BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G44900.1
Length=3027
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg922933 jgi|Araly1|922933|scaffold_104214.1 4462 0.0
> Ahg922933 jgi|Araly1|922933|scaffold_104214.1
Length=2857
Score = 4462 bits (2416), Expect = 0.0
Identities = 2705/2847 (95%), Gaps = 10/2847 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 17 AGATAGAGCGAGAGAAATGGCGGGAGAAAATTCCGATAACGAGCCGTCTTCACCAGCTTC 76
||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||
Sbjct 11 AGAGAGAGATAGAGAAATGGCGGGAGAAAATTCCGATAACGAGCCGTCGTCACCAACTTC 70
Query 77 ACCTTCTTCCGCTGGATTCAACACAGATCAGTTACCAATCAGTACAAGCCAAAACTCCGA 136
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 71 ACCTTCTTCCGCTGGATTCAACACAGATCAGTTACCAATCAGTACAAGCCAAAACTCCGA 130
Query 137 AAATTTCTCCGATGAAGAAGAAGCAGCTGTAGATACCCAAGTCATTAGAGATGAGCCTGA 196
|||||||||||| |||||||| || || ||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 131 GAATTTCTCCGAT---GAAGAAGCCGCCGTCGATACCCAAATCATTAGAGATGAGCCTGA 187
Query 197 CGAAGCGGAGGATgaagaagaagaagaaggagaagaTCTCTTCAATGATACTT-TTATGA 255
||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| || | || | ||
Sbjct 188 GGAAGCGGAGGAAGAAGAAGAAGAAGACGGAGAAGATCTCTTCGCCGAGAATTACT-TGG 246
Query 256 ACGATTATCGGAAGATGGATGAGAATGATCAGTATGAGTCTAATGGAATAGATGATTCCG 315
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 247 ACGATTATCGGAAGATGGATGAGAATGATCAGTATGAGTCTAATGGATTAGATGATTCCG 306
Query 316 TCGATGATGAAAGAGATTTAGGTCAGGCTATGCTTGACCGTCGTGCTGCTGACGCTGAT- 374
| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |
Sbjct 307 TTGATGATGAAAGAGATTTAGGTCAGGTTATGCTTGACCGTCGTGCTGCTGATGCTG-TA 365
Query 375 CTTGATGCTCGTGAAAATCGA-CTTGCGAATCGCAAGCTTCCTCATCTTCTTCACGATAA 433
|| |||||||| || | |||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 366 CTCGATGCTCGAGAGACTCGAGC-CGCGAATCGCAAGCTTCCTCATCTTCTTCATGATAA 424
Query 434 CGATTCAGATGATTGGAACTATAGACCTTCGAAGAGGTCTCGAACTACGGTTCCACCGAG 493
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 425 CGATTCAGATGATTGGAACTATAGACCTTCGAAGAGGTCTCGAACTACGGTTCCACCGAG 484
Query 494 AGGTAATGGTGGTGATCCTGATGGGAATCCTCCAAGTTCGCCAGGAGTGTCACAGCCAGA 553
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||
Sbjct 485 AGGTAATGGTGGTGATCCTGATGGTAATCCTCCAAGTTCTCCAGGAGGGTCACAGCCAGA 544
Query 554 TATCTCTATGACTGATCAAACTGATGATTATCAAGATGAGGATGATAATGATGATGAAGC 613
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 545 TATCTCTATGACTGATCAAACTGATGATTATCAAGATGAGGATGATAATGAAGATGAAGC 604
Query 614 AGAGTTTGAGATGTATAGGATTCAAGGAACTCTGAGGGAATGGGTTATGAGAGATGAAGT 673
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 605 AGAGTTTGAGATGTATAGGATTCAAGGAACTTTGAGGGAATGGGTTATGAGAGATGAAGT 664
Query 674 GAGACGGTTTATTGCTAAGAAGTTTAAAGACTTTTTGCTTACGTATGTTAAACCAAAGAA 733
| |||| ||||| || |||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||
Sbjct 665 GCGACGATTTATCGCGAAGAAGTTCAAAGACTTTTTGCTTACATATGTGAAACCGAAGAA 724
Query 734 TGAGAATGGAGATATTGAATATGTTCGTTTAATTAACGAAATGGTTTCAGCTAATAAGTG 793
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 725 TGAGAATGGAGATATTGAATATGTTCGTTTAATAAACGAAATGGTTTCAGCTAATAAGTG 784
Query 794 CAGTCTGGAAATTGATTACAAAGAATTCATACACGTCCACCCGAATATTGCAATCTGGCT 853
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 785 CAGTCTGGAAATTGATTATAAAGAATTCATACACGTTCACCCGAATATTGCTATCTGGCT 844
Query 854 TGCGGATGCTCCACAACCTGTGCTTGAAGTAATGGAGGAAGTTTCTGAAAAGGTCATCTT 913
|| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 845 GGCCGATGCTCCACAACCTGTTCTTGAAGTCATGGAGGAAGTTAGTGAAAAGGTCATCTT 904
Query 914 TGATCTGCATCCAAACTACAAGAATATTCACACGAAGATATATGTTCGTGTTACCAACCT 973
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 905 TGATCTGCATCCAAACTACAAGAATATTCACACGAAGATATATGTTCGTGTTACCAATCT 964
Query 974 ACCAGTTAATGATCAGATTCGGAACATCAGGCAGATTCATCTTAACACGATGATCCGTAT 1033
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 965 ACCAGTTAATGATCAGATTCGGAACATAAGGCAGATTCATCTTAACACCATGATCCGTAT 1024
Query 1034 CGGTGGAGTTGTCACTAGGCGTTCTGGGGTCTTTCCTCAGCTGCAGCAAGTGAAATATGA 1093
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1025 TGGTGGAGTTGTCACTAGGCGTTCTGGGGTCTTTCCTCAGCTGCAGCAGGTGAAATATGA 1084
Query 1094 TTGTAACAAGTGTGGAGCAGTTTTGGGGCCTTTCTTCCAAAACTCTTATTCAGAAGTCAA 1153
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1085 TTGTAACAAGTGTGGAGCAATTTTGGGGCCTTTCTTCCAAAATTCTTATTCAGAAGTCAA 1144
Query 1154 GGTCGGTTCTTGTTCTGAATGCCAGTCAAAAGGACCGTTTACTGTTAATGTCGAACAGAC 1213
|||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1145 GGTCGGTTCTTGTTCTGAGTGCCAGTCGAAAGGACCGTTTACTGTTAATGTCGAACAGAC 1204
Query 1214 AATATACAGGAACTATCAGAAGCTTACAATCCAAGAGAGTCCAGGAACAGTGCCTGCTGG 1273
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1205 AATATACAGGAACTATCAGAAGCTTACAATCCAAGAGAGTCCAGGAACAGTGCCTGCTGG 1264
Query 1274 ACGACTTCCAAGACACAAAGAAGTTATCCTGCTGAATGACCTTATTGATTGCGCTCGTCC 1333
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1265 ACGACTTCCAAGACACAAAGAAGTTATCCTGTTGAATGACCTTATTGATTGCGCTCGTCC 1324
Query 1334 TGGGGAAGAAATTGAGGTTACTGGCATATATACCAACAACTTTGACCTATCTTTGAACAC 1393
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 1325 TGGAGAAGAAATTGAGGTTACTGGCATATATACCAACAATTTTGATTTATCTTTGAACAC 1384
Query 1394 AAAGAATGGGTTTCCAGTCTTTGCCACTGTGGTGGAAGCTAACTATGTTACAAAGAAACA 1453
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1385 AAAGAATGGGTTTCCTGTCTTTGCCACTGTGGTGGAAGCTAACTATGTTACAAAGAAGCA 1444
Query 1454 AGACCTCTTCTCTGCGTACAAGCTAACCCAAGAAGACAAGACACAAATCGAAGAGCTATC 1513
||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1445 AGACCTCTTCTCTGCATACAAGCTAACCCAGGAAGACAAGACACAAATCGAAGAGCTATC 1504
Query 1514 CAAGGATCCACGAATAGTTGAACGTATCATTAAGTCAATTGCTCCGTCAATATATGGCCA 1573
|||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1505 CAAGGACCCACGTATAGTTGAACGTATCATTAAGTCGATTGCTCCATCAATATATGGCCA 1564
Query 1574 CGAAGATATCAAAACAGCTCTTGCTCTTGCTATGTTTGGTGGCCAAGAGAAAAATATCAA 1633
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| || ||
Sbjct 1565 CGAAGATATCAAAACAGCTCTTGCTCTTGCTATGTTTGGAGGTCAAGAGAAAAACATTAA 1624
Query 1634 AGGGAAACACAGATTGCGTGGAGATATTAATGTACTTTTACTAGGTGATCCAGGAACAGC 1693
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1625 AGGGAAACACAGATTGCGTGGAGATATTAATGTACTTCTACTAGGTGATCCAGGAACAGC 1684
Query 1694 AAAATCACAATTTCTGAAGTATGTTGAAAAAACTGGTCAAAGAGCTGTCTACACGACTGG 1753
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1685 AAAATCACAATTTCTGAAGTATGTTGAAAAAACTGGTCAAAGAGCTGTGTACACGACTGG 1744
Query 1754 AAAGGGAGCTTCTGCTGTTGGTCTAACCGCAGCAGTACACAAAGATCCAGTTACAAGGGA 1813
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 1745 AAAGGGAGCTTCTGCTGTTGGTCTAACTGCAGCAGTACACAAGGATCCAGTTACGAGGGA 1804
Query 1814 GTGGACGCTTGAAGGAGGGGCTCTTGTACTTGCTGACCGAGGAATTTGTCTTATCGATGA 1873
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1805 GTGGACGCTTGAAGGAGGGGCTCTTGTACTTGCTGACCGAGGAATTTGTCTTATCGATGA 1864
Query 1874 GTTTGACAAGATGAACGACCAGGACAGGGTGAGTATCCATGAAGCCATGGAACAACAGAG 1933
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1865 GTTTGACAAGATGAATGACCAGGACAGGGTGAGTATCCATGAAGCCATGGAACAACAGAG 1924
Query 1934 TATTAGTATATCGAAGGCAGGAATAGTTACTTCTCTTCAAGCTCGTTGCTCTGTTATTGC 1993
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 1925 TATTAGTATATCGAAGGCAGGAATAGTTACTTCTCTTCAAGCTCGTTGCTCCGTGATTGC 1984
Query 1994 TGCAGCTAATCCAGTTGGTGGAAGGTATGATTCATCGAAATCATTTGCACAAAATGTCGA 2053
||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1985 CGCAGCTAATCCAGTTGGTGGAAGATATGATTCATCAAAATCATTTGCACAAAATGTCGA 2044
Query 2054 GTTGACAGATCCGATCCTTTCTCGTTTTGATATCTTGTGTGTTGTCAAGGATGTGGTTGA 2113
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||
Sbjct 2045 GTTGACAGATCCGATCCTTTCTCGTTTTGATATCTTGTGTGTTGTCAAGGATATTGTTGA 2104
Query 2114 CCCAGTTACAGATGAAATGCTAGCTGAATTTGTTGTCAATAGCCACTTCAAGTCACAACC 2173
|| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2105 TCCTGTTACAGATGAAATGCTTGCTGAATTTGTTGTCAATAGCCACTTCAAATCACAACC 2164
Query 2174 CAAAGGTGGTAAGATGGAAGATAGCGATCCCGAAGATGGCATTCAGGGATCTAGCGGGTC 2233
|||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2165 CAAAGGTGGTAAGATGGATGATAGCGAGCCTGAAGATGGCATTCAGGGATCTAGCGGTTC 2224
Query 2234 AACTGATCCGGAGGTCCTTCCTCAGAACCTGCTGAAGAAATACTTAACATACTCGAAGTT 2293
|||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2225 TACTGATCCGGAGGTTCTTCCCCAGAACCTGCTGAGGAAATACTTAACATACTCGAAGTT 2284
Query 2294 GTATGTATTCCCAAAACTGGGTGAACTAGATGCCAAGAAGTTAGAGACTGTTTATGCTAA 2353
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2285 GTATGTATTCCCAAAACTGGGTGAACTAGATGCCAAGAAGTTAGAGACTGTTTATGCTAA 2344
Query 2354 TCTAAGACGAGAATCAATGAACGGACAAGGAGTTTCTATAGCGACAAGGCACCTTGAGTC 2413
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||
Sbjct 2345 TCTAAGACGAGAATCAATGAACGGACAAGGAGTTTCTATCGCGACAAGACACCTCGAGTC 2404
Query 2414 CATGATCCGAATGTCTGAAGCACATGCTAGGATGCACCTTAGGCAATATGTCACAGAAGA 2473
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 2405 TATGATCCGAATGTCTGAAGCACATGCTAGGATGCACCTGAGGCAGTATGTCACAGAAGA 2464
Query 2474 GGATGTTAATATGGCCATTCGAGTCCTACTTGACTCTTTCATATCAACCCAGAAATTTGG 2533
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2465 GGATGTTAATATGGCCATTCGAGTCCTACTTGACTCTTTCATCTCAACCCAGAAATTTGG 2524
Query 2534 TGTCCAGAGAACTCTAAGAGAGAGTTTCAAACGGTACATTACATACAAAAAGGACTTCAA 2593
|||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 2525 AGTCCAGCGAACTCTAAGAGAGAGTTTCAAACGATACATTACCTATAAAAAGGACTTCAA 2584
Query 2594 CTCATTGCTGCTCGTTCTTCTCAAAGAGCTCGTAAAGAACGCCTTGAAGTTTGAAGAAAT 2653
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2585 CTCATTGCTGCTCGTTCTTCTCAAAGAGCTCGTTAAGAACGCCTTGAAGTTTGAAGAAAT 2644
Query 2654 CATTTCAGGATCGAACTCAGGACTACCTACAATCGAGGTTAAGATAGAGGAACTGCAGAC 2713
|||||| ||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2645 CATTTCGGGATCAAACTCAGGATTACCTACGATCGAGGTTAAGATAGAGGAACTGCAGAC 2704
Query 2714 AAAGGCCAAGGAATACGACATTGCAGATCTACGACCCTTCTTTTCAAGCACAGATTTTTC 2773
||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2705 AAAGGCCAAGGAATACGACATTGCAGATCTACGGCCATTCTTTTCAAGCACAAATTTTTC 2764
Query 2774 CAAAGCTCACTTCGAGTTGGATCATGGCCGAGGAATGATCAAGTGTCCAAAAAGGCTGAT 2833
|||||| || ||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2765 CAAAGCACATTTCGAGTTGGACCATGTTCGAGGAATGATCAGGTGTCCAAAAAGGCTGAT 2824
Query 2834 CACTTGGTAAAACAAGAAGACGAGCTT 2860
||||||||||| ||||||| || ||||
Sbjct 2825 CACTTGGTAAA-CAAGAAGGCGTGCTT 2850
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 114308825245
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5