BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G43850.1
Length=3688
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg922878 jgi|Araly1|922878|scaffold_104159.1 4010 0.0
> Ahg922878 jgi|Araly1|922878|scaffold_104159.1
Length=2653
Score = 4010 bits (2171), Expect = 0.0
Identities = 2522/2686 (94%), Gaps = 46/2686 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 582 AGTTGTGAATTAGTAAGAGTATGGTACCATCAGAGCCGCCTAATCCTGTTGGGGGTGGTG 641
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
Sbjct 2 AGTTGTGAATT-GTAAGAGTATGGTACCATCAGAGCCGCCTAATCCTGTTGGTAGTGGCG 60
Query 642 AAAATGTTCCGCCTTCGATATTAGGAGGACAAGGAGGAGCTCCTCTTCCTTCTCAACCAG 701
|||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 61 AAAACGTTCCGCCTTCGATTTTAGGAGGACAAGGAGGAGCTCCTCTTCCTTCTCAACCTG 120
Query 702 CATTTCCTTCACTTGTCTCTCCGCGTACTCAGTTTGGTAACAATATGAGTATGAGTATGC 761
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 121 CATTTCCTTCACTTGTTTCTCCGCGTACTCAGTTTGGTAACAACATGAGTATGAGTATGC 180
Query 762 TTGGGAATGCTCCAAATATATCTTCTCTTCTCAATAATCAGTCTTTTGTAAATGGTA-TC 820
|||||||||| ||||| |||||||| || || ||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 181 TTGGGAATGCCCCAAACATATCTTCACTCCTGAATAATCAGTCTTTTGTAAATGGTATTC 240
Query 821 CCTGGTTCTATGATTTCTATGGATACAAGTGGTGCTGAGTCTGACCCGATGTCTAACGTC 880
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||| |||
Sbjct 241 CC-GGTTCTATGATTTCTATGGATACAAGTGGTGCTGAGGCAGACCCGCTGTCTAATGTC 299
Query 881 GGGTTTAGTGGTTTGTCGTCTTTTAATGCGTCGAGTATGGTGTCTCCGCGCTCATCAGGT 940
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 300 GGGTTTAGTGGTTTGTCATCTTTTAATGCGTCGAGTATGGTGTCCCCGCGCTCATCAGGT 359
Query 941 CAAGTT-CAGGGTCAGCAGTTTTCGAATGTTTCGGCTAACCAGTTGTTGGCTGAGCAACA 999
||| || ||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 360 CAA-TTACAGGGTCAGCAATTCTCGAATGTTTCGTCTAACCAGTTGTTGGCAGAGCAACA 418
Query 1000 ACGGAATAAGAAAATGGAGACGCAGAGTTTTCAACATGGTCAGCAGCAGTCAATG---CA 1056
||||||||||||| ||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 419 ACGGAATAAGAAATTGGAGCCTCAGAATTTTCAACATGGTCAGCAGCAGTCAATGCAACA 478
Query 1057 GCAGCAGTTTTCGACAGTGCGTGGTGGTGGATTAGCAGGTGTGGGACCTGTTAAGATGGA 1116
|||||||||||| ||||||||||| || || ||| ||||||||||| |||| ||||||||
Sbjct 479 GCAGCAGTTTTCAACAGTGCGTGGAGGCGGGTTACCAGGTGTGGGATCTGTCAAGATGGA 538
Query 1117 GCCTGGTCAGGTTTCGAATGATCAGCAGCATGGTCAAGTACAACAGCAGCAACAGAAAAT 1176
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 539 ACCTGGTCAGGTTTCGAACGATCAGCAGCATGGTCAAGTACAACAGCAGCAACAGAAAAT 598
Query 1177 GTTGAGAAACCTAGGGTCAGTTAAGTTGGAACCGCAGCAA-ATTCAGGCCATGAGAAATT 1235
||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||| | |||||||||||| || |
Sbjct 599 GTTAAGAAACCTAGGATCAGTAAAGTTGGAACCGCAACAACA-TCAGGCCATGAGGAACT 657
Query 1236 TGGCCCAAGTGAAAATGGAACCTCAACATTCTGAGCAGTCATTGTTTCTCcaacaacagc 1295
|| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 658 TGTCCCAAGTGAAAATGGAACCTCAACATTCAGAGCAGTCATTGTTTCTCCAACAGCAGC 717
Query 1296 agaggcaacaacagcaacaacaacaacaacaaTTTCTTCAAATGCCGGGGCAATCTCCGC 1355
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 718 AGAGGCAACAACAG---CAACAACAACAACAATTTCTTCAAATGCCGGGGCAATCTCCTC 774
Query 1356 AGGCTCAAATGAACATATTTCAGCAGCAGAGACTTATGCAACTTCAACAACAGCAAC-TC 1414
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||
Sbjct 775 AGGCTCAAATGAACATATTTCACCAGCAGAGACTTATGCAACTGCAACAACAGCAACTTC 834
Query 1415 TTGAAATCTATGCCTCAACAGCGTCCTCAATTACCACAGCAGTTCCAACAGCAGAATTTA 1474
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 835 -TGAAATCAATGCCTCAACAGCGTCCTCAATTACCACAGCAGTTCCAACAGCAGAGTTTA 893
Query 1475 CCTCTAAGGCCACCTCTGAAACCAGTGTATGAACCTGGCATGGGTGCTCAGCGTCTTACA 1534
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 894 CCTCTGAGGCCACCTCTGAAACCAGTGTATGAACCTGGCATGGGTGCTCAGCGTCTTACA 953
Query 1535 CAGTATATGTACAGACAACAACATAGGCCTGAAGACAATAATATCGAGTTCTGGAGAAAA 1594
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 954 CAGTATATGTACAGACAACAACATAGGCCTGAAGACAATAACATCGAGTTCTGGAGAAAA 1013
Query 1595 TTTGTAGCTGAGTACTTTGCTCCTAATGCCAAAAAGAGATGGTGCGTCTCTATGTATGGC 1654
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1014 TTTGTAGCTGAGTACTTTGCTCCTAATGCCAAAAAGAGATGGTGCGTTTCTATGTATGGC 1073
Query 1655 AGTGGCAGGCAAACAACAGGCGTTTTCCCTCAGGATGTGTGGCACTGTGAGATATGTAAC 1714
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1074 AGTGGCCGGCAAACAACAGGCGTTTTCCCTCAGGATGTGTGGCACTGTGAGATATGTAAC 1133
Query 1715 CGAAAGCCTGGACGTGGTTTTGAGGCAACCGCCGAAGTCCTTCCGCGGCTGTTT-AAGAT 1773
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||| |||||
Sbjct 1134 CGAAAGCCTGGACGTGGTTTTGAGGCGACCGCCGAAGTCCTCCCGCGGCT-TTTCAAGAT 1192
Query 1774 TAAGTATGAGAGTGGGACGT-TAGAAGAACTGTTATATGTAGATATGCCAAGGGAGTCCC 1832
||||||||||||||| || | |||| || ||| ||||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 1193 TAAGTATGAGAGTGGCAC-TCTAGAGGAGCTGCTATATGTTGATATGCCAAGGGAATCCC 1251
Query 1833 AGAATTCATCTGGCCAAATTGTCCTGGAGTATGCAAAAGCAACACAAGAGAGTGTCTTTG 1892
||||||| || || |||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1252 AGAATTCCTCGGGACAAATTGTTTTGGAGTACGCCAAAGCAACACAAGAGAGTGTGTTTG 1311
Query 1893 AGCATCTTCGGGTTGTTCGTGATGGCCAACTTCGAATAGTCTTCTCGCCAGATCTTAAGA 1952
|||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1312 AGCATCTTCGAGTTGTTCGTGATGGCCAGCTTCGAATAGTCTTCTCTCCAGATCTTAAGA 1371
Query 1953 TATTCTCCTGGGAATTTTGTGCTCGGCGGCATGAAGAGCTTATTCCACGAAGACTTTTGA 2012
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1372 TATTCTCCTGGGAATTTTGTGCTCGGCGGCATGAAGAGCTTATTCCACGAAGGCTTTTGA 1431
Query 2013 TACCGCAGGTTAGTCAGCTTGGATCGGCAGCTCAGAAATATCAACAAGCTGCTCAAAATG 2072
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 1432 TACCGCAGGTTAGTCAGCTTGGGTCGGCAGCTCAGAAATATCAGCAAGCCGCTCAAAATG 1491
Query 2073 CAACAACAGATTCTGCTCTTCCGGAGCTACAAAATAATTGCAATATGTTTGTTGCATCTG 2132
|||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1492 CAACAACAGATTCTGCTCTTCCCGAGTTACAAAATAATTGCAACATGTTTGTTGCATCTG 1551
Query 2133 CTAGACAATTGGCAAAGGCCCTGGAAGTACCACTTGTGAATGATTTGGGATACACAAAGA 2192
|||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1552 CTAGACAATTGGCAAAAGCTCTGGAAGTACCACTCGTGAATGATTTGGGATACACAAAGA 1611
Query 2193 GATATGTTCGGTGTTTGCAGATCTCAGAGGTGGTAAATAGTATGAAGGACCTGATAGATT 2252
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||
Sbjct 1612 GATATGTTCGGTGTTTGCAGATCTCGGAGGTGGTAAATAGTATGAAGGACTTGATTGATT 1671
Query 2253 ATAGCAGAGAAACACGAACAGGACCAATCGAGAGTTTAGCCAAGTTTCCTCGGAGAACAG 2312
| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1672 ACAGCAGAGAAACAAGAACAGGACCGATCGAGAGTTTAGCCAAGTTTCCTCGGAGAACAG 1731
Query 2313 GCCCTTCATCTGCACTGCCTGGTCCTTCTCCTcagcaagccagcgaccagcttaggcagc 2372
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||
Sbjct 1732 GCCCTTCATCTGCACTGCCTGGTCCTTCTCCTCAGCAAGCCAGCGACCAGGTAAGGCTGC 1791
Query 2373 agcagcaacaacaacagcagcagcagcaacagcaacaacaacaacaacaacaacagcagc 2432
|||| | || ||||||||||||||| | || || ||||| ||||| || | |
Sbjct 1792 AGCA--A-CA------GCAGCAGCAGCAACA--A-CAGCAGCAACAGCAACAGCA--A-C 1836
Query 2433 agcagcaaacagTTTCCCAGAATACAAACAGTGATCAAAGTAGTAGGCAAGTTGCACTAA 2492
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1837 AGCAGCAAACAGTTTCCCAGAATACAAACAGCGATCAAAGTAGTAGGCAAGTTGCACTAA 1896
Query 2493 TGCAGGGTAATCCAAGCAATGGTGTAAATTATGCCTTTAATGCAGCCTCTGCATCCACTT 2552
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1897 TGCAGGGTAATCCCAGCAATGGTGTAAATTATGCCTTTAATGCAGCCTCTGCATCCACCT 1956
Query 2553 CCACCAGCAGCATCGCAGGGCTCATCCACCAGAATTCAATGAAGGGAAGACATCAGAATG 2612
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1957 CCACCAGCAGCATCGCAGGGCTCATCCACCAGAATTCAATGAAGGCAAGACATCAGAATG 2016
Query 2613 CTGCTTACAATCCTCCAAACAGCCCCTATGGAGGAAACTCTGTTCAGATGCAATCACCTA 2672
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2017 CTGCTTACAATCCTCCAAACAGCCCCTATGGAGGAAACTCTGTTCAGATGCAATCACCTA 2076
Query 2673 GTTCCTCGGGTACCATGGTGCCATCATCATCGCAGCAACAACACAACCTGCCAACATTTC 2732
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2077 GTTCCTCGGGTACCATGGTGCCATCATC---GCAGCAACAACACAACTTGCCAACATTTC 2133
Query 2733 AGTCTCCAACATCCTCATCTAATAACAATAATCCCTCTCAAAACGGGATACCATCTGTTA 2792
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2134 AGTCTCCAACATCCTCATCTAATAACAATAATCCCTCTCAAAACGGGATACCATCTGTTA 2193
Query 2793 ATCACATGGGTTCCACAAACTCACCAGCAATGCAACAGGCAGGTGAGGTTGATGGAAACG 2852
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2194 ATCACATGGGTTCCACAAACTCACCAGCAATGCAACAGGCGGGTGAGGTTGATGGAAACG 2253
Query 2853 AGTCTAGCTCGGTGCAGAAGATACTGAATGAAATCCTGATGAACAACCAAGCTCATAATA 2912
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2254 AGTCTAGCTCGGTGCAGAAGATACTGAATGAAATCCTGATGAACAACCAAGCTCATAATA 2313
Query 2913 ATAGCTCAGGAGGAAGCATGGTTGGGCATGGGTCTTTCGGGAATGATGGGAAGGGTCAAG 2972
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2314 ---GCTCAGGAGGAAGCATGGTTGGGCATGGGTCTTTCGGGAATGATGGGAAGGGTCAAG 2370
Query 2973 CTAATGTAAATAGTTCTGGTGTTTTACTGATGAATGGCCAAGTGaacaacaacaacaaca 3032
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2371 CTAATGTAAATAGTTCTGGTGTTTTGCTGATGAATGGCCAAGTGAACAACAACAAC--C- 2427
Query 3033 caaATATTGGAGGTGCTGGTGGGTTTGGTGGTGGGATTGGTCAATCCATGGCAGCAAACG 3092
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 2428 CAAGTATTGGAGGTGCTGGTGGGTTTGGTGGTGGGATGGGTCAGTCCATGGCAGCTAACG 2487
Query 3093 GAATCAATAATATAAACGGTAACAATAGTCTCATGAACGGAAGAGTTGGGATGATGGTGC 3152
||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2488 GAATCAATAATTTAAACGGTAACAATGGTCTCATGAACGGAAGAGTTGGGATGATGGTGC 2547
Query 3153 GGGATCCAAACGGTCAACAGGATTTAGGAAACCAACTTTTAGGAGCAGTGAATGGTTTCA 3212
||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||| ||||| |||||||||||||| |
Sbjct 2548 GGGATCCAAACAGTCAACAGGATCTGGGAAACCAACTCTTAGGGGCAGTGAATGGTTTTA 2607
Query 3213 ACAATTTT---GATTGGAACGCGTGAAATGAAGAAGAGGAAGAAGA 3255
|||||||| |||||||| |||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 2608 ACAATTTTCAAGATTGGAATGCGTGAAATGAAGATGAAGAAGAAGA 2653
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 139328774753
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5