
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4114 TCGCTGCTGGTTGGAGTTGATGATGAGAATCATGAGCTAGTGTGTGGGATCATCGATTAT 4173
Query 4192 CTGAGACAATACACATGGGACAAGCAGTTAGAGACATGGGTGAAATCGTCTTTGGTGGTA 4251
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4174 CTGAGACAATACACATGGGACAAGCAGTTAGAGACATGGGTGAAATCGTCTTTGGTGGTG 4233
Query 4252 CCAAAGAATGTGCAGCCGACAGTGATCAGCCCGATTGATTACAAGACAAGGTTCAGGAAA 4311
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 4234 CCAAAGAATGTGCAGCCGACAGTGATCAGCCCGATTGATTACAAGACGAGGTTCAGGAAA 4293
Query 4312 TTCATGAAAACGCATTTCTTGTGCGTCCCTGACCAGTGGTGCGACCAAGGAGACTCGTAA 4371
|||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||
Sbjct 4294 TTCATGAAGACACATTTCTTGTGCGTCCCTGACCAGTGGTGCGATCAAGGGGACTCTTAA 4353
Query 4372 GGGCAAAAAGCATATGATTATAGCTTGAAAGTAGAAGTTATTTGATTATAATCGGTCTAT 4431
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||
Sbjct 4354 GGGCAAAAAGCATATGATTATAGCTTGAAAGTAGAAGATATTTGCTTATACCCGGTCTA- 4412
Query 4432 ATCTCTCATATATAT-TGATT---a-aaaaaaaaaaTATATCTCTCTCATATGATTCTTT 4486
||||||||||||||| | ||| | |||||||||| | ||||||| ||||||||||||
Sbjct 4413 ATCTCTCATATATATAT-ATTTTGACAAAAAAAAAAAA-ATCTCTC--ATATGATTCTTT 4468
Query 4487 CATTTGATTTTTTACTTCACTTGTATATAGAGACAACTCCAGTTTTTATCTACCCCATCA 4546
||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4469 CATTTGATTAA--ACTTCACATGTATATAGAGACAGCTCCAGTTTTTATCTACCCCATCA 4526
Query 4547 TTGTGCAGTTTTTTAGCAAGTTTCTGGGGTGGATTT-AAGTGATTGGATTGTCTCTTGTG 4605
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 4527 TTGTGCAGTTTTTTAGCAAGTTTCTGGGGTAGATTTTAAGTGATTGGATTGTCTCTTGTG 4586
Query 4606 TCTGTCTTTTCTCCATTTCATTGAAAGGCAGATTCAGGCAAGTGAAAGTCTGTACT-aaa 4664
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||
Sbjct 4587 TCTGTCTTTTCTCCATTTCATTGAAAGGCAGATTCAAGCAAGTGAAAGTCTGTACTTAAA 4646
Query 4665 aaaaa-----CAAAGTGTCAGTTGGTACATGTGAAAGTATTGTTTTTGTATAAGAAAGAA 4719
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4647 AAAAAAAAAACAAAGTGTCAGTTGGTACATGTGAAAGTATTGTTTTTGTATAAGAAAGAA 4706
Query 4720 GAAA 4723
||||
Sbjct 4707 GAAA 4710
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 179403399122
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5