BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G35220.1
Length=3533
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg473664 jgi|Araly1|473664|fgenesh2_kg.1__3618__AT1G35220.1 5208 0.0
> Ahg473664 jgi|Araly1|473664|fgenesh2_kg.1__3618__AT1G35220.1
Length=3407
Score = 5208 bits (2820), Expect = 0.0
Identities = 3208/3386 (95%), Gaps = 63/3386 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 46 TTTCTCTGCAATCTCCGGTGTGTGCTCAGATAG---------TGAAATTTAGGGAAGATG 96
||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||
Sbjct 26 TTTCTCTGCCATCTCCGGTGTGTGCTCAGATAGCCAATTCCATGGAATTTGGGGAAGATG 85
Query 97 CAGCACACTCCAGTAACAATAGAGGACCAGTTAATATCGAAAGCTGTAAGAGAAGAATGT 156
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 86 CAGCACACTCCAGTAACAATAGAGGACCAGTTGATATCGAAAGCTGTAAGGGAAGAATGT 145
Query 157 CAATGGGAAAACCTCCCAAAACGACTTCAATCGATCCTTGGGTCTAAGGATGAATGGCAT 216
| ||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 146 CCATGGGAAAACCTCCCGAAACGACTCCAATCTATTCTTGGGTCTAAGGATGAATGGCAT 205
Query 217 AGAAGGGTTACGGCGCATTGTATAAAGAAAAGACTCCTATGGAATACGTGTTTTGCTTGT 276
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 206 AGAAGGGTTACGGCGCATTGTATAAAGAAAAGACTTCTATGGAATACATGTTTTGCTTGT 265
Query 277 AAAGTTTGCAAAGAAGGTGAATATTATGAAGATATGATGCGTTACTTGCGAAAGAATCTG 336
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 266 AAAGTTTGCAAAGAAGGTGAATATTATGAAGATATGATGCGTTACTTGCGAAAGAATCTG 325
Query 337 GCGCTCTTTCCGTATCACCTTGCAGAGTATGTTTGCCGTGTGATGAGGATATCACCTTTC 396
||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 326 GCGCTCTTTCCATACCACCTTGCAGAGTATGTTTGCCGTGTGATGAGGATATCACCTTTC 385
Query 397 AGATACTACTGTGATATGATATTTGAAGTCATGAGAAATGAGCAACCTTATGACAGTATT 456
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 386 AGATACTACTGTGATATGATATTTGAAGTCATGAGAAATGAGCAACCTTATGACAGTATT 445
Query 457 CCAAACTTCAGTGCGGCAGATGCTTTCCGGCTTACAGGAATAGGGAGGAATGAGTTCATT 516
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 446 CCAAACTTCAGTGCGGCAGATGCTTTCCGGCTTACAGGAATAGGGAGGAATGAGTTCATT 505
Query 517 GATATCATGAATAAATGCAGATCTAAGAAAATAATGTGGAAGCTGAACAAATCGATTGCA 576
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 506 GATATCATGAATAAATGCAGATCTAAGAAAATAATGTGGAAGCTGAATAAATCAATTGCA 565
Query 577 AAAGACTTTTTACCTACTCTACCTGTGGATTTCCCTATTGACCCTTGGTGGGGTGTTTGC 636
|||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 566 AAAGACTTCTTACCTACTCAACCTGTGGATTTCTCTATTGACCCTTGGTGGGGTGTTTGC 625
Query 637 CTTGTCAACTTCACCATAGAAGAGTTTAAGAAACTTTCAGAAGATGAGATGGCGACAATA 696
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 626 CTTGTCAACTTCACCATAGAAGAGTTTAAGAAACTTTCAGAAGATGAGATGGCAACAATA 685
Query 697 GATAAAATCTGCAAAGAGGAAGCTAATGCATATTTCCTCTTCGATCCAGAAGTCATAAAA 756
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 686 GATAAAATCTGCAAAGAGGAAGCTAATGCATATATCCTCTTCGATCCAGAAGTCATAAAA 745
Query 757 GGCCTGTACCAGAGGGGATTGGTATATTTTGATGTCCCAGTCTATCAGGACGACCGCTTT 816
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 746 GGCCTGTACCATAGGGGATTGGTATATTTTGATGTCCCAGTCTATCAGGACGACCGCTTT 805
Query 817 AAAGTTTCAAAGCTTGAAGGGTTCATCTCTAATAGAGAGCAGTCTTACGAAGATCCCATT 876
|||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 806 AAAGTTTCCAAGCTTGAAGGGTTCATCTCTAACAGAGAGCAGTCTTACGAAGATCCCATT 865
Query 877 GAAGAATTACTCTATGCAGTTTTTGTTGTTTCAAATGAGAACTCAACAGTTGCAGAGCTG 936
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 866 GAAGAATTACTCTATGCAGTTTTTGTAGTTTCAAATGAGAACTCAACAGTTGCAGAGCTG 925
Query 937 GCATCCACTTTGCAAGCTGACGTAACTCAATTACAGGCTGCTGCATCTTTTGTTTGCCGG 996
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 926 GCATCCACTTTGCAAGCTGACGTAACTCAATTACAGGCTGCTGCATCTTTTGTTTGCCGG 985
Query 997 CTGGGATGGGCTGTCAAATTAATTGATCCGTCATCTGTGCTTCATGACAAG---A--T-T 1050
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |
Sbjct 986 TTGGGATGGGCTGTCAAGTTAATTGATCCGTCATCTGTGCTTCATGACAAGATTATGTCT 1045
Query 1051 GGGTCTCCACGTGCCATCCTCAGTGATGACGAAGATGCATCTCGCGCTAGCATATCCTCT 1110
||||||||||||||| ||||||||||||||||| | | | |||||| |||
Sbjct 1046 GGGTCTCCACGTGCCGTCCTCAGTGATGACGAA-A---A--------T-GCATAT--TCT 1090
Query 1111 ACCTACAGGTCTGCTGATGGTGAGGAGGCTCAACATGGAGATAATTTAGGGACTGAAAGC 1170
||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1091 ACCTACAAGTCCGCTGATGGTGAGGAGGCTCAACATGGAGATAGTTTAGGGACTGAAAGC 1150
Query 1171 TCTGGATCACGTTCTAGTCATGTTCGGGTTGCTTTCATAGTTGATGCTAATATAACATCG 1230
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1151 TCTGGATCACGTTCTAGTCATGTTCGGGTTGCTTTCATAGTTGATGCTAATATAACATCG 1210
Query 1231 TATCTAATGATGGGTTCTGTGTCACCAGGATTGAAATCTCATGCTGTGACACTCTATGAA 1290
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1211 TATTTAATGATGGGTTCTGTGTCACCAGGATTGAAATCTCATGCTGTGACACTCTATGAA 1270
Query 1291 GCGGGAAAACTCGGACACACTAGTATCCCAGACCTTTGCCAGGATTTGAGCACATTAGAG 1350
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1271 GCGGGAAAACTCGGACATACTAGTATCCCAGACCTTTGCCAGGATTTGAGCACATTAGAG 1330
Query 1351 GGAGCGAAATTTGAGGGTGAACTGCAAGAATTTGCAAATCATGCCTTTAGCCTTCGTTGT 1410
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1331 GGAGCGAAATTTGAGGGTGAACTGCAAGAATTTGCAAATCATGCCTTTAGCCTTCGTTGT 1390
Query 1411 GTCCTGGAATGTTTGATATCTGGTGGAGTTGCTACTGATGCAATAGTTGACACAATGGGT 1470
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||
Sbjct 1391 GTCCTGGAATGTTTGATATCTGGTGGAGTTGCAACTGATACAATAGTTGATACAATGGGT 1450
Query 1471 TCGGGAACTTTGAGCAATGATGAGGCTGTTACTCTTCTTGCAGATGTTAATTTACCTGAT 1530
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1451 TCGGGAACTTTGAGCAATGATGAGGCTGTTACTCTACTTGCAGATGTTAATTTACCTGAT 1510
Query 1531 AATTCCGGAGATTCTTTAACTAGCCAAATTATTGAGGCTTCCATGGTTTCAGATGCCCCT 1590
||||| |||||||||||||||||||||| || |||||| |||| ||||||||| |||||
Sbjct 1511 AATTCGGGAGATTCTTTAACTAGCCAAAATAGTGAGGCCTCCACGGTTTCAGACACCCCT 1570
Query 1591 CAAGAGGTTCCCTTGTCGACAGAGCATGTCCCCGAAAGCACTAAGCATGAAGCAGCTTCC 1650
||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1571 CAAGAGGATCCCTTGTCGACAGAGCATGTCCCTGAAAGCACTGAGCATGAAGCAGCTTCC 1630
Query 1651 AGTACACCGTCTGTCGATACTACTGCCTTGACTGAGACCTTCAGTTCCAACCTTAACCTT 1710
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1631 AGTACACCGTCTGTCGATACTACTGCCTTGACTGAGACCTTCAGTTCTAACCTTAACCTT 1690
Query 1711 CAGAATGAGGGGAAGCCAATTCCTGTAGAGGGACCCGACACCGGTAAAGGAAACAAGAAA 1770
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1691 GAAAATGAGGGGAAGCCAATTCCTGTAGAGGGACCCGACACTGGTAAAGGAAACAAGAAA 1750
Query 1771 AGGAAAAAATATCGCGTTGATATTCTCCGTTGTGAAAGTCTGGCTTCTCTAACACCAGCT 1830
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1751 AGGAAAAAATATCGCGTTGATATTCTCCGTTGTGAAAGTCTTGCTTCTCTAACACCAGCT 1810
Query 1831 ACTCTAGATCGTTTGTTTTCCCGTGACTATGATATTGTTGTTTCAATGATTCCTCTTCCA 1890
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1811 ACTCTAGATCGTTTGTTTTCCCGTGACTATGATATTGTTGTTTCAATGATTCCTCTTCCA 1870
Query 1891 CTTACAACTGTTCTTCCTGGACCGTCAGGCCCTGTTCATTTCGGTCCTCCCTCCCATTCA 1950
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1871 CTTACGACTGTTCTTCCTGGACCGTCAGGCCCTGTTCATTTCGGTCCGCCCTCCCATTCA 1930
Query 1951 TCCATGACACAGTGGATGAAACTGGTACTGTATTCAACCGTGGGCATTGGGCCTTTGTCG 2010
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1931 TCCATGACACAGTGGATGAAATTGGTACTGTATTCAACCGTGGGCATTGGGCCTTTGTCG 1990
Query 2011 GTTATCTTGATGAAAGGGCAGTGTCTGCGGATGCTTCCTGCTCCACTAGCTGGCTGTGAG 2070
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1991 GTTATCTTGATGAAAGGGCAGTGTCTGCGGATGCTTCCTGCTCCACTAGCTGGCTGTGAG 2050
Query 2071 AAAGCTATCATTTGGTCTTGGGATGGATCTTCGGTTGGTGGTTTAGGAAACAAGTTTGAA 2130
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2051 AAAGCTATCATTTGGTCTTGGGATGGATCTTCGGTTGGTGGTTTAGGAAACAAGTTTGAA 2110
Query 2131 GGTAACTTGGTCAAAGGAGGTATTCTGTTGCACTGTTTAAATTGCCTTCTCAAGTGCTCA 2190
|||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2111 GGTAACTTGGTCAAGGGAAGTATTTTGTTGCACTGTTTAAATTGCCTTCTCAAGTGCTCA 2170
Query 2191 GCTGTTCTTGTTCAGCCTCTCAGCAAGCATGATCTTGATAGCTCTGGAAGAATTGTTACT 2250
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2171 GCTGTTCTTGTTCAGCCTCTCAGCAAGCATGATCTTGATAGCTCTGGAAGAATTGTTACT 2230
Query 2251 TTAGATATACCATTACCCCTAAAGAATTCTGATGGTTCCATTCCTCATTTTGGTGATGAG 2310
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || || |||
Sbjct 2231 TTAGATATACCATTACCCCTGAAGAATTCTGATGGTTCCATTCCTCATTTCGGCGACGAG 2290
Query 2311 CTTGGACTTCCCCTCGAGGAAAATACAAAGTTGAACTCTCTTTTAACTAAGCTTGCGAAC 2370
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||
Sbjct 2291 CTTGGACTTCCCCTCGAGGAAAATACAAAGTTGAACTCTGTTTTAACTAAGCTGGCGAAC 2350
Query 2371 AATATGGAATTGAAGACAGTCGGTTACATTCGCCTTTTGAAACTCTTTAAAGCAAAGGAT 2430
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2351 AACATGGAATTGAAGACAGTCGGTTACATTCGCCTTTTGAAACTCTTTAAAGCAAAGGAT 2410
Query 2431 TCATT-GAAGCATTTTTCTCCCGACAATGATGAGAAGTATGAATGGGTCCCTTTAACCGT 2489
|| || ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2411 TC-TTCGAAGCATTTTTCTCCTGATGATGATGAGAAGTATGAATGGGTCCCTTTAACCGT 2469
Query 2490 GGAATTTGGGTTTCCACTTTTTAGTCCAAAGTTATGCAACAATATCTGCAAAAGGATTGT 2549
||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2470 GGAGTTTGGGCTTCCACTTTTCAGTCCAAAGTTATGCAACAATATCTGCAAAAGGATCGT 2529
Query 2550 CTCATCACAGTTACTTCAAGCAGATTCGCTCATGGAACAACACGATGCAATGCAATGTAT 2609
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2530 CTCATCACAGTTACTTCAAGCAGATTCGCTCATGGAACAACACGATGCAATGCAATGTAT 2589
Query 2610 AAGGAAAAGGTTGAAAGATATATGTGCACTGTACCAAGCAACAGGTCCAGCTGCTAAACT 2669
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2590 AAGGAAAAGGTTGAAAGATATATGTGCACTGTACCAAGCAACAGGTCCAGCTGCTAAAGT 2649
Query 2670 TCTTTACCAGAAAGAACAAGCAAAGGAGCCTACACGTACTAATAAGCTCATGAACTACGC 2729
|||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2650 TCTTTACCAGAAAGAACAAGTAAAGGAGCCTACCCGTAGTAATAAGCTCATGAACTACGC 2709
Query 2730 AAGTGGAAGGTGGAACCCACTTGTTGACCCGTCCTCACCAATTTCAGGAGCCACAAGCGA 2789
||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2710 AAGTGGAAGGTGGAACCCACTCGTGGACCCTTCCTCACCAATTTCAGGAGCCACAAGTGA 2769
Query 2790 ATTCCAACGGCTGAAACTAGCTAATCGCCAACGTTGCCGGACTGAAGTTCTGAGCTTCGA 2849
||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2770 ATTTCAAAGGCTGAAACTAGCTAATCGCCAGCGTTGCCGGACTGAAGTTCTGAGCTTCGA 2829
Query 2850 TGGTAGCATCCTTAGATCCTACACCTTGGCACCAGTATAT-GAGGC-TGCCACAAGGAGC 2907
||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | | ||||| | |||||||||||
Sbjct 2830 TGGTAGCATCCTTAGATCCTACACCCTGGCACCAGTGT-TCGAGGCCT-CCACAAGGAGC 2887
Query 2908 ATTGATGAGAATGCACCTTTAAGTACAACAAAATCAGATTCTGATGAAGCAGATAGCCGA 2967
|||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2888 ATTGATGAGAATGCTCCTTTAAGTACAACAAAAGCAGATGCTGATGAAGCAGATAGCCGA 2947
Query 2968 GAAGTGATTCTTCCAGGACTAAATCTTCTCTATGATGGTTCAGAGTTGCACCCTTTTGAT 3027
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2948 GAAGTGATTCTTCCAGGACTGAATCTTCTCTATGATGGTTCAGAGTTGCACCCTTTTGAT 3007
Query 3028 ATTGGCGCTTGCCTTCAGGCTCGTCAACCAGTTGCTCTCATAGCAGAAGCTGCTGCCGCG 3087
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3008 ATTGGCGCTTGCCTTCAGGCTCGTCAACCAGTTGCTCTCATAGCAGAAGCTGCTGCCGCG 3067
Query 3088 TCTGCATCCCTCGCCCCAAAGTAGACTAGTACTCAAAAAGATTCTAATCCAGATTTCAT- 3146
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | | |
Sbjct 3068 TCTGCATCCCTCGCCCCGAAGTAGACTAGTACTCAAAAAGATTCTAATCTTG-TAAAAGG 3126
Query 3147 TGCACATCAAGTAAAAGGTCGGGTTCTTGTTTGTTTGTCTTACATTCTGGCCGACTGGAA 3206
| || || | | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3127 TACAGATGTATTTGCAGGTCGGGTTCTTGTTTGTTTGTTTTACATTCTGGCCGACTGGAA 3186
Query 3207 AA--CATCCGCGGTGACCATCAGACCAAACTGATGCTGCCTTATACCTAGCAAGGCATTA 3264
|| ||||||||| |||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||
Sbjct 3187 AATGCATCCGCGGCGACCATCAAACCAAACTGATGTTGC-TTATACCTAGCAAAGCATTA 3245
Query 3265 GGAGTTTTACAAATTTCTACATTTGGGCCATTTGGCTAACGAGTGAATGAATGTATCCTT 3324
||| |||||||| ||| ||||||||| | | ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 3246 GGACTTTTACAA-TTTATACATTTGG-C--T------AACGAATGAATGAATGTATCCTT 3295
Query 3325 A-TACCATTTGTGTGCTTCGCTTGAAACTTTTTTGGAGACTGT--A-----A--TGTCAA 3374
| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| | | ||||||
Sbjct 3296 AATACCATTTGTG--CTTCGCTTGAAAGTTTTTTGGAGACTGTGTAGTGTCAACTGTCAA 3353
Query 3375 GGAAGGTTGTGGTTAATAGAGGAGTT 3400
|||||| ||||||| |||||||||||
Sbjct 3354 GGAAGGCTGTGGTTTATAGAGGAGTT 3379
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 133429850938
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5