BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G34430.1
Length=1781
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg473597 jgi|Araly1|473597|fgenesh2_kg.1__3551__AT1G34430.1 2675 0.0
> Ahg473597 jgi|Araly1|473597|fgenesh2_kg.1__3551__AT1G34430.1
Length=1764
Score = 2675 bits (1448), Expect = 0.0
Identities = 1685/1792 (94%), Gaps = 45/1792 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 AACTCCGCCTGCTCTTCGATAATTCCGAGGAGcttcttcactcttcttatatctcatttc 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1 AACTCCGCCTGCTCTTCGATAATTCCGAGGAGCTTCTTCACTCTTCTTAAATCTCA---- 56
Query 61 tctctatctctctctctctctcGCATTGCGATTAACGAAATTCGAAAAATGTCTCGTCTT 120
| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 57 --T-T-TCTCTCTCTCTCTCTCGCATTGCGATTAACGAAATTCGAAAAATGTCTCGTCTT 112
Query 121 CTCCAAACACCCTTCTTACCTTCAGTTTCCCTCCCCACAAAAACACGATCTTCCGTTACG 180
||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 113 CTCCAAACACCCTTCTTACCTTCCGTTACTCTCCCCACAAAAACACGATCTTCCGTTACG 172
Query 181 GGTTTCCGGGTAAAGCCCAGAATCATCCCAATTCAAGCAAAGATCCGAGAAATCTTCATG 240
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 173 GGTTTCCGAGTAAAGCCCAGAATCATCCCAATTCAAGCAAAGATCCGAGAAATTTTCATG 232
Query 241 CCTGCACTAAGTTCCACGATGACCGAAGGCAAAATCGTCTCTTGGGTTAAATCAGAAGGC 300
|||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 233 CCTGCACTAAGTTCTACAATGACCGAAGGCAAAATCGTCTCATGGGTTAAATCAGAAGGC 292
Query 301 GATAAACTCAACAAAGGAGAGAGTGTTGTTGTTGTTGAATCTGATAAAGCTGATATGGAT 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 293 GATAAACTCAACAAAGGAGAGAGTGTTGTTGTTGTTGAATCTGATAAAGCTGATATGGAT 352
Query 361 GTTGAGACTTTCTATGATGGTTATCTAGCTGCAATCATGGTTGAAGAAGGTGGTGTTGCT 420
|||||||||||||| ||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 353 GTTGAGACTTTCTACGATGGTTATTTAGCTGCGATTATGGTTGAAGAAGGTGGTGTTGCT 412
Query 421 CCTGTTGGTTCTGCTATTGCTTTGTTAGCTGAAACTGAAGATGAGATTGCTGATGCTAAA 480
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 413 CCTGTTGGTTCTGCTATTGCTTTGTTAGCTGAAACTGAAGATGAGATTGCTGATGCTAAG 472
Query 481 GCTAAAGCTTCtggtggtggtggtggtggtgATTCTAAGGCTCCTCCGGCTTCTCCTCCC 540
||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| || | |||||
Sbjct 473 GCTAAAGCTTCTGGTAGTGGTGGTGGTGGTGATTCTCAGG---CT----C--CTCCT--- 520
Query 541 ACGGCTGCAGTTGAAGCACCTGTGAG-TGTTGAGAAGAAGG-TTGCAGCTGCTCCGG-TG 597
||||||||| |||||||||||||| | ||| |||||| ||| |||| ||| |||||| ||
Sbjct 521 ACGGCTGCAATTGAAGCACCTGTG-GCTGTCGAGAAG-AGGATTGCGGCTCCTCCGGTTG 578
Query 598 TCCATTAAGGCGGTGGCGGCGTCTGCGGTGCATCCGGCGTCTGAAGGAGGGAAGAGGATT 657
| |||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 579 -CGGTTAAGGCGGTTGCTGCGTCTGCAGTGCATCCGGCGTCTGAAGGAGGGAAGAGGATT 637
Query 658 GTGGCGTCTCCTTATGCTAAGAAGTTAGCTAAGGAGTTGAAGGTTGAATTGGCTGGTTTA 717
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || || ||||||||||||
Sbjct 638 GTGGCGTCTCCTTATGCTAAGAAGTTAGCTAAGGAATTGAAAGTGGAGTTGGCTGGTTTA 697
Query 718 GTTGGAAGTGGACCGATGGGAAGGATTGTGGCTAAAGATGTTGAGGCGGTTGCTGCTGGA 777
||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 698 GTTGGAAGTGGGCCAATGGGAAGGATTGTGGCTAAAGATGTTGAGGCGGTTGCTGCTGGA 757
Query 778 GGAGGAGTTCAAGCTGCTGTTGCTGTTAAGGAGGTAGTGGCAGCTCCTGGTGTGGAGTTG 837
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 758 GGAGGAGTTCAAGCTGCTGTAGCTGTTAAGGAGGTAGTGGCAGCTCCTGGTGTGGAGTTG 817
Query 838 GGATCGGTGGTTCCTTTTACGACAATGCAGGGGGCTGTGAGTAGGAATATGGTGGAGAGT 897
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 818 GGATCGGTGGTTCCGTTTACGACAATGCAGGGGGCTGTGAGCAGGAATATGGTGGAGAGT 877
Query 898 CTTGG-TGTTCCTACTTTTAGAGTCGGTTACACGATTAGTACGGATGCTCTTGATGCTCT 956
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 878 -TTGGCGGTTCCTACTTTTAGAGTCGGTTACACGATTACTACGGATGCTCTTGATGCTCT 936
Query 957 CTACAAGAAGATTAAGTCGAAAGGTGTGACAATGACGGCACTTTTAGCAAAGGCAACTGC 1016
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 937 CTACAAGAAGATTAAGTCGAAAGGTGTGACAATGACGGCACTCCTAGCAAAGGCAACTGC 996
Query 1017 ACTTGCACTGGCGAAACATCCAGTTGTAAACTCGTCTTGTAGAGATGGTAACAGTTTTGT 1076
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 997 ACTTGCACTGGCGAAACATCCAGTTGTAAACTCGTCCTGTAGAGATGGTAACAGTTTTGT 1056
Query 1077 GTATAATAGTAGCATCAACGTTGCTGTTGCTGTTGCTATTGATGGTGGTTTGATCACTCC 1136
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1057 GTATAACAGTAGCATCAACGTTGCTGTTGCTGTTGCTATTGATGGTGGCTTGATCACTCC 1116
Query 1137 GGTGCTTCAGAACGCTGATAAGGTTGACATTTATTCGTTATCTAGAAAATGGAAAGAATT 1196
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1117 GGTGCTTCAGAACGCTGATAAGGTTGACATTTATTCGTTGTCTAGAAAATGGAAAGAATT 1176
Query 1197 GGTTGATAAGGCTCGAGCCAAGCAGCTGCAGCCTCAGGAGTACAACACTGGTACCTTCAC 1256
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1177 GGTTGATAAGGCTCGAGCCAAGCAGCTGCAGCCTCAGGAGTACAACACTGGTACCTTCAC 1236
Query 1257 TCTCTCTAACCTAGGAATGTTTGGCGTTGATCGGTTTGATGCTATTCTACCCCCTGGAAC 1316
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1237 TCTCTCTAACCTAGGGATGTTTGGCGTTGATCGGTTTGATGCTATTCTACCCCCTGGAAC 1296
Query 1317 AGGAGCGATTATGGCTGTCGGAGCATCTCAACCTTCAGTGGTTGCAACTAAAGACGGCCG 1376
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1297 AGGAGCGATTATGGCTGTAGGAGCATCTCAACCTTCAGTGGTTGCTACTAAAGACGGCCG 1356
Query 1377 CATTGGCATGAAAAACCAGATGCAGGTGAATGTGACGGCAGATCATCGTGTCATCTATGG 1436
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1357 CATTGGCATGAAAAACCAGATGCAGGTGAATGTGACGGCAGATCATCGTGTCATCTATGG 1416
Query 1437 TGCTGATCTTGCACAGTTCTTGCAAACATTGGCAAGCATTATTGAGGACCCAAAGGACCT 1496
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1417 TGCTGATCTCGCACAGTTCTTGCAAACATTGGCAAGCATTATTGAGGACCCAAAGGACCT 1476
Query 1497 TACATTCTAGGCCAAATTACTGCTTTTCGCATCCCAGTCTTCTCTGCTTTTGATTCCATG 1556
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1477 TACATTCTAGGCCAAATTACTGTTTTTCGCATCCCAGTCTTCTCTGCTCTTGATTCCATG 1536
Query 1557 GGAGCTTGTATTTCTGCGGTAATCAGTTTCTTTGATAGAA-CAAACCTTTTAAGATTAA- 1614
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||| |||||| |||
Sbjct 1537 GGAGCTTGTATTTCTGCGGTAATCAGTTTCTTTCATAGAATCAA-CCTATTAAGAGTAAT 1595
Query 1615 ----A-CATAATCATTTCTTTGTTTGAGATATATCTTCTGCAACATTTT-CTGCATGGAA 1668
| ||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| | ||||||||
Sbjct 1596 GTTGAACATAACCATTTCTTTGTTTGAGCTAT--CTTCTGCAACATTTTGC-GCATGGAA 1652
Query 1669 A-GGCCGTCCCACATGATTTTGCTACTGACTT---CATATATATCCACTTCATGCGATGA 1724
| ||| ||| |||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1653 AAGGCAGTCTCACATGATTTTGCTGCCGACTTTTTCATATATATCCACTTCATGTGATGA 1712
Query 1725 ATCTTATATGAACTGATAACTTTAGCATGATTAA-TAACATGAATCTTATAT 1775
||||||||| |||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||
Sbjct 1713 CTCTTATATGGACTGCTAACTTTAGCATGGTTAAATAACATGAATCTTATAT 1764
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 66848379975
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5