BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G42440.1
Length=2741
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg925613 jgi|Araly1|925613|scaffold_201174.1 3273 0.0
Ahg473739 jgi|Araly1|473739|fgenesh2_kg.1__3693__AT1G42440.1 1882 0.0
> Ahg925613 jgi|Araly1|925613|scaffold_201174.1
Length=2421
Score = 3273 bits (1772), Expect = 0.0
Identities = 2210/2420 (91%), Gaps = 35/2420 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 115 CCATGGGACGCTCTCGAGTTCAAGTTAACAAAGCTCACAAGACTCG-TTTCTCCTCTAAA 173
|||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||| | ||| |||| |||
Sbjct 19 CCATGGGAAACTCTAGAATTCAAGTTAACAAAGCTCACAAGACTAGATTT-ACCTCCAAA 77
Query 174 TCTTCTCGTAATCTCCATAGAACCAACCTTCAAGATAGTGGCCGGATTGGGAAATC-G-G 231
||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||| |
Sbjct 78 TCTTCTCGTAATCTCCACAGAACTTCCCTCCAAGATAGTTGCCGGATTGGGAAATCAGAC 137
Query 232 A-TAGTAACTATGTTAAAGGAGCTAAAGCTGCTCGTGTTCAACGTGGTAAGATGCTTAGA 290
| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||
Sbjct 138 AGTAATAACTATGTTAAAGGTGCTAAAGCTGCTCGTGTTCAGCGTGGCAAGATGCTTCGA 197
Query 291 GAGCAGAAGAGAGCAGCAGTTTTGAAGGAGAAGAGAGCATCAGGAGGAATT-AACAGTGC 349
|||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||
Sbjct 198 GAGCAGAAAAGGGCAACAGTTTTGAAGGAGAAGAGAGCATCAGGAGG-ATTAAACAGTGC 256
Query 350 TCCTCGTGTTATCGTTTTGTTTCCTCTCTCTGCTTCTGTGGAATTGAATTCACTTGGTGA 409
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 257 TCCTCGTGTTATCGTTTTGTTTCCTCTCTCTGCCTCTGTGGAATTGGATTCACTTAATGA 316
Query 410 AGATGTTTTGA-AGTTGTTATCTTCTGATGGTTCTGGAATTGCTTCTTCGACAGTTGCAT 468
|||| |||| | || | |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||
Sbjct 317 AGATCTTTT-AGAGCTATTATCTTCTGATGGTTCTGGGGTCACTTCTTCGACAGTTGCAT 375
Query 469 CTTCTGAGTATAAGC-TACGAGCAACTGTGTTAAAGGCGCCTCATGGGGATCTTCTGACA 527
||||||||||||||| || |||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||
Sbjct 376 CTTCTGAGTATAAGCTTA-AAGCAACCGTGTTAAAGGCACCTCATGGGGATCTTTTGACA 434
Query 528 TGTATGGAAATGGCCAAGGTTGCTGATTTGATGGCTTTTGTTGCATCTGCAAG-TGCTCC 586
|| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||
Sbjct 435 TGCATGGAAATGGCCAAGGTTGTTGATTTGATGGCTTTTGTTGCATCTGCAAGCT-CTCC 493
Query 587 GTGGGAAGAGAATAGCTCTAACT-TCATAGATTC-TTTCGGAAGTCAGTGTCTTTCTGTG 644
||||||||||||| ||||||| | |||||||| ||| |||| ||||||||||||||||
Sbjct 494 ATGGGAAGAGAATAAATCTAACTAT-ATAGATTCATTT-GGAAATCAGTGTCTTTCTGTG 551
Query 645 TTTAGATCAATTGGTCTACCAAGCACTACTGTGTTGATCCGTGATTTGCCCAGTG-ATGT 703
|||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| || |||| || |
Sbjct 552 TTTAGATCAATTGGTCTACCAAGCACCACTGTATTGATTCGTGATTTACCGAGTGAAT-T 610
Query 704 GAAAAAGAAAAATGAGATGAAAAAGATGTGTGCCTCTCAACTTGCTTCTGAATTTCCTGA 763
||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 611 AAAAAAGAAAAATGAGCTGAAGAAGATATGTGCCTCTCAACTTGCTTCTGAATTTCCTGA 670
Query 764 GGATTGTAAGTTTTATCCAGCAGATACCAGAGATGAGTTGCATAAGTTTATGTGGTTATT 823
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 671 GGATTGTAAGTTTTATCCAGCAGATACCAGAGATGAGTTGCATAAGTTTATGTGGTTATT 730
Query 824 CAAGGCGCAAAGGCTTACTGTGCCTCACTGGCGAAGTCAACGATCATACATTGTGGCTC- 882
||| || |||||||||||||| ||||| ||||| |||||| || |||| |||||||||
Sbjct 731 CAAAGCACAAAGGCTTACTGTACCTCATTGGCGGAGTCAAAGACCATATGTTGTGGCTCA 790
Query 883 GCAAGGCTGGGATGCTGGTGGATGATGAAAGCTCAGGAAAGTGCACTCTACTTCTCTCTG 942
| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 791 G-AAGGTTGGGATGCTGGTGGATGATGAAAGCTCAGGAAAGTGCACTCTACTTCTCTCTG 849
Query 943 GTTACTTGCGTGCTCGCAAACTGTCTGTAAATCAACTGGTCCATGTTTCTGGCGTTGGGG 1002
|||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| || |||||||||||||| |
Sbjct 850 GTTACTTGCGTGCTCGCAAACTGTCTATAAATCAGCTGGTTCACGTTTCTGGCGTTGGTG 909
Query 1003 ATTTTCAATTCTCCAAAATTGAAGTGCTGAAGGATCCATTTCCTTTGAATGAAAGGAAAA 1062
||||||| ||||| |||||||| ||||| || || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 910 ATTTTCAGTTCTCAAAAATTGAGGTGCTAAACGAGCCATTTCCTTTGAATGAAAGGAAAA 969
Query 1063 ATCAGAATTCCATGGAATTAGATGATTCACATGATGAAGAGGTATTGAAGTCTCTGGTTC 1122
|||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 970 ATCAGAATTCCATGGAATTAGATGCTTTACATGATGAAGAGGTATTGAACTCTCTGGTTC 1029
Query 1123 CTGATCCCATGAAACAAGAGCCTTTAGTAATTGAAAACACTCCAGATCCTTTAGCAGGGG 1182
||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1030 CTGATCCTATAAAACAAGAGCCTTTAGTAGTTGAAAACACTCCAGATCCTTTAGCAGGGG 1089
Query 1183 AACAGACATGGCCAACAGAGGAAGAAATGGCTGAGGCTGACAAAAATCAGAAGCAGGGCA 1242
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 1090 AACAGACATGGCCAACAGAGGAAGAAATGGCTGAGGCTGACAAAAATCAGAAACAGGGAA 1149
Query 1243 GGCTAAAGAAGAAGACTTTGCCGCGAGGGACTTCAGAATATCAGGCTGCTTGGATTGTGG 1302
| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1150 AGTTAAAGAAGAAGACTTTGCCAAGAGGGACTTCAGAATATCAGGCTGCTTGGATTGTGG 1209
Query 1303 ATGAAACAGATGAAGAGGATTCCGATAATGGTGATTCTGATGATAATGGTATGGTATTGG 1362
|||| ||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1210 ATGACACAGATGAAGAAGATTCTGATATTGGTGATTCTGATGATAACAGTATGGTATTGG 1269
Query 1363 ATAGAGGAGAGGATTCCAATCAAGAAGGAATGTATGACCAAGAATTTGAGGATGACGGAA 1422
|||||| ||||||| ||||| | ||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1270 ATAGAGAAGAGGATGCCAATGAGGAAAGAAAGTATGACCAAGAATTTGAGGATGACGAAA 1329
Query 1423 AATCATTGAACCTGCGGGATATTGATACTGAAACTCAGAATGAATCCGAAATGGTGGACG 1482
||||| ||||| |||||||| |||||| || |||||||||||| ||||| ||| |||| |
Sbjct 1330 AATCACTGAACGTGCGGGATTTTGATAGTGGAACTCAGAATGACTCCGAGATGATGGATG 1389
Query 1483 ATGAAGACTTGACAGAAGAACAAATTAAGGATGAAATCAAGAAAATCAAAGAGGCATATG 1542
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||
Sbjct 1390 ATGAAGACTTGACAGATGAACAAATTAAGGATGAAATAAAGAAAATCAAAGAGGCACATG 1449
Query 1543 CTGATGACGAAGAATTTCCAGATGAAGTAGAGACTCCCATTGATGTTCCTGCAAGAAGAC 1602
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1450 CTGATGACGAGGAATTTCCAGATGAAGTAGAGACTCCCATTGATGTTCCTGCAAGAAGAC 1509
Query 1603 GTTTTGCAAAGTACAGGGGTCTTAAATCCTTCAGAACCTCCTCGTGGGATCCAAATGAGT 1662
|||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1510 GTTTCGCAAAGTACAGGGGTCTTAAATCCTTCCGAACCTCCTCGTGGGATCCAAATGAGT 1569
Query 1663 CTTTACCTCAGGACTATGCTAGAATTTTTGCTTTTGATAATGTCGCAAGGACTCAAAAGC 1722
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||
Sbjct 1570 CTCTACCTCAGGACTATGCTAGAATTTTTGCTTTTGATAACGTTGCCAGGACTCAAAAGC 1629
Query 1723 TTGTGCTCAAGCAAGCCCTGAAGATGGAAGAAGAAGACAGAGATGATTGTGTACCA-ATT 1781
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |
Sbjct 1630 TTGTGCTCAAGCAAGCCCTGAAGATGGAAGAAGAAGACAGAGATGATTGTGTAC-AGACT 1688
Query 1782 GGGTCATATGTACGGCTGCATATTAAAGAAGTGCCTCTTGGTGCTGCCTCTAAACTATCT 1841
||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1689 GGGTCATATGTCCGACTGCATATTAAGGAAGTGCCTCTTGGTGCTGCCTCTAAACTATCC 1748
Query 1842 TCTCTTGTGAACACAACGAAACCAATTATAGGATTTGGGCTTCTGCAGCATGAA-TCCAA 1900
|| ||||||||||||| || ||| ||||||||||| | ||| | || || ||| ||||
Sbjct 1749 TCCCTTGTGAACACAA--AACCCA-TTATAGGATTTCGCCTTATACAACACGAAATCCA- 1804
Query 1901 GATGTCGGTTCTGCATTTTAGCGTAAAGAAGTATGATGGTTACGAAGCTCCTATTAAAAC 1960
|||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1805 GATGTCAGTTCTGCATTTTAGTGTAAAGAAGTATGATGGTTACGAAGCTCCTATTAAAAC 1864
Query 1961 AAAAGAAGAGCTAATGTTCCATGTTGGTTTCCGTCAATTCATTGCAAGGCCGGTATTTGC 2020
|||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
Sbjct 1865 GAAAGAAGAACTTATGTTCCATGTTGGTTTCCGTCAAGTCATTGCAAGGCCGGTATTTTC 1924
Query 2021 GACCGACAATTTCAGCTCAGACAAGCACAAGATGGAGAGATTCCTGCATCCAGGGTGTTT 2080
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||
Sbjct 1925 AACCGACAATTTCAGCTCAGACAAGCACAAGATGGAGAGATTCTTGCATTCAGGGAGTTT 1984
Query 2081 CTCGTTGGCTTCAATATACGGCCCCATATCTTTCCCACCCCTTCCTTTGGTAGTTCTGAA 2140
|||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||
Sbjct 1985 CTCGTTGGCTTCAATATATGGCCCAATATCTTTCCCACCCCTTCCTTTGGTAGCTCTAAA 2044
Query 2141 GATTTCTGAAGGGTCGGATCCTCCTGCCATTGCTGCCCTTGGTTCCTTGAAAAGCGTAGA 2200
||| ||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| | ||
Sbjct 2045 GATATCTGAAGGGTCAGATCCT---GCCGTTGCTGCCCTTGGTTCCTTGAAAAGCATTGA 2101
Query 2201 ACCCAACAAAATAATCTTAAAGAAGATAATATTAACTGGGTACCCTCAGAGAGTATCGAA 2260
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 2102 ACCCAACAAAATAATTTTAAAGAAGATAATATTAACTGGGTATCCTCAGAGAGTATCAAA 2161
Query 2261 AATGAAAGCTTCAGTCAGATATATGTTCCACAACCCCGAAGACGTGAAATGGTTCAAGCC 2320
||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2162 AATGAAAGCATCAGTCAGATATATGTTCCACAACCCAGAAGACGTGAAATGGTTCAAGCC 2221
Query 2321 TGTTGAAGTATGGTCAAAATGCGGGCGTCGTGGTCGCGTGAAGGAACCAGTAGGCACACA 2380
||| ||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 2222 TGTAGAAGTGTGGTCAAAATGTGGTCGTCGTGGTCGCGTGAAGGAGCCAGTGGGCACACA 2281
Query 2381 TGGGGCAATGAAATGCATATTCAATGGAGTGGTTCAACAACATGACGTAGTGTGCATGAA 2440
|||||| |||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||| | || ||||||||
Sbjct 2282 TGGGGCGATGAAATGTATATTCAATGGAGTGGTGCAGCAACATGACATTGTCTGCATGAA 2341
Query 2441 CTTGTACAAGCGCGCTTATCCC-AAGTGGCCTGAACGTCTGTACCCACAGCTTCTCTGAT 2499
||||||||| || || || ||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2342 CTTGTACAAACGTGCGTA-CCCTAAGTGGCCTGAGCGTCTGTACCCGCAGCTTCTCTGAT 2400
Query 2500 TCGAATTTTTTA-AATGAAG 2518
|| ||||| | | |||||||
Sbjct 2401 TCCAATTTGT-AGAATGAAG 2419
> Ahg473739 jgi|Araly1|473739|fgenesh2_kg.1__3693__AT1G42440.1
Length=2585
Score = 1882 bits (1019), Expect = 0.0
Identities = 1130/1184 (95%), Gaps = 6/1184 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 544 AGGTTGCTGATTTGATGGCTTTTGTTGCATCTGCAAGTGCTCCGTGGGAAGAGAATAGCT 603
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 522 AGGTTGCTGATTTGATGGCTTTTGTTGCATCTGCAAGCGCTCCGTGGGAAGAGAATAGCT 581
Query 604 CTAACTTCATAGATTC-TTTCGGAAGTCAGTGTCTTTCTGTGTTTAGATCAATTGGTCTA 662
|||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 582 CTAACTTCATAGATTCATTT-GGAAGTCAGTGTCTTTCTGTGTTTAGATCAATTGGTTTA 640
Query 663 CCAAGCACTACTGTGTTGATCCGTGATTTGCCCAGTGATGTGAAAAAGAAAAATGAGATG 722
|||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 641 CCAAGCACCACTGTGTTGATCCGTGATTTACCTAGTGATGTGAAAAAGAAAAATGAGATG 700
Query 723 AAAAAGATGTGTGCCTCTCAACTTGCTTCTGAATTTCCTGAGGATTGTAAGTTTTATCCA 782
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 701 AAAAAGATGTGTGCCTCTCAACTTGCTTCTGAATTTCCCGAGGATTGTAAGTTTTATCCA 760
Query 783 GCAGATACCAGAGATGAGTTGCATAAGTTTATGTGGTTATTCAAGGCGCAAAGGCTTACT 842
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 761 GCAGATACCAGAGATGAGTTGCATAAGTTTATGTGGTTATTCAAGGCACAAAGGCTTACC 820
Query 843 GTGCCTCACTGGCGAAGTCAACGATCATACATTGTGGCTC-GCAAGGCTGGGATGCTGGT 901
|| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| | |||| ||||||||||||
Sbjct 821 GTACCTCACTGGCGAAGTCAACGACCATATGTTGTGGCTCAG-AAGGTTGGGATGCTGGT 879
Query 902 GGATGATGAAAGCTCAGGAAAGTGCACTCTACTTCTCTCTGGTTACTTGCGTGCTCGCAA 961
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 880 GGATGATGAAAGCTCAGGAAAGTGCACTCTACTTCTCTCTGGTTACTTGCGTGCTCGCAA 939
Query 962 ACTGTCTGTAAATCAACTGGTCCATGTTTCTGGCGTTGGGGATTTTCAATTCTCCAAAAT 1021
||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 940 ACTGTCTGTAAATCAGCTGGTCCACGTTTCTGGCGTTGGTGATTTTCAATTCTCCAAAAT 999
Query 1022 TGAAGTGCTGAAGGATCCATTTCCTTTGAATGAAAGGAAAAATCAGAATTCCATGGAATT 1081
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1000 TGAAGTGCTGAAGGATCCATTTCCTTTGAATGAAAGGAAAAATCAGAATTCCATGGAATT 1059
Query 1082 AGATGATTCACATGATGAAGAGGTATTGAAGTCTCTGGTTCCTGATCCCATGAAACAAGA 1141
||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1060 AGATGCTTCACATGATGAAGAGGTGTTGAAGTCTCTGGTTCCTGATCCCATGAAACAAGA 1119
Query 1142 GCCTTTAGTAATTGAAAACACTCCAGATCCTTTAGCAGGGGAACAGACATGGCCAACAGA 1201
|||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1120 GCCTTTAGTAGTTGAAAACATTCCAGATCCTTTAGCAGGGGAACAGACATGGCCAACAGA 1179
Query 1202 GGAAGAAATGGCTGAGGCTGACAAAAATCAGAAGCAGGGCAG-GCTAAAGAAGAAGACTT 1260
|||||||||||||||||||||||||| |||||| || || | | |||||||||||||||
Sbjct 1180 GGAAGAAATGGCTGAGGCTGACAAAATTCAGAAACATGGAAATG-TAAAGAAGAAGACTT 1238
Query 1261 TGCCGCGAGGGACTTCAGAATATCAGGCTGCTTGGATTGTGGATGAAACAGATGAAGAGG 1320
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1239 TGCCGCGAGGGACTTCAGAATATCAGGCTGCTTGGATTGTGGATGACACAGATGAAGAGG 1298
Query 1321 ATTCCGATAATGGTGATTCTGATGATAATGGTATGGTATTGGATAGAGGAGAGGATTCCA 1380
||||||||||||||||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||| || ||||
Sbjct 1299 ATTCCGATAATGGTGATTCCGATGATAACGGCATGGTGTTGGATAGAGGAGACGAATCCA 1358
Query 1381 ATCAAGAAGGAATGTATGACCAAGAATTTGAGGATGACGGAAAATCATTGAACCTGCGGG 1440
||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||| |
Sbjct 1359 ATCAAAAAGGAAGGTATGACCAAGAATTTGAGGATGATGAAAAATCACTGAACCTGCGTG 1418
Query 1441 ATATTGATACTGAAACTCAGAATGAATCCGAAATGGTGGACGATGAAGACTTGACAGAAG 1500
|||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1419 ATATTGATACTGAAACTCAGAATGAATCGGAAATGATGGACGATGAAGACTTGACAGAGG 1478
Query 1501 AACAAATTAAGGATGAAATCAAGAAAATCAAAGAGGCATATGCTGATGACGAAGAATTTC 1560
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||
Sbjct 1479 AACAAATTAAGGATGAAATCAAGAAAATCAAAGAGGCATATGCTGAGGATGAGGAATTTC 1538
Query 1561 CAGATGAAGTAGAGACTCCCATTGATGTTCCTGCAAGAAGACGTTTTGCAAAGTACAGGG 1620
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1539 CAGATGAAGTAGAGACTCCCATTGATGTTCCTGCAAGAAGACGTTTTGCAAAGTACAGGG 1598
Query 1621 GTCTTAAATCCTTCAGAACCTCCTCGTGGGATCCAAATGAGTCTTTACCTCAGGACTATG 1680
|||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1599 GTCTGAAATCCTTTAGAACCTCCTCGTGGGATCCAAATGAGTCTTTACCTCAGGACTATG 1658
Query 1681 CTAGAATTTTTGCTTTTGATAATGTCGCAAGGACTCAAAAGCTT 1724
| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1659 CCAGAATTTTTGCTTTTGATAATGTCGCCAGGACTCAAAAGCTT 1702
Score = 1334 bits (722), Expect = 0.0
Identities = 841/896 (94%), Gaps = 17/896 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1765 ATGATTGTGTACCAA-TTGGGTCATATGTACGGCTGCATATTAAAGAAGTGCCTCTTGGT 1823
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703 ATGATTGTGTACCAACTTGGGTCATATGTACGGCTGCATATTAAAGAAGTGCCTCTTGGT 1762
Query 1824 GCTGCCTCTAAACTATCTTCTCTTGTGAACACAACGAAACCAATTATAGGATTTGGGCTT 1883
||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1763 GCTGCCTCTAAACTATCCTCCCTTGTGAACACAACGAAACCCATTATAGGATTTGGGCTT 1822
Query 1884 CTGCAGCATGAATCCAAGATGTCGGTTCTGCATTTTAGCGTAAAGAAGTATGATGGTTAC 1943
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1823 CTGCAGCATGAATCCAAGATGTCGGTTCTGCATTTTAGCGTAAAGAAGTATGATGGTTAC 1882
Query 1944 GAAGCTCCTATTAAAACAAAAGAAGAGCTAATGTTCCATGTTGGTTTCCGTCAATTCATT 2003
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1883 GAAGCTCCTATTAAAACAAAAGAAGAGCTTATGTTCCATGTTGGTTTCCGCCAATTCATT 1942
Query 2004 GCAAGGCCGGTATTTGCGACCGACAATTTCAGCTCAGACAAGCACAAGATGGAGAGATTC 2063
||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1943 GCAAGGCCGGTATTTTCAACCGACAATTTCAGCTCAGACAAGCACAAGATGGAGAGATTC 2002
Query 2064 CTGCATCCAGGGTGTTTCTCGTTGGCTTCAATATACGGCCCCATATCTTTCCCACCCCTT 2123
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||
Sbjct 2003 CTGCATCCAGGGCGTTTCTCGTTGGCTTCAATATACGGTCCAATATCTTTCCCACCACTT 2062
Query 2124 CCTTTGGTAGTTCTGAAGATTTCTGAAGGGTCGGATCCTCCTGCCATTGCTGCCCTTGGT 2183
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||
Sbjct 2063 CCTTTGGTTGTTCTGAAGATTTCTGAAGGGTCGGATGCTCCTGCCGTGGCTGCCCTTGGT 2122
Query 2184 TCCTTGAAAAGCGTAGA-ACCCAACAAAATAATCTTAAAGAAGATAATATTAACTGGGTA 2242
||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2123 TCCTTGAAAAGCGTAGACACC-AACAAAATAATTTTAAAGAAGATAATATTAACTGGGTA 2181
Query 2243 CCCTCAGAGAGTATCGAAA-ATGAAAGCTTCAGTCAGATATATGTTCCACAACCCCGAAG 2301
||||||||||| || ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2182 TCCTCAGAGAGTGTC-AAAGATGAAAGCATCAGTCAGATATATGTTCCACAACCCAGAAG 2240
Query 2302 ACGTGAAATGGTTCAAGCCTGTTGAAGTATGGTCAAAATGCGGGCGTCGTGGTCGCGTGA 2361
| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2241 ATGTGAAATGGTTCAAGCCTGTTGAAGTGTGGTCAAAATGCGGGCGTCGTGGTCGTGTGA 2300
Query 2362 AGGAACCAGTAGGCACACATGGGGCAATGAAATGCATATTCAATGGAGTGGTTCAACAAC 2421
|||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2301 AGGAGCCAGTGGGCACACATGGGGCAATGAAATGCATATTCAATGGAGTGGTTCAGCAAC 2360
Query 2422 ATGACGTAGTGTGCATGAACTTGTACAAGCGCGCTTATCCCAAGTGGCCTGAACGTCTGT 2481
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2361 ATGACATAGTGTGCATGAACTTGTACAAGCGCGCTTATCCCAAGTGGCCTGAACGTCTGT 2420
Query 2482 ACCCACAGCTTCTCTGATTCGAATTTTTTAAATGAAGATGATGATGTTCAAGTTTCTCTG 2541
|||| ||||||||||||||| ||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2421 ACCCGCAGCTTCTCTGATTCAAATATATAAAATGAAGATGATGATGTTCAAGTTTCTCTG 2480
Query 2542 AATTGACGACATTCTTCTTTGGTAATTTATGGTGGTGGTTTAGTGGAAGTCCTCCAGTTT 2601
| || | || || | | | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2481 A-TT--CTAC-TT-T-C---G-TAATTTATGGTGGTGGTTTAGTTGAAGTCCTCCAGTTT 2530
Query 2602 TGTCCTGTATGTGATAAAAATATGCAAATTTTCTTCTTT-ATTGCTCACTATACAT 2656
||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||| || ||||||||| ||||||
Sbjct 2531 TGTCCTGTATGTGATAAAAATATACAAGTTTT-TTCCTTCATTGCTCACAATACAT 2585
Score = 623 bits (337), Expect = 2e-177
Identities = 405/438 (92%), Gaps = 4/438 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 111 GAAGCCATGGGACGCTCTCGAGTTCAAGTTAACAAAGCTCACAAGACTCGTTTCTCCTCT 170
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 32 GAAGCCATGGGACGCTCTCGAGTTCAAGTTAACAAAGCTCACAAGACACGTTTCTCCTCT 91
Query 171 AAATCTTCTCGTAATCTCCATAGAACCAACCTTCAAGATAGTGGCCGGATTGGGAAATCG 230
||||||||||| |||||||| || || ||| |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 92 AAATCTTCTCGCAATCTCCACAGGACTTCCCTCCAAGATAGCAACCGGATTGGGAAATCG 151
Query 231 GATAGTAACTATGTTAAAGGAGCTAAAGCTGCTCGTGTTCAACGTGGTAAGATGCTTAGA 290
|||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||| || ||
Sbjct 152 GATAACAACTATGTTAAAGGTGCTAAAGCTGCTCGTGTTCAGCGTGGAAAGATGATTCGA 211
Query 291 GAGCAGAAGAGAGCAGCAGTTTTGAAGGAGAAGAGAGCATCAGGAGGAATTA-ACAGTGC 349
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||
Sbjct 212 GAGCAGAAAAGAGCAGCAGTTTTGAAGGAGAAGAGAGCATCAGGAGG-ATTACACAGTGC 270
Query 350 TCCTCGTGTTATCGTTTTGTTTCCTCTCTCTGCTTCTGTGGAATTGAATTCACTTGGTGA 409
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 271 TCCTCGTGTTATCGTTTTGTTTCCTCTCTCTGCTTCTGTGGAATTGAATTCACTTGGTGA 330
Query 410 AGATGTTTTGAAGTTGTTATCTTCTGATGGTTCTGGAA-TTGCTTCTTCGACAGTTGCAT 468
||||||||| ||| | || ||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||
Sbjct 331 AGATGTTTTAAAGCTATTGTCTTCTGATGGTTCTGGAAATTG-TTCTTCAACAGTTGCAT 389
Query 469 CTTCTGAGTATAAGCTACGAGCAACTGTGTTAAAGGCGCCTCATGGGGATCTTCTGACAT 528
||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||| || |||||||||||||
Sbjct 390 CTTCTGAGTATAAGCTAAGAGCAACTGTCTTAAAGGCCCCTCACGGAGATCTTCTGACAT 449
Query 529 GTATGGAAATGGCCAAGG 546
||||||||||||||||||
Sbjct 450 GTATGGAAATGGCCAAGG 467
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 103415015175
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5