BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G47550.2
Length=3206
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg473899 jgi|Araly1|473899|fgenesh2_kg.1__3853__AT1G47560.1 4501 0.0
Ahg923056 jgi|Araly1|923056|scaffold_104337.1 935 0.0
> Ahg473899 jgi|Araly1|473899|fgenesh2_kg.1__3853__AT1G47560.1
Length=2664
Score = 4501 bits (2437), Expect = 0.0
Identities = 2591/2667 (97%), Gaps = 3/2667 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 50 ATGGCGAAATCAAGCGCCGACGATGAAGAGCTTCGGCGAGCTTGCGAGGCCGCGATCGAA 109
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 1 ATGGCGAAATCAAGCGCCGACGATGAAGAGCTCCGGCGAGCTTGTGAGGCAGCGATCGAA 60
Query 110 GGAACCAAGCAATCGATCGTTATGTCGATACGTGTCGCCAAGAGTCGCGGTGTTTGGGGC 169
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 GGAACCAAGCAATCGATCGTTATGTCGATACGCGTCGCCAAGAGTCGCGGTGTTTGGGGA 120
Query 170 AAGTCTGGAAAATTGGGTCGACAAATGGCTAAACCCAGAGTTCTCGCTCTTTCCGTCAAA 229
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 AAGTCTGGAAAATTGGGTCGACAAATGGCTAAACCTAGAGTTCTCGCTCTTTCCGTCAAA 180
Query 230 TCAAAGGGTCCACGAAAGAAAGCATTTCTTCGAGTCATGAAGTATTCAAGTGGAGGAGTT 289
|| ||||||| ||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 TCGAAGGGTCAACGGAAGAAAGCGTTTCTTCGAGTGATGAAGTATTCAAGTGGAGGAGTT 240
Query 290 CTGGAGCCTGCAAAAATGTATAAACTCAAGCATCTGTCAAAGGTGGAAGTCATAACTAAT 349
|| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 241 CTTGAGCCTGCTAAAATGTATAAACTCAAGCATCTGTCGAAGGTGGAAGTCATAACTAAT 300
Query 350 GACCCAAGTGGATGCACTTTCACACTGGGGTTTGATAATCTCAGGAGTCAAAGTGTTGCT 409
|||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 GACCCAAGTGGATGCACTTTTACCCTGGGGTTTGATAATCTCAGGAGTCAAAGTGTTGCT 360
Query 410 CCTCCACAGTGGACCATGCGCAACACTGATGACAGGAACCGACTTTTAGTTTGCATATTG 469
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 CCTCCTCAGTGGACCATGCGCAACACTGATGACAGGAACCGACTTTTAGTTTGCATATTG 420
Query 470 AACATATGCAAAGACGTATTAGGCCGCCTTCCAAAAGTTGTTGGTATAGATATTGTCGAG 529
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 421 AACATATGCAAAGACGTATTAGGCCGCCTTCCGAAAGTTGTTGGTATAGATATCGTCGAG 480
Query 530 ATGGCCCTTTGGGCAAAGGATAACACTCCAGTAGTCACTACTCAAAGAAGTACAGAAGAT 589
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 ATGGCCCTTTGGGCTAAGGATAACACTCCAGTAGTCACTACTCAAAGAAGTACAGAAGAT 540
Query 590 GGGGAGCCTGTTGCTGAATCTGTAACAGAAAGCGACTTGAAAGTTACTGTTGAGAAAGAA 649
|||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 GGGGGGCCTGTTGCTGAAACTGTAACAGAAAGTGACTTGAAAGTTACTGTTGAGAAAGAA 600
Query 650 CTAGTCTCTCAGGCCGAGGAAGAGGATATGGAGGCTCTGTTGGGAACTTATGTAATGGGC 709
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 601 CTAGTCTCTCAGGCCGAGGAAGAGGATATGGAGGCTCTCTTGGGAACTTATGTAATGGGC 660
Query 710 ATTGGTGAAGCTGAGGCATTTTCTGAAAGGCTGAAGCGAGAGCTCCAAGCGCTTGAAGCG 769
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 661 ATTGGTGAAGCTGAGGCATTTTCTGAAAGGCTAAAGCGGGAGCTCCAAGCGCTTGAAGCG 720
Query 770 GCAAATGTACATGCAATTCTTGAAAGCGAACCATTAGTAGATGAGGTTTTGAATGGACTA 829
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 GCAAATGTACATGCAATTCTGGAAAGCGAACCATTAGTAGATGAGGTTTTGAATGGACTA 780
Query 830 GAGGCAGCAACAAATATCGTTGATGACATGGATGAATGGTTAGGAATATTCAACATTAAA 889
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 781 GAGGCAGCAACAAATATTGTTGATGACATGGATGAATGGTTAGGAATATTCAACGTTAAA 840
Query 890 CTTAGACACATGAGGGAAGACATTGAATCGATAGAAACTCGAAACAACAAGTTAGAGATG 949
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 CTTAGACACATGAGGGAAGACATTGAATCGATAGAAACTCGAAACAACAAGTTAGAGATG 900
Query 950 CAGTCTGTAAACAATAAAGCTCTCATTGAGGAACTTGATAAAGTTATTGAGAGACTGCGT 1009
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 CAGTCTGTAAACAATAAAGCTCTTATTGAGGAACTTGATAAAGTTATTGAGAGACTGCGT 960
Query 1010 GTGCCTTCTGAGTATGCAGCATCCCTAACAGGAGGCTCATTTGATGAAGCAGACATGCTC 1069
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 961 GTGCCTTCTGAGTATGCAGCATCCCTAACAGGAGGCTCATTTGATGAAGCCGACATGCTC 1020
Query 1070 CAGAATATTGAGGCTTGCGAGTGGTTAGCCAAAGCTTTAAGGGGTCTTGAAGTGCCCAAC 1129
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 CAGAATATTGAGGCTTGCGAGTGGTTAGCCAAAGCTTTAAGGGGTCTTGAAGTGCCCAAC 1080
Query 1130 TTAGACCCGATCTATGCTAATATGCGAGCTGTAAAAGAGAAACGAGCAGAACTAGAAAAA 1189
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 TTAGACCCGATCTATGCTAATATGCGAGCTGTAAAGGAGAAACGAGCAGAACTAGAAAAA 1140
Query 1190 TTAAAAGCTACTTTTGTAAGGAGAGCTTCGGAGTTCTTGAGAAACTACTTTGCTAGTTTG 1249
||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1141 TTAAAAGCTACTTTTGTGAGGAGAGCTTCAGACTTCTTGAGAAACTACTTTGCTAGTCTG 1200
Query 1250 GTAGATTTCATGGTCAGCGACAAAAGCTACTTTTCTCAGAGAGGGCAGCTGAAGAGGCCT 1309
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 GTAGATTTCATGGTCAGCGACAAAAGCTACTTTTCTCAGAGAGGGCAGCTGAAGAGGCCT 1260
Query 1310 GACCATGCTGATTTGCGGTACAAATGCAGAACATATGCTCGTCTTTTGCAACATTTAAAG 1369
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 GACCATGCTGATTTGCGGTACAAATGCAGAACATATGCTCGTCTTTTGCAACATTTAAAG 1320
Query 1370 GGTCTTGATAAGAATTGTTTGGGACCATTGAGAAAAGCATACTGCAGCTCCCTGAACTTG 1429
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 GGTCTTGATAAGAATTGTTTGGGACCATTGAGAAAAGCATACTGCAGCTCCCTGAACTTG 1380
Query 1430 CTCCTTCGTCGAGAGGCTCGTGAATTCGCGAATGAGCTTCGTGCAAGCACAAAAGTATCA 1489
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 CTCCTTCGTCGAGAGGCTCGTGAATTCGCGAATGAGCTTCGTGCAAGCACAAAAGTATCA 1440
Query 1490 CGAAATCCTACTGTCTGGCTAGAAGGATCTACGGGTTCTAGTCAGAATGCAAACACTGAC 1549
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1441 CGAAATCCTACTGTCTGGCTAGAAGGATCTACGGGTTCTAGTCAGAATGCAAACACTGAC 1500
Query 1550 ACCTCTGCAGTGTCAGATGCTTATGCCAAGATGCTAACAATATTCATCCCGCTTCTTGTA 1609
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1501 ACCTCTGCAGTGTCAGATGCTTATGCCAAAATGCTAACAATATTCATCCCGCTTCTTGTA 1560
Query 1610 GATGAGAGTTCCTTTTTTGCGCACTTCATGTGCTTTGAGGTACCTGCTCTTGCTCCTCCT 1669
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1561 GATGAGAGTTCCTTTTTTGCGCACTTTATGTGCTTTGAGGTACCAGCTCTTGCTCCTCCT 1620
Query 1670 GGAGGTGCTGGCAATGATAAGAAAAGCCAGTCCAACAATGACGATGGTAATGATGATGAT 1729
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1621 GGAGGTGCTGGCAATGATAAGAAAAGCCAGTCCAACAATGACGATGGTAATGATGATGAT 1680
Query 1730 GATTTGGGGATCATGGACATTGATGAAACTGACAAGAAACCTGGTAAAAACTCTCCAGAC 1789
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||
Sbjct 1681 GATCTGGGGATCATGGACATTGATGAAACTGACAAGAAAACTGGTAAAAACTCCCCAGAC 1740
Query 1790 CTGACGGCATTGAATGAGTCTCTTCAAGATTTACTTGATGGTATTCAGGAGGATTTCTAT 1849
||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1741 CTGACGGCACTGAATGAATCTCTTCAAGATTTACTTGATGGTATTCAGGAGGATTTCTAT 1800
Query 1850 GCTGTTGTTGACTGGGCATATAAAATAGACCCCCTACGGTGTATTTCAATGCATGGTATA 1909
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1801 GCTGTTGTTGACTGGGCATATAAAATAGATCCCCTACGGTGTATATCAATGCATGGTATA 1860
Query 1910 ACTGAACGTTATCTATCTGGTCAGAAAGCTGATGCTGCAGGATTTGTTCGCCTTTTGCTT 1969
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1861 ACTGAACGTTATCTATCTGGTCAGAAAGCTGATGCTGCAGGATTTGTTCGCCTTTTGCTT 1920
Query 1970 GGAGATCTGGAGTCGAGAGTTTCTATGCAATTCAGCCGTGTATTTGTGGATGAAGCTTGT 2029
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||
Sbjct 1921 GGAGATCTGGAGTCGAGAGTTTCTATGCAATTCAGCCGT-T-TT-GTGGATGAAGCTTGT 1977
Query 2030 CACCAAATTGAAAGAAATGAACGTAATGTAAGACAGATGGGTGTCTTGCCATATATTCCA 2089
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1978 CACCAAATTGAAAGAAATGAACGTAATGTAAGACAGATGGGTGTCTTGCCATATATTCCA 2037
Query 2090 AGATTTGCAGCACTTGCTACTCGTATGGAACAATACATACAAGGGCAATCTAGAGATTTG 2149
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2038 AGATTTGCAGCACTTGCTACTCGTATGGAACAGTACATACAAGGGCAATCTAGAGATTTG 2097
Query 2150 GTTGATCAGGCATACACAAAATTTGTGAGCATAATGTTTGTGACCCTCGAGAAAATTGCC 2209
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||
Sbjct 2098 GTTGATCAGGCATACACAAAATTTGTAAGCATAATGTTCGTGACCCTCGAAAAAATTGCC 2157
Query 2210 CAACAAGATCCTAAATATGCAGATATTCTCCTGTTAGAAAACTATGCTGCTTTTCAGAAT 2269
|| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2158 CAGCAAGATCCAAAATATGCAGATATTCTCCTTTTAGAAAACTATGCTGCTTTTCAAAAT 2217
Query 2270 AGCCTGTATGACCTGGCTAATGTTGTGCCGACTTTAGCCAAGTTTTATCACCAGGCAAGT 2329
|||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2218 AGCCTGTATGACCTGGCTAATGTTGTACCCACATTAGCCAAGTTCTATCACCAGGCAAGT 2277
Query 2330 GAAGCATATGAACAAGCTTGTACGCGCCACATTAGCATGATAATTTACTATCAATTCGAA 2389
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2278 GAAGCATATGAACAAGCTTGTACGCGCCACATTAGCATGATAATTTACTACCAATTCGAA 2337
Query 2390 AGACTTTTCCAGTTTGCTAAAAAGATTGAGGATTTCATGTATACTATCACCCCTGAAGAG 2449
|| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2338 AGGCTTTTCCAGTTTGCTAAAAAGATTGAGGATCTCATGTATACTATCACCCCTGAAGAG 2397
Query 2450 ATACCATTCCAGCTTGGTTTATCGAAAGTAGAACTCCGGAAGATGTTAAAATCAAGCCTG 2509
|||||||||||||||||||| |||||| | ||||| ||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2398 ATACCATTCCAGCTTGGTTTGTCGAAAATGGAACTTCGGAAGATGTTAAAATCAAGCTTG 2457
Query 2510 TCAGGGGTGGACAAATCGATTGCAGCAATGTATAAAAAGTTGCAGAAGAATCTAGCATCA 2569
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2458 TCAGGGGTGGACAAATCGATTGCAGCAATGTATAAAAAGTTGCAGAAGAATTTAGCATCG 2517
Query 2570 GAGGAGTTGCTACCATCGTTGTGGGATAAATGCAAGAAGGAGTTTCTGGACAAGTACGAG 2629
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2518 GAGGAGTTGCTACCATCGTTGTGGGATAAATGCAAGAAAGAGTTTCTGGACAAGTACGAG 2577
Query 2630 AGCTTCGTGCAGCTCGTAGCCAAAGTTTATCCGAGTGAAAACGTTCCTGGAGTAACTGAA 2689
|||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2578 AGCTTCGTGCAGCTCGTAGCCAAAGTATACCCGAGTGAAAACGTTCCTGGAGTAACTGAA 2637
Query 2690 ATGAGAGGACTTCTGGCTTCCATGTaa 2716
||||| |||||| ||||||||||||||
Sbjct 2638 ATGAGGGGACTTTTGGCTTCCATGTAA 2664
> Ahg923056 jgi|Araly1|923056|scaffold_104337.1
Length=1924
Score = 935 bits (506), Expect = 0.0
Identities = 616/670 (92%), Gaps = 3/670 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2066 ATGGGTGTCTTGCCATATATTCCAAGATTTGCAGCACTTGCTACTCGTATGGAACAATAC 2125
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1254 ATGGGTGTCTTGCCTTATATTCCAAGATTTGCAGCAGTTGCTACTCGTATGGAACAGTAC 1313
Query 2126 ATACAAGGGCAATCTAGAGATTTGGTTGATCAGGCATACACAAAATTTGTGAGCATAATG 2185
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||
Sbjct 1314 ATACAAGGGCAATCTAGAGATTTGGTTGATCAGGCATACACGAAATATGTAAGCATAATG 1373
Query 2186 TTTGTGACCCTCGAGAAAATTGCCCAACAAGATCCTAAATATGCAGATATTCTCCTGTTA 2245
|| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1374 TTCGTGACCCTCGAGAAGATTGCCCAGCAAGATCCTAAATATGCAGATATTCTCCTTTTA 1433
Query 2246 GAAAACTATGCTGCTTTTCAGAATAGCCTGTATGACCTGGCTAATGTTGTGCCGACTTTA 2305
||||||||||||||||| || |||||| | ||||| |||||| ||||||| || || |||
Sbjct 1434 GAAAACTATGCTGCTTTCCAAAATAGCTTTTATGAACTGGCTGATGTTGTACCCACATTA 1493
Query 2306 GCCAAGTTTTATCACCAGGCAAGTGAAGCATATGAACAAGCTTGTACGCGCCACATTAGC 2365
|||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1494 GCCAAGTTCTATCATCAGGCAAGTGAAGCATATGAACAAGCTTGTACGCGCCGCATTAGC 1553
Query 2366 ATGATAATTTACTATCAATTCGAAAGACTTTTCCAGTTTGCTAAAAAGATTGAGGATTTC 2425
|||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||
Sbjct 1554 ATGATAATTTACTACCAATTCGAAAAACTTTTCCAATTTTCTAAAAAAATTGAGGATTTC 1613
Query 2426 ATGTATACTATCACCCCTGAAGAGATACCATTCCAGCTTGGTTTATCGAAAGTAG-AACT 2484
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| || ||||
Sbjct 1614 ATGTATACTATCACCCCTGAAGAGATACCATTCCAGCGTGGTTTGTCGAAAA-AGGAACT 1672
Query 2485 CCGGAAGATGTTAAAATCAAGCCTGTCAGGGGTGGACAAATCGATTGCAGCAATGTATAA 2544
||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1673 CCGAAAGATGTTAAAATCAACCCTGTCAGGGGCGGACAAATCGATTGCAGCAATGTATAA 1732
Query 2545 AAAGTTGCAGAAGAATCTAGCATCAGAGGAGTTGCTACCATCGTTGTGGGATAAATGCAA 2604
| |||||||||||||| || ||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1733 ACAGTTGCAGAAGAATTTAACATTGGTGGAGTTGCTACCACCGTTGTGGGATAAATGCAA 1792
Query 2605 GAAGGAGTTTCTGGACAAGTACGAGAGCTTCGTGCAGCTCGTAGCCAAAGTTTATCCGAG 2664
|||||| ||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||| ||||
Sbjct 1793 GAAGGAATTTCTGGACAAGTACGAGAGCTTCGTGGAACTTGTAGCCAAAGTTTACCCGAA 1852
Query 2665 TGAAAACGTTCCTGGAGTAACTGAAATGAGAGGACTTCTGGCTTCCATGTaaaaaaa-CA 2723
||| ||||||||||| || ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1853 TGAGAACGTTCCTGGGGTTACTGAAATGAGGGGACTTTTGGCTTCCATGTAAAAAAAACA 1912
Query 2724 AGTGATAGAA 2733
||||||||||
Sbjct 1913 AGTGATAGAA 1922
Score = 815 bits (441), Expect = 0.0
Identities = 519/557 (93%), Gaps = 4/557 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1160 GTAAAAGAGAAACGAGCAGAACTAGAAAAATTAAAAGCTACTTTTGTAAGGAGAGCTTCG 1219
|||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 450 GTAAAAGAGAAACGAGCAGAACTAGATACATTAAAAGCTACTTTTGTAAGGAGAGCTTCA 509
Query 1220 GAGTTCTTGAGAAACTACTTTGCTAGTTTGGTAGATTTCATGGTCAGCGACAAAAGCTAC 1279
|||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| || | |||||||||||||
Sbjct 510 GAGTTCTTGAGAAACTACTTTGTTAGTCTGGTAGATTTCATTGTTATCGACAAAAGCTAC 569
Query 1280 TTTTCTCAGAGAGGGCAGCTGAAGAGGCCTGACCATGCTGATTTGCGGTACAAATGCAGA 1339
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||
Sbjct 570 TTTTCTCAGAGAGGGCAGCTGAAGAGGCCTGACCATGCAGATTTGCGGTACAAATGGAGA 629
Query 1340 ACATATGCTCGTCTTTTGCAACATTTAAAGGGTCTTGATAAGAATTGTTTGGGACCATTG 1399
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 630 ACATATGCTCGTCTTTTGCAACATTTAAAGGGTCTTGATAAGAATTGTTTGGGTCCATTG 689
Query 1400 AGAAAAGCATACTGCAGCTCCCTGAACTTGCTCCTTCGTCGAGAGGCTCGTGAATTCGCG 1459
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||
Sbjct 690 AGAAAAGCATACTGCAGCTCAATGAACTTGCTCCTTCGTCGGGAGGCTCGTGAGTTCACG 749
Query 1460 AATGAGCTTCGTGCAAGCACAAAAGTATCACGAAATCCTACTGTCTGGCTAGAAGGATCT 1519
||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||| ||||
Sbjct 750 AATGAGCTTCGTGCAAGCACAAAAGTATCCCAAAATCCCACTGTCTGGCTAGAAGAATCT 809
Query 1520 ACGGGTTCTAGTCAGAATGCAAACACTGACACCTCTGCAGTGTCAGATGCTTATGCCAAG 1579
||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 810 ACGGGCTCTAATCAGAATGCAAACACTGACACCTCTGCAGTGGCAGATGCTTATGCCAAA 869
Query 1580 ATGCTAACAATATTCATCCCGCTTCTTGTAGATGAGAGTTCCTTTT-TTGCGCACTTCAT 1638
|||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||
Sbjct 870 ATGCTAACAACATTCATCCCTCTTCTTGTAGATGAGAGTTC-TTTTCTTGCGCACTTCAT 928
Query 1639 GTGCTTTGAGGTACCTGCTCTTGCTCCTCCTGGAGGTGCTGGCAA-TGATAAGAAAAGCC 1697
||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| | | | |||| |||| ||
Sbjct 929 GTGCTTTGAGGTACCGGCTCTTACTCCTCCTGGAGGTGCTG-CTAGTTATAACAAAAACC 987
Query 1698 AGTCCAACAATGACGAT 1714
|||||||||||| |||
Sbjct 988 GGTCCAACAATGATGAT 1004
Score = 294 bits (159), Expect = 2e-78
Identities = 175/182 (96%), Gaps = 3/182 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 922 AGAAACTCGAAACAACAAGTTAGAGATGCAGTCTGTAAACAATAAAGCTCTCATTGAGGA 981
||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 272 AGAAACTCG--A-AACAAGTTAGAGATGCAGTCTGTAAACAATAAAGCTCTCATTGAGGA 328
Query 982 ACTTGATAAAGTTATTGAGAGACTGCGTGTGCCTTCTGAGTATGCAGCATCCCTAACAGG 1041
||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 329 ACTTGATGAAGTTATTGAGAGTCTGTGTGTGCCTTCTGAGTATGCAGCATCCCTAACAGG 388
Query 1042 AGGCTCATTTGATGAAGCAGACATGCTCCAGAATATTGAGGCTTGCGAGTGGTTAGCCAA 1101
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 389 AGGCTCATTTGATGAAGCAGACATGCTCCAGAATATTGATGCTTGCGAGTGGTTAGCCAA 448
Query 1102 AG 1103
||
Sbjct 449 AG 450
Score = 263 bits (142), Expect = 6e-69
Identities = 215/248 (87%), Gaps = 14/248 (6%)
Strand=Plus/Plus
Query 1760 GACAAGAAACCTGGTAAAAACTCTCC-AGACCTGACGGCATTGAATGAGTCTCTTCAAGA 1818
||||||||| ||||| ||||||| || ||||||| |||||||||||| ||| |||||||
Sbjct 1017 GACAAGAAAACTGGTCAAAACTC-CCTGGACCTGAAGGCATTGAATGAATCTATTCAAGA 1075
Query 1819 TTTACTTGATGGTATTCAGGAGGATTTCTATGCTGTTGTTGACTGGGCATATAAAATAGA 1878
|||||||||| ||||||| ||||| |||| || |||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1076 TTTACTTGATAGTATTCAAGAGGAGTTCTTTGTTGTTATTGACTGGGCATATAAAATAGA 1135
Query 1879 CCCCCTACGGTGTATTTCAATGCATGGTATAACTGAACGTTATCTATCTGGTCAGAAAGC 1938
|| |||| |||||| |||||||||||||||||| | | | | ||||||||||
Sbjct 1136 TCCTCTACTGTGTATATCAATGCATGGTATAACT----G--A---A-C--GTCAGAAAGC 1183
Query 1939 TGATGCTGCAGGATTTGTTCGCCTTTTGCTTGGAGATCTGGAGTCGAGAGTTTCTATGCA 1998
||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1184 CGATACTTCAGGATTTGTTCGCCTTTTGCTTGGAGATCTGGAGTCGAGAGTTTCTATGCA 1243
Query 1999 ATTCAGCC 2006
||||||||
Sbjct 1244 ATTCAGCC 1251
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 121126979100
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5