BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT1G47550.2 Length=3206 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg473899 jgi|Araly1|473899|fgenesh2_kg.1__3853__AT1G47560.1 4501 0.0 Ahg923056 jgi|Araly1|923056|scaffold_104337.1 935 0.0 > Ahg473899 jgi|Araly1|473899|fgenesh2_kg.1__3853__AT1G47560.1 Length=2664 Score = 4501 bits (2437), Expect = 0.0 Identities = 2591/2667 (97%), Gaps = 3/2667 (0%) Strand=Plus/Plus Query 50 ATGGCGAAATCAAGCGCCGACGATGAAGAGCTTCGGCGAGCTTGCGAGGCCGCGATCGAA 109 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||| Sbjct 1 ATGGCGAAATCAAGCGCCGACGATGAAGAGCTCCGGCGAGCTTGTGAGGCAGCGATCGAA 60 Query 110 GGAACCAAGCAATCGATCGTTATGTCGATACGTGTCGCCAAGAGTCGCGGTGTTTGGGGC 169 |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 61 GGAACCAAGCAATCGATCGTTATGTCGATACGCGTCGCCAAGAGTCGCGGTGTTTGGGGA 120 Query 170 AAGTCTGGAAAATTGGGTCGACAAATGGCTAAACCCAGAGTTCTCGCTCTTTCCGTCAAA 229 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 121 AAGTCTGGAAAATTGGGTCGACAAATGGCTAAACCTAGAGTTCTCGCTCTTTCCGTCAAA 180 Query 230 TCAAAGGGTCCACGAAAGAAAGCATTTCTTCGAGTCATGAAGTATTCAAGTGGAGGAGTT 289 || ||||||| ||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 181 TCGAAGGGTCAACGGAAGAAAGCGTTTCTTCGAGTGATGAAGTATTCAAGTGGAGGAGTT 240 Query 290 CTGGAGCCTGCAAAAATGTATAAACTCAAGCATCTGTCAAAGGTGGAAGTCATAACTAAT 349 || |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 241 CTTGAGCCTGCTAAAATGTATAAACTCAAGCATCTGTCGAAGGTGGAAGTCATAACTAAT 300 Query 350 GACCCAAGTGGATGCACTTTCACACTGGGGTTTGATAATCTCAGGAGTCAAAGTGTTGCT 409 |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 301 GACCCAAGTGGATGCACTTTTACCCTGGGGTTTGATAATCTCAGGAGTCAAAGTGTTGCT 360 Query 410 CCTCCACAGTGGACCATGCGCAACACTGATGACAGGAACCGACTTTTAGTTTGCATATTG 469 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 361 CCTCCTCAGTGGACCATGCGCAACACTGATGACAGGAACCGACTTTTAGTTTGCATATTG 420 Query 470 AACATATGCAAAGACGTATTAGGCCGCCTTCCAAAAGTTGTTGGTATAGATATTGTCGAG 529 |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 421 AACATATGCAAAGACGTATTAGGCCGCCTTCCGAAAGTTGTTGGTATAGATATCGTCGAG 480 Query 530 ATGGCCCTTTGGGCAAAGGATAACACTCCAGTAGTCACTACTCAAAGAAGTACAGAAGAT 589 |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 481 ATGGCCCTTTGGGCTAAGGATAACACTCCAGTAGTCACTACTCAAAGAAGTACAGAAGAT 540 Query 590 GGGGAGCCTGTTGCTGAATCTGTAACAGAAAGCGACTTGAAAGTTACTGTTGAGAAAGAA 649 |||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 541 GGGGGGCCTGTTGCTGAAACTGTAACAGAAAGTGACTTGAAAGTTACTGTTGAGAAAGAA 600 Query 650 CTAGTCTCTCAGGCCGAGGAAGAGGATATGGAGGCTCTGTTGGGAACTTATGTAATGGGC 709 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 601 CTAGTCTCTCAGGCCGAGGAAGAGGATATGGAGGCTCTCTTGGGAACTTATGTAATGGGC 660 Query 710 ATTGGTGAAGCTGAGGCATTTTCTGAAAGGCTGAAGCGAGAGCTCCAAGCGCTTGAAGCG 769 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 661 ATTGGTGAAGCTGAGGCATTTTCTGAAAGGCTAAAGCGGGAGCTCCAAGCGCTTGAAGCG 720 Query 770 GCAAATGTACATGCAATTCTTGAAAGCGAACCATTAGTAGATGAGGTTTTGAATGGACTA 829 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 721 GCAAATGTACATGCAATTCTGGAAAGCGAACCATTAGTAGATGAGGTTTTGAATGGACTA 780 Query 830 GAGGCAGCAACAAATATCGTTGATGACATGGATGAATGGTTAGGAATATTCAACATTAAA 889 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 781 GAGGCAGCAACAAATATTGTTGATGACATGGATGAATGGTTAGGAATATTCAACGTTAAA 840 Query 890 CTTAGACACATGAGGGAAGACATTGAATCGATAGAAACTCGAAACAACAAGTTAGAGATG 949 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 841 CTTAGACACATGAGGGAAGACATTGAATCGATAGAAACTCGAAACAACAAGTTAGAGATG 900 Query 950 CAGTCTGTAAACAATAAAGCTCTCATTGAGGAACTTGATAAAGTTATTGAGAGACTGCGT 1009 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 901 CAGTCTGTAAACAATAAAGCTCTTATTGAGGAACTTGATAAAGTTATTGAGAGACTGCGT 960 Query 1010 GTGCCTTCTGAGTATGCAGCATCCCTAACAGGAGGCTCATTTGATGAAGCAGACATGCTC 1069 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 961 GTGCCTTCTGAGTATGCAGCATCCCTAACAGGAGGCTCATTTGATGAAGCCGACATGCTC 1020 Query 1070 CAGAATATTGAGGCTTGCGAGTGGTTAGCCAAAGCTTTAAGGGGTCTTGAAGTGCCCAAC 1129 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1021 CAGAATATTGAGGCTTGCGAGTGGTTAGCCAAAGCTTTAAGGGGTCTTGAAGTGCCCAAC 1080 Query 1130 TTAGACCCGATCTATGCTAATATGCGAGCTGTAAAAGAGAAACGAGCAGAACTAGAAAAA 1189 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 1081 TTAGACCCGATCTATGCTAATATGCGAGCTGTAAAGGAGAAACGAGCAGAACTAGAAAAA 1140 Query 1190 TTAAAAGCTACTTTTGTAAGGAGAGCTTCGGAGTTCTTGAGAAACTACTTTGCTAGTTTG 1249 ||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| || Sbjct 1141 TTAAAAGCTACTTTTGTGAGGAGAGCTTCAGACTTCTTGAGAAACTACTTTGCTAGTCTG 1200 Query 1250 GTAGATTTCATGGTCAGCGACAAAAGCTACTTTTCTCAGAGAGGGCAGCTGAAGAGGCCT 1309 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1201 GTAGATTTCATGGTCAGCGACAAAAGCTACTTTTCTCAGAGAGGGCAGCTGAAGAGGCCT 1260 Query 1310 GACCATGCTGATTTGCGGTACAAATGCAGAACATATGCTCGTCTTTTGCAACATTTAAAG 1369 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1261 GACCATGCTGATTTGCGGTACAAATGCAGAACATATGCTCGTCTTTTGCAACATTTAAAG 1320 Query 1370 GGTCTTGATAAGAATTGTTTGGGACCATTGAGAAAAGCATACTGCAGCTCCCTGAACTTG 1429 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1321 GGTCTTGATAAGAATTGTTTGGGACCATTGAGAAAAGCATACTGCAGCTCCCTGAACTTG 1380 Query 1430 CTCCTTCGTCGAGAGGCTCGTGAATTCGCGAATGAGCTTCGTGCAAGCACAAAAGTATCA 1489 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1381 CTCCTTCGTCGAGAGGCTCGTGAATTCGCGAATGAGCTTCGTGCAAGCACAAAAGTATCA 1440 Query 1490 CGAAATCCTACTGTCTGGCTAGAAGGATCTACGGGTTCTAGTCAGAATGCAAACACTGAC 1549 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1441 CGAAATCCTACTGTCTGGCTAGAAGGATCTACGGGTTCTAGTCAGAATGCAAACACTGAC 1500 Query 1550 ACCTCTGCAGTGTCAGATGCTTATGCCAAGATGCTAACAATATTCATCCCGCTTCTTGTA 1609 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1501 ACCTCTGCAGTGTCAGATGCTTATGCCAAAATGCTAACAATATTCATCCCGCTTCTTGTA 1560 Query 1610 GATGAGAGTTCCTTTTTTGCGCACTTCATGTGCTTTGAGGTACCTGCTCTTGCTCCTCCT 1669 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 1561 GATGAGAGTTCCTTTTTTGCGCACTTTATGTGCTTTGAGGTACCAGCTCTTGCTCCTCCT 1620 Query 1670 GGAGGTGCTGGCAATGATAAGAAAAGCCAGTCCAACAATGACGATGGTAATGATGATGAT 1729 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1621 GGAGGTGCTGGCAATGATAAGAAAAGCCAGTCCAACAATGACGATGGTAATGATGATGAT 1680 Query 1730 GATTTGGGGATCATGGACATTGATGAAACTGACAAGAAACCTGGTAAAAACTCTCCAGAC 1789 ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| Sbjct 1681 GATCTGGGGATCATGGACATTGATGAAACTGACAAGAAAACTGGTAAAAACTCCCCAGAC 1740 Query 1790 CTGACGGCATTGAATGAGTCTCTTCAAGATTTACTTGATGGTATTCAGGAGGATTTCTAT 1849 ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1741 CTGACGGCACTGAATGAATCTCTTCAAGATTTACTTGATGGTATTCAGGAGGATTTCTAT 1800 Query 1850 GCTGTTGTTGACTGGGCATATAAAATAGACCCCCTACGGTGTATTTCAATGCATGGTATA 1909 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 1801 GCTGTTGTTGACTGGGCATATAAAATAGATCCCCTACGGTGTATATCAATGCATGGTATA 1860 Query 1910 ACTGAACGTTATCTATCTGGTCAGAAAGCTGATGCTGCAGGATTTGTTCGCCTTTTGCTT 1969 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1861 ACTGAACGTTATCTATCTGGTCAGAAAGCTGATGCTGCAGGATTTGTTCGCCTTTTGCTT 1920 Query 1970 GGAGATCTGGAGTCGAGAGTTTCTATGCAATTCAGCCGTGTATTTGTGGATGAAGCTTGT 2029 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||| Sbjct 1921 GGAGATCTGGAGTCGAGAGTTTCTATGCAATTCAGCCGT-T-TT-GTGGATGAAGCTTGT 1977 Query 2030 CACCAAATTGAAAGAAATGAACGTAATGTAAGACAGATGGGTGTCTTGCCATATATTCCA 2089 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1978 CACCAAATTGAAAGAAATGAACGTAATGTAAGACAGATGGGTGTCTTGCCATATATTCCA 2037 Query 2090 AGATTTGCAGCACTTGCTACTCGTATGGAACAATACATACAAGGGCAATCTAGAGATTTG 2149 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2038 AGATTTGCAGCACTTGCTACTCGTATGGAACAGTACATACAAGGGCAATCTAGAGATTTG 2097 Query 2150 GTTGATCAGGCATACACAAAATTTGTGAGCATAATGTTTGTGACCCTCGAGAAAATTGCC 2209 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||| Sbjct 2098 GTTGATCAGGCATACACAAAATTTGTAAGCATAATGTTCGTGACCCTCGAAAAAATTGCC 2157 Query 2210 CAACAAGATCCTAAATATGCAGATATTCTCCTGTTAGAAAACTATGCTGCTTTTCAGAAT 2269 || |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 2158 CAGCAAGATCCAAAATATGCAGATATTCTCCTTTTAGAAAACTATGCTGCTTTTCAAAAT 2217 Query 2270 AGCCTGTATGACCTGGCTAATGTTGTGCCGACTTTAGCCAAGTTTTATCACCAGGCAAGT 2329 |||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 2218 AGCCTGTATGACCTGGCTAATGTTGTACCCACATTAGCCAAGTTCTATCACCAGGCAAGT 2277 Query 2330 GAAGCATATGAACAAGCTTGTACGCGCCACATTAGCATGATAATTTACTATCAATTCGAA 2389 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 2278 GAAGCATATGAACAAGCTTGTACGCGCCACATTAGCATGATAATTTACTACCAATTCGAA 2337 Query 2390 AGACTTTTCCAGTTTGCTAAAAAGATTGAGGATTTCATGTATACTATCACCCCTGAAGAG 2449 || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2338 AGGCTTTTCCAGTTTGCTAAAAAGATTGAGGATCTCATGTATACTATCACCCCTGAAGAG 2397 Query 2450 ATACCATTCCAGCTTGGTTTATCGAAAGTAGAACTCCGGAAGATGTTAAAATCAAGCCTG 2509 |||||||||||||||||||| |||||| | ||||| ||||||||||||||||||||| || Sbjct 2398 ATACCATTCCAGCTTGGTTTGTCGAAAATGGAACTTCGGAAGATGTTAAAATCAAGCTTG 2457 Query 2510 TCAGGGGTGGACAAATCGATTGCAGCAATGTATAAAAAGTTGCAGAAGAATCTAGCATCA 2569 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 2458 TCAGGGGTGGACAAATCGATTGCAGCAATGTATAAAAAGTTGCAGAAGAATTTAGCATCG 2517 Query 2570 GAGGAGTTGCTACCATCGTTGTGGGATAAATGCAAGAAGGAGTTTCTGGACAAGTACGAG 2629 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 2518 GAGGAGTTGCTACCATCGTTGTGGGATAAATGCAAGAAAGAGTTTCTGGACAAGTACGAG 2577 Query 2630 AGCTTCGTGCAGCTCGTAGCCAAAGTTTATCCGAGTGAAAACGTTCCTGGAGTAACTGAA 2689 |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2578 AGCTTCGTGCAGCTCGTAGCCAAAGTATACCCGAGTGAAAACGTTCCTGGAGTAACTGAA 2637 Query 2690 ATGAGAGGACTTCTGGCTTCCATGTaa 2716 ||||| |||||| |||||||||||||| Sbjct 2638 ATGAGGGGACTTTTGGCTTCCATGTAA 2664 > Ahg923056 jgi|Araly1|923056|scaffold_104337.1 Length=1924 Score = 935 bits (506), Expect = 0.0 Identities = 616/670 (92%), Gaps = 3/670 (0%) Strand=Plus/Plus Query 2066 ATGGGTGTCTTGCCATATATTCCAAGATTTGCAGCACTTGCTACTCGTATGGAACAATAC 2125 |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| Sbjct 1254 ATGGGTGTCTTGCCTTATATTCCAAGATTTGCAGCAGTTGCTACTCGTATGGAACAGTAC 1313 Query 2126 ATACAAGGGCAATCTAGAGATTTGGTTGATCAGGCATACACAAAATTTGTGAGCATAATG 2185 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||| Sbjct 1314 ATACAAGGGCAATCTAGAGATTTGGTTGATCAGGCATACACGAAATATGTAAGCATAATG 1373 Query 2186 TTTGTGACCCTCGAGAAAATTGCCCAACAAGATCCTAAATATGCAGATATTCTCCTGTTA 2245 || |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 1374 TTCGTGACCCTCGAGAAGATTGCCCAGCAAGATCCTAAATATGCAGATATTCTCCTTTTA 1433 Query 2246 GAAAACTATGCTGCTTTTCAGAATAGCCTGTATGACCTGGCTAATGTTGTGCCGACTTTA 2305 ||||||||||||||||| || |||||| | ||||| |||||| ||||||| || || ||| Sbjct 1434 GAAAACTATGCTGCTTTCCAAAATAGCTTTTATGAACTGGCTGATGTTGTACCCACATTA 1493 Query 2306 GCCAAGTTTTATCACCAGGCAAGTGAAGCATATGAACAAGCTTGTACGCGCCACATTAGC 2365 |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 1494 GCCAAGTTCTATCATCAGGCAAGTGAAGCATATGAACAAGCTTGTACGCGCCGCATTAGC 1553 Query 2366 ATGATAATTTACTATCAATTCGAAAGACTTTTCCAGTTTGCTAAAAAGATTGAGGATTTC 2425 |||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||| ||||||| |||||||||||| Sbjct 1554 ATGATAATTTACTACCAATTCGAAAAACTTTTCCAATTTTCTAAAAAAATTGAGGATTTC 1613 Query 2426 ATGTATACTATCACCCCTGAAGAGATACCATTCCAGCTTGGTTTATCGAAAGTAG-AACT 2484 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| || |||| Sbjct 1614 ATGTATACTATCACCCCTGAAGAGATACCATTCCAGCGTGGTTTGTCGAAAA-AGGAACT 1672 Query 2485 CCGGAAGATGTTAAAATCAAGCCTGTCAGGGGTGGACAAATCGATTGCAGCAATGTATAA 2544 ||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1673 CCGAAAGATGTTAAAATCAACCCTGTCAGGGGCGGACAAATCGATTGCAGCAATGTATAA 1732 Query 2545 AAAGTTGCAGAAGAATCTAGCATCAGAGGAGTTGCTACCATCGTTGTGGGATAAATGCAA 2604 | |||||||||||||| || ||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 1733 ACAGTTGCAGAAGAATTTAACATTGGTGGAGTTGCTACCACCGTTGTGGGATAAATGCAA 1792 Query 2605 GAAGGAGTTTCTGGACAAGTACGAGAGCTTCGTGCAGCTCGTAGCCAAAGTTTATCCGAG 2664 |||||| ||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||| |||| Sbjct 1793 GAAGGAATTTCTGGACAAGTACGAGAGCTTCGTGGAACTTGTAGCCAAAGTTTACCCGAA 1852 Query 2665 TGAAAACGTTCCTGGAGTAACTGAAATGAGAGGACTTCTGGCTTCCATGTaaaaaaa-CA 2723 ||| ||||||||||| || ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| || Sbjct 1853 TGAGAACGTTCCTGGGGTTACTGAAATGAGGGGACTTTTGGCTTCCATGTAAAAAAAACA 1912 Query 2724 AGTGATAGAA 2733 |||||||||| Sbjct 1913 AGTGATAGAA 1922 Score = 815 bits (441), Expect = 0.0 Identities = 519/557 (93%), Gaps = 4/557 (1%) Strand=Plus/Plus Query 1160 GTAAAAGAGAAACGAGCAGAACTAGAAAAATTAAAAGCTACTTTTGTAAGGAGAGCTTCG 1219 |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 450 GTAAAAGAGAAACGAGCAGAACTAGATACATTAAAAGCTACTTTTGTAAGGAGAGCTTCA 509 Query 1220 GAGTTCTTGAGAAACTACTTTGCTAGTTTGGTAGATTTCATGGTCAGCGACAAAAGCTAC 1279 |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| || | ||||||||||||| Sbjct 510 GAGTTCTTGAGAAACTACTTTGTTAGTCTGGTAGATTTCATTGTTATCGACAAAAGCTAC 569 Query 1280 TTTTCTCAGAGAGGGCAGCTGAAGAGGCCTGACCATGCTGATTTGCGGTACAAATGCAGA 1339 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| Sbjct 570 TTTTCTCAGAGAGGGCAGCTGAAGAGGCCTGACCATGCAGATTTGCGGTACAAATGGAGA 629 Query 1340 ACATATGCTCGTCTTTTGCAACATTTAAAGGGTCTTGATAAGAATTGTTTGGGACCATTG 1399 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 630 ACATATGCTCGTCTTTTGCAACATTTAAAGGGTCTTGATAAGAATTGTTTGGGTCCATTG 689 Query 1400 AGAAAAGCATACTGCAGCTCCCTGAACTTGCTCCTTCGTCGAGAGGCTCGTGAATTCGCG 1459 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| || Sbjct 690 AGAAAAGCATACTGCAGCTCAATGAACTTGCTCCTTCGTCGGGAGGCTCGTGAGTTCACG 749 Query 1460 AATGAGCTTCGTGCAAGCACAAAAGTATCACGAAATCCTACTGTCTGGCTAGAAGGATCT 1519 ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||| |||| Sbjct 750 AATGAGCTTCGTGCAAGCACAAAAGTATCCCAAAATCCCACTGTCTGGCTAGAAGAATCT 809 Query 1520 ACGGGTTCTAGTCAGAATGCAAACACTGACACCTCTGCAGTGTCAGATGCTTATGCCAAG 1579 ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 810 ACGGGCTCTAATCAGAATGCAAACACTGACACCTCTGCAGTGGCAGATGCTTATGCCAAA 869 Query 1580 ATGCTAACAATATTCATCCCGCTTCTTGTAGATGAGAGTTCCTTTT-TTGCGCACTTCAT 1638 |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| Sbjct 870 ATGCTAACAACATTCATCCCTCTTCTTGTAGATGAGAGTTC-TTTTCTTGCGCACTTCAT 928 Query 1639 GTGCTTTGAGGTACCTGCTCTTGCTCCTCCTGGAGGTGCTGGCAA-TGATAAGAAAAGCC 1697 ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| | | | |||| |||| || Sbjct 929 GTGCTTTGAGGTACCGGCTCTTACTCCTCCTGGAGGTGCTG-CTAGTTATAACAAAAACC 987 Query 1698 AGTCCAACAATGACGAT 1714 |||||||||||| ||| Sbjct 988 GGTCCAACAATGATGAT 1004 Score = 294 bits (159), Expect = 2e-78 Identities = 175/182 (96%), Gaps = 3/182 (2%) Strand=Plus/Plus Query 922 AGAAACTCGAAACAACAAGTTAGAGATGCAGTCTGTAAACAATAAAGCTCTCATTGAGGA 981 ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 272 AGAAACTCG--A-AACAAGTTAGAGATGCAGTCTGTAAACAATAAAGCTCTCATTGAGGA 328 Query 982 ACTTGATAAAGTTATTGAGAGACTGCGTGTGCCTTCTGAGTATGCAGCATCCCTAACAGG 1041 ||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 329 ACTTGATGAAGTTATTGAGAGTCTGTGTGTGCCTTCTGAGTATGCAGCATCCCTAACAGG 388 Query 1042 AGGCTCATTTGATGAAGCAGACATGCTCCAGAATATTGAGGCTTGCGAGTGGTTAGCCAA 1101 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 389 AGGCTCATTTGATGAAGCAGACATGCTCCAGAATATTGATGCTTGCGAGTGGTTAGCCAA 448 Query 1102 AG 1103 || Sbjct 449 AG 450 Score = 263 bits (142), Expect = 6e-69 Identities = 215/248 (87%), Gaps = 14/248 (6%) Strand=Plus/Plus Query 1760 GACAAGAAACCTGGTAAAAACTCTCC-AGACCTGACGGCATTGAATGAGTCTCTTCAAGA 1818 ||||||||| ||||| ||||||| || ||||||| |||||||||||| ||| ||||||| Sbjct 1017 GACAAGAAAACTGGTCAAAACTC-CCTGGACCTGAAGGCATTGAATGAATCTATTCAAGA 1075 Query 1819 TTTACTTGATGGTATTCAGGAGGATTTCTATGCTGTTGTTGACTGGGCATATAAAATAGA 1878 |||||||||| ||||||| ||||| |||| || |||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 1076 TTTACTTGATAGTATTCAAGAGGAGTTCTTTGTTGTTATTGACTGGGCATATAAAATAGA 1135 Query 1879 CCCCCTACGGTGTATTTCAATGCATGGTATAACTGAACGTTATCTATCTGGTCAGAAAGC 1938 || |||| |||||| |||||||||||||||||| | | | | |||||||||| Sbjct 1136 TCCTCTACTGTGTATATCAATGCATGGTATAACT----G--A---A-C--GTCAGAAAGC 1183 Query 1939 TGATGCTGCAGGATTTGTTCGCCTTTTGCTTGGAGATCTGGAGTCGAGAGTTTCTATGCA 1998 ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1184 CGATACTTCAGGATTTGTTCGCCTTTTGCTTGGAGATCTGGAGTCGAGAGTTTCTATGCA 1243 Query 1999 ATTCAGCC 2006 |||||||| Sbjct 1244 ATTCAGCC 1251 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 121126979100 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5