BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G47900.1
Length=3391
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg336913 jgi|Araly1|336913|fgenesh1_pg.C_scaffold_1003478 4881 0.0
Ahg923105 jgi|Araly1|923105|scaffold_104386.1 531 2e-149
> Ahg336913 jgi|Araly1|336913|fgenesh1_pg.C_scaffold_1003478
Length=3177
Score = 4881 bits (2643), Expect = 0.0
Identities = 3009/3185 (94%), Gaps = 28/3185 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 31 ATGGACCGACGAAGCTGGCCGTGGAAGAAAAAGGCGTCTGATAAATCAATCTTAGTGATT 90
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGACCGACGAAGCTGGCCGTGGAAGAAGAAGGCGTCTGATAAATCAATCTTAGTGATT 60
Query 91 GATTCTGCAGCTGATGCTTCTCATTCTCAGATTGATAAGGAAGCTATTAAGAAGCCAAAG 150
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 GATTCTGCAGCTGATGCTTCTCATTCTCAGATTGAGAAGGAAGCTATTAAGAAGCCAAAG 120
Query 151 TATGTGCAAATATCTGTGGAGCAGTATACACATTTCACTGGTTTGGAGGAACAAATAAAG 210
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 121 TATGTGCAAATATCTGTGGAGCAGTATACACATTTCACTGGTTTGGAAGAACAAATAAAG 180
Query 211 A-GTTATGATGTTCAGATTAAAG-GTTACGATGTTCAAGTTAAAACTTATGAGAATCAAG 268
| | ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 181 ACG-TATGATGTTCAGATT-AAGTCTTACGATGTTCAAGTTAAGACTTATGAGAATCAAG 238
Query 269 TTGAGAGTTATGAGGAGCAAGTTAAGGATTTTGAAGAACAGATTGATGCTTATGATGAGA 328
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 239 TTGAGAGTTATGAGGAGCGAGTTAAGGATTTTGAAGAACAGATTGATGCTTATGATGAGA 298
Query 329 AGGTTCATGAGTATGAAGAACAAGTGCAGAAACTTAATGAAGATGTTGAGGATTTGAATG 388
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 299 AGGTTCATGAGTATGAAGAACAGGTGCAGAAACTTAATGAAGATATTGAGGATTTGAATG 358
Query 389 AAAAACTTTCTGTTGCTAATGAGGAAATTGTTACTAAAGAGGCTTTAGTGAAGCAGCACT 448
|||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||| |
Sbjct 359 AAAAACTTTCTGTTGCTAATGAGGAAATAGTTACCAAGGAGGCCTTAGTGAAGCAGCATT 418
Query 449 CTAAGGTTGCTGAAGATGCTGTTTCAGGTTGGGAAAAAGCTGACGCGGAAGCTTTGGCAT 508
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 419 CCAAGGTTGCTGAAGATGCTGTTTCAGGTTGGGAAAAAGCTGACACGGAAGCTTTGACAT 478
Query 509 TGAAAAACACGTTGGAGTCTGTTACTCTTTCGAAACTCACAGCTGAGGATCGTGCAGCGC 568
|||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 479 TGAAAAACACCCTGGAGTCTGTTACTCTGTCGAAACTCACAGCTGAGGATCGTGCAGCAC 538
Query 569 ATTTAGATGGTGCATTGAAAGAATGTATGAGGCAGATAAGGAACTTGAAGAAAGACCATG 628
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 539 ATTTAGATGGTGCATTGAAAGAATGTATGAGGCAGATAAGGAACTTGAAGAAAGACCATG 598
Query 629 AAGTGAAACTGCATGATGTTGCTTTAAGCAAGACCAAGCAAATTGAAAAAATGACCATGG 688
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 599 AAGTGAAACTGCATGATGTTGCTTTAAGCAAGACCAAGCAAATTGAAAAAATGACAATGG 658
Query 689 AGTTTGAAAAGAGGATGTGTGACTATGAACAAGAGTTACTTAGGTCTGCAGCGGATAGTG 748
||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||| |||||||
Sbjct 659 AGTTTGAAAAGAGGATGTGTGACTATGAACAAGAGCTGCTAAGGTCTGCAGCAGATAGTG 718
Query 749 ATGCTTTATCTAGAACTTTACAGGAGCGGTCCAACATGCTGGTAAAAGTCAGTGAGGAGA 808
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||
Sbjct 719 ATGCTTTATCTAGAACTTTACAGGAGCGGTCCAACATGCTAGTAAAAATCAGTGAGGAGA 778
Query 809 AGTCAAGAGCTGATGCCGAGATCGAGACCCTGAAGAGCAATCTGGAAATGTGTGAAAGAG 868
||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||
Sbjct 779 AGTCACGAGCTGATGCTGAGATCGAGACCCTGAAGAGCAATCTAGAAATGTGCGAAAGAG 838
Query 869 AAATAAAGTCTCTTAAGTATGAAGTCCATGTTGTTTCTAAAGAGCTAGAGATACGAAACG 928
||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||
Sbjct 839 AAATAAAGTCTCTCAAGTACGAAGTCCATGTAGTTTCTAAAGAGCTGGAGATACGCAACG 898
Query 929 AAGAAAAGAACATGTGTATTAGATCTGCAGAATCTGCTAATAAGCAACACTTGGAAGGAG 988
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |
Sbjct 899 AAGAAAAGAACATGTGTATTAGATCTGCAGAATCTGCCAACAAGCAACACTTGGAAGGGG 958
Query 989 TAAAGAAAATAGCTAAGTTGGAAGCAGAATGCCAGAGACTGAGAAGTCTTGTGAGAAAGA 1048
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 959 TAAAGAAAATAGCTAAGTTGGAAGCAGAATGCCAGAGACTGAGAAGTCTTGTGAGAAAGA 1018
Query 1049 AGTTGCCAGGCCCAGCTGCACTTGCTCAAATGAAGCTTGAGGTTGAGAACTTAGGCAGGG 1108
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1019 AGTTGCCAGGCCCAGCTGCACTTGCGCAAATGAAGCTTGAGGTTGAGAACTTAGGCAGGG 1078
Query 1109 ATAGTGGTGATGCCCGACAAAAGAGATCTCCTGTCAAGGTCTCTAGTCCGTGCAAGTCGC 1168
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1079 ATAGTGGTGATGCCCGACAAAAGAGATCTCCTGTCAAGGTCTCTAGTCCATGCAAGTCGC 1138
Query 1169 CAGGAGGATACTCGTCAACTGGGTCTGAGTTCTCTCTCGATAATGCACAGAAATTCCAAA 1228
| || |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1139 CCGGGGGATACTCATCAACTGGGTCTGAATTCTCTCTCGATAATTCACAGAAATTCCAAA 1198
Query 1229 AGGAAAATGAATTTCTAACAGAGCGTTTACTTGCAATGGAAGAAGAGACAAAAATGCTGA 1288
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1199 AGGAAAATGAATTTCTAACGGAGCGTTTACTTGCAATGGAAGAAGAGACAAAGATGCTGA 1258
Query 1289 AAGAAGCCTTGGCAAAGCGGAATAGTGAGTTGTTGGAGTCACGGAATCTTTGTGCTCAGA 1348
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 AAGAAGCCTTAGCAAAGCGGAATAGTGAGTTGTTGGAGTCACGGAATCTTTGTGCTCAGA 1318
Query 1349 GCACAAGTAAGCTTCAAAGCTTAGAAGCTCAACTGCAGCAAAATAATTCTCAGAAGTCCT 1408
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1319 GCACTAGTAAGCTTCAAAGCTTAGAAGCTCAACTGCATCAAAATAATTCTCAGAAGTCCT 1378
Query 1409 CACTTGAAGTGTGTCCAAATCTGAATACGAGCAATCCATCAAGCTCAATCTCTGTTTCTG 1468
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1379 CACTTGAAGTGTGTCCAAATCTAAATACGAGCAATCCATCAAGCTCTATCTCTGTTTCTG 1438
Query 1469 AAGATGGGAATGACGACTCTGGTAGCTGCAGCGGATCTCTGTCAACAAACCCATCACAAC 1528
||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||| |||||||||| ||||||||||
Sbjct 1439 AAGATGGGAATGACGACTCTGGTAGTTGCAGTGAATCTTTGTCAACAAATCCATCACAAC 1498
Query 1529 AGATCAAGAAGGAGAAGGACATGGCAGCCTTGGAGAGGGTTGAGAGTGTTAATAGTCATG 1588
||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1499 AGAACAAGAAGGAGAAGGAGGTGGCAGCCTTGGAGAGGGTTGAAAGTGTTAATAGTCATG 1558
Query 1589 TTGAGCTTATGGATGATTTTCTAGAAATGGAGAAGTTAGCTTGTTTACCAAATCTATCTA 1648
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||
Sbjct 1559 CAGAGCTTATGGATGATTTTCTTGAAATGGAGAAGTTAGCTTGTTTGCCAAATCAATCTA 1618
Query 1649 GCAGTAATGGTAGTATAGATTCTAAAGATGGTTCAGGTGATCAAAAGTCAGAAATGGTGA 1708
|||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1619 GCAGTAATGGTAGTATGGATTCCAAAGATGGTCCAGGTGATCAAAAGTCAGAATTGGTGA 1678
Query 1709 TTCTTGATGCTCATACCGACCTTGAGGATTCCGATAGAGGTAGTCC-AGCAGTGATGAAA 1767
||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| | |||||||| ||
Sbjct 1679 TTCTTGAGGCTCATACCGAACTTGAGGAGTCCGATAGAGGTAGTCCGA-CAGTGATGGAA 1737
Query 1768 TTTAGATCTAGATTATCAAAGGTTCTTGAATCTGTATCTCCTGATGCTGACATACAAAAG 1827
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 1738 TTTAGATCTAGAGTATCAAAGGTTCTTGAATCTGTATCTACTGATGCTGACCTACAAAAG 1797
Query 1828 ATAGTGGGGGATATAAAATGCATTTTGCAAGATGTGAATGCTTGTATGGACCAGGAAAAG 1887
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1798 ATAGTGGGGGATATAAAATGCATTTTACAAGATGTGAATGCTTGTATGGACCAGGAAAAG 1857
Query 1888 CCTTCTGAGGTGCATGTTCATCCTGAAGAAGTGTCAGATTTATGTC-CAGAACAAAATCT 1946
|||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |
Sbjct 1858 CCTTCTGAGGTGCAGGTTCATGCTGAAGAAGTGTCAGATTTATG-CGCAGAACAAAATTT 1916
Query 1947 GGTTGAAGATTGTCATTTGGCAGAACAAAAGCTGCAGAGCATTCACCAAGATTTGAAAAA 2006
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1917 GGTTGAAGATTGTCATTTGGCTGAACAAAAGCTGCAGAGCATTCACCAAGATTTGAAAAA 1976
Query 2007 TGCTGTATCTCGGATTCATGATTTTGTTTTGTTGCTAAGAAATGAGGTAAAGGCAGGTCA 2066
|||||| || |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1977 TGCTGTTTCGCGGATTTTTGACTTTGTTTTGTTGCTAAGAAATGAGGTAAGGGCAGGTCA 2036
Query 2067 GGACAC-CTCTATTGAGGGAAATGATTTTGTTGAGCTGATTGAGGGCTTCTCCGTCACGT 2125
|||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2037 GGACACAC-CTATTGAGGGAAATGATTTTGTTGAACTGATCGAGGGCTTCTCCGTCACGT 2095
Query 2126 TCAACCATGTTTTAAGCGGTGATAAAAGTTTGGACGATTTTGTTTCG-AATCTTGCTAAT 2184
||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 2096 TCAACCAAGTTTTAAGCGGTGATAAAAAATTGGACGATTTTGTTTCGCAA-CTTGCTAAT 2154
Query 2185 GTCTTCAACGAGGCGATGGAGCGAAAGGT-AAGTTTTAGGGGTCTAGCTTCCTCTGAGGT 2243
|||||||||||||| ||||||| |||||| || ||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2155 GTCTTCAACGAGGCTATGGAGCTAAAGGTGAA-TTTCAGGGGTCTTGCTTCCTCTGAGGT 2213
Query 2244 TGAAACTCTGAGTCCAGATTGCATAGACAAGGTTGCATTACCCGAGAGCAAGGTTGTAGA 2303
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2214 TGAAACGCTGAGTCCAGATTGCATAGACAAGGTTGCATTACCCGAGAGCAAGGTTGTAGA 2273
Query 2304 TAAAGATTCATCTCAGGAAATATATCAAAATGGATGTGTCCACAACGAGCCAGGGGTTCC 2363
||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2274 TAAAGATTCATCTCAAGAAATATATGAAAATGGATGTGTCCACAACGAGCCAGGGGTACC 2333
Query 2364 ATGTGATGAAAACAGAGTTTCAGGGT-ATGAATCAGATTCCAAATTACAGGAAATAGAAG 2422
|||||||||||||||||||| |||| |||||||||| |||| ||||||||||||||| |
Sbjct 2334 ATGTGATGAAAACAGAGTTTT-GGGTTATGAATCAGACTCCAGATTACAGGAAATAGAGG 2392
Query 2423 AACTGAGATCAGAAAAAGAAAAGATGGCTGTGGATATCGAGGGGCTGAAATGTCAGTTAC 2482
|||||| ||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||| | |||||| |
Sbjct 2393 AACTGAAATCAGAAAAAGAAAAGATGGCACTGGATGTTGAGGGGCTGAAGTTTCAGTTGC 2452
Query 2483 AAGAATCTGAGCAGCTGTTAGCTGACATTAGATCACAGTTTGATTCAGCTCAGAGGTCAA 2542
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2453 AAGAATCTGAGCAGCTGTTAGCTGACATTAGATCACAGTTTGATTCTGCTCAGAGGTCAA 2512
Query 2543 ACAGATTGGCGGATACTCAACTCAGATGTATGACTGAGTCATATAGATCACTTGAATCAC 2602
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2513 ACAGATTGGCGGATACTCAACTCAGATGTATGACTGAGTCATATAGATCACTTGAATCAC 2572
Query 2603 GTGCAGCTGATTTAGAGATCGATGTGAACCAGCTTAAGGAAAAGATACAGAAGTTGGAGA 2662
||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||| ||| ||||||||
Sbjct 2573 GTGCAGCTGATTTAGAGATTGATGTGAATCAGCTTAAGGAAAAAATAGAGACGTTGGAGA 2632
Query 2663 ACGAGCTTGAGGATGAAAAATGCAACCACCAAGAAGCCATTCTGAGGTGCCATGAACTTG 2722
||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||
Sbjct 2633 ACGAGCTCGAGGATGAAAAACACAACCACCAAGAAGCCACTGTGAGGTGCCATGAACTTG 2692
Query 2723 AAGAACATATTCAAAGACACAGAAACACTTCTTTGGTTGCTGAGGATGATGAAGAAGCTG 2782
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2693 AAGAACATATTCAAAGACACAGAAACACTTCTTTGGTTGCTGAGGATGATGAAGAGGCTG 2752
Query 2783 ATATCAAGAGCAAACAGGAGAGAGAGCTATCGGCAGCAGCAGAGAAGTTAGCCGAGTGTC 2842
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2753 ATATCAAGAGCAAACAGGAGAGAGAGTTATCGGCAGCAGCAGAGAAGTTAGCTGAGTGTC 2812
Query 2843 AAGAAACCATATTTGTGTTGGGGAAGCAGCTGAAGTCATTTCGGCCACAACCTGAGCAAA 2902
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2813 AAGAAACCATATTTGTGCTGGGGAAGCAGCTGAAGTCATTTCGGCCACAACCTGAACAAT 2872
Query 2903 TGAGGTCACCACAAACTCGAAATGAGTCCTATTCTGAAGAAGAGGAACTAGGCACCACCA 2962
||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2873 TGAGGTCACCACAAAGACAAAATGAGTCCTATTCTGAAGAAGAGGAACTAGGCACCACCA 2932
Query 2963 CTACCTCAGTCCCAAAGAACTATGCCGTAGTAGACGAAGGAGATTC----G-G--TT--- 3012
||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| | | ||
Sbjct 2933 CTACCTCAGTCCCGAAGAACTATGCCGTAGCAGACGAAGGAGATTCAACTGAGACTTGGG 2992
Query 3013 --AACGAGGTTCCTAGATTTATGGAGTCTCCAAAATGCCCCTCTGATTCAGAGACTAGCG 3070
|||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 2993 TTAACGAGGTCCCTGGATTTATGGAGTCTCCAAAATGCCCTTCTGACTCAGAGACTAGCG 3052
Query 3071 ATACGACGACATCGCCATCACGAGTGGGTTCCAGGCTCTCAAGGTCAGGTTCATCTACTA 3130
|||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 3053 ATACGATGACATCGCCATCACGAGTGGGTTCAAGGCTCTCAAGGTCAGGTTCATCTACCA 3112
Query 3131 ACGCGACCCCAGAGAAAGCCTCTAGAGGAATAAGCAGGTTCTTCTCCTCCAAATCAGGTT 3190
|||||||||| ||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 3113 ACGCGACCCCGGAGAAAGCCTCGAGAGGAATCAGTAGGTTCTTCTCCTCCAAATCAGGAT 3172
Query 3191 ATTAA 3195
|||||
Sbjct 3173 ATTAA 3177
> Ahg923105 jgi|Araly1|923105|scaffold_104386.1
Length=734
Score = 531 bits (287), Expect = 2e-149
Identities = 381/425 (90%), Gaps = 11/425 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 1978 CTGCAGAGCATTCACCAAGATTTGAAAAATGCTGTATCTCGGATTCATGATTTTGTTTTG 2037
|||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 298 CTGCAGAGCATTCACCAAGATTTGAAAAATTCTGTTTCTCGGATTCATGACTTTGTTTTG 357
Query 2038 TTGCTAAGAAATGAGGTAAAG-GCAGGTCAGGACACC-TCTATTGAGGGAAATGATTTTG 2095
||||||||||||||||| ||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 358 TTGCTAAGAAATGAGGT-AAGTACAGGTCAGGAC-CCAGCTATTGAGGGAAATGATTTTG 415
Query 2096 TTG-AGCTGATTGAGGGCTTCTCCGTCACGTTCAACCATGTTTTAAGCGGTGATAAAAG- 2153
|| | | ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || ||| ||||
Sbjct 416 CTGAATC-GATTGAGGGATTCTCCGTCACATTCAACCATGTTTTAAGAGGCGAT-AAAGA 473
Query 2154 TTTGGACGATTTTGTTTCGAATCTTGCTAATGTCTTCAACGAGGCGATGGAGCGAAAGG- 2212
|||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||
Sbjct 474 TTTGGACGATTTTGTTTCGAATATTGCTAATGTGTTCAACGAGGCCATGGAGCTAAAGGT 533
Query 2213 TAAGTTTTAGGGGTCTAGCTTCCTCTGAGGTTGAAACTCTGAGTCCAGATTGCATAGACA 2272
| | |||| ||||||| |||| || ||||| |||| | ||||||||||||| |||||||
Sbjct 534 TTA-TTTTTGGGGTCTTTCTTCATCCGAGGTGGAAATTTTGAGTCCAGATTGTATAGACA 592
Query 2273 AGGTTGCATTACCCGAGAGCAAGGTTGTAGATAAAGATTCATCTCAGGAAATATATCAAA 2332
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 593 AGGTTGCATTACCCGAGAGCAAGGTTGTTGATAAAGATTCATCTCAAGAAATATATCAAA 652
Query 2333 ATGGATGTGTCCACAACGAGCCAGGGGTTCCATGTGATGAAAACAGAGTTTC-AGGGTAT 2391
| ||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||
Sbjct 653 ACGGATGTGTCTACAATGAGCCAGGGGTTCCATGCGATGAAAACAGAGTTTTGAGGTTAT 712
Query 2392 GAATC 2396
|||||
Sbjct 713 GAATC 717
Score = 272 bits (147), Expect = 1e-71
Identities = 217/248 (88%), Gaps = 15/248 (6%)
Strand=Plus/Plus
Query 1470 AGATGGGAATGACGACTCTGGTAGCTGCAGCGGATC-TCTGTCAACAAACCCATCACAAC 1528
||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| | |||| ||||| ||||||||||
Sbjct 62 AGATGGGAATGACGATTCTGGTAGTTGCAGTGGATCAT-TGTCGACAAATCCATCACAAC 120
Query 1529 AGATCAAGAAGGAGAAGGACATGGCAGCCTTGGAGAGGGTTG-AGAGTGTTAATAGTCAT 1587
||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||| | | |
Sbjct 121 AGACCAAGAAGGAGAAGGAGGTGGCAGCCTTGGAGAGGGTTGCA-AGTG----T--T-A- 171
Query 1588 GTTGAGCTTATGGATGATTTTCTAGAAATGGAGAAGTTAGCTTGTTTACCAAATCTATCT 1647
| | || ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||
Sbjct 172 G-T-AG-TTATGGAAGATTTTCTTGAAATGGAGAAGTTAGCTTGTTTGCCAAATCAATCT 228
Query 1648 AGCAGTAATGGTAGTATAGATTCTAAAGATGGTTCAGGTGATCAAAAGTCAGAAATGGTG 1707
||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 229 AGCAGTAATGGTAGTATGGATTCCAAAGATTGTTCAGCTGATCAAAAGTCAGAAATGGTG 288
Query 1708 ATTCTTGA 1715
||||||||
Sbjct 289 ATTCTTGA 296
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 128025675572
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5