BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G45160.2
Length=3740
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg913673 jgi|Araly1|913673|Al_scaffold_0001_3927 4187 0.0
> Ahg913673 jgi|Araly1|913673|Al_scaffold_0001_3927
Length=3306
Score = 4187 bits (2267), Expect = 0.0
Identities = 2529/2651 (95%), Gaps = 35/2651 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 269 ATGGCGGAAGAGAATCGTAAGGATCGAGGTGTTTCTTCTACTGTTGCGATTCCTTCTGGT 328
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGCGGAAGAGAATCGTAAGGATCGAGGTGTTTCTTCTACAGTTGCGATTCCTTCTGGT 60
Query 329 TTGAACCGGATCAAAACTCGGTTAGCTTCGTCAGGTCCTAGACCTGAAGATTCCTCCGAT 388
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 TTGAACCGGATCAAAACTCGGTTAGCTTCGTCAGGTCTTAGACCTGAAGATTCCTCCGAT 120
Query 389 ACCGTTCTTAAACCTCCGTTTAATCGGAATCAGAAGACTATTGTTCCTCGTGG-TCATGG 447
|||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||
Sbjct 121 ACCGTTGTAAAACCTCCGTTTAATCGGAATCAGAAGATTATTGTTCCTCGTGGAT-ATGG 179
Query 448 TAGAACCACTGGCTCTTCGAAACAAGAGCGTAAGGGAACAAAATTGTCAAGGTGGCTTGC 507
|||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 180 TAGAACCACTGGCTCTTCCAAACAAGAGCGTAAAGGAACAAAGTTGTCGAGGTGGCTTGC 239
Query 508 TTCCTATAAACCCAAGTATTCTTGTCACCCTCCAAAATATGCTTGCTCGAGTACAACGAG 567
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 TTCCTATAAACCCAAGTATTCTTGTCATCCTCCAAAATATGCTTGCTCGAGTACAACGAG 299
Query 568 TAGTGAGGAGATCAAGTTAAGAGGCAAGAACTCTGGTAAAGACGAAGAGAAGATGATTAA 627
||||||||| || |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||| || ||
Sbjct 300 TAGTGAGGACATTAAGTTAAGAGTCAAGAACTGTGGTAAAGACGAAGAGATGATCATCAA 359
Query 628 GATATCTGAAACTAACCCTCCCTGTTCAAAGTCAATGGGTATAAAGAGCTTTTCCCATGA 687
| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 GGTATCTGAAACTAACCTTCCCTGTTCCAAGTCAATGGGTATAAAGAGCTTTTCCCATGA 419
Query 688 ATTAGGACCAAGGGGTGGTGTTCAAACTCCCTACCCTCGTCCGCACAGCTATAACGATCT 747
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 ATTAGGGCCAAGGGGTGGTGTTCAAACTCCCTACCCTCGTCCGCACAGCTATAACGATCT 479
Query 748 GAAGGAACTTCTGGGCTCACTTCACTCAAGATTTGATGTTGCTAAAGAGACTGTGGATAA 807
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 480 GAAGGAACTTCTGGGCTCACTTCACTCAAGATTTGATGTTGCTAAAGAGACCGTGGATAA 539
Query 808 GAAGCTGGATGTCTTTGTCAGAGATGTCAAAGAGGCTATGGAGAAAATGGATCCATCATG 867
||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 540 AAAGTTGGATGTCTTTGTCATAGATGTGAAAGAGGCTATGGAGAAAATGGATCCACCATG 599
Query 868 TCCTGAAGATCGAGAAATGGCAGAGCAGTTACTTGATGTGGCTCGAGCCTGTATGGAGAT 927
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 TCCTGAAGATCGAGAAATGGCAGAGGAGTTACTTGATGTGGCTCGAGCCTGTATGGAGAT 659
Query 928 GACATCTGCTCAACTTCGTGCTACTTGTGAATCTATTGTCCAAGACTTAACTAGGAAAAG 987
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 660 GACATCTGCTCAACTTCGTGCTACTTGTGAATCGATTGTCCACGACTTAACTAGGAAAAG 719
Query 988 GAAACAGTGCCAAGCAGGACTTGTGAAGTGGTTGTTCTCTCAGTTGCTTTTTATATTGAC 1047
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 GAAACAGTGCCAAGCAGGACTTGTGAAGTGGTTGTTCTCTCAGTTGCTTTTTATATTGAC 779
Query 1048 TCATTGTACAAGAGTTGTGATGTTTCAGAAGGAGACTGAGCCAATTGATGAGAGCTCCTT 1107
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 TCATTGTACAAGAGTTGTGATGTTTCAGAAGGAGACGGAGCCAATTGATGAGAGCTCCTT 839
Query 1108 TCGCAAATTTAAGGAATGTTTAGAACGCATCCCTGCTTTGGAAACAGATTGGGGTTCTAC 1167
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 840 TCGCAAATTCAAGGAATGTTTAGAACGCATCCCTGCTTTGGAAACAGATTGGGGTTCTAC 899
Query 1168 TCCTAGAGTTGATGATTCTGGTTCTGGTTATCCTGAATATCAAAGAAATGAAGCTGGGCA 1227
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 900 TCCTAGAGTTGATGATTCTGGTTCTGGTTATCCTAAATACCAAAGGGATGAAGCTGGGCA 959
Query 1228 GAAA-TTCAAAAGACGAGACAAAGAATCTTTGGAGTCAGAGACAGCACTTGATTATGTGG 1286
||| |||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||| | |||||||||||
Sbjct 960 -AAAGTTCAAAAGACGAGAGACAGAATCATTGGAGTCAGAGACAACTTTTGATTATGTGA 1018
Query 1287 TACCAAATGATCATGGCAATAATGCTGCTA-GAGAAGGTTATGCAGCTGCTAAACAAGAA 1345
| |||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 1019 TTCCAAATGATCATAGCAATAATGCTGCTACG-GAAGGTTATGCGGCTGCTAAACAGGAA 1077
Query 1346 TTTCCATCGCATGAACCTCAATTTGATAGTAAAGTGGTAGAACAAAGATTTTATTTGAGC 1405
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1078 TTTCCATCGCAGGAACCTCAATTTGATAGTAAAGTGGTACAACAAAGATTTTATTTGAGC 1137
Query 1406 GATGAGTATGAAGATAAGATGTC-AAATGAGCCTGGAAAAGAGTTAGGCGGATCTGATTA 1464
|||||||||||| |||||||| | ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1138 GATGAGTATGAACATAAGATG-CTAAATGAGCCTGTAAAAGAGTTAGGCAGATCTGATTA 1196
Query 1465 TGTAATCTGCAGGATATGTGAGGAGGAAGTTCCTCTCTTCCATCTGGAACCGCACTCTTA 1524
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||
Sbjct 1197 TGTAATCTGCAGGATATGTGAAGAGGAAGTTCCTCTCTCCCATCTGGAACCTCACTCTTA 1256
Query 1525 CATATGTGCATACGCAGATAAATGTGAAATAAATTGTGTGGATGTTGATGAGCGCCTTTT 1584
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1257 CATATGTGCATACGCAGATAAATGTGAAATAAATTGTTTGGATGTTGATGAGCGCCTTTT 1316
Query 1585 GAAACTGGAGGAGATACTGGAACAGATAATTGATTCACGAAGTTTAAATTCCTTCACTCA 1644
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1317 GAAACTTGAGGAGATACTGGAACAGATAATTGATTCAAGAAGTTTAAATTCCTTCACTCA 1376
Query 1645 AGCTGGTGGCTTGGAAAACTCTGTTCTGCGGAAATCTGGAGTTGCATCTGAAGGTTGTTC 1704
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1377 AGCTGGTGGCTTGGAAAACTCTGTTCTGCGGAAACCTGGAGTTGCATCTGAAGGTTGTTC 1436
Query 1705 TCCCAAGATAAACGAATGGCGGAATAAAGGTTTAGAGGGAATGTTTGAGGATCTGCACGA 1764
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 1437 TCCCAAGATAAACGAATGGCGGAATAAAGGTTTAGAGGGGATGTTTGAGGATCTGCATGA 1496
Query 1765 GATGGACACTGCCTTCATAGACGAGTCTTACACATATCCTATTCACCTTAAGAGCCATGT 1824
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1497 GATGGACACTGCCTTCATAGACGAGTCTTACACATATCCTATTAACCTTAAGAGCCATGT 1556
Query 1825 AGGGGCCAAATTTTGCCATCATGCCACTTCATCATCAACAGGTAGCATCACGTCAGTATC 1884
|||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1557 AGGGGCCAAAATATGCCATCATGCCACTTCATCATCAACAGGTAGCATCACGTCAGTATC 1616
Query 1885 TTCAACAAATACCCCCAGAACAAGTCACTTTGACTCCTATTGGCTAGAACGGCATTGTCC 1944
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1617 TTCAACAAATACCCCCAGAACAAGTCACTTTGACTCCTATTGGCTAGAACGGCATTGTCC 1676
Query 1945 AGAGCAAGAGGATCTTCGACTGATGATGGACCTTTCTGATATTGCCCGCTGTGGAGCAAG 2004
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1677 AGAGCAAGAGGATCTTCAACTGATGATGGACCTTTCTGATATTGCCCGCTGTGGAGCAAG 1736
Query 2005 CACAGATTTCTCGAAAGAGGGGTCCTGTGACTATATAATGGCATGCATGCAAGACATACA 2064
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1737 CACAGATTTATCGAAAGAGGGGTCCTGTGACTATATAATGGCCTGCATGCAAGACATACA 1796
Query 2065 AGCTGTCTTGAAGCAGGGCAAGCTCAAAGCACTTGTAATAGATACTTTCGGGGGGCGGAT 2124
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1797 AGCTGTCTTGAAGCAGGGCAAGCTCAAAGCACTTGTAATAGATACTTTTGGGGGGCGGAT 1856
Query 2125 CGAGAAACTTCTCTGCGAGAAATATTTACATGCTCGTGAATTGACTGCCGATAAAAGTTC 2184
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1857 CGAGAAACTTCTCTGCGAGAAATATTTATATGCTCGTGAATTGACTGCCGATAAAAGTTC 1916
Query 2185 GGTGGGTAACATTAAAGAGAGTGAAGATGTCTTGGAGCATGCATCGGCTACTCCACAGTT 2244
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1917 AGTGGGTAACGTTAAAGAGAGTGAAGATGTCTTGGAGCATGCATCGGCTACTCCACAGTT 1976
Query 2245 ACTGCTGAAAGATAGGATAAGCATCGATGACTTTGAGATCATCAAACCAATAAGTAGAGG 2304
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1977 ACTGCTGAAAGATAGGATAAGCATCGATGACTTTGAGATCATCAAACCAATAAGTAGAGG 2036
Query 2305 TGCCTTTGGTAAAGTCTTTCTTGCACGCAAAAGAACAACTGGAGACTTTTTTGCAATAAA 2364
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 2037 TGCCTTTGGTAAAGTCTTTCTTGCACGCAAAAGAACAACAGGGGACTTTTTTGCAATAAA 2096
Query 2365 GGTACTCAAAAAGTTGGATATGATAAGGAAAAATGATATCGAGAGGATACTACAAGAGCG 2424
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||
Sbjct 2097 GGTACTCAAAAAGTTGGATATGATAAGGAAAAACGATATCGAGCGGATACTGCAAGAGCG 2156
Query 2425 AAATATACTAATAACTGTCAGATACCCCTTTTTGGTT---C----GAtttttttA---C- 2473
||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||| || ||| |
Sbjct 2157 AAATATACTAATAACTGTCAGATACCCCTTTTTGGCTGAACACCTGATCTTATTAATGCA 2216
Query 2474 --T-C-ATT--------CA--C-C-TGCAGAGATAATCTCTACTTGGTAATGGAATATCT 2517
| | ||| || | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2217 GGTTCGATTTTTTTATTCATTCACCTGCAGAGATAATCTCTACTTGGTAATGGAATATCT 2276
Query 2518 TAATGGTGGTGATCTATACTCTCTGCTCCAGAAAGTTGGCTGTCTTGACGAAGAAATTGC 2577
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2277 TAATGGTGGTGATCTATACTCTCTGCTCCAGAAAGTTGGCTGTCTTGACGAGGAAATTGC 2336
Query 2578 TCGTATATACATCGCGGAACTGGTTCTTGCATTGGAGTACCTCCATTCTCTGAAGATTGT 2637
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2337 TCGTATATACATCGCGGAACTGGTTCTTGCATTGGAGTACCTCCATTCTCTGAAAATTGT 2396
Query 2638 CCACCGTGATCTAAAGCCTGATAACCTGTTAATCGCCTATAATGGGCACATCAAGCTAAC 2697
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2397 GCACCGTGATCTAAAGCCTGATAACCTGTTAATCGCCTATAATGGGCACATCAAGCTAAC 2456
Query 2698 AGACTTTGGGCTTTCAAAGATTGGTCTTATAAACAACACAATTGATTTATCTGGCCATGA 2757
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2457 AGACTTTGGGCTTTCAAAGATTGGTCTTATAAACAACACAATTGATTTATCTGGCCATGA 2516
Query 2758 GTCAGATGTATCCCCAAGAACAAATTCTCATCATTTTCAGAAGAACCAAGAAGAAGAAAG 2817
||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517 GTCAGATGTATCCCCAAGAACAAGTTCTCATCCTTTTCAGAAGAACCAAGAAGAAGAAAG 2576
Query 2818 AATTCGGCATTCGGCTGTTGGGACACCTGACTACTTGGCACCAGAGATTCTTCTTGGAAC 2877
|||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2577 AATTCGGCATTCAGCTGTTGGGACGCCTGACTACTTGGCGCCAGAGATTCTTCTTGGAAC 2636
Query 2878 TGAACACGGTT 2888
|||||||||||
Sbjct 2637 TGAACACGGTT 2647
Score = 878 bits (475), Expect = 0.0
Identities = 556/594 (94%), Gaps = 9/594 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 2885 GGTTATGCTGCGGATTGGTGGTCTGCTGGAATTGTCTTGTTTGAATT-ATTAACTGGAAT 2943
||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||| | ||||||||||
Sbjct 2716 GGTTATGCTTCGGATTGGTGGTCTGTTGGAATCGTCTTGTTCGAATTGA-TAACTGGAAT 2774
Query 2944 TCCACCTTTTACCGCATCCCGCCCAGAGAAAATATTTGACAACATCCTCAATGGTAAAAT 3003
|||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2775 TCCACCTTTTACAGCAGCCCGCCCAGAGATAATATTTGACAACATCCTCAATGGAAAAAT 2834
Query 3004 GCCCTGGCCAGATGTTCCTGGTGAAATGTCTTATGAAGCTCAGGATTTGATTAACAGGCT 3063
||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2835 GCCCTGGCCAGATGTGCCTGGTGAAATGTCATATGAAGCTCAGGATTTGATTAACAGGCT 2894
Query 3064 TCTTGTCCATGAGCCGGAAAAGCGACTGGGGGCGAACGGTGCTGCAGAGGTAAAGTCGCA 3123
||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||| ||
Sbjct 2895 TCTTGTCCATGAGCCGGAAAAGCGACTGGGGGCAAATGGGGCTGCAGAGGTAAAGTCACA 2954
Query 3124 TCCCTTTTTTCAAGGAGTTGACTGGGAGAATCTTGCTTTGCAAAAGGCTGCTTTTGTTCC 3183
|||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2955 TCCCTTCTTTCAAGGAGTTGACTGGGACAATCTTGCTTTGCAAAAGGCTGCTTTTGTACC 3014
Query 3184 GCAACCTGAGAGTATAAATGACACAAGCTATTTCGTATCACGCTT-TAGTGAAAGCAGTT 3242
||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || | |||||| ||| |
Sbjct 3015 GCAGCCTGAGAGTATAGCTGACACAAGCTATTTCGTATCACGATTCT-GTGAAAACAG-T 3072
Query 3243 G-CAGCGATACTGAAACTGGTAACAACAGTGGGTCAAATCCAGATTCAGGAGACGAGTTG 3301
| |||||||| |||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 3073 GCCAGCGATAGTGAAACTGACAACAACAGCGGGTCATTTCCAGATTCAGGAGACGAGTTG 3132
Query 3302 GATGAATGCACCAACCTGGAGAAGTTTGATTCTCCGCCTTATTATCTCTCGCTCATTAAC 3361
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3133 GATGAATGCACCAACCTGGAGAAGTTTGATTCTCCACCTTATTATCTCTCGCTCATTAAC 3192
Query 3362 TTTTCTTTCAAGAATTTGTCACAATTGGCTTCAATCAATCATGATGTGCTATTGCAAAAG 3421
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3193 TTTTCTTTCAAGAATTTGTCACAATTGGCTTCAATCAATCATGATGTGCTATTGCAAAAG 3252
Query 3422 GATCCAGCTAAAGGAGGAGGAG-A--CTCACCCTTTAAAAGCCATGGAACGTAG 3472
|||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3253 GATCCAGCTAAAGGAGGAGGAGGAGACTCACCCTTTAAAAGCCATGGAACGTAG 3306
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 141307768549
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5